Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010713.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10734, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 80721
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.19, T:0.32
Found at i:351 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 315--380 Score: 89
Period size: 30 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30
305 CCATCGCATG
*
315 GGCCATCGGATGGAG-CAACCGGCCACAACC
1 GGCCATCGCATGG-GCCAACCGGCCACAACC
* *
345 GGCCATCGCATGGGCCATCCGGGCACAACC
1 GGCCATCGCATGGGCCAACCGGCCACAACC
375 GGCCAT
1 GGCCAT
381 TTGACCCTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 1 0.03
30 31 0.97
ACGTcount: A:0.23, C:0.38, G:0.30, T:0.09
Consensus pattern (30 bp):
GGCCATCGCATGGGCCAACCGGCCACAACC
Found at i:8600 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 8521--8751 Score: 185
Period size: 36 Copynumber: 6.9 Consensus size: 31
8511 GAATCAGTAA
* *
8521 TAAGAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG
8552 TAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG
1 T-A-A-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG
*
8586 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAA-T---T-AAGTCAG
* * * * *
8622 TTAGTAACTTAGTTCAGAGAAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG
** *
8653 GCAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAATAATTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAG
*
8688 TAA-TCAACTTAAATCTAGGGTAATTAAGTCAG
1 TAAGT-AACTTAATTC-AGGGTAATTAAGTCAG
8720 CTAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 ----TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
8752 AAGTCATTGA
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 21, Indels: 34
0.74 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
31 42 0.26
32 12 0.08
33 2 0.01
34 28 0.17
35 32 0.20
36 43 0.27
37 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (31 bp):
TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG
Found at i:8664 original size:67 final size:65
Alignment explanation
Indices: 8526--8755 Score: 203
Period size: 67 Copynumber: 3.4 Consensus size: 65
8516 AGTAATAAGA
* * * *
8526 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGGTAACTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAGGAAGT
* * * *
8591 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTA-GTAACTTAGTTCAGAGAAATTAAGTAAGGC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGT-A-ATAGGTAACTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAGGA
8655 AGT
63 AGT
* * * * * * *
8658 AACTTAATTCAGGGTAATTAAATAATTCAGTA-ATCAACTTAAATCTAGGGTAATTAAGTCAGCT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGT-AACTTAATTC-AGAGAAATTAAGT-A---
**
8722 AATAAGT
59 AGGAAGT
8729 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
8756 CATTGATCGA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 22, Indels: 12
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
65 25 0.19
66 17 0.13
67 60 0.45
68 3 0.02
71 29 0.22
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (65 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGGTAACTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAGGAAGT
Found at i:8769 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 8526--8786 Score: 214
Period size: 35 Copynumber: 7.7 Consensus size: 34
8516 AGTAATAAGA
* * *
8526 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTGAT
* *
8560 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGT-A-AG-T
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTGAT
*
8591 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTT-AGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCA-TTGA-T
* * * *
8627 AACTTAGTTCAGAGAAATTAAGTAAGGCA--G-T
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTGAT
* * * *
8658 AACTTAATTCAGGGTAATTAAATAATTCAGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTGAT
* * * *
8692 CAACTTAAATCTAGGGTAATTAAGTCAG-CTAATAAGT
1 -AACTTAATTC-AGGGTAATTAAGTAAGTC-ATTGA-T
8729 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTGAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTGAT
* *
8763 CGACTTAATTCAGGGTAGTTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
8787 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 27, Indels: 31
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
31 47 0.26
32 5 0.03
33 2 0.01
34 28 0.15
35 54 0.29
36 47 0.26
37 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (34 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCATTGAT
Found at i:11829 original size:14 final size:12
Alignment explanation
Indices: 11804--11855 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 3.9 Consensus size: 12
11794 TTTTTTAAAA
11804 AAAAATGGTTTTC
1 AAAAA-GGTTTTC
11817 AAGAAAAGGTTTTCC
1 -A-AAAAGGTTTT-C
*
11832 AAAATGAGTTTTC
1 AAAAAG-GTTTTC
11845 AAAAAGGTTTT
1 AAAAAGGTTTT
11856 TAAGTTTTTT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 8
0.77 0.05 0.19
Matches are distributed among these distances:
12 5 0.15
13 10 0.30
14 13 0.39
15 5 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (12 bp):
AAAAAGGTTTTC
Found at i:12582 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 12561--12602 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
12551 GAAGCGATCG
12561 AAAAAGAAAAGA-AAGA
1 AAAAAGAAAAGAGAA-A
*
12577 AAAAAGGAAAGAGAAA
1 AAAAAGAAAAGAGAAA
*
12593 AAGAAGAAAA
1 AAAAAGAAAA
