Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010353.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10374, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Found at i:1908 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 103--2669 Score: 3488
Period size: 334 Copynumber: 7.7 Consensus size: 333
93 ATTTTTTTTT
* * * * * *
103 CTCAATTTTTCGCCACAATACTCAGAAAAAATATATTATTCAACACCAAAAATATTGACGG-GCT
1 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAG-T
* * * * * * * *
167 TTTTACGCTTCTAATATCGTTTTT-CAATTTTTTTCTGAGA-TAAATTCTAATTAAATCCAAACA
65 TCTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACC
** ** * * * * * *
230 AGATTCAGATGCTCTTAAAAACAAATCTTTCAA-TCCATTGTGTCTAAGATTTGGTTAGA-AGAA
129 AGATTGGGATGCTAGTAAAAA-AAATCCTT-AATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATA-AA
* * * * * * * *
293 TATAGATA-TTCGAAGGAGTCTT-TCTGTCGAAAAT-ATTGCATAACTGAGCCGGGTCCCCGTAA
191 TATAGATATTTC-AATGAGTCTTGGC-GCCAAAAATCA-TGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCG-GA
* * * *
355 ACGCG-TTTTATTCAAAAA-TCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC-AAAATTTTTCAAAAAAT
252 ACGCGTTTTTAAT-AAAAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAAC
* * * *
417 TGACCCGATACATTTCTG
316 TGACCCAAAAAATTTCTA
** * *
435 CTCAATTTTTATCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCACCACAAAAAATATTGAAGGAGTT
1 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTT
* *
500 CTCACGCTTCTAATATCTTTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCAG
66 CTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAG
* *
565 ATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTCACTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATATAG
131 ATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATATAG
* * *
630 ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAGTCATGCAAAACTGAGTTGGGGCCCTGGAACGCGTTTT
196 ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTT
*
695 TAATAAAAATTCGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAACTGACCCAAAA
261 TAATAAAAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAACTGACCCAAAA
760 AATTTCTA
326 AATTTCTA
* * * * *
768 CTCAATTTTTGGCTACAATAATCATGAAAAATATATAACTAAACACATAAAATATTGAAGGAGTT
1 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTT
** *
833 CTCACGCTTCTAATATCACATTTCCTA--TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGG
66 CTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAG
*
896 ATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGCCTGAGATTTCGTTCGATAAATATAG
131 ATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATATAG
* *
961 ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACCGAGTCGGGGACCCGGAACGCGTTTT
196 ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTT
*
1026 TAATAAAAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTCCAAAAAACTGACCCAAAA
261 TAATAAAAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAACTGACCCAAAA
1091 AATTTCTA
326 AATTTCTA
* *
1099 CTCAATTTTTGGCAACAATACTCATAAGAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTT
1 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTT
* * * **
1164 CTCATGTTTCTAATATCA-TTTTCCTATTTTTTT-TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGG
66 CTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAG
* ** * *
1227 ATTGAGATGCTAGTAAATGAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTCGATAAATAAAG
131 ATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATATAG
* * * * * * *
1292 ATATTTCAATGAGTCTTGCCACCAAAAATCATACAAAATTGAG-CTGGGG-TCGGGAACGCATTT
196 ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGGCCCCGGAACGCGTTT
* * * * *
1355 TTATTCAAAAA-TCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGA
260 TTAAT-AAAAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAACTGACCCAA
* * *
1419 TACATTTCTG
324 AAAATTTCTA
** * *
1429 CTCAATTTTTATCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCACCACAAAAAAATATTGAAGGAGT
1 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACAC-AAAAAATATTGAAGGAGT
*
