Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010838.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10859, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7011
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Found at i:1053 original size:333 final size:333
Alignment explanation
Indices: 2--2746 Score: 3885
Period size: 334 Copynumber: 8.3 Consensus size: 333
1 A
* *
2 ATTAACTCGAAATAAGATTCAGATGCTCGT-AAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
* * * *
66 TGATTGGATAAACTTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
66 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
*
131 GCTTCGGAACGCGTTTTTTGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC
131 GCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC
* * * *
196 AAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCATCCATTATTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAATT
196 AAAATCTGACCCGAAAAATTATTTCCTCCATT-TTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATT
*
261 CAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTTCAAAT
260 CAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAAT
*
326 TAATTTCTA
325 TAATTTCTG
* * *
335 ATTAACTCGAAATAAGATTCAGATACTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCT-AAGAT
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAA-AT
* ** * *
399 TTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCCG
65 TTGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* * * * *
464 GGCTCCGGAACGCGTTTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTG
130 GGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTA
* * * *
529 CAAAATCTGACGCC-AAAAATTATGTCCTCGATTTTTGAACACAATACTCATAAAAAATATTTAA
195 CAAAATCTGAC-CCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTG-CCACAATACTCATAAAAAATATATAA
* * **
593 TTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAATATGGGTTTTCCTATTCTTTTATAA
258 TTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAA
658 ATTAATTTCTG
323 ATTAATTTCTG
669 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
*
734 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
66 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
* *
799 GCTTCGGAACACGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTAC
131 GCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC
* *
864 AAAATCTGGCCCGAAAAATTATTCCCTCCATTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATT-
196 AAAATCTGACCCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTC
928 AACCGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAAT
261 AA-CGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAAT
*
993 TAATTTCTA
325 TAATTTCTG
1002 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
1067 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
66 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
*
1132 GCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAACTTTTAC
131 GCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC
** * *
1197 AAAATCTGACTTGAAAGATTATTTCCTCCATTTTTGACCACAATACTCATAAGAAATATATAATT
196 AAAATCTGACCCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTG-CCACAATACTCATAAAAAATATATAATT
* * * * * *
1262 CAATGCAAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGATTAAAATATGGTTATTCATATTGTTTTCCAAAT
260 CAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAAT
1327 TAATTTCTG
325 TAATTTCTG
** * * * * *
1336 ATCCAATCAAAACAATATTCTGATGCTCGTAAAATCATATCCTTAAAT-C-------C----A--
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
*
1387 --A-T-G-------TAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGTG
66 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
**
1441 GC-TCTGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAACTAAAATTTTA
131 GCTTC-GGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTA
* ** * * *
1505 CAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTGGCCTTAATA-TTATAAAAAATTTATAAC
195 CAAAATCTGACCCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTT-GCCACAATACTCATAAAAAATATATAAT
* * *
1569 TCAATGCCAAAACTATTTAAGGACTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATT-TCTTTCCAA
259 TCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCT-TTTCCAA
1633 ATTAATTTCTG
323 ATTAATTTCTG
* * * * *
1644 ATAAAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAGAACATATCCTTAAAACCAATGTGGCT-AATAT
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAA-AT
** * * *
1708 TTGATTCA-ATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACCGAGCCC
65 TTGATT-AGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
* * * *
1772 GGGCTCCGGAACGCGATTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
129 GGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
* * * * * *
1837 GCAAAATCTGACCTC-AAAAATTATTTCCTCGATTTTTGGCCACAGTACTCTTTAAAAATTTATA
194 ACAAAATCTGACC-CGAAAAATTATTTCCTCCATTTTT-GCCACAATACTCATAAAAAATATATA
* *
1901 ATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCGTATTCTTTTCCA
257 ATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCA
1966 AATTAATTTCTG
322 AATTAATTTCTG
* **
1978 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGTTCAAAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
* *
2043 TGATTAGATAAAGACAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
66 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
* * * *
2108 GCTTCGGAACACGTTTTTAACCAGAAACCGTGATGCTTAGTACACGATTTCTGCTAAAATTTTAC
131 GCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC
* * *
2173 AAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTCCATTATTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAATT
196 AAAATCTGACCCGAAAAATTATTTCCTCCATT-TTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATT
*
2238 CAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCGTATTCTTTTCCAAAT
260 CAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAAT
2303 TAATTTCTG
325 TAATTTCTG
* * *
2312 A-TAAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCT-AAGAA
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAA-AT
* ** * *
2375 TTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCCG
65 TTGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* * * * *
2440 GGCTCCGGAACGCGATTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
130 GGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTA
* * * * *
2505 CAAAATCTGACCTC-AAAAATTATTTCCTCGATTTTTGGCCACAGTACTCTTTAAAAATTTATAA
