Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010894.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10915, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 988
Length: 1648
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Found at i:1439 original size:334 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1--1632 Score: 1801
Period size: 334 Copynumber: 4.9 Consensus size: 333
* * *
1 ATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCACGGCTCATTTTTGCTTGATTTTTTGCGCT
1 ATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACT
* * * * *
66 GACACTCCTTGGAATATCTATACTTATCAAATCAAATCTCAACAACAATGGATTTAAGGATTTAT
65 GAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAATCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATAT
* * *
131 TTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAGAAATTAATTAGG-AAAAAATAAGAAAAA
130 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAAGAAAAA
* * * * *
195 CCATATTTGAAGCATGAAAAAAATTTAAATCTTTTTGGCGTTTAATTATCTAATTTTTATGAGTA
195 CCATATTTGAAGCATGAAAAACACTTAAATATTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTA
* * * *
260 TTGTGGCTGAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCTGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAAATCGT
260 TTATGGCTGAAAATTGAGAAAAAAAAAATTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAATTCGT
325 GTACTAACC
325 GTACTAACC
* * ** * *
334 ATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTT-CGCGGGCTATGGCTCAGTTTTGCATGATTATTGGCAC
1 ATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCG-GGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAC
* * *** *
398 TGAGACTCCTTCAAATATCTATATTTATCAACTCAAATCTCAGCAACAACATATTTAAGGATATG
64 TGAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAATCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATA
* * * * * *
463 TTTTTGCGAACATCTGATTCTTTTTTAGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAATAAAATAAGAAA
129 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAAA-AAAATAAGAAA
* * * *
528 AACCATATTTGAATCATGAAAAACACTTAAATATTTTTGGTGTAGAATTTTATAATTTTTATGAG
193 AACCATATTTGAAGCATGAAAAACACTTAAATATTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGAG
* * *
593 TATTATGGCTGAAAATT-A-AGAAAAAAAATT-TGGTCATTTTTTGTAAAA-TTTGGACCGAAA-
258 TATTATGGCTGAAAATTGAGAAAAAAAAAATTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAG-CC-AAAT
653 TCGTGT--T----
321 TCGTGTACTAACC
* * * *
660 -T--C------TAGCTGAAAACGCGTTCCGGGGTCTCGGCTCAGTTTTGTATGA-TTTTTGCACC
1 ATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACT
* * * * * *
715 AAGACACCTTGAAATATCTATATTTAT-ATAGTCAAATCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATATA
65 GAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCA-AATCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATA
* * * * *
779 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTTTCGGTTTTATCAGAAATTAATTTGAAATAAAAATATGAAA
129 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAA-AAAAATAAGAAA
* * * ** * *
844 AACCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCCAAAATATTTTTGTCGTTGAATTATACAATTTTTATGAG
193 AACCATATTTGAAGCATGAAAAACACTTAAATATTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGAG
* ** * * * * *
909 TAGTATGGCCAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTTGGGTAACTTTTTTGAAAAATATTAGCCGAAAT
258 TATTATGGCTGAAAATTGAGAAAAAAAAAATTCGGGTCA-TTTTTTGTAAAATTTTAGCC-AAAT
974 T-GTGTACTAACC
321 TCGTGTACTAACC
* * ** *
986 ATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCACGGCTCAGTTTTGCATTATATTCGGTACT
1 ATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACT
*
1051 GAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAATCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATGT
65 GAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAATCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATAT
* * *
1116 TTTTACGAACATCTGAATCCTGTTTCGATATAATCAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAAGAAAAA
130 TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAAGAAAAA
* * * * * * *
1181 TCATATTTGAAGCATGAAAAACGCTTAAATCTTTTAGGCATTCAATTATATAACTTTTATGAGTA
195 CCATATTTGAAGCATGAAAAACACTTAAATATTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTA
* * *
1246 TTGTGGCTGAGAATTGAGAAAAAAAAAATTCAGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAATTCGT
260 TTATGGCTGAAAATTGAGAAAAAAAAAATTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAATTCGT
*
1311 GTACTAACT
325 GTACTAACC
* * * * * *
1320 ATCACGGTTTCTGGCTGAAAATGTGTTCCGAGGTCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACC
1 ATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCG-GGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACT
* * * ** *
1385 GAGACTCCTTGAAATATCTATATTTAT-ATAGTCAAACCTCAGCCACGTTGGATTTACGGATATA
65 GAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCA-AATCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATA
* * * * * *
1449 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTGTGTCTG-TTTTATCAAAAATTAATTTGAAAAAAAATATGAAA
129 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTC-GATTTAATCAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAAGAAA
* * * * * * *
1513 AACCATATTTAAAGCATGAAAAGCCCTAAAATATTTTTGGTGTTGAATTATACAATTTTTGTGAG
193 AACCATATTTGAAGCATGAAAAACACTTAAATATTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGAG
** * *
1578 TATTATGGCCAAAAATTGAG--GAAAAAAATTCGGGTCACTGTTTTGTAAAATTTTA
258 TATTATGGCTGAAAATTGAGAAAAAAAAAATTCGGGTCA-TTTTTTGTAAAATTTTA
1633 ACCGAAATCG
Statistics
Matches: 1073, Mismatches: 187, Indels: 78
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
315 1 0.00
316 178 0.17
317 36 0.03
318 13 0.01
319 4 0.00
320 21 0.02
321 4 0.00
322 1 0.00
323 1 0.00
325 1 0.00
327 1 0.00
329 1 0.00
330 1 0.00
331 4 0.00
332 43 0.04
333 182 0.17
334 257 0.24
335 218 0.20
336 105 0.10
337 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
ATCACGGTTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACTG
AGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCAAATCAAATCTCAGCAACAATGGATTTAAGGATATATT
TTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAAAAAAATAAGAAAAAC
CATATTTGAAGCATGAAAAACACTTAAATATTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTAT
TATGGCTGAAAATTGAGAAAAAAAAAATTCGGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCAAATTCGTG
TACTAACC
Done.