1494 TCTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCA
65 TCTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCA
*
1559 GATTGGGCTGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATATA
130 GATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATATA
* *
1624 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAGTCATGCAAAACTGAGTTGGGGCCCCGGAACGCGTTT
195 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTT
*
1689 TTAATAAAAATTCGTGAT-GTAACGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAACTGACCCAA
260 TTAATAAAAATTCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAACTGACCCAA
1753 AAAATTTCTA
324 AAAATTTCTA
* * *
1763 CTCAATTTTTGGCTACAATACTCATGAAAAATATATAACTAAACACAAAAAATATTGAAGGAGTT
1 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTT
*
1828 CTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
66 CTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTT-CCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCA
*
1893 GATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGACTGAGATTTCGTTCGATAAATATA
130 GATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATATA
* *
1958 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACCGAGTCGGGGACCCGGAACGCGTTT
195 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTT
*
2023 TTAATAAAAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTCCAAAAAACTGACCCAAA
260 TTAATAAAAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAACTGACCCAAA
2088 AAATTTCTA
325 AAATTTCTA
* * *
2097 CTCAATTTTTGACTACAATACTCATAAAAAATATATAACTAAACACAAAAAATATTGAAGGAGTT
1 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTT
*
2162 CTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCA
66 CTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTT-CCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCA
2227 GATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATATA
130 GATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATATA
* * * * * **
2292 GAAATTTCAATGAGTGTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCGCGGAACATGTTT
195 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTT
* * * * * *
2357 TTAATCAAAAA-TCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAAATTGACTCGA
260 TTAAT-AAAAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAACTGACCCAA
* *
2421 AAGATTTCTG
324 AAAATTTCTA
* * * *
2431 CTCAATTCTTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTT
1 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTT
* * * *
2496 CTCATGCTTCTAATA-CAAATTTTCGTA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
66 CTCACGCTTCTAATATC-ATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCA
* * * * *
2559 GATTGAGATGCTGGTAAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTCGCTGAGATTTCTTTCGATAAAGA
130 GATTGGGATGCTAGT--AAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATA
** * *
2624 TA-ATAATTTCAATGAGTCTTCACACCAAAAATCATGTAAAACTGAG
193 TAGAT-ATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
2670 CCTGCGATTT
Statistics
Matches: 2003, Mismatches: 203, Indels: 56
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
330 118 0.06
331 483 0.24
332 241 0.12
333 359 0.18
334 794 0.40
335 8 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (333 bp):
CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTT
CTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAG
ATTGGGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTCGATAAATATAG
ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTT
TAATAAAAATTCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGCAAAAAACTGACCCAAAA
AATTTCTA
Found at i:3133 original size:278 final size:277
Alignment explanation
Indices: 2431--3260 Score: 877
Period size: 278 Copynumber: 2.9 Consensus size: 277
2421 AAGATTTCTG
* *
2431 CTCAAT-TCTTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGT
1 CTCAATCT-TTGGCCACAATACTAATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGT
* *
2495 TCTCATGCTTCTAAT-ACAAATTTTCGTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
