Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010873.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10894, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:2092 original size:321 final size:322
Alignment explanation
Indices: 1--2670 Score: 3232
Period size: 323 Copynumber: 8.3 Consensus size: 322
* * * * *
1 CGTTTTTAGCCAAACATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTAACCGGAAATTTTT
1 CGTTTTTAGCCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
* *
66 TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGAATGGCGGG
66 TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGATTGACGGG
* *
131 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-TTTTTTTTCGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACA
131 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* * *
195 AGATTGAGATGTTCGTAAAAACAAATCTTTATATCCAATATGGCTGAAATTTGGTTTGATGAATA
196 AGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATA
* * * * *
260 TAGATATTTCAAGGAGTC--TACGCCAAAAATCATGCGAAATTGAGCCGGGGATCCGAAACG
261 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGGCTCCGGAACG
* * * *
320 CGTTTTTAGTCAAAAACCGT-A-----ACGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGGCCCGAAAATAT
1 CGTTTTTAGCCAAACACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTT
* * * *
379 TTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGA
65 TTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGATTGACGG
* * * ** *
444 GCTTTTCACACTTTTGATATCACTTTTCCTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
130 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * * * * * * * *
509 AAGATTCAAATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTATATCTAATGTGGTTGACATTTCGTTTTATAAAT
195 AAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGATGAAT
* * * * *
574 ATAGATATTTCAAGAAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTAAGTC-GGGTTCCGGAACG
260 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGGCTCCGGAACG
* * * * ** * *
636 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACATGAATTCGAATAAAAATTGACCCGAAAGGTTT
1 CGTTTTTAGCCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAA-ATTT
* * * * * * * *
701 TTTTCTCGA-TTTATACCATAATACACAGAAAAAATATATAATTCAACATCAAAAAT-ATTGACG
65 TTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAAC-GCCAAAATGATTGACG
* * * *
764 GGCGTTTT-A-GACTTCTACTATCGCTTTTCCATTTTTTTTCCGAATAAATTTCTAATCAAATCG
129 GGC-TTTTCACG-CTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
* * * *
827 AAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGAT
191 AAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGAT
* * ** * * * * *
892 GAATATACATATTTAAAGGAAACTTTGCGCCAAATATCATGCAAAATTTAGTCAGGGCTCCGAAA
256 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGGCTCCGGAA
*
957 CA
321 CG
* * * *
959 CGCTTTTAGCCAAACACAGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTTACCCG--AATTTT
1 CGTTTTTAGCCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
* * * * *
1022 TTCCTTTCAATTTTTTCCCACAATACCCAG-AAAAGTATA-AAATT-----C---A--ATTGACG
66 TT--TCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGATTGACG
* * * * *
1075 GGTTTTTCACGCTTCTAATCTCGTTTTTCCA-ATTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATTGAAA
129 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
** *
1139 CAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAACTGAGATTTGCTTTGATGAA
194 CAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGATGAA
* * * *
1204 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCTAAAATCATGCAAAATTTAGACGAGGCTCCAGAACG
259 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGGCTCCGGAACG
** * ** *
1268 CGTTTTTAGGGAAACACCGTGATAGTTAGTACACGATCACGGGTAAAAACTGACCCGAAATATTT
1 CGTTTTTAGCCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAA-A-TT
* * *
1333 TTTTTCTCAA-TTTTTGCCACAATA-TTA-AAAAAA-A-ATAATTTAACGCCAAAATGAATGGCG
64 TTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGATTGACG
* *
1393 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAA
129 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* * * *
1458 CAAGATTGAAATGTTCGTAAAAACAAATCCTCATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAA
194 CAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGATGAA
* ** * * * **
1523 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCGGGAAAAATTGAGCCGGGGCTCCAGATTG
259 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGGCTCCGGAACG
* * * * *
1587 GGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAAACTAATCCGAAAA
1 CGTTTTTAGCCAAACACCGTGAT-G---GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAA
* * * * * *
1652 CTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATATTCAGAAAAAATTTATAATTCAACGCCAAAAAGATTGG
62 TTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGATTGA
* * * * *
1717 CGGTCTTTTCTCGCTTCTAATATCGGTTTTCCATATTTTTCCGAATTGATTTCTAATTAAATCGA
127 CGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* * *
1782 AACAATATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAGCTGAGATTTGCTTTGATG
192 AACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGATG
*
1847 AATATAGATATTTCACGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGAC-GGGCTCCGGAAC
257 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGGCTCCGGAAC
1911 G
322 G
* * *
1912 CGTTTTTAGGCAAACACCGTGATTGTTAGTACACGATCTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
1 CGTTTTTAGCCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
* * *
1977 TTTCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGAATGGCGGG
66 TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGATTGACGGG
**
2042 CTTTTCACGCTTCTAATATTATTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
