Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011031.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11052, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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Found at i:1274 original size:322 final size:323
Alignment explanation
Indices: 509--5032 Score: 1634
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499 GTTTTACCTC
* * *** * * *
509 AAAAATTGAAGGGTTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTTCCCA-AATTTATTCCTA
1 AAAAATTGAAGGGTTTTCAAGCTTCAAATATCGTTTTTC--CAATCTT-CCAGAATTAATT-TTA
* * * * * * * *
573 ATTAAATCGAAACAGGATTCAGCTGCTTGTAAAAA-AAATCTTTAAATCCAATGTGGTTGAGATT
62 ATTAAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATT
* **
637 TGGTTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTC-TTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGG
127 TGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTC-G
* * *
701 GGCTCCGGAACGCGTTTTTAGT-CAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTT
191 GGCTCCGAAACGCGTTTTTA-TCCAAAAACT-TGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAA---T
* * * *
765 GCTAAAACTGACCCGAAATGTTTTTCCTTAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAAT
251 ACTAAAACTGA--CAAAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAAC
* * *
830 TCAATGCCAA
314 ACAACGCAAA
* * * * * ** *
840 GAAAATTGACGGGTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCATTTTTTTAGAATTTATTTTAATTA
1 AAAAATTGAAGGGTTTTCAAGCTTCAAATATCGTTTTTCCAATCTTCCAGAATTAATTTTAATTA
** * ** *
905 AATTGAAATAAGATTCGGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGT
66 AATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTGGT
* * *
970 TAC-ATGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTTCTG-GAAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGG
131 T-CGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT-TGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCG-GG
* *
1033 CCCCGAAACGCGTTTTTATCCAAAAATCTTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAA-ACT-GA
193 CTCCGAAACGCGTTTTTATCCAAAAA-CTTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATACTAAA
* * *
1096 CCTGA-AAAAT-TTTTT-CTCCATTTTTTTGAC-ACAATACTCAGAAAAAATATATAACACACCG
257 ACTGACAAAATGTTTTTCCT-CAATTTTTTG-CTACAATACTCAGAAAAAATATATAACACAACG
1157 CAAAA
320 C-AAA
* ** *
1162 AAAAATTGAAGGGTTTTTTAAGCTTTTAATATCG-TTTTCCAATCTTCCA-AATTAATTTTTATT
1 AAAAATTGAAGGG-TTTTCAAGCTTCAAATATCGTTTTTCCAATCTTCCAGAATTAA-TTTTA-A
* * *
1225 TTAAA-CCAAACCAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTAAAATTT
63 TTAAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTT
* * * **
1289 GGTTCGTTGAATATAAATATTTCAGGGAGT-TTTTGCGTTAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGG
128 GGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGG
* * * * * * *
1353 ACTGCGTAACGCGTTTTTAGCCGAAAACGCTGATGGTTAGTATACGATTTCAGATAAAAT--T--
193 -CTCCGAAACGCGTTTTTATCCAAAAAC-TTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATACTAA
* * * ** * * ** ** * *
1414 --TTG-CAAAA-ATTTTCCCGAAAAGTTTTTCCT-CAATTTTTC-----CCACA-AT-ACTC-A-
256 AACTGACAAAATGTTTTTCC-TCAATTTTTTGCTACAA-TACTCAGAAAAAATATATAACACAAC
1465 G--AA
319 GCAAA
* ** * * * *
1468 AAAAATTGAAGGCTTTTCACA-CTTGTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCA-AATTTATTTCAGA
1 AAAAATTGAAGGGTTTTCA-AGCTTCAAATATCGTTTTTCCA-ATCTTCCAGAATTAATTTTA-A
* * * * * * **
1531 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAGAAAA-AAATCTTTAAATCGAAACGTATACTG--A
63 TTAAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTA-AAAACAAATCCTTAAATC-CAATGT-GGCTGAAA
* * * **
1593 --TGGTT--A-G--TATACG--ATTTC--GGA-TAAAATTTTGC--AAAAATTGACCCGAAAAGT
125 TTTGGTTCGATGAATATA-GATATTTCAAGGAGT---CTTTTGCGAAAAAAATCATGC-AAAA-T
* * * ** * **