12603 TAGATGAAGC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 20 0.91
17 2 0.09
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.21, T:0.00
Consensus pattern (16 bp):
AAAAAGAAAAGAGAAA
Found at i:14556 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 14397--14559 Score: 220
Period size: 71 Copynumber: 2.3 Consensus size: 71
14387 GTTCAGTCCA
* * *
14397 GAATGATCAAGGGTGGTCGTTCTTCAGCCTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTGTGACTTCAATTT
1 GAATGATCGAGGGTGGTTGTTCTTCAGCCTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTGACTTCAATTT
*
14462 GTGTCG
66 GCGTCG
** * ** *
14468 GAATGATCGAGGGTGGTTGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCTGGGTGGTCTTTCTTTAATTT
1 GAATGATCGAGGGTGGTTGTTCTTCAGCCTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTGACTTCAATTT
14533 GCG-CTG
66 GCGTC-G
14539 GAATGATCGAGGGTGGTTGTT
1 GAATGATCGAGGGTGGTTGTT
14560 TTTTAATTCA
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 10, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
70 1 0.01
71 80 0.99
ACGTcount: A:0.17, C:0.15, G:0.31, T:0.37
Consensus pattern (71 bp):
GAATGATCGAGGGTGGTTGTTCTTCAGCCTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTGACTTCAATTT
GCGTCG
Found at i:14654 original size:107 final size:107
Alignment explanation
Indices: 14467--14671 Score: 286
Period size: 107 Copynumber: 1.9 Consensus size: 107
14457 AATTTGTGTC
*** *
14467 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCTGGGTGGTCTTTCTTTAATT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAAAGTGGTCTTTCTTCAATT
* * * *
14532 TGCGCTGGAATGATCGAGGGTGGTTGTTTTTTAATTCAATTT
66 TACGCTGGAAAGATCGAGGGTGGTCGTTCTTTAATTCAATTT
* * *
14574 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTTTTCAGTTTATTTTAGTTGACCCAAAGTGGTCTTTCTTCAGTT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAAAGTGGTCTTTCTTCAATT
*
14639 TATG-TCGGAAAGATCGAGGGTGGTCGTTCTTTA
66 TACGCT-GGAAAGATCGAGGGTGGTCGTTCTTTA
14672 GTTTGTTTCA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 12, Indels: 2
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
106 1 0.01
107 84 0.99
ACGTcount: A:0.18, C:0.12, G:0.28, T:0.41
Consensus pattern (107 bp):
GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAAAGTGGTCTTTCTTCAATT
TACGCTGGAAAGATCGAGGGTGGTCGTTCTTTAATTCAATTT
Found at i:14661 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 14574--14747 Score: 199
Period size: 71 Copynumber: 2.5 Consensus size: 70
14564 AATTCAATTT
* * *
14574 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTTTTCAGTTTATTTTAGTTGACCCAAAGTGGTCTTTCTTCAGTT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTTTTCAGTTTATTTCAATT-AACCAAAGTGGTCTTTCTTCAGTT
14639 TAT-GTC
65 T-TGGTC
* * * * **
14645 GGAAAGATCGAGGGTGGTCGTTCTTT-AGTTTGTTTCAATTAACTAGGGTGGTCTTTCTTCAGTT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTT-TTTCAGTTTATTTCAATTAACCAAAGTGGTCTTTCTTCAGTT
14709 TTGGGTC
65 TT-GGTC
* *
14716 GGAATGATCGAGGGCGGTTGTTCTTCAGTTTA
1 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTTTTCAGTTTA
14748 GTCCGGAACG
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 14, Indels: 8
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
69 1 0.01
70 23 0.27
71 58 0.68
72 3 0.04
ACGTcount: A:0.18, C:0.13, G:0.29, T:0.41
Consensus pattern (70 bp):
GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTTTTCAGTTTATTTCAATTAACCAAAGTGGTCTTTCTTCAGTTT
TGGTC
Found at i:14722 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14388--14852 Score: 531
Period size: 178 Copynumber: 2.6 Consensus size: 178
14378 CTTTCTTTAG
* * ** * * **
14388 TTCAGTCCAGAATGATCAAGGGTGGTCGTTCTTCAGCCTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTGTGA
1 TTCAATCCGGAATGATCAAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTTAGTTGACCCAGGGTGGTCTTT
* * * *
14453 CTTCAATTTGTGTCGGAATGATCGAGGGTGGTTGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCTGGGTG
66 CTTCAGTTTGTGTCGGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACACTGGGTG
* * * *
14518 GTCTTTCTTTAATTTGCGCTGGAATGATCGAGGGTGGTTGTTTTTTAA
131 GTCTTTCTTCAATTTGCGCTGGAATGATCGAGGGCGGTTGTTCTTCAA
** * * * **
14566 TTCAATTTGGAATGATCGAGGGTGGTTGTTTTTCAGTTTATTTTAGTTGACCCAAAGTGGTCTTT
1 TTCAATCCGGAATGATCAAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTTAGTTGACCCAGGGTGGTCTTT
* * * *
14631 CTTCAGTTTATGTCGGAAAGATCGAGGGTGGTCGTTCTTTAGTTTGTTTCAATT-A-ACTAGGGT
66 CTTCAGTTTGTGTCGGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACACT-GGGT
* * *
14694 GGTCTTTCTTCAGTTTTG-GGTCGGAATGATCGAGGGCGGTTGTTCTTCAG
130 GGTCTTTCTTCA-ATTTGCGCT-GGAATGATCGAGGGCGGTTGTTCTTCAA
* * * * * * *
14744 TTTAGTCCGGAACGATCAAGAGTGGTCGTTCTTCAATTTATTTTAGCTGACCTAGGGTGGTCTTT
1 TTCAATCCGGAATGATCAAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTTAGTTGACCCAGGGTGGTCTTT
* *
14809 CTTTAGTTTGCGTCGGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTT
66 CTTCAGTTTGTGTCGGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTT
14853 CAGTTTGGAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 49, Indels: 6
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.01
177 18 0.08
178 215 0.91
ACGTcount: A:0.18, C:0.15, G:0.28, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TTCAATCCGGAATGATCAAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTTAGTTGACCCAGGGTGGTCTTT
CTTCAGTTTGTGTCGGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACACTGGGTG
