Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010745.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10766, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6001
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Found at i:1626 original size:308 final size:306
Alignment explanation
Indices: 1096--1713 Score: 1184
Period size: 306 Copynumber: 2.0 Consensus size: 306
1086 AGGTCACTAA
1096 TTTTGTAATCTAATTAAAATCACTAAAAGTGATCTAGAGGAGATCAAATAGCTATGATTTTATCA
1 TTTTGTAATCTAATTAAAATCACTAAAAGTGATCTAGAGGAGATCAAATAGCTATGATTTTATCA
1161 ATAAATTCAATGACCTTATATCATAGTAATTTTAATAAACTTTCATCAACAGTGATGGTTACCAT
66 ATAAATTCAATGACCTTATATCATAGTAATTTTAATAAACTTTCATCAACAGTGATGGTTACCAT
*
1226 TTTTTTTATCTAAGGTTTAAAAAAAATTGTAATGATGATTAAAAAAGTATAGTACTATCAATTAA
131 TTTTTTTATCTAAGGTTTAAAAAAAATTGTAATGATGATTAAAAAAGTATAGTACTATCAACTAA
1291 TTTAATAACCTTATAATATTCTTAGTAATTTCGTTTATACAGATTTCTTATTTTGTAGTTACTAA
196 TTTAATAACCTTATAATATTCTTAGTAATTTCGTTTAT-CAGATTTCTTATTTTGTAGTTACTAA
*
1356 AATATTTTAGTAAACTTTCATCAATGATGAAGGTTAC-AATTTTTTT
260 AATATTTTAGTAAACTTTCATCAATGATGAAGGTTACTAAATTTTTT
1402 TTTTGTAATCTAATTAAAATCACTAAAAGTGATCTAGAGGAGATCAAATAGCTATGATTTTATCA
1 TTTTGTAATCTAATTAAAATCACTAAAAGTGATCTAGAGGAGATCAAATAGCTATGATTTTATCA
1467 ATAAATTCAATGACCTTATATCATAGTAATTTTAATAAACTTTCATCAACAGTGATGGTTACCAA
66 ATAAATTCAATGACCTTATATCATAGTAATTTTAATAAACTTTCATCAACAGTGATGGTTACC-A
1532 TTTTTTTTTATCTAAGGTTTAAAAAAAATTGTAATGATGATTAAAAAAGTATAGTACTATCAACT
130 -TTTTTTTTATCTAAGGTTTAAAAAAAATTGTAATGATGATTAAAAAAGTATAGTACTATCAACT
1597 AATTTAATAACCTTATAATATTCTTAGTAATTTCGTTTATCAGATTTCTTATTTTGTAGTTACTA
194 AATTTAATAACCTTATAATATTCTTAGTAATTTCGTTTATCAGATTTCTTATTTTGTAGTTACTA
1662 AAATATTTTAGTAAACTTTCATCAATGATGAAGGTTACTAAATTTTTT
259 AAATATTTTAGTAAACTTTCATCAATGATGAAGGTTACTAAATTTTTT
1710 TTTT
1 TTTT
1714 ATCTAAGGTT
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 2, Indels: 4
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
306 128 0.42
307 64 0.21
308 115 0.37
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (306 bp):
TTTTGTAATCTAATTAAAATCACTAAAAGTGATCTAGAGGAGATCAAATAGCTATGATTTTATCA
ATAAATTCAATGACCTTATATCATAGTAATTTTAATAAACTTTCATCAACAGTGATGGTTACCAT
TTTTTTTATCTAAGGTTTAAAAAAAATTGTAATGATGATTAAAAAAGTATAGTACTATCAACTAA
TTTAATAACCTTATAATATTCTTAGTAATTTCGTTTATCAGATTTCTTATTTTGTAGTTACTAAA
ATATTTTAGTAAACTTTCATCAATGATGAAGGTTACTAAATTTTTT
Found at i:2535 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2510--2547 Score: 76
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
2500 TTGTTTGTCG
2510 CAATTGCTTTTAATGTTCTT
1 CAATTGCTTTTAATGTTCTT
2530 CAATTGCTTTTAATGTTC
1 CAATTGCTTTTAATGTTC
2548 GTCGGTGTCA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.16, G:0.11, T:0.53
Consensus pattern (20 bp):
CAATTGCTTTTAATGTTCTT
Done.