Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010862.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10883, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1--1300 Score: 1603
Period size: 326 Copynumber: 4.0 Consensus size: 319
* * * ** *
1 GCGTTTTAAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGATTAAAAA-TTGACCCCTAAAAT
1 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAACTT-A-CCCGAAAAT
* * * * * *
65 TTTTTTCTCATTTTTTTACCATAATACTCAGAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAGGA-TGA
64 TTTTTTCCCAATTTTTTGCAACAATACTCAG--AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA
* *
129 CTGGATTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
127 CGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCA--TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* *
194 AATATGATTTAGATGCT-TTAAACACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGATTTCAAT
190 AATATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGA-TTCAAT
* * *
258 GTATATAGACATTTCGAGGAGTCTTTGTC-CCAAAAATCATGCGAAATTGAGCCGGGGCTCCGGA
254 GTATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT-TCGCCAAAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGA
322 AC
318 AC
* * * *
324 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAATGTACACAATTTCAGCTAAAAACTTACCTGAAATT
1 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTT-A-GTACACAATTTCGGCTAAAAACTTACCCGAAAAT
* * *
389 TTTTTTCCCAATTTTTTGCCAA-AATACTCAGAAAAGTATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAT
64 TTTTTTCCCAATTTTTTG-CAACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAC
* * *
453 AGGCTTTTCACGCTTCTGATATCATTTTTCCATTTTTCTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAT
128 GGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTC-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
518 TATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGATTCAATGTA
192 TATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGATTCAATGTA
* * * * *
583 TATATG-TATTTCAAGGAGTCCTTCCGCCAAAAATCATGTGAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAAT
257 TATA-GATATTTCAAGGAGTCTTTTCGCCAAAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAAC
* * *
646 GCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAA-TTGACCCGAAATTT
1 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAACTT-ACCCGAAA---
* * * * * * * *
710 TTTTTTTTCTCAGTTTTTCTACTACAATACTCAGAAAAAAAATATAACTCAATGCCAAAAAGATT
62 ATTTTTTTCCCAATTTTT-TGCAACAATACTCAG-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
* * * * * * *
775 GACAGACTTTTCACGCTTCTGATTATTATTTTTTCATTTTTTCCGAATTATTTTCTAATTAAATT
125 GACGGGCTTTTCACGCTTCT-AATATCATTTTTCCA-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* *
840 GAATTATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTAACATTTGATTCAA
188 GAAATATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGATTCAA
* * * * *
905 TGTATATATATATTTCTAGGAGCCTTTCCGCCAAAAATCATGTGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGA
253 TGTATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTCGCCAAAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGA
*
970 AT
318 AC
* *
972 GCGTTTTTCGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTCACAATTTCGGCTAAAAACTTACCCGAAAATTT
1 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAACTTACCCGAAAATTT
* * * * *
1037 TGTTCACAATTTTTTCGCAACAA-ACCTCAGGAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAATGGCG
66 TTTTCCCAATTTTTT-GCAACAATA-CTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACG
* *
1101 CGCTTTTAACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATA
129 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATA
* * *
1166 AGATTTAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGGCATTTTG-TTCAATGTAT
194 TGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACA-TTTGATTCAATGTAT
** * * * *
1230 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTAAGT-AGGGCTTTCGGAAC
258 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTCGCCAAAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGC-TCCGGAAC
1292 GCGTTTTTA
1 GCGTTTTTA
1301 CACGATTTCG
Statistics
Matches: 850, Mismatches: 103, Indels: 51
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
319 6 0.01
320 165 0.19