1644 T--TTAC---CT-C--AA----TTTTTTTCCCATAATACTTAGAT--AAAATATAAAATTGAAT-
184 TGAGT-CGGGCTCCGAAACGCGTTTTTAT-CCA-AAAACTT-GATGGTTAGTATACGATT---TC
* * * * * * * ** * *
1694 GCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCAC-GCTTCTAATATCGTTTTTCCT-TTTTTTTTCCTA-ATTT
242 GGCTAAAATACT-AA-------AACTG--AC-AAAAT-GTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACA-AT
* * * * * * *
1756 ATGTCTATTTAAAACGAAACCAGATTAAGATGC-TCGTAAA
294 A-CTC-A---GAAA--AAA-TATA-TAACA--CAACGCAAA
* * ** * * * * * *
1796 AACAAATCTTATTTCACCGGTTCTGTTGCCGGTCCGGTTTCAAAAACCTTGGTTTTCCATTTTTT
1 AA-AAAT-TGA----A--GGGT-T-TT-CAAG--C---TTCAAATA--TCGTTTTTCCAATCTTC
* * * ** * *
1861 TAGAATTTATTTTATTTAAATTAAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
48 CAGAATTAATTTTAATTAAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* *
1926 ATGTGGCTGACATTTGGTTAC-ATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTCTG-G-AAAAAATCA
113 ATGTGGCTGAAATTTGGTT-CGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT-TGCGAAAAAAATCA
* * * *
1988 TGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGAGTTTTTATCCAAAAATCGTGATGGTTAGTATACGAT
176 TGCAAAATTGAGTC-GGGCTCCGAAACGCGTTTTTATCCAAAAA-CTTGATGGTTAGTATACGAT
* * * * * *
2053 TTCGACTAAAA-ACT-GACCCG--AAAA-GTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATAGTCAGAAAA
239 TTCGGCTAAAATACTAAAACTGACAAAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAA
* **
2112 AATATATAACTCAACGCCGA
304 AATATATAACACAACGCAAA
* * * * * * * * * * *
2132 AAAGATTGAAAGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTCC-GAATTGATCTCTAT
1 AAAAATTG-AAGGGTTTTCAAGCTTCAAATATCGTTTTTCCA-ATCTTCCAGAATTAAT-TTTAA
* * * * * *
2196 TTAAAACGAAACCAGATTAAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTCAATCCAATTTGGCT-AAGATT
63 TTAAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAA-ATT
* * * **
2260 TGGATT-GATAAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCG
127 TGG-TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTC-
* * * **
2324 GGGCTCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACGCTGATGGTTAGTGCACGATTTCGGCTAAAATT
190 GGGCTCCGAAACGCGTTTTTATCC--AAAAAC-TTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAA--
* * * * * *
2389 TTGCAAAAATTGACTCTAAAA-GTTTTTCCTCAA-TTTTTCCCACAATACTTAGAAAAAATATAT
250 -TACTAAAACTGA--C-AAAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATAT
***
2452 AATTGAATTC-CAAA
311 AACACAA--CGCAAA
* * * * * * *
2466 AAAAA-TGAAGGGTTATCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCA-AATTTATTTCTAAA
1 AAAAATTGAAGGGTTTTCAAGCTTCAAATATCGTTTTTCCA-ATCTTCCAGAATTAATTT-TAAT
* * * * * *
2529 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAA-AAATCCTTAAATCCAATATGGTTGAGATTTG
64 TAAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTG
* * * ** *
2593 GTTCAATGAATATGGATATTTCGAGGAGTC-TTTGCGCTAAAAATCATGCAAAATTGAGTAGGGG
129 GTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGT-CGGG
* * ** * * * * *
2657 CTTCGTAACGCG--TTT-T---AACGC-TGATGCTTAGTACACGAATTCGGCTAAAATTTTGCAA
193 CTCCGAAACGCGTTTTTATCCAAAAACTTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAA---TACTA
* * * * * * ***
2715 AAATTGACCCGAAAA-GTTTTTCCTCATTTTTTTCCCATAATACTCATAAAAAATATATAATTGA
255 AAACTGA--C-AAAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAACACA
* *
2779 ATGCCAA
317 ACGCAAA
* * * *
2786 AAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTT-ATAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCCA-AATTTATTTCT
1 AAAAATTGAAGGGTTTTCAAGCTTCA-AATATCGTTTTTCCA---ATCTTCCAGAATTAATTT-T
* * * * * *
2849 AATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGACTGAGAT
61 AATTAAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAAT
* * ** * *
2914 TTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGACCCTTTCTGC--AAAAAATCACGCAAAATTGAGCC
