Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010693.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10714, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Found at i:2796 original size:653 final size:651
Alignment explanation
Indices: 1--2895 Score: 4274
Period size: 650 Copynumber: 4.4 Consensus size: 651
*
1 GGTTTTCGGCTAAAAACGTATTCCATAGCCCTGGTTCAATTTGCATTCTTTTTGTCCTAAAGGCT
1 GGTTTTCGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGGTTCAATTTGCATTCTTTTTGTCCTAAAGGCT
66 CCTTGAAATATAGATATTCATCAAACCAAATCTCAGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTAC
66 CCTTGAAATATAGATATTCATCAAACCAAATCTCAGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTAC
** * *
131 GAGCATCTAAATCTTGTTTTAATTTAATTAGAAATTACTTTGGAAAAAAATGGAAAACTGATAAT
131 GAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAACTGATAAT
*
196 AGAAGCATGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTTTGATGAATTATATATATTTTT-AGAGTATTGTA
196 AGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTTTGATGAATTATATAT-TTTTTCAGAGTATTGTA
* *
260 GCAAAAGATTGACAAAAAAAATTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAAACGTGTACTAACCATTACGGT
260 GCAAAA-ATTGACAAAAAAAATTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAAACGTGTACTAACAATCACGGT
* * * * * *
325 TTTTGGTTAAAAATGCGTTTCGGGGCCTCTACTTAGTTTTGCTTTGTTTTTGGCATAGAGACTCC
324 TTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCATAGAGACACC
* * *
390 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT---CCACAATGGATTCAAAGATTTGTTTTTACAA
389 TTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTACGA
** * * *
452 GCATCTGAATCTTATTTCGATTCGATTAGAAATCAATTCGGGAAAAAAAAATTGAAAAACGATAT
454 GCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GG--AAAAGAATCGAAAAACGATAT
** * * *
517 TAAAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCATTAAATTAAATATTTTTTTCTTAGTATTGAG
516 TAAAAGCGTGGGAACCCTTCAATTTTTTTT-GCATTAAATTATATATTTTTTTCTGAGTATTGCG
* * * ** * ** * *
582 GCAAGGAATTAAAGACATTTTTTTGGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
580 GCAAAGAATTGAGGA-AAATTTTTCGGGTCGGTCTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTA
*
647 ACCATCAC
644 ATCATCAC
* * * * * * ** ** * ***
655 -GATTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGTGGCCCCGATTCAATTTGCATGATTTTAATCGTAAACAA
1 GGTTTTC-GGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGGTTCAATTTGCATTCTTTTTGTCCTAAAGGC
* ** * * * *
719 TCCTTGCAATATCTATTTTTATCAAACCAGATCTCAGACACATTAGATTCAAAAAGTTGTTTTTA
65 TCCTTGAAATATAGATATTCATCAAACCAAATCTCAGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTA
* * * * * * *
784 CGAGCATCTGAATTTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAAATCGGAAAAGAATGGAAAATTGATAT
130 CGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAACTGATAA
* * * *
849 TAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAAT-ATTTATTTTGTTGAATTATATATTTTTTTAGAGTATTGTG
195 TAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTTTGATGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTA
* * * * *
913 GCAAAAAATTGAGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGTCGAAATCGTATACTAACAATCACG
260 GC-AAAAATT--GACAAAAAAAATTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAAACGTGTACTAACAATCACG
* * * *
978 TTTTTTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGACTCGACTCAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCTTAGA
322 ----GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCATAGA
* *
1043 GACACGTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTCAACGATTTGTTT
383 GACACCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTT
*
1108 TTACGAGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAGAATCGAAAAACGA
448 TTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAGAATCGAAAAACGA
* *
1173 TATTAAAAGCGTGGGAACCCTTCAATTTTTTTTGAATTGAA-T-TAT-TTTTTTTCTGAGTATTG
513 TATTAAAAGCGTGGGAACCCTTCAATTTTTTTTGCATTAAATTATATATTTTTTTCTGAGTATTG
*
1235 CGGCAAAGAATTGAGGAAAATTTTTCGTGTCGGTCTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
578 CGGCAAAGAATTGAGGAAAATTTTTCGGGTCGGTCTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
1300 AATCATCAC
643 AATCATCAC
* *
1309 GGTTTTCGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCATGGTTCAATTTGCATTCTTTTTGTTCTAAAGGCT
1 GGTTTTCGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGGTTCAATTTGCATTCTTTTTGTCCTAAAGGCT
*
1374 CCTTGAAATATAGATATTCATCAAACCAAATCTCAGACATATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTAC
66 CCTTGAAATATAGATATTCATCAAACCAAATCTCAGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTAC
*
1439 GAGCATCTAAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAACTGATAAT
131 GAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAACTGATAAT
* *
