Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010526.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10547, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 42010
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.17, T:0.31
Found at i:1423 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1362--1448 Score: 174
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
1352 CCTGATTTTA
1362 GTGGTTGAGTTTACCAACGGGTGGAGCAGTGTAGCGAGGACTC
1 GTGGTTGAGTTTACCAACGGGTGGAGCAGTGTAGCGAGGACTC
1405 GTGGTTGAGTTTACCAACGGGTGGAGCAGTGTAGCGAGGACTC
1 GTGGTTGAGTTTACCAACGGGTGGAGCAGTGTAGCGAGGACTC
1448 G
1 G
1449 AACTTGAGAC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 44 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.16, G:0.40, T:0.23
Consensus pattern (43 bp):
GTGGTTGAGTTTACCAACGGGTGGAGCAGTGTAGCGAGGACTC
Found at i:3021 original size:147 final size:150
Alignment explanation
Indices: 2861--3139 Score: 431
Period size: 147 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
2851 AATTTGGAAA
* * *
2861 AAAATTGAAAAAACGATGTTAGAATCGTGAAAAGCCCGCCAATATTTTTAGCATTGAATTATATA
1 AAAATTGAAAAAACGATGTTAGAATCATGAAAAGCCCACAAATATTTTTAGCATTGAATTATATA
*
2926 TTTTTTCTG-GATATTGTGGCAAAAAATTAAGAAAAA-CTTATCGAG-CAGTTTTTAGACGAAAT
66 TTTTTTCTGAG-TATTGTGGAAAAAAATTAAGAAAAACCTTATCGAGTCAGTTTTTAGACGAAAT
2988 CGTGTATAATCCATCAAAAAG
130 CGTGTATAATCCATCAAAAAG
* *
3009 AAAA-TGAAAAAACGATGTTAGAATCATGAAAAGCCCATAAATATTTTTGGCATTGAATTATATA
1 AAAATTGAAAAAACGATGTTAGAATCATGAAAAGCCCACAAATATTTTTAGCATTGAATTATATA
* * * *
3073 TTTTTTCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCCGTTTTTAGCCGAAATC
66 TTTTTTCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTAAGAAAAACCTTATCGAGTCAGTTTTTAGACGAAATC
3138 GT
131 GT
3140 ATACCAACCA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 10, Indels: 5
0.89 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
147 88 0.75
148 12 0.10
149 18 0.15
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (150 bp):
AAAATTGAAAAAACGATGTTAGAATCATGAAAAGCCCACAAATATTTTTAGCATTGAATTATATA
TTTTTTCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTAAGAAAAACCTTATCGAGTCAGTTTTTAGACGAAATC
GTGTATAATCCATCAAAAAG
Found at i:3739 original size:321 final size:319
Alignment explanation
Indices: 3004--4171 Score: 1671
Period size: 320 Copynumber: 3.6 Consensus size: 319
2994 TAATCCATCA
* * * *
3004 AAAAGAAAATGAAAAAACGATGTTAGAATCATGAAAAGCCCATAAATATTTTTGGCATTGAATTA
1 AAAA-AAAATGAAAAAA--ATGTTAGAATCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACATTGAATTA
* * * *
3069 TATATTTTTTCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCCGTTTTTAGCCGA
63 TATATTTTCTCGGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGA
* * * * * *
3134 AATCGTATACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACACGCGTTCTGGAACCCCGACTTAAATTTG
128 AATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA-ACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAATTTTG
* * * * * * * *
3199 CATGAATTTTGGCACAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCCAACTAAATATCAGCCACATT
192 CATGATTTTTGACACAAAGGCTCCTTCAAATATCTGTATTCATCGAACCAACTGTCAGCCACATT
* *
3264 GGATACAAGGATTTGTTTTTACTAGT-TTCTAAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCGG
257 -GATATAAGGATTTGTTTTTACTAGTATT-TGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCGG
* *
3328 AAAAAAAATTAAAAAAAAATGTTAGAATCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACA-TAAATTAT
1 AAAAAAAA-T-GAAAAAAATGTTAGAATCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACATTGAATTAT
**
3392 ATATTTTCTCGGAGTATTACGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
64 ATATTTTCTCGGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
* *
3457 ATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTAGAGCCCCGGCTCAATTTTGCA
129 ATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAATTTTGCA
*
3522 TGATTTTTGACACAAAGGCTCCTTCAAATATCTGTAATCATCGAACCAACTGTCAGCCACATTGC
194 TGATTTTTGACACAAAGGCTCCTTCAAATATCTGTATTCATCGAACCAACTGTCAGCCACATTG-
* *
3587 ATATAGGGATTTGTTTTTACGAGTATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCGG
258 ATATAAGGATTTGTTTTTACTAGTATTTGAATCTTG-TTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCGG
* **
3650 AAAAAAAATTAAAAAAATGTTAGAATCGTGAAAAGGTCGTCAATATTTTTGACATTGAATTATAT
1 AAAAAAAATGAAAAAAATGTTAGAATCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACATTGAATTATAT
3715 ATTTTCTCGGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
66 ATTTTCTCGGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
3780 CATGTACTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATG
131 CATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATG
* * *
3844 ATTTTCGACACAAAGGCTCCTTCAAATATCTGTTTTCATCGAAGCAACTGTCAGCCACATTTGAT
196 ATTTTTGACACAAAGGCTCCTTCAAATATCTGTATTCATCGAACCAACTGTCAGCCACA-TTGAT
* *
3909 ATAAGGATTTATTTTTACTAGTATTTGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG
260 ATAAGGATTTGTTTTTACTAGTATTTGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCGG
* * * * * *
3969 -AAAAAAATGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATA
1 AAAAAAAATGAAAAA-AATGTTAGAATCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACATTGAATTATA
* * * *
4033 TAATTTT-TCAGAGTATTGTAGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCAGTTTAGTTTTTAGCCGA
65 T-ATTTTCTCGGAGTATTGT-GGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGA
* ** *
4097 AATCGTGTTTTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGGCTCAATTTTG
128 AATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT-AAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAATTTTG
4162 CATGATTTTT
192 CATGATTTTT
4172 TGCGTTGAAA
Statistics
Matches: 766, Mismatches: 66, Indels: 26
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
318 13 0.02
319 79 0.10
320 239 0.31
321 212 0.28
322 174 0.23
323 38 0.05
324 5 0.01
325 6 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (319 bp):
AAAAAAAATGAAAAAAATGTTAGAATCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACATTGAATTATAT
ATTTTCTCGGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
CATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATG
ATTTTTGACACAAAGGCTCCTTCAAATATCTGTATTCATCGAACCAACTGTCAGCCACATTGATA
TAAGGATTTGTTTTTACTAGTATTTGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCGG
Found at i:3955 original size:641 final size:646
Alignment explanation
Indices: 3004--4171 Score: 1766
Period size: 641 Copynumber: 1.8 Consensus size: 646
2994 TAATCCATCA
*
3004 AAAAGAAAATGAAAAAACGATGTTAGAATCATGAAAAGCCCATAAATATTTTTGGCATTGAATTA
1 AAAAGAAAATGAAAAAAC-ATGTTAGAATCATGAAAAGCCCATAAATATTTTTGACATTGAATTA
* * *
3069 TATATTTTTTCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCCGTTTTTAGCCGA
65 TATATTTTCTCGGAGTATTGTGGAAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGA
* *
3134 AATCGTATACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACACGCGTTCTGGAACCCCGACTTAAATTTG
130 AATCATATACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACACGCGTTCTGGAACCCCGACTCAAATTTG
*
3199 CATGAATTTTGGCACAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCCAACTAAATATCAGCCACATT
195 CATGAATTTTGACACAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCCAACTAAATATCAGCCACATT
* *
3264 GGATACAAGGATTTGTTTTTACTAGTTTCTAAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCGGA
260 GGATACAAGGATTTATTTTTACTAGTTTCTAAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-
* *
3329 AAAAAAATTAAAAAAAAATGTTAGAATCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACA-TAAATTATA
324 AAAAAAA-TAAAAAAAAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACATTAAATTATA
* *
3393 T-ATTTTCTCGGAGTA-T-TACGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG
388 TAATTTT-TCAGAGTATTGTA-GGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCG
3455 AAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT-AAAAACGCGTTCTAGAGCCCCGGCTCAATTTT
451 AAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCTAGAGCCCCGGCTCAATTTT
3519 GCATGATTTTTGACACAAAGGCTCCTTCAAATATCTGTAATCATCGAACCAACTGTCAGCCACAT
516 GCATGATTTTTGACACAAAGGCTCCTTCAAATATCTGTAATCATCGAACCAACTGTCAGCCACAT
3584 TGCATATAGGGATTTGTTTTTACGAGTATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCG
581 TGCATATAGGGATTTGTTTTTACGAGTATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCG
3649 G
646 G
* * ** * *
3650 AAAA-AAAATTAAAAAA-ATGTTAGAATCGTGAAAAGGTCGTCAATATTTTTGACATTGAATTAT
1 AAAAGAAAATGAAAAAACATGTTAGAATCATGAAAAGCCCATAAATATTTTTGACATTGAATTAT
*
3713 ATATTTTCTCGGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
66 ATATTTTCTCGGAGTATTGTGGAAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
* * * *
3778 ATCATGTACTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAA-ACGCGTTCTGGAGCCCCGACTCAATTTTGC
131 ATCATATACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACACGCGTTCTGGAACCCCGACTCAAATTTGC
* * * * * *
3841 ATG-ATTTTCGACACAAAGGCTCCTTCAAATATCTGTTTTCATCGAAGC-AACTGTCAGCCACAT
196 ATGAATTTT-GACACAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCCAA-CTAAATATCAGCCACAT
* * *
3904 TTGATATAAGGATTTATTTTTACTAGTATT-TGAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
259 TGGATACAAGGATTTATTTTTACTAGT-TTCTAAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
* ** * * * *
3968 GAAAAAAATGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCGCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATA
323 GAAAAAAATAAAAAAAAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACATTAAATTATA
* *
4033 TAATTTTTCAGAGTATTGTAGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCAGTTTAGTTTTTAGCCGAA
388 TAATTTTTCAGAGTATTGTAGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAA
* ** *
4098 ATCGTGTTTTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCTGGAGCCCCGGCTCAATTTTGC
453 ATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCTAGAGCCCCGGCTCAATTTTGC
4163 ATGATTTTT
518 ATGATTTTT
4172 TGCGTTGAAA
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 46, Indels: 20
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
639 39 0.08
640 28 0.06
641 207 0.44
642 68 0.15
643 111 0.24
645 11 0.02
646 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (646 bp):
AAAAGAAAATGAAAAAACATGTTAGAATCATGAAAAGCCCATAAATATTTTTGACATTGAATTAT
ATATTTTCTCGGAGTATTGTGGAAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
ATCATATACCAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAACACGCGTTCTGGAACCCCGACTCAAATTTGC
ATGAATTTTGACACAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCCAACTAAATATCAGCCACATTG
GATACAAGGATTTATTTTTACTAGTTTCTAAATCTTGTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAA
AAAAATAAAAAAAAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACATTAAATTATATAA
TTTTTCAGAGTATTGTAGGCAAAAAATTAAGAAAAACCTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATC
ATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAACGCGTTCTAGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATG
ATTTTTGACACAAAGGCTCCTTCAAATATCTGTAATCATCGAACCAACTGTCAGCCACATTGCAT
ATAGGGATTTGTTTTTACGAGTATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAGTTCGG
Found at i:4905 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 4843--4984 Score: 169
Period size: 26 Copynumber: 5.5 Consensus size: 26
4833 CCAACATGTC
*
4843 CCCTACTGAATATGTAACTATATG-G
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * *
4868 GCCTATTGAATATGCAACTAAATGGG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * **
4894 CCCTATTGAATATGCAATTATATGTC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
4920 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
4946 CCTTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
4972 CCTTAATGAATAT
1 CCCTACTGAATAT
4985 ACGTTTATAT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 15, Indels: 1
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
25 20 0.20
26 81 0.80
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (26 bp):
CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
Found at i:4956 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 4843--7184 Score: 2110
Period size: 52 Copynumber: 46.0 Consensus size: 52
4833 CCAACATGTC
* * * * *
4843 CCCTACTGAATATGTAACTATATG-GGCCTATTGAATATGCAACTAAATGGG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * **
4894 CCCTATTGAATATGCAATTATATGTCCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * * ***
4946 CCTTACTGAATATGCAACTATATGAGCCTTAATGAATATACGTTTATATG-G
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
4997 CCC--C----TA--CAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCACCTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * * *
5041 CCCTACTGAATATGCAACTACATGAACTCTACTGAATATGCAACAAAATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * * *
5093 CCATACTGAATATGCGACTATATGAGGCCTACTG-A-ATGCGACTACATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * *
5143 CCCTACTG-A-ATG-AGACTACAAGAGCCCTACTGAATATGCAACTACAAGAG
1 CCCTACTGAATATGCA-ACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * * * *
5193 -CCT--T-ACTATGCGACTACATGAGCCTTACTGAATATGCGACTACATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * * * * **
5241 CTCTACTGATTATGCGACTACATGAGCCCTACTGAATTTGGAACTATATGTC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* ** **
5293 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCGCTACT-AGATATGCAACTGCATGTT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA-ATATGCAACTATATGAG
* * * * * *
5345 CCCAACTGAATATGAAACTACATAAGCCCTACTGAATATGCAACTACATAAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * ** * * *
5397 CGCTACTGAATAGGTAACTATATGTTCCCAATTGAATATGCGACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * *
5449 CCCTACTGAATATGCAACCATATG-GCCCCTACTGAAAATGCAACTACATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
5501 CCCTACTAAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * *
5553 CCATATTGAATATGCAACTACATGAGCCCAACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * **
5605 TCTTGCTGAATATGCGTCTATATG-GCCCATACTGAATATGCAACTATATG-G
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
5656 CCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGATTATGCAACTACATGAG
1 -CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * *
5709 CCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTATTGAATAAGCAAATATATATGCAACTACATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC---T-ACT--G-----A-ATATGCAACTATATGAG
* * * * * * *
5773 CCTTATTGAATAAGCAACTATATGAGCCATATTGAATATGTAACTACATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * * *
5825 CTCTACTGAATATACAACTACATG-GACCCTACTGAATATGCAACTAAACGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * *
5877 CCTTACTGAATATGCGACTATATGA-CCCACACTGAATATGCGACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * *
5929 CTCTACTG-A-ATGCGACTATATGAGCCCTACCT-AATATGCGACTATATTAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTA-CTGAATATGCAACTATATGAG
* * *
5979 CCCTACCT-AATATGCGACTATATGAGTCCTACTGAATATGCAACTACATGAG
1 CCCTA-CTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * *
6031 CCCTACTGAATATGCAACTACATGAGTCTTACTGAATATGCAACTACATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
6083 CCTTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
6135 CCCTACTGAATATG---C---A--A-CCCTACTGAATATGCAACTACATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * *
6178 CCTTACTTAATATGCAACTACT-TGAGCCCTACTGAATACGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTA-TATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
6230 CCCTACTGAATATGCAACTATAAG-GCCCCTACTGAATATGCAACTACATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * **
6282 CCCTACTGAATATGCAACTATACATATGAACCCTACTGAATATGCAAATATATGTT
1 CCCTACTGAATATGCAAC--T--ATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* **
6338 CGCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAATATGCAACTATATG-G
