Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010367.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10388, whole genome shotgun sequence
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* * *
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* * *
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*
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1 TGTTTT
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8124 GGGCGTGACA
* * * *
8134 CTCCGTCTCAGTTTTGA-ATGATTTTTAGCGTCGGGACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAAT
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
* * * ** *
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65 CAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * * *
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* * * * *
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259 GTCA-ATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACG
*
8457 CGTTCTAGGG
323 CGTTCCAGGG
* *
8467 CTCCGGCTCAGTTTTG-CATGACTTTTGGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
* * *
8531 CAAATCACAGCCACATTATGTTGAAGGATATGTTTTTACGAATATCTGAATGTTGTTTCGATTTA
65 CAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* *
8596 ATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACAATATTAGAAGCGTCAAAAGCCCTTCAATCTT
130 ATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTT
* * * *
8661 TTCGGCGTTGAATTCTAAA-TTTTTATAAGTGTTATGGTGAAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGT
195 TTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGG-CAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGA
* * * * * * *
8725 GTCAATTTGTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACAATCACGATATTTGACTAAAAACGC
259 GTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGC
8790 G-TCTCAGGG
324 GTTC-CAGGG
*
8799 CTCCGGCTCAGTTTTGA-ATGATTTTTGGCGTCG-G----GCCGAAATATCTATAGTCATCTAAT
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
* * * * * *
8858 CAAATCTCAGCCACATTA-GATTGAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTTAATCTTGTTTCGATTT
65 CAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * * * *
8922 AATTAGCAATTAAATTACAAAAAAAAAGAACAAGGATATTGGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCT
129 AATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCT
* *
8987 TTTTGGCGTTGAATTCTAATTTTTTTATAAGTGTTGTGGC-AAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGA
194 TTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGA
* * * * *
9051 GTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCATGTACTCACCATCACGATATTAGGCTAAAAATGG
259 GTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGC
9116 GTTCCAGGG
324 GTTCCAGGG
* ** *
9125 CTCCGGCTAAGTTTTG-CATGGCTTTTGGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
* *
9189 CAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTTCGAGTATCTGAATCTTGATTCGATTTA
65 CAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
** * * *
9254 ATCAGAAATTAAATTACCAAAAACAAAAATGAACAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGTCTTTCAA
130 ATCAGAAATTAAATTACC--AAA-AAAAA-GAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAA
** * *
9319 TCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTTAAAAATTGATGAAAAATTTCT
191 TCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTT
* * * * * * *
9384 CGGGTTAGTCTTTG-CAAAATCCTAGCTGAAATTGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAA
256 CGAGTCAATTTTTGTAAAAAT-TTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAA
* *
9448 ACGCATTACAGGG
320 ACGCGTTCCAGGG
* * * * * *
9461 CTCCGACTCAGTTTTGA-ATTATTTTTGGCGTC-AGGACTCGCTGAAATATCAATATTTATCTCA
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGA-GACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAA
* * * * * *
9524 TAAAATCTCAGCCACTTTA-GATTTAAAGATATATTTTTACGA-TCATCTGAATCTTGTTTCGAA
64 TCAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTACGAGT-ATCTGAATCTTGTTTCGAT
* * *
9587 TTAATCATAAATTAAATTA-CAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCATTCAAT
127 TTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAAT
* ** * * * *
9651 CTTTTTGTAGTTGAATTATAAAATTTTTATAAGTGTTGTGGCGAAAAATTGAGGAAAAATCTTTC
192 CTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC
* ** * * * * *
9716 GGGGT-AAGTTTTTCCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAACATCACGATATTTGGCCAATA
257 -GAGTCAA-TTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAA
*
9780 ACGCGTTCCGGGG
320 ACGCGTTCCAGGG
* * * **
9793 TTTCGGCTTAGTTTG-CATGATTTTTGGCGTCGAGACTTACCGAAATATCTATATTCATCTAATC
1 CTCCGGCTCAGTTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATC
* * * *
9857 AAATCTCAGCCACATTA-GATTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGTATCTTATTTTGATTTA
66 AAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* * * * * *
9921 ATAACAAATGAAATTA-CAAAAAAAAG-AGAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCATTCAATCTT
130 ATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTT
* * * * * * *
9984 TTTGGCGTCGAATTCTAAATTTTCTATAAGTGTTGTGGCAGAAAATTGAGGAAAGATCTTTCGGG
195 TTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAG
** * * * * * * *
10049 TCTGTTTTTGTAAAACTTTAGCCGAATTCGAGTACT----ATCACGATATTTGGCCAAAAAAGCC
260 TCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCG
**
10110 TTCTGGGG
325 TTCCAGGG
* * *** * *
10118 CTCCGGCTTAGTTATGA-ATGATTTTTGGCGTCGAGACTTGAAAAAATATCTCTAATCATCTAAT
1 CTCCGGCTCAGTT-TGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
* *
10182 CAAATCTCAGCCACATTA-GATTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATTTGAATCTTGTTTCGATTT
65 CAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTT
*** * *
10246 AATCAGAAATTTTTTTA--AAGAAAAATATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCG
129 AATCAGAAATTAAATTACCAA-AAAAA-A--GAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTC-
*
10309 AAAT-TTTT-GGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATC
189 -AATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATT
** * * *
10372 TTTC-AGCTCTGTTTTTGCAAAATTTTAG-TCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGCCT
253 TTTCGAG-TCAATTTTTGTAAAAATTTAGCT-GAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCT
*
10435 AAAAACGCGTTCCGGGG
316 AAAAACGCGTTCCAGGG
** * * * * ** * * *
10452 CTCCTTCTCAATTTCACATGAATTTCGATGTCGAGAGTCGTCGAAATATCGATATTCATCTAATC
1 CTCCGGCTCAGTTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATC
*
10517 AAATCACAACCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
66 AAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
* * * *
10582 TCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACAATATTAGAAGTGTGAAAAGCCCTTCAATCTTT
131 TCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTT
*
10647 TCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGATGAAAAATTTTTCGAGT
196 TCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGT
* * *
10712 CAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTAATAACCATCACTATATTAGGCTAAAAACGCGT
261 CAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGT
10777 TCCAGGG
326 TCCAGGG
* * * *
10784 CTCCGGCTCAGTTTTG-CATGACTTTTGGCGTCAAAATTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
* * * *
10848 CAAATCACAACCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATGTTATTTCAATTTA
65 CAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* * *
10913 ATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTT
130 ATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTT
* * * ** *
10978 TTCGGCATTGGATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTGAAAAATTGTA-GAAAAATTTTTCGT
195 TTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTG-AGGAAAAATTTTTCGA
* * * * *
11042 GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGATATTTGACTAAAAACGC
259 GTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGC
* *
11107 GTTTCAGGA
324 GTTCCAGGG
* *
11116 CTCCGGCTCAGTTTTGA-ATGATTTTTGGCGTCG-GAACTCGTCGTAATATCTATATTCATCTAA
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAG-ACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAA
* *
11179 TCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTT
64 TCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* *
11244 AATCAGAAATTAAATTA-CAGAAAAAGAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGTCATTCAATC
129 AATCAGAAATTAAATTACCA-AAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATC
* *
11308 TTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCG
193 TTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCG
* * * *
11373 AGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAATCATCACGATATTAGGCTAAAATCA
258 AGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACG
11438 CGTTCCAGGG
323 CGTTCCAGGG
* * * * * *
11448 CTTCGGCTCAGTTTTG-CATGACTTTTGGCGTCGA-CCATGGTCGAAATATTTATATTCATCTAA
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGAC-TCGCCGAAATATCTATATTCATCTAA
* * * *
11511 TGAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGCTTTTT-CGAGTATCT-AGATCCTGATTCAAT
64 TCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATG-TTTTTACGAGTATCTGA-ATCTTGTTTCGAT
* ** * *
11574 TTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAACAAAAATTAACAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTT
127 TTAATCAGAAATTAAATTACC--AAA-AAAAA-GAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATT
** *
11639 CAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTTAAAAATTGATGAAAAATT
188 CAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATT
* * * * * * * * * *
11704 TCTCGGGTTAGTCTTTG-CAAAATCCTAGCTGAAATTGTATACTAACCATCATGATATTTGGCTA
253 TTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAAT-TTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTA
*
11768 AAAACGCGTTACAGGG
317 AAAACGCGTTCCAGGG
** * ** * * *
11784 CTCCGATTCAGTTTTGA-ATTATTTTTTACGTCGGGAGTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAAT
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
* * * * * *
11848 CAAATCTCAACCACATTA-GATTGAAGGAT-TTTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTT
65 CAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* *
11911 AATCAGAAATTAAATTACAGAAAAAAAAGAATAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATC
129 AATCAGAAATTAAATTAC-CAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAAT-
* *
11976 CTTTT-GGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGATGAAAAATTTGTC
192 CTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTC
* * *
12040 GAGT-AAGTTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCAGGATATCTGACTAAAAA
257 GAGTCAA-TTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAA
* *
12104 CGCGTTCAAAGG
321 CGCGTTCCAGGG
* * * * * *
12116 CTCCGACTCAGTTTTG-CATGACTTTTGGCGTCGAAACTGGCCGAAATATCTATAGTCTTCTAAT
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
* *
12180 CAAATCACAACCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTCTCGATTTA
65 CAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* * *
12245 ATCAGAAATTAAATTA-CAAAAAAAA-AACAATGATATTAAAAGCGTCAAAAGCAATTCAATCAT
130 ATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATC-T
** ** * *
12308 TTT-GGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTGAAAACCTAAAGAAAAATTTTTACG
194 TTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-CG
* * * * *
12372 AGTAAATTTTCGTAAAAATTTAAGCTGAAATCATGTACTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATC
258 AGTCAATTTTTGTAAAAATTT-AGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAAC
*
12437 TCGTTCCAGGG
322 GCGTTCCAGGG
* * * * * ** * * * * *
12448 CTTCGTCTCAGTGGTG-CAAGACTTTTGATGTCGAAACTCGCCGAAATATATATAAAT-AACTAG
1 CTCCGGCTCAGT-TTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTAT-ATTCATCTAA
* * *
12511 TCACATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTGGTTTCAATTT
64 TCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * * * *
12576 AATTAGAAATTAAAATACCAAAAAAAAAGAACAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATC
129 AATCAGAAATTAAATTACC-AAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATC
* **
12641 TTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGG-TGAAAATTGAGGAAAAATTTTTCG
