Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010802.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10823, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2811
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.12, T:0.34
Found at i:2026 original size:531 final size:530
Alignment explanation
Indices: 1025--2231 Score: 2209
Period size: 531 Copynumber: 2.3 Consensus size: 530
1015 CAAGTTCCTT
1025 TTTAATTGAATTTTTACACAATGTCATAATATACAAATCTATTAGTAGTGTATTCATAGATAGTA
1 TTTAATTGAATTTTTACACAATGTCATAATATACAAATCTATTAGTAGTGTATTCATAGATAGTA
* *
1090 TTACAAATACATTTACCCAATTAAGTCTAGTTACCATTTTGATTTTTTTCCACTCCCCAAACTCT
66 TTACAAATACATTTAGCCAATTAAGTCTAGTTACAATTTTGATTTTTTTCCACTCCCCAAACTCT
*
1155 TTTACATTAAATTCT-ACATCAAATACTAGAGCTAAACACAATAGGGTACCATAAAACCTTTAAT
131 TTTACATTAAATTCTAACATCAAATACTAGAACTAAACACAATAGGGTACCATAAAACCTTTAAT
* * *
1219 TTTATGTGAACTTCAAATTATCTTAGTTTAGGGTAAAATTTTTAGACATGAATTCTATATCTGCC
196 TTTATGGGAACTTCAAATTATCTTAGATTAGGGTAAAATATTTAGACATGAATTCTATATCTGCC
*
1284 ACGGTTTTTGAAACGGTTATCTTAAAAACCGGGGGAAAATTCGTGGCTATTTGGCACGGCCTTTG
261 ACGGTTTTTGAAACGGTTATCTTAAAAACCGGGGGAAAATTCGTGGCTATTTGGCACGGCCTATG
1349 CCACGACTTTTCAATTTGCCATGGGTTTTGCAGCGGGTTTACAAAATCCCGTGGAAAAAGCTGTG
326 CCACGACTTTTCAATTTGCCATGGGTTTTGCAGCGGGTTTACAAAATCCCGTGGAAAAAGCTGTG
*
1414 GCAAATTGAGAAAAGATTGACCTCAAACCCTACACTTATATGAGTTAGTAATTGGCTAATGATCA
391 GCAAATTAAGAAAAGATTGACCTCAAACCCTACACTTATATGAGTTAGTAATTGGCTAATGATCA
1479 CATAATTGCATTTATATCATCTCAAAATTCTATATTGTCCCCAAAAATTGTGTAATTTCTAATTA
456 CATAATTGCATTTATATCATCTCAAAATTCTATATTGTCCCCAAAAATTGTGTAATTTCTAATTA
1544 CTTAAAAAAA
521 CTTAAAAAAA
*
1554 TTTAATTGAATTTTTACACAATGTCATAATATACAAATCCATTAGTAGTGTATTCATAGATAGTA
1 TTTAATTGAATTTTTACACAATGTCATAATATACAAATCTATTAGTAGTGTATTCATAGATAGTA
* * *
1619 TTACAAATACATTTTGCCAATTAAGTCTAGTTACAATTTTGATTTTTTTCCACTCCCCGAACTAT
66 TTACAAATACATTTAGCCAATTAAGTCTAGTTACAATTTTGATTTTTTTCCACTCCCCAAACTCT
1684 TTTACATTAAATTCTAACATCAAATACTAGAACTAAACACAATAGGGTACCATAAAAACCTTTAA
131 TTTACATTAAATTCTAACATCAAATACTAGAACTAAACACAATAGGGTACCAT-AAAACCTTTAA
* * *
1749 TTTTATGGGAATTTCACATTATCTTAGATTAGGGTAAAATATTTAGACATGAATTCTATATTTGC
195 TTTTATGGGAACTTCAAATTATCTTAGATTAGGGTAAAATATTTAGACATGAATTCTATATCTGC
*
1814 CACGGTTTTTGAAACGGTTATCTTAAAAATCGGGGGAAAATTCGTGGCTATTTGGCACGGCCTAT
260 CACGGTTTTTGAAACGGTTATCTTAAAAACCGGGGGAAAATTCGTGGCTATTTGGCACGGCCTAT
* *
1879 GCCACGACTTTTCAATTTGCCATGGGTTTTGTAGCGGGTTTACAGAATCCCGTGGAAAAAGCTGT
325 GCCACGACTTTTCAATTTGCCATGGGTTTTGCAGCGGGTTTACAAAATCCCGTGGAAAAAGCTGT
1944 GGCAAATTAAGAAAAGATTGACCTCAAACCCTACACTTATATGAGTTAGTAATTGGCTAATGATC
390 GGCAAATTAAGAAAAGATTGACCTCAAACCCTACACTTATATGAGTTAGTAATTGGCTAATGATC
2009 ACATAATTGCATTTATATCATCTCAAAATTCTATATTGTCCCCAAAAATTGTGTAATTTCTAATT
455 ACATAATTGCATTTATATCATCTCAAAATTCTATATTGTCCCCAAAAATTGTGTAATTTCTAATT
2074 ACTTAAAAAAA
520 ACTTAAAAAAA
2085 TTTAATTGAATTTTTACACAATGTCATAATATACAAATCTATTAGTAGTGTATTCATAGATAGTA
1 TTTAATTGAATTTTTACACAATGTCATAATATACAAATCTATTAGTAGTGTATTCATAGATAGTA
* *
2150 TTACAAATACATTTAGCCAATTAAATCTTGTTACAATTTTGATTTTTTTCCACTCCCCAAACTCT
66 TTACAAATACATTTAGCCAATTAAGTCTAGTTACAATTTTGATTTTTTTCCACTCCCCAAACTCT
*
2215 TTTACATTAAGTTCTAA
131 TTTACATTAAATTCTAA
2232 AACTCTCACA
Statistics
Matches: 651, Mismatches: 25, Indels: 2
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
529 139 0.21
530 36 0.06
531 476 0.73
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (530 bp):
TTTAATTGAATTTTTACACAATGTCATAATATACAAATCTATTAGTAGTGTATTCATAGATAGTA
TTACAAATACATTTAGCCAATTAAGTCTAGTTACAATTTTGATTTTTTTCCACTCCCCAAACTCT
TTTACATTAAATTCTAACATCAAATACTAGAACTAAACACAATAGGGTACCATAAAACCTTTAAT
TTTATGGGAACTTCAAATTATCTTAGATTAGGGTAAAATATTTAGACATGAATTCTATATCTGCC
ACGGTTTTTGAAACGGTTATCTTAAAAACCGGGGGAAAATTCGTGGCTATTTGGCACGGCCTATG
CCACGACTTTTCAATTTGCCATGGGTTTTGCAGCGGGTTTACAAAATCCCGTGGAAAAAGCTGTG
GCAAATTAAGAAAAGATTGACCTCAAACCCTACACTTATATGAGTTAGTAATTGGCTAATGATCA
CATAATTGCATTTATATCATCTCAAAATTCTATATTGTCCCCAAAAATTGTGTAATTTCTAATTA
CTTAAAAAAA
Done.