Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010899.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10920, whole genome shotgun sequence
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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325 TAAATCG
* * * *
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1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * * * * *
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* * * *
2319 TGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGCTTTA-TACATGATTTCGG-------TT----AAAATTA
130 CGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATG-GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTA
* * ** * * * *
2372 TCCTGAAATATTTTTACTAAATTGATAGTCACAATACTCACAAAAAATATATAATTTAATGACAA
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* * * * * *
2437 AAAGATTGAAGAGCTTCTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTATATGAGTAAATTAATAA
259 AAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGA
2502 TTAAATCG
324 TTAAATCG
* * * *
2510 AAACATGATTCAAATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCATTGTGACTGAGATTTGGTTAAAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * *
2575 GACTATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAA
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* * *
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130 CGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAA
* * * * *
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* * * * * *
2770 AAGGTTGAAGAGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTTCAATTTTATCTGAATAAATTTCTGAT
260 AAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGAT
* *
2835 TCAATCA
325 TAAATCG
* * * * * *
2842 AAATATGATTCAAATGGTCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCGATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCC-ATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * * * * *
2907 GAATATAGATATCTCATTGAGTTTTGGTGTCAAAAATCATGTAAAACAGAGGCAGGGCCCCGGAA
65 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAA
* * * * *
2972 CGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGATTACTACAAGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAA
130 CGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAA
** *
3037 TTC-AAGATATTTTTACTAAATTATTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAA
195 CCCGAA-ATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAA
*
3101 AAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGA
259 AAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGA
3166 TTAAATCG
324 TTAAATCG
* * * * * *
3174 AAAAATGATTTAGAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTTTGTCTGAGATTTAGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * *
3239 GAATATAGGTATCTAATGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACTA-AGTCGGGGCCCCGGA
65 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAAC-AGAGCCGGGGCCCCGGA
*
3303 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC-------T----AAAATTA
129 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTA
* * *
3357 ACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGTCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAGTGCCAA
194 ACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAA
*
3422 AAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGA
259 AAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGA
3487 TTAAATCG
324 TTAAATCG
* * *
3495 AAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATCATGTCTGAGATTTGGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAT-GTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * * * *
3560 AAATATAGATATATCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGACCTCGGAA
65 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAA
* ** *
3625 CGCGTTGTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTGTTAGTACACGATTTCAACTAAAATTTGGCAAAAAC
130 CGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-G--GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAAT
* * *
3690 TAACCCGGAATATTTTTACTAAA-TTTTTGACCACAATGCTCACAGAAAATATATAATTCAATGC
192 TAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTG-CCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGC
* * *
3754 CAAAAAGATTGAAAAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTT-CAGATTTTATCTGAATAAATTT
256 CAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA-ATTTTATATGAATAAATTA
3818 CTGATTAAATCG
320 CTGATTAAATCG
* * * * * *
3830 AAGCATTATTTAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGT-CATTTGTGGCTGAGCTTTTGTTAGA
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCA--TGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * * * * *
3894 TGAATATAGTTATCTCATGGAGACTTCTTGCC-AAAATCATACAAAACAGAACCAGGGCCCCGGA
64 TGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGA
*
3958 ACG-GATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
129 ACGCG-TTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GGCTAAAATTTGGCAAAAAT
* *
4022 TAACTCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCA-AAAATATATAATTTAGTGC
192 TAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCA-CAGAAAATATATAATTTAATGC
* * * * * * * * * *
4086 AAAAAATATTGAAGAGCATTTAACGCATCAAATATTGATTTTCAAACTTTATATGAATAAAATAC
256 CAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTAC
4151 TGATTAAATCG
321 TGATTAAATCG
* * * * *
4162 AAA-ATGATTCAGATGCTAGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATATGTCTGGGACTTGGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCC-ATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * * *
4226 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGTCC-AAAATAATGCAAAACTGAGCC-AGGCTCCGGA
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*
4289 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGGCAAAAATTA
129 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTA
* *
4354 ACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTCAATGCCAA
194 ACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAA
* * * * * * **
4419 AATGATTGAAAAGATTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTATTTGAATAAATTTTTGA
259 AAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGA
4484 TTAAATCG
324 TTAAATCG
* * * * * * * *
4492 AAGCATTATTCATATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGTCGCTGAGCTTTTGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCC-ATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * * * * * *
4557 GAATATAGATATCTCATGGATTTTTCGAGGCAAAAAGCATGTAAAACAGAACC-GGGTCCCGGAA
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* * * * *
4621 CACATTTTTAGCCAAAAAATGTAATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAA
130 CGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAA
* * * *
4686 CCCGAAACATATTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAGTGCCAAA
195 CCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAAA
* * *
4751 AATATTGAAGAACTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGAT
260 AAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGAT
4816 TAAATCG
325 TAAATCG
* * **
4823 AAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATCATGTTTGAGATTTGGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAT-GTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * ** *
4888 AAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATTATACAAAACAGAATCGGGTCCCCGGAA
65 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAA
** * * *
4953 CGAATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGAATTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAA
130 CGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAA
* * *
5018 CTCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCA-AAAATATATAATTTAGTGCAAA
195 CCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCA-CAGAAAATATATAATTTAATGCCAA
* * * * * * *
5082 AAATATTGAAGAGCATTTAACGATTCAAATATTGATTTTCCAACTTTATATGAATAAATTACTGA
259 AAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGA
5147 TTAAATCG
324 TTAAATCG
5155 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATATT-GTTAGA
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCA-TGTGGCTGAGAT-TTGGTTAGA
* ** * * * * * * *
5219 TGAATATACATATCTCATTAAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGTCTGGGCACCGGA
64 TGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGA
*
5284 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAGTTA
129 ACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTA
* *
5349 ACCTGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGTCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAA
194 ACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAA
* * *
5414 AAA-ATTGTAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCA-GAATAAATTTCTG
259 AAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTAT-ATGAATAAATTACTG
5477 ATTAAATCG
323 ATTAAATCG
* * * * *
5486 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCGGCTGAGCTTTTGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCC-ATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * ** *
5551 GAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACTTGGGCTCCGGAA
65 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGGGGCCCCGGAA
* * * * * * **
5616 CGCATTTGTAACCAATAACTGTGATGATCAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAATTAA
130 CGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAA
* * * *
5681 TCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACGATACTCACTGAAAATATATAATTTAAT
195 CCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAAT
5740 ATCAAATTTT
Statistics
Matches: 3053, Mismatches: 439, Indels: 118
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
320 4 0.00
321 548 0.18
322 3 0.00
324 19 0.01
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329 2 0.00
330 139 0.05
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336 1 0.00
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Consensus pattern (331 bp):
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AGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGATT
AAATCG
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* * * * * **
1858 AAACATGATTTAGATGATCGTAAAAACAAATTCTTAAGTCCATTATGGTTGAGATTCAGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGAT
* * * * * * *
1923 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCAAGCAAAACTGAGCTGGGTCCCTGAAA
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* * * * * *
1988 CGCGTTTTTAACCAAAAACTATGATGGCTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGC-AAAATTAA
130 CGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAA
* * * * * *
2052 CCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTAGACACAATGCTCACAAAAAATATATAATATAATTCCAAA
195 CCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAAA
* * * * * * * *
2117 AAGGTTGAAGAGCATTTCACACTTCTGATATCGTTTTTCCAATTTTATTTGAATAAATTTCTTAT
260 AAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGAT
* * * *
2182 TAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATTTG
325 TAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCA-TATGGCTGAGATTTG
* * * * * * *
2247 ATTAGACGAATATAGATATCTCATTGAGTCTTGGCGCTAAAAATCATGTAAAACA-AAGCCGGGG
389 GTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAA-CC-GGG
* * * * *
2311 CCCCAGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGCTTTA-TACATGATTTCGGTTAAAA--TT--
452 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATG-TTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* ** * * *
2371 ----A-T-CCT-GAAATATTTTTACTAAATTGATAGTCACAATACTCACAAAAAATATATAATTT
516 AAAAATTAACTCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTT
* * *
2429 AATG-ACAAAAAGATTGAAGAGC-TTCTCACGCTTCTAATA-TCATTTTTCCAATTTTATATGAG
581 AATGCA-AAAAAGATTGAAGAGCATT-TAACGCTTCTAATATTGA-TTTTCCAATTTTATATGAA
* *
2491 TAAATTAATAATTAAATCG
643 TAAATTACTGATTAAATCG
* * * * *
2510 AAACATGATTCAAATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCATTGTGACTGAGATTTGGTTAAAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGAT
* * * * *
2575 GACTATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAA
66 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGAGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACC-GGGCCCCGGAA
* *
2640 CGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAA
130 CGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAA
* * * * *
2705 CCCGAAATATTTTTACCAAATTTTTAGGCAAAATACACACAGAAAATATATAATTTAATGCCAAA
195 CCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAAA
* * * * * *
2770 AAGGTTGAAGAGCTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTTCAATTTTATCTGAATAAATTTCTGAT
260 AAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGAT
* * * * * * *
2835 TCAATC-AAAATATGATTCAAATGGTCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCGATGTGGCTGAGATTT
325 TAAATCGAAAA-ATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCC-ATATGGCTGAGATTT
* * * * * * *
2899 GGTTAGATGAATATAGATATCTCATTGAGTTTTGGTGTCAAAAATCATGTAAAACAGAGGCAGGG
388 GGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGA-ACCGGG
* * * *
2964 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGATTACTACAAGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
452 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* *
3029 AAAATTAATTC-AAGATATTTTTACTAAATTATTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTT
517 AAAATTAACTCGAA-ATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTT
* * *
3093 AATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAA
581 AATGCAAAAAAGATTGAAGAGCATTTAACGCTTCTAATATTGATTTTCCAATTTTATATGAATAA
3158 ATTACTGATTAAATCG
646 ATTACTGATTAAATCG
* * * * * *
3174 AAAAATGATTTAGAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTTTGTCTGAGATTTAGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGAT
* * * *
3239 GAATATAGGTATCTAATGGAGTCTTC-ATGCCAAAAATCATGCAAAACTA-AGTCGGGGCCCCGG
66 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGA-GCCAAAAATCATGCAAAAC-AGA-ACCGGGCCCCGG
* *
3302 AACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC-------T----AAAATT
128 AACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATT
* * *
3356 AACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGTCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAGTGCCA
193 AACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCA
*
3421 AAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTG
258 AAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTG
*
3486 ATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATCATGTCTGAGATT
323 ATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAT-ATGGCTGAGATT
* * * * *
3551 TGGTTAGATAAATATAGATATATCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGG
387 TGGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACCGGG
* * **
3616 ACCTCGGAACGCGTTGTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTGTTAGTACACGATTTCAACTAAAATTT
452 -CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-G-T-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
* * * * *
3681 GGCAAAAACTAACCCGGAATATTTTTACTAAA-TTTTTGACCACAATGCTCACAGAAAATATATA
513 TGCAAAAATTAACTCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTG-CCACAATACTCACAGAAAATATATA
* * * * * * *
3745 ATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAAGCTTTTAACGCTTCTAATATCG-TTTTTCAGATTTTATCTG
577 ATTTAATGCAAAAAAGATTGAAGAGCATTTAACGCTTCTAATATTGATTTTCCA-ATTTTATATG
*
3809 AATAAATTTCTGATTAAATCG
641 AATAAATTACTGATTAAATCG
* * * * *
3830 AAGCATTATTTAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGT-CATTTGTGGCTGAGCTTTTGTTAGA
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCA-TTGTGGCTGAGATTTTGTTAGA
* * ** *
3894 TGAATATAGTTATCTCATGGAGACTTCTTGCC-AAAATCATACAAAACAGAACCAGGGCCCCGGA
65 TGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGAGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACC-GGGCCCCGGA
* *
3958 ACGGATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
129 ACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GGCTAAAATTTGGCAAAAATT
* * *
4023 AACTCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCA-AAAATATATAATTTAGTGCA
193 AACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCA-CAGAAAATATATAATTTAATGCC
* * * * * * * * *
4087 AAAAATATTGAAGAGCATTTAACGCATCAAATATTGATTTTCAAACTTTATATGAATAAAATACT
257 AAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACT
* * * *
4152 GATTAAATCG-AAAATGATTCAGATGCTAGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAATATGTCTGGGAC
322 GATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCC-ATATGGCTGAGAT
* * * * *
