Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010510.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10531, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 3--2859 Score: 2555
Period size: 332 Copynumber: 8.7 Consensus size: 325
1 CA
* * * *
3 GCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGTCAAAATACTCAGGAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC--GAAAAATTTTTCTCAATTTTTGTCACAATACTCAGGAA
* *
68 AATATATAATTCAA-AGTCAAAAAAAATTAAAGGGTTTTACATGCTTTTAATATCATTTTTCCAA
64 AATATATAATTCAACA--C-AAAAAAATTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCC-A
* * * * *
132 AATTTTCGAATATATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATACTTG
125 ATTTTTCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * *
197 AATCCATTTTGACTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAA
190 AATCCATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCTAAAAA
* * * *
262 TCATGCAAAACGGAGC----CCCGAAATGCATTTTTAGC-AAAACACCGTGATGATTAATATACG
255 TCATGCAAAACGGAGCGAGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGATTAATACACG
322 ATTTCG
320 ATTTCG
328 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCG-AAAATTTTTCGTCAATTTTTTGTCACAATACTCAGGAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTC-TCAA-TTTTTGTCACAATACTCAGGAA
* *
392 AATATATAATTCAAGTAAAAAAAAATTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCAAAT
64 AATATATAATTCAA-CACAAAAAAATTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCC-AAT
*
457 TTTTCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
127 TTTTCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
* * *
522 TCCATTTTGGCTCAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTTTCTGCTCAAAATC
192 TCCATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCTAAAAATC
*** * * *
587 ACATAAAACGGAGCCAAGGTCCC-AAAAGACGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGATTAATCCAC
257 ATGCAAAACGGAG-CGAGG-CCCGAAACG-CGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGATTAATACAC
*
651 GATTTCA
319 GATTTCG
* * * * *
658 GCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGTCAAAATATTCAGGAAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-GAAAAATTTTTCTCAATTTTTGTCACAATACTCAGGAAA
* * *
723 ATATATTATTCAAAGTCAAAAAAAAATTGAAGCGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCAAA
65 ATATATAATTC-AA--CACAAAAAAATTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCC-AA
788 TTTTGT-GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
126 TTTT-TCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* *
852 AATCCATTTTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAA
190 AATCCATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCTAAAAA
* * *
917 TCATGCAAAACGGAGCCGGGGCCCCGAAAGGCGTTTCTAGCAAAAAAACCGTGATGATTAATACA
255 TCATGCAAAACGGAG-CGAGG-CCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGATTAATACA
982 CGATTTCG
318 CGATTTCG
*
990 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTC-CAGAATTTTTGGCACAATACTCAGGAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCTC--AATTTTTGTCACAATACTCAGGAA
1054 AATATATAATTCAA-AGTCAAAAAAAATTTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCA
64 AATATATAATTCAACA--C-AAAAAAA-TTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCC-
* *
1118 AAATTTTCGAATATATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
124 AATTTTTCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* **
1183 AAATCCATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCAGCCCAAA
189 AAATCCATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCTAAAA
* * * * *
1248 ATCATGCAAAACGGAGC----CCCGAAATGCATTTTTAGC-AAAACACCGTGATAATTAATACAT
254 ATCATGCAAAACGGAGCGAGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGATTAATACAC
1308 GATTTCG
319 GATTTCG
* **
1315 GCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTCTTTACCACAATACTCA-GAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTT-CTCAATT-TTTGTCACAATACTCAGGAA
