Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010682.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10703, whole genome shotgun sequence
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*
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1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGTAATC
*
838 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
* * * *
873 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTTAGT-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG-TAATC
* * *
908 AACTTAATTCGGGGTAATTAAGTGAGTTAATAAGT-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAA-TC
*
943 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAACG-AGT-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TC-A-GTAATC
*
978 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAGC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
*
1013 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAATCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
* * *
1048 AACTTAATTCAGAGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
1083 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
*
1118 AACTTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAATAAGT-
1 AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGTAA-TC
* *
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AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
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1016 TTAATTCAGG
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* *
1042 GTAATCAACTTAATTCAGA
1 GTAATTAA-GTAATTC--A
1061 GTAATTAAGTAATTCA
1 GTAATTAAGTAATTCA
* *
1077 GTAATCAACTTAATTCA
1 GTAATTAA-GTAATTCA
* *
1094 GGGTAATTAAGTGAGTCA
1 --GTAATTAAGTAATTCA
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1 GTAAT
1117 CAACTTTAAT
Statistics
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GTAATTAAGTAATTCA
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2049 TATAATTCAA
* * * * *
2059 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGTCCACAATAGTCGTAAAAAGTATATAATTCAATGTCAAAAA
1 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * ** * *
2124 GTTTGAAGGGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTAAT-TTTTTTCAGAATTAATTTCTAAATA
66 GATTGAAAGGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATTTCTAATTA
* * * * *
2188 AATCGAAACAATATTTTAATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGGGGTTGAGATTTGGT
131 AATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
* * * *
2253 TAGATGAACATAGATATTTCACAGAGTCTTGTCGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTTC
196 TAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGTTC
* * *** *
2318 CGGAACGTGTTTTTATCCAAAAACAGTGATAACTAGTACACGATTTCGGCTGGAAATTT-CAAAA
261 CGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCAAAA
2382 ATTGATC
326 ATTGATC
* * * * *
2389 TAAAAGGTTTTT-CTTAATTTTTTGCCACAATACTCGTAAAAAATATATTATTCAACGTCAAAAA
1 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * * * * * *
2453 TATTGAAAGGATTTTCTGACTTCAAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTTCGAAATTAATTTCTAATT
66 GATTGAAAGGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTCGGAATTAATTTCTAATT
* * * * *
2518 AAATTGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAATAAATTCTTGAATCCAATTTGGCTGAGATTTGG
130 AAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
*
2583 TTAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGAGGTT
195 TTAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGTT
* * * * *
2648 TCGGAAGGCGTTTTTATCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGACTGAAAATTTGCAAA
260 CCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCAAA
*
2713 AATTGATA
325 AATTGATC
* *
2721 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGACCACAATACTCGTAAAAAA-ATATAATTCAAAGCCAAAAA
1 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * * * **
2785 GATTGAAAAG-TTTTCTGGCTTCTAATATCGTTTTACCTATTTTTTCGGAATAAATCCCTAATTA
66 GATTGAAAGGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATTTCTAATTA
* * * * * * *
2849 AATCGAAATAAGATTCTAATACTCGAAAAAATAAATCCTTAAAACTAATATGGCTGAGATTTGGT
131 AATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
* * * * * * * * *
2914 TAGATGAACATAGATATTTCACATATTCTTGTCACCAAAAAATCATGCAAGACTAAGCCG-GGAC
196 TAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCC-AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGG-T