193 TTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCG
* * * *
12705 TGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACA
258 AGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACG
*
12770 CGTTTCC-GGA
323 CG-TTCCAGGG
* * *
12780 CTCCGGCTCAGTTTTG--ATGATTTTTGGCGTCGGGATTCGCCGAAATATATAT-TGTCATCTAA
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATAT-TCATCTAA
* * * * * * *
12842 TCAAATCTCAGCCACATTA-GATTGATGGATTTGTTTTTAGGAGTATATTAATCTTGTTTCGATT
64 TCAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATT
* *
12906 TAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGTCATTCAATC
128 TAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATC
* * * * * *
12971 TTTTTGGCATTGAATGCTAAATTTATTATAGGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCG
193 TTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCG
* *
13036 AGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTAAAATCGTGTACTAACCATCACTATAGATTGATGGATTTT
258 AGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCAC--------GAT--ATTTG
* *
13101 GTTAAAAACGCGTTTCAGGG
313 GCTAAAAACGCGTTCCAGGG
* *
13121 CTCCGGCTCAGTTTTGA-ATGATTTTTGGCGTCGGGACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAAT
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
* * * * * *
13185 CAAATCTCAGCCACATTA-GATTGATGGATTTGTTTTTACGAGTATATTAATCTTGTTTCGATTT
65 CAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * * *
13249 AATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTACAAGAGTCAAAAGCCATTCAATC
129 AATCAGAAATTAAATTAC-CAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATC
* * *
13314 TTTTTGGCGTTGAATGCTAAA---TTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCG
193 TTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCG
* * ***
13376 AGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTAAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATTA
258 AGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACG
13441 CGTTCCAGGG
323 CGTTCCAGGG
* * * * *
13451 CTCCGGCTCAGTTTTG-CATGAATTTTGGCGTTGAAACTCGCCGAAATATTTATATTCAACTAAT
1 CTCCGGCTCAG-TTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAAT
* * *
13515 CAAATCACAACCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAATATCTTAATC-TGATTTCGATTT
65 CAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTG-TTTCGATTT
13579 AATCAGAAATTAAATTACCAAAA
129 AATCAGAAATTAAATTACCAAAA
13602 GACCTTCAAT
Statistics
Matches: 4430, Mismatches: 588, Indels: 238
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
325 42 0.01
326 230 0.05
327 158 0.04
328 17 0.00
329 40 0.01
330 510 0.12
331 513 0.12
332 1476 0.33
333 332 0.07
334 190 0.04
335 198 0.04
336 414 0.09
339 3 0.00
340 89 0.02
341 32 0.01
342 124 0.03
343 62 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
CTCCGGCTCAGTTTGACATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATC
AAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
TCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTT
TCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGT
CAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGT
TCCAGGG
Found at i:15553 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 13598--18596 Score: 6532
Period size: 333 Copynumber: 15.0 Consensus size: 333
13588 TTAAATTACC
* * * * *
13598 AAAAGACCTTCAATCTTTTCAGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTGAAAACTTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * * * *
13663 AAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAGTCGTGTACTAACCATCGCGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* * * * * * **
13728 ATTTAGCTAAAAACGCGTTTCAGGTCTTCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGAGTCGGGACTCG
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCG
* ** * **
13793 CCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTTAGCCACATCAAATTTAAGGATATGTTTTTACGA
196 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGA
* *
13858 GCT-TCTTAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAAATTA-CAAAAAAAAAGGAACAACGATAT
261 G-TATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAA-GAACAACAATAT
* * *
13921 TATAAACGTC
324 TAGAAGCGTG
* * * * * * *
13931 ACAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * * *
13996 AGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* * * * *
14061 ATTGGGCTAAAAACGCGTTTCAGAGCTCTGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTTGGCGTC-AGAACT
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGA-CTTTTGGCGTCGA-AACT
* * * * * * * * *
14125 CACGGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTA-GATTGATGGATTTATTTTTT
194 CGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTA
* * * *
14189 CGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGATATTAAATTA-CAAAAAAAAAGAACAACGATA
258 CGAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATA
*
14253 TTAGAAGCGTC
323 TTAGAAGCGTG
* * * * *
14264 AAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATAAGT-TCTGTGGCAAAAAATT
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGT-TGTGGTAAAAAATT
* * * * * * *
14328 GAGGAAAAACTTTTCGAGTCAATTTTTGGAAAAATTTAGCTGAAATCGTGAACTAACTATCACGA
65 GAAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGA
* * * * * * *
14393 TATTAGGCTAAAATCGTGTTCCAGGGCTTCGGGGGGTCAGTTTTGCATGACCTTTGGCGTCGAAA
130 TATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGC-TC--CGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAA
* *
14458 ATCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGAATATGTTTTT
192 CTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTT
* * * * *
14523 ACGAGTATCTTAATCTGGTTTCGATTTAATCAGGAATTAAATTACGAAAAAAATAGAGCAACAAT
257 ACGAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAAT
*
14588 ATTAGAACCGTG
322 ATTAGAAGCGTG
* * * *
14600 AAAAACCCTTAAATCTTTTCGGCGTTGAGTTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTTAAAAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
**
14665 TTGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* * *
14730 ATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCG
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCG
* *
14795 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGGCACATTATGTTTAGGGATATGTTTTTACGA
196 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGA
** * *
14860 GTAT-TTGAATCCGGTTTCGATATAATTAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATT
261 GTATCTT-AATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATT
*
14924 ACAAGCGTG
325 AGAAGCGTG
* * *
14933 GAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAAATG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * ** *
14998 AGGAAAAACTTTTCCTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* * **
15063 ATTTGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTAACGTCGAAACTCG
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCG
* *
15128 CCGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGAATATGTTTTTACGA
196 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGA
* * ** *
15193 GTATCTGAATCTGGTTTAAATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAATAACAACAATATTA
261 GTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATTA
15258 GAAGCGTG
326 GAAGCGTG
* * ** * *
15266 AAAAGTCCATCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTACGGTGAATAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * * *
15331 AAGAAAAAATTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAGTCGTGTACTAACCATCGCGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* * * **
15396 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAAGAGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGGGACTC
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTC-AGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTC
* * * * * *
15461 GCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT-TGATTGATGAATTTGTTTTTAC
195 GCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTAC
* * *
15525 GAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAAAGAACAACAAGA
259 GAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC-CAAAAAAAAAGAACAACAATA
*
15590 TTAGAAGCGTC
323 TTAGAAGCGTG
* * * *
15601 AAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTTTTGTGGGAAAAAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * * * *
15666 -AGGAAAATTTTTCGAGTCAAGTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* * * * * * *
15730 ATTTGACTAAAAACGCGTTTCAAGGCTCCGGCTAAGTTTTGAATGATTTTTTGGTGTCGGAACTC
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGA-CTTTTGGCGTCGAAACTC
* * * * * *
15795 GCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCATCCACATTA-GATTGATGGATTTGTTTTTAC
195 GCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTAC
* * * * *
15859 GAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAGTTACAAAAAAAAAAAGAACAACGATA
259 GAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC-CAAAAAAAAAGAACAACAATA
*
15924 TTAGAAGCGTC
323 TTAGAAGCGTG
* * * * * *
15935 AAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTCAATGCTAAA-TTTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * ** * * *
15999 AGGAATAATTTTTTAAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* * * * * ** * *
16064 ATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGGTCAGTTTTGCATGACCTTTGTTGTCTAAAATCG
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCG
*
16129 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTATGA
196 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGA
* * *
16194 GTATCTGAATC-TGCTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTTCCAAAAAAAAAGAGCAACAATATT
261 GTATCTTAATCTTG-TTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATT
16258 AGAAGCGTG
325 AGAAGCGTG
* * * *
16267 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTCTTATAAGTGTTATGGTGAATAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* *
16332 AAGAAAAAATTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
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* * * * * **
16397 ATTTGGCTAAAAACACGTTTCAAGGCTTCGGCTCAGTTTT-TATGATTTTTGGCGTCGGGACTCG
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCG
* * * *
16461 CCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTA-GATTGAAGGATTTGTTTTTACG
196 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTACG
* *
16525 AGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTA-CAAAAAAAAAGAACAACGATATT
260 AGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATT
*
16589 AGAAGCGTC
325 AGAAGCGTG
* * * * * * * *
16598 ACAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTCAATGCTACATTTTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * * * *
16663 AGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATGACGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* *
16728 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGACTTTTTGGCGTCGGAACTC
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGAC-TTTTGGCGTCGAAACTC
* * *
16793 GCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAAATTATGCTTAAGGATATGTTTTTACG
195 GCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACG
* * *
16858 AGTATCTGAATCTGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAGCAACAATATT
260 AGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATT
16923 AGAAGCGTG
325 AGAAGCGTG
* * *
16932 AAAAACCCTTTAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTTAAAAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * * * *
16997 ATGAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTGAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* * * * * * **
17062 ATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGTGCTCCGACTCAGTTTTGCATGACTCTTCACGTCGAAACTCG
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCG
* * * * *
17127 CCGAAATATCTATATTCTTCTAGTCAAATCAAAGCCACATTATGTTTAAGAATAGGTTTTTACGA
196 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGA
* * ** *
17192 GTATCTGAATCTGGTTTAAATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAATAACAATATTA
261 GTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATTA
17257 GAAGTC-TG
326 GAAG-CGTG
* * * *