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
6389 CCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAG
1 -CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * *
6442 CCCTACTGAATATACAACTACATGAGCTCTACTGAATATGCAACTACATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * *
6494 CCCTACTGAATATGCAACTAAATGAGCCTTACTGAATATGCGACTATATG-G
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * * * *
6545 CCCAAACTGAATATGCGACTATATGAGCCCTATTG-A-ATGCTACTACATGAT
1 CCC-TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
6596 CCCTAC--------CGACTATATG-GTCCCTACT-AGATATGCGACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGA-ATATGCAACTATATGAG
* * * * *
6640 CCCTATTG-A-ATGCTACTACATGATCCCTAC--------CGACTATATG-G
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
6681 TCCCTACTGAATATGCGACTATATGAGCCCTACTGAATATG---C---A--A-
1 -CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
6725 CCTTACTGAATATGCAACTATATGGGCCCTACTGAATATG---C-A-AT---
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * *
6769 -CCTATTGAATATGCATCTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* *
6820 CCTTACTGAATATGCGACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACTATA--AG
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * *
6870 TCCCATAATGAATATGCAACTACATGAGTCCTACTGAATATGCAATTATATG-G
1 -CCC-TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
6923 CCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATG-G
1 -CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
**
6975 TCCCTACTGAATATGCAACTATATGCCCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
1 -CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * * * *
7028 TCCTATTGAAAATGCAAACTATATGAGTCCTACTGAAAATGCAACTATAT-AT
1 CCCTACTGAATATGC-AACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
*
7080 CTCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAG
1 C-CCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
* * * * *
7133 CCCTACTGAAAATGTAACTAAAAGATGGCCCTACTGAACAT-CAACTATATGA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGA--GCCCTACTGAATATGCAACTATATGA
7185 TGTAAATGAC
Statistics
Matches: 1895, Mismatches: 279, Indels: 232
0.79 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.00
42 33 0.02
43 140 0.07
44 41 0.02
45 2 0.00
46 5 0.00
47 2 0.00
48 55 0.03
49 10 0.01
50 99 0.05
51 63 0.03
52 1267 0.67
53 69 0.04
54 15 0.01
55 1 0.00
56 45 0.02
58 2 0.00
60 2 0.00
61 1 0.00
63 1 0.00
64 40 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.23, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (52 bp):
CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAG
Found at i:4995 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 4843--7184 Score: 2135
Period size: 78 Copynumber: 30.7 Consensus size: 78
4833 CCAACATGTC
* * * * * *
4843 CCCTACTGAATATGTAACTATATG-GGCCTATTGAATATGCAACTAAATGGGCCCTATTGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
* **
4907 GCAATTATATGTC
66 GCAACTATATGAG
* * * *
4920 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCTTACTGAATATGCAACTATATGAGCCTTAATGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
* ***
4985 ACGTTTATATG-G
66 GCAACTATATGAG
* * *
4997 CCC--C----TA--CAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCACCTATATGAGCCCTACTGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
* *
5054 GCAACTACATGAA
66 GCAACTATATGAG
* * * * * * *
5067 CTCTACTGAATATGCAACAAAATGAGCCATACTGAATATGCGACTATATGAGGCCTACTG-A-AT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
* *
5130 GCGACTACATGAG
66 GCAACTATATGAG
* * * *
5143 CCCTACTG-A-ATG-AGACTACAAGAGCCCTACTGAATATGCAACTACAAGAG-CCT--T-ACTA
1 CCCTACTGAATATGCA-ACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
* *
5201 TGCGACTACATGAG
65 TGCAACTATATGAG
* * * * * * *
5215 CCTTACTGAATATGCGACTACATGAGCTCTACTGATTATGCGACTACATGAGCCCTACTGAATTT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
* **
5280 GGAACTATATGTC
66 GCAACTATATGAG
* * ** *
5293 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCGCTACT-AGATATGCAACTGCATGTTCCCAACTGAATA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGA-ATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
* * *
5357 TGAAACTACATAAG
65 TGCAACTATATGAG
* * * * * * ** * *
5371 CCCTACTGAATATGCAACTACATAAGCGCTACTGAATAGGTAACTATATGTTCCCAATTGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
*
5436 GCGACTATATGAG
66 GCAACTATATGAG
* * *
5449 CCCTACTGAATATGCAACCATATG-GCCCCTACTGAAAATGCAACTACATGAGCCCTACTAAATA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
*
5513 TGCAACTACATGAG
65 TGCAACTATATGAG
* * *
5527 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCATATTGAATATGCAACTACATGAGCCCAACTGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
5592 GCAACTATATGAG
66 GCAACTATATGAG
* * * ** *
5605 TCTTGCTGAATATGCGTCTATATG-GCCCATACTGAATATGCAACTATATG-GCCCCTACTGAAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCC-TACTGAATATGCAACTACATGAG-CCCTACTGAAT
5668 ATGCAACTATATGAG
64 ATGCAACTATATGAG
* * *
5683 CCCTACTGATTATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTATTGAATAA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC---T-ACT--
*
5748 GCAAATATATATGCAACTACATGAG
60 G-----A-ATATGCAACTATATGAG
* * * * * * *
