Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01001082.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig01082, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 633

Length: 1055
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.34


Found at i:1006 original size:531 final size:533

Alignment explanation


    Indices: 1--1055  Score: 1801
    Period size: 531  Copynumber: 2.0  Consensus size: 533

                                                                 *           
          1 ACAATATAGAATTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCAATTACTAACTCATA
          1 ACAATATAGAATTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCAATCACTAACTCATA

                                           *                     *      * *  
         66 TAACTGTAGGGTTTTGAGGTCAATCATCTCTCAATTTGCCACAGCTCTTGCCATGGGATTGTGTA
         66 TAACTGTAGGGTTTTGAGGTCAATCATCTCTAAATTTGCCACAGCTCTTGCCACGGGATTATATA

                             *                 *  *       *                  
        131 AACCCGCTGCAAAACCCGCGGAAAATTGAAAACGTTGTTGCAAAGGTCATGACAAATAGCAACGA
        131 AACCCGCTGCAAAACCCACGGAAAATTGAAAACGTCGTGGCAAAGGCCATGACAAATAGCAACGA

                    *                                                        
        196 ATTTTCCCTCGGTTTTTAAGATAACCGTTTCAAAAACCGTGGCAAATATAGAATTCATGTCTAAA
        196 ATTTTCCCACGGTTTTTAAGATAACCGTTTCAAAAACCGTGGCAAATATAGAATTCATGTCTAAA

                                    *                                        
        261 AATTTTACCCTAAACAAAGATAATTTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTTATGGTACCCTAT
        261 AATTTTACCCTAAACAAAGATAATGTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTTATGGTACCCTAT

                        *              *                                     
        326 TGTGTTTAGCTCCAGTATTTGATGTTAGAATTTAATGTAAAATAGTTCGGGGAATGGAAAAAAAT
        326 TGTGTTTAGCTCAAGTATTTGATGTTAAAATTTAATGTAAAATAGTTCGGGGAATGGAAAAAAAT

                                                                             
        391 CAAAATTATAACATAATTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTTCTAA
        391 CAAAATTATAACATAATTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTTCTAA

                                                                 *         * 
        456 CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGAATCAATTAAATTTTTTTAAGTAGTTAGAAATTCC
        456 CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGAATCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGAAATTAC

                         
        521 ACAATTTTGGGTG
        521 ACAATTTTGGGTG

                                                                             
        534 ACAATATAGAATTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCAATCACTAACTCATA
          1 ACAATATAGAATTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCAATCACTAACTCATA

               *                     * *                  *  *               
        599 TAAGTGTAGGG-TTTGAGGTCAATCTTTTCTAAATTTGCCACAGCTTTTTCCACGGGATTATATA
         66 TAACTGTAGGGTTTTGAGGTCAATCATCTCTAAATTTGCCACAGCTCTTGCCACGGGATTATATA

                              ** *                          *  *        *    
        663 AACCCGCTGCAAAACCCATTGCAAATTGAAAA-GTCGTGGCAAAGGCCGTGCCAAATAGCCACGA
        131 AACCCGCTGCAAAACCCACGGAAAATTGAAAACGTCGTGGCAAAGGCCATGACAAATAGCAACGA

                                           *                              *  
        727 ATTTTCCCACGGTTTTTAAGATAACCGTTTCCAAAACCGTGGCAAATATAGAATTCATGTCTTAA
        196 ATTTTCCCACGGTTTTTAAGATAACCGTTTCAAAAACCGTGGCAAATATAGAATTCATGTCTAAA

                                  *                                          
        792 AATTTTACCCTAAACAAAGATAGTGTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTTATGGTACCCTAT
        261 AATTTTACCCTAAACAAAGATAATGTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTTATGGTACCCTAT

                                 *                                           
        857 TGTGTTTAGCTCAAGTATTTGTTGTTAAAATTTAATGTAAAATAGTTCGGGGAATGGAAAAAAAT
        326 TGTGTTTAGCTCAAGTATTTGATGTTAAAATTTAATGTAAAATAGTTCGGGGAATGGAAAAAAAT

                        *                                                    
        922 CAAAATTATAA-TTAGATTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTTCTA
        391 CAAAATTATAACATA-ATTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTTCTA

                                                                             
        986 ACACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGAATCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGAAATTA
        455 ACACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGAATCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGAAATTA

                 
       1051 CACAA
        520 CACAA


Statistics
Matches: 490,  Mismatches: 31, Indels: 4
        0.93            0.06        0.01

Matches are distributed among these distances:
 530    2  0.00
 531  341  0.70
 532   73  0.15
 533   74  0.15

ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.34


Consensus pattern (533 bp):   
ACAATATAGAATTTTGAGATGATATAAATGCAATTATGTGATCATTAGCCAATCACTAACTCATA
TAACTGTAGGGTTTTGAGGTCAATCATCTCTAAATTTGCCACAGCTCTTGCCACGGGATTATATA
AACCCGCTGCAAAACCCACGGAAAATTGAAAACGTCGTGGCAAAGGCCATGACAAATAGCAACGA
ATTTTCCCACGGTTTTTAAGATAACCGTTTCAAAAACCGTGGCAAATATAGAATTCATGTCTAAA
AATTTTACCCTAAACAAAGATAATGTGAAGTTCCCATAAAATTAAAGGTTTTTATGGTACCCTAT
TGTGTTTAGCTCAAGTATTTGATGTTAAAATTTAATGTAAAATAGTTCGGGGAATGGAAAAAAAT
CAAAATTATAACATAATTTAATTGGCTAAATGTATTTGTAATACTATCTATGAACACACTTCTAA
CACATTTGTATATTATGACATTGTGTAAAGAATCAATTAAATTTTTTTAAGTAATTAGAAATTAC
ACAATTTTGGGTG
Done.