* * * * *
2978 TCCGGAAGGCGTTTTTATCCAAAATCCGTGAAGGTTAGTACACGATTTCGACTGAAATTTTGCAA
259 TCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCAA
3043 AAATTGAAT-
324 AAATTG-ATC
* * * * *
3052 TGAAAGATTTTCCCCTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAACAAATAAATAATTCAATGCCAAAAA
1 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * * *
3117 AATTGAAAAGCTTTTCCGGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATTTCCAATTA
66 GATTGAAAGGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATTTCTAATTA
* * * * * * *
3182 AATCGAAACAAGATTCTGATACTCGTAAAAACAAATCTTTGAATCTAATTTGGCTGATATTTGGT
131 AATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
3247 TAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCC-AAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGTTC
196 TAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGTTC
* * * *
3311 CAGAAGGCGTTTTTATCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTGAAAATTTGCAAAA
261 CGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCAAAA
*
3376 ATTGATA
326 ATTGATC
* * *
3383 TGAAATATTTATCCTTAATTTTTGGCCACCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAA
1 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCA-CAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCC--AA
* * * * *
3448 AAAGATTGAAGGGCTTTTCCGGCTACTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAGAATTAATTTTTAA
63 AAAGATTGAAAGGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATTTCTAA
3513 TTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTT
128 TTAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTT
* * * * * * *
3578 AGTTAGATGAACATGGATATTTCACAGAGTCTTGTCGTCAAAAATTATGCAAAACTGAGTCGGGG
193 GGTTAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGG
** * *
3643 CACCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCA
258 TTCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCA
*
3708 AAAATTGACC
323 AAAATTGATC
* * * * * **
3718 TAAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCCTGAAAAATAAATAATTCAATTCCAAAAA
1 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * * *
3783 GATTG-AAGGTCTTTTCCGGCTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTCTCGGAATT-A---GTAAAT
66 GATTGAAAGG-CTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATTTCTAATT
* **
3843 AAATCGAAACAAGATTCTAATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGATTGAGATTTGG
130 AAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
* * * * *
3908 TTAGATGAACATAGATATTTCACAGAGCCTTGTCGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTT
195 TTAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGTT
* * * *
3973 CCGGAACGTGTTTTTATCCTAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTT-CAAA
260 CCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCAAA
4037 AATTGATC
325 AATTGATC
* *
4045 TGAAAGATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAACACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAA
1 TGAAAG--ATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAA
* * * *
4110 AAGATTGAAGGGTTTTTCCAGCTTCTAATATCG-TTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATCTCTAAT
64 AAGATTGAAAGGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATTTCTAAT
* * *
4174 TAAATTGAAACAAGATTCTAATGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTG
129 TAAATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
* * *
4239 GTTAGATGAACATCGATATTTCAATGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGC
194 GTTAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGT
* *
4304 TCCGGAACGCGTTTTCATCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCAA
259 TCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCAA
*
4369 AAATTGACC
324 AAATTGATC
* * ** *
4378 CGAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTTTTAAAAAATATATTATTCAACGCCAAAAA
1 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* *
4443 GATTGAAAGTCTTTTCCGGCTTCTAATATCG-TTTTCCTATTTTTTCGGAATTAGTTTCTAATTA
66 GATTGAAAGGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATTTCTAATTA
* * *
4507 AATCGAAACAAGATTCTAATCCTCGTAAAAACAAATCCTTGAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGT
131 AATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
* * *
4572 TCGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGTCAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGAGGTTC
196 TAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGTTC
* * * * * *
4637 CGGGAGGCGTTTTTATCCAAAAACCATGATGGTTAGTAAACCATTTCAGCTGAAAATTTGCAAAA
261 CGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCAAAA
*
4702 ATTGATA
326 ATTGATC
* *
4709 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAA
1 TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
** * *
4774 GATTGAATTG-TTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTGGAATTTA-TTCTAATTA
66 GATTGAAAGGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATTTCTAATTA
* * *
4837 AATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATTTGGTTGAGATTTGGT
131 AATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
* * * *
4902 TAGATGAACATAGATATTTCAAATAGTCAT-TCGCCAACAATCATTCAAAACTGAGTCCAGGTTC
196 TAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGTTC
4966 CG
261 CG
4968 CAATTTTGAC
Statistics
Matches: 2267, Mismatches: 287, Indels: 51
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
327 15 0.01
328 201 0.09
329 182 0.08
330 243 0.11
331 828 0.37
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333 178 0.08
334 179 0.08
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TGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
GATTGAAAGGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTCGGAATTAATTTCTAATTA
AATCGAAACAAGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
TAGATGAACATAGATATTTCAAAGAGTCATGTCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGTTC
CGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTGAAAATTTGCAAAA
ATTGATC
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4970 ATTTTGACTG
* * *
4980 AAAA-TTTGCAAAAATTGATAC-GAAAGATTTTTCCTTAATTTTAGGCCACAATACTCTTAAAAA
1 AAAATTTTGCAAAAATTGA-CCTGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCAT-AAAA
* * * *
5043 AATATATAATTCAGCGC-CAAAAAGTTTGAAGGGTTTTTCCGGCTTCTAATATTGTTTTTCCTAT
64 AATATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTACGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAT
* * * *
5107 TTTTTCGGAATTAATTTCTAATTAAATC-TAACAAGATT-ATAATGCTCATAAAAACAAATCCTT
129 TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA-GATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * * *
5170 AAATCCATTGTGTCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAATGATTCTTGTCGCCAAAA
193 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGTCGCCAAAA
* *
5235 ATCATGCAAAACTGAGTC-ATGGCTCCGGAACACGTTTTTATCC-AAAACCGTGACGATTAGTAC
258 ATCATGCAAAACTGAGTCGA-GGCTCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATG--TAGTAC
5298 ACGATTTCGGCT
320 ACGATTTCGGCT
* * * * *
5310 AAAAATTTGCAAAAATTGACATGAAAGA--TTTCCTTTAATTTTTTGCCACAATACTCGTAAATA
1 AAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATTTTTCC-TTAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAA
* * * * * * *
5373 ATAAAAAATTCAATGC-CAAAAAGATTGAAGCGCTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTGTT
65 ATATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTACGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATT
* *
5437 TTATTCTGTAA-TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-ATAATGCTCATAAAAACAAATCCT
130 TT-TTCTG-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA-GATGCTCGTAAAAACAAATCCT
*
5500 TAAATCCAATGTGGC-----TTTGGTTAGATGAATATAGATA-TTCCATGAGTCTTGTCGCCAAA
192 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGTCGCCAAA
* * *
5559 AATCATGCAAAACTGAGTCG-GGTCTCCGGAATGCGTTTTTATCTAAATACCGTGA--T-G----
257 AATCATGCAAAACTGAGTCGAGG-CTCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGTAGTACA
5616 -G--TTC-GCT
321 CGATTTCGGCT
* * * *
5623 AAGAA-TTTGCAAAAATTGATCTGAAAGATTTTTACTTAATTTTTGGCCACAATATTCGTAAAAA
1 AA-AATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCAT-AAAA
* *
5687 TATATATATAATTCAACG-TCAAAAAGATTGAAGGGCTTTT-CAGACTTCTAATATCG-TTTTCC
64 -A-ATATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTAC-GGCTTCTAATATCGTTTTTCC
* *
5749 T-TTTTTTCGGAATTAATTTCTAATTAAATCG-AACAAGATTCTA-ATTCTCGTAAAAACAAATC
126 TATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC-AGATGCTCGTAAAAACAAATC
* *
5811 CTTCAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG-ATCATAGATATTTCAATGAGTCTTGTCCCC
190 CTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT-ATAGATATTTCAATGAGTCTTGTCGCC
* * *
