Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010368.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10389, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3773
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Found at i:804 original size:334 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--2850 Score: 3943
Period size: 333 Copynumber: 8.6 Consensus size: 332
* * **
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTCAC
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * *
66 GTTGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATG-TTTAAGGAT
66 GTCGGAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTA-GATTTAAGGAT
* * * * *
130 ATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAG
130 ATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAA
* * *
195 CAACAATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATAA
195 CAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAA
*
260 GTTTTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAAT
260 GTTTTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAAT
325 CGTGTACTA
324 CGTGTACTA
* * * * * *
334 ACCATCACGATATTAGGCTAATATCGCGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGT
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * *
399 GTCGAAACTCGCCGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATG-TTTAAGGAT
66 GTCGGAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTA-GATTTAAGGAT
* *
463 ATGTTTTTACGAGTATCTTAATCTGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAAGA
130 ATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC-AAAAAAAAAGA
* *
528 ACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATA
194 ACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATA
*
593 AGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAGTTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAAT
259 AGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAAT
658 CGTGTACTA
324 CGTGTACTA
*
667 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTTGG
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGG
* * *
732 CGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTGATGGAT
65 CGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGAT
* *
797 TTGTTTTTACGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAAGA
130 ATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC-AAAAAAAAAGA
* *
862 ACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATA
194 ACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATA
927 AGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAAT
259 AGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAAT
992 CGTGTACTA
324 CGTGTACTA
* * *
1001 ACCATCACGATATTTGGCTAAAATCGCGTTTTAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTTGG
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGG
* * *
1066 CGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTGATGGAT
65 CGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGAT
* *
1131 TTGTTTTTACGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAA
130 ATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAA
1196 CAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAA
195 CAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAA
1261 GTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATC
260 GTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATC
1326 GTGTACTA
325 GTGTACTA
* * ** * * **
1334 ACCATCACGATATTAGGCTAAAATCATGTTCCACGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACCTTTGGC
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * *
1399 GTCGAAACTCGCCGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATG-TTTAAGGAT
66 GTCGGAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTA-GATTTAAGGAT
* *
1463 ATGTTTTTACGAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAA
130 ATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAA
* ** * * *
1528 CCATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAA
195 CAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAA
* * ** * * * * * *
1593 GTGTTATGGTGAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAG-TCGAAGT
260 GTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCT-GAAAT
1657 CGTGTACTA
324 CGTGTACTA
* * * * *
1666 ACCATCGCGATATTTAGCTAAAAACGCGTTTCACGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGT
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * *
1731 GTCGGGACTCACCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACCTTAAATTTAAGGATA
66 GTCGGAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATA
1796 TGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC--AAAAAAA-AAC
131 TGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAAC
* *
1858 AACGATATTAGAAGCGTCACAAGCCATTCAAACTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAG
196 AACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAG
* * *
1923 TTTTGTGGCAAAAAAATGAGGAAAAAAATTTTCGAATCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATC
261 TTTTGTGGCAAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATC
*
1988 ATGTACTA
325 GTGTACTA
* * * *
1996 ACCATCACGATATTAGGCTAAAAACGCGTTCCAGGACTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGC
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * *
2061 GTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATG-TTTAAGGAT
66 GTCGGAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTA-GATTTAAGGAT
* * * * * *
2125 ATGTTCTTACGTGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCGGAAATTAAATAACAAAAAAAAAGAA
130 ATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAA
* * * ** *
2190 CAACAATATTACAAGCGTGAAAAGTCC-TTCAATCTTTCCGGCTTTGAATTCTAAATTTTTTATA
195 CAACGATATTAGAAGCGTCAAAAG-CCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATA
* * ** * * * * * * *
2254 TGTGTTGTGGTTAAAAATTGACGAAAATTTTTTTGA--CAAATTTTGCAAAATTTTAGC-CAAAG
259 AGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAA-
2316 TCGTGTACTA
323 TCGTGTACTA
* * *
2326 ACTAACTATCACGATATTTAGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTT
1 AC---C-ATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * *
2391 TTGTGTCGGGACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAG
62 TGGCGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAG
*
2456 GATATGTTTTTACGAGAATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAA
127 GATATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC-AAAAAAAA
* *
2521 AGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCATTGAATTCTAAATTCTTT
191 AGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTT
* * ** * * * *
2586 ATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTCAGGAAAAACCTTTCGGGTCACTTTTTGCAAAATTTTAG-TCG
256 ATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCT-G
* * *
2650 AAATGGAGTACGTT
320 AAATCGTGTAC-TA
* * * *** *
2664 A-CATCACAATATTTGGCCAAAAACGCGTTTCGGGGC-CAAAACTCAATTTTGCATGATTTTTGG
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * * *
2727 CATC-GAGACTCGCTGAAATATCTATATTCATCTAATGAAATCTCAACCACATTAGATTTAAGGA
65 CGTCGGA-ACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGA
* * * *
2791 TATCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTC-GAACTTAAATTACAAAAAA
129 TATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAA-TCAGAAATTAAATTACAAAAAA
2851 GAAACAAAAA
Statistics
Matches: 2259, Mismatches: 229, Indels: 59
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
329 78 0.03
330 235 0.10
331 2 0.00
332 427 0.19
333 707 0.31
334 689 0.31
335 92 0.04
337 24 0.01
338 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
GTCGGAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTTAAGGATA
TGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAAC
AACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAG
TTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATCG
TGTACTA
Found at i:1344 original size:667 final size:665
Alignment explanation
Indices: 1--2850 Score: 4107
Period size: 667 Copynumber: 4.3 Consensus size: 665
* **
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTCAC
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGC
* *
66 GTTGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAGCCACATTATGTTTAAGGATA
66 GTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATGTTTAAGGATA
* * *
131 TGTTTTTACGAGTATCTGAATCTGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAGC
131 TGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAAC
*
196 AACAATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATAAG
196 AACAATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTCGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATAAG
* * *
261 TTTTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAAATTTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAATC
261 TGTTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAAATTTAGCTGAAATC
* * * *
326 GTGTACTAACCATCACGATA-TTAGGCTAATATCGCGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATG
325 GTGTACTAACCATCACGATATTTA-GCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATG
* * * * * *
390 ACTTTTGGTGTCGAAACTCGCCGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATG-
389 ATTTTTGGTGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTA-GA
* *
454 TTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTTAATCTGGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAA
453 TTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAA
* *
519 AAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTCAATGCTAAA
518 AAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAA
*
584 TTTTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAGTTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTT
583 TTTTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTT
649 AGCTGAAATCGTGTACTA
648 AGCTGAAATCGTGTACTA
* *
667 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTTGG
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGA-CTTTTGG
* * * * * *
732 CGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTA-GATTGATGGA
65 CGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATG-TTTAAGGA
* * * *
796 TTTGTTTTTACGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAAG
129 TATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC-AAAAAAAAAG
* *
861 AACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTAT
193 AACAACAATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTCGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTAT
* *
926 AAGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGCTGAAA
258 AAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAAATTTAGCTGAAA
* * *
991 TCGTGTACTAACCATCACGATATTTGGCTAAAATCGCGTTTTAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGAAT
323 TCGTGTACTAACCATCACGATATTTAGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGAAT
*
1056 GATTTTTTGGCGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAG
388 GA-TTTTTGGTGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAG
* * * *
1121 ATTGATGGATTTGTTTTTACGAGCATATTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC-A
452 ATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAA
1185 AAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAA
517 AAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAA
1250 ATTTTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATT
582 ATTTTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATT
1315 TAGCTGAAATCGTGTACTA
647 TAGCTGAAATCGTGTACTA
* * ** * * *
1334 ACCATCACGATATTAGGCTAAAATCATGTTCCACGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACCTTTGGC
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGC
*
1399 GTCGAAACTCGCCGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATGTTTAAGGATA
66 GTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATGTTTAAGGATA
* *
1464 TGTTTTTACGAGTATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACCAAAAAAAAGAAC
131 TGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAAC
* * * * * *
1529 CATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTCTAAATTTTTTATAAG
196 AACAATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTCGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATAAG
* ** * * * * *
1594 TGTTATGGTGAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAG-TCGAAGTC
261 TGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAAATTTAGCT-GAAATC
* *
1658 GTGTACTAACCATCGCGATATTTAGCTAAAAACGCGTTTCACGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGA
325 GTGTACTAACCATCACGATATTTAGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGA
* * * *
1723 TTTTTGGTGTCGGGACTCACCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACCTTAAATT
390 TTTTTGGTGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATT
1788 TAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC---AA
455 TAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAA
* *
1850 AAAAA-AACAACGATATTAGAAGCGTCACAAGCCATTCAAACTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATT
520 AAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATT
* * *
1914 TTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAAATGAGGAAAAAAATTTTCGAATCAATTTTTGTAAAAATTTA
585 TTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGG-AAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTA
*
1979 GCTGAAATCATGTACTA
649 GCTGAAATCGTGTACTA
* * *
1996 ACCATCACGATATTAGGCTAAAAACGCGTTCCAGGACTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGC
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGC
2061 GTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATGTTTAAGGATA
66 GTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATGTTTAAGGATA
* * * *
2126 TGTTCTTACGTGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCGGAAATTAAATAACAAAAAAAAAGAAC
131 TGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAAC
* * * * * * *
2191 AACAATATTACAAGCGTGAAAAGTCC-TTCAATCTTTCCGGCTTTGAATTCTAAATTTTTTATAT
196 AACAATATTAGAAGCGTCAAAAG-CCATTCAATCTTTTCGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATAA
** * * * * * *
2255 GTGTTGTGGTTAAAAATTGACGAAAATTTTTTTGA--CAAATTTTGCAAAATTTTAGC-CAAAGT
260 GTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAAATTTAGCTGAAA-T
*
2317 CGTGTACTAACTAACTATCACGATATTTAGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTTAGTTTTG
324 CGTGTACTAAC---C-ATCACGATATTTAGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTG
* *
2382 AATGATTTTTTGTGTCGGGACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT
385 AATGATTTTTGGTGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATT
*
2447 AGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC
450 AGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTAC
*
2512 AAAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCATTGAATTCT
515 AAAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCT
* * * ** * * * *
2577 AAATTCTTTATAAGTGTTGTGGCAAAAAATTCAGGAAAAACCTTTCGGGTCACTTTTTGCAAAAT
580 AAATTTTTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAA
* * *
2642 TTTAG-TCGAAATGGAGTACGTT
645 TTTAGCT-GAAATCGTGTAC-TA
* * * *** * *
2664 A-CATCACAATATTTGGCCAAAAACGCGTTTCGGGGC-CAAAACTCAATTTTGCATGATTTTTGG
1 ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTC-CGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGG
* * * * *
2727 CATCGAGACTCGCTGAAATATCTATATTCATCTAATGAAATCTCAACCACATTA-GATTTAAGGA
65 CGTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATG-TTTAAGGA
* * * *
2791 TATCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTC-GAACTTAAATTACAAAAAA
129 TATGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA-TCAGAAATTAAATTACAAAAAA
2851 GAAACAAAAA
Statistics
Matches: 1982, Mismatches: 177, Indels: 49
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
659 2 0.00
660 30 0.02
661 86 0.04
662 321 0.16
663 3 0.00
664 288 0.15
665 181 0.09
666 170 0.09
667 619 0.31
668 282 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (665 bp):
ACCATCACGATATTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGACTTTTGGC
GTCGAAACTCGCCGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCACAACCACATTATGTTTAAGGATA
TGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAAAAAGAAC
AACAATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTCGGCGTTCAATGCTAAATTTTTTATAAG
TGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAAATTTAGCTGAAATCG
TGTACTAACCATCACGATATTTAGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGAATGAT
TTTTGGTGTCGGAACTCGCCGAAATATCTATAGTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTAGATTT
AAGGATATGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAAATTACAAAAAA
AAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTCAAAAGCCATTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTCTAAATTT
TTTATAAGTTTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGAGTCAATTTTTGTAAAAATTTAGC
TGAAATCGTGTACTA
Found at i:3657 original size:245 final size:246
Alignment explanation
Indices: 3307--3752 Score: 619
Period size: 245 Copynumber: 1.8 Consensus size: 246
3297 TCTAGCTCAG
* * * *
3307 TTTTGAATTATTTTTGGCGTCGGGACTCGCTGAAATATCTATAGTTATCTAATAAAATCTTAGCC
1 TTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCTGAAATATCTATAGTTACCTAATAAAATCTCAGCC
* * * *
3372 ACTTTAGATTTAAGTATATATTTTTACGAGAATCTGAATCTTATTTTGAATTAATTAGAAATTAA
66 ACATTACATTTAAGGATATATTTTTACGAGAATCTGAATCTTATTTCGAATTAATTAGAAATTAA
* * * * *
3437 ATTAC-AAAAAAAAGAACAACGATTTTAGAAGTATGAAAAGCCATTCAATCTTTTTGTAGTTGAA
131 AATACAAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCATTCAATATTTTTGGAGTTGAA
3501 TTCTAACCATCACAATATTTAGCTAAAACGCCTTCCGGGGCCCCGACTTAA
196 TTCTAACCATCACAATATTTAGCTAAAACGCCTTCCGGGGCCCCGACTTAA
* * *
3552 TTTTGCATGATTTTTTGCGTCGAGACTC-CATGAAATATCTATA-TTCACCTAATCAAATCTCAG
1 TTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGC-TGAAATATCTATAGTT-ACCTAATAAAATCTCAG
* * * * * *
3615 TCACATTACATTTAAGGATATATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAGTTAGAAATT
64 CCACATTACATTTAAGGATATATTTTTACGAGAATCTGAATCTTATTTCGAATTAATTAGAAATT
* * * *
3680 AAAATACAAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGTTT
129 AAAATACAAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCATTCAATATTTTTGGAGTTG
3745 AATTCTAA
194 AATTCTAA
3753 ATTTTTTATA
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 26, Indels: 5
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
244 3 0.02
245 112 0.65
246 57 0.33
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (246 bp):
TTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCGCTGAAATATCTATAGTTACCTAATAAAATCTCAGCC
ACATTACATTTAAGGATATATTTTTACGAGAATCTGAATCTTATTTCGAATTAATTAGAAATTAA
AATACAAAAAAAAAGAACAACGATATTAGAAGCATGAAAAGCCATTCAATATTTTTGGAGTTGAA
TTCTAACCATCACAATATTTAGCTAAAACGCCTTCCGGGGCCCCGACTTAA
Done.