* * * * * *
1379 AAAATATAATTCATCTCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC-ATTTCTAATATCGTTTTTCCATT
64 AATATATAATTCAAC-ACAAAAAAATTGAAGGGTTTTACACGCTTT-TAATATCATTTTTCCA--
* * * * **
1443 TTTTTTCCGGACTTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATTCTCGTAAAAACAAATTTT
125 ATTTTT-C-GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* * * * *
1508 TAAATCCAATGTGACTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCT-A
188 TAAATCCATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTG-CTAA
* * * * * *
1572 AAATTATGCAAAACTGAGTCGAGGCTCTGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAAAAATCATGAT-AGT
252 AAATCATGCAAAACGGAG-CGAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAG--C-AAAAAAACCGTGATGA-T
** * * *
1636 TTGTGCATGATTTCA
311 TAATACACGATTTCG
* * **
1651 GCTAAAATTTTTCAAAAACTG-CCTCGAAAAATTTTTCTCAATTCTTT-TCAACAATACTCAAAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC-CGAAAAATTTTTCTCAATT-TTTGTC-ACAATACTCAGGA
* * * ** * *
1714 AAATATATAACTCAACACCAATAAATTGATTGGTGTTT-CACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-AT
63 AAATATATAATTCAACACAAAAAAATTGAAGGGT-TTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCAAT
* * ** *
1777 TTTTCCGAATTTATTACTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTTTTAAAAACAAATCCGTAA
127 TTTT-CGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * ** * *
1842 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATGCAAATATTTCAAGGATTCTTTCTGCTAAAAAT
191 ATCCATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCTAAAAAT
* ** ** * ** * ** *
1907 CATGCAAAGCTTAGCGAAGGTTTCGAATCGCGGCTTTAGC-CAAAAACCGT-A--A--CGTACAT
256 CATGCAAAACGGAGCG-AGG-CCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGATTAATACAC
1966 GATTTCG
319 GATTTCG
* * *
1973 GC--------T--AAAAACTGACCCGAAAAATGTTTTTCTCAATTTCTTGCCACAATACTCAGAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAA--TTTTTCTCAATTT-TTGTCACAATACTCAG-G
* * * * * * *
2028 AAAATATATAATTCAGCGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTT-CACACTTTTATTATCATTTATCCA
62 AAAATATATAATTCAAC-ACAAAAAAATTGAAGGG-TTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCA
* * * * *
2092 ATTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAGAAAATTCAGTTGCTCGTAAAAA-AAAT
125 A----TTTTT-CGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT
* * * * * * *
2156 CCTTAAATCAAATGTT-GCTGAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAATCTTTAC-A
185 CCTTAAATC-CATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT-CTG
* * * ** * * * * *
2219 CCAAAAATTATGTAAAATTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGC--CAAAACCGTGGTGGT
248 CTAAAAATCATGCAAAACGGAG-CGAGGC-CCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGAT
* *
2282 TATTCCACGATTTCG
311 TAATACACGATTTCG
* * * * * * * * **
2297 GATAAAATTTTGTAAATATTGACCGGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAAT-TTTTCTCAATTTTTGTC-ACAATACTCA-GGA
* * * ** *
2362 AAATATATATTTCAACGACAATAAGATTGAAGGGCTTTTGACA---TTTCTAATATTGTTTTCCC
63 AAATATATAATTCAAC-ACAAAAAAATTGAAGGG-TTTT-ACACGCTTT-TAATATCATTTTTCC
* * * * * *
2424 TATTTTTCCTAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATTCT
124 AATTTTT-CGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* * * * * * ***
2489 TAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAAGTAGTCTTGGAG-TAAA
188 TAAATCCATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCT-AA
* * * *
2553 AAATCATGCAAAATTGAAGC-AGGTCCTCGGAACGCGTTTTTAGC-GAAAAACCGTGATGATTAG
252 AAATCATGCAAAA-CGGAGCGAGG-CC-CGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGATTA-
* * *
2616 TTAGTAAATGATTTCA
313 --A-TACACGATTTCG
* * ** * * * **
2632 GCTAAAATTTTTCAAAAATTGACACGAACGATTTCTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTT-TTCTCAATTTTTGTC-ACAATACTCAGGAA