5875 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTTCCGGAACGCGTTTTCATCCAAAAACC--------GT-
254 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGTAGTA
*
5931 CACGATTTCGACT
319 CACGATTTCGGCT
* *
5944 AAAAATTTGCAAAAATTGACCTGAAAGA-TTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCGTAAAAAA
1 AAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAA
* *
6008 TATATAATTCAATGC-CAAAAAGATT-ATAGGGTTTTTTCCGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAT
66 TATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGA-AGGG-TTTTTACGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAT
6071 TTTTT-TGGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC-GAATGCTCGTAAAAACAAATCCT
129 TTTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG-ATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* * * *
6134 TAAATCCAATGTGTCTGAGATTT-GTTTGATGAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGTCGCAAAA
192 TAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGTCGCCAAA
* * * ** *
6198 AATCATGTAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGTATTTTTATACAAAAACCGTGATGTA-TACA-
257 AATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGTAGTACAC
6261 -ATTTCGGCT
322 GATTTCGGCT
* * * * * *
6270 AAAAATTTACAAAAATTGACCTGAAATATTTTTTCTTAATTTTTTGCCACAATACTCGTAAAAAA
1 AAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAA
* * * * *
6335 TATATAAGTCAACG-TCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCCGGCTTCTAATATAGTTTTTCTTATTT
66 TATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTACGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TT
* *
6399 TTTTCGGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTA-ATGCTCGTAAAAACAAATCATTA
130 TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC-AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * * * * *
6463 GATCTATTGTGACTGAGATTTGGTTAGAAGAACATAGATATTTCAATGAGTCTTGCCGCAAAAAA
194 AATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGTCGCCAAAAA
* * * * * * * * *
6528 TAATTCAAAACTGTA-CCG-GTGCCCCGGAATGTGTTTTTAGCAATTAAAAAACG-G-T-TA-TA
259 TCATGCAAAACTG-AGTCGAG-GCTCCGGAACGCGTTTTTATC---CAAAAACCGTGATGTAGTA
* *
6587 CACGTTTTCGGTT
319 CACGATTTCGGCT
* * * * *
6600 AAAATTTTCCAAAATTTGACCTGAATGATTTTTCCTCAATTTTTTGGCCATAATACTCAT-AAAA
1 AAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATTTTTCCTTAA-TTTTTGGCCACAATACTCATAAAAA
* * * *
6664 A-ATAT-A-T--A---T-------ATTGAAGGGCTTTT-CATGCTTCTAATATCATTTATCCTAC
65 ATATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTAC-GGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-
* ** * * * *
6713 TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACCGGTTTCTGATTCTCGTAAAAACAAATTCTT
128 TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * * *
6778 AAATTCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATTTAAATGAGT-TTAGGCCCCAAA
193 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTT-GTCGCCAAA
* * * * * * *
6842 AATCATGCAATACTAAG-C-CGGATCCCTGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAAT
257 AATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCT-CC-GGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGAT-G-TAGT
*
6905 ACACGATTTCGGTT
318 ACACGATTTCGGCT
* * * * * * *
6919 AAAATTTTGCAAAAATTTACCCT-TAAGATTTTTCCTTAAGTTTTGGACACAATATTTATATAAA
1 AAAATTTTGCAAAAATTGA-CCTGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAA
* * * * * *
6983 ATATGTAACTCAACAC-AAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAC-GCTTCTAATATCGTTTTTTCTTT
65 ATATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTT-ACGGCTTCTAATATCG-TTTTTCCTA
** * ** *
7046 TTCTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACCTGATTTC-GATGCTCGTAAAAATAAATCC
128 TT-TTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * * **
7110 TTAAATCCAATATGGTTTAGATTTCGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGT-GTAA
191 TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTT-GTCGCCA
* * * *
7174 AAAATCATGCAAAATTGAGTCGAGGCTCCGGAACGCATTTTTATCCAAAGACTGTGATGTACGTA
255 AAAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGTA-GTA
7239 CACGATTTCGGCT
319 CACGATTTCGGCT
* * * *
7252 AAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAA-ATTTTTCCATCAATTTTTAGCCACAATACTCATAAGAA
1 AAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATTTTTCC-TTAATTTTTGGCCACAATACTCATAA-AA
* * *
