Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010539.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10560, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 5005--5180 Score: 262
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4995 TGGAAAGTCT
* * *** *
5005 AAACACAACTAAAGCATTTTATTTTATTTTGTTGTCATGTTATTTAATTATAGAAATATTCTTTC
1 AAACACAACAAAAGCATTTTATTGTATTCCATTGTCATGTTATTTAATTATAGAAATATTATTTC
*
5070 ACGAGACCTTGTGGCAACTTTGGAA
66 ACAAGACCTTGTGGCAACTTTGGAA
* * *
5095 AAACACAACAAAAGCATTTTATTGTATTCCATTTTCATGTTATTTAATTATAGAACTCTTATTTC
1 AAACACAACAAAAGCATTTTATTGTATTCCATTGTCATGTTATTTAATTATAGAAATATTATTTC
5160 ACAAGACCTTGTGGCAACTTT
66 ACAAGACCTTGTGGCAACTTT
5181 ATCTGCTGGT
Statistics
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0.88 0.12 0.00
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90 76 1.00
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Consensus pattern (90 bp):
AAACACAACAAAAGCATTTTATTGTATTCCATTGTCATGTTATTTAATTATAGAAATATTATTTC
ACAAGACCTTGTGGCAACTTTGGAA
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Indices: 20716--20761 Score: 74
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20706 TCTGAAAAGG
**
20716 TTTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
20762 CTTAATTTAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 43 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.04, G:0.00, T:0.96
Consensus pattern (1 bp):
T
Found at i:24620 original size:165 final size:162
Alignment explanation
Indices: 24348--24667 Score: 525
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24338 TGGTTTTTCG
* *
24348 AGCATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAATTATATTT
1 AGCATCAGAACCAATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACTATATTT
* *
24413 AAAACGTCAAAAGCCCTCTAGCCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTAATTATGGC-
66 AAAACGTCAAAAGCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATGAGT-ATTATGGCT
24477 CAAAAATTAAGGAAAAAATTTTTCGAGTCGCTTTTT
130 C-AAAATTAAGG-AAAAA-TTTTCGAGTCGCTTTTT
24513 AGCATCAGAACCAATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACTATATTT
1 AGCATCAGAACCAATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACTATATTT
* * *
24578 AAAACGTGAAAAGTCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATGTTTTTATGAGTATTATGGCTC
66 AAAACGTCAAAAGCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATGAGTATTATGGCTC
*
24643 AAAATTATGGAAAAATTTTCGAGTC
131 AAAATTAAGGAAAAATTTTCGAGTC
24668 AGTTTTTTGA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 8, Indels: 5
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
162 10 0.07
163 5 0.03
164 17 0.12
165 114 0.78
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (162 bp):
AGCATCAGAACCAATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACTATATTT
AAAACGTCAAAAGCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTATGAGTATTATGGCTC
AAAATTAAGGAAAAATTTTCGAGTCGCTTTTT
Found at i:25117 original size:333 final size:332
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Indices: 24513--26890 Score: 3181
Period size: 333 Copynumber: 7.2 Consensus size: 332
24503 GTCGCTTTTT
* *
24513 AGCATCAGAACCAATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACTATATTT
1 AGCATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACGATATTT
*
24578 AAAACGTGAAAAGT-CCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATAT-GTTTTTATGAGTATTATGGC
66 AAAACGTGAAAA-TCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGC
* * * *
24641 TC-AAAATTATGG-AAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAAATTTAGGCGAAATAGTGTACTA
130 -CAAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTA
* * * *
24704 ACCATCAGAGAATTTGGCGAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGATTCAGTTTTGGATTATTTTTGGC
194 ACCATCACAGAATTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG-CTCAGTTTTGGATTATTTTTGGC
* * * *
24769 ACCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGAGCAAGTCTCAGCCATATTGGATATAAGGATT
258 ACCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGGATT
24834 TGTTTTTTCG
323 TGTTTTTTCG
* * *
24844 AGCATCAGAATCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAACATAGAAAAAACGATATTT
1 AGCATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACGATATTT
* * * * * *
24909 AAAACGTGAAAATCCCTTCAACCTTTTTGGCATTGAATTTTATATTTTTTATGAGTATTGTGGCC
66 AAAACGTGAAAATCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCC
* * *
24974 AAAAATTAAGGAAAAAAATTTCGAGTAAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCATGTACTAAC
131 AAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAAC
* *
25039 CATTACAGAATTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGGATTATTTTTGGCAC
196 CATCACAGAATTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCC-GCTCAGTTTTGGATTATTTTTGGCAC
* *
25104 CAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTTAGACACAATGGATATAAGGATTTG
260 CAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGGATTTG
*
25169 TTTTTTCA
325 TTTTTTCG
* *
25177 AGCATCAGAACCATTTTCGAGTTAAATTAGAAATTAATTCG-AAAAATATAGGAAAAACGATATT
1 AGCATCAGAACCAGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACGATATT
* * * * *
25241 TAAAATGTCAAAAGCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATA-TTTTTATGACTATTATGCC
65 TAAAACGTGAAAATCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGC
* *
25305 CAACAATTAAGGAAAAAATTTTCGAGTTAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAAATCGTGTACTA
130 CAAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCG-AAATCGTGTACTA
* **
25370 ACCATCACAGAATTTGGCTAAAAACGCATTTCAAGGCCCCGGCTCAGTTTTGGATTATTTTTGGC
194 ACCATCACAGAATTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCC-GCTCAGTTTTGGATTATTTTTGGC
* * * *
25435 ACCAAGACTCCTTCAAATATCTGTATTCAATTGACTAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGGATT
258 ACCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGGATT
**
25500 TGTTTTTTAA
323 TGTTTTTTCG
* * * *
25510 AGCATTAGTACCAGTTTCGGTTTAATTACAAATTAATT---AAAAATATAGGAAAAA--ATATTT
1 AGCATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACGATATTT
* *
25570 AAAACGTGAAAATCGCTCCTCCAGCGTTTTTCGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTATG
66 AAAACGTGAAAAT--C-CCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTATG
* *
25635 GCCAAAAATTAAGGAAAAAATTTTTGAGTCAGATTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACT
128 GCCAAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACT
* * * * *
25700 AACCATCACCGAATTAGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCCCAACACAGTTTTGGATTATTTTTGG
193 AACCATCACAGAATTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCC-GCTCAGTTTTGGATTATTTTTGG
* *
25765 CACCAAGACTCCTTAAAATTTCTATATTCAACTGACCAAATCTCAG-C-C-----ATATAAGCAT
257 CACCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGGAT
* *
25823 TTATTTTGTCG
322 TTGTTTTTTCG
* * * *
25834 A-CATCAGAATCAGTTTCAATTTAATTAGAAATTAAATCGAAAAAACATAGGAAAAACGATATTT
1 AGCATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACGATATTT
* ** * * * *
25898 AAAAAGTGAAAATCCCTTAAACCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCA
66 AAAACGTGAAAATCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCC
* * * * * ** * * *
25963 AAAAATTATGGAAATAATTTTTGAATCAATTTTTTGAAATTTTTTTGCCGAAATCGTGTACTATC
131 AAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAAC
** * * * * *
26028 CATTGCAGAATTTGGCCAAAAATGCGTTCCGGGGCCTCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCAC
196 CATCACAGAATTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCC-CCGCTCAGTTTTGGATTATTTTTGGCAC
* ** *
26093 CAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTTTGACACAATGGATATAAGGATTTG
260 CAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGGATTTG
26158 TTTTTTCG
325 TTTTTTCG
*
26166 AGCATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACTATATTT
1 AGCATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACGATATTT
* *
26231 AAAATGTGAAAAGT-CCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATA-TTTTTATTAGTATTATGGC
66 AAAACGTGAAAA-TCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGC
* *
26294 TAAAAATTAAGGAAAAAACTTTCGAGTCAG-TTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAAATCGTGTACTA
130 CAAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCG-AAATCGTGTACTA
* **
26358 ACCATCACAGAATTAGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGCAAAGTTTTGGATTATTTTTGGCA
194 ACCATCACAGAATTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGCTCAGTTTTGGATTATTTTTGGCA
* * * *
26422 CCAAGACTCCTTAAAATTTCTACATTCAATTGACCAAATCTCAACCACAATGGATATAAGGATTT
259 CCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGGATTT
26487 GTTTTTTCG
324 GTTTTTTCG
* * *
26496 AGCATCAGTACCAGTTTCGGTTTAATTACAAATTAATT--ATAAAAATATAGG--AAA--A-ATT
1 AGCATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGA-AAAAATATAGGAAAAACGATATT
* * * *
26554 AAAAACGTGTAAATCGCTCCTCCAGCCATTTTGGCGTTAAATTATATA--TTTTGTGAGTATTAT
65 TAAAACGTGAAAAT--C-CCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTAT
26617 GGCCAAAAATTAA-GAAAAATATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTA
127 GGCCAAAAATTAAGGAAAAA-ATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTA
* *
26681 CTAACCATCACAGAATTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTGGATTATTTTT
191 CTAACCATCACAGAATTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG-CTCAGTTTTGGATTATTTTT
* * * * *
26746 GGCACCAAGACTCCTTAAAATTTCTATACTCAACT-AGCCAAATCTCAGCCATATTGCATATAAG
255 GGCACCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGA-CCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAG
26810 GATTTG-TTTTTCG
319 GATTTGTTTTTTCG
*
26823 AGTATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAATATAGGAAAAACGATATTT
1 AGCATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACGATATTT
26887 AAAA
66 AAAA
Statistics
Matches: 1790, Mismatches: 213, Indels: 87
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
323 30 0.02
324 30 0.02
325 195 0.11
326 100 0.06
327 113 0.06
328 114 0.06
329 15 0.01
330 143 0.08
331 258 0.14
332 276 0.15
333 495 0.28
334 21 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
AGCATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATATAGGAAAAACGATATTT
AAAACGTGAAAATCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCC
AAAAATTAAGGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAAC
CATCACAGAATTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGCTCAGTTTTGGATTATTTTTGGCACC
AAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGGATTTGT
TTTTTCG
Found at i:26875 original size:989 final size:990
Alignment explanation
Indices: 24513--26890 Score: 3567
Period size: 989 Copynumber: 2.4 Consensus size: 990
24503 GTCGCTTTTT
* * * *
24513 AGCATCAGAACCAATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGA-AAAAATATAGGAAAAACTATATT
1 AGCATCAGTACCAGTTTCGGTTTAATTACAAATTAATT--ATAAAAATATAGGAAAAA-T-TA--
* *
24577 TAAAACGTGAAA-AG-TCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATGTTTTTATGAGTATTATGG
60 -AAAACGTGAAATCGCTCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATAT-ATTTTATGAGTATTATGG
* * * * *
24640 CTC-AAAATTATGGAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAAATTTAGGCGAAATAGTGTACTA
