Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010392.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10413, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:2491 original size:664 final size:665
Alignment explanation
Indices: 837--5107 Score: 4427
Period size: 664 Copynumber: 6.5 Consensus size: 665
827 AAGACCCCGA
* * *** * * * *
837 TTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCGATTACACTCCTTGAAATACCTATATTCTTCTAACCAAATCT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * * * * * *
902 TAGTAACA-T-TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCT-TGTTTCGATTTACTTA
66 CA--ACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAAT-TATGTGTCGATTTAATGA
* * ** *
964 GAAATTAATTCGGAAAAA-ATAAGGAAAA-CAATATTAGAAGCATGAAAAGCCTTTCAATCTTTT
128 GAAATTAATTCGGAAAAATAT-AGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATATTTT
** * * * * *
1027 TGGTGTTGAATTATATA-TTTTAATGAGTATTTTGGCCGAAAAGTGAT-AAAGTAAACTTCCATT
192 TGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTG-TGGAA--AAA-TT---TT
** * * * * * *
1090 CCAGCTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACGT---TATCACAGTTTTTAGCTAAA
250 -TGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* * * ** * * * *
1152 AACGCGTTTCAGGAT-C-CCGGTTCAGTTTTGTATTCTTTTTTG-AGCATAGACACATTTAGATA
313 AATGCG-TTCCGG-TGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGGCA-AGACTCATTGAAATA
* * * * * * * * *
1214 TCTATATTAATCTAACCAAAACTTAGTCACATTAT-GATTTAAGGATTTGCTTTTACAAGCATCT
375 TCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-AC-CACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCA
* * * * *
1278 GAATCTTGT-TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGCACAAT-GATATTAGAAA
438 GAATCATGTGTT-GATTTAATGAGAAATTAATTCAGAAAAATAT-AGGAAAATCGATATTAG-AA
* * * * * * * * *
1341 C-GTG-AAAACCTCTTCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATA-TTTTAATGTGTATTTTAGCCAA
500 CTTTGAAAAACC-CATCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAA
** * ** * * * *
1403 AAATTAAGGAAAAAAAATCTTTAAGTTCAATTTTTGCAAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAAT
564 AAATTGTGG---AAAAATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAAC
** * * *
1468 CATCATTGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCAGG-G-TCCCG
626 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCC-GGTGCTCCGG
* * * * *
1507 TCTAAGTTTTGTATGATTTTTT-----AAG---CA-T---AGA-CT-CATTCATCTAACCAAATT
1 T-TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * ** * *
1558 TCAGTAACA-T-TAGATTTAAGGATTTTTTTTTG-TGAGCATCTA-AATCT-TGTTTCGATTT-A
65 TCA--ACCACTATGGATTTAAGGA-TTTGATTTGACGAGCATC-AGAAT-TATGTGTCGATTTAA
* * * * * **
1617 TTAAAAATTAATTCAGGGAAAA-A-AGGAAGAAT-GATATTAGAAG-ATGAAAAGCCCTTCAACC
125 TGAGAAATTAATTC-GGAAAAATATAGGAA-AATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATA
** * ** * * * * * **
1678 TTTTTGGTGTTAAATTATATA-TTTCAATGACTATTTTGGACAAAAATTGAGGAAAAAACTTCCG
188 TTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGG-AAAAATTTTTG
* * *
1742 GGTCAATTTTTTGCAATATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAT
252 GGTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAT
* * *
1807 GCATTCCGATGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATTTATA
316 GCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATA
** *
1872 TTCATCTAACCAAATCTCAGTCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATG
381 TTCATCTAACCAAATCTCAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATG
* * * * * ***
1937 TGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATATAGAAAAATCGATATTAGAAGTGTGAAATGT
446 TGTTGATTTAATGAGAAATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAACTTTGAAAAAC
* * * * * * *
2002 GCATCAATCTTTTTGGCATTCAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGTAAAAAAATGTGGAAA
511 CCATCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAA
* * *
2067 AATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAATATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
576 AATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
*
2132 TTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGG
641 CTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGG
* * *
2157 TTCAGTTTAGCATGATTTTTTGCGTCAGGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * *
2222 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGTATCAGAATCATGTGTTGACTTAATGAGAA
66 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGAA
* * * * *
2287 ATTAACTCAGAAAAATATAGGAAAATTGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATATTTCTGGC
131 ATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGC
2352 ATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCC-AAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTT
196 ATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTT
* * * *
2416 TTGCAATATTTAAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAATGCGTTCCGGT
261 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGT
* * *
2481 GCTTCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAAC
326 GCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAAC
* * * *
2546 CAAATCTCAACCGCTATGGATTTAAGGATTTGATTTGCCGAGCATAATG-ATCATGTGTTGACTT
391 CAAATCTCAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCA-GAATCATGTGTTGATTT
* * *
2610 GATGAGAAATTAAATCAGAAAAATATAGGAAAATCGACATTAGAA-TCTTGAAAAACCCATCAAT
455 AATGAGAAATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAACT-TTGAAAAACCCATCAAT
* *
2674 ATTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTTAAAAATTGTGGAAAAAATTTTT
519 CTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGG-AAAAATTTTT
* * * **
2739 T-GGTCAATTTTTGAAAAATTTTAACCCAAATCGTATACTAACCATCATTGTTTTTGGCTAAAAA
583 TGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
2803 TGCGTTCCGGTGCTCCGG
648 TGCGTTCCGGTGCTCCGG
* * *
2821 TTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCATTGAAATATATATATTCATCTAACCAAATCT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* *
2886 C-ACCTACTATGGATTTAAGTATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGGTTTAATGAGA
66 CAACC-ACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGA
* * ** * *
2950 AATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCAATAATAGAAGTTTGAAAAGCCTATCAATTTTTTTGG
130 AATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATATTTTTGG
* *
3015 CATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATT-TAGGCCAAAAATTGGGGAAAAAAATTTTGGGTCAA
195 CATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCT-GGCCAAAAATTGTGG-AAAAATTTTTGGGTCAA
*
3079 TTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCC
258 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCC
3144 GGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATC
323 GGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATC
* * * *
3209 TAATCAAATCTCAAACACTATGTATTTAAGGATTTGATTTGACGAACATCAGAATCATGTGTTGA
387 TAACCAAATCTCAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTTGA
*** * * *
3274 TTTAATGA-TCTTTAATTCAG-AAAACATAGGAAAACCGATATTAGAAACTTT-AAAAGCCCATC
452 TTTAATGAGAAATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAG-AACTTTGAAAAACCCATC
* * *
3336 AATGTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTATTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGGAAAATT
516 AATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTT-TTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAATT
* * **
3401 TTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTAACT-A
580 TTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
3465 AAATGCGTTCCGGTGCTCCGG
645 AAATGCGTTCCGGTGCTCCGG
* * *
3486 TTCAGTTTTGCATTATTTTTTTGCGCAAAGACGCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
1 TTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
3551 TC-ACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAG
65 TCAACC-ACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAG
* * * * * * * *
3615 AATTTAATTCGGGAAAAA-ATAGAAAAATCGGTATTAGATG-TTTAAAAACCCATCAATCTTTTT
129 AAATTAATTC-GGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATATTTTT
* ** * * *
3678 AGCATTGAATTATATATTTTTTATGACAATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAATTTTTTTGGGTCA
193 GGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAA-ATTTTTGGGTCA
* *
3743 ATTTTTGCAAAATTTTAG-CGCAAATCGTGTAGTAACCATCACGGTTTTTGACT-AAAATGCGTT
257 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTT
* *
3806 CCGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCAAGATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAT
321 CCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAT
* *
3871 CTAACCAAATCTCAATCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTTT
386 CTAACCAAATCTCAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTTG
* * * *
3936 ATTTAATGACAAA-TATATTCAG-AAAACATAGGAAAATTGATATTAGAAACTTT-AAAATCCCA
451 ATTTAATGAGAAATTA-ATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAG-AACTTTGAAAAACCCA
* * * *
3998 TCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATA-TTTTTATGACTATTTTGGTCAAAATTTGTGGAAAAAA
514 TCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAT
* *
4062 TTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCAGGGTTTTTGACT-
579 TTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTA
* * *
4126 AAAATGCGTTCTGTTGCTCCGA
644 AAAATGCGTTCCGGTGCTCCGG
* * *
4148 TTCAGTTTTGCATTATTTTTTGTGCCAAGACGCATTGAAATATC-----T-A--T------AT-T
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * *
4198 CAGCCACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGACGAGCATTAGAATTATGTGTCGATTTAATAAGAA
66 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGAA
* * * *
4263 ATTAATTCGGAAAAATATTGGAAAATCAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCAACAA-ACTTTTGGG
131 ATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATA-TTTTTGG
* * * * * * * * *
4327 CGTTGAATTATATATCTTTTATGACTATTCTTGCCAAAAATTGAGAAAAAAAAAATTTCGAGTCA
195 CATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTG---GAAAAATTTTTGGGTCA
* * * *** *
4392 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTGTTCATTAAAAATGCGTTA
257 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTC
*** ** * * * *
4457 CGGTGCTTTAGTTCAACTTTGCATTATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATTTCTAGATTCATC
322 CGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATC
* * * *
