genome.fa.s10993.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWWV01010993.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11014, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  322808

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103--131	15	2.0	15	93	6	51	34	3	13	48	1.60
1201--1229	15	2.0	15	93	6	51	34	3	13	48	1.60
6815--6853	21	1.9	19	85	10	51	25	10	20	43	1.83
9652--9765	57	2.0	57	100	0	228	28	21	21	29	1.98
15730--15763	15	2.3	15	94	0	59	47	0	17	35	1.48
16110--16158	21	2.3	21	85	0	62	28	28	32	10	1.90
18460--18496	17	2.2	17	95	0	65	27	13	37	21	1.91
18823--19210	156	2.5	154	83	5	442	32	22	14	30	1.93
24489--24966	162	3.0	162	90	0	733	33	22	21	22	1.97
27671--27702	1	32.0	1	100	0	64	0	0	0	100	0.00
29894--29939	20	2.2	21	88	3	67	28	6	15	50	1.69
30826--30860	18	1.9	18	88	0	52	14	14	31	40	1.86
32696--32738	22	2.0	22	81	9	52	18	25	23	32	1.97
39414--39680	49	5.5	49	82	0	239	24	27	14	34	1.94
39414--39680	97	2.7	98	79	5	270	24	27	14	34	1.94
39414--39693	146	1.9	146	80	2	321	23	27	14	33	1.94
39741--39965	63	3.6	63	83	7	262	29	23	14	32	1.94
43844--43893	14	3.8	13	80	19	52	38	6	20	36	1.77
45642--45969	38	9.5	36	69	20	181	34	20	15	28	1.94
45691--45805	60	1.9	62	90	3	189	34	20	13	31	1.91
45647--45941	98	3.0	98	90	1	455	33	20	15	29	1.94
47762--48036	49	5.6	49	82	3	311	23	26	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47762--48036	147	1.9	147	83	4	358	23	26	15	34	1.94
48090--48311	62	3.6	62	81	8	240	27	24	13	33	1.94
57262--57301	18	2.2	19	95	4	73	22	10	5	62	1.46
57547--57573	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
58867--58947	29	2.7	31	75	11	87	35	17	14	32	1.90
59930--59954	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
61117--61176	19	3.3	19	65	13	54	40	20	6	33	1.78
61109--61615	35	14.1	35	80	6	415	37	16	7	38	1.76
61171--61227	16	3.4	16	72	13	60	35	12	8	43	1.73
61214--61334	16	6.9	17	71	14	95	39	16	5	38	1.73
61383--61441	21	2.8	21	89	0	64	37	15	0	47	1.45
61214--61614	112	3.7	112	87	4	543	38	16	6	38	1.75
61493--61553	21	2.9	21	95	0	104	37	14	0	47	1.45
61462--61608	77	1.9	77	84	5	201	38	16	6	38	1.73
65245--65283	20	2.0	20	89	0	60	23	25	33	17	1.96
68274--68402	69	1.9	69	88	0	195	27	22	19	30	1.98
70990--71016	13	2.1	13	100	0	54	22	22	22	33	1.97
76344--76383	10	4.1	10	93	3	64	35	17	0	47	1.48
81287--81376	32	2.8	32	91	0	144	16	27	33	22	1.95
81398--81802	114	3.6	114	84	6	552	23	23	21	30	1.99
81738--81873	70	1.9	70	96	0	254	22	20	27	28	1.99
84775--84897	62	2.0	63	91	3	203	18	20	18	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84904--84930	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
84840--85004	85	1.9	86	87	2	242	14	18	9	56	1.65
86705--86852	41	3.6	40	85	5	172	29	12	19	38	1.88
86733--86862	41	3.2	41	91	0	197	30	13	17	38	1.89
91691--91780	45	2.0	44	89	4	137	15	33	10	41	1.81
92429--92481	27	2.0	28	85	7	74	15	24	13	47	1.81
95997--96233	31	7.1	31	74	17	199	39	5	20	34	1.77
95999--96262	69	3.8	67	83	12	308	38	6	20	34	1.78
96034--96223	100	1.9	99	84	6	258	38	5	20	35	1.77
95992--96262	35	7.8	35	78	12	283	39	6	20	33	1.78
109479--109517	20	2.0	20	94	0	69	56	5	0	38	1.22
109556--109640	33	2.6	33	92	0	125	9	36	38	15	1.80
110871--110912	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
111757--111814	27	2.2	25	78	6	62	32	25	12	29	1.92
123531--123586	22	2.5	23	80	13	64	44	7	7	41	1.59