* * * * * * *
2697 AATAGATAATTTAACGCCAAAAGAATTGGAGGGCTTTT-CACGCTTTTAATTATCGTATTTCCAT
64 AATATATAATTCAAC-ACAAAAAAATTGAAGGG-TTTTACACGCTTTTAA-TATCATTTTTCCA-
* * * * * **
2761 TTTTTTTTCTAAATTAACTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATTA
125 --ATTTTTC-GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
** *
2826 TTAAATTTAATGTT-GCTGAGATTTGGTTAGATGA
187 TTAAA-TCCATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
2860 TGTAAAATAT
Statistics
Matches: 2122, Mismatches: 295, Indels: 217
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
312 15 0.01
313 3 0.00
314 25 0.01
315 17 0.01
316 33 0.02
317 2 0.00
319 8 0.00
320 80 0.04
321 51 0.02
322 26 0.01
323 206 0.10
324 58 0.03
325 109 0.05
326 154 0.07
327 10 0.00
328 5 0.00
329 68 0.03
330 169 0.08
331 176 0.08
332 497 0.23
333 72 0.03
334 54 0.03
335 128 0.06
336 73 0.03
337 1 0.00
338 79 0.04
339 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (325 bp):
GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCTCAATTTTTGTCACAATACTCAGGAAAA
TATATAATTCAACACAAAAAAATTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCAATTTTT
CGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
TTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCTAAAAATCATGC
AAAACGGAGCGAGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAACCGTGATGATTAATACACGATTTCG
Found at i:2103 original size:987 final size:966
Alignment explanation
Indices: 14--2859 Score: 3028
Period size: 987 Copynumber: 2.9 Consensus size: 966
4 CTAAAATTTT
* * * * * * *
14 TCAAAAATTGACCCAAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGTCAAAATACTCAGGAAAATATATAATT
1 TCAAAAACTGACCC-GAAAAATTTTTCCACAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAATATATAATT
* *
79 CAAAGTCAAAAAAAA-TTAAAGGGTTTTACATGCTTTTAATATCATTTTTCCAAAATTTTCGAAT
65 CAAAGTCAAAAAAAATTTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCAAAATTTTCGAAT
* * *
143 ATATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATACTTGAATCCATTTTG
130 ATATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTTTG
* * *
208 ACTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAAC
195 GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCAGCCAAAAATCATGCAAAAC
*
273 GGAGCCCCGAAATGCATTTTTAGCAAAACACCGTGATGATTAATATACGATTTCGGCTAAAATTT
260 GGAGCCCCGAAATGCATTTTTAGCAAAACACCGTGATGATTAATACACGATTTCGGCTAAAATTT
* * *
338 TGCAAAAATTGACCCG-AAAATTTTTCGTCAATTTTTTGTCACAATACTCAGGAAAATATATAAT
325 TGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTTGCCACAATACTCA-GAAAAAATATAAT
* * * * * *
402 TCAAGTAAAAAAAAATTGAAGGGTTTTACACGCTTT-TAATATCATTTTTCCAAATTTTT-CGAA
388 TCAACTACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC-ATTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAA
* * * *
465 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTTT
452 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGT
* * * * ***
530 GGCTCAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATCTCAAGGAGTCTTTCTGCTCAAAATCACATAAAA
517 GACTGAGATTT-GTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCT-AAAATCATGCAAAA
* ** * * * * * *
595 CGGAGCCAAGGTCCCAAAAGACGTTTTTAG-C-AAAAAAACCGTGAT-GATTAATCCACGATTTC
580 CTGAG-C-AGGTCCTGAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAAATCATGATAG-TTAGTACATGATTTC
* * **
657 AGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGTCAAAATATTCAGGAA
642 AGCTAAAATTTTTCAAAAATTG-CCC-GAAAAATTTTCCTCAATTTTTGTCAAAATACTCAAAAA
* ** *
722 AATATATTATTCAAAGTCAAAAAAAAATTGAAGCGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCAA
705 AATATATAATTC-AA--CACCAAAAAATTGAAG-GTTTT-CACGCTTTTAATATCGTTTTTCC-A
* *
787 ATTTTGTGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
764 TTTTTCTGAATTTA-TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * *
852 AATCCATTTTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAA
828 AATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAA
* * *
917 TCATGCAAAACGGAGCCGGGGCCCCGAAAGGCGTTTCTAGCAAAAAAACCGTGATGATTAATACA
893 TCATGCAAAACGGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGCTTCTAGCAAAAAAACCGTGA-GA-TAATACA
982 CGATTTCGGCTAAAA
956 CGATTTCGGC----A
* * * *
997 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCAGAATTTTTGGCACAATACTCAGGAAAATATATA
1 ---T-CAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCACAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAATATATA
1062 ATTCAAAGTCAAAAAAAATTTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCAAAATTTTCG
62 ATTCAAAGTCAAAAAAAATTTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCAAAATTTTCG
1127 AATATATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATT
127 AATATATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATT
*
1192 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCAGCCCAAAATCATGCAA
192 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCAGCCAAAAATCATGCAA
* *
1257 AACGGAGCCCCGAAATGCATTTTTAGCAAAACACCGTGATAATTAATACATGATTTCGGCTAAAA
257 AACGGAGCCCCGAAATGCATTTTTAGCAAAACACCGTGATGATTAATACACGATTTCGGCTAAAA
* *
1322 TTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTCTTTACCACAATACTCAGAAAAAATATA
322 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATT-TTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATA
* * *
1387 ATTCATCTCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCCG
386 ATTCAACTACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCA-TATTTTTCC-
* * * *
1452 GACTTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATTCTCGTAAAAACAAATTTTTAAATCCAA
449 GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAA
*
1517 TGTGACTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCTAAAATTATGCA
514 TGTGACTGAGATTT-GTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTG-CTAAAATCATGCA
* *
1582 AAACTGAGTCGAGG-CTCTGAAACACGTTTTTAGCCCAAAAAAAATCATGATAGTTTGTGCATGA
577 AAACTGAG-C-AGGTC-CTGAAACACGTTTTTAG-CCAAAAAAAATCATGATAGTTAGTACATGA
* *
1646 TTTCAGCTAAAATTTTTCAAAAACTGCCTCGAAAAATTTTTCTCAATTCTTT-TCAACAATACTC
638 TTTCAGCTAAAATTTTTCAAAAATTGCC-CGAAAAATTTTCCTCAATT-TTTGTCAA-AATACTC
* * * *
1710 AAAAAAATATATAACTCAACACCAATAAATTGATTGGTGTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
700 AAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAATTGA-AGGT-TTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCC
* * ** *
1775 ATTTTTCCGAATTTATTACTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTTTTAAAAACAAATCCGT
763 ATTTTTCTGAATTTATT-CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * *
1840 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATGCAAATATTTCAAGGATTCTTTCTGCTAAAA
827 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAA
* ** *** * * **
1905 ATCATGCAAAGCTTAG-CGAAGGTTTCGAATCGCGGCTT-TAGC-CAAAAACCGT-A-A-CGTAC
892 ATCATGCAAAACGGAGCCG-AGGCCCCGAAACGC-GCTTCTAGCAAAAAAACCGTGAGATAATAC
*
1964 ATGATTTCGGC-
955 ACGATTTCGGCA
* *
1975 T-AAAAACTGACCCGAAAAATGTTTTTCTCAATTTCTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAA
1 TCAAAAACTGACCCGAAAAAT-TTTTCCACAATTT-TTGCCACAATACTCAG-AAAAATATATAA
** * * * * * * **
2039 TTCAGCG-CCAAAAAGA-TTGATGGGCTTTT-CACACTTTTATTATCATTTATCCAATTTTTTTT
63 TTCAAAGTCAAAAAAAATTTGAAGGG-TTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCAA---AATTT
* * * *
2101 TCCAA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAAGAAAATTCAGTTGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAAT
124 TCGAATA-T-ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * * * *
2164 CAAATGTT-GCTGAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAATCTTTACA-CCAAAAAT
187 C-CATTTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT-CAGCCAAAAAT
* * ** * * * * * * * *
2227 TATGTAAAATTGAGTCGTGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAA-ACCGTGGTGGTTATTCCACG
