Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010659.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10680, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31386
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.20, T:0.31
Found at i:2235 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2202--2234 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
2192 TCTGGTCGAA
*
2202 ATTTTTTTTATTATTTT
1 ATTTTATTTATTATTTT
2219 ATTTTATTTA-TATTTT
1 ATTTTATTTATTATTTT
2235 TCGATATAAC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.21, C:0.00, G:0.00, T:0.79
Consensus pattern (17 bp):
ATTTTATTTATTATTTT
Found at i:4870 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 4833--4985 Score: 195
Period size: 33 Copynumber: 4.7 Consensus size: 33
4823 CTAATTGTGA
* * *
4833 TGAAAACAAATCTGTTTTGGTTGATCATAGCAT
1 TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAACAT
*
4866 TGAAAATAATTCTGTTTTCGTTGATCATAACAT
1 TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAACAT
* *
4899 TGCAAATAATTATGTTTTGGTTGATCATAACAT
1 TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAACAT
* **
4932 TGCAAATAATTCTGTTTTGGTTG---ATGGCAT
1 TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAACAT
*
4962 TGAAAATAATACTGTTTTGGTTGA
1 TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGA
4986 AGGAAAGAGA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 12, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 26 0.24
33 81 0.76
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (33 bp):
TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAACAT
Found at i:9541 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 9488--9551 Score: 83
Period size: 33 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
9478 GTGTTTTAGA
*
9488 TGTTATTTGCAATGATACTAAACCTAATTTGAG
1 TGTTATTTGCAATGACACTAAACCTAATTTGAG
* * * *
9521 TGTTGTTTGCGATGACACTAAATCTATTTTG
1 TGTTATTTGCAATGACACTAAACCTAATTTG
9552 TATGCTAATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 26 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (33 bp):
TGTTATTTGCAATGACACTAAACCTAATTTGAG
Found at i:9603 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 9566--9718 Score: 195
Period size: 33 Copynumber: 4.7 Consensus size: 33
9556 CTAATTGTGA
* * *
9566 TGAAAACAAATCTGTTTTGGTTGATCATAGCAT
1 TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAACAT
*
9599 TGAAAATAATTCTGTTTTCGTTGATCATAACAT
1 TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAACAT
* *
9632 TGCAAATAATTATGTTTTGGTTGATCATAACAT
1 TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAACAT
* **
9665 TGCAAATAATTCTGTTTTGGTTG---ATGGCAT
1 TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAACAT
*
9695 TGAAAATAATACTGTTTTGGTTGA
1 TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGA
9719 AGGAAAGAGA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 12, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 26 0.24
33 81 0.76
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (33 bp):
TGAAAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAACAT
Found at i:14258 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 14234--14273 Score: 80
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
14224 AGCGCCATTT
14234 TTTGAAATTTTCCCATGAA
1 TTTGAAATTTTCCCATGAA
14253 TTTGAAATTTTCCCATGAA
1 TTTGAAATTTTCCCATGAA
14272 TT
1 TT
14274 AATCACGGGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 21 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (19 bp):
TTTGAAATTTTCCCATGAA
Found at i:19180 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 19160--19193 Score: 68
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
19150 CTATGCCTCT
19160 ACCTTCGATTCAACA
1 ACCTTCGATTCAACA
19175 ACCTTCGATTCAACA
1 ACCTTCGATTCAACA
19190 ACCT
1 ACCT
19194 CCAGAGGTCA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 19 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.35, G:0.06, T:0.26
Consensus pattern (15 bp):
ACCTTCGATTCAACA
Found at i:22806 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22765--22812 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
22755 TGTCCATGAT
*
22765 TTCAATTAGTGATTTTTA
1 TTCAATTAGTAATTTTTA
22783 TTCAATTAGTAATTTTTA
1 TTCAATTAGTAATTTTTA
*
22801 TCTCAACTAGTA
1 T-TCAATTAGTA
22813 TACCTTAGCT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 18 0.67
19 9 0.33
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.08, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
TTCAATTAGTAATTTTTA
Found at i:22944 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 22922--22954 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
22912 CAACATTGCA
22922 TAAGTA-AAATCTGCATC
1 TAAGTAGAAA-CTGCATC
22939 TAAGTAGAAACTGCAT
1 TAAGTAGAAACTGCAT
22955 TTTAGGAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.80
18 3 0.20
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.15, T:0.27
Consensus pattern (17 bp):
TAAGTAGAAACTGCATC
Found at i:27450 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 27422--27465 Score: 79
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
27412 CCAAACTAAA
*
27422 TTGCATTGTGTCTTCTTTACTT
1 TTGCATTGTGTCTTCTCTACTT
27444 TTGCATTGTGTCTTCTCTACTT
1 TTGCATTGTGTCTTCTCTACTT
27466 ATGGTCTTCT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 21 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.20, G:0.14, T:0.57
Consensus pattern (22 bp):
TTGCATTGTGTCTTCTCTACTT
Found at i:27609 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 27591--27617 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
27581 ATTAGATACT
27591 TCTTTTCATTGCA
1 TCTTTTCATTGCA
27604 TCTTTTCATTGCA
1 TCTTTTCATTGCA
27617 T
1 T
27618 ACATAGGGCA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.22, G:0.07, T:0.56
Consensus pattern (13 bp):
TCTTTTCATTGCA
Found at i:30507 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 30468--30690 Score: 324
Period size: 35 Copynumber: 6.3 Consensus size: 35
30458 AGTAATAAGC
*
30468 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAATAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
*
30503 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCGGTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
*
30538 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAA-TCAGTAATAAGC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAGTAAT---T
30576 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* *
30611 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* *
30646 GACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCGGTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
*
30681 AA-GTAATTCA
1 AACTTAATTCA
30691 ATAATTAACT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 13, Indels: 11