GTCTTTCTTCAATTTGCGCTGGAATGATCGAGGGCGGTTGTTCTTCAA
Found at i:14741 original size:107 final size:107
Alignment explanation
Indices: 14624--14885 Score: 294
Period size: 107 Copynumber: 2.4 Consensus size: 107
14614 GACCCAAAGT
* * * * * * *
14624 GGTCTTTCTTCAGTTTATGT-CGGAAAGATCGAGGGTGGTCGTTCTTTAGTTTGTTTCA-ATTAA
1 GGTCGTTCTTCAGTTTA-GTCCGGAAAGATCAAGAGTGGTCGTTCTTCAATTTATTTCAGATGAA
*
14687 CTAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTTGGGTCGGAATGATCGAGGGC
65 CTAGGGTGGTCTTTCTTCAG-TTTGCGTCGGAATGATCGAGGGC
* * * * *
14731 GGTTGTTCTTCAGTTTAGTCCGGAACGATCAAGAGTGGTCGTTCTTCAATTTATTTTAGCTGACC
1 GGTCGTTCTTCAGTTTAGTCCGGAAAGATCAAGAGTGGTCGTTCTTCAATTTATTTCAGATGAAC
* *
14796 TAGGGTGGTCTTTCTTTAGTTTGCGTCGGAATGATCGAGGGT
66 TAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTGCGTCGGAATGATCGAGGGC
* ** * ** *
14838 GGTCGTTCTTCAGTTCAGTTTGGAATGAGAAAGAGTGGTCTTTCTTCA
1 GGTCGTTCTTCAGTTTAGTCCGGAAAGATCAAGAGTGGTCGTTCTTCA
14886 GTTATTTATT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 23, Indels: 4
0.83 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
106 2 0.02
107 107 0.82
108 21 0.16
ACGTcount: A:0.18, C:0.15, G:0.29, T:0.39
Consensus pattern (107 bp):
GGTCGTTCTTCAGTTTAGTCCGGAAAGATCAAGAGTGGTCGTTCTTCAATTTATTTCAGATGAAC
TAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTGCGTCGGAATGATCGAGGGC
Found at i:14863 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 14467--14888 Score: 187
Period size: 36 Copynumber: 11.8 Consensus size: 36
14457 AATTTGTGTC
*
14467 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTCTTCAGTTTA-TTT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAGTTT
* * * ** * * * **
14502 -CAGTTGACCCTGGGTGGTCTTTCTTTAATTT-GCGCT
1 GGA-ATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAG-TTT
* * * * * *
14538 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTTTTTAATTCAATTT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAGTTT
* * *
14574 GGAATGATCGAGGGTGGTTGTTTTTCAGTTTATTTT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAGTTT
* * * * ** * *
14610 AG-TTGACCCAAAGTGGTCTTTCTTCAGTTTA-TGTC
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAGT-TT
* *
14645 GGAAAGATCGAGGGTGGTCGTTCTTTAGTTT-GTTT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAGTTT
* * * * * * * *
14680 -CAATTAACTAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTTGGGTC
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAG-TTTAGTTT
* * **
14716 GGAATGATCGAGGGCGGTTGTTCTTCAGTTTAGTCC
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAGTTT
* * * * *
14752 GGAACGATCAAGAGTGGTCGTTCTTCAATTTATTTT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAGTTT
* * * * * * * *
14788 AG-CTGACCTAGGGTGGTCTTTCTTTAGTTT-GCGTC
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAG-TTT
*
14823 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTCAGTTT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAGTTT
*** * *
14859 GGAATGAGAAAGAGTGGTCTTTCTTCAGTT
1 GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTT
14889 ATTTATTTTT
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 101, Indels: 27
0.68 0.25 0.07
Matches are distributed among these distances:
34 22 0.08
35 69 0.25
36 159 0.58
37 22 0.08
ACGTcount: A:0.18, C:0.14, G:0.28, T:0.40
Consensus pattern (36 bp):
GGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTAGTTT
Found at i:18056 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18033--18062 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
18023 TAAGATAATC
18033 AAAAGTAAAAAAAAA
1 AAAAGTAAAAAAAAA
18048 AAAAG-AAAAAAAAA
1 AAAAGTAAAAAAAAA
18062 A
1 A
18063 GAGGATAGAC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.67
15 5 0.33
ACGTcount: A:0.90, C:0.00, G:0.07, T:0.03
Consensus pattern (15 bp):
AAAAGTAAAAAAAAA
Found at i:18057 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 18033--18062 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
18023 TAAGATAATC
*
18033 AAAAGTAAAAAAAAA
1 AAAAGAAAAAAAAAA
18048 AAAAGAAAAAAAAAA
1 AAAAGAAAAAAAAAA
18063 GAGGATAGAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.90, C:0.00, G:0.07, T:0.03
Consensus pattern (15 bp):
AAAAGAAAAAAAAAA
Found at i:18540 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 18426--19307 Score: 788
Period size: 31 Copynumber: 26.8 Consensus size: 31
18416 GAATCAATAA
*
18426 TAAGAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* *
18457 TCAGTGAATAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAG
1 T-A---AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
18492 TAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAA-
1 T-A-A-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAG
*
18526 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* * *
18557 TCAGCAACTAAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
*
18588 TAATAGGTAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTCAA-
1 T-A-A-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAG
*
18622 AAAGTAGA-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGTA-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* * *
18653 TCAGCAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
*
18684 TAATAGGTAACATAATTCAGGGTAATTAAGTCAA-
1 T-A-A-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAG
*
18718 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* *
18749 TCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* *
