Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010697.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10718, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5748
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Found at i:2793 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 63--5740 Score: 5517
Period size: 331 Copynumber: 17.4 Consensus size: 331
53 TTCGTGTCAG
* * * * * * ** * *
63 TTTTACCCAAAATCGTGGACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGGCTCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
** * ** * *
128 TCCGTTTTGCATGGTTTTCT-ACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCT
66 TCAATTTTGCATGATTTT-TGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* * ** * * ** *
192 CACCCTCATTGGATAAAAGCGTTTGTTTTTACGGGTATCAAAATCTTGTTT-GCATTTAATTATA
130 CAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-ATTTAATTAGA
* * * *
256 AATTAATTCGAGAAAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCGTCAATCTTTTTGGC
194 AATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGC
* *
320 GTTTAATTATATATATTTTTTTAAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGA-GAAAAA--TTT----TT-
258 ATTGAATTATATAT-TTTTTTT-AAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTA
*** * **
377 -TTCGAGTAAGT
320 GTTTTTGCAAAA
* * * ** * *
388 TTTTAGCCAAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACTCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
** * * ** *
453 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
** *
518 AGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTATGAGCATCT-ATATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
131 AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGA-ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * * *
582 ATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAACACTTCAATTATTCTGGCTT
195 ATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGCAT
* * *
647 TGAATTATATATATACATATTTTT-AGTATAGCGGCAAAAAATTGAGG-AAAATTTTTCGGGTTA
260 TGAATTATATAT-T---T-TTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTA
710 GTTTTTGCAAAA
320 GTTTTTGCAAAA
* *
722 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCCTTCCGTAGCCCCGGA
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCC-GA
* * * * *
787 -TCAATTTCGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCGATATTCATCGAATCAATTCT
65 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* * * *
851 CAGCCTCATTGGATAAAAGAACTTGTTTTTACGTGCATCTGAATCTTGTTT-GCATTTAATTATA
130 CAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-ATTTAATTAGA
* * * *
915 AATTAATTCGAGAAAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGCTGTGAAAACCCCATCAAT-ATTTTTT
194 AATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAG-AGTGAAAACCCCTTCAATCA-TTTTG
* * **
978 GCGTTGAATTATATA-TTTTTTTAAGTATTGTGGCAACAAAATTGAGAAAAAAAAATTTC--G-T
256 GCATTGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGCAA-AAAATTGAG-GAAAAACTTTTCGGGTT
*
1039 -G----T-C-AAT
319 AGTTTTTGCAAAA
* * * * ** * *
1045 TTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGACTCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
** * * * ** * * * *
1110 TCTGTTTTGAATGGTTTTTTACATAGAGACTCGTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
** * *
1175 AGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCCGTATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AA
131 AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * * *
1239 TAAATTCGGAAAAATATGGAAAAACGTTATTTGAAGAGTGAAAAACCTTTCAATTATTTTGGCAT
196 TAAATTCGGAAAAATAT-GAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGCAT
*
1304 TG-A--AT-T-TTTTTTTTGAGTATTGTGGCAAAATAACTTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTT
260 TGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAA-AA-TTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTT
*
1364 TTTGAAAAA
323 TTTGCAAAA
* * * **
1373 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCGCGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTGTGTAGCCCC-AG
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGA-
* * *
1437 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAACGAATCAATTCT
65 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* * *
1502 CAGCCTCATTGGATAAAAGCATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT-GAATTTAATTATA
130 CAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-ATTTAATTAGA
* * *
1566 AATTAATTCGAGAAAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCATT-AATCTTTTTGG
194 AATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCC-TTCAATCATTTTGG
* * * * * * *
1629 CGTTGAATTATATA--ATTTTAAAATATTGTGGCAAAAATTTGA-GAAAAAATTTT----TCA--
257 CATTGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGT
* *
1685 -TGT-C--AG