250 CATGCAAAACGGAG-C----C-CCGAAATGCATTTTTAGCAAAACACCGTGATGATTAATACACG
* * * * * * * *
2291 ATTTCGGATAAAATTTTGTAAATATTGACCGGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACT
309 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTT-GCCACAATACT
* * * * * * *
2356 CATAAAAAATATATATTTCAACGACAATAAGATTGAAGGGCTTTTGACATTTCTAATATTG-TTT
373 CAGAAAAAATATA-A-TTCAACTACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACATTTCTAATATCGTTTT
* * * * *
2420 TCCCTATTTTTCCTAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAA
436 TCCATATTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
* * * *
2485 TTCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAAGTAGTCTTGGAG-
501 TTCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTG-TTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGC
* * * * *** *
2549 TAAAAAATCATGCAAAATTGAAGCAGGTCCTCGGAACGCGTTTTTAGCGAAAAACCGTGATGATT
565 T--AAAATCATGCAAAACTG-AGCAGGTCCT-GAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAAATCATGA-T
* * **
2614 AGTTAGTAAATGATTTCAGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACACGAACGATTTCTCCTCAATTTTT
625 AGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTTCAAAAATTG-CCCGAAAAATTT-TCCTCAATTTTT
* * * * * *
2679 GGCTAAAATACTCATAAAAATAGATAATTTAACGCCAAAAGAATTGGAGGGCTTTTCACGCTTTT
688 GTC-AAAATACTCAAAAAAATATATAATTCAACACCAAAA-AATT-GAAGG-TTTTCACGCTTTT
* * *
2744 AATTATCGTATTTCCATTTTTTTTTCTAAATTAACTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
749 AA-TATCGTTTTTCCA----TTTTTCTGAATTTA-TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
* ** ** *
2809 CTCGTAAAAATAAATTATTAAATTTAATGTTGCTGAGATTTGGTTAGATGA
808 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
2860 TGTAAAATAT
Statistics
Matches: 1580, Mismatches: 218, Indels: 122
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
973 18 0.01
974 39 0.02
975 27 0.02
976 17 0.01
977 78 0.05
978 46 0.03
979 1 0.00
980 17 0.01
981 182 0.12
982 126 0.08
983 59 0.04
984 52 0.03
985 1 0.00
986 63 0.04
987 316 0.20
988 126 0.08
989 141 0.09
990 172 0.11
991 6 0.00
992 25 0.02
993 67 0.04
994 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (966 bp):
TCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCACAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAATATATAATTC
AAAGTCAAAAAAAATTTGAAGGGTTTTACACGCTTTTAATATCATTTTTCCAAAATTTTCGAATA
TATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTTTGG
CTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCAGCCAAAAATCATGCAAAACG
GAGCCCCGAAATGCATTTTTAGCAAAACACCGTGATGATTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTT
GCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATAATTCA
ACTACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAATTTA
TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGACT
GAGATTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCTAAAATCATGCAAAACTGAGC
AGGTCCTGAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAAATCATGATAGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAAT
TTTTCAAAAATTGCCCGAAAAATTTTCCTCAATTTTTGTCAAAATACTCAAAAAAATATATAATT
CAACACCAAAAAATTGAAGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTCTGAATTTATTC
TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
TTTGGTTAGATGAATACAAATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCG
AGGCCCCGAAACGCGCTTCTAGCAAAAAAACCGTGAGATAATACACGATTTCGGCA
Found at i:3387 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3345--3387 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
3335 CATAATTAAT
*
3345 AAAAAAGTTAAATCATCTCAA
1 AAAAAAGTTAAATCATCTAAA
*
3366 AAAAAAGTTAAATGA-CTAAA
1 AAAAAAGTTAAATCATCTAAA
3386 AA
1 AA
3388 GAATATATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.30
21 14 0.70
ACGTcount: A:0.63, C:0.09, G:0.07, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAAGTTAAATCATCTAAA
Done.