18780 TAATTGGTAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAA
1 TAA---GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* *
18814 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTATGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* *
18845 TCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* *
18876 TAATAAGTAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAA
1 ---TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
*
18910 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* *
18941 TCAA-CAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 T-AAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
18972 TAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAA-
1 T-A-A-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAG
*
19006 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* * *
19037 TCAGTTAGTAGCTTAATTTAGGGTAATTAAGAAAGTTAG
1 T-A---AGTAACTTAATTCAGGGTAATT----AAGTAAG
* *
19076 TAACTCAGTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAG
1 T-A---AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG----TAAG
* * * *
19115 TTATTAATTTAATTCGGGGTAATTAAGTAATTCAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-A---AG
19150 TAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
1 TAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
*
19181 TAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG
1 T-A-A-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
* *
19215 TAAGTAGCTTAATTCATGGTAATTAAGTAAAG
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAG
* * *
19247 TCAGTTAGTAACTTAGTTCAGAGAAATTAAGTAAG
1 T-A---AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
** *
19282 GCAGTAACTTAATTCAGAGTAATTAA
1 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
19308 ATAATTCAGT
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 84, Indels: 114
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
30 9 0.01
31 336 0.47
32 15 0.02
33 10 0.01
34 175 0.25
35 112 0.16
36 21 0.03
39 32 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (31 bp):
TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
Found at i:18612 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 18424--19250 Score: 1152
Period size: 96 Copynumber: 8.4 Consensus size: 96
18414 GTGAATCAAT
* * * *
18424 AATAAGAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTGAATAACTTAATTTAGGGTAATTAAGT
1 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA--G--CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
18489 AAGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
62 AAGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
*
18524 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTAAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
1 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
*
18589 AATAGGTAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTC
66 AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
* * *
18620 AAAAAGTAGATTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAAGT
1 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
*
18685 AATAGGTAACATAATTCAGGGTAATTAAGTC
66 AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
18716 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
1 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
* * *
18781 AATTGGTAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTA
66 AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
*
18812 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTATGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
1 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
* * *
18877 AATAAGTAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTA
66 AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
* *
18908 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAACAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
1 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
18973 AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
66 AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
* *
19004 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAGCTTAATTTAGGGTAATTAAGA
1 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-CA--A-CTTAATTCAGGGTAATT----
* *
19069 AAGTTAGTAACTCA-GTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTC
58 AAGTAAGTAA-T-AGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG----TC
* * * ** * *
19113 AGTTATTAATTTAATTCGGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG----CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
19178 AAGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
62 AAGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
* *
19213 AGTAAGTAGCTTAATTCATGGTAATTAAGTAAAGTCAG
1 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAG
19251 TTAGTAACTT
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 52, Indels: 37
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
96 453 0.69
97 1 0.00
98 1 0.00
100 76 0.12
101 6 0.01
103 1 0.00
104 33 0.05
105 33 0.05
106 1 0.00
109 48 0.07
110 1 0.00
112 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (96 bp):
AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
Found at i:19099 original size:39 final size:37
Alignment explanation
Indices: 19014--19176 Score: 153
Period size: 35 Copynumber: 4.5 Consensus size: 37
19004 AATAAGTAGC
* * **