7316 AATATATAA-TAAACGCTGAAAAA-ATTAAAGGGTTCTTTAC-GCTTCTAATATCGTTTTTCCTA
64 AATATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGAAGGGTT-TTTACGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA
* * *
7378 TTTTTTCTGAATTAATTTCTTATTAAAGCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
128 TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * ** * * * *
7443 AAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTTAGCGAAT-ATGAGCGACAAA
193 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTG-TCGCCAAA
* * * * * *
7507 AATCATGCAAAACTGAGTCAATGC-CCTAGAACGTGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAATA
257 AATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCTCC-GGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATG--TAGTA
**
7571 CACGATTTCTACT
319 CACGATTTCGGCT
* * * * * * * *
7584 AAAATTTAGCAAAAACTAACCCGAAAAATTCTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACACATAAAAAA
1 AAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAA
* * * *
7649 TATATAATTTAACGCT-AAAAAGATTGAAAGATTTTTCAC-GCTTCTAATATCGTTTTTGCTAAT
66 TATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTT-ACGGCTTCTAATATCGTTTTTCCT-AT
* * * *
7712 TTTTTCCGAATTAATATATAATTAAATTGAAACAAGATTCTA-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
129 TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC-AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * * * ** *
7776 AAATTCAATGTGACTGATATTTGATTAGCTGAATATAGATATTTCAA-GAAAACTTGGT-GACAA
193 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATG-AGTCTT-GTCGCCAA
* * * * * **
7839 AAATCATGCAAAACTAAGCCGAAG-TCCCGGAACACGTTATTAGTAAAAAAAACCGTGATAGTTA
256 AAATCATGCAAAACTGAGTCGAGGCT-CCGGAACGCGTTTTTA-T-CCAAAAACCGTGAT-G-TA
*
7903 GTACATGATTTCGGCT
316 GTACACGATTTCGGCT
* * * * *
7919 -AAATTTTACTAAAGA-TGACCTGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGCCCA-AGATACTCACATAA
1 AAAATTTTGC-AAAAATTGACCTGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACA-ATACTCATA-AA
* *
7981 AGA-ATATAATTAAACG-TCAAAAAGATTGAA
63 AAATATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGAA
8011 AGAATTTTAA
Statistics
Matches: 2251, Mismatches: 310, Indels: 276
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
313 77 0.03
314 52 0.02
315 21 0.01
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336 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
AAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAA
TATATAATTCAACGCTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTACGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTT
TTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA
TCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGTCGCCAAAAATC
ATGCAAAACTGAGTCGAGGCTCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGTAGTACACGATT
TCGGCT
Found at i:8222 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 8177--8258 Score: 155
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 41
8167 CGAAACCGAG
*
8177 ACCTTACTTAAGGGGAACAAATGTCAAAACACTTGAACCAA
1 ACCTTACTTAAGGGGAACAAATGCCAAAACACTTGAACCAA
8218 ACCTTACTTAAGGGGAACAAATGCCAAAACACTTGAACCAA
1 ACCTTACTTAAGGGGAACAAATGCCAAAACACTTGAACCAA
8259 CCAATTGGTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 40 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.23, G:0.15, T:0.18
Consensus pattern (41 bp):
ACCTTACTTAAGGGGAACAAATGCCAAAACACTTGAACCAA
Found at i:9669 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 9594--9827 Score: 387
Period size: 50 Copynumber: 4.7 Consensus size: 50
9584 GAACACACGA
*
9594 AGACACGAAGGTACACGAGAAGACAGAGGCCTCCGCAGTGAGGCGAGGCC
1 AGACACGAAGCTACACGAGAAGACAGAGGCCTCCGCAGTGAGGCGAGGCC
* *
9644 AGACACGAAGGTACGCGAGAAGACAGAGGCCTCCGCAGTGAGGCGAGGCC
1 AGACACGAAGCTACACGAGAAGACAGAGGCCTCCGCAGTGAGGCGAGGCC
9694 AGACACGAAGCTACACGAGAAGACAGAGGCCTCCGCAGTGAGGCGAGGCC
1 AGACACGAAGCTACACGAGAAGACAGAGGCCTCCGCAGTGAGGCGAGGCC
* * *
9744 AGACAAGAAGCTACACGAGAAGACAGAGGCCTCCGCGGTGAGGCGAGGCT
1 AGACACGAAGCTACACGAGAAGACAGAGGCCTCCGCAGTGAGGCGAGGCC
* * *
9794 TGACATGAAGCTACACAAGAAGACAGAGGCCTCC
1 AGACACGAAGCTACACGAGAAGACAGAGGCCTCC
9828 ACATGAAGGT
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 9, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
50 175 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.26, G:0.34, T:0.07
Consensus pattern (50 bp):
AGACACGAAGCTACACGAGAAGACAGAGGCCTCCGCAGTGAGGCGAGGCC
Done.