322 TTTTGCAAAA
* * * * * * ** ***
1691 TTTTACCCAAAATCGTTTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGGATCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
** * * ** *
1756 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
** * *
1821 AGCCACATTGGATTTAAGAATTTATTTTTACGAGCATCTGTATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
131 AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * *
1886 TAAATTCGGAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGAGTGAAAAACCCTTCAATTATTCTGGCATT
196 TAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGCATT
* * * * *
1951 GAATAATATGTATATATTTTT-AGTATTGCGGCAAAAAATTGAGGGAAAACGTTTCGGGTTAGTT
261 GAAT--TATATAT-TTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTT
2015 TTTGCAAAA
323 TTTGCAAAA
* * **
2024 TTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGTAGCCCCGGT
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
* * * *
2089 TCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAATACTCCTTGAAATATC-ATTATTCATCGAATCAATTCT
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTA-TATTCATCGAACCAAATCT
* ** * * *
2153 CAGCCTCATTGGATAAAAGTGTTTGTTTTTACGGGCATCTAAATCTTGTTT-GCATTTAATTATA
130 CAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-ATTTAATTAGA
* *
2217 AATTAATTCGAGAAAAA-ATGAAAAACGATATTAGAA-ACGTGAAAA-CCCTGTCAATCTTTTTG
194 AATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGA-GTGAAAACCCCT-TCAATCATTTTG
* * * * *
2279 G-AGTTGAATTATATA-TTTTTATAAATATTGTGGCAAAAATTTGAGAAAAAAAATTTTC--G-T
256 GCA-TTGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-GAAAAACTTTTCGGGTT
*
2339 -G----T-C-AGA
319 AGTTTTTGCAAAA
* * * * * * * ** * *
2345 TTTTACCCAAAATCTTGTACTAACCATCACAGTTTTTGACTAAAAACGTGTTTCGGGGACTCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
** * * ** * * * *
2410 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAGAGACTCGTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
** * *
2475 AGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCCGTATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
131 AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * * *
2540 TAAATTCGGAAAAATATGGAAAAACGTTATTTGAAGAGTGAAAAACCTTTCAATGATTTTGGCAT
196 TAAATTCGGAAAAATAT-GAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGCAT
* *
2605 TGAATT-T-T-TTTTTTTTGAGTAATGTGGCAAAATAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTT
260 TGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGC-AAA-AAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTT
2667 TTTGCAAAA
323 TTTGCAAAA
* * * * *
2676 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCGCGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTGCGTAGCCCCAAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
* *
2741 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCTC
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
* * *** * *
2806 AGCCTCATTAGATAAAATCGTTTGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTTT-GAATTTAATTATAA
131 AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-ATTTAATTAGAA
* * *
2870 ATTAATTCGAGAAAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCATCAAT-ATTTTTGGC
195 ATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCA-TTTTGGC
* * *
2933 GTTGAATTATATA-TATTTTTAAGTATTGTGGCAGAAGAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGT
258 ATTGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGCA-AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGT
2997 TTTTGCAAAA
322 TTTTGCAAAA
* * *
3007 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGTGTTCCGTAGCCCCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
* * * * * *
3072 TCAATTTTGAATGATTTTTAAAGCAAAGACTCCTTGAAATATATATATTCATCGAATCAATTCTC
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
* ** * * *
3137 AGCCTA-ATAGGATAAAAGTGTTTGTTTTTACGGGCATCTAAATCTTGTTTTC-ATTTAATTATA
131 AGCC-ACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG-TTTCGATTTAATTAGA
* * * *
3200 AATTAATTCGAGAAAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCATCAATCTTTTTGGC
194 AATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGC
* * * * * *
3264 GTTGAATTATATA--TTTTTAAAATATTGTGGCAAAAATTTGAGAAAAAAATTTTC-----A---
258 ATTGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTT
* *
3319 TGT-C--AG
323 TTTGCAAAA
* * * * * * ** * *
3325 TTTTACCCAAAATCGTTTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGGCTCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
** * * ** * * *
3390 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATACAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
** * * *
3455 AGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGTATCTTTTTTTGATTTAATTAGAAA
131 AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * *
3520 TAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAAACCCTTCAATTATTCTGGCTT
196 TAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTG-AAAACCCCTTCAATCATTTTGGCAT
* *
3585 TGAATTATATATATATATATCTTTTAATTATTGCGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTT
260 TGAA-T-TATATAT-T-T-T-TTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTT
3650 AGTTTTTGCAAAA
319 AGTTTTTGCAAAA
* **
3663 TTTTAGACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGGT
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
* * * *
3728 TCAATTCTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCTC
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
* ** * * *
3793 AGCCTCATTGGATAAAAGCGTTTGTTTTTACG-GACGTCTAAATCTTGTTT-GAATTTAATTATA
131 AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAG-CATCTGAATCTTGTTTCG-ATTTAATTAGA
* * * * *
3856 AATTAATTC-GAAAAAAATAAAAAACGATATTAGAAGCA-TGAAAACCCCATCAATCTTTTTGGC
194 AATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAG-AGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGC
* * * * *
3919 GTTGAATTATATATTTTTTTTGAA-AATTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAAAATTTTC--G-T-G-
258 ATTGAATTATATATTTTTTTT-AAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGT
*
3978 ---T-C-AAT
322 TTTTGCAAAA
* * * * * * ** * *
3983 TTTTTGCCAAAATCGTGTACTAAACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGACTCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
** * * ** * * *
4048 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTT
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
* ** *
4113 TGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGTATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
131 AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * * *
4178 TAAATTCGGAAAAATATGGAAAAACGTTATTTGAAGAGTGAAAAACCTTTCAATTATTTTGGCAT
196 TAAATTCGGAAAAATAT-GAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGCAT
*
4243 TG-A--AT-TATTTTTTTT-AGTATTGTGGCAAAATAAATTGAGGAAAAACTTATCGGGTTAGTT
260 TGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGC-AAA-AAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTT
4303 TTTGCAAAA
323 TTTGCAAAA
* ** * * * *
4312 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCGTGGTTTTTAGCTAAAAATGTGTTGCGTAGCCCC-AG
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGA-
* * *
4376 CTCAATTTTGCATGATTTTAGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCT
65 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* * * *
4441 CAGCCTCATTGGATAAAAGCATTTGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTTT-GAATTTAATTATA
130 CAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-ATTTAATTAGA
* * * * *
4505 AATTAATTCGAGATAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCGTCAATCTTTTTGGC
194 AATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGC
* * **
4569 GTTGAATTATATA-TTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAGAATTGAGAAAAAAAAATTTC--G-T-G
258 ATTGAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAA-AATTGAG-GAAAAACTTTTCGGGTTAG
*
4629 ----T-C-AAT
321 TTTTTGCAAAA
* * * * ** * *
4634 TTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACTCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
** * * ** * *
4699 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACTTAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
** *
4764 AGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCT-ATATCTTGTTTCGATTTAATAAGAA
131 AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGA-ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * *
4828 ATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATTATTCTGGCAT
195 ATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGCAT
* *
4893 TGAATCATATATATATATTTTT-AGTATTGCGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGT
260 TGAAT--TATATAT-TTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGT
4957 TTTTGCAAAA
322 TTTTGCAAAA
* * * * *
4967 TTTTAGACGAAATCGTGTATTAACCATCACGTTTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGTAGCCCCGG
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGA
* * *
5032 CTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCT
65 CTCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCT
* ** * * *
5097 CAGCCTCATTGGATAAAAGCGTTTGTTTTTACGGGCATCTAAATCTTG-TT-GAATTTAATTATA
130 CAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG-ATTTAATTAGA
* * * *
5160 AATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCA-TGAAAACCCCATCAATCTTTTTGGC
194 AATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAG-AGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGC
* ** * ** **
5223 GTTGAATTATATATATTTTTTTAAAAAAATTGTGGCAAAGAATTGAAAAAAAAAATTTC--G-T-