19014 TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT--T-AGTAGC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTAATCA-TAAT
*
19049 TTAATTTAGGGTAATTAAGAAAGTT-AGTAACTCAGTAAT
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGAAA-TTCAGTAA-TCA-TAAT
*
19088 TTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTAT--TAAT
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTAATCATAAT
* * *
19123 TTAATTCGGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC--AAC
1 TTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTAATCATAAT
19158 TTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TTAATTCAGGGTAATTAAG
19177 TAAGTAATAG
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 12, Indels: 14
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
35 75 0.69
36 1 0.01
38 4 0.04
39 29 0.27
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (37 bp):
TTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTAATCATAAT
Found at i:19103 original size:74 final size:70
Alignment explanation
Indices: 18948--19341 Score: 306
Period size: 65 Copynumber: 5.7 Consensus size: 70
18938 AAGTCAACAG
* *
18948 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-A-ATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG----TCAAT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTA-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGT
*
19007 AAGT-AG
65 AA-TCAA
* *
19013 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAGCTTAATTTAGGGTAATTAAGAAAGTT-AGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAA-TTCAGT
19077 AACTCAGTAA
65 AA-TC---AA
* * * * * * *
19087 TTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATTAATTTAATTCGGGGTAATTAAGTAATTCAGTA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTA
19152 ATCAA
66 ATCAA
*
19157 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-A-ATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG----TCAGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTA-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGT
*
19216 AAGT-AG
65 AA-TCAA
* * * * * **
19222 CTTAATTCATGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTAGTTCAGAGAAATTAAGTAAGGCAG-
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGT
19286 --T-AA
65 AATCAA
* * * * *
19289 CTTAATTCAGAGTAATTAAATAATTCAG-TAATCAACTTAAATCTAGGGTAATT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT-AACTTAATTC-AGGGTAATT
19342 GATCGGACCA
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 39, Indels: 44
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
65 56 0.21
66 42 0.16
67 51 0.19
68 4 0.01
69 22 0.08
70 29 0.11
71 4 0.01
73 4 0.01
74 55 0.21
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (70 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTA
ATCAA
Found at i:21455 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 21280--21867 Score: 526
Period size: 31 Copynumber: 17.4 Consensus size: 34
21270 CGACCGATCA
*
21280 GTAATTAAGTCAGCTAA-TAAGTAACTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAG-TAAGT-AGTAACTTAATTCAGG
*
21315 GTAATT---T-AGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTAAGT-AGTAACTTAATTCAGG
21346 GTAATTAAGTAAGTAA-TAAGTAACTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTAAGT-AGTAACTTAATTCAGG
*
21380 GTAATTAAGTAAATAAGTAG---CTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTAAGTAGTAACTTAATTCAGG
* *
21411 GTAATTAAGTAAGT---CAGCAACTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTAAGTAGTAACTTAATTCAGG
21442 GTAATTAAGTAAGTAA-TAGGTAACTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTAAGTA-GTAACTTAATTCAGG
21476 GTAATTAAGTGAA-TAAGTAG---CTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGT-AAGTAAGTAGTAACTTAATTCAGG
* * *
21507 GTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAGCTTAATTTAGG
1 GTAATTAAGTAAGTAAG-TAGTAACTTAATTCAGG
* *
21542 GTAATTAAGAAAGTTAGTAAGTCAGTAATTTAATTCAGG
1 GTAATT----AAGTAAGTAAGT-AGTAACTTAATTCAGG
* * * * *
21581 GTAATTAAGAAATTCAGTTATTAATTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTAAG-TAGTAACTTAATTCAGG
* *
21616 GTAATTAAGTAA-TCCAGTAATCAACTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGT-AAGTAGT-AACTTAATTCAGG
21651 GTAATTAAGTAAGTAA-TAGGTAACTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTAAGTA-GTAACTTAATTCAGG
*
21685 GTAATTAAGTCAGTAAGTAG---CTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAGTAAGTAGTAACTTAATTCAGG
* * *
21716 GTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTACTTCAGA
1 GTAATTAAGT-AAGTAAG-TAGTAACTTAATTCAGG
* * *
21752 GAAATTAAGTAAG---GAAGTAACTTAATTCAGA
1 GTAATTAAGTAAGTAAGTAGTAACTTAATTCAGG
* * * * *
21783 GTAATTAAATAATTCAGTAATCAACTTAAATCTAGG
1 GTAATTAAGTAAGTAAGTAGT-AACTTAATTC-AGG
*
21819 GTAATTAAGTCAGCTAA-TAAGTAACTTAATTCAGG
1 GTAATTAAGTAAG-TAAGT-AGTAACTTAATTCAGG
21854 GTAATTAAGTAAGT
1 GTAATTAAGTAAGT
21868 CATTGATCGA
Statistics
Matches: 463, Mismatches: 48, Indels: 85
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
28 2 0.00
30 5 0.01
31 143 0.31
32 10 0.02
33 4 0.01
34 101 0.22
35 123 0.27
36 42 0.09
37 4 0.01
38 1 0.00
39 28 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (34 bp):
GTAATTAAGTAAGTAAGTAGTAACTTAATTCAGG
Found at i:21456 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 21295--21867 Score: 555
Period size: 96 Copynumber: 5.7 Consensus size: 96
21285 TAAGTCAGCT
*
21295 AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTTAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