321 24 0.03
322 194 0.23
323 138 0.16
324 41 0.05
325 63 0.07
326 211 0.25
327 8 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (319 bp):
GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAACTTACCCGAAAATTT
TTTTCCCAATTTTTTGCAACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGG
CTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATG
ATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGATTCAATGTATATA
GATATTTCAAGGAGTCTTTTCGCCAAAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAAC
Found at i:2126 original size:319 final size:317
Alignment explanation
Indices: 1299--4668 Score: 3850
Period size: 319 Copynumber: 10.6 Consensus size: 317
1289 AACGCGTTTT
* * * * * *
1299 TACACGATTTCGACAAAAAACTGACCTGAAAATTTTTTTACCAATTTTTTGCCACAATACT-AAA
1 TACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCG-AAATTTTTTTCCCAA-TTTTTGCCACAATACTCAGA
* *
1363 AAAAATA-ATAATTCAACTCCAAAAAGATTGACTGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTT
64 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTC--
** * *
1427 TTTTTTTTTCCGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCT-GTAAAAACAAATC
127 --CATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATA
* *
1491 CTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTTCAATGTATATAGACATTTCGAGGAGTTTTTGTC-C
190 CTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGG-TTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAG-TCTTGTCGC
* * * * * *
1555 CAAAAATCATGCGAAATTGAGCCGGGGCTACGGAACACGTTTTTAGCTAAAAATCGTGATGATTA
253 CAAAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACT-GTGATGGTTA
1620 G
317 G
* * *
1621 TACACAATTTCGGCTAAAAACTT-ACCCGGAATTTTTTTTCCCAATTTTTTGCTACAATACTCAG
1 TACACGATTTCGGCTAAAAA-TTGACCC-GAAATTTTTTTCCCAA-TTTTTGCCACAATACTCAG
* * *
1685 -AAAAATATATAATTCAACGCCAACAGGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA-TTTTCA
63 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* *
1748 ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAACTCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACAT
128 ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACTT
* * * * **
1813 ATATCGAATGTGGCTGACATTTGATTCAATGTATATATATATTTCAAGGAGTCTTCCCGCCAAAA
193 ATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTCTTGTCGCCAAAA
* * * **
1878 ATCATGTGAAATTGAGTCGGGGCTCTGGAATGCGTTTTTAGCC-AAACTGTGATGGTTTC
258 ATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACTGTGATGGTTAG
* * * **
1937 TACACGATTTCGACTAAAAATTGACCCGAAATTTTTTATCTCAGTTTTTAAACACAATACTCAGG
1 TACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAATTTTTT-TCCCAATTTTT-GCCACAATACTCA-G
* * * * * * *
2002 AAAAAAAATATAACTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGCTTTTCATGCTCCTGATATCATTTTTCC
63 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* * *
2067 ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATGATTTAGATACTCGTAAAAACAAAT-CAT
128 ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATAC-T
* * * *
2131 TATATCCAATGTGGCTAACATTTGATTCAATGTATATATATATATATATATATATATTTCAAGGA
192 TATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATG--------------TATATAGACATTTCAAGGA
* * * ** *
2196 GTCTT-TCCGCCATAAATCATGTGAAATCGAGTCGGGGCTCTAGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAC
243 GTCTTGT-CGCCAAAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAC
* *
2260 CGTGATGGTTAA
306 TGTGATGGTTAG
* *
2272 TACACAATTTCGGCTAAAAACTT-ACCCGAAAATTTTTTTCCCAATTTTTTGCAACAATACTCAG
1 TACACGATTTCGGCTAAAAA-TTGACCCG-AAATTTTTTTCCCAA-TTTTTGCCACAATACTCAG
* * *
2336 -AAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTGACGGGTTTTTCACGCTTCT-A-AT-A----T-G
63 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* *
2392 ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAATAATTTAAATGCTCGTAAAAACAAATACTT
128 ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACTT
* * * * **
2457 ATATCGAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGATATTTCAAGTATTCTT-TGCGTAAAA
193 ATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTCTTGT-CGCCAAA
* * *
2521 AATCATGCGAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAATTCGTGATGGTTAG
257 AATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACT-GTGATGGTTAG
* * *
2583 TACACGATTTTCGGCTAAAATTTGACCCGAAATATTTTTTCTCAATCTTTTGCCACAATACTAAG