4522 TAACCAAATCTC-ACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTAACGAGTATCAGAATTATGTGTCG
387 TAACCAAATCTCAACC-ACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTTG
* * * **
4586 ATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATATAGAAAAATCGGTATTAGATGTTTGAAAAACCCATC
451 ATTTAATGAGAAATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAACTTTGAAAAACCCATC
* * * * *
4651 AATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGG-CTAAAAATTGGGGAAAATTT
516 AATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTC-AAAAATTGTGGAAAAATT
* *
4715 TTTTTGGTCAATTTTT-TAAAATTTTA-CCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTA
580 TTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCC-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTA
*
4778 AAAATGTGTTCCGGTGCTCCGG
644 AAAATGCGTTCCGGTGCTCCGG
* * * * * * *
4800 TTTAGTTTTGCATGATTTTTTGTGTCAGGATTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* ** * * ** * *
4865 CAGCCACTATGGATTTAACAATTTTATTT-ATGGAGTGTC-GAAATCATGTCTCGATTTAATGAG
66 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGA-CGAGCATCAG-AATTATGTGTCGATTTAATGAG
* * * *
4928 AAATTAACTAGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAATGCCCATCAATATTTTTG
129 AAATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATATTTTTG
* *
4993 GCATTGAATTATTTATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAAAATTTTT-GGTC
194 GCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCC-AAAAATTGTGG--AAAAATTTTTGGGTC
* * * * * *
5057 AATTTTTTACAAAATTATAACCCAAATCGTGTACTAACCATTACGATTTTT
256 AA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
5108 ATGAGTATTC
Statistics
Matches: 3065, Mismatches: 429, Indels: 217
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
645 7 0.00
646 83 0.03
647 59 0.02
648 2 0.00
649 149 0.05
650 195 0.06
651 194 0.06
652 203 0.07
653 5 0.00
654 5 0.00
655 65 0.02
656 28 0.01
657 67 0.02
658 11 0.00
659 2 0.00
660 1 0.00
661 32 0.01
662 136 0.04
663 170 0.06
664 675 0.22
665 272 0.09
666 372 0.12
667 306 0.10
668 9 0.00
670 1 0.00
671 16 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (665 bp):
TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGAA
ATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATATTTTTGGC
ATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTT
TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGT
GCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAAC
CAAATCTCAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTTGATTTA
ATGAGAAATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAACTTTGAAAAACCCATCAATCT
TTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTTGG
GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGC
GTTCCGGTGCTCCGG
Found at i:3525 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 837--5107 Score: 4316
Period size: 333 Copynumber: 12.9 Consensus size: 332
827 AAGACCCCGA
* * * * * *
837 TTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCG-ATTACACTCCTTGAAATACCTATATTCTTCTAACCAAATC
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCA--AGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * * * * * * * * *
901 TTAGTAACA-T-TGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTACTTA
64 TCA--ACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGA
* * * * **
964 GAAATTAATTCGGAAAAA-ATAAGGAAAA-CAATATTAGAAGCATGAAAAGCCTTTCAATCTTTT
127 GAAATTAATTCAGAAAAATAT-AGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTT
** * * * *
1027 TGGTGTTGAATTATATA-TTTTAATGAGTATTTTGGCCGAAAA--GTGATAAAGTAAACTTCCAT
191 TGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTG-GAAA--AAA-TT---T
** * * * * * *
1089 TCCAGCTCAATTTTTGTAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACGT---TATCACAGTTTTTAGCTAA
249 T-TGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
* *
1151 AAACGCGTTTCAGGAT-C-CCGG
312 AAATGCG-TTCCGG-TGCTCCGG
* ** * * * * * *
1172 TTCAGTTTTGTATTCTTTTTTGAGCATAGACACATTTAGATATCTATATTAATCTAACCAAAACT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCA-AGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * * * * * * *
1237 TAGTCACATTAT-GATTTAAGGATTTGCTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
65 CA-AC-CACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAG
* * * * * *
1301 AAATTAATTCAGAAAAAAATAAGCACAAT-GATATTAGAAACGTGAAAA-CCTCTTCAATATTTT
128 AAATTAATTCAGAAAAATAT-AGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCC-CATCAATCTTTT
** * * * * ** **
1364 TGGTGTTGAATTATATA-TTTTAATGTGTATTTTAGCCAAAAATTAAGGAAAAAAAATCTTTAAG
191 TGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGG--AAAAAAT-TTTTGG
* * * * ** * *
1428 TTCAATTTTTGCAAAATTTTAGGCAAAATCGTGTACTAATCATCATTGTTTTTAGCTAAAAACGC
253 GTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGC
*
1493 GTTCCAGG-G-TCCCG
318 GTTCC-GGTGCTCCGG
* * * * *
1507 TCTAAGTTTTGTATGATTTTTT----AAG---CA-T---AGA-CT-CATTCATCTAACCAAATTT
1 T-TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * ** * * * *
1559 CAGTAACA-T-TAGATTTAAGGATTTTTTTTTG-TGAGCATCTA-AATCTTGTTTCGATTT-ATT
65 CA--ACCACTATGGATTTAAGGA-TTTGATTTGACGAGCATC-AGAATCATGTGTCGATTTAATG
* * * *
1619 AAAAATTAATTCAGGGAAAA-A-AGGAAGAAT-GATATTAGAAGA--TGAAAAGCCCTTCAACCT
126 AGAAATTAATTCA-GAAAAATATAGGAA-AATCGATATTAGAA-ACTTGAAAAGCCCATCAATCT
** * ** * * * * **
1679 TTTTGGTGTTAAATTATATA-TTTCAATGACTATTTTGGACAAAAATTGAGGAAAAAACTTCCGG
188 TTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGG
* * *
1743 GTCAATTTTTTGCAATATTTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATG
253 GTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATG
* *
1808 CATTCCGATGCTCCGG
317 CGTTCCGGTGCTCCGG
*
1824 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC-GCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
** *
1889 CAGTCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGAA
65 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAA
* * * * **
1954 ATTAATTCGGAAAAATATAGAAAAATCGATATTAG-AAGTGTGAAATGTGCATCAATCTTTTTGG
130 ATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACT-TGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGG
* * * * *
2018 CATTCAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGTAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTTGGGTCAAT
194 CATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAAT
* * *
2083 TTTTGCAATATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAATGCGTTCCG
259 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCG
2148 GTGCTCCGG
324 GTGCTCCGG
* *
2157 TTCAGTTTAGCATGATTTTTTGCGTCAGGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCG-CAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * *
2222 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGTATCAGAATCATGTGTTGACTTAATGAGAA
65 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAA
* * * * * * *
2287 ATTAACTCAGAAAAATATAGGAAAATTGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATATTTCTGGC
130 ATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGC
* *
2352 ATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGG-CCAAAATTGTGG-AAAAATTTTTGGGTCAATT
195 ATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAATT
* * * *
2415 TTTGCAATATTTAAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAATGCGTTCCGG
260 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGG
*
2480 TGCTTCGG
325 TGCTCCGG
*
2488 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCG-CAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * * *
2553 CAACCGCTATGGATTTAAGGATTTGATTTGCCGAGCATAATG-ATCATGTGTTGACTTGATGAGA
65 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCA-GAATCATGTGTCGATTTAATGAGA
* * * * * *
2617 AATTAAATCAGAAAAATATAGGAAAATCGACATTAGAATCTTGAAAAACCCATCAATATTTCTGG
129 AATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGG
* * *
2682 CGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTTAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTTGGTCAAT
194 CATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAAT
* * * * **
2747 TTTTGAAAAATTTTAACCCAAATCGTATACTAACCATCATTGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCG
259 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCG
2812 GTGCTCCGG
324 GTGCTCCGG
* * *
2821 TTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCATTGAAATATATATATTCATCTAACCAAATCT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC-GCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * *
2886 C-ACCTACTATGGATTTAAGTATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGGTTTAATGAGA
65 CAACC-ACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGA
* * * ** * *
2950 AATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCAATAATAGAAGTTTGAAAAGCCTATCAATTTTTTTGG
129 AATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGG
* * * *
3015 CATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTAGGCCAAAAATTGGGGAAAAAAATTTTGGGTCAAT
194 CATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAAT
*
3080 TTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCG
259 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCG
3145 GTGCTCCGG
324 GTGCTCCGG
*
3154 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATC
1 TTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTGC-GCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * * * *
3219 TCAAACACTATGTATTTAAGGATTTGATTTGACGAACATCAGAATCATGTGTTGATTTAATGA-T
64 TCAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGA
** * * * * *
3283 CTTTAATTCAG-AAAACATAGGAAAACCGATATTAGAAACTTTAAAAGCCCATCAATGTTTCTGG
129 AATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGG
** * *
3347 TGTTGAATTATATATTTTATTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGGAAAATTTTTTGGGTCAA
194 CATTGAATTATATATTTT-TTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAA
* * **
3412 TTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTAACT-AAAATGCGTTCC
258 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCC
3476 GGTGCTCCGG
323 GGTGCTCCGG
* *
3486 TTCAGTTTTGCATTATTTTTTTGCGCAAAGACGCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
1 TTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTGCGC-AAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
*
3551 TC-ACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAG
64 TCAACC-ACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAG
* * * * ** * *
3615 AATTTAATTCGGGAAAAA-ATAGAAAAATCGGTATTAG-ATGTTTAAAAACCCATCAATCTTTTT