1 AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
21360 AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
66 AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
*
21391 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
1 AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
* *
21456 AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTG
66 AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * *
21487 AATAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAGCTTAATTTAGGGTAATTAAGA
1 AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-CA--A-CTTAATTCAGGGTAATT----
* * *
21552 AAGTTAGTAAGTCAGTAATTTAATTCAGGGTAATTAAG-A
58 AAGTAAGTAA-TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* *
21591 AATTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-TCCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAA
1 AA-T-A---AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-CAG----CAACTTAATTCAGGGTAA
* *
21655 TTAAGTAAGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
56 TTAAGTAAGTAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * * * *
21696 AGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTACTTCAGAGAAATTAAG
1 AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTC----AGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
21761 TAAG---GAAGTAACTTAATTCAGAGTAATTAAATA
61 TAAGTAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * *
21794 ATTCAGTAA-TCAACTTAAATCTAGGGTAATTAAGTCAGCTAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAA
1 A---A-TAAGT-AACTTAATTC-AGGGTAATTAAGT-A---AGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAA
21858 TTAAGTAAGT
56 TTAAGTAAGT
21868 CATTGATCGA
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 43, Indels: 63
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
96 129 0.32
97 1 0.00
98 25 0.06
99 1 0.00
100 39 0.10
101 27 0.07
102 38 0.10
103 15 0.04
104 36 0.09
105 37 0.09
106 3 0.01
108 1 0.00
109 44 0.11
110 1 0.00
112 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (96 bp):
AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
Found at i:21562 original size:43 final size:39
Alignment explanation
Indices: 21526--21730 Score: 132
Period size: 35 Copynumber: 5.8 Consensus size: 39
21516 TAAGTCAGTT
* *
21526 AGTAGCTTAATTTAGGGTAATTAAGAAAGTTAGTAAGTC
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTTAGTAAGTC
*
21565 AGTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGAAA-TTCAGT---T-
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTT-AGTAAGTC
* * * *
21600 ATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-TCCAGTAA-TC
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGT-TAGTAAGTC
* *
21638 ---AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TAAT-AG--
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTTAGTAAGTC
*
21670 -GTAACTTAATTCAGGGTAATT----AAGTCAGTAAGT-
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTTAGTAAGTC
21703 AG---CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGT
1 AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAGT
21731 CAGTTAGTAA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 11, Indels: 39
0.73 0.06 0.21
Matches are distributed among these distances:
30 3 0.02
31 19 0.14
32 2 0.01
33 1 0.01
34 22 0.16
35 54 0.39
36 5 0.04
37 1 0.01
38 2 0.01
39 28 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (39 bp):
AGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTTAGTAAGTC
Found at i:21580 original size:74 final size:72
Alignment explanation
Indices: 21418--21869 Score: 374
Period size: 65 Copynumber: 6.5 Consensus size: 72
21408 AGGGTAATTA
*
21418 AGTAAGTCAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-A-ATAGGTAACTTAATTCAGGGTAAT
1 AGTAAGTCAG-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTA-GTAACTTAATTCAGGGTAAT
*
21481 T---AAGTG
64 TAAGAAGTC
* * *
21487 AATAAGT-AG--CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAGCTTAATTTAGGGTAATTA
1 AGTAAGTCAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTA
*
21549 AGAAAGTT
66 AG-AAGTC
* * * * *
21557 AGTAAGTCAGTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATT
1 AGTAAGTCAG-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATT
21622 AAGTAA-TCC
65 AAG-AAGT-C
*
21631 AGTAA-TC--AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-A-ATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATT
1 AGTAAGTCAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTA-GTAACTTAATTCAGGGTAATT
21691 ---AAGTC
65 AAGAAGTC
* * *
21696 AGTAAGT-AG--CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTACTTCAGAGAAATT
1 AGTAAGTCAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATT
21758 AAGTAAG--
65 AAG-AAGTC
* * * * *
21765 -G-AAGT---AACTTAATTCAGAGTAATTAAATAATTCAG-TAATCAACTTAAATCTAGGGTAAT
1 AGTAAGTCAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT-AACTTAATTC-AGGGTAAT
21824 T---AAGTC
64 TAAGAAGTC
*
21830 AGCTAA-TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
1 AG-TAAGTCAG-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
21870 TTGATCGAAA
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 36, Indels: 70
0.75 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
63 3 0.01
65 57 0.18
66 41 0.13
67 52 0.17
68 9 0.03
69 26 0.08
70 34 0.11
71 31 0.10
73 3 0.01
74 55 0.18