17265 AAAAGCCCTTTAATCTTTTCGGCGTTGAATTTTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTAAAGAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* *
17330 AAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAACACGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
** * * * ** *
17395 ATTTGGCTAAAAAAACGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTG-ATGATTTTTAGTGTCGGGAGTCG
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCG
* * * *
17459 TCGAAATTATCTAT-TGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTA-GATTGAAGGATTTGTTTTTA
196 CCGAAA-TATCTATAT-TCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGATATGTTTTTA
*
17522 CGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTA-CAAAAAAAAAGAACAACAATA
258 CGAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATA
*
17586 TTAGAAGCGTC
323 TTAGAAGCGTG
* * * * * *
17597 ACAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATGCTAAATTTTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * * *
17662 AGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
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* * * * * *
17727 ATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACCTTTGTGCGTCTAAAATC
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTG-GCGTCGAAACTC
*
17792 GCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTACGTTTAAGGATATGTTTTTACG
195 GCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACG
* *
17857 AGTATCTGAATC-TGCTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAGCAACAATAT
260 AGTATCTTAATCTTG-TTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATAT
17921 TAGAAGCGTG
324 TAGAAGCGTG
* * * *
17931 AAAAACCCTTTAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTAAAGAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * * *
17996 AAGAAAAAATTTTGGTGTCAATTTTTGCAAACTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* ** *
18061 ATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTCACGTTGAAACTCG
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCG
18126 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGA
196 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGA
* * *
18191 GTATCTGAATCTGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACC-AAAAAAAAGAGCAACAATATTA
261 GTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATTA
*
18255 TAAGCGTG
326 GAAGCGTG
* * * *
18263 AAAAACCCTTTAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTCGTTAAAAATTG
1 AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
* * *
18328 ATGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
66 AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
* * * ** *
18393 ATTAGGCTAAAATCGCGTTTCAGTGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTCACGTTGAAACTCG
131 ATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCGAAACTCG
* *
18458 CCGAAATATCTATATTCATCTAGTCAAATCACAGCCACATTTTGTTTAAGGATATGTTTTTACGA
196 CCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATATGTTTTTACGA
* * * ** *
18523 GTCTCTGAATCTGGTTTAAATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAATAACAATATTA
261 GTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATTA
18588 GAAGCGTG
326 GAAGCGTG
18596 A
1 A
18597 TCGAGCTCAA
Statistics
Matches: 4114, Mismatches: 510, Indels: 84
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (333 bp):
AAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAAAAATTG
AAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGAT
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GTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATTA
GAAGCGTG
Found at i:20180 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 20162--20196 Score: 70
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20175 TTTGCTTTATTAA
1 TTTGCTTTATTAA
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1 TTTGCTTTA
20197 GATTTAGATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 22 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.09, G:0.09, T:0.63
Consensus pattern (13 bp):
TTTGCTTTATTAA
Found at i:21114 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 20424--22516 Score: 2874
Period size: 333 Copynumber: 6.3 Consensus size: 332
20414 GACTCGATCA
* * *
20424 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCAGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTGA
1 AAGCGTGAAAAG-CCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAA
* *
20489 AGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGAC-GAAATCGTGTACTAACC
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* * * * * *
20553 ATCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCTGGCTCAGTTTTG-ATGATTTTTAGCGTC
129 ATCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTC
** * * * *
20617 GGGACTTGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATAAGATTGAAGGATTTGT
194 GAAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTAGATTGAAGGATATGT
*
20682 TTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAGCAA
259 TTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAA
20747 CAATATTAG
324 CAATATTAG
* *
20756 AAGCGTCACAAGCCATTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAA
1 AAGCGTGAAAAGCC-TTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAA
*
20821 AAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCA
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20886 TCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCG
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* *
20951 AAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATATTGAAGGATATGTT
195 AAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTAGATTGAAGGATATGTT
* *
21016 TTTACGAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAATAAC
260 TTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAAC
21081 AATATTAG
325 AATATTAG
* *
21089 AAGCCTGAAAAGTCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTAA
1 AAGCGTGAAAAG-CCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAA
* * * *
21154 AGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCA
65 AAAATTGAAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCA
* * * * *