128 AAATTAATTC-AGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTT
* ** **
3678 AGCATTGAATTATATATTTTTTATGACAATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAATTTTTTTGGGTCA
192 GGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCA
* *
3743 ATTTTTGCAAAATTTTAG-CGCAAATCGTGTAGTAACCATCACGGTTTTTGACT-AAAATGCGTT
257 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTT
3806 CCGGTGCTCCGG
321 CCGGTGCTCCGG
* *
3818 TTTAGTTTTGCAAGATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC-GCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* ** *
3883 CAATCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTTTATTTAATGACAA
65 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAA
* * * * *
3948 A-TATATTCAG-AAAACATAGGAAAATTGATATTAGAAACTTTAAAATCCCATCAATCTTTCTGG
130 ATTA-ATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGG
** * *
4011 TGTTGAATTATATA-TTTTTATGACTATTTTGGTCAAAATTTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAAT
194 CATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAAT
* * * *
4075 TTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCAGGGTTTTTGACT-AAAATGCGTTCTG
259 TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCG
* *
4139 TTGCTCCGA
324 GTGCTCCGG
* * *
4148 TTCAGTTTTGCATTATTTTTTGTGCCAAGACGCATTGAAATATC-----T-A--T------AT-T
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCG-CAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * *
4198 CAGCCACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGACGAGCATTAGAATTATGTGTCGATTTAATAAGAA
65 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAA
* * * * * * * *
4263 ATTAATTCGGAAAAATATTGGAAAATCAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCAACAAACTTTTGGGC
130 ATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGC
* * * * * * * * *
4328 GTTGAATTATATATCTTTTATGACTATTCTT-GCCAAAAATTGAGAAAAAAAAAATTTCGAGTCA
195 ATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATT-TTGGTCAAAAATTGTG--GAAAAAATTTTTGGGTCA
* * * *** *
4392 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTGTTCATTAAAAATGCGTTA
257 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTC
***
4457 CGGTGCTTTAG
322 CGGTGCTCCGG
** * * *
4468 TTCAACTTTGCATTATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATTTCTAGATTCATCTAACCAAATCT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCG-CAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * *
4533 C-ACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTAACGAGTATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGA
65 CAACC-ACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGA
* * * *** *
4597 AATTAATTCGGAAAAATATAGAAAAATCGGTATTAGATGTTTGAAAAACCCATCAATCTTTTTGG
129 AATTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGG
* * ** *
4662 CATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGG-CTAAAAATTGGGGAAAATTTTTTTTGGTCAA
194 CATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTC-AAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAA
* * *
4726 TTTTT-TAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCC
258 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCC
4790 GGTGCTCCGG
323 GGTGCTCCGG
* * * * * *
4800 TTTAGTTTTGCATGATTTTTTGTGTCAGGATTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTT
1 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCG-CAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* ** * * ** *
4865 CAGCCACTATGGATTTAACAATTTTATTT-ATGGAGTGTC-GAAATCATGTCTCGATTTAATGAG
65 CAACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGA-CGAGCATCAG-AATCATGTGTCGATTTAATGAG
* ** * * *
4928 AAATTAACT-AGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGATGCGTGAAATGCCCATCAATATTTTT
128 AAATTAATTCA-GAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTT
* * * *
4992 GGCATTGAATTATTTATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAAAATTTTT-GGT
192 GGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTC-AAAAATTGTGG-AAAAAATTTTTGGGT
* * * * * *
5056 CAATTTTTTACAAAATTATAACCCAAATCGTGTACTAACCATTACGATTTTT
255 CAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
5108 ATGAGTATTC
Statistics
Matches: 3349, Mismatches: 474, Indels: 226
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
315 71 0.02
316 137 0.04
317 28 0.01
318 62 0.02
319 77 0.02
320 72 0.02
321 41 0.01
322 25 0.01
323 2 0.00
324 5 0.00
325 3 0.00
326 1 0.00
327 1 0.00
328 7 0.00
329 15 0.00
330 223 0.07
331 464 0.14
332 604 0.18
333 860 0.26
334 207 0.06
335 251 0.07
336 110 0.03
337 75 0.02
338 4 0.00
339 1 0.00
340 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (332 bp):
TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
AACCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAAA
TTAATTCAGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCA
TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAATTT
TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGT
GCTCCGG
Found at i:5744 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 5113--6912 Score: 2068
Period size: 332 Copynumber: 5.4 Consensus size: 331
5103 TTTTTATGAG
* * * *
5113 TATTCATCTAACCAAATCTCAATC-GCTATGGATTTAAGGATTTGATTTG-CGGAGCATCATAAT
1 TATTCATCTAACCAAATCT-AACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGAC-GAACATCAGAAT
* *
5176 CATGTCTC--TTTATTAAGAAATTAATTCGGAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGA-A
64 CATGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGC-T-ATA
* * * * *
5238 AAGCCCATCATTCTTTTTTGCATT-AATTTTTATATTTTTTATGAGTGTTCTGGCCGAAAATTGT
127 AAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAA-TTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGT
** * * *
5302 GG-AAAGTTTTTTGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAACCTAAATCGTG---TAACCATCACGGTT
191 GGAAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
* * * *
5363 TTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCATGATTTTTTACGGCAAGACTCAT
256 TTTGGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCAT
*
5428 TGAAGTATCTA
321 TGAAATATCTA
* *
5439 TATTCATCTAACCAAATCTAA-ATCACTATGGATTTTAGGATTTGATTTGACGAACATCAGAATC
1 TATTCATCTAACCAAATCTAACCT-ACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAACATCAGAATC
* * * * * ** *
5503 ATGTGTTAATTTAATGAGAGATTAATTCAGAAAACATAGGAAAATCGGCATTAGAAACTATTAAA
65 ATGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTA-TAAA
* ** * * *
5568 GCCCATCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTCGA
129 GCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGA
5633 AAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
194 AAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
5698 GGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGA-TGCATTG
259 GGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACT-CATTG
5762 AAATATCTA
323 AAATATCTA
* * * * * * *
5771 TATTCATCTAACCAAAACTCAGCTACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGACGAGCATTAGAATTA
1 TATTCATCTAACCAAATCTAACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAACATCAGAATCA
*
5836 TGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAAATATTGGAAAATCGATATTA-AAGCGTGA-AA
66 TGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGG-AAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGC-T-ATAA
* * * ** * * * * *
5899 AGCCCAACAAACTTTTGGGTGTTGAATTATATATCTTTTATGACTATTCTTGTCAAAAATTG-AG
128 AGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGG
* ** * *
5963 AAGAAAATTTTCGAATCAATTTTTACAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTT
193 AA-AAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
* * * * *
6028 TTCGCTAAAAATGTGTTACGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCATAATTTTTTGCGCGAAGACTCATT
257 TTGGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATT
6093 GAAATATCTA
322 GAAATATCTA
* *
6103 TATTCATCTAAGCAAATCTCACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAACATCA-AA--A
1 TATTCATCTAACCAAATCTAACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAACATCAGAATCA
* * * * * * *
6165 TGTGTCGATTTAATGAGATACTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCAATACTAGAAG-TTTGATA
66 TGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGG-AAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTAT-A-A
* * * * *
6229 AGTCCAACAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGTGTATTCTGGCTAAAAATTGGGG
128 AGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGG
** * * *
6294 AAAATTTTTTTTTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
193 AAAA-AATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
** *
6359 TTGGCTAAAAATGTGTTTTGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAGGACTCATT
257 TTGGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATT
6424 GAAATATCTA
322 GAAATATCTA
* * * *
6434 TATTCATCTAACCAAATCTTAGCC-ACTGTGGATTCAAGGATATGATTT--CTGAAGCATCAGAA
1 TATTCATCTAACCAAATC-TAACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGAC-GAA-CATCAGAA
* * * * *
6496 TCATCTCTCGATTTAATGAGAAATTAACTT-GGAAAAATATAGGAAAATCGATATTCGAAGCGTG
63 TCATGTGTCAATTTAATAAGAAATTAA-TTCGG-AAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGC-T-
* * ** *
6560 A-AATGCCCATCAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGCGTTCTGGCCAAAAAAT
124 ATAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATT
* * * * * *
6624 ATGGAAAAAAATTTTGGGTCAATTTTTGCAAGATTTTAGTCGAAATCGTGCACTAACCATCACAG
189 GTGGAAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCAC-G
* * * *
6689 G-TTTTGACTAAAAATGTGTTCCGGTTCTCCGGTTAAGTTTTGCATGATTTTTTTGCACCAAGAC
253 GTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGA-TTTTTTGCGCCAAGAC
*
6753 GCATTGAAATATCTA
317 TCATTGAAATATCTA
* * * * * *
6768 TATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGACGAGCATTAGAATTA
1 TATTCATCTAACCAAATCTAACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAACATCAGAATCA
* *
6833 TGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAAATATTGGAAAATCAATATTAGAAGCGTGA-AA
66 TGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGG-AAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGC-T-ATAA
* *
6897 AGCCCAACAAACTTTT
128 AGCCCATCAATCTTTT
6913 GGGCGTGTGC
Statistics
Matches: 1257, Mismatches: 176, Indels: 74
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
325 2 0.00
326 59 0.05
327 2 0.00
328 95 0.08
329 91 0.07
330 60 0.05
331 170 0.14
332 405 0.32
333 114 0.09