258 ATTGAATTATATAT-TTTTTTT--AAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTA
*
5284 G----T-C-AAT
320 GTTTTTGCAAAA
* * * * ** ** ***
5290 TTTTACCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTTGGGGAATCGAC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
** * * ** * *
5355 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
* ** *
5420 TGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGTATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
131 AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * *
5485 TAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGTAGAGTGAAAA-CCCTTCAATTATTCTGGCTTT
196 TAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGCATT
* * *
5549 GAATTATATATATATTTTCAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTT
261 GAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTT
5614 GCAAAA
326 GCAAAA
* * *
5620 TTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGGC
1 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
* *
5685 TCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCGAA
66 TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAA
5741 TCAATTCT
Statistics
Matches: 4351, Mismatches: 794, Indels: 411
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
316 1 0.00
317 28 0.01
318 440 0.10
319 50 0.01
320 220 0.05
321 215 0.05
322 481 0.11
323 284 0.07
324 62 0.01
325 249 0.06
326 25 0.01
327 51 0.01
328 256 0.06
329 227 0.05
330 255 0.06
331 517 0.12
332 116 0.03
333 289 0.07
334 325 0.07
335 44 0.01
336 24 0.01
337 29 0.01
338 163 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGTAGCCCCGAC
TCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTC
AGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
TAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATCATTTTGGCATT
GAATTATATATTTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTT
GCAAAA
Found at i:3761 original size:656 final size:651
Alignment explanation
Indices: 1--5748 Score: 5646
Period size: 651 Copynumber: 8.8 Consensus size: 651
* * * * *
1 GTTGAATTATATATTTTTTTAAATATTGTGGGAAAAATTTGAGAAAAAAATTTTCGTGTC-AGTT
1 GTTGAATTATATA-TTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCATGTCAAATT
* * * *
65 TTACCCAAAATCGTGGACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGGCTCGACTC
65 TTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACTCGACTC
* *
130 CGTTTTGCATGGTTTTCTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCTCAC
130 CGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCTCAG
** * * **
195 CCTCATTGGATAAAAGCGTTTGTTTTTACGGGTATCAAAATCTTGTTTGCATTTAATTATAAATT
195 CCTCATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTGCATTTAATTATAAATT
* *
260 AATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCGTCAATCT-TTTTGGCGTTT
260 AATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAAT-TATTTTGGC-TTT
* *
324 -AATTATATATATTTTTTTAAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGA-GAAAAA--TTT----TT--TT
323 GAAATATATATATATTTTT-AAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTT
*** * ** * * * * *
379 CGAGTAAGTTTTTAGCCAAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG
386 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGT
* * * ** * * * ** *
444 GGACTCGACTCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
451 AGCCCCGACTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAA
* * ** * *
509 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTATGAGCATCTATATCTTGTTTCGATTT
516 TCAATTCTCAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTT
* *
574 AATTAGAAATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAACACTTCAAT-TA
581 AATTATAAATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAACCCTTCAATCT-
*
638 TTCTGGC
645 TTTTGGC
* * * * * *
645 TTTGAATTATATATATACATATTTTTAGTATAGCGGCAAAAAATTGAG-GAAAATTTTTCGGGTT
1 GTTGAA-T-TATATAT---T-TTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTC-----
* * * *
709 AGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCCTT
55 A---TGT-C-AAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* ** * * ** * * * * ** *
774 CCGTAGCCCCGGA-TCAATTTCGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCGATATTCA
115 TCGGGGACTC-GACTCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA
* *
838 TCGAATCAATTCTCAGCCTCATTGGATAAAAGAACTTGTTTTTACGTGCATCTGAATCTTGTTTG
179 TCGAATCAATTCTCAGCCTCATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTG
* *
903 CATTTAATTATAAATTAATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCTGTGAAAACCCCATC
244 CATTTAATTATAAATTAATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAG-AGTGAAAACCCCTTC
* * * *
968 AA-TATTTTTTGCGTTG-AAT-TATATATTTTTTTAAGTATTGTGGCAACAAAATTGAGAAAAAA
308 AATTA-TTTTGGCTTTGAAATATATATATATTTTTAAGTATTGTGGCAA-AAAATTGAG-GAAAA