65 TCTCAT-CTTCTAATAAC-ATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
* * *
2559 GATTGAGATGCTGGTAAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTCGCTGAGATTTCTTTCGATAAAGA
128 GATTGAGATGCTAGT-AAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATA
** * * ** **
2624 TAATAATTTCAATGAGTCTTCACACCAAAAATCATGTAAAACTGAGCCTGCGATTTCGGCTAAAA
192 TAA-AATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGTAAAACTGAG-CTGGGGTCCCGG--AACG
* *
2689 T-TTTGTAAAAAATTGACCTAAAACATTTCTA
253 TGTTT-T----TATT-A-CTAAAACATTTATA
* * ** * * *
2720 CTCAATTTTTTGCCACAATACTCTTAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGTAGGAGTT
1 CTCAATCTTTGGCCACAATACTAATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTT
* * * * * * *
2785 TTCAAGCTTCTAATATCATTTTT-TTATTTTTTTCCGAATCAATTTTTAATTAAATCGAAACCGA
66 CTC-ATCTTCTAATAACATTTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGG
* * * *
2849 ATTGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATCCCAATGTGGGTGAGATTTCGTTCAATAAATATA
129 ATTGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATA
* ** *
2914 GACATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATACAAAACTGAGCTGGGGTCCCGGGACGTGTTT
194 -AAATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGTAAAACTGAGCTGGGGTCCCGGAACGTGTTT
*
2979 TTATT-C-AAAA-ATCTTGATG
258 TTATTACTAAAACAT-TT-ATA
* * * * *
2998 GTTAATCTTTGGCCAGAGTACTAATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTT
1 CTCAATCTTTGGCCACAATACTAATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTT
* *
3063 CTCACTCTTCTAATAACATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAATCGGA
66 CTCA-TCTTCTAATAACATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGA
* * * *
3128 TTGAGATGCTAAT-AAAAAAAATCCTTAATTCAAATGTGGCTAAGATTTCTTTTGATAAATATAT
130 TTGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATA-
* * * *
3192 ATATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGTAAAACTGAGC-GGGGGCCTCGGAACGCGT
194 A-A-ATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGTAAAACTGAGCTGGGGTCC-CGGAACGTGT
3256 TTTTA
256 TTTTA
3261 GTAAAAAAAA
Statistics
Matches: 454, Mismatches: 74, Indels: 36
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
276 2 0.00
277 51 0.11
278 124 0.27
279 53 0.12
281 3 0.01
285 3 0.01
286 3 0.01
287 8 0.02
288 84 0.19
289 120 0.26
290 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (277 bp):
CTCAATCTTTGGCCACAATACTAATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTT
CTCATCTTCTAATAACATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGAT
TGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAAA
ATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGTAAAACTGAGCTGGGGTCCCGGAACGTGTTTTTA
TTACTAAAACATTTATA
Found at i:3727 original size:335 final size:336
Alignment explanation
Indices: 3005--3823 Score: 1161
Period size: 336 Copynumber: 2.4 Consensus size: 336
2995 ATGGTTAATC
* * *
3005 TTTGGCCAGAGTACTAATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTTCTCACTC
1 TTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTTCTCACTC
*
3070 TTCTAATAACATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAATCGGATTGAGAT
66 TTCTAATAACATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACCGGATTGAGAT
* *
3135 GCTAATAAAAAAAATCCTTAATTCAAATGTGGCTAAGATTTCTTTTGATAAATATATATATATTT
131 GCTAATAAAAAAAATCCTTAATTCAAATGTGGCTAAGATTTCTTTCGATAAATATATAGATATTT
*
3200 CAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGTAAAACTGAGCGGGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGTAA
196 CAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGTAAAACTGAGCGGGGCCCTCGGAACGCGTTTTTAGTAA
** * * * *
3265 AAAAAATCGTGATGGTTGGTACACTATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATT
261 AAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTTGGAAAAAAATTAACCCGAAACATT
3330 TCTACTCAATT
326 TCTACTCAATT
* * * * *
3341 TTTGGCCACAATACTCATAGAAAATATATAATTGAACACAAAAAGGATTGAAGGAGTTCTC-GTG
1 TTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTTCTCACT-
* * * * *
3405 CTTCTAATATCATTTTTCATATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGATTGA
65 CTTCTAATAACATTTTTCCTA--TTTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACCGGATTGA
* * * * * *
3470 GTTGCTAGTTAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGAT-AA-ATATAGGTA
128 GATGCTAATAAAAAAAATCCTTAATTCAAATGTGGCTAAGATTTCTTTCGATAAATATATAGATA
* * *
3533 TTTCAATGAGTTTTGGCGTC-AAAAATCATGTAAAACTGAGTC-TGGCCCT-GGAATGCGTTTTT
193 TTTCAATGAGTCTTGGCG-CAAAAAATCATGTAAAACTGAG-CGGGGCCCTCGGAACGCGTTTTT
** *
3595 A-T-TCAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAATTTGGAAAAAAAATTAACCCG
256 AGTAAAAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCT-AAAATTTGG-AAAAAAATTAACCCG
3658 AAACATTTCTACTCAATT
319 AAACATTTCTACTCAATT
* *
3676 TTTGGCCACAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTACTCACTC
1 TTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTTCTCACTC
* *
3741 TTCTAATACCATTTTTCCTATTTTTT-CGAATTAATTTCCAATTAAATTGAAACCGGATTGAGAT
66 TTCTAATAACATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACCGGATTGAGAT
3805 GCTAATAAAAAAAATCCTT
131 GCTAATAAAAAAAATCCTT
3824 TATCATAAAA
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 51, Indels: 20
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
332 50 0.12
333 35 0.08
334 9 0.02
335 119 0.28
336 123 0.29
337 4 0.01
338 84 0.20
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (336 bp):
TTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTTCTCACTC
TTCTAATAACATTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACCGGATTGAGAT
GCTAATAAAAAAAATCCTTAATTCAAATGTGGCTAAGATTTCTTTCGATAAATATATAGATATTT
CAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGTAAAACTGAGCGGGGCCCTCGGAACGCGTTTTTAGTAA
AAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTTGGAAAAAAATTAACCCGAAACATT
TCTACTCAATT
Found at i:3898 original size:136 final size:137
Alignment explanation
Indices: 3694--3960 Score: 376
Period size: 136 Copynumber: 2.0 Consensus size: 137
3684 CAATACTCAC
* * * * *
3694 AAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTACTCACTCTTCTAATACCATTTTTCC
1 AAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTACTAACGCATCTAATACCATTTTTCC
* * *
3759 TA-TTTTTT-CGAATTAATTTCCAATTAAATTGAAACCGGATTGAGATGCTAATAAAAAAAATCC
66 TATTTTTTTCCGAATTAATTTCCAATGAAATCGAAACCAGATTGAGATGCTAAT-AAAAAAATCC
3822 TTTATCAT
130 TTTATCAT
* * * *
3830 AAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTTCTAACGCATCTAATATCATTTTTTC
1 AAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTACTAACGCATCTAATACCATTTTTCC
* * *
3895 TATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCAGATTGGGATGCTAGTAAAAAAATCCT
66 TATTTTTTTCCGAATTAATTTCCAATGAAATCGAAACCAGATTGAGATGCTAATAAAAAAATCCT
3960 T
131 T
3961 AATTCCAATG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 15, Indels: 3
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
136 58 0.51
137 18 0.16
138 38 0.33
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (137 bp):
AAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTACTAACGCATCTAATACCATTTTTCC
TATTTTTTTCCGAATTAATTTCCAATGAAATCGAAACCAGATTGAGATGCTAATAAAAAAATCCT
TTATCAT
Found at i:4271 original size:471 final size:471
Alignment explanation
Indices: 3355--4294 Score: 1349
Period size: 471 Copynumber: 2.0 Consensus size: 471
3345 GCCACAATAC
* * * * *** *
3355 TCATAGAAAATATATAATTGAACACAAAAAGGATTGAAGGAGTTCTCGTGCTTCTAATATCATTT
1 TCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTCTAACGCATCTAATATCATTT
* *
3420 TTCATATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGATTGAGTTGCTAGTTAAAAA
66 TTCATATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCAGATTGAGATGCTAGTTAAAAA
* *
3485 AATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGGTATTTCAATGAGTTTTGGC
131 AATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGC
* * * * * * *
3550 GTCAAAAATCATGTAAAACTGAGTCTGGCCCTGGAATGCGTTTTTATTCAAAAATCGTGATGGTT
196 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAATCAAAAATCGTGAAGGTT
* * *
3615 AATACACGATTTCGGCTAAAAATTTGGAAAAAAAATTAACCCGAAACATTTCTACTCAATTTTTG
261 AATACACGAATTCGGCTAAAAATTTGGAAAAAAAATTAACCCAAAAAATTTCTACTCAATTTTTG