126 TTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT-TGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
* * * *
2977 GTGGCTTCGAAACGCGTTTTAATCCAAAAATCGTGATGGTTAGTATAAGATTTCGGCT-AAA-AC
190 G-GGCTCCGAAACGCGTTTTTATCCAAAAA-CTTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATAC
* * * * * * *
3040 T-GACCCG--AAAA-GTTTTTTCTTAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAACTCAA
253 TAAAACTGACAAAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAACACAA
*
3101 CGCTAA
318 CGCAAA
** * * * * * *
3107 AAAGGTTGAAGGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTCTGAATTAATTTCTAAT
1 AAAAATTGAAGGG-TTTTCAAGCTTCAAATATCGTTTTTCCAATCTTCCAGAATTAATTT-TAAT
* * * * *
3172 TAAAACGAAACATGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTTGAT-AAGATTT
64 TAAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAA-ATTT
** * * ** *
3236 GACTCGATGAATATAGATATTTCAATGAGT-TGTTGCGCCAAAAATAATGCAAAATTGAGTCGCG
128 GGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCG-G
* * ** * * ** *
3300 GATCCGTAACTTGTTTTTAGT-CAAAAACTGTAATGGTTAGTACACGATTTCAACTAAAATTTTG
192 GCTCCGAAACGCGTTTTTA-TCCAAAAACT-TGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAA---TA
* * * * * * *
3364 CAAAAATTGATCCGAAAA-GTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACATTACTCAGAAAAAATATATAAT
252 CTAAAACTGA--C-AAAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAAC
** * *
3428 TGAATGCTAA
314 ACAACGCAAA
* * * ** ** * * *
3438 AAACATTAAAGGGTTTACACACGCTTCTAAAT-TTTTTTTTTTATTTTTTTCCA-AATTTATTTC
1 AAAAATTGAAGGGTTTTCA-A-GCTTC-AAATATCGTTTTTCCA--ATCTTCCAGAATTAATTT-
** ** * * * * *
3501 TAATTAAATTGAAATGAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAGTCCAATGTGGTTGAGA
60 TAATTAAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAA
* * ** * * *
3566 TTTGATTCGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTC-TTTGCGCCAAAAATCTTGCAAAATTTAGCC
125 TTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
* * * * * *
3630 GGGTCTCCGGAACGTGTTTTT-TGCCAAAAACAGTGATGATTAGTACACGATTGCGGCTAAAATT
190 GGG-CTCCGAAACGCGTTTTTAT-CCAAAAAC-TTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAA--
* * *
3694 TTGCAAAAATTGACCTGAAAA-GTTTTTCCTCAA-TTTTT--T-C----C-C-------------
250 -TACTAAAACTGA-C--AAAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATAT
* *
3736 -ACA-TACTCAAA
311 AACACAACGCAAA
* * * * *
3747 AAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTC-TATATCGTTTTTCCATTTTTCCA-AATTTATTTCTAATT
1 AAAAATTGAAGGGTTTTCAAGCTTCAAATATCGTTTTTCCAATCTTCCAGAATTAATTT-TAATT
* * * * ** * * * *
3810 AAATCAAAACAATATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATTCTTAAATTTAGTATGGTTGAGATTTGG
65 AAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTGG
* * *
3874 TTCGATGAATATTGATATTTCGAGGAGTC-----C---AAAAATCCTGCAAAATTGAGTCGGGGC
130 TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTC-GGGC
* * * * * *
3931 T-CTAGAACACATTTTTATCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
194 TCCGA-AACGCGTTTTTATCCAAAAACT-TGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAA---TACT
* * * * * * * * **
3995 AAAACTGACCCGAAATATTTTTTCTCAATTTTTTACCACAATACTCAGCAAAGATAAATAATTCA
254 AAAACTGA--CAAAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAACACA
4060 ACGCCAAA
317 ACG-CAAA
* * * * * * *
4068 AAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAAATTTTTTGGTC-GATTTATTTT
1 AAAAATTGAAGGG-TTTTCAAGCTTCAAATATCGTTTTTCC-AA--TCTT--CCAGAATTAATTT
* * * * * * * * * *
4132 TTATT-AATACGAAACAAGATTCAGATGCTTGCAAAAAGAAATCGTTAAATCAAATGTGGTTGAG
60 TAATTAAAT-CCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAA
* * * * * *
4196 ATTTGGTTAGAAGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTTCTGC--CAAAAATCATGCAAAACTAAG