** * * *
1030 AAATTTC--G-T-G----T-C-AATTTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATTACGGTTTTTGGC
370 ACTTTTCGGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC
* ** * * ** * * ** * * *
1085 TAAAAACGTGTTTCGGGGACTCGACTCTGTTTTGAATGGTTTTTTACATAGAGACTCGTTGAATT
435 TAAAAACGTGTTCCGTAGCCCCGACTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAAT
* * * ** **
1150 ATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCCG
500 ATCTATATTCATCGAATCAATTCTCAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTA
* * * *
1215 TATCTTGTTTCGATTTAATTA-GAATAAATTCGGAAAAATATGGAAAAACGTTATTTGAAGAGTG
565 AATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATAAATTCGGAAAAATAT-GAAAAACGATATTAGAAGAGTG
*
1279 AAAAACCTTTCAAT-TATTTTGGC
629 AAAAACCCTTCAATCT-TTTTGGC
* * * *
1302 ATTGAATT-T-T-TTTTTTGAGTATTGTGGCAAAATAACTTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTT
1 GTTGAATTATATATTTTTTAAGTATTGTGGCAAAA-AA-TTGAGAAAAAAATTTTC-----A---
** * * * * * *
1364 TTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCGCGGTTTTTGGCTAAAAATGCG-TT-GT
56 --TGTCAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG
* * * ** * * ** *
1427 GTAGCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAACG
119 GGA-CTCGA-CTCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCG
* *
1492 AATCAATTCTCAGCCTCATTGGATAAAAGCATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTGAAT
182 AATCAATTCTCAGCCTCATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTGCAT
*
1557 TTAATTATAAATTAATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCATT-AAT
247 TTAATTATAAATTAATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCC-TTCAAT
* * * * *
1621 CT-TTTTGGCGTTG-AAT-TATATA-ATTTTAAAATATTGTGGCAAAAATTTGA-GAAAAAATTT
311 -TATTTTGGCTTTGAAATATATATATATTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTT
* * * * * * *
1681 T----TCA---TGT-C--AGTTTTACCCAAAATCGTTTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAA
375 TCGGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* ** *** ** * * * **
1736 ACGTGTTTCGGGGGATCGACTCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTA
440 ACGTGTTCCGTAGCCCCGACTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * ** * **
1801 TATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTATTTTTACGAGCATCTGTATCT
505 TATTCATCGAATCAATTCTCAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCT
* *
1866 TGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGAGTGAAAAAC
570 TGTTTCGATTTAATTATAAATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAAC
*
1931 CCTTCAAT-TATTCTGGC
635 CCTTCAATCT-TTTTGGC
* * * ** *
1948 ATTGAATAATATGTATATATTTTT-AGTATTGCGGCAAAAAATTGAGGGAAAACGTTTCGGGTTA
1 GTTGAAT--TA--TATAT-TTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAAAATTT----TCA
* * * * * *
2012 GTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTC
56 ---TGT-C-AAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT
** * * ** ** * * * ** *
2077 CGTAGCCCCGGTTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAATACTCCTTGAAATATC-ATTATTCAT
116 CGGGGACTCGACTCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTA-TATTCAT
** * *
2141 CGAATCAATTCTCAGCCTCATTGGATAAAAGTGTTTGTTTTTACGGGCATCTAAATCTTGTTTGC
180 CGAATCAATTCTCAGCCTCATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTGC
2206 ATTTAATTATAAATTAATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAA-ACGTGAAAA-CCCTGTC
245 ATTTAATTATAAATTAATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGA-GTGAAAACCCCT-TC
** * * *
2269 AATCT-TTTTGGAGTTG-AAT-TATATAT-TTTTATAAATATTGTGGCAAAAATTTGAGAAAAAA
308 AAT-TATTTTGGCTTTGAAATATATATATATTTT-TAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-GAAAA
* * * * * * *
2330 AATTTTC--G-T-G----T-C-AGATTTTACCCAAAATCTTGTACTAACCATCACAGTTTTTGAC
370 ACTTTTCGGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC
* ** * * ** * * * ** * * *
2385 TAAAAACGTGTTTCGGGGACTCGACTCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAGAGACTCGTTGAATT
435 TAAAAACGTGTTCCGTAGCCCCGACTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAAT
* * * ** **
2450 ATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCCG
500 ATCTATATTCATCGAATCAATTCTCAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTA
* * * *
2515 TATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAATATGGAAAAACGTTATTTGAAGAGTG
565 AATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATAAATTCGGAAAAATAT-GAAAAACGATATTAGAAGAGTG
* **
2580 AAAAACCTTTCAATGATTTTGGC
629 AAAAACCCTTCAATCTTTTTGGC
* * * * * * *
2603 ATTGAATT-TTTTTTTTTTGAGTAATGTGGCAAAATAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTT
1 GTTGAATTATATATTTTTTAAGTATTGTGGC-AAA-AAATTGAGAAAAAAATTTTC-----A---
* * * * * * * *