21219 TCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGTCG
130 TCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCG
** * * * * *
21284 GGACTCGCCGAAATATCTATAGTAATCTACTCAAATCTCAGCCACATTAGATTGAAGGTTTTGTT
195 AAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTAGATTGAAGGATATGTT
* * *
21349 TTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAAATTA-CAAAAAAAAGGAACAAT
260 TTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAAC
*
21413 GATATTAG
325 AATATTAG
* * * * *
21421 AAGCGTCACAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAA-TTTTTATAAGTTTTGTGGCAA
1 AAGCGTGAAAAGCC-TTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAA
* * * *
21485 AAAATTGAGGAAAAATTTTCCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCA
65 AAAATTGAAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCA
* * * *
21550 TCACGATATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGGTCAGTTTTGCATGACCTTTGGCGTCT
130 TCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGTCG
* * *
21615 AAAATCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTACG-TTTAAGGATATGT
195 AAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTA-GATTGAAGGATATGT
* * *
21679 TTTTACGAGTATCTGAATC-TGCTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACC-AAAAAAAAGAGCA
259 TTTTACGAGCATCTTAATCTTG-TTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACA
21742 ACAATATTAG
323 ACAATATTAG
* *
21752 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTTA
1 AAGCGTG-AAAAGCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAA
* * * * *
21817 AAAATTGATGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCA
65 AAAATTGAAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCA
* * * * * *
21882 TCACGATATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCTGACTTAGTTTTGAATGATTTTTTGGCGTC
130 TCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGA-CTTTTGGCGTC
* * * * *
21947 GGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCTACATTAGATTGATGGATTTGT
194 GAAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTAGATTGAAGGATATGT
* * *
22012 TTTTACGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAAGCACAA
259 TTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAA
*
22077 CGATATTAG
324 CAATATTAG
* * * * **
22086 AAGCGTCAAAAGCCATTCAATCGTTTT-GGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATAAGTTTTGTGGCC
1 AAGCGTGAAAAGCC-TTCAATC-TTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTA
* * *
22150 AAAAATT-AAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAACTGAAATCGTGTACTAAC
64 AAAAATTGAA-GAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAAC
* * * * **
22214 CATCACGATATTAGCCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGACTCAGTTTTGCATGACTCTTCACGT
128 CATCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGCGT
* * * * * * *
22279 CGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCTTCTAGTCAAATCAAAGCCACATTATG-TTTAAGAATAG
193 CGAAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTA-GATTGAAGGATAT
* * * ** * *
22343 GTTTTTACGAGTATCTGAATCTGGTTTAAATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAATAAT
257 GTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAAC
22408 AACAATATTAG
322 AACAATATTAG
** * *
22419 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTCCTTATAAGTGTTATGGTGA
1 AAGCGTGAAAAG-CCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAA
* * *
22484 ATAATTGAAGAAAAAATTTTCGTGTCAATTTTT
65 AAAATTGAAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTT
Statistics
Matches: 1553, Mismatches: 187, Indels: 41
0.87 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
330 2 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
AAGCGTGAAAAGCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTAAA
AAATTGAAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCAT
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AACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTAGATTGAAGGATATGTTT
TTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACA
ATATTAG
Found at i:21727 original size:664 final size:663
Alignment explanation
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Period size: 664 Copynumber: 3.1 Consensus size: 663
20414 GACTCGATCA
* *
20424 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCAGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTGA
1 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTAA
*
20489 AGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACCA
66 AGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
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131 TCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCTGGCTCAGTTTTGATGATTTTTAGCGTCGG
* *
20619 GACTTGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATAAGATTGAAGGATTTGTTT
196 GACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTGAAGGATTTGTTT
* *
20684 TTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAGCAACA
261 TTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTA-CAAAAAAAAAGAACAACG
* *
20749 ATATTAGAAGCGTCACAAGCCATTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTT
325 ATATTAGAAGCGTCACAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTTTT
* * *
20814 GTGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTA
390 GTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTA
* *
20879 CTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTT
455 CTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACCTTT
* *
20944 GGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATATTGAAGG
520 GGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGG
*
21009 ATATGTTTTTACGAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAA
585 ATATGTTTTTACGAGTATCTGAATC-TGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAA
21074 GAATAACAATATTAG
649 GAATAACAATATTAG
* *
21089 AAGCCTGAAAAGTCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTAA
1 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTAA
*
21154 AGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCA
66 AGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
*
21219 TCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGTCG
131 TCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCTGGCTCAGTTTTG-ATGATTTTTAGCGTCG
* * *
21284 GGACTCGCCGAAATATCTATAGTAATCTACTCAAATCTCAGCCACATTAGATTGAAGGTTTTGTT
195 GGACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTGAAGGATTTGTT
* * *
21349 TTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAAATTACAAAAAAAAGGAACAATG
260 TTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAACAACG
21414 ATATTAGAAGCGTCACAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAA-TTTTTATAAGTTTT
325 ATATTAGAAGCGTCACAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTTTT
*
21478 GTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTA
390 GTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTA
*
21543 CTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGGTCAGTTTTGCATGACCTTT
455 CTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACCTTT
* * *
21608 GGCGTCTAAAATCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTACGTTTAAGG
520 GGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGG
21673 ATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTGCTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACC-AAAAAAAA
585 ATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTG-TTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAA
**
21737 GAGCAACAATATTAG
649 GAATAACAATATTAG
* *
21752 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGTGGTTA
1 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGG-TA
* * * *
21817 AA-AATTGATGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACCGAAATCGTGTACTAACC
65 AAGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * * * * *
21881 ATCACGATATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCTGACTTAGTTTTGAATGATTTTTTGGCGT
130 ATCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCTGGCTCAGTTTTG-ATGA-TTTTTAGCGT
* * *
21946 CGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCTACATTAGATTGATGGATTTG
193 CGGGACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTGAAGGATTTG
* *
22011 TTTTTACGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAAGCACA
258 TTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC-AAAAAAAAAGAACA
* * * *
22076 ACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCGTTTTGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATAAGT
322 ACGATATTAGAAGCGTCACAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGT
* * *
22141 TTTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAACTGAAATCGT
387 TTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGT
* *
22206 GTACTAACCATCACGATATTAGCCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGACTCAGTTTTGCATGA-C
452 GTACTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACC
** * * *
22270 TCTTCACGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCTTCTAGTCAAATCAAAGCCACATTATGTTT
517 T-TTGGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTT
* * **
22335 AAGAATAGGTTTTTACGAGTATCTGAATCTGGTTTAAATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAA
581 AAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGAATCT-GTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAA
*
22400 AAAATAATAACAATATTAG
645 AAAAGAATAACAATATTAG
** *
22419 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTCCTTATAAGTGTTATGGTGA
1 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTAA
* *
22484 ATAATTGAAGAAAAAATTTTCGTGTCAATTTTT
66 AGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTT
Statistics
Matches: 1321, Mismatches: 97, Indels: 18
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
663 184 0.14
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665 296 0.22
666 366 0.28
667 107 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (663 bp):
AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTAA
AGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
TCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCTGGCTCAGTTTTGATGATTTTTAGCGTCGG
GACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTGAAGGATTTGTTT
TTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAACAACGA
TATTAGAAGCGTCACAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTTTTG
TGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCGTGTAC
TAACCATCACGATATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACCTTTG
GCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGA
TATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGA
ATAACAATATTAG
Found at i:22378 original size:997 final size:996
Alignment explanation
Indices: 20424--22516 Score: 2957
Period size: 997 Copynumber: 2.1 Consensus size: 996
20414 GACTCGATCA
*
20424 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCAGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTATGGTGA
1 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAA-TTTTTATAAGTGTTATGGTGA
* * *
20489 AGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACCA
65 AAAATTGAGGAAAAA-TTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTGTACTAACCA
* * * ** *
20554 TCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCTGGCTCAGTTTTGATGATTTTTAGCGTCGG
129 TCACGATATTAGGCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGATGACCTTTAGCGTCGA
* * * * *
20619 GACTTGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATAAGATTGAAGGATTTGTTT
194 AAATCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATAAGATTGAAGGATATGTTT
*
20684 TTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAGCAACA
259 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAGCAACA
* *
20749 ATATTAGAAGCGTCACAAGCCATTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTT
324 ATATTAGAAGCGTCAAAAACCATTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTT
* * *
20814 GTGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTA
389 GTGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACCGAAATCGTGTA
* *
20879 CTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTT
454 CTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGACTCAGTTTTGAATGACTTTT
* *
20944 GGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATATTGAAGG
519 GGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTAGATTGAAGG
* * *
21009 ATATGTTTTTACGAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAA
584 ATATGTTTTTACGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAA
* * * *
21074 GAATAACAATATTAGAAGCCTGAAAAGTCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTA
649 GAACAACAATATTAGAAGCCTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTCGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTA
* * * *
21139 TAAGTGTTATGGTAAAGAATTGAAGAAAAATTTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
714 TAAGTGTTATGGCAAAGAATTGAAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAAATTTAACCGAA
* * * * *
21204 ATCGTGTATTAACCATCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCA
779 ATCGTGTACTAACCATCACGATATTAGCCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGACTCAGTTTTGCA
* * ** **
21269 TGATTTTTAGCGTCGGGACTCGCCGAAATATCTATAGTAATCTACTCAAATCTCAGCCACATTAG
844 TGATCTTCAGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATAGTAATCTACTCAAATCAAAGCCACATTAG
** ** * * **
21334 ATTGAAGGTTTTGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAAATTA-CA
909 ATTGAAGAATAGGTTTTTACGAGCATCTGAATCTGGTTTAAATTTAATAAGAAATTAAATTACCA
* **
21398 AAAAAAAGGAACAATGATATTAG
974 AAAAAAAAGAACAACAATATTAG
* * * * * * **
21421 AAGCGTCACAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTATAAGTTTTGTGGCAAA
1 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTATAAGTGTTATGGTGAA
* *
21486 AAATTGAGGAAAAATTTTCCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAG-CTGAAATCGTGTACTAACCA
66 AAATTGAGGAAAAATTTT-CGTGTCAATTTTTGCAAAAATTTAGAC-GAAATCGTGTACTAACCA
* * * * *
21550 TCACGATATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGGGTCAGTTTTGCATGACCTTTGGCGTCT
129 TCACGATATTAGGCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTG-ATGACCTTTAGCGTCG
* * *
21615 AAAATCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTACG-TTTAAGGATATGT
193 AAAATCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACA-TAAGATTGAAGGATATGT
*
21679 TTTTACGAGTATCTGAATC-TGCTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACC-AAAAAAAAGAGCA
257 TTTTACGAGCATCTGAATCTTG-TTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAGCA
* *
21742 ACAATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGT
321 ACAATATTAGAAGCGTCAAAAACCATTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGT
* * *
21807 GTTGTGGTTAAAAATTGATGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACCGAAATCGT
386 GTTGTGGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACCGAAATCGT
* * * *
21872 GTACTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCTGACTTAGTTTTGAATGATT
451 GTACTAACCATCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGACTCAGTTTTGAATGA-C
* * *
21937 TTTTGGCGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCTACATTAGATTG
515 TTTTGGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTAGATTG
* *
22002 ATGGATTTGTTTTTACGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAA
580 AAGGATATGTTTTTACGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAA
* * *
22067 AAAAGCACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAG-CCATTCAATCGTTTT-GGCGTTCAATGCTAAAT
645 AAAAGAACAACAATATTAGAAGCCTCAAAAGTCC-TTCAATC-TTTTCGGCGTTCAATGCTAAAT
* * *
22130 TTTTTATAAGTTTTGTGGCCAAA-AATT-AAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATT
708 TTTTTATAAGTGTTATGG-CAAAGAATTGAA-GAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAAATT
* * *
22193 TAACTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTAGCCTAAAATCGCGTTCCAGGGCTCCGACTCA
771 TAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATATTAGCCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGACTCA
* ** *
22258 GTTTTGCATGACTCTTCA-CGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCTTCTAGTCAAATCAAAG
836 GTTTTGCATGA-TCTTCAGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATAGTAATCTACTCAAATCAAAG
* * *
22322 CCACATTATG-TTTAAGAATAGGTTTTTACGAGTATCTGAATCTGGTTTAAATTTAATCAGAAAT
900 CCACATTA-GATTGAAGAATAGGTTTTTACGAGCATCTGAATCTGGTTTAAATTTAATAAGAAAT
* *
22386 TAAATTACCAAAAAAAAATAATAACAATATTAG
964 TAAATTACCAAAAAAAAAGAACAACAATATTAG
*
22419 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTCCTTATAAGTGTTATGGTGA
1 AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATT-TTTATAAGTGTTATGGTGA
* *
22484 ATAATTGAAGAAAAAATTTTCGTGTCAATTTTT
65 AAAATTG-AGGAAAAATTTTCGTGTCAATTTTT
Statistics
Matches: 960, Mismatches: 121, Indels: 28
0.87 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
995 5 0.01
996 309 0.32
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999 32 0.03
1000 11 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (996 bp):
AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTATAAGTGTTATGGTGAA
AAATTGAGGAAAAATTTTCGTGTCAATTTTTGCAAAAATTTAGACGAAATCGTGTACTAACCATC
ACGATATTAGGCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGATGACCTTTAGCGTCGAAA
ATCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATAAGATTGAAGGATATGTTTTT
ACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAAGAGCAACAAT
ATTAGAAGCGTCAAAAACCATTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAGTGTTGT
GGTAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAACTTTAACCGAAATCGTGTACT
AACCATCACGATATTAGGCTAAAATCACGTTCCAGGGCTCCGACTCAGTTTTGAATGACTTTTGG
CGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTAGATTGAAGGAT
ATGTTTTTACGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAAGA
ACAACAATATTAGAAGCCTCAAAAGTCCTTCAATCTTTTCGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATA
AGTGTTATGGCAAAGAATTGAAGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAAATTTAACCGAAAT
CGTGTACTAACCATCACGATATTAGCCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGACTCAGTTTTGCATG
ATCTTCAGCGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATAGTAATCTACTCAAATCAAAGCCACATTAGAT
TGAAGAATAGGTTTTTACGAGCATCTGAATCTGGTTTAAATTTAATAAGAAATTAAATTACCAAA
AAAAAAGAACAACAATATTAG
Done.