* * * *
3680 GCCACAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTACTCACTCTTCT
326 GCCACAATACTCACAAAAAATATATAAGTAAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTACTCACGCTTCT
*
3745 AATACCATTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATTGAAACCGGATTGAGATGCTAA
391 AATACCATTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTAA
3810 TAAAAAAAATCCTTTA
456 TAAAAAAAATCCTTTA
*
3826 TCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTTCTAACGCATCTAATATCATTT
1 TCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTCTAACGCATCTAATATCA-TT
* *
3891 TTTC-TA-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCAGATTGGGATGCTAG-TAAAA
65 TTTCATATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCAGATTGAGATGCTAGTTAAAA
3953 AAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTT-GATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTG
130 AAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTC-TTTCGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTG
4017 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAAT-AAAAATTCGTGAA
194 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGG-CCCCGGAACGCGTTTTTAATCAAAAA-TCGTGAA
* * *
4081 GGTTAGTACACGAATTCGGC-AAAAATTT-G-CAAAAAATTGACCCAAAAAATTTCTACTCAATT
257 GGTTAATACACGAATTCGGCTAAAAATTTGGAAAAAAAATTAACCCAAAAAATTTCTACTCAATT
* * * * *
4143 TTTGGCTATAATACTCA-TAAAAATATATAAGTAAACACAAAAAAATATTGAAGGAGTTCTCACG
322 TTTGGCCACAATACTCACAAAAAATATATAAGTAAACAC-AAAAAAGATTGAAGGAGTACTCACG
* *
4207 CTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTG
386 CTTCTAATACCATTTTTCCTA---TTTTTT-CGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACCGGATTG
* * *
4272 GGATGCTAGTACAAAAAATCCTT
447 AGATGCTAATAAAAAAAATCCTT
4295 AATTCCAATG
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 43, Indels: 18
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
466 18 0.04
467 85 0.20
468 1 0.00
469 103 0.25
470 97 0.23
471 107 0.26
472 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (471 bp):
TCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTCTAACGCATCTAATATCATTT
TTCATATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCAGATTGAGATGCTAGTTAAAAA
AATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGC
GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAATCAAAAATCGTGAAGGTT
AATACACGAATTCGGCTAAAAATTTGGAAAAAAAATTAACCCAAAAAATTTCTACTCAATTTTTG
GCCACAATACTCACAAAAAATATATAAGTAAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTACTCACGCTTCT
AATACCATTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTAA
TAAAAAAAATCCTTTA
Found at i:4441 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 3826--4751 Score: 1352
Period size: 333 Copynumber: 2.8 Consensus size: 332
3816 AAATCCTTTA
* *
3826 TCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTTCTAACGCATCTAATATCATTT
1 TCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTTCTCACGCTTCTAATATCATTT
* * *
3891 TTTCTA-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCAGATTGGGATGCTAGTAAAAAA
66 TTACTATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGGGATGCTAGTAAAAAA
3955 ATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTT-GATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGC
131 ATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTC-TTTCGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGC
* *
4019 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAATAAAAATTCGTGA-AGG
195 GCCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGGG--TCCGGAACGCGTTTTTAATAAAAATTCGTGATA-G
* *
4083 TTAGTACACGAATTCGGCAAAAA-TTTGCAAAAAATTGACCCAAAAAATTTCTACTCAA-TTTTT
257 TTAGTACACGAATTCGGCAAAAATTTTCCAAAAAACTGACCCAAAAAATTTCTACTCAATTTTTT
* *
4146 GGCTATAATAC
322 GGCAACAATAC
* *
4157 TCAT-AAAAATATATAAGTAAACACAAAAAAATATTGAAGGAGTTCTCACGCTTCTAATATCATT
1 TCATAAAAAATATATAACTCAACAC-AAAAAATATTGAAGGAGTTCTCACGCTTCTAATATCATT
*
4221 TTTCCTATTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGGGATGCTAGTACAA
65 TTTACTA-TTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGGGATGCTAGTA-AA
*
