Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01010500.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10521, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 777

Length: 1296
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.33


Found at i:976 original size:318 final size:320

Alignment explanation


    Indices: 1--1292  Score: 2076
    Period size: 320  Copynumber: 4.1  Consensus size: 320

                              *                                   *          
          1 TAACTCGATGAATATAGTAATTTGCAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCTAAGCTGAGCCAGG
          1 TAACTCGATGAATATAGTTATTTGCAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCTAAACTGAGCCAGG

                                 *                              *            
         66 GCCCCAGATTGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGATTAAAAACTGAC
         66 GCCCCAGATTGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAAACTGAC

                         *        *                                          
        131 CTGAAAACTTTTTCCTCAATTCCTTGCTACAATACTCAAAAATAAAATATAATTCAATGCCAAAA
        131 CTGAAAACTTTTTTCTCAATTCTTTGCTACAATACTCAAAAATAAAATATAATTCAATGCCAAAA

                             *                                               
        196 AGATTGAAGGCTTTTAATGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAA
        196 AGATTGAAGGCTTTTAACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAA

                                                                        
        261 ATTGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAATACAAATCGTTAAATCCAATTTGGCTGGGATT
        261 ATTGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAATACAAATCGTTAAATCCAATTTGGCTGGGATT

                                                               *   *      *  
        321 TAACTCGATGAATATAGTTATTTGCAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGG
          1 TAACTCGATGAATATAGTTATTTGCAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCTAAACTGAGCCAGG

                 *  *                                   *                    
        386 GCCCCGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA----T-GTACAGGATTTCGGTTAAAAACTGAC
         66 GCCCCAGATTGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAAACTGAC

            *                    *     * *        *     **  *                
        446 ATGAAAACTTTTTTCTCAATTTTTTGCCATAATACTCATAAATACTATGTAATTCAATGCCAAAA
        131 CTGAAAACTTTTTTCTCAATTCTTTGCTACAATACTCAAAAATAAAATATAATTCAATGCCAAAA

             * *       *    *  *           *                                 
        511 ACAATGAAGGGTTTTTCACCCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTA
        196 AGATTGAA-GGCTTTTAACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTA

            *  *                * *      * *             *      **       
        576 TATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAATAAATCGTTAAATCAAATTTGATTGGGATT
        260 AATTGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAATACAAATCGTTAAATCCAATTTGGCTGGGATT

                                                                             
        637 TAACTCGATGAATATAGTTATTTGCAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCTAAACTGAGCCAGG
          1 TAACTCGATGAATATAGTTATTTGCAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCTAAACTGAGCCAGG

                 *                               **              *           
        702 GCCCCGGATTGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G-CCGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGAC
         66 GCCCCAGATTGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAAACTGAC

                                                                             
        765 CTGAAAACTTTTTTCTCAATTCTTTGCTACAATACTCAAAAATAAAATATAATTCAATGCCAAAA
        131 CTGAAAACTTTTTTCTCAATTCTTTGCTACAATACTCAAAAATAAAATATAATTCAATGCCAAAA

                                                                             
        830 AGATTGAAGGCTTTTAACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAA
        196 AGATTGAAGGCTTTTAACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAA

                                                                  *     
        895 ATTGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAATACAAATCGTTAAATCCAATTTGGCTTGGATT
        261 ATTGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAATACAAATCGTTAAATCCAATTTGGCTGGGATT

               *    *                                                  *     
        955 TAAGTCGAAGAATATAGTTATTTGCAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCTAAACTGATCCAGG
          1 TAACTCGATGAATATAGTTATTTGCAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCTAAACTGAGCCAGG

                                                                             
       1020 GCCCCAGATTGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAAACTGAC
         66 GCCCCAGATTGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAAACTGAC

               *                                           *                 
       1085 CTGGAAACTTTTTTCTCAATTCTTTGCTACAATACTCAAAAATAAAAAATAATTCAATGCCAAAA
        131 CTGAAAACTTTTTTCTCAATTCTTTGCTACAATACTCAAAAATAAAATATAATTCAATGCCAAAA

                         * *              *               *                  
       1150 AGATTGAAGGCTTATCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTAAAATTAATTTCTAATTAA
        196 AGATTGAAGGCTTTTAACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAA

                                                                        
       1215 ATTGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAATACAAATCGTTAAATCCAATTTGGCTGGGATT
        261 ATTGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAATACAAATCGTTAAATCCAATTTGGCTGGGATT

                              
       1275 TAACTCGATGAATATAGT
          1 TAACTCGATGAATATAGT

       1293 AATT


Statistics
Matches: 883,  Mismatches: 83, Indels: 12
        0.90            0.08        0.01

Matches are distributed among these distances:
 315   85  0.10
 316  198  0.22
 318  198  0.22
 319   88  0.10
 320  314  0.36

ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.33


Consensus pattern (320 bp):   
TAACTCGATGAATATAGTTATTTGCAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCTAAACTGAGCCAGG
GCCCCAGATTGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAAACTGAC
CTGAAAACTTTTTTCTCAATTCTTTGCTACAATACTCAAAAATAAAATATAATTCAATGCCAAAA
AGATTGAAGGCTTTTAACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAA
ATTGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAATACAAATCGTTAAATCCAATTTGGCTGGGATT

Done.