334 252 0.20
335 5 0.00
336 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TATTCATCTAACCAAATCTAACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAACATCAGAATCA
TGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTATAAAGC
CCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAA
AAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
CTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
TATCTA
Found at i:5857 original size:925 final size:922
Alignment explanation
Indices: 3201--6902 Score: 2815
Period size: 925 Copynumber: 3.9 Consensus size: 922
3191 GAAATATCTA
* * * * *
3201 TATTCATCTAATCAAATCTCAAACACTATGTATTTAAGGATTTGATTTGACGAACATCAGAATCA
1 TATTCATCTAACCAAATCTCAATCGCTATGTATTTAAGGATTTGATTTG-CGAGCATCATAATCA
*** * * * * * *
3266 TGTGTTGATTTAATGATCTTTAATTCAGAAAACATAGGAAAACCGATATTAGAAACTTTAAAAGC
65 TGT-TTGATTTAA-GAGAATTAATTCGGAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
* * * * *
3331 CCATCAATGTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTATTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGGA
128 CCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT-TTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGT-GGA
*
3396 AAATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTA
191 AAATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGTG--CTAACCATCACGGTTTTTA
* *
3461 ACT-AAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATTATTTTTTTGCGCAAAGACGCATTGA
254 ACTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATTATTTTTTCG-GC-AAGACTCATTGA
3525 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCAT
317 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCAT
3590 CAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGAATTTAATTCGGGAAAAAATAGAAAAATCGGTATTAGATG
382 CAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGAA-TTAATTC-GGAAAAAATAGAAAAATCGGTATTAGATG
* **
3655 TTTAAAAACCCATCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATATTTTTTATGACAATTTTGGTCAAAAA
445 TTTAAAAACCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAA
* *
3720 TTGTGGAAAATTTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCGCAAATCGTGTAGTAACCATCAC
510 TTGTGGAAAATTTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * * *
3785 GGTTTTTGACT-AAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCAAGATTTTTTGCGGCAAGAC
575 GGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGA-
*
3849 TCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-ATCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTG
639 TCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCT-ACTATGGATTTAAGGATTTGATTTG
* ** * * *
3913 ACGAGCATCAGAATCATGTGTTTATTTAATGACAAA-TATATTCA-G-AAAACATAGGAAAATTG
703 ACGAGCATTAGAATCATGTGTCAATTTAATGAGAAATTA-ATT-AGGAAAAATATAGGAAAATCG
* * * * *
3975 ATATTAGAAACTTTAAAAT-CCCATCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATA-TTTTTATGACTAT
766 ATATTAGAAGC-GTGAAATGCCCATCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGACTAT
* ** *
4038 TTTGGTCAAAATTTGTGG-AAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTG
830 TCTGGTCAAAAAATGTGGAAAAAAATTTTT-GGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCCAAATCGTG
*
4102 TACTAACCATCAGGGTTTTTGACTAAAATG
894 TACTAACCATCACGGTTTTTGACT-AAATG
** * ** ** * * * *
4132 CGTTC-TGTTGCTCCGAT-TCAGTTTTGCATTATTTTTTGTGCCAAGACGCA-TTGAAATATCTA
1 TATTCATCTAAC-CAAATCTCA--ATCGC--TATGTATT-T---AAG--G-ATTTG----A--T-
* * * * * *
4194 TATTC-AGCCA-CTATGGATTGAAGGATTTGATTTGACGAGCATTAGAATTATGTGTC-GATTTA
47 T-TGCGAG-CATC-AT--AAT-CATG-TTTGATTT-A--AG----AGAATTA-AT-TCGGA--AA
* * * * ***** * ********
4256 ATA-AGAAATTAATTCGGAAAAATATTGGAAAATCAAT-ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCAACAAA
94 ATATAGGAA--AA-TC-G----ATATT--AGAAGC-GTGA--A-AAGCCCATCAATCTTTTTGGC
* ** * * * * * **
4319 CTTTTGGGCGTTGAATTATATATCTTTTATGACTATTCTTGCCAAAAATTGAGAAAAAAAAAATT
145 GTTGA---------ATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTG---GAAAATTTT
* * * * * *
4384 TCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTGCTAACCATCACGGTTGTTCATTAAAA
198 TTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATC--GTGCTAACCATCACGGTTTTTAACTAAAA
* *** ** * *
4449 ATGCGTTACGGTGCTTTAGTTCAACTTTGCATTATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATTTCTA
261 ATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATTATTTTTT-CGGCAAGACTCATTGAAATATCTA
* * *
4514 GATTCATCTAACCAAATCTCACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTAACGAGTATCAGAATTA
325 TATTCATCTAACCAAATCTCACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTA
4579 TGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATATAGAAAAATCGGTATTAGATGTTTGAAAA
390 TGTGTCGATTTAATGAG-AATTAATTCGGAAAAA-ATAGAAAAATCGGTATTAGATGTTT-AAAA
* *
4644 ACCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGG-CTAAAAATTGGGG
452 ACCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTC-AAAAATTGTGG
* *
4708 AAAATTTTTTTTGGTCAATTTTT-TAAAATTTTA-CCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
516 AAAATTTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCC-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
* * *
4771 TTGGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCATGATTTTTTGTGTCAGGATTCATT
580 TTGGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGA-TCATT
* * * ** * *
4836 GAAATATCTATATTCATCTAATCAAATTTCAGCCACTATGGATTTAACAATTTTATTT-ATG-G-
644 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGC
* * * *
4898 AGTGTCGAAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAACTAGGAAAAATATAGGAAAATCGATATT
709 A-T-TAG-AATCATGTGTCAATTTAATGAGAAATTAATTAGGAAAAATATAGGAAAATCGATATT
* ** * * *
4963 AGATGCGTGAAATGCCCATCAATATTTTTGGCATTGAATTATTTATTTTTTATGAGTATTCTGGC
771 AGAAGCGTGAAATGCCCATCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTCTGGT
* *
5028 CAAAAAAATGTGGAAAAAAATTTTTGGTCAATTTTTTACAAAATTATAACCCAAATCGTGTACTA
836 C-AAAAAATGTGGAAAAAAATTTTTGGTCAA-TTTTTACAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTA
* * *
5093 ACCATTACGATTTTT-A-T-GA-G
899 ACCATCACGGTTTTTGACTAAATG
*
5113 TATTCATCTAACCAAATCTCAATCGCTATGGATTTAAGGATTTGATTTGCGGAGCATCATAATCA
1 TATTCATCTAACCAAATCTCAATCGCTATGTATTTAAGGATTTGATTTGC-GAGCATCATAATCA
*
5178 TGTCTCT-TTATTAAGA-AATTAATTCGGAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAG
65 TGT-T-TGAT-TTAAGAGAATTAATTCGGAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* * * * * *
5241 CCCATCATTCTTTTTTGCATT-AATTTTTATATTTTTTATGAGTGTTCTGGCCGAAAATTGTGGA
127 CCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAA-TTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGA
* * * **
5305 AAGTTTTTTGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAACCTAAATCGTG-TAACCATCACGGTTTTTGGC
191 AAATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGTGCTAACCATCACGGTTTTTAAC
* * *
5369 TAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCATGATTTTTTACGGCAAGACTCATTGAAGT
256 TAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATTATTTTTT-CGGCAAGACTCATTGAAAT
** * *
5434 ATCTATATTCATCTAACCAAATCT-AAATCACTATGGATTTTAGGATTTGATTTGACGAACATCA
320 ATCTATATTCATCTAACCAAATCTCACCT-ACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCA
* ** * * * * **
5498 GAATCATGTGTTAATTTAATGAGAGATTAATTCAGAAAACATAGGAAAATCGGCATTAGAAACTA
384 GAATTATGTGTCGATTTAATGAGA-ATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAATCGGTATTAG-ATGT-
* * **
5563 TT-AAAGCCCATCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAAT
446 TTAAAAACCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAAT
* **
5627 TGTCGAAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACG
511 TGTGGAAAATTTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACG
*
5692 GTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGATG
576 GTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGAT-
* *
5757 CATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAACTCAGCTACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGAC
640 CATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGAC
* * * *
5822 GAGCATTAGAATTATGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAAATATTGGAAAATCGATAT
705 GAGCATTAGAATCATGTGTCAATTTAATGAGAAATTAATTAGGAAAAATATAGGAAAATCGATAT
* * * * *
5887 TA-AAGCGTGAAAAGCCCAACAA-ACTTTTGGGTGTTGAATTATATATCTTTTATGACTATTCTT
770 TAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATA-TTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTCTG
* * * *
5950 GTC-AAAAAT-TGAGAAGAAAATTTTCGAATCAATTTTTACAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTGC
834 GTCAAAAAATGTG-GAAAAAAATTTTTG-GTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTAC
6013 TAACCATCACGGTTTTTCG-CTAAAAATG
897 TAACCATCACGGTTTTT-GACT--AAATG
* * ** * * * * **
6041 TGTTACGGTGCT--CCGGTTTAGTTTTGCATAATTTTTTGCGCGAAGACTCATTGAAATATCTAT
1 TATT-C-AT-CTAACC-----AAATCT-C--AA-----T-CGCTATG--T-ATTTAAGGAT-T-T
* * * * * * * * *
6104 -ATTCAT-CTAAGCAAATC-TCACCTACT-ATGGATTTAAG-GATTTGATTTGACGAACATCAAA
44 GATT--TGC-GAGC--ATCATAATC-A-TGTTTGATTTAAGAGAATT-AATT--CGGA-A--AAT
* * * * *
6164 ATGTGTCGATTTAATGAGATACTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCAATACTAGAAGTTTGATA
96 AT-AG--GA--AAAT-CG--A-T-ATT-----------A-G---------A--AG-CG--TGAAA
* * * * * *
6229 AGTCCAACAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGTGTATTCTGGCTAAAAATTGGGG
125 AGCCCATCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGG
* * *
6294 AAAATTTTTTTTTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
190 AAAA--TTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGTG--CTAACCATCACGGTTT
** * ** * * *
6359 TTGGCTAAAAATGTGTTTTGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAGGACTCATT
251 TTAACTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATTATTTTTT-CGGCAAGACTCATT
* * * *
6424 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGCC-ACTGTGGATTCAAGGATATGATTT--CTGA
315 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-CCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGAC-G-
* * * * *
6486 AGCATCAGAATCATCTCTCGATTTAATGAGAAATTAACTT-GGAAAAATATAGGAAAATCGATAT
377 AGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAG-AATTAA-TTCGGAAAAA-ATAGAAAAATCGGTAT
* * * * ** * ** *
6550 TCGAAGCGTGAAATGCCCATCAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGCGTTCTGG
439 TAGATG-TTTAAAAACCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGG
* * * *** * * * *