1 TACACGA-TTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAT-TTTTTTCCCAAT-TTTTGCCACAATACTCAG
* *
2648 AAAAAAAATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
63 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* * *
2713 TTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTTAGATGCT-GTAAAAACAAATC
128 ---ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATA
* * *
2777 CTTCTATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTTCAATATATATAGACATTTCGAGGAGTCTTTGTC-C
190 CTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGG-TTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTC-TTGTCGC
* * * * *
2841 CAAAAATCATGCGAAATTGAGCCGGGGCTCTGGAACGCCTTTTTAGGCAAAAACTGTAATGGTTA
253 CAAAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTA-GCCAAAACTGTGATGGTTA
2906 G
317 G
* * *
2907 TACACAATTTCGGCTAAAAATTTACCCGAAAATTTTTTTCCCCAATTTTTTGCAACAATACTCAG
1 TACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCG-AAATTTTTTT-CCCAA-TTTTTGCCACAATACTCAG
* *
2972 -AAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATGA-TTTT-C
63 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* *
3034 ------CCGAA-TAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAAATGCTCGTAAAAACAATTACTT
128 ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACTT
* * * *
3092 ATATCGAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGATATTTCAAGTATTCTT-TGCGCCAAA
193 ATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTCTTGT-CGCCAAA
*
3156 AATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAAAGCGTTTTTAGCCAAAACTCGTGATGGTTAG
257 AATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACT-GTGATGGTTAG
* * *
3218 TACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCATAATTCTCAGA
1 TACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCG-AAATTTTTTTCCCAA-TTTTTGCCACAATACTCAGA
* ** * *
3283 AAAAA-AAATAATTCAATTCCAAAAAGATTGACGGGCATTACACGCTTCTAATATCATTTTTCCT
64 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC-
* * * * *
3347 TTTTTTTCCCAATTAATTTCTCATTAAATCGAAATATGATTTAGATGCT-GTAAAAACAAATCCT
128 -ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACT
* * * *
3411 TATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATATACATTTTAAGGAGTCTTTGTC-CAAA
192 TATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTC-TTGTCGCCAA
* * * *
3475 AAATCATGCGAAATTGAG-CTGGGGCTCCGGAATGCGTTTTTTGTGTCAAAAACCGTGATGGTTA
256 AAATCATGCGAAATTGAGTC-GGGGCTCCGGAACGCG-TTTTT-AG-CCAAAACTGTGATGGTTA
3539 G
317 G
* *
3540 TACACGATTTCGGCTCAAAACA-T-ACCCGAAATTTTTTTCCCAATTTTTTACCACAATACTTAG
1 TACACGATTTCGGCT-AAAA-ATTGACCCGAAATTTTTTTCCCAA-TTTTTGCCACAATACTCAG
* * * *
3603 AAAAAATATATAATTCAACTCC-AAAAGATTGACGAGCTTTTCACGCTTCTGATATCAATTTTCC
63 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* *
3667 ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTTAGATGCT-GTAAAAACAAATTCTT
128 ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACTT
* *
3731 ATATCCAATATGGCTGACATTTGTTTCAATGTATATAGACATTTCGAA-GAGTCTTTGTC-CCAA
193 ATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTC-AAGGAGTC-TTGTCGCCAA
* * * * *
3794 AAATCATGCGAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTTATAGTTAG
256 AAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAACTGTGATGGTTAG
* ** ** * *
3857 TACACAATTTCGGCTAAAAACAGTTCCGAAATTTTTTTTCCCAATTTTTTGACACAATACTTAG-
1 TACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAA-TTTTTTTCCCAA-TTTTTGCCACAATACTCAGA
* * *
3921 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCATCTAATATTATTTTTCCA
64 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCA
* * *
3986 TTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTACATGCTCGTAAAAACAAATAATT
129 -TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACTT
* * * * *
4051 ATATCGAATGTGGCTGACATTTGATTCAATGTATATAGATATTTCAAGTATTCTT-TGCGCCAAA
193 ATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTCTTGT-CGCCAAA
* * * * *
4115 AATTATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCTAAAATTCGTAATGGTTAG
257 AATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACT-GTGATGGTTAG
*
4177 TACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGA
1 TACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAA-TTTTTTTCCCAA-TTTTTGCCACAATACTCAG-
* * *