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (72 bp):
AGTAAGTCAGAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTA
AGAAGTC
Found at i:21905 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 21846--21984 Score: 160
Period size: 56 Copynumber: 2.5 Consensus size: 56
21836 TAAGTAACTT
* *
21846 AATTCAGGGTAATTAAG-TAAGTCATTG-A-TCGAAATTAAGGAAAATAAAATGGCTC
1 AATTCAGGGTAATTAAGTTAAGT-A-AGAAGTAGAAATTAAGGAAAATAAAATGGCTC
* * *
21901 AATTCAGGGTAGTTAAGTTTAGTAAGAAGTAGAGATTAAGGAAAATAAAATGGCTC
1 AATTCAGGGTAATTAAGTTAAGTAAGAAGTAGAAATTAAGGAAAATAAAATGGCTC
* *
21957 TATTCAGGGTAATTGAGTT-AGTTAAGAA
1 AATTCAGGGTAATTAAGTTAAG-TAAGAA
21985 TTAAAGAAAG
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 8, Indels: 7
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
54 1 0.01
55 20 0.28
56 51 0.71
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (56 bp):
AATTCAGGGTAATTAAGTTAAGTAAGAAGTAGAAATTAAGGAAAATAAAATGGCTC
Found at i:21951 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 21879--21984 Score: 169
Period size: 56 Copynumber: 1.9 Consensus size: 56
21869 ATTGATCGAA
*
21879 ATTAAGGAAAATAAAATGGCTCAATTCAGGGTAGTTAAGTTTAG-TAAGAAGTAGAG
1 ATTAAGGAAAATAAAATGGCTCAATTCAGGGTAATTAAG-TTAGTTAAGAAGTAGAG
* *
21935 ATTAAGGAAAATAAAATGGCTCTATTCAGGGTAATTGAGTTAGTTAAGAA
1 ATTAAGGAAAATAAAATGGCTCAATTCAGGGTAATTAAGTTAGTTAAGAA
21985 TTAAAGAAAG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 2
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
55 4 0.09
56 42 0.91
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (56 bp):
ATTAAGGAAAATAAAATGGCTCAATTCAGGGTAATTAAGTTAGTTAAGAAGTAGAG
Found at i:27072 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 27042--27117 Score: 102
Period size: 27 Copynumber: 2.8 Consensus size: 27
27032 TAGGGTCGTC
27042 CAGGGGCATTTTGGTCATTTT-CATGTT
1 CAGGGGCATTTTGGTCATTTTGCAT-TT
27069 CAGGGGCATTTTGGTCATTTTTGCATTT
1 CAGGGGCATTTTGGTCA-TTTTGCATTT
*
27097 -AGGGGGTATTTTGGTCATTTT
1 CA-GGGGCATTTTGGTCATTTT
27118 AAGTTCACTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 6
0.87 0.02 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 22 0.49
28 20 0.44
29 3 0.07
ACGTcount: A:0.14, C:0.12, G:0.28, T:0.46
Consensus pattern (27 bp):
CAGGGGCATTTTGGTCATTTTGCATTT
Found at i:27107 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 27042--27117 Score: 104
Period size: 28 Copynumber: 2.8 Consensus size: 28
27032 TAGGGTCGTC
27042 CAGGGGCATTTTGGTCA-TTTTCATGTT
1 CAGGGGCATTTTGGTCATTTTTCATGTT
27069 CAGGGGCATTTTGGTCATTTTTGCAT-TT
1 CAGGGGCATTTTGGTCATTTTT-CATGTT
*
27097 -AGGGGGTATTTTGGTCATTTT
1 CA-GGGGCATTTTGGTCATTTT
27118 AAGTTCACTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 5
0.88 0.02 0.10
Matches are distributed among these distances:
27 18 0.40
28 24 0.53
29 3 0.07
ACGTcount: A:0.14, C:0.12, G:0.28, T:0.46
Consensus pattern (28 bp):
CAGGGGCATTTTGGTCATTTTTCATGTT
Found at i:27388 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 27367--27398 Score: 64
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
27357 TTCACTTTCC
27367 CATTAATCATATTAGT
1 CATTAATCATATTAGT
27383 CATTAATCATATTAGT
1 CATTAATCATATTAGT
27399 ACTAATGGCC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
CATTAATCATATTAGT
Found at i:30599 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 30560--30601 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
30550 GAAGAAAAAC
*
30560 AAAAAAGAAGAAAGGAAAAGA
1 AAAAAAGAAAAAAGGAAAAGA
30581 AAAAAATGAAAAAACGGAAAA
1 AAAAAA-GAAAAAA-GGAAAA
30602 AATTAGAAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 6 0.33
22 6 0.33
23 6 0.33
ACGTcount: A:0.76, C:0.02, G:0.19, T:0.02
Consensus pattern (21 bp):
AAAAAAGAAAAAAGGAAAAGA
Found at i:31844 original size:69 final size:67
Alignment explanation
Indices: 31576--31872 Score: 334
Period size: 69 Copynumber: 4.4 Consensus size: 67
31566 GCACAAAACA
* * * * * * * * *
31576 AAAATGATCCTTCGACCGGAAGGGTATTTTTGGAAATGAAAATACTAAATTTGAATAC-AAAAGA
1 AAAATGACCCTCCCACCGAAAGGGTATTTTTGGAAAAGAAAATACTAAACTTAAATGCGAAAGGA
31640 C-
66 CG
* * *** * *
31641 AATATTAACCCTTTGACCGAAAGGGTATTCTTGGGAAA-AAAA-ACTAAACTTAAATGCGAAA-G
1 AA-AATGACCCTCCCACCGAAAGGGTATTTTTGGAAAAGAAAATACTAAACTTAAATGCGAAAGG
31703 ACG
65 ACG
* *
31706 AAAATGACCCTTCCACCGAAAGGGTACTTTTGGGAAAAGAAAATACTAAACTTAAATGCGAAAGG
1 AAAATGACCCTCCCACCGAAAGGGTA-TTTTTGGAAAAGAAAATACTAAACTTAAATGCGAAAGG
31771 ACG
65 ACG
* *
31774 AAAATGACCCTCCCACCGAAAGGGTACTTTTTGGAAAAAGAAAATACTAAACTCAAATGTGAAAG
1 AAAATGACCCTCCCACCGAAAGGGTA-TTTTTGG-AAAAGAAAATACTAAACTTAAATGCGAAAG
31839 GACG
64 GACG
*
31843 AAAATGACCCTCCCACCAAAAGGGTATTTT
1 AAAATGACCCTCCCACCGAAAGGGTATTTT
31873 CGTAAATTAA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 23, Indels: 13
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
64 35 0.17
65 19 0.09
66 31 0.15
67 19 0.09
68 40 0.20
69 57 0.28
ACGTcount: A:0.42, C:0.17, G:0.19, T:0.22
Consensus pattern (67 bp):
AAAATGACCCTCCCACCGAAAGGGTATTTTTGGAAAAGAAAATACTAAACTTAAATGCGAAAGGA
CG
Found at i:39275 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 39257--39291 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 3.3 Consensus size: 10
39247 AATAGTCTTC
39257 AAATCTTCAA
1 AAATCTTCAA
39267 AATATCTTCAA
1 AA-ATCTTCAA
39278 GAAATCTTCAA
1 -AAATCTTCAA
39289 AAA
1 AAA
39292 CGAACTTCGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
10 5 0.22
11 16 0.70
12 2 0.09
ACGTcount: A:0.51, C:0.17, G:0.03, T:0.29