6615 CCAAAAAATATGGAAAAAAATTTTGGGTCAATTTTTGCAAGATTTTAGTCGAAATCGTGCACTAA
503 TCAAAAATTGTGGAAAATTTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAA
* * *
6680 CCATCACAGG-TTTTGACTAAAAATGTGTTCCGGTTCTCCGGTTAAGTTTTGCATGATTTTTTTG
568 CCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCATGA-TTTTTTG
* * *
6744 CACCAAGACGCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACTATGGATTGAAGGAT
631 CGCCAAGA-TCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACTATGGATTTAAGGAT
* * * *
6809 TTGATTTGACGAGCATTAGAATTATGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAAATATTGGA
695 TTGATTTGACGAGCATTAGAATCATGTGTCAATTTAATGAGAAATTAATTAGGAAAAATATAGGA
* *
6874 AAATCAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCA
760 AAATCGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCA
6903 ACAAACTTTT
Statistics
Matches: 2197, Mismatches: 364, Indels: 353
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
921 2 0.00
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923 5 0.00
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (922 bp):
TATTCATCTAACCAAATCTCAATCGCTATGTATTTAAGGATTTGATTTGCGAGCATCATAATCAT
GTTTGATTTAAGAGAATTAATTCGGAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCA
TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAATT
TTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGTGCTAACCATCACGGTTTTTAACTAAAA
ATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATTATTTTTTCGGCAAGACTCATTGAAATATCTAT
ATTCATCTAACCAAATCTCACCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTAT
GTGTCGATTTAATGAGAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAATCGGTATTAGATGTTTAAAAACCC
ATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGTCAAAAATTGTGGAAAAT
TTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT
AAAAATGTGTTCCGGTGCTCCGGTTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGATCATTGAAATAT
CTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATTAGAA
TCATGTGTCAATTTAATGAGAAATTAATTAGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGA
AATGCCCATCAATATTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGACTATTCTGGTCAAAAAATGT
GGAAAAAAATTTTTGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
TTTGACTAAATG
Found at i:7110 original size:246 final size:246
Alignment explanation
Indices: 6676--7158 Score: 729
Period size: 246 Copynumber: 2.0 Consensus size: 246
6666 AAATCGTGCA
* *
6676 CTAACCATCACAGGTTTTGACTAAAAATGTGTTCCGGTTCTCCGGTTAAGTTTTGCATGATTTTT
1 CTAACCATCACAGGTTTTGACTAAAAATGTGTTACGGTGCTCCGGTTAAGTTTTGCATGATTTTT
*
6741 TTGCACCAAGACGCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACTATGGATTGAAG
66 TTGCACCAAGACGCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCACCTACTATGGATTGAAG
* * * * *
6806 GATTTGATTTGACGAGCATTAGAATTATGTGTCAATTTAATAAGAAATTAATTCGGAAAAATATT
131 AATTTAATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCAATTTAATAAGAAACTAATTCGGAAAAATATA
*
6871 GGAAAATCAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCAACAAACTTTTGGGCGTGTG
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*
6922 CTAACCATCAC-GGTTTTTCG-CTAAAAAT-TCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATT
1 CTAACCATCACAGG-TTTT-GACTAAAAATGT-GTTACGGTGCTCCGGTTAAGTTTTGCATGATT
* * * *
6984 TTTTTGCGCGAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCACCTACTATGGATTT
63 TTTTTGCACCAAGACGCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCACCTACTATGGATTG
* * *
7049 AAGAATTTAATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGATACTAATTCGGAAAAAT
128 AAGAATTTAATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCAATTTAATAAGAAACTAATTCGGAAAAAT
** * *
7114 ATAGGAAAATCAATACTAGAAGTTTGACAAGCCCAACAATCTTTT
193 ATAGGAAAATCAATACTAGAAGCGTGAAAAGCCCAACAAACTTTT
7159 TGGCATTGAA
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 21, Indels: 6
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
245 3 0.01
246 209 0.98
247 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (246 bp):
CTAACCATCACAGGTTTTGACTAAAAATGTGTTACGGTGCTCCGGTTAAGTTTTGCATGATTTTT
TTGCACCAAGACGCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCACCTACTATGGATTGAAG
AATTTAATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCAATTTAATAAGAAACTAATTCGGAAAAATATA
GGAAAATCAATACTAGAAGCGTGAAAAGCCCAACAAACTTTTGGGCGTGTG
Found at i:8166 original size:667 final size:664
Alignment explanation
Indices: 6916--11520 Score: 5811
Period size: 667 Copynumber: 7.0 Consensus size: 664
6906 AACTTTTGGG
* * * *
6916 CGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTCGCTAAAAATTCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
*
6981 ATTTTTTTGCGCGAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-CCTACTATGG
66 A-TTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC-ACTATGG
* * * * *
7045 ATTTAAGAATTTAATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGATACTAATTCGGAA
129 ATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAA
* * * * *
7110 AAATATAGGAAAATCAATACTAGAAGTTTGACAAGCCCAACAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
194 AAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
* * *
7175 ATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGGGGAAAAATTTTTTTGGTCAATTTTTGCAAACTTT
259 ATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAA-TTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
* * * * *
7240 TAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAATTGTGTTCCGGTGCTCCGGTTCA
323 TAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCA
* * * *
7305 GTTTTGCATGATTTTTTGTGGCAGGACTCATTGAAA-ATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAC
388 GTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* * * * * * *
7369 CACTATTGATTGAAGGGTATGATTTGTGAAGCATCAGAATCTTCTCTCGATTTAATGAGAAATTA
453 CACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGAGGAGCATCAGAATCATGTCTC-ATTTAATGAGAAATTA
* * * * **
7434 ACTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAAAAGCGTGAAATGTCCATCAATCCATTTGGCATTG
517 ATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTG
*
7499 AATTATATATTTTTTATGAGCATTCTGGCCAAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTT
582 AATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCC-AAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTT
*
7564 GCAATATTTTAGCCGAAAT
646 GCAAAATTTTAGCCGAAAT
* * *
7583 TGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGATGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* *
7648 ATTTTTTTGC-CTCAGGACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGG
66 A-TTTTTTGCGC-CAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGG
* * * *
7712 ATTAAAGGATTTGATTT-ATGGAGCATC-GAAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAACTCGG
129 ATTTAAGGATTTGATTTGA-CGAGCATCAG-AATCATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGG
* *
7775 AAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
192 AAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
* * * * *
7840 TTATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAAATGTGGTAAGATTTTTTTGGTCAATTTTTGCAAA
257 ATATTTTTTATGAGTATTCTGGCC--AAAAATTGTGG-AAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAA
* * * * *
7905 ATTATAGCCCAAATCGTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGTTGATCTGG
319 ATTTTAGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGG
* * *
7970 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGAGCCAAGTCTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
384 TTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * * * *
8035 CAACCGCTATGGATTTAAGGATTTTATTTGGGGAGCATCATAATCATGTCTC-TTTAATAAGAAA
449 CAGCCACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGAGGAGCATCAGAATCATGTCTCATTTAATGAGAAA
* * * *
8099 TTAATTCGG-AAAATATAGGAAAATCAATATTCGAAGCGTGAAAAGCCCATCATTCTTTTTTGCA
514 TTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCA
* * * *
8163 TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCC-AAAAATTGTGGAAAAATTTTTTGGTCAACTT
579 TTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTT
* *
8227 TTGCAAAATTTTACCCTAAAT
644 TTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
* * *
8248 CGTGTATTAACCAT-----TTTTTGTCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCTGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* * * **
8308 ATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAATCACTATGGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
** * * * * * * *
8373 TTAAATATTTGATTTGACGAACAACAGAATCACGTGTTGATCTAATCA-AAATTAATTCAG-AAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
* * * * *
8436 ACATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTTAAAAGCCCATCAATCTTTCT-GCTGTTGAATTATATA
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATA
* * *
8500 -TTCTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGTGGAAAAAAATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
260 TTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGG-AAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
* * *
8564 AGCCAAAATCGTG---------T-AC-GATTTTGTCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAG
324 AGCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAG
* * * *
8618 TTTTGCATG--TTTTTGCACCTAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAACCAAATCTCAGCC
389 TTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
* * * *
8681 ACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGACGAGCATTAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAA
454 ACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGAGGAGCATCAGAATCATGTCTC-ATTTAATGAGAAATTAA
* *
8746 TTCGGAAAAATATA-GAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCATCAATCTTTTTGGC-GTGT
518 TTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTG-
* * * * * * * * * * *
8809 AATTACATATCTTTAATGAGTATTCTTGTC-AAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGAGTCAATTTT
582 AATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTG--GAAAAATTTTTGGGTCAATTTT
8873 TGCAAAATTTTAGCTC-AAAT
645 TGCAAAATTTTAGC-CGAAAT
* * * *
8893 CGTATATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGATGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* *
8958 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACTATGGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
*
9023 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
* * * *
9088 ATATAGGAAAATCAATACTAGAAGCTTGAAAAGTCCATCAATATTTTTGGCATTGAATTATATAT