195 CAAAATCTGACC-CGAAAAATTATTTCCTCCATTTTT-GCCACAATACTCATAAAAAATATATAA
* *
2569 TTCAACGCCAAAAATATTTAAGGACTTTTCATGCTCAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAA
258 TTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAA
*
2634 ATTAATTTCTT
323 ATTAATTTCTG
* *
2645 A-TATAATCGAAATAAGATTCAGATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
1 ATTA-AATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAAT
* *
2709 TTGATTGGATAACCATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGC
65 TTGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGC
2747 GTGATGGTTA
Statistics
Matches: 2154, Mismatches: 207, Indels: 101
0.87 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
307 1 0.00
308 121 0.06
309 147 0.07
310 1 0.00
316 2 0.00
317 1 0.00
318 1 0.00
320 1 0.00
322 1 0.00
324 1 0.00
325 1 0.00
326 1 0.00
332 6 0.00
333 787 0.37
334 1070 0.50
335 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (333 bp):
ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
GCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC
AAAATCTGACCCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTC
AACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATT
AATTTCTG
Found at i:1281 original size:667 final size:668
Alignment explanation
Indices: 2--2746 Score: 4175
Period size: 667 Copynumber: 4.2 Consensus size: 668
1 A
* *
2 ATTAACTCGAAATAAGATTCAGATGCTCGT-AAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
* * * *
66 TGATTGGATAAACTTAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
66 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
* * *
131 GCTTCGGAACGCGTTTTTTGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC
131 GCTTCGGAACACGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTAC
*
196 AAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCATCCATTATTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAATT
196 AAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTCCATTATTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAATT
*
261 CAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTTCAAAT
261 CAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAAT
* * *
326 TAATTTCTAATTAACTCGAAATAAGATTCAGATACTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTG
326 TAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTG
*
391 GCTAAGATTTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
391 GCTAAGATTTGATTAGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
* *
456 TGAGCCCGGGCTCCGGAACGCGTTTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTA
456 TGAGCCCGGGCTCCGGAACGCGATTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
* *
521 AAATTTTGCAAAATCTGACGC-CAAAAATTATGTCCTCGATTTTTGAACACAATACTC-ATAAAA
521 AAATTTTGCAAAATCTGAC-CTCAAAAATTATTTCCTCGATTTTTGACCACAATACTCTAT-AAA
*
584 AATATTTAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAATATGGGTTTTCCTATT
584 AATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAATATGGGTTTTCCTATT
**
649 CTTTTATAAATTAATTTCTG
649 CTTTTCCAAATTAATTTCTG
669 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
*
734 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGACACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
66 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
799 GCTTCGGAACACGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTAC
131 GCTTCGGAACACGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTAC
* * *
864 AAAATCTGGCCCGAAAAATTATTCCCTCCATT-TTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATT
196 AAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTCCATTATTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAATT
928 -AACCGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAA
261 CAA-CGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAA
* *
992 TTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGT
325 TTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGT
** *
1057 GGCTGAA-ATTTGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAA
390 GGCT-AAGATTTGATTAGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * *
1121 ACTGAGCCGGGGCTTCGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
454 ACTGAGCCCGGGCTCCGGAACGCGATTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
* * * * * *
1186 TAAACTTTTACAAAATCTGACTTGAAAGATTATTTCCTCCATTTTTGACCACAATACTC-ATAAG
519 TAAAATTTTGCAAAATCTGACCTCAAAAATTATTTCCTCGATTTTTGACCACAATACTCTATAA-
* * * * *
1250 AAATATATAATTCAATGCAAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGATTAAAATAT-GGTTATTCATA
583 AAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAATATGGGTT-TTCCTA
*
1314 TTGTTTTCCAAATTAATTTCTG
647 TTCTTTTCCAAATTAATTTCTG
** * * * * *
1336 ATCCAATCAAAACAATATTCTGATGCTCGTAAAATCATATCCTTAAAT-C-------C----A--
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
*
1387 --A-T-G-------TAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGTG
66 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
* *
1441 GC-TCTGGAACGCGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAACTAAAATTTTA
131 GCTTC-GGAACACGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTA
* ** * * * *
1505 CAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTCCATTTTTGGCCTTAATA-TTATAAAAAATTTATAAC
195 CAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTCCATTATTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAAT
* * *
1569 TCAATGCCAAAACTATTTAAGGACTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATT-TCTTTCCAA
260 TCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCT-TTTCCAA
* * * *
1633 ATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAGAACATATCCTTAAAACCAATG
324 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATG
*
1698 TGGCTAATATTTGATTCA-ATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
389 TGGCTAAGATTTGATT-AGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAA
*
1762 AACCGAGCCCGGGCTCCGGAACGCGATTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
453 AACTGAGCCCGGGCTCCGGAACGCGATTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* * *
1827 CTAAAATTTTGCAAAATCTGACCTCAAAAATTATTTCCTCGATTTTTGGCCACAGTACTCTTTAA
518 CTAAAATTTTGCAAAATCTGACCTCAAAAATTATTTCCTCGATTTTTGACCACAATACTCTATAA
* * *
1892 AAATTTATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCGTAT
583 AAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAATATGGGTTTTCCTAT
1957 TCTTTTCCAAATTAATTTCTG
648 TCTTTTCCAAATTAATTTCTG
* **