5773 CCTTATTGAATAAGCAACTATATGAGCCATATTGAATATGTAACTACATGAGCTCTACTGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
* *
5838 ACAACTACATG-G
66 GCAACTATATGAG
* * * * * *
5850 ACCCTACTGAATATGCAACTAAACGAGCCTTACTGAATATGCGACTATATGA-CCCACACTGAAT
1 -CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCC-TACTGAAT
*
5914 ATGCGACTATATGAG
64 ATGCAACTATATGAG
* * * * *
5929 CTCTACTG-A-ATGCGACTATATGAGCCCTACCT-AATATGCGACTATATTAGCCCTACCT-AAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTA-CTGAATATGCAACTACATGAGCCCTA-CTGAAT
*
5990 ATGCGACTATATGAG
64 ATGCAACTATATGAG
* * * *
6005 TCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGTCTTACTGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
*
6070 GCAACTACATGAG
66 GCAACTATATGAG
* * *
6083 CCTTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
6148 G---C---A--A-
66 GCAACTATATGAG
* * * * *
6152 CCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCTTACTTAATATGCAACTACTTGAGCCCTACTGAATAC
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
6217 GCAACTATATGAG
66 GCAACTATATGAG
*
6230 CCCTACTGAATATGCAACTATAAG-GCCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
*
6294 TGCAACTATACATATGAA
65 TGCAAC--T--ATATGAG
* ** * * **
6312 CCCTACTGAATATGCAAATATATGTTCGCTACTGAATATGCAACTATATGTCCCCTACTGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
6377 GCAACTATATG-G
66 GCAACTATATGAG
*
6389 CCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
1 -CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
* *
6454 TACAACTACATGAG
65 TGCAACTATATGAG
* * * *
6468 CTCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATATGCAACTAAATGAGCCTTACTGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
*
6533 GCGACTATATG-G
66 GCAACTATATGAG
* * * * *
6545 CCCAAACTGAATATGCGACTATATGAGCCCTATTG-A-ATGCTACTACATGATCCCTAC------
1 CCC-TACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
*
6602 --CGACTATATG-G
65 TGCAACTATATGAG
* * * *
6613 TCCCTACT-AGATATGCGACTATATGAGCCCTATTG-A-ATGCTACTACATGATCCCTAC-----
1 -CCCTACTGA-ATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAAT
*
6670 ---CGACTATATG-G
64 ATGCAACTATATGAG
*
6681 TCCCTACTGAATATGCGACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAAC--C-T------TACTGAATA
1 -CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
*
6737 TGCAACTATATGGG
65 TGCAACTATATGAG
* *
6751 CCCTACTGAATATG---C-A-AT----CCTATTGAATATGCATCTACATGAGCCCTACTGAATAT
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
6807 GCAACTATATGAG
66 GCAACTATATGAG
* * * *
6820 CCTTACTGAATATGCGACTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACT--ATAAGTCCCATAATGAA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTACATGAG-CCC-TACTGAA
*
6882 TATGCAACTACATGAG
63 TATGCAACTATATGAG
* *
6898 TCCTACTGAATATGCAATTATATG-GCCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAG-CCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
6962 TGCAACTATATG-G
65 TGCAACTATATGAG
** * * * *
6975 TCCCTACTGAATATGCAACTATATGCCCCCTACTGAATATGCAACTATATGAGTCCTATTGAAAA
1 -CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
7040 TGCAAACTATATGAG
65 TGC-AACTATATGAG
* * * *
7055 TCCTACTGAAAATGCAACTATAT-ATCTCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGC-CCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATA
*
7119 TGCAACTACATGAG
65 TGCAACTATATGAG
* * * * * *
7133 CCCTACTGAAAATGTAACTAAAAGATGGCCCTACTGAACAT-CAACTATATGA
1 CCCTACTGAATATGCAACTATATGA--GCCCTACTGAATATGCAACTACATGA
7185 TGTAAATGAC
Statistics
Matches: 1894, Mismatches: 259, Indels: 222
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
60 15 0.01
61 3 0.00
62 1 0.00
63 1 0.00
64 2 0.00
65 1 0.00
66 1 0.00
67 2 0.00
68 105 0.06
69 175 0.09
70 10 0.01
71 3 0.00
72 26 0.01
73 6 0.00
74 68 0.04
75 7 0.00
76 100 0.05
77 60 0.03
78 1058 0.56
79 92 0.05
80 18 0.01
81 2 0.00
82 70 0.04
84 2 0.00
86 2 0.00
87 1 0.00
89 1 0.00
90 62 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.23, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (78 bp):
CCCTACTGAATATGCAACTATATGAGCCCTACTGAATATGCAACTACATGAGCCCTACTGAATAT
GCAACTATATGAG
Found at i:5046 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 5003--7184 Score: 1253
Period size: 26 Copynumber: 83.4 Consensus size: 26
4993 ATGGCCCCTA
5003 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
5029 CACCTATATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
5055 CAACTACATGAACTCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * *
5081 CAACAAAATGAGCCATACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * *
5107 CGACTATATGAGGCCTACTG-A-ATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*
5131 CGACTACATGAGCCCTACTG-A-ATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*
5155 -AGACTACAAGAGCCCTACTGAATATG
1 CA-ACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
5181 CAACTACAAGAG-CCT--T-ACTATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
5203 CGACTACATGAGCCTTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * *
5229 CGACTACATGAGCTCTACTGATTATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
5255 CGACTACATGAGCCCTACTGAATTTG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * **
5281 GAACTATATGTCCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
5307 CAACTATATGAGCGCTACT-AGATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGA-ATATG