123 C-CAAAAATTAAGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTA
* * * *
24704 ACCATCAGAGAATTTGGCGAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGATTCAGTTTTGGATTATTTTTGGC
187 ACCATCACAGAATTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG-CCCGACTCAGTTTTGGATTATTTTTGGC
* * *
24769 ACCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGAG-CAAGTCTCAGCCATATTGGATATAAGGAT
251 ACCAAGACTCCTTAAAATTTCTATATTCAACT-AGCCAAATCTCAGCCATATTGCATATAAGGAT
*
24833 TTGTTTTTTCGAGCATCAGAATCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAACATAGAAA
315 TTG-TTTTTCGAGCATCAGAATCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAACATAGGAA
* * *
24898 AAACGATATTTAAAACGTGAAAATCCCTTCAACCTTTTTGGCATTGAATTTTATATTTTTTATGA
379 AAACGATATTTAAAAAGTGAAAATCCCTTAAACCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGA
* * * *
24963 GTATTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAAAATTTCGAGTAAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAAT
444 GTATTATGGCAAAAAATTAAGGAAAAAAATTTCGAATAAGTTTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAAT
* *
25028 CATGTACTAACCATTACAGAATTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGGATT
509 CATGTACTAACCATTACAGAATTTGGCCAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGGATG
*
25093 ATTTTTGGCACCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTTAGACACAATGGAT
574 ATTTTTGGCACCAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTTAGACACAATGGAT
*
25158 ATAAGGATTTGTTTTTTCAAGCATCAGAACCATTTTCGAGTTAAATTAGAAATTAATTCGAAAAA
639 ATAAGGATTTGTTTTTTCAAGCATCAGAACCAGTTTCGAGTTAAATTAGAAATTAATTCGAAAAA
25223 TATAGGAAAAACGATATTTAAAATGTCAAAAGCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATT
704 TATAGGAAAAACGATATTTAAAATGTCAAAAGCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATT
* * *
25288 TTTATGACTATTATGCCCAACAATTAAGGAAAAAATTTTCGAGTTAGTTTTTTGAAAAATTTTAG
769 TTTATGACTATTATGCCCAAAAATTAAGGAAAAAACTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAG
* **
25353 TCGAAAATCGTGTACTAACCATCACAGAATTTGGCTAAAAACGCATTTCAAGGCCCCGGCTCAGT
834 TCGAAAATCGTGTACTAACCATCACAGAATTAGGCTAAAAACGCATTTCAAGGCCCCGGCAAAGT
* ** * *
25418 TTTGGATTATTTTTGGCACCAAGACTCCTTCAAATATCTGTATTCAATTGACTAAATCTCAGCCA
899 TTTGGATTATTTTTGGCACCAAGACTCCTTAAAATATCTACATTCAATTGACCAAATCTCAACCA
25483 CAATGGATATAAGGATTTGTTTTTTAA
964 CAATGGATATAAGGATTTGTTTTTTAA
* *
25510 AGCATTAGTACCAGTTTCGGTTTAATTACAAATTAA-T-TAAAAATATAGGAAAAAATATTTAAA
1 AGCATCAGTACCAGTTTCGGTTTAATTACAAATTAATTATAAAAATATAGG--AAAA-ATTAAAA
* *
25573 ACGTGAAAATCGCTCCTCCAGCGTTTTTCGCGTTAAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCC
63 ACGTG-AAATCGCTCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATA--TTTTATGAGTATTATGGCC
* *
25638 AAAAATTAAGGAAAAAATTTTTGAGTCAGATTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAAC
125 AAAAATTAA-GAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAAC
* * * *
25703 CATCACCGAATTAGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCCCAACACAGTTTTGGATTATTTTTGGCAC
189 CATCACAGAATTAGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGGCCCGACTCAGTTTTGGATTATTTTTGGCAC
*
25768 CAAGACTCCTTAAAATTTCTATATTCAACT-GACCAAATCTCAG-C------CATATAAGCATTT
253 CAAGACTCCTTAAAATTTCTATATTCAACTAG-CCAAATCTCAGCCATATTGCATATAAGGATTT
* * *
25825 ATTTTGTCGA-CATCAGAATCAGTTTCAATTTAATTAGAAATTAAATCGAAAAAACATAGGAAAA
317 GTTTT-TCGAGCATCAGAATCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAACATAGGAAAA
25889 ACGATATTTAAAAAGTGAAAATCCCTTAAACCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGT
381 ACGATATTTAAAAAGTGAAAATCCCTTAAACCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGT
* * * * ** *
25954 ATTATGGCAAAAAATTATGGAAATAATTTTTGAATCAA-TTTTTTGAAATTTTTTTGCCGAAATC