1978 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGTTCAAAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
1 ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
* *
2043 TGATTAGATAAAGACAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
66 TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
* *
2108 GCTTCGGAACACGTTTTTAACCAGAAACCGTGATGCTTAGTACACGATTTCTG-CTAAAATTTTA
131 GCTTCGGAACACGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GACTAAAATTTTA
2172 CAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTCCATTATTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAAT
195 CAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTCCATTATTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAAT
*
2237 TCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCGTATTCTTTTCCAAA
260 TCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAA
*
2302 TTAATTTCTGA-TAAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGT
325 TTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGT
* *
2366 GGCTAAGAATTGATTCGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
390 GGCTAAGATTTGATTAGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
2431 CTGAGCCCGGGCTCCGGAACGCGATTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
455 CTGAGCCCGGGCTCCGGAACGCGATTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
* * *
2496 AAAATTTTGCAAAATCTGACCTCAAAAATTATTTCCTCGATTTTTGGCCACAGTACTCTTTAAAA
520 AAAATTTTGCAAAATCTGACCTCAAAAATTATTTCCTCGATTTTTGACCACAATACTCTATAAAA
* * * * *
2561 ATTTATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGACTTTTCATGCTCAAAATATGGTTTTTCCTATTC
585 ATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAATATGGGTTTTCCTATTC
*
2626 TTTTCCAAATTAATTTCTT
650 TTTTCCAAATTAATTTCTG
* *
2645 A-TATAATCGAAATAAGATTCAGATGCACGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
1 ATTA-AATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAAT
* *
2709 TTGATTGGATAACCATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGC
65 TTGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGC
2747 GTGATGGTTA
Statistics
Matches: 1888, Mismatches: 145, Indels: 90
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
641 5 0.00
642 549 0.29
643 19 0.01
649 1 0.00
650 2 0.00
651 1 0.00
654 1 0.00
655 1 0.00
658 1 0.00
659 2 0.00
660 1 0.00
666 11 0.01
667 1019 0.54
668 274 0.15
669 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (668 bp):
ATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATT
TGATTAGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
GCTTCGGAACACGTTTTTAGCCAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTAC
AAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTCCATTATTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAATT
CAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAAT
TAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTG
GCTAAGATTTGATTAGATAATTATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
TGAGCCCGGGCTCCGGAACGCGATTTCAGCTAGAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
AAATTTTGCAAAATCTGACCTCAAAAATTATTTCCTCGATTTTTGACCACAATACTCTATAAAAA
TATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTCTTCATGCTTAAAATATGGGTTTTCCTATTCT
TTTCCAAATTAATTTCTG
Found at i:3653 original size:335 final size:334
Alignment explanation
Indices: 2746--3703 Score: 1558
Period size: 334 Copynumber: 2.9 Consensus size: 334
2736 GGAGTCTCGG
* * *
2746 CGTGATGGTTAATACATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAATCTGGCTCGAAAAATTATTTCCTC
1 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTC
* *
2811 CATTTTTGACCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTC
66 CATTATTGACCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTC
*
2876 ATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTACTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATT
131 ATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATT
* * *
2941 TAGATGCTCGTAAAAACATATCATTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTGATTAGATAAACATAGAT
196 CAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAACATAGAT
* * ** *
3006 ATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCTTCGGAAGGCGTTTTTA
261 ATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGAGCACCGGAACGCGTTTTTA
3071 ACCAGAAAC
326 ACCAGAAAC
3080 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTC
1 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTC
* *
3145 CATTATTGGCCACAAAACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTC
66 CATTATTGACCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTC
*
3210 ATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATAAAATCGAAATAAGATT
131 ATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATT
* ** *
3275 CAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATAATTATAGAC
196 CAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAACATAGAT
* * *
3340 ATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAACTCATGCAAAACTAAGCCGTAGCACCTGAACGCGTTTTTA
261 ATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGAGCACCGGAACGCGTTTTTA
* *
3405 GCCAGAAAT
326 ACCAGAAAC
* * *
3414 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAAATCTGGCCCGAAATATTATTCCCTC
1 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTC
* **
3479 CATTGTTCTCCACAATACTCATAAAAAAGTATATAATT-AACCGCCAAAAATATTTAAGGGCTTT
66 CATTATTGACCACAATACTCATAAAAAA-TATATAATTCAA-CGCCAAAAATATTTAAGGGCTTT
* *
3543 TCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATTGAAATAAGA
129 TCATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGA
* *
3608 TTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTGGATAAACATAG
194 TTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAACATAG
*
3673 ATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCA
259 ATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCA
3704 AGAATCATTG
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 43, Indels: 3
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
334 396 0.68
335 183 0.32
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (334 bp):
CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAATCTGGCCCGAAAAATTATTTCCTC
CATTATTGACCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTTAAGGGCTTTTC
ATGCTTAAAATATGGTTTTTCCTATTCTTTTCCAAATTAATTTCTGATAAAATCGAAATAAGATT
CAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAACATAGAT
ATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGAGCACCGGAACGCGTTTTTA
ACCAGAAAC
Done.