Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010705.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10726, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18393
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.17, T:0.32
Found at i:1578 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 1189--1675 Score: 542
Period size: 65 Copynumber: 7.5 Consensus size: 65
1179 AGCAGGACCT
* * * * * *
1189 GAAATAAAACAAAATTTAGAATTGGAGCAAG-AAACCCTCGACTAGAAACCTCGATTAGGATTT-
1 GAAATGAAACAAGATTTAGAATTGAAACAAGAAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTG
* * * * * * ** *
1252 TAAAAG-AGCATGATTTCGGAATTGAAACAAGAAAACTCTCGGCTAGAGACCTCAATTAGGATTT
1 GAAATGAAACAAGATTT-AGAATTGAAACAAGAAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTT
1316 -
65 G
* * ** * * * *
1316 GAAAAG-AGCGTGATTTTGGAATTAAAACAAGAAAACTCTCGACTAGAGACCTCGATTAGGATTT
1 GAAATGAAACAAGA-TTTAGAATTGAAACAAGAAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTT
1380 G
65 G
* * *
1381 GAAATGAAACAAAATTCAGATTTGAAACAAGAAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTG
1 GAAATGAAACAAGATTTAGAATTGAAACAAGAAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTG
* *
1446 GAAATGAAACAAAATTCAGAATTGAAACAAGAAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTT
1 GAAATGAAACAAGATTTAGAATTGAAACAAGAAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGA-TTT
1511 G
65 G
*
1512 GAAATGAAACAAGATTTAGAATTGAAACAAGAAAAGCCCTCAATTAGAGACCTCGATTAGGATTT
1 GAAATGAAACAAGATTTAGAATTGAAACAAGAAAA-CCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTT
1577 G
65 G
* *
1578 GAAAGGAAACGAA-ACTTTAGATTTGAAACAAGAAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATT
1 GAAATGAAAC-AAGA-TTTAGAATTGAAACAAGAAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATT
1642 T-
64 TG
* * *
1643 TAAACGAAACAGGACTTTAG-ATTG-AACAAGAAA
1 GAAATGAAACAAGA-TTTAGAATTGAAACAAGAAA
1676 CTCTCAACAA
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 40, Indels: 20
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
62 7 0.02
63 23 0.06
64 87 0.23
65 128 0.34
66 82 0.22
67 47 0.13
ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.20, T:0.23
Consensus pattern (65 bp):
GAAATGAAACAAGATTTAGAATTGAAACAAGAAAACCCTCGATTAGAGACCTCGATTAGGATTTG
Found at i:2624 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 2555--2629 Score: 123
Period size: 34 Copynumber: 2.2 Consensus size: 34
2545 TTTATTTATC
* *
2555 TTTTTCCGACCTCTTTCTATTTTAGGCCAAGTTT
1 TTTTTTCGACCACTTTCTATTTTAGGCCAAGTTT
2589 TTTTTTCGACCACTTTCTATTTTAGGCCAAGGTTT
1 TTTTTTCGACCACTTTCTATTTTAGGCCAA-GTTT
2624 TTTTTT
1 TTTTTT
2630 GGCTTTCCCC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 1
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 28 0.74
35 10 0.26
ACGTcount: A:0.15, C:0.20, G:0.12, T:0.53
Consensus pattern (34 bp):
TTTTTTCGACCACTTTCTATTTTAGGCCAAGTTT
Found at i:9832 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 9792--10200 Score: 413
Period size: 35 Copynumber: 11.9 Consensus size: 34
9782 TTCTTACTAA
* *
9792 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTT-ACTTATTGAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTATT-AATT
*
9827 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTCATTAACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ATTAA-TT
* * * * *
9862 ACTTAATTTCCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTA-TTAATT
* * ** * *
9898 ACCTGATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TTAATT
*
9933 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTTAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TTAATT
*
9968 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTTAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TTAATT
* *
10003 ACTTAATTACCCTGAATTAATTTGATTACTCAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TTAATT
10038 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTTAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TTAATT
**
10073 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCCAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TTAATT
10108 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG-------ATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTAATT
** *
10135 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TTAATT
* *
10170 GCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTA
10201 CTGATTCACC
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 31, Indels: 27
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 27 0.08
34 5 0.02
35 271 0.82
36 22 0.07
37 5 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (34 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTAATT
Found at i:9967 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 9954--10082 Score: 96
Period size: 8 Copynumber: 15.0 Consensus size: 8
9944 CTGAATTAAG
9954 TTAATTAC
1 TTAATTAC
9962 TTAATTAC
1 TTAATTAC
9970 TTAATTACCC