* ** *
5333 CAACTGCATGTTCCCAACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
5359 AAACTACATAAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * *
5385 CAACTACATAAGCGCTACTGAATAGG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * ** * *
5411 TAACTATATGTTCCCAATTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
5437 CGACTATATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * *
5463 CAACCATATG-GCCCCTACTGAAAATG
1 CAACTACATGAG-CCCTACTGAATATG
*
5489 CAACTACATGAGCCCTACTAAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
5515 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * *
5541 CAACTATATGAGCCATATTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*
5567 CAACTACATGAGCCCAACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * * *
5593 CAACTATATGAGTCTTGCTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
** *
5619 CGTCTATATG-GCCCATACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCC-TACTGAATATG
*
5645 CAACTATATG-GCCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAG-CCCTACTGAATATG
* *
5671 CAACTATATGAGCCCTACTGATTATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
5697 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
5723 CAACTACATGAGCCCTATTGAATAAG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * * *
5749 CAAATATAT-ATGCAACTACATGAGCCTTATTG
1 CAACTACATGA-GC-CCTAC-TGA---ATA-TG
* **
5781 -AA-TA-A-GCAACTATA-TGAGCCATATTGAATATG
1 CAACTACATG-AGCCCTACT--G--A-A-----TATG
* * *
5813 TAACTACATGAGCTCTACTGAATATA
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
5839 CAACTACATG-GACCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAG-CCCTACTGAATATG
* * *
5865 CAACTAAACGAGCCTTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * *
5891 CGACTATATGA-CCCACACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCC-TACTGAATATG
* * *
5917 CGACTATATGAGCTCTACTG-A-ATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
5941 CGACTATATGAGCCCTACCT-AATATG
1 CAACTACATGAGCCCTA-CTGAATATG
* * *
5967 CGACTATATTAGCCCTACCT-AATATG
1 CAACTACATGAGCCCTA-CTGAATATG
* * *
5993 CGACTATATGAGTCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
6019 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
6045 CAACTACATGAGTCTTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*
6071 CAACTACATGAGCCTTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
6097 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*
6123 CAACTATATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*** *
6149 CAACCCTAC-TGAATATGCAACT-ACATGA-G
1 CAA--CTACATG-A-GCCCTACTGA-AT-ATG
* *
6178 CCTTACTTA-AT-ATGCAACTACT---TGA-G
1 -C-AAC-TACATGA-GC-CCTACTGAAT-ATG
* * * *
6204 C-CCTAC-TGAATACGCAACT--ATATG
1 CAACTACATG-A-GCCCTACTGAATATG
* *** * *
6228 -AGCCCTAC-TGAATATGCAACT--ATAAGG
1 CA--ACTACATG-A-GCCCTACTGAAT-ATG
** *** *
6255 CCCCTAC-TGAATATGCAACT-ACATGA-G
1 CAACTACATG-A-GCCCTACTGA-AT-ATG
* *
6282 C-CCTAC-TGA---ATA-TGCAACTAT-
1 CAACTACATGAGCCCTACTG-AA-TATG
* *
6303 --AC-ATATGAACCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * ** *
6326 CAAATATATGTTCGCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* **
6352 CAACTATATGTCCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*
6378 CAACTATATG-GCCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAG-CCCTACTGAATATG
6404 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*
6430 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATA
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*
6456 CAACTACATGAGCTCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
6482 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
6508 CAACTAAATGAGCCTTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * *
6534 CGACTATATG-GCCCAAACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCC-TACTGAATATG
* * *
6560 CGACTATATGAGCCCTATTG-A-ATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * *
6584 CTACTACATGATCCCTACCGACTATATGG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGA--ATAT-G
* * *
6613 TCCCTACTAGAT-ATG--CGACT--ATATG
1 ---CAACTACATGA-GCCCTACTGAATATG
* * * * *
6638 -AGCCCTA-TTGAATGCTACTACATG-ATCCCTAC
1 CA--ACTACATG-A-GC-CCTAC-TGAAT--AT-G
* *
6670 CGACTATATG-GTCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAG-CCCTACTGAATATG
* *
6696 CGACTATATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*** *
6722 CAACCTTAC-TGAATATGCAACT--ATATGGG
1 CAA-C-TACATG-A-GCCCTACTGAATAT--G
* * ** *
6751 CCCTACTGAATATGCAATCCTATTGAATATG
1 --CAACT--ACATG-AGCCCTACTGAATATG
*
6782 CATCTACATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
6808 CAACTATATGAGCCTTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
6834 CGACTATATG-GCCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAG-CCCTACTGAATATG
* *
6860 CAACT--ATAAGTCCCATAATGAATATG
1 CAACTACATGAG-CCC-TACTGAATATG
*
6886 CAACTACATGAGTCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
6912 CAATTATATG-GCCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAG-CCCTACTGAATATG
6938 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*
6964 CAACTATATG-GTCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAG-CCCTACTGAATATG
* **
6990 CAACTATATGCCCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * * *
7016 CAACTATATGAGTCCTATTGAAAATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * *
7042 CAAACTATATGAGTCCTACTGAAAATG
1 C-AACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* *
7069 CAACTATAT-ATCTCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGC-CCTACTGAATATG
*
7095 CAACTATATGAGCCCTACTGAATATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
*
7121 CAACTACATGAGCCCTACTGAAAATG
1 CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
* * * *
7147 TAACTAAAAGATGGCCCTACTGAACAT-
1 CAACTACATGA--GCCCTACTGAATATG
*
7174 CAACTATATGA
1 CAACTACATGA
7185 TGTAAATGAC
Statistics
Matches: 1754, Mismatches: 263, Indels: 277
0.76 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.00
20 5 0.00
21 3 0.00
22 24 0.01
23 16 0.01
24 91 0.05
25 36 0.02
26 1355 0.77
27 79 0.05
28 41 0.02
29 33 0.02
30 14 0.01
31 20 0.01
32 17 0.01
33 8 0.00
34 3 0.00
35 6 0.00
36 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.24, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (26 bp):
CAACTACATGAGCCCTACTGAATATG
Found at i:5208 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5128--5221 Score: 80
Period size: 22 Copynumber: 4.0 Consensus size: 22
5118 GGCCTACTGA
* *
5128 ATGCGACTACATGAGCCCTACT
1 ATGCGACTACAAGAGCCTTACT
* *
5150 GAATGAGACTACAAGAGCCCTACTGAAT
1 --ATGCGACTACAAGAG-CCT--T-ACT
*
5178 ATGCAACTACAAGAGCCTTACT
1 ATGCGACTACAAGAGCCTTACT
*
5200 ATGCGACTACATGAGCCTTACT
1 ATGCGACTACAAGAGCCTTACT
5222 GAATATGCGA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 9, Indels: 10
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 22 0.39
23 1 0.02
24 13 0.23
25 5 0.09
26 13 0.23
27 1 0.02
28 2 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.27, G:0.18, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
ATGCGACTACAAGAGCCTTACT
Found at i:5760 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 5718--5795 Score: 138
Period size: 38 Copynumber: 2.1 Consensus size: 38
5708 GCCCTACTGA
5718 ATATGCAACTACATGAGCCCTATTGAATAAGCAAATAT
1 ATATGCAACTACATGAGCCCTATTGAATAAGCAAATAT
* *
5756 ATATGCAACTACATGAGCCTTATTGAATAAGCAACTAT
1 ATATGCAACTACATGAGCCCTATTGAATAAGCAAATAT
5794 AT
1 AT
5796 GAGCCATATT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 38 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.18, G:0.13, T:0.28
Consensus pattern (38 bp):
ATATGCAACTACATGAGCCCTATTGAATAAGCAAATAT
Found at i:6157 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6135--6169 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
6125 ACTATATGAG
6135 CCCTACTGAATATGCAA
1 CCCTACTGAATATGCAA
6152 CCCTACTGAATATGCAA
1 CCCTACTGAATATGCAA
6169 C
1 C
6170 TACATGAGCC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 18 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.31, G:0.11, T:0.23
Consensus pattern (17 bp):
CCCTACTGAATATGCAA
Found at i:6643 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 6534--6718 Score: 320
Period size: 68 Copynumber: 2.7 Consensus size: 68
6524 ACTGAATATG
*
6534 CGACTATATGG-CCCAAACTGAATATGCGACTATATGAGCCCTATTGAATGCTACTACATGATCC
1 CGACTATATGGTCCC-TACTGAATATGCGACTATATGAGCCCTATTGAATGCTACTACATGATCC
6598 CTAC
65 CTAC
6602 CGACTATATGGTCCCTACT-AGATATGCGACTATATGAGCCCTATTGAATGCTACTACATGATCC
1 CGACTATATGGTCCCTACTGA-ATATGCGACTATATGAGCCCTATTGAATGCTACTACATGATCC
6666 CTAC
65 CTAC
*
6670 CGACTATATGGTCCCTACTGAATATGCGACTATATGAGCCCTACTGAAT
1 CGACTATATGGTCCCTACTGAATATGCGACTATATGAGCCCTATTGAAT
6719 ATGCAACCTT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 2, Indels: 6
0.93 0.02 0.05
Matches are distributed among these distances:
67 1 0.01
68 107 0.96
69 4 0.04
ACGTcount: A:0.29, C:0.26, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (68 bp):
CGACTATATGGTCCCTACTGAATATGCGACTATATGAGCCCTATTGAATGCTACTACATGATCCC
TAC
Found at i:7235 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 7181--7273 Score: 104
Period size: 37 Copynumber: 2.6 Consensus size: 36
7171 CATCAACTAT
*
7181 ATGATGTAAATGACCCTACTAAAACC-GAACTAGATAG
1 ATGATGCAAATGACCCTACTAAAACCAG-ACTAGAT-G
* *
7218 ATGATGCAAATGGCCCTAGTAAAACCAGACT--A-G
1 ATGATGCAAATGACCCTACTAAAACCAGACTAGATG
*
7251 ATGATGCAGATGACCCTACTAAA
1 ATGATGCAAATGACCCTACTAAA
7274 CTTTGGAATA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 6
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
33 21 0.43
35 1 0.02
37 26 0.53
38 1 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.20, G:0.18, T:0.20
Consensus pattern (36 bp):
ATGATGCAAATGACCCTACTAAAACCAGACTAGATG
Found at i:7984 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 7967--7991 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
7957 AAGAGAATGA
7967 ACCAAAAGAAAG
1 ACCAAAAGAAAG
7979 ACCAAAAGAAAG
1 ACCAAAAGAAAG
7991 A
1 A
7992 GAGAAAAAAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.16, G:0.16, T:0.00
Consensus pattern (12 bp):
ACCAAAAGAAAG
Found at i:8473 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 8239--8516 Score: 547
Period size: 131 Copynumber: 2.1 Consensus size: 131
8229 ATAACAGAAT
*
8239 TGAAAAGGTTCAAAGCGTACTAACCATGACAAATAAACAAAGAAAGTTGCAGAATATAAGAAAGT
1 TGAAAAGGTACAAAGCGTACTAACCATGACAAATAAACAAAGAAAGTTGCAGAATATAAGAAAGT
8304 CTATCAAAGATTCAAGCTTACTAACCATGATAATCAGAATGTGGACAAATACAGCAACAAAATCA
66 CTATCAAAGATTCAAGCTTACTAACCATGATAATCAGAATGTGGACAAATACAGCAACAAAATCA