4242 AAAAAATATAGAATTCAACGCCAAAAAGATTGACAGGCTTTTCACGTTTCTAATATCA-TTTTCC
63 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* * *
4306 ATTTTTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGTAATATGATTTAGATGCT-GTAAAAACAAAT-C
128 A--TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATAC
* **
4369 GTTATATCCAATGTGGCTGATATTTGGTT--ATGTATATAGACATTTGGAGGAGTCTTTGTC-CC
191 -TTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTC-TTGTCGCC
* * * * *
4431 AAAAATCATGTGAAATTGAGTCGGTGCTCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTTAG
254 AAAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAACTGTGATGGTTAG
4496 TACA-GAATTTCGGCTAAAAACTT-ACCCGAAA-----TT-----TTTTT-CC-CAATACTCAG-
1 TACACG-ATTTCGGCTAAAAA-TTGACCCGAAATTTTTTTCCCAATTTTTGCCACAATACTCAGA
* *
4546 AAAAGTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCAA
64 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCA
*
4611 TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACA
129 -TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACA
Statistics
Matches: 2636, Mismatches: 305, Indels: 232
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
303 97 0.04
304 15 0.01
305 10 0.00
306 2 0.00
307 5 0.00
309 1 0.00
310 81 0.03
311 241 0.09
312 85 0.03
313 48 0.02
314 1 0.00
315 19 0.01
316 50 0.02
317 64 0.02
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320 280 0.11
321 160 0.06
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330 1 0.00
331 2 0.00
332 1 0.00
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335 50 0.02
336 16 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (317 bp):
TACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAATTTTTTTCCCAATTTTTGCCACAATACTCAGAAA
AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCATT
TTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACTTATA
TCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTCTTGTCGCCAAAAATC
ATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACTGTGATGGTTAG
Found at i:2170 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2163--2187 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
2153 TGATTCAATG
2163 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
2188 TTCAAGGAGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:3895 original size:639 final size:636
Alignment explanation
Indices: 1299--4668 Score: 4111
Period size: 639 Copynumber: 5.3 Consensus size: 636
1289 AACGCGTTTT
* * * * * *
1299 TACACGATTTCGACAAAAAACTGACCTGAAAATTTTTTTAC-CAATTTTTTGCCACAATACT-A-
1 TACACAATTTCGGCTAAAAATTGACCCG-AAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG
* *
1361 AAAAAAATAATAATTCAACTCCAAAAAGATTGACTGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCT
65 AAAAAAA-AATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTC-
* *
1426 TTTTTTTTTTCCGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCT-GTAAAAACAAAT
128 -CTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAAT
* *
1490 CCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTTCAATGTATATAGACATTTCGAGGAGTTTTTGTCC
192 CCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGG-TTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTGTCC
* * * * * *
1555 CAAAAATCATGCGAAATTGAGCCGGGGCTACGGAACACGTTTTTAGCT-AAAAATCGTGATGATT
256 CAAAAATCATGCGAAATTGAGCTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGGTCAAAAACCGTGATGGTT
* *
1619 AGTACACAATTTCGGCTAAAAACTTACCCGGAATTTTTTTTCCCAATTTTTTGCTACAATACTCA
321 AGTACACAATTTCGGCTAAAAACTTACCC-GAAATTTTTTTCCCAATTTTTTGCAACAATACTCA
* *
1684 GAAAAATATATAATTCAACGCCAACAGGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTCAA
385 GAAAAATATATAATTCAACGCCAA-AAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCT-ATATCATTTTCCA
* * *
1749 TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAACTCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACATA
448 TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTA
* * **
1814 TATCGAATGTGGCTGACATTTGATTCAATGTATATATATATTTCAAGGAGTCTTCCCGCCAAAAA
513 TATCGAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGATATTTCAA-GAGTCTTTGCGCCAAAAA
* * * * **
1879 TCATGTGAAATTGAGTCGGGGCTCTGGAATGCGTTTTTAGCC--AAACTGTGATGGTTTC
577 TCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
* * * * ***