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
* * * *
9153 TTTATT-TCAATATTCTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTT
261 TTT-TTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTT-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
* * * **
9217 AGCCCATATCGTATACTAACCCATCACGG-TTTTCGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCTAGTTCA
324 AGCCCAAATCGTGTACTAA-CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCA
*
9281 GTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCGTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
388 GTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
* * * * * * *
9346 TACTATGGAATCAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCAATTAAATGAGAAATTA
453 CACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGAGGAGCATCAGAATCATGTCTC-ATTTAATGAGAAATTA
* * ** * * *
9411 ATTCAG-AAAATATAGGAAAATCAATATTAGAAGTTTGGACAA-CCCATCATTCTTTTTGGCGTT
517 ATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGT-GAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATT
* * * ** *
9474 GAATTATATATTTTTTATATGAGTATTCTGGCC-AGAGACTAAGGAAAAGATTTTCGGGTCAATT
581 GAATTATATA-TTTTT-TATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAA-ATTTTTGGGTCAATT
* *
9538 TTTGCAAAATTTTAGCCCATAT
643 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
*
9560 CGTATACTAACCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCAT
1 CGTGTACTAA-CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCAT
* * * *
9625 GATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATCAGTCACTATGTA
65 GATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGA
* * * *
9690 TTTAAGGGTTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTTGATTTAATGAAAAATTAATTCAG-AA
130 TTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAA
* * * * * **
9754 AACATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGGCCATCAATCATTCTGGTGTTGAATTATATA
195 AATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA
* * *
9819 CTTTTTATGAGTATTTTGACCAAAAATTGTGG--AAA---TT-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
260 TTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
* * * * * * * *
9878 GCCCAAATCGCGTACTAACCAAT-ATGCTTTGTGTCTAAAAATGTGTTTCGGTGCTCCGGTTCAA
325 GCCCAAATCGTGTACTAACC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAG
* * *
9942 TTTTGCATGATTTTTAGCGCCTAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCC
389 TTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
* * * *
10007 ACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGTGGGGTATCAGAATCATGTCTGATTTAATGAGAAATTAAC
454 ACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGAGGAGCATCAGAATCATGTCTCATTTAATGAGAAATTAA-
* *
10072 TT-GG-AAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAATGCTCATCAATCTTTTTGGCATTGA
518 TTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGA
* * *
10135 ATTACATATTTTTGAGTGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGAAAAAATTTTTGGGTCAA-TTTTG
583 ATTATATATTTTTTA-TGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTG
* *
10199 CAATATTTTAACCAGAAAT
647 CAAAATTTTAGCC-GAAAT
* * * * **
10218 CGTGTACTAAGCATGACGATTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCTGGTTCAGTTTTTAATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* * *
10283 ATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACTATGGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
* ** * * * * *
10348 TGAAGGATTTGATTTGTGGGGTATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAACTCGGGAAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
** ** *
10413 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGAGTGAATTGCTCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
* *
10478 TTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAATATTTTA
261 TTTTTATGAGTATTCTGGCC-AAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
* *
10543 GCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGG-TTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGT
325 GCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGT
* * *
10607 TTT-CATAATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAAAATCTATACTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
390 TTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCA
* * * * *
10671 CTATGGATTTAATGATTTGATTTGTGGAGAATCAGAATCATGTCTCGGTTTAATGAGAAATTAAT
455 CTATGGATTGAAGGATTTGATTTGAGGAGCATCAGAATCATGTCTC-ATTTAATGAGAAATTAAT
* * * *
10736 TCGGAAAAATTTAGGAAAATCGATATTAGAAGCTTGAAATGCCCACCCATCAATCTTTTTCGCAT
519 TCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAG----CCCATCAATCTTTTTGGCAT
* * * *
10801 TGAATTATATATTTCTTATGAGTATTCTAG-CAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAATTT
580 TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAA-TTTTTGGGTCAATTT
10865 TTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
644 TTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
*
10886 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTT-CGGTGCTCCCGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
*
10950 ATTTTTTGCGCCAGGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
** * * * *
11015 TTAAGGATTTGATTTGTGGAGCATCATAATCATGTCT-G-TTTAATAAGAAATTAATTCGGAGAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
* * * *
11078 ATACAGG-AAATCGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCGATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
* * *
11142 TTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAACTTTTGCAATATTTTA
261 TTTTTATGAGTATTCTGGCC-AAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
* * *
11207 GCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCTGGTTCAGT
325 GCCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGT
*
11272 TCTT-CATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCC
390 T-TTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCC
* * *
11336 ACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGC-CGATTTAATGAGAAATTA
454 ACTATGGATTGAAGGATTTGATTTGAGGAGCATCAGAATCATGT-CTC-ATTTAATGAGAAATTA
** * *
11400 ATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGTTTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTG
517 ATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTG
* * *
11465 AATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGG-CAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGT
582 AATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAA-TTTTTGGGT
11521 TTGCTAAAAA
Statistics
Matches: 3415, Mismatches: 442, Indels: 167
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
641 84 0.02
642 2 0.00
643 135 0.04
644 10 0.00
645 47 0.01
646 1 0.00
650 139 0.04
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669 169 0.05
670 68 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (664 bp):
CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCTTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
TTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
CCCAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTT
TTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC
TATGGATTGAAGGATTTGATTTGAGGAGCATCAGAATCATGTCTCATTTAATGAGAAATTAATTC
GGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATT
ATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAA
ATTTTAGCCGAAAT
Found at i:9203 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 6916--11520 Score: 5834
Period size: 333 Copynumber: 13.9 Consensus size: 332
6906 AACTTTTGGG
* * * *
6916 CGTGTGCTAACCATCACGGTTTTTCGCTAAAAATTCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
*
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* * * * * *
7045 ATTTAAGAATTTAATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGATACTAATTCGGAA
129 ATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAA
* * ** * *
7110 AAATATAGGAAAATCAATACTAGAAGTTTGACAAGCCCAACAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
194 AAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
* * *
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259 ATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAA-TTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
*
7240 TAACCGAAAT
323 TAGCCGAAAT
* * *
7250 CGTGTACTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAATTGTGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* * * * *
7315 ATTTTTTGTGGCAGGACTCATTGAAA-ATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACTATTGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
* * * * * * *
7379 TGAAGGGTATGATTTG-TGAAGCATCAGAATCTTCTCTCGATTTAATGAGAAATTAACTCGGAAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACG-AGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAA
* * * **
7443 AATATAGGAAAATCGATATTAAAAGCGTGAAATGTCCATCAATCCATTTGGCATTGAATTATATA
195 AATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA
* * *
7508 TTTTTTATGAGCATTCTGGCCAAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAATATTT
260 TTTTTTATGAGTATTCTGGCC--AAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
7573 TAGCCGAAAT
323 TAGCCGAAAT
* * *
7583 TGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGATGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* *
7648 ATTTTTTTGC-CTCAGGACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGG
66 A-TTTTTTGCGC-CAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGG
* * *
7712 ATTAAAGGATTTGATTT-ATGGAGCATC-GAAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAACTCGG
129 ATTTAAGGATTTGATTTGA-CGAGCATCAG-AATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGG
*
7775 AAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
192 AAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
* * * * *
7840 TTATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAAATGTGGTAAGATTTTTTTGGTCAATTTTTGCAAA
257 ATATTTTTTATGAGTATTCTGGCC--AAAAATTGTGG-AAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAA
* *
7905 ATTATAGCCCAAAT
319 ATTTTAGCCGAAAT
* * * *
7919 CGTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGTTGATCTGGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* * * * *
7984 ATTTTTTGAGCCAAGTCTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCGCTATGGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
* ** * *
8049 TTAAGGATTTTATTTGGGGAGCATCATAATCATGTCTC--TTTAATAAGAAATTAATTCGG-AAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