1 TTAATTA--C
* *
9980 TGAATTAAG
1 TTAATT-AC
9989 TTAATTAC
1 TTAATTAC
9997 TTAATTAC
1 TTAATTAC
10005 TTAATTACCC
1 TTAATTA--C
* *
10015 TGAATTAAT
1 TTAATT-AC
*
10024 TTGATTAC
1 TTAATTAC
*
10032 TCAATTAC
1 TTAATTAC
10040 TTAATTACCC
1 TTAATTA--C
* *
10050 TGAATTAAG
1 TTAATT-AC
*
10059 TTGATTAC
1 TTAATTAC
10067 TTAATTAC
1 TTAATTAC
10075 TTAATTAC
1 TTAATTAC
10083 CCTGAATTAA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 18, Indels: 18
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
8 60 0.64
9 13 0.14
10 18 0.19
11 3 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (8 bp):
TTAATTAC
Found at i:10043 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 9792--10193 Score: 468
Period size: 105 Copynumber: 3.9 Consensus size: 105
9782 TTCTTACTAA
* * * *
9792 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTT-ACTTATTGAACTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATT-C
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTCAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
* * * * * *
9854 ATTAACTCACTTAATTTCCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTC
65 -TTAA-TTACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTCAATT
* * * * *
9898 ACCTGATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC-CGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTC-AATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
* *
9962 TTAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTTAATT
65 TTAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTCAATT
*
10003 ACTTAATTACCCTGAATTAATTTGATTACTCAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTCAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
*
10068 TAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCCAATT
66 TAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTCAATT
*
10108 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG--------ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTCAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
* * *
10165 GACTTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
66 TAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
10194 CTTATTACTG
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 29, Indels: 19
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
97 58 0.22
105 130 0.50
106 65 0.25
107 8 0.03
108 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (105 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTCAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
TAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTCAATT
Found at i:10135 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 10105--10163 Score: 118
Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 27
10095 TGATTACCCA
10105 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
10132 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
10159 ATTAC
1 ATTAC
10164 CGACTTGCTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 32 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (27 bp):
ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
Found at i:10193 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 10070--10193 Score: 221
Period size: 62 Copynumber: 2.0 Consensus size: 62
10060 TGATTACTTA
10070 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCCAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCCAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
* * *
10132 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCGACTTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCCAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
10194 CTTATTACTG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 3, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
62 59 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (62 bp):
ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACCCAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
Found at i:17411 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17390--17424 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
17380 TTTTTTTTTA
*
17390 TTTTTTCTTTTC-CTTTC
1 TTTTTTTTTTTCACTTTC
17407 TTTTTTTTTTTCACTTTC
1 TTTTTTTTTTTCACTTTC
17425 CTTCAAATTG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.69
18 5 0.31
ACGTcount: A:0.03, C:0.20, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (18 bp):
TTTTTTTTTTTCACTTTC
Found at i:17424 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 17374--17427 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
17364 TTTTCTGATT
* *
17374 TTTCCATTTTTTTTTATTTTTTCT
1 TTTCC-TTTCTTTTTATTTTTTCC
17398 TTTCCTTTCTTTTT-TTTTTTCAC
1 TTTCCTTTCTTTTTATTTTTTC-C
17421 TTTCCTT
1 TTTCCTT
17428 CAAATTGACC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.26
23 15 0.56
24 5 0.19
ACGTcount: A:0.06, C:0.19, G:0.00, T:0.76
Consensus pattern (23 bp):
TTTCCTTTCTTTTTATTTTTTCC
Done.