4216 TTGGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCATGTCC-AAAATAATGCAAAACTGAGCCA
386 TTGGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTG-CCAAAAATCATGCAAAACAGAACCG
* * * *
4280 GGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTGG
450 GGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* *
4345 CAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTGGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATT
515 CAAAAATTAACTCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATT
* * * * * * *
4410 CAATGCCAAAATGATTGAAAAG-ATTTTCACGCTTCTAATA-TCATTTTTCCAATTTTATTTGAA
580 TAATGCAAAAAAGATTGAAGAGCA-TTTAACGCTTCTAATATTGA-TTTTCCAATTTTATATGAA
**
4473 TAAATTTTTGATTAAATCG
643 TAAATTACTGATTAAATCG
* * * * * * *
4492 AAGCATTATTCATATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGTCGCTGAGCTTTTGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGAT
* * * * * *
4557 GAATATAGATATCTCATGGATTTTTCGAGGCAAAAAGCATGTAAAACAGAACCGGGTCCCGGAAC
66 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGAGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACCGGGCCCCGGAAC
* * * *
4622 ACATTTTTAGCCAAAAAATGTAATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAAC
131 GCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAAC
* * * *
4687 CCGAAACATATTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCGAAAATATATAATTTAGTGCCAAAA
196 CCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAAAA
* * *
4752 ATATTGAAGAACTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGATT
261 AGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGATT
**
4817 AAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATCATGTTTGAGATTTGG
326 AAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAT-ATGGCTGAGATTTGG
* * * *
4882 TTAGATAAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATTATACAAAACAGAATCGGGTCC
390 TTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACCGGG-CC
** *
4947 CCGGAACGAATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGAATTCGGCTAAAATTTTGCAAA
454 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
*
5012 AATTAACTCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCA-AAAATATATAATTTAG
519 AATTAACTCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCA-CAGAAAATATATAATTTAA
* * * *
5076 TGCAAAAAATATTGAAGAGCATTTAACGATTCAAATATTGATTTTCCAACTTTATATGAATAAAT
583 TGCAAAAAAGATTGAAGAGCATTTAACGCTTCTAATATTGATTTTCCAATTTTATATGAATAAAT
5141 TACTGATTAAATCG
648 TACTGATTAAATCG
*
5155 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATATTGTTAGAT
1 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGAT
* ** * * * * * * *
5220 GAATATACATATCTCATTAAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGTCTGGGCACCGGAA
66 GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGAGCCAAAAATCATGCAAAACAGA-ACCGGGCCCCGGAA
* *
5285 CGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAGTTAA
130 CGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAA
* *
5350 CCTGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGTCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAAA
195 CCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAAA
* * *
5415 AA-ATTGTAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCA-GAATAAATTTCTGA
260 AAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTAT-ATGAATAAATTACTGA
* * * *
5478 TTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCC-TTTGCGGCTGAGCTT
324 TTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATAT--GGCTGAGATT
* * * *
5542 TTGTTAGATGAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACTTGG
387 TGGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAAC-CGG
* * * * * * * *
5607 GCTCCGGAACGCATTTGTAACCAATAACTGTGATGATCAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTC
451 GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * *
5672 AAAAATTAA-TCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACGATACTCACTGAAAATATATAATT
516 AAAAATTAACT-CGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATT
5736 TAAT
580 TAAT
5740 ATCAAATTTT
Statistics
Matches: 2816, Mismatches: 340, Indels: 137
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
652 170 0.06
653 532 0.19
654 10 0.00
655 80 0.03
656 225 0.08
657 2 0.00
660 1 0.00
661 150 0.05
662 381 0.14
663 587 0.21
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665 34 0.01
666 105 0.04
667 135 0.05
668 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (661 bp):
AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGAT
GAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGAGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACCGGGCCCCGGAAC
GCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAAC
CCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGCCAAAA
AGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATAAATTACTGATT
AAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATATGGCTGAGATTTGGT
TAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACCGGGCCCC
GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
TTAACTCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATATATAATTTAATGC
AAAAAAGATTGAAGAGCATTTAACGCTTCTAATATTGATTTTCCAATTTTATATGAATAAATTAC
TGATTAAATCG
Found at i:5965 original size:274 final size:275
Alignment explanation
Indices: 5468--6019 Score: 890
Period size: 274 Copynumber: 2.0 Consensus size: 275
5458 TTATCAGAAT
*
5468 AAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCG
1 AAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCA
* * *
5533 GCTGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAAC
66 GCTGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGACATCTCAGGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAAC
* *
5598 AGAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTGTAACCAATAACTGTGATGATCAGTACACGATTTCGGCTA
131 AGAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTGTAACCAAAAACTATGATGATCAGTACACGATTTCGGCTA
* * * * * *
5663 AAATTTTTCAAAAATTAATCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACGATACTCACTGAAAAT
196 AAATTTTGCAAAAATTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATACTCACCGAAAAT
5728 ATATAATTTAATATC
261 ATATAATTTAATATC
* * *
5743 AAATTTTTGATTAAATCGAAACATTATTCGGATGCTCGT-AAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCA
1 AAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCA
* *
5807 GCTGAGCTTTTTTTAGATGAATATAGACATCTCATGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAAC
66 GCTGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGACATCTCAGGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAAC
* * *
5872 AGAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTTTAACCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
131 AGAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTGTAACCAAAAACTATGATGATCAGTACACGATTTCGGCTA
* *
5937 AAATTTTGCATAAATTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATGCTCACCGAAAAT
196 AAATTTTGCAAAAATTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATACTCACCGAAAAT
*
6002 ATATAATTTAATGTC
261 ATATAATTTAATATC
6017 AAA
1 AAA
6020 AAGATTGAAG
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 23, Indels: 1
0.91 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
274 218 0.86
275 36 0.14
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (275 bp):
AAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCA
GCTGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGACATCTCAGGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAAC
AGAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTGTAACCAAAAACTATGATGATCAGTACACGATTTCGGCTA
AAATTTTGCAAAAATTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATACTCACCGAAAAT
ATATAATTTAATATC
Found at i:6303 original size:606 final size:606
Alignment explanation
Indices: 5144--6351 Score: 1633
Period size: 606 Copynumber: 2.0 Consensus size: 606
5134 AATAAATTAC
**
5144 TGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGA
1 TGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGCAGCTGAGA
* * * * * * *
5209 TATTGTTAGATGAATATACATATCTCATTAAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGTCT
66 TATTGTTAGATGAATATACACATCTCATGAAGTCTTCGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGACTCT
* * *
5274 GGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTG
131 GGGCACCGGAACGCATTTTTAACCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTG
** * **
5339 GCAAAAGTTAACCTGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGTCACAATACTCACAGAAAATATATAAT
196 GCAAAAGTTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATACTCACAGAAAATATATAAT
* * * *
5404 TTAATGCCAAAAAATTGTAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCAGAATA
261 TTAATGCCAAAAAATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGATCTTCCAATTTTATCAGAATA
* * * *
5469 AATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCGG
326 AATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTACGG
* * ** *
5534 CTGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACA
391 CTGAGCATTTGTTAGATAAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTCATGCCAAAAATCAAGCAAAACA
* *
5599 GAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTGTAACCAATAACTGTGATGATCAGTACACGATTTCGGCTAA
456 GAACTGGGGCTCCGGAACGCATTTGTAACCAAAAACTGTGATGATCAGTACACGATTTCGGCTAA
** * * *
5664 AATTTTTCAAAAATTAATCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACGATACTCACTGAAAATA
521 AATTTGGCAAAAATTAACCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATA
*
5729 TATAATTTAATATCAAATTTT
586 TATAATTTAATACCAAATTTT
* * * * *
5750 TGATTAAATCGAAACATTATTCGGATGCTCGT-AAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCAGCTGAGC
1 TGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGCAGCTGAGA
* * * * *
5814 TTTTTTTAGATGAATATAGACATCTCATGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACAGAACT-
66 TATTGTTAGATGAATATACACATCTCATGAAGTCTTCGCGCAAAAAATCATGCAAAACAG-ACTC
*
5878 TGGGCTCCGGAACGCATTTTTAACCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
130 TGGGCACCGGAACGCATTTTTAACCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
* * *
5943 TGCATAAA-TTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATGCTCACCGAAAATATATA
195 GGCA-AAAGTTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATACTCACAGAAAATATATA
* *
6007 ATTTAATGTCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTC-ATCTTCCAATTTTCT-AT
259 ATTTAATGCCAAAAA-ATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATA-TCGATCTTCCAATTTTATCA-
*
6070 GAATAAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGT-CTA
321 GAATAAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCT-
* * * *
6134 TTATGTCTGAG-ATTTGATTAGATAAATATCGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATCAAG
385 TTACGGCTGAGCATTTG-TTAGATAAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTCATGCCAAAAATCAAG
* * * * * * *
6198 CAAAACTG-AGTCGGGGC-CCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGAT
449 CAAAACAGAACT-GGGGCTCC-GGAACGCATTTGTAACCAAAAACTGTGATGATCAGTACACGAT
** * * *
6261 TTTTGCTAAAATTTGGCAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTACATTTTTTGCCACAATAGTCA
512 TTCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAACCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCA
6326 CAGAAAATATATAATTTAATACCAAA
577 CAGAAAATATATAATTTAATACCAAA
6352 AATATTGAAG
Statistics
Matches: 522, Mismatches: 71, Indels: 18
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
605 214 0.41
606 306 0.59
607 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (606 bp):
TGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGCAGCTGAGA
TATTGTTAGATGAATATACACATCTCATGAAGTCTTCGCGCAAAAAATCATGCAAAACAGACTCT
GGGCACCGGAACGCATTTTTAACCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTG
GCAAAAGTTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATACTCACAGAAAATATATAAT
TTAATGCCAAAAAATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATCGATCTTCCAATTTTATCAGAATA
AATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTACGG
CTGAGCATTTGTTAGATAAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTCATGCCAAAAATCAAGCAAAACA
GAACTGGGGCTCCGGAACGCATTTGTAACCAAAAACTGTGATGATCAGTACACGATTTCGGCTAA
AATTTGGCAAAAATTAACCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAATA
TATAATTTAATACCAAATTTT
Found at i:6394 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 5750--7131 Score: 1602
Period size: 332 Copynumber: 4.1 Consensus size: 331
5740 ATCAAATTTT
* * *
5750 TGATTAAATCGAAACATTATTCGGATGCTCGT-AAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCA-G-CTGA
1 TGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTT--ATGTCTGA
* * * *
5812 GCTTTTTTTAGATGAATATAGACATCTCATGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACAGAAC
64 G-ATTTGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAAC
* * *
5877 TTGGGCTCCGGAACGCATTTTTAACCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
128 TGGGGCTCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
* * * * *
5942 TTGCATAAATTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAAT-GCTCACCGAAAATATAT
193 TGGCAAAAATTAACCCAAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATAG-TCACAGAAAATATAT
* * * * *
6006 AATTTAATGTCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTC-ATCTTCCAATTTTCTAT
257 AATTTAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATA-TCGTTTTTCCAATTTTATAT
6070 GAATAAATTAC
321 GAATAAATTAC
* *
6081 TGATTAAATCGAAAAATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGT-CTATTATGTCTGAG
1 TGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCT-TTATGTCTGAG
* * * * * *
6145 ATTTGATTAGATAAATATCGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATCAAGCAAAACTG-AGT
65 ATTTG-TTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACT
* **
6209 CGGGGC-CCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTTGCTAAAAT
129 -GGGGCTCC-GGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
* *
6273 TTGGCAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTACATTTTTTGCCACAATAGTCACAGAAAATATAT
192 TTGGCAAAAATTAACCCAAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATAGTCACAGAAAATATAT
* * *
6338 AATTTAATACCAAAAATATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTG
257 AATTTAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATG
**
6403 AATAAATTTT
322 AATAAATTAC
* * ** *
6413 TGATTAAATCGAAACATTATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCGGCTGAGC
1 TGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTATGTCTGAG-
* *
6478 TTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACTT
65 ATTTGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACTG
* * * *
6543 GGGCTCCGGAACGCATTTTTAGCCCAAAACTGTGATGGTTAGTGCACGATTT-GACTAAAATTTT
130 GGGCTCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTG
* * *
6607 GCAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATAATCACAGAAAATACATAAT
195 GCAAAAATTAACCCAAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATAGTCACAGAAAATATATAAT
* * *
6672 TTAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCATGCTTCTAATAGCGTTTTTTCCAATTTTATATGAT
260 TTAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCAATTTTATATGAA
*
6737 TAAATTTC
324 TAAATTAC
* * * * * *
6745 TGATTAAATCGAAACATGATTGACATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAGTCCATTGTGTCTTAGA
1 TGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTATGTCTGAGA
* * * * * * * *
6810 TTTGGTTAGATGAATATATATATTTC-TAGGAGTATTGGCGCCAAAAATCTTGCAAAACTGAGTC
66 TTT-GTTAGATGAATATAGATATCTCAT-GGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGA-AC
* ** * * * *
6874 GGGGGC-CTAGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAAAAACTGTGTTGTTTAGTACACGATTTCGGCT
128 TGGGGCTCCGGAACGCATTTTTAGC------CAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
** * * * * * *
6938 AAAATATTGG-AAAAATTTCCCCAAAAGATTTTTAGTAAATTTTTAGCTACAATACTCATAGAAA
187 AAAAT-TTGGCAAAAATTAACCCAAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATAGTCACAGAAA
* * * * * * * *
7002 ATATATTATTCAACGCCAAAAAGAATGAAAAGATTTTCTCGTTTCTAATATCGTTTTTCCAATTT
251 ATATATAATTTAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTT
* *
7067 TATCTGAATTAATTTA-
316 TATATGAA-TAAATTAC
* *
7083 TGATTAAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAG
1 TGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAG
7132 ATCAAATGCT
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 127, Indels: 45
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
331 155 0.17
332 536 0.60
333 16 0.02
338 87 0.10
339 100 0.11
340 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
TGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCTTTATGTCTGAGA
TTTGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACAGAACTGG
GGCTCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGG
CAAAAATTAACCCAAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATAGTCACAGAAAATATATAATT
TAATGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATATGAATA
AATTAC
Found at i:6626 original size:937 final size:938
Alignment explanation
Indices: 4812--6676 Score: 2877
Period size: 937 Copynumber: 2.0 Consensus size: 938
4802 AATAAATTAC
*
4812 TGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATCATGTTTGAGA
1 TGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATCATGTCTGAGA
* * *
4877 TTTGGTTAGATAAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAAAAATTATACAAAACAGAATCG
66 TTTGGTTAGATAAATATAGACATCTCATGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATACAAAACAGAATCG
* * *
4942 GGTCCCCGGAACGAATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGAATTCGGCTAAAATTTT
131 GGTCCCCGGAACGAATTTTTAACCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGAATTCGGCTAAAATTTT
* * * *
5007 GCAAAAATTAACTCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACCAAAAATATATAAT
196 GCAAAAATTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATACTCACCAAAAATATATAAT
* * * *
5072 TTAGTGCAAAAAATATTGAAGAGCATTTAACGATTCAAATATTGATTTTCCAACTTTATATGAAT
261 TTAATGCAAAAAAGATTGAAGAGCATTTAACGATTCAAATATTCATCTTCCAACTTTATATGAAT
* *
5137 AAATTACTGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTG
326 AAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTATG
* * ** * *
5202 GCTGAGATATTGTTAGATGAATATACATATCTCATTAAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAAC
391 GCTGAGATATTGTTAGATAAATATACATATCTCATGAAGTCTTCACGCCAAAAATCAAGCAAAAC
*
5267 TGAGTCTGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
456 TGAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
* * *
5332 AAATTTGGCAAAAGTTAACCTGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGTCACAATACTCACAGAAAAT
521 AAATTTGGCAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAAT
* *
5397 ATATAATTTAATGCCAAAAAATTGTAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTAT
586 ATATAATTTAATACCAAAAAATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTAT
5462 CAGAATAAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCC
651 CAGAATAAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCC
*
5527 TTTGCGGCTGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATG
716 TTTGCGGCTGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATG
5592 CAAAACAGAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTGTAACCAATAACTGTGATGATCAGTACACGATTT
781 CAAAACAGAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTGTAACCAATAACTGTGATGATCAGTACACGATTT
* * * * * *
5657 CGGCTAAAATTTTTCAAAAATTAATCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACGATACTCACT
846 CGACTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACAATAATCACA
*
5722 GAAAATATATAATTTAATATCAAATTTT
911 GAAAATACATAATTTAATATCAAATTTT
* * * * *
5750 TGATTAAATCGAAACATTATTCGGATGCTCGT-AAAATAAATCCTTAAGTCCTTTGCA-G-CTGA
1 TGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCC-AT-CATGTCTGA
* ** * *
5812 GCTTTTTTTAGATGAATATAGACATCTCATGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACAGAAC
64 GATTTGGTTAGATAAATATAGACATCTCATGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATACAAAACAGAA-
* * * *
5877 TTGGG-CTCCGGAACGCATTTTTAACCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
128 TCGGGTCCCCGGAACGAATTTTTAACCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGAATTCGGCTAAAAT
* * *
5941 TTTGCATAAATTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATGCTCACCGAAAATATAT
193 TTTGCAAAAATTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATACTCACCAAAAATATAT
* * * * *
6006 AATTTAATGTC-AAAAAGATTGAAGAGCTTTTAACGCTTCTAATATTCATCTTCCAATTTTCTAT
258 AATTTAATG-CAAAAAAGATTGAAGAGCATTTAACGATTCAAATATTCATCTTCCAACTTTATAT
* *
6070 GAATAAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCTAT
322 GAATAAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCAT
* * *
6135 TATGTCTGAGAT-TTGATTAGATAAATAT-CGATATCTCATGGAGTCTTCATGCCAAAAATCAAG
387 TATGGCTGAGATATTG-TTAGATAAATATAC-ATATCTCATGAAGTCTTCACGCCAAAAATCAAG
6198 CAAAACTGAGTCGGGGC-CCAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATT
450 CAAAACTGAGTCGGGGCACC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATT
** * *
6262 TTTGCTAAAATTTGGCAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTACATTTTTTGCCACAATAGTCAC
514 TCGGCTAAAATTTGGCAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCAC
6327 AGAAAATATATAATTTAATACCAAAAATATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
579 AGAAAATATATAATTTAATACCAAAAA-ATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
* * *
6392 AATTTTATCTGAATAAATTTTTGATTAAATCGAAACATTATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCC
643 AATTTTATCAGAATAAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCC
*
6457 TTAAGTCCTTTGCGGCTGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCATGGAGTCTTCGTGCCAA
708 TTAAGTCCTTTGCGGCTGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTCGTGCCAA
* * * *
6522 AAATCATGCAAAACAGAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTTTAGCCCAA-AACTGTGATGGTTAGT
773 AAATCATGCAAAACAGAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTGTA-ACCAATAACTGTGATGATCAGT
* *
6586 GCACGATTT-GACTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACA
837 ACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACA
6650 ATAATCACAGAAAATACATAATTTAAT
902 ATAATCACAGAAAATACATAATTTAAT
6677 GCCAAAAAGA
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 78, Indels: 19