* * * *
8111 ATATAGGAAAATCAATATTCGAAGCGTGAAAAGCCCATCATTCTTTTTTGCATTGAATTATATAT
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
* * * *
8176 TTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTTGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAC
261 TTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
*
8241 CCTAAAT
326 CCGAAAT
* * *
8248 CGTGTATTAACCAT-----TTTTTGTCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCTGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* * * **
8308 ATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAATCAAATCTCAATCACTATGGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
** * * * * * * * *
8373 TTAAATATTTGATTTGACGAACAACAGAATCACGTGTTGATCTAATCA-AAATTAATTCAG-AAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
* * * * * *
8436 ACATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTTAAAAGCCCATCAATCTTTCT-GCTGTTGAATTATATA
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGC-ATTGAATTATATA
* * *
8500 -TTCTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGTGGAAAAAAATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
260 TTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGG-AAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
*
8564 AGCCAAAAT
324 AGCCGAAAT
* *
8573 CGTG---------T-AC-GATTTTGTCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* * * *
8627 --TTTTTGCACCTAGACTCATTGAAATATCTATATTAATTTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
* * * *
8690 TGAAGGATTTGATTTGACGAGCATTAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
* * *
8755 ATATA-GAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCATCAATCTTTTTGGC-GTGTAATTACATA
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTG-AATTATATA
* * * * * * * * *
8818 TCTTTAATGAGTATTCTTGTCAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTT
260 TTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTG--GAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTT
8883 TAGCTC-AAAT
323 TAGC-CGAAAT
* * * *
8893 CGTATATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTCCGATGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* *
8958 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACTATGGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
* *
9023 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
* * * * *
9088 ATATAGGAAAATCAATACTAGAAGCTTGAAAAGTCCATCAATATTTTTGGCATTGAATTATATAT
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
* * * *
9153 TTTATT-TCAATATTCTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTT
261 TTT-TTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTT-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTT
* *
9217 AGCCCATAT
324 AGCCGAAAT
* * **
9226 CGTATACTAACCCATCACGG-TTTTCGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCTAGTTCAGTTTTGCAT
1 CGTGTACTAA-CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCAT
* *
9290 GATTTTTTGCGCCAAGACTCGTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCTACTATGGA
65 GATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGA
* * * * * * *
9355 ATCAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGTCAATTAAATGAGAAATTAATTCAG-AA
130 TTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAA
* ** * * *
9419 AATATAGGAAAATCAATATTAGAAGTTTGGACAA-CCCATCATTCTTTTTGGCGTTGAATTATAT
195 AATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGT-GAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
* * * ** *
9483 ATTTTTTATATGAGTATTCTGGCCAGAGACTAAGGAAAAGATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
259 A-TTTTT-TATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAA-ATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAAT
* *
9548 TTTAGCCCATAT
321 TTTAGCCGAAAT
*
9560 CGTATACTAACCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCAT
1 CGTGTACTAA-CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCAT
* * * *
9625 GATTTTTTACGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATCAGTCACTATGTA
65 GATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGA
* * * * *
9690 TTTAAGGGTTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGTTGATTTAATGAAAAATTAATTCAG-AA
130 TTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAA
* * * * * * **
9754 AACATAGGAAAATCGATATTAGAAACTTGAAAAGGCCATCAATCATTCTGGTGTTGAATTATATA
195 AATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA
* * *
9819 CTTTTTATGAGTATTTTGACCAAAAATTGTGG--AAA---TT-GGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
260 TTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
*
9878 GCCCAAAT
325 GCCGAAAT
* * * * * * * *
9886 CGCGTACTAACCAAT-ATGCTTTGTGTCTAAAAATGTGTTTCGGTGCTCCGGTTCAATTTTGCAT
1 CGTGTACTAACC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCAT
* * *
9950 GATTTTTAGCGCCTAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACTATGGA
65 GATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGA
* ** * *
10015 TTGAAGGATTTGATTTGTGGGGTATCAGAATCATGTCT-GATTTAATGAGAAATTAACTT-GG-A
130 TTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAA-TTCGGAA
* * *
10077 AAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAATGCTCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTACAT
194 AAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
* * * *
10142 ATTTTTGAGTGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGAAAAAATTTTTGGGTCAA-TTTTGCAATATT
259 ATTTTTTA-TGAGTATTCTGGCC-AAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATT
*
10206 TTAACCAGAAAT
322 TTAGCC-GAAAT
* * * * **
10218 CGTGTACTAAGCATGACGATTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCTGGTTCAGTTTTTAATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* * *
10283 ATTTTTTGCGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACTATGGAT
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* ** * * * *
10348 TGAAGGATTTGATTTGTGGGGTATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAACTCGGGAAA
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* ** *
10413 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGAGTGAATTGCTCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
* *
10478 TTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAATATTTTA
261 TTTTTATGAGTATTCTGGCC-AAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
10543 GCCGAAAT
325 GCCGAAAT
* *
10551 CGTGTACTATCCATCACGG-TTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTT-CATA
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
* *
10614 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAAAATCTATACTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
* ** * *
10679 TTAATGATTTGATTTGTGGAGAATCAGAATCATGTCTCGGTTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
* * * *
10744 ATTTAGGAAAATCGATATTAGAAGCTTGAAATGCCCACCCATCAATCTTTTTCGCATTGAATTAT
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAG----CCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
* * * *
10809 ATATTTCTTATGAGTATTCTAGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAAT
257 ATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAA-TTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAAT
10874 TTTAGCCGAAAT
321 TTTAGCCGAAAT
*
10886 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTT-CGGTGCTCCCGTTCAGTTTTGCATG
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
*
10950 ATTTTTTGCGCCAGGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
66 ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
** * * *
11015 TTAAGGATTTGATTTGTGGAGCATCATAATCATGTCT-G-TTTAATAAGAAATTAATTCGGAGAA
131 TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
* * *
11078 ATACAGG-AAATCGATATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCGATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
196 ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
* * *
11142 TTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAACTTTTGCAATATTTTA
261 TTTTTATGAGTATTCTGGCC-AAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
11207 GCCGAAAT
325 GCCGAAAT
* *
11215 CGTGTACTATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCTGGTTCAGTTCTT-CAT
1 CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTT-TTGCAT
*
11279 GATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACTATGGA
65 GATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGA
*
11344 TTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGC-CGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAA
130 TTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGT-CTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAA
** * *
11408 AAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGTTTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT
194 AAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
* * *
11473 ATTTTTTATGAGTATTCTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGT
259 ATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAA-TTTTTGGGT
11521 TTGCTAAAAA
Statistics
Matches: 3753, Mismatches: 432, Indels: 173
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
316 1 0.00
317 94 0.03
318 56 0.01
319 76 0.02
320 40 0.01
321 1 0.00
324 236 0.06
325 253 0.07
326 54 0.01
327 1 0.00
328 3 0.00
329 168 0.04
330 141 0.04
331 219 0.06
332 544 0.14
333 664 0.18
334 384 0.10
335 603 0.16
336 215 0.06
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
CGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATG
ATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGAT
TTAAGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAA
ATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
TTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAATTGTGGAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
CCGAAAT
Found at i:12210 original size:328 final size:331
Alignment explanation
Indices: 11523--12797 Score: 1886
Period size: 329 Copynumber: 3.8 Consensus size: 331
11513 TTTCGGGTTT
* * * * *
11523 GCTAAAAATGCGGTCCAGTGCTCCGGTTAAGTTTTCCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAA
1 GCTAAAAATGCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAA
* * * *
11588 AAATCTATACTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAATGATTTGATTTGTGGAGAATC
66 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGTGGAGCATC
* * *
11653 AGAATCATGTCTCGGTTTAATGATAAATTAATTCGGAAAAATTTAGGAAAATCGATATTGGAAGC
