Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010503.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10524, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4526
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2766 original size:332 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1--4526 Score: 5693
Period size: 332 Copynumber: 13.7 Consensus size: 333
* * * *
1 AAATTTTGGATAAAATTNACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTTGGCCAAAATACTCATTTAAA
1 AAATTTTTGAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTT-GCCAAAATACTCATTGAAA
* *
66 ATTTATAATTCGATGCCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTCAATGCTTCT-A-AT--A---T-C---G
65 ATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATG
* *
119 TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGATTTCTGATGCTCGAAAAAATAATCCTTAT
130 TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAA-AATCCTTAT
* * * ** *
184 GTCCAATGTGGCTTTGATTTTGCTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCAAAAAAT
194 GTCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAAT
* * *
249 CATGCAAAACAAAGCCAGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACAGTGATGGTTAC-ACACG
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*
313 ATTTCGAGTA
324 ATTTCGACTA
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1 AAATTTTTGAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAAAA
* * * * *
388 TTTATAATTCAAGGCCAAAAAGAATGAAGGGTTTTTCAA-GGTTCTAATTTCGTTTTTCCTATGT
66 TTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATGT
* * *
452 TTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAAT-TAAACAT-GTTTCTGATGCTCGAAAAAAAAT-ATTATG
131 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC-TGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAATCCTTATG
* * * *
514 TCTAATGTGGCTTAGATTTTGGCTACTCGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTGGCGCCAAAAAT
195 TCCAATGTGGCTTAGA-TTTGGTTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAAT
* ** * * *
579 CAGGCAAAACATTGCCGGGGCCTCGCAACGCGTTTTTAGCGAAAAAACTGTGAT-GTAACTACTA
259 CATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCG-AAAAACTGTGATGGT---TACTA
643 CACGATTTCGACTA
320 CACGATTTCGACTA
* * *
657 AAA-TTTAGTAAAAAATTGACCCG-AAAAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCAAAATACTTATTGAA
1 AAATTTTTG-AAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTT-AATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAA
* * * * *
720 AATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGAATGAAGGGCTTTTC-ACGTTTCTAATTTCGTTTTTCCTAT
64 AATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTAT
** *
784 GTTTTTTAGAATTAATATT-TGATTAAATCGAAA-TCGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAATATCCT
129 GTTTTTCCGAATTAAT-TTCTAATTAAATCGAAACT-GGTTTCTGATGCTCGAAAAAAA-ATCCT
* * * *
847 TATGTCCAAAGTGGCTTATATTTGGTTACTTGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAA
191 TATGTCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAA
* * * * *
912 AATTATGCAAAACAGAGCCCGGGT-CCCGGAAC-CTATTTTTAGCAAAAAACTGTGATGATTATT
256 AATCATGCAAAACAGAG-CCGGGTCCCCGGAACGC-GTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTACT
* *
975 ACATGATTTTGACTA
319 ACACGATTTCGACTA
* * * * * *
990 AAA-TTTAGCAAAAAATTGATCCG---AAATTTCCCTCAATTTTTGGCC-AAAGACTCATTGAAA
1 AAATTTTTG-AAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAAA
* * * * *
1050 ATTAATAATTCAAGGCCAAATAGATTGAAGGGCTTTTC-ACGCTTCTAATTTCGATTTTCTTATG
65 ATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATG
* * * *
1114 TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTTTGATGCTCGAAAAACAATCCTTATT
130 TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAATCCTTATG
* * *
1179 TCCAATGTGG-TATAGATTTGGTTACTCGAATGTAGATATTTCAAGGACTCTTGGCGCCAAAAAT
195 TCCAATGTGGCT-TAGATTTGGTTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAAT
* *
1243 CATGCAAAACAGAGCCGGGTCCTCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAATTGTGATGGTTACTACACG
259 CATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTACTACACG
1308 ATTTCGAC-A
324 ATTTCGACTA
* * * * *
1317 AAAATTTAGCGAAAAATTGACCC-AAATAATTTTTCCTTAATTTTTTGTCAAAATACTCATTGAA
1 AAATTTTTG-AAAAAATTGACCCGAAA-AAATTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAA
* *
1381 AATTTATAATTCAATGCGAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTAT
64 AATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTAT
* * *
1446 GTTTTTCCGAATGAATTTCTAATAAAATCGAAAGTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAAATCCTTA
129 GTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCG-AAAAAAAATCCTTA
* * *