2667 TTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCGCGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTGCGT
56 TGT-C-AAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG
* * * * ** * * **
2732 AGCCCCAACTCAATTTTGCATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAA
119 GGACTCGACTCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAA
* *** * *
2797 TCAATTCTCAGCCTCATTAGATAAAATCGTTTGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTTTGAATTT
184 TCAATTCTCAGCCTCATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTGCATTT
* *
2862 AATTATAAATTAATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCATCAA-TAT
249 AATTATAAATTAATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATTA-
* *
2926 TTTTGGCGTTG-AAT-TATATATATTTTTAAGTATTGTGGCAGAAGAATTGAGGAAAAACTTTTC
313 TTTTGGCTTTGAAATATATATATATTTTTAAGTATTGTGGCA-AAAAATTGAGGAAAAACTTTTC
* *
2989 GGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAATC
377 GGGTTAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC
* * *
3054 GTGTTCCGTAGCCCCGACTCAATTTTGAATGATTTTTAAAGCAAAGACTCCTTGAAATATATATA
442 GTGTTCCGTAGCCCCGACTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATA
* ** *
3119 TTCATCGAATCAATTCTCAGCCTA-ATAGGATAAAAGTGTTTGTTTTTACGGGCATCTAAATCTT
507 TTCATCGAATCAATTCTCAGCC-ACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTT
* * *
3183 GTTTTC-ATTTAATTATAAATTAATTCGAGAAAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAC
571 G-TTTCGATTTAATTATAAATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAA
*
3246 CCCATCAATCTTTTTGGC
634 CCCTTCAATCTTTTTGGC
* * * *
3264 GTTGAATTATATATTTTTAAAATATTGTGGCAAAAATTTGAGAAAAAAATTTTCATGTC-AGTTT
1 GTTGAATTATATATTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCATGTCAAATTT
* * * *
3328 TACCCAAAATCGTTTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGGCTCGACTCC
66 TAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACTCGACTCC
* * * * *
3393 GTTTTGCATGGTTTTTTACATACAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGC
131 GTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCTCAGC
* ** * * * *
3458 CACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGTATCTTTTTTTG-ATTTAATTAGAAATA
196 CTCATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTTGCATTTAATTATAAATT
* *
3522 AATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAAACCCTTCAATTATTCTGGCTTT
260 AATTCGAGAAAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGAGTG-AAAACCCCTTCAATTATTTTGGCTTT
* *
3586 GAATTATATATATATATATCTTTTAATTATTGCGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTA
323 G-A--A-ATATATATATAT-TTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTA
* *
3651 GTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
383 GTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTC
** *
3716 CGTAGCCCCGGTTCAATTCTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
448 CGTAGCCCCGACTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC
* ** *
3781 GAATCAATTCTCAGCCTCATTGGATAAAAGCGTTTGTTTTTACG-GACGTCTAAATCTTGTTT-G
513 GAATCAATTCTCAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAG-CATCTAAATCTTGTTTCG
* * * * *
3844 AATTTAATTATAAATTAATTC-GAAAAAAATAAAAAACGATATTAGAAGCA-TGAAAACCCCATC
577 -ATTTAATTATAAATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAG-AGTGAAAAACCCTTC
3907 AATCTTTTTGGC
640 AATCTTTTTGGC
* * * *
3919 GTTGAATTATATATTTTTTTTGAA-AATTGTGGCAAAAAATTTAGAAAAAAATTTTCGTGTCAAT
1 GTTGAATTATATA--TTTTTT-AAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCATGTCAAA
* * *
3983 TTTTTGCCAAAATCGTGTACTAAACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTCGGGGACTCGAC
63 TTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACTCGAC
* * * * *
4048 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTT
128 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCTC
* * ** * *
4113 TGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGTATCTTGTTT-CGATTTAATTAGAA
193 AGCCTCATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTGC-ATTTAATTATAA
* * * * *
4177 ATAAATTCG-GAAAAATATGGAAAAACGTTATTTGAAGAGTGAAAAACCTTTCAATTATTTTGGC
257 ATTAATTCGAGAAAAA-AT-GAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATTATTTTGGC
* *
4241 ATTG-AAT-TAT-T-T-TTTTT-AGTATTGTGGCAAAATAAATTGAGGAAAAACTTATCGGGTTA
320 TTTGAAATATATATATATTTTTAAGTATTGTGGC-AAA-AAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTA
* ** * * *
4300 GTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCGTGGTTTTTAGCTAAAAATGTGTTG
383 GTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTC
* *
4365 CGTAGCCCC-AGCTCAATTTTGCATGATTTTAGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
448 CGTAGCCCCGA-CTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * *
4429 CGAATCAATTCTCAGCCTCATTGGATAAAAGCATTTGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTTT-G