1504 TGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTTTGATGAATTATATATTTTTTTAGAGTATTGTAG
196 AGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTTTGATGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAG
* *
1569 CAAAAAAGTT-ACAAAAAAAATTCGGG-AAGTTTTTAGCCGAAAAGGTGTACTAACCATCACGGT
261 C-AAAAA-TTGACAAAAAAAATTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAAACGTGTACTAACAATCACGGT
* * ** *
1632 TTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCTCGACTTAGTTTTGCTTTTTTTTTTTGGCATAGAGACT
324 TTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTGC--TTGGTTTTTGGCATAGAGACA
*
1697 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTAC
387 CCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTAC
1762 GAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAGAATCGAAAAACGATATT
452 GAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAGAATCGAAAAACGATATT
* *
1827 AAAAGCGTGGGAACCCTTCAATTTTTTTTTGAATT-GA--AT-TATTTTTTTCTGAGTATTGCGG
517 AAAAGCGTGGGAACCCTTCAA-TTTTTTTTGCATTAAATTATATATTTTTTTCTGAGTATTGCGG
* *
1888 CCAAGAATTGAGGAAAATTTTTCGAGTCGGTCTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAT
581 CAAAGAATTGAGGAAAATTTTTCGGGTCGGTCTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAT
*
1953 CATTAC
646 CATCAC
* *
1959 GGTTTTAGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGGCTCAATTTGCATTCTTTTTGTCCTAAAGGCT
1 GGTTTTCGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGGTTCAATTTGCATTCTTTTTGTCCTAAAGGCT
* *
2024 CCTTGAAATATAGATACTCATCAAACCAAATCTCAGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTCTAC
66 CCTTGAAATATAGATATTCATCAAACCAAATCTCAGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTAC
*
2089 GAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAGGAAAAAAATGGAAAACTGATAAT
131 GAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAACTGATAAT
* *
2154 AGAAGCGTGGAAAACCGTTCAATATTTTATTTTGATGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAG
196 AGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTTTGATGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAG
* * * *
2219 CAGAAAATTGACAAAAAAAATTTCAGGTCAGTTTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGT
261 CA-AAAATTGACAAAAAAAA-TTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAAACGTGTACTAACAATCACGGT
* * *
2284 TTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTACTTGGTTTTTGGCTTAGAGACACC
324 TTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCATAGAGACACC
*
2349 TTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATGTCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTACGA
389 TTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTACGA
2414 GCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAGAATCGAAAAACGATATTAA
454 GCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAGAATCGAAAAACGATATTAA
* *
2479 AAGCGT-GGAACCCCTTCAATTTTGTTTGCATTAAATTATATATTTTTTTCTGAGTATTGTGGCA
519 AAGCGTGGGAA-CCCTTCAATTTTTTTTGCATTAAATTATATATTTTTTTCTGAGTATTGCGGCA
* *
2543 AAGAATTGAGGAAAATTTATCGGGTCGGTCTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAATCA
583 AAGAATTGAGGAAAATTTTTCGGGTCGGTCTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCA
2608 TCAC
648 TCAC
*
2612 GGTTTTCGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGGCTCAATTTGCATTCTTTTTGTCCTAAAGGCT
1 GGTTTTCGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGGTTCAATTTGCATTCTTTTTGTCCTAAAGGCT
* *
2677 CCTTGAAATATAGATATTCATCAAACCAAATCTCAGACACATTAGATTTAAAAAGTTATTTCTAC
66 CCTTGAAATATAGATATTCATCAAACCAAATCTCAGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTAC
* * * *
2742 GAGCATCTAAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGGTAAAAAATGGAAAATTGATATT
131 GAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAACTGATAAT
2807 AGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTTTGATGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAG
196 AGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTTTGATGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAG
* *
2872 CAAAAAGTTTACAAAAATAATTCG
261 CAAAAA-TTGACAAAAAAAATTCG
2896 AGTCATCACG
Statistics
Matches: 2019, Mismatches: 192, Indels: 62
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
648 39 0.02
649 19 0.01
650 678 0.34
651 18 0.01
652 113 0.06
653 406 0.20
654 411 0.20
655 125 0.06
656 4 0.00
657 1 0.00
658 6 0.00
659 133 0.07
661 2 0.00
662 64 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (651 bp):
GGTTTTCGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGGTTCAATTTGCATTCTTTTTGTCCTAAAGGCT
CCTTGAAATATAGATATTCATCAAACCAAATCTCAGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTAC
GAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAACTGATAAT
AGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTTTGATGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAG
CAAAAATTGACAAAAAAAATTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAAACGTGTACTAACAATCACGGTTT
TTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCGACTCAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCATAGAGACACCTT
GAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTACGAGC
ATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAGAATCGAAAAACGATATTAAAA
GCGTGGGAACCCTTCAATTTTTTTTGCATTAAATTATATATTTTTTTCTGAGTATTGCGGCAAAG
AATTGAGGAAAATTTTTCGGGTCGGTCTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCA
C
Found at i:5251 original size:658 final size:656
Alignment explanation
Indices: 3747--6334 Score: 3168
Period size: 657 Copynumber: 3.9 Consensus size: 656
3737 TCTTCAATTT
* * **
3747 TTTTAGCCGAAATTGTGTACTAATCATCACTATTT-TCGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGG
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTCT-GGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGG
* *
3811 CTCAATTTGCATTATTTTTGTCGTAAAGGCTCCTTGAAATATCGATATTCATCAAACCAAATCTC
65 CTCAATTTGCATTATTTTTGTCGTAAACGATCCTTGAAATATCGATATTCATCAAACCAAATCTC
*
3876 AGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT-G-AT
130 AGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * *
3939 TTAATTAGAAATTAAATCGGTAAATAATGGAAAATTGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAAT
195 TTAATTCGGAA--AAA-----AAA-AA-GGAAAACTGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAAT
* * *
4004 -ATTTATTTTGTTGAATTATATATTTTTT-TGAAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGAAAAAAAAAT
251 CTTTTATTTTGTTGAATTATATATTTTTTCAG-AGTATTGTAGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAAT
* * * *
4066 TCGGGTCAGTTTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT
315 TCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACTATCACGG-TTTTTTGGATAAAAACACGTTT
* * * * * *
4131 CAGGACCTCGACTCAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCTTAAAGACACCTTGAAATATTTATATTCATC
379 CGGGGCCTCGACTAAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* *
4196 AAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGA
444 AAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTACTTCGA
* * * *
4261 TTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAGATTCGAAAAACGATATTAAAAGCGTGGAACCCCTTCAAT
509 TTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATCGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACCCTTCAAT
* *
4326 TTTGTTT-GCATTGAATTATATATATTTTTTACTGAGTATTGCGGCAAAGAATTGAGG-AAAATT
574 TTT-TTTGGCGTTGAATTATAT-T-TTTTTT-CTGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAATT
* *
4389 TTTCGGGTCGGTCTTTGCAAAA
635 TTTCTGGTCAGTCTTTGCAAAA
** *
4411 TTTTAGCCGAAATTATGTACTAATCATCACGGTTT-TCGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGG
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTCT-GGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGG
* *
4475 CTCAATTTGCATTATTTTTTTCGTAAAGGATCCTTGAAATATCGATATTCATCAAACCAAATCTC
65 CTCAATTTGCATTATTTTTGTCGTAAACGATCCTTGAAATATCGATATTCATCAAACCAAATCTC
* *
4540 AGTCACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
130 AGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
*
4605 TTAATTCGGAAAAAAAAAAGGAAAACTGATATTAGAAGCGTGGAAATCCCTTCAATCTTTTATTT
195 TTAATTCGGAAAAAAAAAAGGAAAACTGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTT
* * *
4670 TGATGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAGCAAAAAATTGACCAAAAAAAAATT-GGATCAG
260 TGTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAGCAAAAAATTGA-GAAAAAAAAATTCGGGTCAG
* * * *
4734 TTTTTAGCCGAAAACGTGTACTTACTATCACGG-TTTTTGGATAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCG
324 TTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACTATCACGGTTTTTTGGATAAAAACACGTTTCGGGGCCTCG
* * * * * *
4798 ACTAAGTTTTGCTTGGCTTTTGGCATAGAGCCTCCTTGAAATATCTATATTAATCTACCCAAATC
389 ACTAAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATC
* * * **
4863 TCAGCCAAAATGGATTCAAGAATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTACTTCGATTCGATTAGA
454 TCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTACTTCGATTTAATTAGA
* *
4928 AATAAATTCGGAAAAATAAAAATCAAAAAACGATATTAAAAGCTTGAAAACCCTTCAATTTTTTT
519 AATAAATTCGG---AA-AAAAATCGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTT
* * * *
4993 GGCGTTGAATTA-ATTTTTTTTCTTAATATTGTGGGAAAGAATTGAGGAAAAATTTTTCTAGTCA
580 GGCGTTGAATTATATTTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAATTTTTCTGGTCA
* *
5057 GTCATTGCCAAA
645 GTCTTTGCAAAA
* ** * * *
5069 TTTTAGCTGAAATCGTGTAGAAACCATCACGGTTTCTAGCTAAAAACGCGTTCTATAGCCCTGGC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTCTGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGGC
* * *
5134 TCAATTTGCATTATTTTTGTCGTAAA-GACTCCTTGAAATATCGATATTAATCTACCCAAATCTC