Consensus pattern (10 bp):
AAATCTTCAA
Found at i:43753 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 43725--43768 Score: 79
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
43715 CCTTAAAATT
*
43725 TTTTTTTTTTGAAAAACGCAAA
1 TTTTTTTTTAGAAAAACGCAAA
43747 TTTTTTTTTAGAAAAACGCAAA
1 TTTTTTTTTAGAAAAACGCAAA
43769 AAAATTTTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 21 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
TTTTTTTTTAGAAAAACGCAAA
Found at i:49239 original size:8 final size:9
Alignment explanation
Indices: 49210--49238 Score: 58
Period size: 9 Copynumber: 3.2 Consensus size: 9
49200 AGATTTACAT
49210 GGGCACTTG
1 GGGCACTTG
49219 GGGCACTTG
1 GGGCACTTG
49228 GGGCACTTG
1 GGGCACTTG
49237 GG
1 GG
49239 CCTCTAAGTG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 20 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.21, G:0.48, T:0.21
Consensus pattern (9 bp):
GGGCACTTG
Found at i:52665 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 52636--52664 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.3 Consensus size: 13
52626 CCGGCTCTCC
52636 AAAATAAAAAAAT
1 AAAATAAAAAAAT
52649 AAAAT-AAAAAAT
1 AAAATAAAAAAAT
52661 AAAA
1 AAAA
52665 AACTTTTGTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.69
13 5 0.31
ACGTcount: A:0.86, C:0.00, G:0.00, T:0.14
Consensus pattern (13 bp):
AAAATAAAAAAAT
Found at i:53466 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 53377--53462 Score: 106
Period size: 6 Copynumber: 14.8 Consensus size: 6
53367 GTACTTTTTA
*
53377 ATATAG -TATA- ATATA- ATATAA ATATAG ATATAG ATATAG ATATAG
1 ATATAG ATATAG ATATAG ATATAG ATATAG ATATAG ATATAG ATATAG
* * * *
53422 ATATAG ATATAA ATATAG ATATAT ATATAT ATATAT ATATA
1 ATATAG ATATAG ATATAG ATATAG ATATAG ATATAG ATATA
53463 TATAATATGT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 4, Indels: 4
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
5 13 0.18
6 61 0.82
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (6 bp):
ATATAG
Found at i:53986 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 53969--53994 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
53959 CAACTACATA
53969 TACCAGTCCAAG
1 TACCAGTCCAAG
53981 TACCAGTCCAAG
1 TACCAGTCCAAG
53993 TA
1 TA
53995 GGATACATCT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.31, G:0.15, T:0.19
Consensus pattern (12 bp):
TACCAGTCCAAG
Found at i:54288 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 54270--54300 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
54260 ATTTTTTGGA
*
54270 AAAAAAAATTAGTAT
1 AAAAAAAATTAATAT
54285 AAAAAAAATTAATAT
1 AAAAAAAATTAATAT
54300 A
1 A
54301 TGATGAAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.03, T:0.26
Consensus pattern (15 bp):
AAAAAAAATTAATAT
Found at i:54874 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 54813--54898 Score: 156
Period size: 41 Copynumber: 2.1 Consensus size: 41
54803 TTGGCAAACG
*
54813 TTAA-CAACTTGAAAGTAGAATGTGCTAATCCAAAATCTAA
1 TTAATCAACTTGAAAGTAGAATGTGCTAATCCAAAATCAAA
54853 TTAATCAACTTGAAAGTAGAATGTGCTAATCCAAAATCAAA
1 TTAATCAACTTGAAAGTAGAATGTGCTAATCCAAAATCAAA
54894 TTAAT
1 TTAAT
54899 GATTAATGCA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 1, Indels: 1
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
40 4 0.09
41 40 0.91
ACGTcount: A:0.45, C:0.14, G:0.12, T:0.29
Consensus pattern (41 bp):
TTAATCAACTTGAAAGTAGAATGTGCTAATCCAAAATCAAA
Found at i:58510 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 58483--58517 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
58473 GTTAGGGTGG
*
58483 ATGTTTCTTTACCCATAA
1 ATGTTCCTTTACCCATAA
*
58501 ATGTTCCTTTATCCATA
1 ATGTTCCTTTACCCATA
58518 CTTAACCCAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
ATGTTCCTTTACCCATAA
Found at i:61917 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 61906--61937 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 5.5 Consensus size: 6
61896 TGTATTCTAT
61906 TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTTA-A TTT
1 TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTT
61938 GCTTTGCTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
5 4 0.15
6 22 0.85
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.12, T:0.56
Consensus pattern (6 bp):
TTTAGA
Found at i:65505 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 65481--65520 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
65471 CGTGCATCCA
* *
65481 TCCGCGCCATGCCATGCCATG
1 TCCGCACCAGGCCATGCCATG
*
65502 TCCGCACCAGGCCGTGCCA
1 TCCGCACCAGGCCATGCCA
65521 CAAGCACTCC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.45, G:0.25, T:0.15
Consensus pattern (21 bp):
TCCGCACCAGGCCATGCCATG
Found at i:70794 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 70782--70813 Score: 57
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
70772 ATACTACTCC
70782 AT AT AT A- AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
70814 ATTAAATGTC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 28 0.97
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:73089 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 73081--73108 Score: 56
Period size: 3 Copynumber: 9.3 Consensus size: 3
73071 GTAAATGTAA
73081 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A
73109 GTGAATGTGA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 25 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Done.