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
936 6 0.01
937 568 0.68
938 260 0.31
939 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (938 bp):
TGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATCATGTCTGAGA
TTTGGTTAGATAAATATAGACATCTCATGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATACAAAACAGAATCG
GGTCCCCGGAACGAATTTTTAACCAAAAACTATGATGGTTAGTACACGAATTCGGCTAAAATTTT
GCAAAAATTAACCCAAAATAATTTTACTAAATTTTTTACCACAATACTCACCAAAAATATATAAT
TTAATGCAAAAAAGATTGAAGAGCATTTAACGATTCAAATATTCATCTTCCAACTTTATATGAAT
AAATTACTGATTAAATCGAAAAATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTATG
GCTGAGATATTGTTAGATAAATATACATATCTCATGAAGTCTTCACGCCAAAAATCAAGCAAAAC
TGAGTCGGGGCACCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTA
AAATTTGGCAAAAATTAACCCGAAATATTTTTACTAAATTTTTTGCCACAATACTCACAGAAAAT
ATATAATTTAATACCAAAAAATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTAT
CAGAATAAATTTCTGATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAGTCC
TTTGCGGCTGAGCTTTTGTTAGATGAATATAGATATCTCAGGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATG
CAAAACAGAACTTGGGCTCCGGAACGCATTTGTAACCAATAACTGTGATGATCAGTACACGATTT
CGACTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCGAAATAATTTTACTAAATTTTTTGCCACAATAATCACA
GAAAATACATAATTTAATATCAAATTTT
Found at i:7449 original size:360 final size:364
Alignment explanation
Indices: 6769--7490 Score: 1021
Period size: 360 Copynumber: 2.0 Consensus size: 364
6759 CATGATTGAC
* * * *
6769 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAGTCCATTGTGTCTTAGATTTGGTTAGATGAATATATATATT
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAACTCCATTGTGGCTTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATT
*
6834 TCTAGGAGTATTGGCGCCAAAAATCTTGCAAAACTGAGTCGGGGGCCTAGAACGCGTTTTTAGCA
66 TCTAGGAGTATTGGCGCCAAAAATCTTGCAAAACTGAGCCGGGGGCCTAGAACGCG-TTTTAGC-
*
6899 AAAAAAAAAAACTGTGTTGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATATTGGAAAAATTTCCCCAAAA
129 --AAAAAAAAACTGTGTTGTTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATATTGGAAAAATTTCCCCAAAA
** * *
6964 GATTTTTAGTAAATTTTTAGCTACAATACTCATAGAAAATATATTATTCAACGCCAAAAAGAATG
192 GATTTTTACAAAATTTTTAGCCACAATACTCATAGAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAATG
* * *
7029 AAAAGATTTTCTCGTTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATTAATTTATGATTAAATCG
257 AAAAGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATCAATTTATGATTAAATCG
* *
7094 AAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAGATCAA
322 AAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGATCAA
*
7137 ATGCTCGTAAAAACGAAT-TCTTAACTCCATTGTGGC-TAGAATTTGGCTAGATGAATATAGATA
1 ATGCTCGTAAAAACAAATCT-TTAACTCCATTGTGGCTTAG-ATTTGGCTAGATGAATATAGATA
* * * * *
7200 TTTC-ATTGAGTCTTGGCGCCAAAAAT-TATGCAAAACTGAGCCGGGGTCGC-GGAATGCG-TTT
64 TTTCTA-GGAGTATTGGCGCCAAAAATCT-TGCAAAACTGAGCCGGGGGC-CTAGAACGCGTTTT
* * *
7261 AGC-AAAAAACA-T-TGTTGTTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGGAAAAATTTCCCCGAA
126 AGCAAAAAAAAACTGTGTTGTTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATATTGGAAAAATTTCCCCAAA
* *
7323 AGATTTTTACAAAATTTTTAGCCACAATACTCATTGAAAATATATAATTTAACGCCAAAAAGAAT
191 AGATTTTTACAAAATTTTTAGCCACAATACTCATAGAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAAT
* * * *
7388 GAAGAGCTTTTCACGCTTCTCATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATCAATTTTTGATTAAATC
256 GAAAAGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATCAATTTATGATTAAATC
*
7453 GAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAA
321 GAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
7491 ATCCAATTTG
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 31, Indels: 18
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 199 0.63
361 1 0.00
362 7 0.02
366 6 0.02
367 6 0.02
368 98 0.31
369 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (364 bp):
ATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAACTCCATTGTGGCTTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATT
TCTAGGAGTATTGGCGCCAAAAATCTTGCAAAACTGAGCCGGGGGCCTAGAACGCGTTTTAGCAA
AAAAAAACTGTGTTGTTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATATTGGAAAAATTTCCCCAAAAGATT
TTTACAAAATTTTTAGCCACAATACTCATAGAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAATGAAAA
GATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTATCTGAATCAATTTATGATTAAATCGAAAC
ATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGATCAA
Found at i:7916 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7893--7931 Score: 69
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
7883 ATGTATCGGG
7893 ATTCTCATCCCATCATGC
1 ATTCTCATCCCATCATGC
*
7911 ATTCTCATGCCATCATGC
1 ATTCTCATCCCATCATGC
7929 ATT
1 ATT
7932 GGTGTAGCCG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 20 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.33, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
ATTCTCATCCCATCATGC
Found at i:8092 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 8029--8115 Score: 158
Period size: 45 Copynumber: 1.9 Consensus size: 46
8019 TAATAATTAC
8029 TAGATTAGAGAGTCTGACCAACGAAGTTGGTCTACACGTACAGTAT
1 TAGATTAGAGAGTCTGACCAACGAAGTTGGTCTACACGTACAGTAT
*
8075 TAGATTAGA-AGTCTGACCGACGAAGTTGGTCTACACGTACA
1 TAGATTAGAGAGTCTGACCAACGAAGTTGGTCTACACGTACA
8116 TATATATAGG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
45 31 0.77
46 9 0.22
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.24, T:0.25
Consensus pattern (46 bp):
TAGATTAGAGAGTCTGACCAACGAAGTTGGTCTACACGTACAGTAT
Done.