8369 G
131 G
8370 TGAAAAGGTACAAAGCGTACTAACCATGACAAATAAACAAAGAAAGTTGCAGAATATAAGAAAGT
1 TGAAAAGGTACAAAGCGTACTAACCATGACAAATAAACAAAGAAAGTTGCAGAATATAAGAAAGT
8435 CTATCAAAGATTCAAGCTTACTAACCATGATAATCAGAATGTGGACAAATACAGCAACAAAATCA
66 CTATCAAAGATTCAAGCTTACTAACCATGATAATCAGAATGTGGACAAATACAGCAACAAAATCA
8500 G
131 G
8501 TGAAAAGGTACAAAGC
1 TGAAAAGGTACAAAGC
8517 ATGCTTCACA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
131 146 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.16, G:0.17, T:0.19
Consensus pattern (131 bp):
TGAAAAGGTACAAAGCGTACTAACCATGACAAATAAACAAAGAAAGTTGCAGAATATAAGAAAGT
CTATCAAAGATTCAAGCTTACTAACCATGATAATCAGAATGTGGACAAATACAGCAACAAAATCA
G
Found at i:8893 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 8881--8918 Score: 67
Period size: 3 Copynumber: 12.7 Consensus size: 3
8871 AAACAAAAAA
*
8881 AAC AAA AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AA
1 AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AAC AA
8919 TATCCGAAAC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 33 1.00
ACGTcount: A:0.71, C:0.29, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
AAC
Found at i:13053 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 13037--13065 Score: 51
Period size: 11 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11
13027 GCAAGAGAGA
13037 AAACAGAAAAG
1 AAACAGAAAAG
13048 AAACAGAAAAG
1 AAACAGAAAAG
13059 AAA-AGAA
1 AAACAGAA
13066 TATCCTTACC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
10 4 0.22
11 14 0.78
ACGTcount: A:0.76, C:0.07, G:0.17, T:0.00
Consensus pattern (11 bp):
AAACAGAAAAG
Found at i:16432 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 16415--16442 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
16405 GACATATAAC
16415 AATCAGATTTCACA
1 AATCAGATTTCACA
16429 AATCAGATTTCACA
1 AATCAGATTTCACA
16443 GCCTTATAAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 14 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.21, G:0.07, T:0.29
Consensus pattern (14 bp):
AATCAGATTTCACA
Found at i:19135 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 19072--19142 Score: 90
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
19062 TCAGGAGGGT
** *
19072 AAATTGTCCTCGATTTGAAAAGTCCATGGGAC
1 AAATTGTCCTAAATTTGAAAAGTCAATGGGAC
*
19104 AAATTGTCCTAAATTTGAAAA-TTAATGGGAC
1 AAATTGTCCTAAATTTGAAAAGTCAATGGGAC
*
19135 AAGTTGTC
1 AAATTGTC
19143 AGGATTTGAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
31 15 0.44
32 19 0.56
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (32 bp):
AAATTGTCCTAAATTTGAAAAGTCAATGGGAC
Found at i:21354 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 21341--21380 Score: 71
Period size: 2 Copynumber: 20.0 Consensus size: 2
21331 GAGTCAATTA
*
21341 AT AT AG AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
21381 CTTGGCCCCT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 36 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:28894 original size:119 final size:119
Alignment explanation
Indices: 28683--28920 Score: 449
Period size: 119 Copynumber: 2.0 Consensus size: 119
28673 ATCTATATAT
* *
28683 GTAGAAATTCCATTCAATCCCATCAAGCATTTTACCATGTAACACAAATCGGGCACCATCTTATG
1 GTAGAAATTCCATACAATCCCATCAAGCATTTTACCATGTAACACAAATCAGGCACCATCTTATG
28748 ACAAAAAATTTGGCCTCACAATGTTGTGCAAAGCCAAAGTAAGCATTAACCTAA
66 ACAAAAAATTTGGCCTCACAATGTTGTGCAAAGCCAAAGTAAGCATTAACCTAA
28802 GTAGAAATTCCATACAATCCCATCAAGCATTTTACCATGTAACACAAATCAGGCACCATCTTATG
1 GTAGAAATTCCATACAATCCCATCAAGCATTTTACCATGTAACACAAATCAGGCACCATCTTATG
*
28867 ACAAAAAATTTGGCCTCACAATGTTGTGCAAAGCCAAGGTAAGCATTAACCTAA
66 ACAAAAAATTTGGCCTCACAATGTTGTGCAAAGCCAAAGTAAGCATTAACCTAA
28921 CATGTCCTTA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 3, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
119 116 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.24, G:0.13, T:0.25
Consensus pattern (119 bp):
GTAGAAATTCCATACAATCCCATCAAGCATTTTACCATGTAACACAAATCAGGCACCATCTTATG
ACAAAAAATTTGGCCTCACAATGTTGTGCAAAGCCAAAGTAAGCATTAACCTAA
Found at i:35707 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 35691--35751 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 5.2 Consensus size: 11
35681 AACATATATG
35691 ATATATTTTAA
1 ATATATTTTAA
35702 ATATATTTATATA
1 ATATATTT-TA-A
*
35715 AAATATATTTATA
1 ATATAT-TTTA-A
*
35728 ATATA-TATAA
1 ATATATTTTAA
35738 TATATATTTTAA
1 -ATATATTTTAA
35750 AT
1 AT
35752 TTTATTTATT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 10
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
10 1 0.02
11 18 0.44
12 6 0.15
13 14 0.34
14 2 0.05
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (11 bp):
ATATATTTTAA
Found at i:35736 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 35691--35735 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 3.4 Consensus size: 14
35681 AACATATATG
35691 ATATATTT-TAAAT
1 ATATATTTATAAAT
35704 ATAT-TTATATAAA-
1 ATATATT-TATAAAT
35717 ATATATTTAT-AAT
1 ATATATTTATAAAT
35730 ATATAT
1 ATATAT
35736 AATATATATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 8
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
12 4 0.14
13 18 0.64
14 6 0.21
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (14 bp):
ATATATTTATAAAT
Done.