446 ATTATGGCAAAAAATTAAGGAAAAAAATTTCGAAT-AAGTTTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * *
26018 GTGTACTATCCATTGCAGAATTTGGCCAAAAATGCGTTCCGGGGCCTCAGCTCAGTTTTGGATGA
510 ATGTACTAACCATTACAGAATTTGGCCAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGGATGA
*
26083 TTTTTGGCACCAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTTTGACACAATGGATA
575 TTTTTGGCACCAAAACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTTAGACACAATGGATA
* *
26148 TAAGGATTTGTTTTTTCGAGCATCAGAACCAGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAA
640 TAAGGATTTGTTTTTTCAAGCATCAGAACCAGTTTCGAGTTAAATTAGAAATTAATTCG-AAAAA
* * *
26212 TATAGGAAAAACTATATTTAAAATGTGAAAAGTCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATT
704 TATAGGAAAAACGATATTTAAAATGTCAAAAGCCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATT
* * * *
26277 TTTATTAGTATTATGGCTAAAAATTAAGGAAAAAACTTTCGAGTCAG-TTTTTGAAAAATTTTAG
769 TTTATGACTATTATGCCCAAAAATTAAGGAAAAAACTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAG
* *
26341 TCGAAAATCGTGTACTAACCATCACAGAATTAGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCC-GCAAAGT
834 TCGAAAATCGTGTACTAACCATCACAGAATTAGGCTAAAAACGCATTTCAAGGCCCCGGCAAAGT
*
26404 TTTGGATTATTTTTGGCACCAAGACTCCTTAAAATTTCTACATTCAATTGACCAAATCTCAACCA
899 TTTGGATTATTTTTGGCACCAAGACTCCTTAAAATATCTACATTCAATTGACCAAATCTCAACCA
**
26469 CAATGGATATAAGGATTTGTTTTTTCG
964 CAATGGATATAAGGATTTGTTTTTTAA
26496 AGCATCAGTACCAGTTTCGGTTTAATTACAAATTAATTATAAAAATATAGGAAAAATTAAAAACG
1 AGCATCAGTACCAGTTTCGGTTTAATTACAAATTAATTATAAAAATATAGGAAAAATTAAAAACG
* *
26561 TGTAAATCGCTCCTCCAGCCATTTTGGCGTTAAATTATATATTTTGTGAGTATTATGGCCAAAAA
66 TG-AAATCGCTCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTATGAGTATTATGGCCAAAAA
26626 TTAAGAAAAATATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCA
130 TTAAGAAAAA-ATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCA
26691 CAGAATTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTGGATTATTTTTGGCACCAAGA
194 CAGAATTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCC-CGACTCAGTTTTGGATTATTTTTGGCACCAAGA
*
26756 CTCCTTAAAATTTCTATACTCAACTAGCCAAATCTCAGCCATATTGCATATAAGGATTTGTTTTT
258 CTCCTTAAAATTTCTATATTCAACTAGCCAAATCTCAGCCATATTGCATATAAGGATTTGTTTTT
* * *
26821 CGAGTATCAGAACCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAATATAGGAAAAACGATAT
323 CGAGCATCAGAATCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAACATAGGAAAAACGATAT
26885 TTAAAA
388 TTAAAA
Statistics
Matches: 1248, Mismatches: 103, Indels: 68
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
982 11 0.01
983 169 0.14
984 2 0.00
985 46 0.04
986 128 0.10
987 7 0.01
988 95 0.08
989 462 0.37
990 67 0.05
992 8 0.01
993 3 0.00
994 12 0.01
995 31 0.02
996 32 0.03
997 172 0.14
998 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (990 bp):
AGCATCAGTACCAGTTTCGGTTTAATTACAAATTAATTATAAAAATATAGGAAAAATTAAAAACG
TGAAATCGCTCCTCCAGCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTATGAGTATTATGGCCAAAAAT
TAAGAAAAAATTTTCGAGTCAGTTTTTTGAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACA
GAATTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGACTCAGTTTTGGATTATTTTTGGCACCAAGACTC
CTTAAAATTTCTATATTCAACTAGCCAAATCTCAGCCATATTGCATATAAGGATTTGTTTTTCGA
GCATCAGAATCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAACATAGGAAAAACGATATTTA
AAAAGTGAAAATCCCTTAAACCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAA
AAAATTAAGGAAAAAAATTTCGAATAAGTTTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
ATTACAGAATTTGGCCAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGGATGATTTTTGGCACC
AAAACTCCTTAAAATATCTATATTCAACTGACCAAATCTTAGACACAATGGATATAAGGATTTGT
TTTTTCAAGCATCAGAACCAGTTTCGAGTTAAATTAGAAATTAATTCGAAAAATATAGGAAAAAC
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Done.