512 CGAATCAATTCTCAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCG
* * * * *
4493 AATTTAATTATAAATTAATTCGAGATAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCGTC
577 -ATTTAATTATAAATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAACCCTTC
4557 AATCTTTTTGGC
640 AATCTTTTTGGC
* * *
4569 GTTGAATTATATATTTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAGAATTGAGAAAAAAAAATTTCGTGTCAAT
1 GTTGAATTATATA-TTTTTTAAGTATTGTGGCAAAA-AATTGAG-AAAAAAATTTTCATGTCAAA
* **
4634 TTTTAGCCAAAATCGTGTACTAATCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACTCGAC
63 TTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACTCGAC
* * * * *
4699 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACTTAGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
128 TCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCTC
* ** * *
4764 AGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCT-ATATCTTGTTT-CGATTTAATAAGA
193 AGCCTCATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGA-ATCTTGTTTGC-ATTTAATTATA
* * *
4827 AATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACAATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATTATTCTGGC
256 AATTAATTCGAGAAAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATTATTTTGGC
* *
4891 ATTGAATCATATATATATATTTTT-AGTATTGCGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTA
320 TTTGAA--ATATATATATATTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTA
* * * **
4955 GTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTATTAACCATCACGTTTTTTTGGCTAAAAACGCATT
383 GTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGTGTT
*
5020 CCGTAGCCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
447 CCGTAGCCCCGACTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* ** *
5085 CGAATCAATTCTCAGCCTCATTGGATAAAAGCGTTTGTTTTTACGGGCATCTAAATCTTG-TT-G
512 CGAATCAATTCTCAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCG
* * * *
5148 AATTTAATTATAAATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGCA-TGAAAACCCCATC
577 -ATTTAATTATAAATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAG-AGTGAAAAACCCTTC
5211 AATCTTTTTGGC
640 AATCTTTTTGGC
** * * * *
5223 GTTGAATTATATATATTTTTTTAAAAAAATTGTGGCAAAGAATTGAAAAAAAAAATTTCGTGTCA
1 GTTGAA-T-TATATA-TTTTTT--AAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCATGTCA
* * * * *
5288 ATTTTTACCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTTTGGGGAATCG
61 AATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACTCG
* * * *
5353 ACTCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
126 ACTCCGTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTC
* * ** * *
5418 TCTGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGTATCTTGTTT-CGATTTAATTAG
191 TCAGCCTCATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTGC-ATTTAATTAT
* * *
5482 AAATAAATTCG-GAAAAATATGAAAAACGATATTAGTAGAGTGAAAA-CCCTTCAATTATTCTGG
255 AAATTAATTCGAGAAAAA-ATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATTATTTTGG
* *
5545 CTTTGAATTATATATATA-TTTTCAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAG
319 CTTTGAAATATATATATATTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAG
* * *
5609 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCC
384 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCC
* *
5674 GTAGCCCCGGCTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCCATATTCATCG
449 GTAGCCCCGACTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCG
5739 AATCAATTCT
514 AATCAATTCT
Statistics
Matches: 4502, Mismatches: 443, Indels: 310
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
644 5 0.00
645 2 0.00
646 241 0.05
647 31 0.01
648 50 0.01
649 476 0.11
650 192 0.04
651 704 0.16
652 428 0.10
653 138 0.03
654 280 0.06
655 223 0.05
656 647 0.14
657 327 0.07
658 248 0.06
659 228 0.05
660 41 0.01
661 51 0.01
662 179 0.04
663 11 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (651 bp):
GTTGAATTATATATTTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCATGTCAAATTT
TAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGACTCGACTCC
GTTTTGCATGGTTTTTTACATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAATTCTCAGC
CTCATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTGCATTTAATTATAAATTA
ATTCGAGAAAAAATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAACCCCTTCAATTATTTTGGCTTTGAA
ATATATATATATTTTTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTTAGTTTTTGC
AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGTAGCCC
CGACTCAATTTTGAATGATTTTTGACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAT
TCTCAGCCACATTGGATAAAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTA
TAAATAAATTCGGAAAAATATGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGG
C
Done.