131 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* * * * *
2107 AGATTGAGATGTTCGTAAAGACAAATACTCATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATA
196 AGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATA
* * ** * * *
2172 TAGATATTTCAAGGAGTTTTTACGATAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCAGATCG
261 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGGCTCCGGAACG
* * * * *
2234 GGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAACTAATCCGAAAACTTT
1 CGTTTTTAGCCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAA-TTT
* * * * * *
2299 TTTTGTCAATTTTTTGCCACAATATTAAGAAAAAATTTATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGG
65 TTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGATTGACGG
* * * * *
2364 GCTTTTCATGCTTCTAATATAGTTTGTCCATTTTTTCCCGAATTGATTTCTAATTAAATCGAAAC
130 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * *
2429 AATATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAGCTGAGATTTGTTTTGATGAAT
195 AAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGATGAAT
* * *
2494 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAGTTGAGACGGGGCTCCGGAACA
260 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGGCTCCGGAACG
* * *
2557 CGTTTTTAGGCAAACACTGTGATGGTTAGTACACGATCTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
1 CGTTTTTAGCCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAA--TT
2622 TTTTTCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAA
64 TTTTTCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAA
2671 T
Statistics
Matches: 1985, Mismatches: 315, Indels: 96
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
307 1 0.00
308 5 0.00
309 190 0.10
310 17 0.01
311 33 0.02
312 3 0.00
313 8 0.00
314 113 0.06
315 104 0.05
316 31 0.02
317 24 0.01
318 34 0.02
319 177 0.09
320 6 0.00
321 350 0.18
322 241 0.12
323 384 0.19
324 17 0.01
325 64 0.03
326 183 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (322 bp):
CGTTTTTAGCCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGATTGACGGG
CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
AGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATA
TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGGCTCCGGAACG
Found at i:2495 original size:644 final size:642
Alignment explanation
Indices: 1--2670 Score: 3472
Period size: 644 Copynumber: 4.2 Consensus size: 642
* * * * * * *
1 CGTTTTTAGCCAAACATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTAACCGGAAATTTTT
1 CGTTTTTAGGCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATCTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
66 TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGAATGGCGGG
66 TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGAATGGCGGG
* *
131 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-TTTTTTTTCGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACA
131 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* * * *
195 AGATTGAGATGTTCGTAAAAACAAATCTTTATATCCAATATGGCTGAAATTTGGTTTGATGAATA
196 AGATTGAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTCATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATA
* *
260 TAGATATTTCAAGGAGTC--TACGCCAAAAATCATGCGAAATTGAGCCGGGGATCCGAAACGCGT
261 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGAAACGCGT
* ** *
323 TTTTAGTCAAAAACCGT-A-----ACGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGGCCCGAAAATATTTT
326 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAAACTAACCCGAAAATTTTTT
* * *
382 TCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGAGCT
390 TCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTTATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCT
* * * * *
447 TTTCACACTTTTGATATCACTTTTCCTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
455 TTTCACGCTTCTAATATCAGTTTTCC-ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAG
* * * * * * * * * *
512 ATTCAAATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTATATCTAATGTGGTTGACATTT-CGTTTTATAAATAT
519 ATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAGCTGAGATTTGC-TTTGATGAATAT
* * * * *
576 AGATATTTCAAGAAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTAAGTCGGGTTCCGGAACG
583 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGCTCCGGAACG
* * * * ** * *
636 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACATGAAT-TCGAATAAAAATTGACCCGAAAGGTT
1 CGTTTTTAGGCAAACACCGTGATGGTTAGTACACG-ATCTCGGCTAAAAACTGACCCGAAA-ATT
* * * * * * * * * *
700 TTTTTCTCGA-TTTATACCATAATACACAGAAAAAATATATAATTCAACATCAAAAAT-ATTGAC
64 TTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAAC-GCCAAAATGAATGGC
* * * *
763 GGGCGTTTT-A-GACTTCTACTATCGCTTTTCCATTTTTTTTCCGAATAAATTTCTAATCAAATC
128 GGGC-TTTTCACG-CTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * * *
826 GAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGA
190 GAAACAAGATTGAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTCATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCGA
* * ** * * * * *
891 TGAATATACATATTTAAAGGAAACTTTGCGCCAAATATCATGCAAAATTTAGTCAGGGCTCCGAA
255 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGAA
* * * * * *
956 ACACGCTTTTAGCCAAACACAGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTTACCCG--AAT
320 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTAACCCGAAAAT
* * * * **
1019 TTTTTCCTTTCAATTTTTTCCCACAATACCCAG--AAAA-GTATAA---AA-TTC----A-ATTG
385 TTTTT--TCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTTATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
* * * * *
1072 ACGGGTTTTTCACGCTTCTAATCTC-GTTTTTCCAATTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATTG
448 ACGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAG-TTTTCCATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
*
1136 AAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAACTGAGATTTGCTTTGAT
512 AAACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAGCTGAGATTTGCTTTGAT
* * *
1201 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCTAAAATCATGCAAAATTTAGACGAGGCTCCAGAA
577 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACG-GGCTCCGGAA
1266 CG
641 CG
* * * *
1268 CGTTTTTAGGGAAACACCGTGATAGTTAGTACACGATCACGGGTAAAAACTGACCCGAAATATTT
1 CGTTTTTAGGCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATCTCGGCTAAAAACTGACCCGAAA-A-TT
*
1333 TTTTTCTCAA-TTTTTGCCACAATA-TTA-AAAAAA-A-ATAATTTAACGCCAAAATGAATGGCG
64 TTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGAATGGCG
* *
1393 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAA
129 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
*
1458 CAAGATTGAAATGTTCGTAAAAACAAATCCTCATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAA
194 CAAGATTGAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTCATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAA
** * **
1523 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCGGGAAAAATTGAGCCGGGGCTCC-AGATTG
259 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGA-AACG
* * *
1587 GGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAAACTAATCCGAAAA
323 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTAACCCGAAAA
* * *
1652 CTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATATTCAGAAAAAATTTATAATTCAACGCCAAAAAGATTGG
384 TTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTTATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA
* * * *
1717 CGGTCTTTTCTCGCTTCTAATATCGGTTTTCCATATTTTTCCGAATTGATTTCTAATTAAATCGA
449 CGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCAGTTTTCCAT-TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
*
1782 AACAATATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAGCTGAGATTTGCTTTGATG
513 AACAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAGCTGAGATTTGCTTTGATG
*
1847 AATATAGATATTTCACGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGCTCCGGAACG
578 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGCTCCGGAACG
*
1912 CGTTTTTAGGCAAACACCGTGATTGTTAGTACACGATCTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
1 CGTTTTTAGGCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATCTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
*
1977 TTTCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGAATGGCGGG
66 TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGAATGGCGGG
**
2042 CTTTTCACGCTTCTAATATTATTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
131 CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* *
2107 AGATTGAGATGTTCGTAAAGACAAATACTCATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATA
196 AGATTGAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTCATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATA
* ** * *
2172 TAGATATTTCAAGGAGTTTTTACGATAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCC-AGATCGGG
261 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGA-AACGCG
* *
2236 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAAACTAATCCGAAAACTTTTT
325 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTAACCCGAAAA-TTTTT
* * *
2301 TTGTCAATTTTTTGCCACAATATTAAGAAAAAATTTATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGC
389 TTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTTATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGC
* *
2366 TTTTCATGCTTCTAATAT-AGTTTGTCCATTTTTTCCCGAATTGATTTCTAATTAAATCGAAACA
454 TTTTCACGCTTCTAATATCAGTTT-TCCATTTTTT-CCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* *
2430 ATATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAGCTGAGATTTGTTTTGATGAATA
517 AGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAGCTGAGATTTGCTTTGATGAATA
* * *
2495 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAGTTGAGACGGGGCTCCGGAACA
582 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGAC-GGGCTCCGGAACG
*
2557 CGTTTTTAGGCAAACACTGTGATGGTTAGTACACGATCTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
1 CGTTTTTAGGCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATCTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAA--TT
2622 TTTTTCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAA
64 TTTTTCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAA
2671 T
Statistics
Matches: 1771, Mismatches: 206, Indels: 103
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
627 1 0.00
628 164 0.09
629 36 0.02
630 2 0.00
631 136 0.08
632 140 0.08
633 23 0.01
634 12 0.01
635 113 0.06
636 23 0.01
637 106 0.06
638 4 0.00
639 51 0.03
640 1 0.00
641 5 0.00
642 23 0.01
643 59 0.03
644 373 0.21
645 219 0.12
646 2 0.00
647 241 0.14
648 37 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (642 bp):
CGTTTTTAGGCAAACACCGTGATGGTTAGTACACGATCTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAATGAATGGCGGG
CTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
AGATTGAGATGTTCGTAAAAACAAATCCTCATATCCAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATA
TAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGAAACGCGT
TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTAACCCGAAAATTTTTTT
CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATTTATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACGGGCTT
TTCACGCTTCTAATATCAGTTTTCCATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
TGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATATAGCTGAGATTTGCTTTGATGAATATAGA
TATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGACGGGCTCCGGAACG
Done.