Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010722.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10743, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2566
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Found at i:716 original size:203 final size:201
Alignment explanation
Indices: 229--710 Score: 643
Period size: 203 Copynumber: 2.4 Consensus size: 201
219 TATATTATTT
* *
229 AATAGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGTTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
1 AATAGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
* *
294 TATAATAATCA-TATAAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAATTTAGCAGACTGCACGCG
66 TATAATAATCATTATAAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAATTTAGCAAACTGCACACG
* ** ** **
358 CGGGGTTTTTGGGGTTGACATGTGTCCTCTTAGGGTATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAA
131 CAGGGTTTTAAGGGTTGACATGTGTCCTCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAA
423 TTATGA
196 TTATGA
* * * * *
429 AATAGGGTACATATGTGTCAACTTCTTATCCCGCTTATGGAGTTCAGAATTTAC-CTAACAGTGT
1 AATAGGG----TATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGT
* * *
493 ATTGAATAATAATC-TTATAAAAAAGATTATACAATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAAACTGCA
62 ATTGTATAATAATCATTATAAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAATTTAGCAAACTGCA
* *
557 CATGCATGG-TTTAAGGGTTGACATGTGT-CTCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTA
127 CACGCAGGGTTTTAAGGGTTGACATGTGTCCT-CTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTA
620 ATTAATTATGA
191 ATTAATTATGA
* *
631 AAT-GAGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACATTGACATTGTATT
1 AATAG-GGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATT
* *
695 GTATGATAATCCTTAT
65 GTATAATAATCATTAT
711 TATAAAGCTT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 30, Indels: 18
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
198 39 0.16
199 19 0.08
200 11 0.05
201 3 0.01
202 61 0.25
203 73 0.30
204 37 0.15
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (201 bp):
AATAGGGTATGTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
TATAATAATCATTATAAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAATTTAGCAAACTGCACACG
CAGGGTTTTAAGGGTTGACATGTGTCCTCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAA
TTATGA
Done.