131 AGAATCATGTCTC-GTTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGC
* *
11718 GTGAAATGCCCACCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTCTGGCCA
195 GTGAAAAG----CCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCA
11783 AAAATTGTGG-AAAAATATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
256 AAAATTGTGGAAAAAAT-TTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-C
11847 ATCACGGTTTTTG
319 ATCACGGTTTTTG
* *
11860 GCTAAAAATGCGTTACGGTGCTCCCGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAGGACTCATTGAA
1 GCTAAAAATGCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAA
11925 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGTGGAGCATC
66 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGTGGAGCATC
* * *
11990 ATAATCATGTCT-GTTTAATAAGAAATTAATTCGG-AAAATACAGG-AAATCGATATTAGAAGCG
131 AGAATCATGTCTCGTTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCG
12052 TGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTCTTGG-CAAAAA
196 TGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTC-TGGCCAAAAA
12115 TTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCAC
260 TTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCAC
12180 GGTTTTTG
324 GGTTTTTG
* * * * *
12188 GCTAAAAAAGCGTTATGGTGCTCCGGTTCAGTTTTACATGATTTTTTGTGCCAGGACTCATTGAA
1 GCTAAAAATGCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAA
* * * *
12253 ATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACTATGGATTAAAGGATTTGATTTGTGGAGTATC
66 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGTGGAGCATC
* *
12318 AGAATCATGTCTCGATTTAATGAGAAATTAACTCGGAAAAATATAGGAAAATCGACATTAGAAGC
131 AGAATCATGTCTCG-TTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGC
*
12383 GTGAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAA
195 GTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAA
* * * *
12448 GATGTGGAAAAAA-TTTTGGGTCAACTTTTGCAATATTTTAGCCAAAATCGTGTAC---CATCAC
260 -TTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATCAC
12509 GGTTTTTG
324 GGTTTTTG
* ** * *
12517 GCTAAAAATGCATCCCGGTGCTCTGGTTCAGTTTTGAATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAA
1 GCTAAAAATGCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAA
* **
12582 ATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGACGAGCATC
66 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGTGGAGCATC
** * * *
12647 AGAATTTTGTGTCGGTTTGATGAGAAATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGT
131 AGAATCATGTCTC-GTTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGC
* * * *
12712 TTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCAAAAAA
195 GTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAA
* *
12777 TTGAGGAAAAAAATTTTGGGT
260 TTGTGGAAAAAATTTTTGGGT
12798 TTGCTAAAAA
Statistics
Matches: 857, Mismatches: 70, Indels: 30
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
328 227 0.26
329 292 0.34
330 20 0.02
331 9 0.01
332 57 0.07
333 83 0.10
334 19 0.02
335 20 0.02
337 130 0.15
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
GCTAAAAATGCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAA
ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGATTTGTGGAGCATC
AGAATCATGTCTCGTTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATATAGGAAAATCGATATTAGAAGCG
TGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAT
TGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGG
TTTTTG
Found at i:12459 original size:949 final size:947
Alignment explanation
Indices: 10575--12468 Score: 3275
Period size: 949 Copynumber: 2.0 Consensus size: 947
10565 CACGGTTTTG
* * *
10575 GCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCCGGTTCAGTTTTCATAATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
1 GCTAAAAATGCGGTCCAGTGCTCCGGTTAAGTTTTCATAATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
10640 AATCTATACTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAATGATTTGATTTGTGGAGAATCA
66 AATCTATACTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAATGATTTGATTTGTGGAGAATCA
*
10705 GAATCATGTCTCGGTTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATTTAGGAAAATCGATATTAGAAGCT
131 GAATCATGTCTCGGTTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATTTAGGAAAATCGATATTAGAAGCG
10770 TGAAATGCCCACCCATCAATCTTTTTCGCATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTCTAGCAAA
196 TGAAATGCCCACCCATCAATCTTTTTCGCATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTCTAGCAAA
10835 AAATTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
261 AAATTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
10900 CACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCGGTGCTCCCGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAGG
326 CACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCGGTGCTCCCGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAGG
10965 ACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGATTT
391 ACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGATTT
11030 GTGGAGCATCATAATCATGTCTGTTTAATAAGAAATTAATTCGGAGAAATACAGGAAATCGATAT
456 GTGGAGCATCATAATCATGTCTGTTTAATAAGAAATTAATTCGGAGAAATACAGGAAATCGATAT
* *
11095 TAGAAGCGTGAAATGCCCATCGATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGG
521 TAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGG
*
11160 CCAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAACTTTTGCAATATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT
586 CCAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT
* * *
11225 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGTGCTCTGGTTCAGTTCTTCATGATTTTTTGCG
651 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTCTTCATGATTTTTTGCG
* * *
11290 CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTT
716 CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACTATGGATTAAAGGATTT
* *
11355 GATTTGACGAGCATCAGAATTATGTGCCGATTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATATAGGAAA
781 GATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGCCGATTTAATGAGAAATTAACTCGGAAAAATATAGGAAA
* ** * *
11420 ATCGATATTAGAAGTTTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAG
846 ATCGACATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAG
*
11485 TATTCTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTT
911 TATTCTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTTT-GGGTTT
*
11523 GCTAAAAATGCGGTCCAGTGCTCCGGTTAAGTTTTCCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAA
1 GCTAAAAATGCGGTCCAGTGCTCCGGTTAAGTTTT-CATAATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAA
11588 AAATCTATACTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAATGATTTGATTTGTGGAGAATC
65 AAATCTATACTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAATGATTTGATTTGTGGAGAATC
* *
11653 AGAATCATGTCTCGGTTTAATGATAAATTAATTCGGAAAAATTTAGGAAAATCGATATTGGAAGC
130 AGAATCATGTCTCGGTTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATTTAGGAAAATCGATATTAGAAGC
* * *
11718 GTGAAATGCCCACCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTCTGGCCA
195 GTGAAATGCCCACCCATCAATCTTTTTCGCATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTCTAGCAA
*
11783 AAAATTGTGGAAAAA-TATTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
260 AAAATTGAGGAAAAACT-TTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
11847 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTACGGTGCTCCCGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCC
324 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTT-CGGTGCTCCCGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCC
11912 AGGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGA
388 AGGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGA
11977 TTTGTGGAGCATCATAATCATGTCTGTTTAATAAGAAATTAATTCGGA-AAATACAGGAAATCGA
453 TTTGTGGAGCATCATAATCATGTCTGTTTAATAAGAAATTAATTCGGAGAAATACAGGAAATCGA
12041 TATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTC
518 TATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTC
* *
12105 TTGG-C-AAAAATTGTGGAAAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
583 -TGGCCAAAAAAATGTGG-AAAAATTTTTGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
*
12168 ACTAAT-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTATGGTGCTCCGGTTCAGTT-TTACATGATT
646 ACT-ATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTCTT-CATGATT
* * *
12231 TTTTGTGCCAGGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAACCACTATGGATTAA
709 TTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACTATGGATTAA
** *
12296 AGGATTTGATTTGTGGAGTATCAGAATCATGT-CTCGATTTAATGAGAAATTAACTCGGAAAAAT
774 AGGATTTGATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGC-CGATTTAATGAGAAATTAACTCGGAAAAAT
*
12360 ATAGGAAAATCGACATTAGAAGCGTGAAATGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTT
838 ATAGGAAAATCGACATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTT
*
12425 TTTATGAGTATTCTGGCCAAAAAGA-TGTGGAAAAAATTTTGGGT
903 TTTATGAGTATTCTGG-CAAAAA-ATTGAGGAAAAAATTTTGGGT
12469 CAACTTTTGC
Statistics
Matches: 897, Mismatches: 39, Indels: 20
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
947 13 0.01
948 341 0.38
949 392 0.44
950 151 0.17
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (947 bp):
GCTAAAAATGCGGTCCAGTGCTCCGGTTAAGTTTTCATAATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAA
AATCTATACTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAATGATTTGATTTGTGGAGAATCA
GAATCATGTCTCGGTTTAATGAGAAATTAATTCGGAAAAATTTAGGAAAATCGATATTAGAAGCG
TGAAATGCCCACCCATCAATCTTTTTCGCATTGAATTATATATTTCTTATGAGTATTCTAGCAAA
AAATTGAGGAAAAACTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
CACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCGGTGCTCCCGTTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAGG
ACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTATGGATTTAAGGATTTGATTT
GTGGAGCATCATAATCATGTCTGTTTAATAAGAAATTAATTCGGAGAAATACAGGAAATCGATAT
TAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTCTGG
CCAAAAAAATGTGGAAAAATTTTTGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAT
CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCGTTACGGTGCTCCGGTTCAGTTCTTCATGATTTTTTGCG
CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACTATGGATTAAAGGATTT
GATTTGACGAGCATCAGAATCATGTGCCGATTTAATGAGAAATTAACTCGGAAAAATATAGGAAA
ATCGACATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAG
TATTCTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTGGGTTT
Done.