0.88 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 7 0.04
35 128 0.75
36 2 0.01
37 2 0.01
38 31 0.18
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (35 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
Found at i:30651 original size:143 final size:141
Alignment explanation
Indices: 30467--31358 Score: 934
Period size: 143 Copynumber: 6.2 Consensus size: 141
30457 CAGTAATAAG
* * *
30467 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCG
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-TCA
* *
30532 GTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAA-TCAGTAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTA
65 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAGTAATAA-TAACTTAATTCAGGGTAATTA
*
30596 AGTAATTCAGTAAT
128 AGTAAGTCAGTAAT
* * * *
30610 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATTGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCG
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-TCA
* * * * * ***
30675 GTAATTAA-GTAATTCA--ATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT-AACT
65 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAA-GTAATTCA--GTAA-TAA-TAA--C-TTAATTCAGGG
*
30736 TAATTCAGGGTAATTAAGTGGGTCAGTAAT
122 TAA-T-----TAAGTAA----GTCAGTAAT
* *
30766 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCGGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAATCA
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATCA
30831 GTAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT--TAACTTAATTCAGGGTAATT
65 GTAAT---CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATAATAACTTAATTCAGGGTAATT
*
30894 AAGTGAGTCAGTAAT
127 AAGTAAGTCAGTAAT
*
30909 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCGGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAATC
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATC
* * *
30973 AGTAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTAAGTAAT--TAATTTAATTCAGAGTAAT
64 AGTAAT---CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATAATAACTTAATTCAGGGTAAT
*
31036 TAAGTGAGTCAGTAAT
126 TAAGTAAGTCAGTAAT
* * * * **
31052 CAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAATTCGGTAATTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTGGGTCA
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATCA
* *
31117 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTATTTCGGTAAT--TAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
65 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
31180 TGAA-TCAGTAGT
130 T-AAGTCAGTAAT
* * *
31192 CAACTTAATTGAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTCA
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-TCA
* * * *
31257 GTAATAAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA-T--TAATCAACTTAATTCAGGATAATTAA
65 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAA
* * *
31319 GTGAGTCAATAGT
129 GTAAGTCAGTAAT
*
31332 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
31359 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 65, Indels: 71
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
137 1 0.00
139 3 0.00
140 210 0.32
141 5 0.01
142 8 0.01
143 281 0.43
144 7 0.01
146 5 0.01
147 11 0.02
152 12 0.02
153 5 0.01
155 3 0.00
156 69 0.11
157 2 0.00
158 1 0.00
159 6 0.01
160 7 0.01
161 7 0.01
162 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (141 bp):
CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATCAG
TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
AAGTCAGTAAT
Found at i:30713 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 30674--31358 Score: 865
Period size: 35 Copynumber: 19.4 Consensus size: 35
30664 TAAGTAATTC
* * *
30674 GGTAATTAAGTAATTCAATAATTAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
* *
30709 GGTAATTAAGTAATTCAGTAATTAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
**
30744 GGTAATTAAGTGGGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
* * *
30779 GGTAATTAAGTAATTCGGTAATTAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
30814 GGTAATTAAGTGAA-TCAGTAATAAGCAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGT-AAGTCAGTAAT---CAACTTAATTCAG
* *
30852 GGTAATTAAGTAATTCAGTAATTAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
*
30887 GGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
* *
30922 GGTAATTAAGT-AGTTCGGTAATTAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAG-TCAGTAATCAACTTAATTCAG
30957 GGTAATTAAGTGAA-TCAGTAATAAGCAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGT-AAGTCAGTAAT---CAACTTAATTCAG
* * * *
30995 GGTAATTAAGTAATTAAGTAATTAATTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
* * *
31030 AGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTTAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
* * *
31065 GGTAATTAAGTAATTCGGTAATTAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
* **
31100 GATAATTAAGTGGGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
** * *
31135 GGTAATTAAGTATTTCGGTAATTAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
* *
31170 GGTAATTAAGTGAA-TCAGTAGTCAACTTAATTGAG
1 GGTAATTAAGT-AAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
31205 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
* * *
31240 GGTGATTAAGTAAGTCAGTAATAAATTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
*
31275 GGTAATTAAGTAAGTCATTAATCAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
* * * * *
31310 GATAATTAAGTGAGTCAATAGTTAACTTAATTCAG
1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
31345 GGTAATTAAGTAAG
1 GGTAATTAAGTAAG
31359 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 69, Indels: 28
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
34 4 0.01
35 494 0.87
36 3 0.01
37 5 0.01
38 61 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
Found at i:31009 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 30996--31040 Score: 54
Period size: 8 Copynumber: 5.2 Consensus size: 8
30986 TTAATTCAGG
30996 GTAATTAA
1 GTAATTAA
31004 GTAATTAA
1 GTAATTAA
31012 GTAATTAA
1 GTAATTAA
*
31020 TTTAATTCAGA
1 -GTAATT-A-A
31031 GTAATTAA
1 GTAATTAA
31039 GT
1 GT
31041 GAGTCAGTAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 6
0.80 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
8 19 0.59
9 6 0.19
10 6 0.19
11 1 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (8 bp):
GTAATTAA
Found at i:31360 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 31343--31369 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
31333 AACTTAATTC
31343 AGGGTAATTAAGTA
1 AGGGTAATTAAGTA
31357 AGGGTAATTAAGT
1 AGGGTAATTAAGT
31370 TTAGCAAGAA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (14 bp):
AGGGTAATTAAGTA
Done.