1511 TGTCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATATAAGATATTTCAAGGAATGTTGGCAACAAAA
193 TGTCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATAT-AGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAA
* * * * *
1576 ATCATGCAAAACAGAGCCGGGTCACTGGGACGGGTTTTTAGCGAAAAA-TAGTGATAGTTACTAC
257 ATCATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACT-GTGATGGTTACTAC
1640 ACGATTTCGACTA
321 ACGATTTCGACTA
*** * * * *
1653 AAATTTTTGAAAAAATTGGTGCGAAAAAAATTTTCCTTCATTTTTGGCCAAAATACTCTTTTAAA
1 AAATTTTTGAAAAAATTGACCCG-AAAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAAA
* *
1718 ATTTATAATTCAAGGCCAGAAAGATTGAACGGC-TTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATG
65 ATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATG
*
1782 TTTTTCCGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAAATCCTTAT
130 TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCG-AAAAAAAATCCTTAT
* *
1847 GTCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATATAAGATATTTCAAGGAATCTTGGCACTAAAAA
194 GTCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATAT-AGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAA
*
1912 TCATGCAAAACAGAGCCGGGTCCTCGGAACGCGTTTTTAGCG----A-----A-----A--A-A-
258 TCATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTACTACAC
1959 -ATTTCGACTA
323 GATTTCGACTA
*
1969 AAA-TTTAGCAAAAAATTGACCC-AAAAAATTTTTCCTTAATTTTTTTGCCAAAATACTCATTGA
1 AAATTTTTG-AAAAAATTGACCCGAAAAAA-TTTTCCTTAA-TTTTTTGCCAAAATACTCATTG-
* * * * * * *
2032 AAAATTT-TAATTCAAGGCTAAAAATAATGAAGAGCTTTTC-ACGCTTCTAATTTCGTTTTTCCT
62 AAAATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCT
* * *
2095 ATATTTTTCCGAATTAATTTGTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGAGGCTCGAAAAAAAAAATCC
127 ATGTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCG--AAAAAAAATCC
* * * * *
2160 TTATGTCCATTGTGACTTAGATAT-GTCTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTGGCCCCA
190 TTATGTCCAATGTGGCTTAGATTTGGT-TACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCA
* * ** * * *
2224 AAAATCTTACAAAATTGAGCCGGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACTGTTATGGCTAA
254 AAAATCATGCAAAACAGAGCC-GGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGG-T--
* * *
2289 AAACTATACAATTTCGACTA
315 -TACTACACGATTTCGACTA
* * * * * * *
2309 AAAATTTTGTAAAAAATTGAACCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATCT-AA
1 AAATTTTTG-AAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCAT-TGAA
* * * *
2373 AATTTATAATTCAAGGCCAAATAGATTGAAGGGCTTTTC-ACGCATCTAATTTCGATTTTCCTAT
64 AATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTAT
* *
2437 GTTTTTCCGAATTAATTTGTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGACGCTCGAAAAAAAATCCTTAT
129 GTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAATCCTTAT
* * * *
2502 GTCCAATGTGGCTTAGATATGGCTACTCGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTAGCACCGAAAAA
194 GTCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACC-AAAAA
* **
2567 -CATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACACGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTGTTACAC
258 TCATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTACTACAC
*
2631 GATTTTGACTA
323 GATTTCGACTA
* * * * * *
2642 AAATTTTTGAAAAAATTGACCTGAAAAAGTTTTCCTTAATTTTTTGCAAAAATACTCTTTTAAGA
1 AAATTTTTGAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAAAA
* * ** *
2707 GTTATAAGTCAAGGCCAAAAAGATTGAAATGC-TTCCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATGT
66 TTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATGT
2771 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAAATCCTTATG
131 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCG-AAAAAAAATCCTTATG
* *
2836 TCCAACGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATC
195 TCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATC
* ** * *
2901 ATGCAAAACAAAGTTGTGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCG-AAAACTATGATGGTTACTACACGA
260 ATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTACTACACGA
2965 TTTCGACTA
325 TTTCGACTA
**** * *
2974 AAATTCAACAAAAAAATTCACCCG-AAAAATTTTCCCTCAA-TTTTTGCCAAAATACTCATTGAA
1 AAATT-TTTGAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTT-CCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAA
* * * * *
3037 AATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGAATGAAGGGCGTTTC-ATGCTTCTAATTTTGTTTTTCCTAT
64 AATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTAT
3101 GTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAAATCCTTA
129 GTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCG-AAAAAAAATCCTTA
* * * * * * *
3166 TGTCCAATGTGTCTTACATATGGCTACTCGAATGAAAG-TATTTCAACGAGTCTTAG-AGCCAAA