66 TCAATTTGCATTATTTTTGTCGTAAACGA-TCCTTGAAATATCGATATTCATCAAACCAAATCTC
* * * * ** * * **
5198 AGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTCGATTAGAAA
130 AGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* ** * * *
5263 TAAATTCGGAAAAAAAATCGAAAAAC-GATATTAAAAGCGT-GAAAACCCTTCAATATTTTATTT
195 TTAATTCGGAAAAAAAAAAGGAAAACTGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTT
** * * *
5326 TGTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTACCGAATCAAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTCGGGTTAG
260 TGTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAGC-AAAAAATTGAGAAAAAAAAATTCGGGTCAG
* * * * * *
5391 GTTTTAACCGATATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTTTTGGCTAAAAACAAGTTTCGGGGCCT
324 TTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACTATCACGG--TTTTTTGGATAAAAACACGTTTCGGGGCCT
*
5456 CGACTTAA-TTTT--TT-G----T---ATAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAA
387 CGAC-TAAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAA
* * * * * * * *
5510 ATCTCAACTACAATGGATGCGAGGTTTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATC
451 ATCTCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTACTTCGATTTAATT
* * *
5575 AAAAATAAATTCGGAAAAAAATCGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAACCCTTCAGTTTTTTTG
516 AGAAATAAATTCGGAAAAAAATCGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTG
** * * *
5640 TTGTTGAATTATATTTTTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAGAATTAAAGAAAACTTTTT-TGGGT
581 GCGTTGAATTATA--TTTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAATTTTTCT-GGT
* * *
5704 CATTTTTTGAAAAA
643 CAGTCTTTGCAAAA
* * *
5718 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGATTTCTGCCTTTCTGGCTAAAAACGCGTTCCGTA
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC---A---C-G-GTTTCTGGCTAAAAACGCATTCCATA
* * **
5783 GCCCTGGTTCAATTTGCATGATTTTTGTCGTAAACGATCCTTGAAATATCTTTATTCATCAAACC
58 GCCCTGGCTCAATTTGCATTATTTTTGTCGTAAACGATCCTTGAAATATCGATATTCATCAAACC
* * *
5848 AAATCTCAGACACATTAGATTTAGAAAGTTGTTTTTACGAGTATCTGAATTTTGTTTCGATTTAA
123 AAATCTCAGACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
* * *
5913 TTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAATA-GAAAATTGATATTAGAAGCGTGGGAAACCCTTCAATCT
188 TTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAAAGGAAAACTGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCT
* *
5976 TTTATTTTGTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTGGCAAAAAATTGCGAAAAAAAAAAATT
253 TTTATTTTGTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAGCAAAAAATT--GAGAAAAAAAAATT
* * * *
6041 CGGGTCAGTTTTTTGCCGAAATCATGTACTAACTATCACGATTTTTT--ACTAAAAACACATTTT
316 CGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACTATCACGGTTTTTTGGA-TAAAAACACGTTTC
* * * * *
6104 GGGGCCTCGACTCAGTTTTGATTGGTTTTTGGCATAAAGGCCCCTTGAAATATATATATTCATCA
380 GGGGCCTCGACTAAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCA
* * * *
6169 AACCAAATCTCAGCTACATTTGATTCAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTACTTCGAT
445 AACCAAATCTCAGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTACTTCGAT
* * * *
6234 TTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTATAAGCGTGAAAACCCTTCAGTT
510 TTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATCGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACCCTTCAATT
* * *
6299 TTTTTGACGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATT
575 TTTTTGGCGTTGAATTATATTTTTTTTCTGAGTATT
6335 TTACAATATT
Statistics
Matches: 1658, Mismatches: 217, Indels: 99
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
646 54 0.03
647 3 0.00
648 1 0.00
649 74 0.04
650 99 0.06
652 1 0.00
653 1 0.00
654 2 0.00
655 31 0.02
656 97 0.06
657 462 0.28
658 306 0.18
659 51 0.03
660 52 0.03
661 52 0.03
662 1 0.00
663 16 0.01
664 185 0.11
665 160 0.10
666 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (656 bp):
TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTCTGGCTAAAAACGCATTCCATAGCCCTGGC
TCAATTTGCATTATTTTTGTCGTAAACGATCCTTGAAATATCGATATTCATCAAACCAAATCTCA
GACACATTAGATTTAAAAAGTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
TAATTCGGAAAAAAAAAAGGAAAACTGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTTTTATTTT
GTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTATTGTAGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTCGGGTCAGTT
TTTAGCCGAAATCATGTACTAACTATCACGGTTTTTTGGATAAAAACACGTTTCGGGGCCTCGAC
TAAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTC
AGCCACAATGGATTCAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTACTTCGATTTAATTAGAAA
TAAATTCGGAAAAAAATCGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTT
GAATTATATTTTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAATTTTTCTGGTCAGTCTTT
GCAAAA
Done.