123488--123585	44	2.2	43	80	8	108	42	10	7	39	1.66
123588--123644	23	2.5	22	83	10	71	43	7	10	38	1.66
123607--123719	22	5.2	21	71	19	65	37	11	9	41	1.74
130522--131648	36	31.6	36	66	15	241	27	40	9	21	1.85
130707--131011	141	2.1	142	93	1	522	28	40	10	20	1.86
130741--131050	141	2.2	141	90	2	471	28	40	9	20	1.84
130795--131507	141	5.1	138	76	12	378	27	41	9	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131097--131326	30	6.9	30	70	16	84	28	41	8	21	1.82
131446--131507	30	2.1	30	87	0	88	25	41	8	24	1.82
130851--131582	105	7.0	104	79	12	789	27	40	10	21	1.85
130606--131648	69	14.8	72	69	16	345	27	40	10	21	1.85
134392--134426	16	2.2	16	89	0	52	48	14	22	14	1.79
138174--138205	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
139257--139326	29	2.4	29	92	0	113	38	12	14	34	1.84
149240--149282	21	2.0	21	100	0	86	58	4	23	13	1.55
153934--153996	9	7.7	9	73	20	57	31	38	19	11	1.86
153936--154014	16	4.9	16	82	0	95	36	36	16	10	1.82
154123--154169	21	2.2	21	92	0	76	29	8	6	55	1.55
154629--154712	32	2.7	30	83	7	105	30	38	25	5	1.80
154677--154725	23	2.2	22	88	3	71	32	40	20	6	1.77
154644--154705	16	3.9	16	87	8	99	30	37	25	6	1.81
159478--159506	7	4.1	7	100	0	58	13	13	41	31	1.84
161289--161330	20	2.1	20	100	0	84	42	42	9	4	1.58
162004--162178	85	2.0	87	95	3	318	23	38	5	33	1.77
162538--162596	29	2.0	29	100	0	118	23	3	16	55	1.56
162790--162869	33	2.5	33	93	4	137	25	13	31	30	1.94
163708--163740	14	2.3	15	89	5	50	0	18	3	78	0.87
164763--164834	28	2.6	28	100	0	144	41	4	16	37	1.68
165666--165707	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169729--169769	14	2.9	14	80	20	50	0	19	2	78	0.87
170579--170666	43	2.0	45	93	4	153	50	4	5	39	1.47
170798--170836	12	3.6	12	80	19	50	30	12	28	28	1.93
174003--174029	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
179412--179450	15	2.6	15	83	0	51	35	12	28	23	1.91
181821--181871	26	2.0	26	88	3	77	41	15	29	13	1.86
183514--183637	60	2.1	60	86	3	169	31	15	18	34	1.92
183695--183827	60	2.2	60	89	0	194	33	20	15	30	1.94
185679--185724	23	2.0	23	100	0	92	26	8	4	60	1.44
194582--194715	35	4.1	33	74	23	122	32	22	8	36	1.84
202857--202881	13	1.9	13	100	0	50	44	24	8	24	1.80
205414--205452	12	3.2	12	100	0	78	33	0	41	25	1.56
205493--205581	3	29.7	3	81	4	108	38	0	31	30	1.58
206344--206372	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
211407--211468	32	1.9	32	100	0	124	50	12	12	24	1.76
211675--211756	33	2.5	33	86	4	112	18	39	29	13	1.89
211809--211882	33	2.2	33	83	9	98	14	36	36	12	1.84
211809--211894	33	2.6	33	80	10	88	12	36	38	12	1.82
212421--212472	26	2.0	26	92	0	86	23	40	5	30	1.78
217915--217964	21	2.4	21	96	0	91	42	16	30	12	1.84
231894--231926	16	2.1	16	94	0	57	39	27	6	27	1.80
232110--232192	27	2.8	31	78	16	102	45	9	6	38	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238743--238805	33	2.0	33	87	6	94	12	39	31	15	1.85
239999--240417	214	2.0	210	85	3	572	31	15	15	37	1.89
240891--240937	21	2.2	22	78	17	55	8	27	2	61	1.36
241700--241732	12	2.6	13	85	9	50	9	15	0	75	1.03
245018--245076	28	2.1	28	100	0	118	49	10	16	23	1.77
246174--246207	1	34.0	1	93	0	59	0	0	2	97	0.19
269951--270008	27	2.1	27	83	0	71	31	32	1	34	1.68
271051--271081	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
273437--273472	2	17.0	2	88	11	54	47	5	0	47	1.25
273437--273472	9	4.2	8	96	3	54	47	5	0	47	1.25

Tables:   1   2