Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010893.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10914, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:1088 original size:334 final size:329
Alignment explanation
Indices: 1--2922 Score: 3355
Period size: 334 Copynumber: 8.8 Consensus size: 329
* * ** *
1 TCAGTTTTGTATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGTAATATCGATATCAATATTATCAAATCTC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
*
66 AGCCGCACTTGATTTAAAGATATGTTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
66 AGCCGCA-TTGATTTAAAGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
* * * **
131 TTAATTT-GAAAAAGAAATGAAAAACCATATTTAAAGCATG-AAAGTCCCTAAAATATATTTGTT
130 TT-ATTTGGAAAAA-AAATG-AAAACCATATTTAAAGCATGAAAAG-CCCCAAATTATTTTTGAC
* *
194 GTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTCAGAACAAAAATTTTCGGGTCATT
191 GTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAA-AAAAAATTTCGGGTCATT
* * * * * * * *
259 TTTGGTAAAAATTTGGCCGAAATCATGTACTAACCATTACGGTTCTTGCTGAAAAACGCGTTCTG
255 TTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGTTTCTGGCTGAAAAACGCGTTCCG
*
324 GGGCCTCGGC
320 GGGCCCCGGC
* * *
334 TCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCGATACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
* * *
399 AGCCGCATTAGATTTCAAGATATATTTTTATGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
66 AGCCGCATT-GATTTAAAGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
* * * * *
464 TTAATTGAAAAAAATATATG-AAACCATATTTAAAGCTTGAAAAGCCCTAAAAATT-TTTCTCG-
130 TTATTTGGAAAAAA-A-ATGAAAACCATATTTAAAGCATGAAAAGCCC--CAAATTATTT-TTGA
* * * * ** *
526 CGCTGAAATATATAACTTTTATGAGTATTGTGGACAATTATTGAGAAAAAAAATTTCTGGTC-TT
190 CGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCATT
* * * *
590 TTTTGTGAAATTTTAGTCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTCTGGCT-AAAAACGC-TTTC
255 TTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTCTGGCTGAAAAACGCGTTCC
*
653 GGAGACCCCGGC
319 GG-GGCCCCGGC
* * * ** *
665 TCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATTTATATTTATATAATCAAATATC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
* * * * * * *
730 TTGCAC-AATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGGGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATCAAAA
66 -AGC-CGCATTGATTTAAAGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAA
** *
794 ATTGATTTGGGTAAAAAATGAAAATCCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAAATTATTTTTGACA
129 ATT-ATTTGGAAAAAAAATGAAAA-CCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAAATTATTTTTGACG
*
859 TTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTGGGGTCAATTT
192 TTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTC-ATTT
* *
924 TTTGTTAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTGGAAAACGCGTTCCG
256 TTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTCTGGCTGAAAAACGCGTTCCG
* *
989 GGGCCACTGC
320 GGGCCCCGGC
* * *
999 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGTAATATCGATATCTATATTATCAAATCTC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
* *
1064 AACCGCACTTGATTTAAAGATATGTTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
66 AGCCGCA-TTGATTTAAAGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
* * * *
1129 TTAATTT-GAAAAAGAAATGAAAAAGCAAATATTTAAAGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGG
130 TT-ATTTGGAAAAA-AAATG-AAAA-C-CATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAAATTATTTTTGA
* * * **
1193 TGTTGAATTATATGATTTTTATGCGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAACAAAAAATTTCGGGTCGC
190 CGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAA-AAAAAATTTCGGGTCAT
* * ** * *
1258 TTTTTGATAAAATTATGGCCGAAATCGTGTACTAAGTATCACGGTTCTTGCTGAAAAACGCGTTC
254 TTTTTG-TAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGTTTCTGGCTGAAAAACGCGTTC
* * *
1323 TGGGGCCTCGAC
318 CGGGGCCCCGGC
* * *
1335 TCAGTTTTACATGATTTTTTGCCCCGAGACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
* * *
1400 AGCCGCATTAGATTTCAAGATATATTTTTATGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
66 AGCCGCATT-GATTTAAAGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
* * * * *
1465 TTAATT-GAAAAAATATATG-AAACCATATTTAAAGCTTGAAAAGCCCTGAAATTTTTTTTGGCG
130 TTATTTGGAAAAAA-A-ATGAAAACCATATTTAAAGCATGAAAAGCCC-CAAATTATTTTTGACG
* * **
1528 TTGAAATATATAACTTTTATGAGTATTGTGGCCAATTATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTC-TTTT
192 TTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCATTTT
* * * *
1592 TTGTGAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTG-AAAACGC-TTTCGG
257 TTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTCTGGCTGAAAAACGCGTTCCGG
*
1655 AGACCCCGGC
321 -GGCCCCGGC
* * * *
1665 TCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGAA-TCCTTGAAATATCTATATTTATATAATCAAATAT
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGA-AACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCT
* * * * * * *
1729 CATGCAC-AATGGATTTAATGGTATGTTTTTACGAGTTTCTGAATCTTGTTTCAATTTTATTAAA
65 CA-GC-CGCATTGATTTAAAGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGA
**
1793 AATTGATTTGGGTAAAAAATGAAAATCCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAAATTATTTTTGAC
128 AATT-ATTTGGAAAAAAAATGAAAA-CCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAAATTATTTTTGAC
* * *
1858 ATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAAATTGGGGTCAATT
191 GTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTC-ATT
* * * *
1923 TTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACTACCACAGTTAT-TGGCTGGAAAACGCGTTC
255 TTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTT-TCTGGCTGAAAAACGCGTTC
*
1987 CGGGGCCACGGC
318 CGGGGCCCCGGC
* ** *
1999 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGTAATATCGATATCAATATTATCAAATCTC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
* *
2064 GGCCGCACTTGATTTAAAGATATGTTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
66 AGCCGCA-TTGATTTAAAGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
* * * **
2129 TTAATTT-GAAAAAGAAATGAAAAACCATATTTAAAGCATG-AAAGACCCTAAAATATATTTGTT
130 TT-ATTTGGAAAAA-AAATG-AAAACCATATTTAAAGCATGAAAAG-CCCCAAATTATTTTTGAC
* * **
2192 GTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGT-GCCAAAAATTCAGAACAAAAATTTTCAAGTCATT
191 GTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAA-AAAAAATTTCGGGTCATT
* * * * * *
2256 TTTGGTAAAAATTTGGCCGAAATCATGTACTAACACCATCACGGTTCTTGCTGAAAAACGCGTTC
255 TTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-A-ACCATCACGTTTCTGGCTGAAAAACGCGTTC
* *
2321 TGGGGCCTCGGC
318 CGGGGCCCCGGC
* * * *
2333 TCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGACGAGACTCCTTGAAATTTCGATATTTATATAATCAAATCTC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
* *
2398 AGCCGCATTAGATTTCAAGATATATTTTT-CTGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAA
66 AGCCGCATT-GATTTAAAGATATGTTTTTAC-GAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAA
* * * * *
2462 ATTAATTGAAAAAAATATATG-AAACCATATTTAAAGCTTGAAAAGCCCTAAAAATT-TTTCTCG
129 ATTATTTGGAAAAAA-A-ATGAAAACCATATTTAAAGCATGAAAAGCCC--CAAATTATTT-TTG
* * * ** *
2525 -CGTTGAAATATATAACTTTTATGAGTATTGTGGACAATTATTGAGAAAAAAAATTCCGGGTC-T
189 ACGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCAT
* * *
2588 TTTTTGTGAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTCTGGCTG-AAAACGC-TTT
254 TTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTCTGGCTGAAAAACGCGTTC
*
2651 CGGAGACCCCGGC
318 CGG-GGCCCCGGC
* * * * *
2664 TCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATATAATCAAATATC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
* * * * *
2729 ATGCAC-AATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATCAAAA
66 A-GC-CGCATTGATTTAAAGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAA
** * *
2793 ATTGATTTGGGTAAAAAATGAAAATCCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAAATTATTTTTAACA
129 ATT-ATTTGGAAAAAAAATGAAAA-CCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAAATTATTTTTGACG
* *
2858 TTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTCAGAACAAAAATTTTCGGGTCATTT
192 TTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAA-AAAAAATTTCGGGTCATTT
Statistics
Matches: 2185, Mismatches: 326, Indels: 156
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 4 0.00
330 178 0.08
331 487 0.22
332 209 0.10
333 438 0.20
334 537 0.25
335 57 0.03
336 231 0.11
337 44 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAATCAAATCTC
AGCCGCATTGATTTAAAGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAAT
TATTTGGAAAAAAAATGAAAACCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAAATTATTTTTGACGTTGA
ATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCATTTTTTGT
AAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGTTTCTGGCTGAAAAACGCGTTCCGGGGCCC
CGGC
Found at i:2852 original size:999 final size:998
Alignment explanation
Indices: 1--2908 Score: 5180
Period size: 1000 Copynumber: 2.9 Consensus size: 998
*
1 TCAGTTTTGTATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGTAATATCGATATCAATATTATCAAATCTC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGTAATATCGATATCAATATTATCAAATCTC
66 AGCCGCACTTGATTTAAAGATATGTTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
66 AGCCGCACTTGATTTAAAGATATGTTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
*
131 TTAATTTGAAAAAGAAATGAAAAACCATATTTAAAGCATGAAAGTCCCTAAAATATATTTGTTGT
131 TTAATTTGAAAAAGAAATGAAAAACCATATTTAAAGCATGAAAGACCCTAAAATATATTTGTTGT
196 TGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTCAGAACAAAAATTTTCGGGTCATTTT
196 TGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTCAGAACAAAAATTTTCGGGTCATTTT
*
261 TGGTAAAAATTTGGCCGAAATCATGTACTAACCATTACGGTTCTTGCTGAAAAACGCGTTCTGGG
261 TGGTAAAAATTTGGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTCTTGCTGAAAAACGCGTTCTGGG
* * *
326 GCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCGATACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAAT
326 GCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAAT
391 CAAATCTCAGCCGCATTAGATTTCAAGATATATTTTTATGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTT
391 CAAATCTCAGCCGCATTAGATTTCAAGATATATTTTTATGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTT
456 ATTAGAAATTAATTGAAAAAAATATATGAAACCATATTTAAAGCTTGAAAAGCCCTAAAAATTTT
456 ATTAGAAATTAATTGAAAAAAATATATGAAACCATATTTAAAGCTTGAAAAGCCCTAAAAATTTT
* *
521 TCTCGCGCTGAAATATATAACTTTTATGAGTATTGTGGACAATTATTGAGAAAAAAAATTTCTGG
521 TCTCGCGTTGAAATATATAACTTTTATGAGTATTGTGGACAATTATTGAGAAAAAAAATTTCGGG
* *
586 TCTTTTTTGTGAAATTTTAGTCGAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTCTGGCTAAAAACGCTT
586 TCTTTTTTGTGAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTCTGGCTGAAAACGCTT
*
651 TCGGAGACCCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATTTATATTTA
651 TCGGAGACCCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTA
* *
716 TATAATCAAATATCTTGCACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGGGCTTCTGAATCTTGTTTC
716 TATAATCAAATATCATGCACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTC
781 GATTTTATCAAAAATTGATTTGGGTAAAAAATGAAAATCCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAA
781 GATTTTATCAAAAATTGATTTGGGTAAAAAATGAAAATCCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAA
*
846 ATTATTTTTGACATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAAT
846 ATTATTTTTGACATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAAA
* *
911 TTGGGGTCAATTTTTTGTTAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTGG
911 TTGGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTCTGGCTGG
*
976 AAAACGCGTTCCGGGGCCACTGC
976 AAAACGCGTTCCGGGGCCACGGC
*
999 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGTAATATCGATATCTATATTATCAAATCTC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGTAATATCGATATCAATATTATCAAATCTC
*
1064 AACCGCACTTGATTTAAAGATATGTTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
66 AGCCGCACTTGATTTAAAGATATGTTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
* * *
1129 TTAATTTGAAAAAGAAATGAAAAAGCAAATATTTAAAGCATGAAA-AGCCCTAAAATATTTTTGG
131 TTAATTTGAAAAAGAAATGAAAAA-C-CATATTTAAAGCATGAAAGA-CCCTAAAATATATTTGT
* * * * *
1193 TGTTGAATTATATGATTTTTATGCGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAACAAAAAATTTCGGGTCGC
193 TGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTCAGAACAAAAATTTTCGGGTC-A
* * **
1258 TTTTTGAT-AAAATTATGGCCGAAATCGTGTACTAAGTATCACGGTTCTTGCTGAAAAACGCGTT
257 TTTTTGGTAAAAATT-TGGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTCTTGCTGAAAAACGCGTT
* * *
1322 CTGGGGCCTCGACTCAGTTTTACATGATTTTTTGCCCCGAGACTCCTTGAAATATCGATATTTAT
321 CTGGGGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCGATATTTAT
1387 ATAATCAAATCTCAGCCGCATTAGATTTCAAGATATATTTTTATGAGCTTCTGAATCTTGTTTCG
386 ATAATCAAATCTCAGCCGCATTAGATTTCAAGATATATTTTTATGAGCTTCTGAATCTTGTTTCG
*
1452 ATTTTATTAGAAATTAATTG-AAAAAATATATGAAACCATATTTAAAGCTTGAAAAGCCCTGAAA
451 ATTTTATTAGAAATTAATTGAAAAAAATATATGAAACCATATTTAAAGCTTGAAAAGCCCTAAAA
* * * *
1516 TTTTTTTTGGCGTTGAAATATATAACTTTTATGAGTATTGTGGCCAATTATTGAGAAAAAAAATT
516 ATTTTTCTCGCGTTGAAATATATAACTTTTATGAGTATTGTGGACAATTATTGAGAAAAAAAATT
*
1581 TCGGGTCTTTTTTGTGAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAA
581 TCGGGTCTTTTTTGTGAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTCTGGCTGAAAA
*
1646 CGCTTTCGGAGACCCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGAATCCTTGAAATATCTAT
646 CGCTTTCGGAGACCCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTAT
*
1711 ATTTATATAATCAAATATCATGCACAATGGATTTAATGG-TATGTTTTTACGAGTTTCTGAATCT
711 ATTTATATAATCAAATATCATGCACAATGGATTTAA-GGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCT
* *
1775 TGTTTCAATTTTATTAAAAATTGATTTGGGTAAAAAATGAAAATCCATATTTAAAGCATGAAAAG
775 TGTTTCGATTTTATCAAAAATTGATTTGGGTAAAAAATGAAAATCCATATTTAAAGCATGAAAAG
1840 CCCCAAATTATTTTTGACATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAA
840 CCCCAAATTATTTTTGACATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAA
* *
1905 AAAAAATTGGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACTACCACAGTTAT-
905 AAAAAATTGGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTT-TC
1969 TGGCTGGAAAACGCGTTCCGGGGCCACGGC
969 TGGCTGGAAAACGCGTTCCGGGGCCACGGC
1999 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGTAATATCGATATCAATATTATCAAATCTC
1 TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGTAATATCGATATCAATATTATCAAATCTC
*
2064 GGCCGCACTTGATTTAAAGATATGTTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
66 AGCCGCACTTGATTTAAAGATATGTTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