193 TGTCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAAT-ATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCA-CCAAA
* ** * *
3229 AATCATGCAAAACAAAGCCGGGTCAGCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGACGGTTACTAA
256 AATCATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTACTAC
* *
3294 ATGATTTCAACTA
321 ACGATTTCGACTA
* * * * * * *
3307 AAATTTTAGAAAAAATTCACCCGAAAAATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAATATACTCTTTTAAAA
1 AAATTTTTGAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAAAA
*
3372 TTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAA-GG-ATTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATGT
66 TTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATGT
*
3435 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATACTCGAAAAAAAATCCTTATGT
131 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAATCCTTATGT
* *
3500 CCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATATAAGATATTTCAAGGAATGTTGGCACCAAAAATC
196 CCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATAT-AGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATC
* * * * *
3565 ATGCAAAACAGAGCCGGGTCACCGGAACGGGTTCTTAGCGAAAAACTTTGATTGTTACTACACGA
260 ATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTACTACACGA
3630 TTTCGACTA
325 TTTCGACTA
* * * *
3639 AAATTTTTGAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATGCTCTTTTAAAA
1 AAATTTTTGAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAAAA
*
3704 TTTATAACTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATGT
66 TTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATGT
*
3768 TTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAAAATCCTTAT
131 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCG--AAAAAAAATCCTTAT
* * *
3833 GTCCAATGTGGATTAGATTTGGTTACTCGAATATAAGATATTTCAAGGAATGTTGGCACCAAAAA
194 GTCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATAT-AGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAA
* ** * * *
3898 TCATGCAAAACAGAACCGGGTCAACAGAACGGGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATAGTTACTACAC
258 TCATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTACTACAC
3963 GATTTCGACTA
323 GATTTCGACTA
* * * *
3974 AAATTTTTGAAAATATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCTTTTAAAA
1 AAATTTTTGAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAAAA
*
4039 TTTATAAGTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTCAATGCTTCTAATATCG-TTTTCGCTATG
66 TTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTC-CTATG
* *
4102 TTTTTCCGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAGTCCTTATG
130 TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAATCCTTATG
* * * *
4167 TCCAATGTGGCTTAGATTTAGTTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGACGCAAAAAATC
195 TCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATC
* * *
4232 AAGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGGGATGGTTACTAAACGA
260 ATGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTACTACACGA
*
4297 TTTTGACTA
325 TTTCGACTA
* *
4306 AATTTTTTGAAAAAATTGACCCG-AAAAATTTTCCCTCAA-TTTTTGCCAAAATACTCATTGAAA
1 AAATTTTTGAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTT-CCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAAA
* ** * * * *
4369 GTTTATAATTCAAGGCCAAAAAGAAAGAAGGGCTTTTC-ACGCTTCTAATTTCGTTTTTCTTATG
65 ATTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATG
* * * *
4433 TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTTTGATGCTCG-AAAAACATCCTTATT
130 TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAATCCTTATG
4497 TCCAATGTGG-TATAGATTTGGTTACTCGAA
195 TCCAATGTGGCT-TAGATTTGGTTACTCGAA
Statistics
Matches: 3696, Mismatches: 396, Indels: 216
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
314 6 0.00
315 13 0.00
316 173 0.05
317 77 0.02
318 1 0.00
319 1 0.00
321 54 0.01
322 49 0.01
323 1 0.00
326 2 0.00
327 11 0.00
328 140 0.04
329 139 0.04
330 134 0.04
331 235 0.06
332 879 0.24
333 489 0.13
334 189 0.05
335 648 0.18
336 142 0.04
337 62 0.02
338 78 0.02
339 13 0.00
340 130 0.04
341 26 0.01
342 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
AAATTTTTGAAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTTAATTTTTTGCCAAAATACTCATTGAAAA
TTTATAATTCAAGGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCAATGCTTCTAATATCGATTTTCCTATGT
TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACTGGTTTCTGATGCTCGAAAAAAAATCCTTATGT
CCAATGTGGCTTAGATTTGGTTACTCGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCA
TGCAAAACAGAGCCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTACTACACGAT
TTCGACTA
Done.