4286 AAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGAAATTTCAATGAGTCTTG
128 AAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTG
* *
4351 GCGCCAAAAATCATTAAAAACTGAGTCGGGTGCCGGAACGCGTTTTTAATAAAAATTCGAGATAG
193 GCGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGGGT-CCGGAACGCGTTTTTAATAAAAATTCGTGATAG
* * *
4416 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTCCAAAAACCTGACCCAAAAAATTTCTACTCAATTTTTT
257 TTAGTACACGAATTCGGCAAAAATTTTCCAAAAAACTGACCCAAAAAATTTCTACTCAATTTTTT
*
4481 TGCAACAATAC
322 GGCAACAATAC
* *
4492 TCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTTCTCAAGTTTCTAATATCATTT
1 TCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTTCTCACGCTTCTAATATCATTT
* * * *
4557 TTACTATTTTTTTT-GGAATTAATTTCTACTTAAATCGAAACCGGGTTGAGATGCTAGTAAAAAA
66 TTACTATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGGGATGCTAGT-AAAAA
* * *
4621 AATCCTTAATTCCAATGTGGCTTAGATTT-TGTTC-A-AAATAAAGATATTTCAATGAGTCTTGA
130 AATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCT-TTCGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGG
* * * * *
4683 CACCAAAAATCATTCAAAACTGAGCTGGGGTCGGGAACGCGTTTTTATTCAAAAA-TCGTGATGG
194 CGCCAAAAATCATTCAAAACTGAG-TCGGGTCCGGAACGCGTTTTTAAT-AAAAATTCGTGATAG
4747 TTAGT
257 TTAGT
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 40, Indels: 28
0.89 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
330 18 0.03
331 121 0.22
332 12 0.02
333 180 0.33
334 132 0.24
335 60 0.11
336 18 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (332 bp):
TCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTTCTCACGCTTCTAATATCATTT
TTACTATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGGGATGCTAGTAAAAAA
ATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCG
CCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGGGTCCGGAACGCGTTTTTAATAAAAATTCGTGATAGTTAG
TACACGAATTCGGCAAAAATTTTCCAAAAAACTGACCCAAAAAATTTCTACTCAATTTTTTGGCA
ACAATAC
Found at i:4621 original size:803 final size:806
Alignment explanation
Indices: 3021--4627 Score: 2279
Period size: 803 Copynumber: 2.0 Consensus size: 806
3011 CAGAGTACTA
* * * * *
3021 ATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTTCTCACTCTTCTAATAACATTTTT
1 ATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTCTAACGCATCTAATAACATTTTT
* * *
3086 CCTATTTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAATCGGATTGAGATGCTAATAAAAAAAATC
66 CCTATTTTTTCCGAATTAATTTCCAATGAAATCGAAACCAGATTGAGATGCTAATAAAAAAAATC
* *
3151 CTTAATTCAAATGTGGCTAAGATTTCTTTTGATAAATATATATATATTTCAATGAGTCTTGGCGC
131 CTTAATTCAAATGTGGCTAAGATTTCGTTTGATAAATATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGC
* * * *
3216 AAAAAATCATGTAAAACTGAGCGGGGGCCTCGGAACGCGTTTTTAGTAAAAAAAATCGTGATGGT
196 AAAAAATCATGCAAAACTGAGCGGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAG-AAAAAAAATCGTGAAGGT
* * * * * *
3281 TGGTACACTATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATTTCTACTCAATTTTTGG
260 TAGTACACGAATTCAGCTAAAAATTTGCAAAAAATTGACCCAAAAAATTTCTACTCAATTTTTGG
* * * **
3346 CCACAATACTCATAGAAAATATATAATTGAACACAAAAAGGATTGAAGGAGTTCTCGTGCTTCTA
325 CCACAATACTCATAGAAAATATATAAGTAAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTCTCACGCTTCTA
*
3411 ATATCATTTTTCATATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGATTGAGTTGCT
390 ATATCATTTTTCATATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGATTGAGATGCT
**
3476 AGTTAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGGTATTTCAATG
455 AGTTAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGAAATTTCAATG
* * * * *
3541 AGTTTTGGCGTCAAAAATCATGTAAAACTGAGTCTGGCCCTGGAATGCGTTTTTATTCAAAAATC
520 AGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGTCGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAATCAAAAATC
* * * * *
3606 GTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAATTTGGAAAAAAAATTAACCCGAAACATTTCTACT
585 GAGATAGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAATTTGGAAAAAAAACTAACCCAAAAAATTTCTACT
* * *
3671 CAATTTTTGGCCACAATACTCACAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAATGAGTACT
650 CAATTTTTGGCAACAATACTCACAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTACT
* *
3736 CACTCTTCTAATACCATTTTTCCTATTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATTGAAACCGGATTG
715 CACTCTTCTAATACCATTTTTACTATTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACCGGATTG
3801 AGATGCTAATAAAAAAAATCCTTTATC
780 AGATGCTAATAAAAAAAATCCTTTATC
* *
3828 ATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAAGGAGTTCTAACGCATCTAATATCATTTTT
1 ATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTCTAACGCATCTAATAACATTTTT
* * * *
3893 TCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATGAAATCGAAACCAGATTGGGATGCTAGT-AAAAAAAT
66 CCTA-TTTTTTCCGAATTAATTTCCAATGAAATCGAAACCAGATTGAGATGCTAATAAAAAAAAT
* *
3957 CCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCGTTTGAT-AA-ATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCG
130 CCTTAATTCAAATGTGGCTAAGATTTCGTTTGATAAATATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCG
* * *
4020 CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGACCCCGGAACGCGTTTTTA-ATAAAAATTCGTGAAGG
195 CAAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGAAAAAAAATCGTGAAGG
*
4083 TTAGTACACGAATTCGGC-AAAAATTTGCAAAAAATTGACCCAAAAAATTTCTACTCAATTTTTG
259 TTAGTACACGAATTCAGCTAAAAATTTGCAAAAAATTGACCCAAAAAATTTCTACTCAATTTTTG
* * *
4147 GCTATAATACTCATA-AAAATATATAAGTAAACACAAAAAAATATTGAAGGAGTTCTCACGCTTC
324 GCCACAATACTCATAGAAAATATATAAGTAAACAC-AAAAAAGATTGAAGGAGTTCTCACGCTTC
* * * *
4211 TAATATCATTTTTCCTATTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGGGAT
388 TAATATCATTTTTCATA-TTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGATTGAGAT
4276 GCTAG-TACAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGAAATTTC
452 GCTAGTTA-AAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGAAATTTC
*
4340 AATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT-TAAAAACTGAGTCGGGTGCC-GGAACGCGTTTTTAAT-A
516 AATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGT-AAAACTGAGTCGGG-CCCTGGAACGCGTTTTTAATCA
* *** * *
4402 AAAATTCGAGATAGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAAATTT-TCCAAAAACCTGACCCAAAAAAT
579 AAAA-TCGAGATAGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAATTTGGAAAAAAAACTAACCCAAAAAAT
* * *
4465 TTCTACTCAATTTTTTTGCAACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGAA
643 TTCTACTCAA-TTTTTGGCAACAATACTCACAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAA
* * * * * *
4530 GGAGTTCTCAAGT-TTCTAATATCATTTTTACTATTTTTTTTGGAATTAATTTCTACTTAAATCG
707 GGAGTACTC-ACTCTTCTAATACCATTTTTACTA--TTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCG
* *
4594 AAACCGGGTTGAGATGCTAGTAAAAAAAATCCTT
769 AAACCGGATTGAGATGCTAATAAAAAAAATCCTT
4628 AATTCCAATG
Statistics
Matches: 708, Mismatches: 80, Indels: 27
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
801 42 0.06
802 186 0.26
803 207 0.29
804 59 0.08
805 66 0.09
806 3 0.00
807 100 0.14
808 45 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (806 bp):
ATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTCTAACGCATCTAATAACATTTTT
CCTATTTTTTCCGAATTAATTTCCAATGAAATCGAAACCAGATTGAGATGCTAATAAAAAAAATC
CTTAATTCAAATGTGGCTAAGATTTCGTTTGATAAATATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGC
AAAAAATCATGCAAAACTGAGCGGGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGAAAAAAAATCGTGAAGGTT
AGTACACGAATTCAGCTAAAAATTTGCAAAAAATTGACCCAAAAAATTTCTACTCAATTTTTGGC
CACAATACTCATAGAAAATATATAAGTAAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTCTCACGCTTCTAA
TATCATTTTTCATATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGATTGAGATGCTA
GTTAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAGAAATTTCAATGA
GTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGTCGGGCCCTGGAACGCGTTTTTAATCAAAAATCG
AGATAGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAATTTGGAAAAAAAACTAACCCAAAAAATTTCTACTC
AATTTTTGGCAACAATACTCACAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTACTC
ACTCTTCTAATACCATTTTTACTATTTTTTCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACCGGATTGA
GATGCTAATAAAAAAAATCCTTTATC
Done.