2129 TTAATTTGAAAAAGAAATGAAAAACCATATTTAAAGCATGAAAGACCCTAAAATATATTTGTTGT
131 TTAATTTGAAAAAGAAATGAAAAACCATATTTAAAGCATGAAAGACCCTAAAATATATTTGTTGT
**
2194 TGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGT-GCCAAAAATTCAGAACAAAAATTTTCAAGTCATTTT
196 TGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTCAGAACAAAAATTTTCGGGTCATTTT
2258 TGGTAAAAATTTGGCCGAAATCATGTACTAACACCATCACGGTTCTTGCTGAAAAACGCGTTCTG
261 TGGTAAAAATTTGGCCGAAATCATGTACT-A-ACCATCACGGTTCTTGCTGAAAAACGCGTTCTG
* * *
2323 GGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGACGAGACTCCTTGAAATTTCGATATTTATATA
324 GGGCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCGATATTTATATA
*
2388 ATCAAATCTCAGCCGCATTAGATTTCAAGATATATTTTTCTGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATT
389 ATCAAATCTCAGCCGCATTAGATTTCAAGATATATTTTTATGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATT
2453 TTATTAGAAATTAATTGAAAAAAATATATGAAACCATATTTAAAGCTTGAAAAGCCCTAAAAATT
454 TTATTAGAAATTAATTGAAAAAAATATATGAAACCATATTTAAAGCTTGAAAAGCCCTAAAAATT
*
2518 TTTCTCGCGTTGAAATATATAACTTTTATGAGTATTGTGGACAATTATTGAGAAAAAAAATTCCG
519 TTTCTCGCGTTGAAATATATAACTTTTATGAGTATTGTGGACAATTATTGAGAAAAAAAATTTCG
2583 GGTCTTTTTTGTGAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTCTGGCTGAAAACGC
584 GGTCTTTTTTGTGAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTCTGGCTGAAAACGC
2648 TTTCGGAGACCCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATT
649 TTTCGGAGACCCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATT
2713 TATATAATCAAATATCATGCACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTT
714 TATATAATCAAATATCATGCACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTT
2778 TCGATTTTATCAAAAATTGATTTGGGTAAAAAATGAAAATCCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCC
779 TCGATTTTATCAAAAATTGATTTGGGTAAAAAATGAAAATCCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCC
* * *
2843 AAATTATTTTTAACATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTCAGAACAAAA
844 AAATTATTTTTGACATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAA
2908 A
909 A
2909 TTTTCGGGTC
Statistics
Matches: 1813, Mismatches: 84, Indels: 25
0.94 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
996 24 0.01
997 34 0.02
998 385 0.21
999 424 0.23
1000 747 0.41
1001 199 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (998 bp):
TCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAAACTCCTTGTAATATCGATATCAATATTATCAAATCTC
AGCCGCACTTGATTTAAAGATATGTTCTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTTATTAGAAA
TTAATTTGAAAAAGAAATGAAAAACCATATTTAAAGCATGAAAGACCCTAAAATATATTTGTTGT
TGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTCAGAACAAAAATTTTCGGGTCATTTT
TGGTAAAAATTTGGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTCTTGCTGAAAAACGCGTTCTGGG
GCCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCGATATTTATATAAT
CAAATCTCAGCCGCATTAGATTTCAAGATATATTTTTATGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGATTTT
ATTAGAAATTAATTGAAAAAAATATATGAAACCATATTTAAAGCTTGAAAAGCCCTAAAAATTTT
TCTCGCGTTGAAATATATAACTTTTATGAGTATTGTGGACAATTATTGAGAAAAAAAATTTCGGG
TCTTTTTTGTGAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTCTGGCTGAAAACGCTT
TCGGAGACCCCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTA
TATAATCAAATATCATGCACAATGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTC
GATTTTATCAAAAATTGATTTGGGTAAAAAATGAAAATCCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAA
ATTATTTTTGACATTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAAA
TTGGGGTCAATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCACCACAGTTTCTGGCTGG
AAAACGCGTTCCGGGGCCACGGC
Done.