1937 TACACGATTTCGACTAAAAATTGACCCGAAATTTTTTATCTCAGTTTTTAAACACAATACTCAGG
1 TACACAATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-G
* * * * * *
2002 AAAAAAAATATAACTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGCTTTTCATGCTCCTGATATCATTTTTCC
65 AAAAAAAA-ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
* * * * *
2067 --ATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAATTATGATTTAGATACTCGTAAAAACAAATCA
129 TTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
* * * *
2130 TTATATCCAATGTGGCTAACATTTGATTCAATGTATATATATATATATATATATATATTTCAAGG
194 TTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATG--------------TATATAGACATTTCAAGG
* * * * ** * *
2195 AGTCTTT-CCGCCATAAATCATGTGAAATCGAG-TCGGGGCTCTAGAATGCGTTTTTA-GCCAAA
245 AGTCTTTGTC-CCAAAAATCATGCGAAATTGAGCT-GGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGGTCAAA
*
2257 AACCGTGATGGTTAATACACAATTTCGGCTAAAAACTTACCCGAAAATTTTTTTCCCAATTTTTT
308 AACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAACTTACCCG-AAATTTTTTTCCCAATTTTTT
* *
2322 GCAACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTGACGGGTTTTTCACGCTTCTA
372 GCAACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACG-CCAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTA
* * *
2387 -AT-A---T-GATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAATAATTTAAATGCTCGTAAA
436 TATCATTTTCCATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAA
* *
2446 AACAAATACTTATATCGAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGATATTTCAAGTATTCT
501 AACAAATTCTTATATCGAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGATATTTCAAG-AGTCT
** * * **
2511 TTGCGTAAAAAATCATGCGAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACACGTTTTTAGCCAAAATTCGTGA
565 TTGCGCCAAAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA
2576 TGGTTAG
630 TGGTTAG
* * * * *
2583 TACACGATTTTCGGCTAAAATTTGACCCGAAATATTTTTTCTCAATCTTTTGCCACAATACTAAG
1 TACAC-AATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG
*
2648 AAAAAAAATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
65 AAAAAAAA-ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCC
*
2713 TTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTTAGATGCT-GTAAAAACAAATC
129 -TTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATC
* * *
2777 CTTCTATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTTCAATATATATAGACATTTCGAGGAGTCTTTGTCCC
193 CTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGG-TTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTGTCCC
* * * * *
2842 AAAAATCATGCGAAATTGAGCCGGGGCTCTGGAACGCCTTTTTAGG-CAAAAACTGTAATGGTTA
257 AAAAATCATGCGAAATTGAGCTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGGTCAAAAACCGTGATGGTTA
*
2906 GTACACAATTTCGGCTAAAAATTTACCCGAAAATTTTTTTCCCCAATTTTTTGCAACAATACTCA
322 GTACACAATTTCGGCTAAAAACTTACCCG-AAATTTTTTT-CCCAATTTTTTGCAACAATACTCA
* *
2971 GAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTA-AT-A---T-GAT
385 GAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTATATCATTTTCCAT
* *
3030 TTTCCCGAA-TAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAAATGCTCGTAAAAAC-AATTACTTA
449 TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATT-CTTA
*
3093 TATCGAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGATATTTCAAGTATTCTTTGCGCCAAAAA
513 TATCGAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGATATTTCAAG-AGTCTTTGCGCCAAAAA
*
3158 TCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAAAGCGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGATGGTTAG
577 TCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTAG
* * * *
3218 TACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCATAATTCTCAGA
1 TACACAATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGA
** * *
3283 AAAAAAAATAATTCAATTCCAAAAAGATTGACGGGCATTACACGCTTCTAATATCATTTTTCCTT
66 AAAAAAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTT
* * *
3348 TTTTTTCCCAATTAATTTCTCATTAAATCGAAATATGATTTAGATGCT-GTAAAAACAAATCCTT
131 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * *
3412 ATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATATACATTTTAAGGAGTCTTTGTCCAAAAA
196 ATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTGTCCCAAAA
* *
3477 ATCATGCGAAATTGAGCTGGGGCTCCGGAATGCGTTTTTTGTGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
261 ATCATGCGAAATTGAGCTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAG-GTCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
* * * * * *
3542 CACGATTTCGGCTCAAAACATACCCGAAATTTTTTTCCCAATTTTTTACCACAATACTTAGAAAA
325 CACAATTTCGGCTAAAAACTTACCCGAAATTTTTTTCCCAATTTTTTGCAACAATACTCAG-AAA
* *
3607 AATATATAATTCAACTCCAAAAGATTGACGAGCTTTTCACGCTTCTGATATCAATTTTCCATTTT
389 AATATATAATTCAACGCCAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCT-ATATC-ATTTTCCATTTT
*
3672 TCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATGATTTAGATGCT-GTAAAAACAAATTCTTATATC
452 TCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTATATC
* * * *
3736 CAATATGGCTGACATTTGTTTCAATGTATATAGACATTTCGAAGAGTCTTTGTC-CCAAAAATCA
517 GAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGATATTTC-AAGAGTCTTTG-CGCCAAAAATCA
* * * *
3800 TGCGAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCGTTATAGTTAG
580 TGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
** ** * * *
3857 TACACAATTTCGGCTAAAAACAGTTCCGAAATTTTTTTTCCCAATTTTTTGACACAATACTTAGA
1 TACACAATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGA
* * * * * *
3922 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCATCTAATATTATTTTTCCAT
66 AAAAAAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTT
* **
3987 TTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTACATGCTCGTAAAAACAAATAATT
131 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * * *
4051 ATATCGAATGTGGCTGACATTTGATTCAATGTATATAGATATTTCAAGTATTCTTTG-CGCCAAA
196 ATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTGTC-CCAAA
* * * ** *
4115 AATTATGCGAAATTGAG-TCGGGGCTCCGGAACGTGTTTTTAGCT-AAAATTCGTAATGGTTAGT
260 AATCATGCGAAATTGAGCT-GGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGGTCAAAAACCGTGATGGTTAGT
* * *
4178 ACACGATTTCGGCTAAAAA-TTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGA
324 ACACAATTTCGGCTAAAAACTT-ACCCGAAA-TTTTTTTCCCAATTTTTTGCAACAATACTCAG-
* * *
4242 AAAAAATATAGAATTCAACGCCAAAAAGATTGACAGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTTCCA
386 -AAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCT-ATATCATTTTCCA
* * *
4307 TTTTTTTCCGAATTAATTTCTGATTAAATCGTAATATGATTTAGATGCT-GTAAAAACAAA-TCG
448 --TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATTC-
* * * * *
4370 TTATATCCAATGTGGCTGATATTTGGTT--ATGTATATAGACATTTGGAGGAGTCTTTGTC-CCA
510 TTATATCGAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGATATTT-CAAGAGTCTTTG-CGCCA
* * * *
4432 AAAATCATGTGAAATTGAGTCGGTGCTCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTTTAG
573 AAAATCATGCGAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
*
4496 TACAGAATTTCGGCTAAAAACTT-ACCCGAAA---------T---TTTTTT-CC-CAATACTCAG
1 TACACAATTTCGGCTAAAAA-TTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG
** * *
4546 AAAAGTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTT-CA
65 AAAAAAAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCT
* *
4610 ATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACA
130 TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACA
Statistics
Matches: 2400, Mismatches: 263, Indels: 151
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
624 8 0.00
625 116 0.05
626 1 0.00
627 6 0.00
631 121 0.05
632 117 0.05
633 96 0.04
634 64 0.03
635 283 0.12
636 89 0.04
637 102 0.04
638 148 0.06
639 484 0.20
640 80 0.03
641 136 0.06
643 1 0.00
644 155 0.06
645 1 0.00
646 75 0.03
647 46 0.02
648 37 0.02
649 53 0.02
650 3 0.00
651 175 0.07
652 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (636 bp):
TACACAATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGA
AAAAAAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTT
TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
ATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTGTCCCAAAA
ATCATGCGAAATTGAGCTGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
ACAATTTCGGCTAAAAACTTACCCGAAATTTTTTTCCCAATTTTTTGCAACAATACTCAGAAAAA
TATATAATTCAACGCCAAAAGATTGACGGGCTTTTCACGCTTCTATATCATTTTCCATTTTTCCG
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTATATCGAAT
GTGGCTGACATTTGGTTCAATGTATATAGATATTTCAAGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCGAA
ATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
Done.