124 ATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT-TGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAG
* * * ** * * * *
4259 -CTGAGG-TCCCGAAATGCGTTTTT-TGCCAAAAACCGTGATTGCAAATACACGATTTTGGTTAA
188 TC-G-GGCT-CCGAAACGCGTTTTTAT-CCAAAAA-CTTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAA
*** * * * * *
4321 AAGT--T-GGCCCG--AAAA-GATTGTT-CTTAA----TTGCCACAATACTCAGAGAAAATATAT
248 AA-TACTAAAACTGACAAAATG-TTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATAT
** *
4375 AATTCAACGCCAA
311 AACACAACGCAAA
* * * * *
4388 AAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTTTTCC-GAATTTATTTC
1 AAAAATTGAAGGG-TTTTCAAGCTTCAAATATCG-TTTTTCCA---ATCTTCCAGAATTAATTT-
* * * * *
4452 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATTTGGCTGAGA
60 TAATTAAATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAA
* * *
4517 TATGGTTAC-ATGAATATAGATATTTCAACGAGTTTTTCTGC-AAAAAAATCATGC-AAATCTGA
125 TTTGGTT-CGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT-TGCGAAAAAAATCATGCAAAAT-TGA
* * * * * * *
4579 GCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTTATCCATAAATCGTGATGGTTAATATACGATTTCGACTAAAA
187 GTC-GGGCTCCGAAACGCGTTTTTATCCA-AAAACTTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAA
* * * * *
4644 -ACT-TACCCGA-AAAA--TTTTT-CTCAATTTTTTG-TCACAGTACTCAGAAAAAATGTATAAC
250 TACTAAAACTGACAAAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCT-ACAATACTCAGAAAAAATATATAAC
* * *
4702 TCAATGCCAA
314 ACAACGCAAA
* * * * ** * * * * *
4712 AAAGATTGAAGGTTTTTTACGCTTCTTATATCATTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATT
1 AAAAATTGAAGGGTTTTCAAGCTTCAAATATCGTTTTTCCAATCTTCCAGAATTAATTT-TAATT
* * *
4777 AAAACAAAATC-AGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGTCT-AAGATTT
65 AAATCCAAA-CAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAA-ATTT
**
4840 GGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC-TTTGCGCTAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGG
128 GGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTC-GG
* * * * * * *
4904 GCTCCGTAATGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAGTTAATCAGACGATTTCGGCTAAAATTTTG
192 GCTCCGAAACGCGTTTTTATCCAAAAACT-TGATGGTTAGT-ATACGATTTCGGCTAAAA---TA
* * * *
4969 CAAAAATTGACCCCAAAA-GTTTTTCCTCAAATTTTTTTCCCACAATACTCAG-AAAAATATATA
252 CTAAAACTGA---CAAAATGTTTTTCCTC-AA-TTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATA
5032 A
312 A
5033 TTGAATG
Statistics
Matches: 3235, Mismatches: 635, Indels: 645
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
288 13 0.00
289 3 0.00
290 11 0.00
291 1 0.00
292 3 0.00
294 1 0.00
295 6 0.00
296 89 0.03
297 14 0.00
298 8 0.00
299 11 0.00
300 13 0.00
302 1 0.00
303 52 0.02
304 51 0.02
305 24 0.01
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308 10 0.00
309 29 0.01
310 1 0.00
311 3 0.00
312 2 0.00
313 2 0.00
317 14 0.00
318 20 0.01
319 93 0.03
320 563 0.17
321 426 0.13
322 168 0.05
323 136 0.04
324 130 0.04
325 17 0.01
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329 82 0.03
330 133 0.04
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332 129 0.04
333 257 0.08
334 24 0.01
335 63 0.02
336 11 0.00
337 4 0.00
338 4 0.00
339 4 0.00
341 4 0.00
343 3 0.00
344 14 0.00
345 50 0.02
346 35 0.01
347 6 0.00
348 3 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
351 1 0.00
352 7 0.00
353 14 0.00
354 10 0.00
355 2 0.00
356 1 0.00
357 1 0.00
358 1 0.00
360 2 0.00
361 3 0.00
362 12 0.00
363 5 0.00
364 14 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (323 bp):
AAAAATTGAAGGGTTTTCAAGCTTCAAATATCGTTTTTCCAATCTTCCAGAATTAATTTTAATTA
AATCCAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAAATTTGGT
TCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTTGCGAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGCTC
CGAAACGCGTTTTTATCCAAAAACTTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATACTAAAACTG
ACAAAATGTTTTTCCTCAATTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAACACAACGCAAA
Found at i:2817 original size:321 final size:322
Alignment explanation
Indices: 1848--5039 Score: 2528
Period size: 320 Copynumber: 9.9 Consensus size: 322
1838 AAAACCTTGG
* * ** *
1848 TTTTCCATTTTTT-TAGAATTTATTT-TATTTAAATTAAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
1 TTTTCCATTTTTTCCA-AATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * *
1911 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAC-ATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTT
65 AAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTT-CGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
** * * * *
1975 -CTGGAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGAGTTTTTATCCAAAAATCGTGAT
129 GC-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCG--TTT-T----AAA-CGTGAT
* * *
2039 GGTTAGTATACGATTTC-G-----A--CT--AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTT-CTCAATTTTT
185 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTT
* * * * * * * *
2093 TGCCACAATAGTCAGAAAAAATATATAACTCAACGCCGAAAAGATTGAAAGGTTTTTTACGCTTC
250 TCCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTG-AAGGGTTTTCACGCTTC
2158 TAATATCGT
314 TAATATCGT
* * * * * * * * *
2167 TTTTTCATTTTTTCCGAATTGATCTCTATTTAAAACGAAACCAGATTAAGATGCTCGTAAAAGCA
1 TTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * * *
2232 AATCCTTCAATCCAATTTGGCTAAGATTTGGATT-GATAAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTT
66 AATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGG-TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAG-TCTTT
*
2296 CCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACGCTGA
129 GCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCG-TTTT--------AAACG-TGA
* * *
2361 TGGTTAGTGCACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCTAAAAGTTTTTCCTCAA-TTT
184 TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTT
* * * * *
2425 TTCCCACAATACTTAGAAAAAATATATAATTGAATTCCAAAAAAAATGAAGGGTTATCACGCTTC
249 TTCCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTC
2490 TAATATCGT
314 TAATATCGT
* *
2499 TTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTAAATAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAA-A
1 TTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * *
2563 AATCCTTAAATCCAATATGGTTGAGATTTGGTTCAATGAATATGGATATTTCGAGGAGTCTTTGC
66 AATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC
* * * *
2628 GCTAAAAATCATGCAAAATTGAGTAGGGGCTTCGTAACGCGTTTT-AACGCTGATGCTTAGTACA
131 GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCGTTTTAAACG-TGATGGTTAGTACA
* * *
2692 CGAATTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCATTTTTTTCCCATAATA
195 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTCCCACAATA
* * *
2757 CTCATAAAAAATATATAATTGAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTATAATATCGT
260 CTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATATCGT
*
2820 TTTTCCATTTTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAA
1 TTTTCCA--TTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
* ** * * **
2885 CAAATCCTCAAATCCAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGACCCTTT
64 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
* * * * * *
2950 -CTGCAAAAAATCACGCAAAATTGAGCCGTGGCTTCGAAACGCGTTTTAATCCAAAAATCGTGAT
129 GC-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCG-TTT--T----AAA-CGTGAT
* * * *
3014 GGTTAGTATAAGATTTCGGCTAAAA-----C------TGACCCGAAAAGTTTTTTCTTAATTTTT
185 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTT
* * * * ** *
3068 TGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAACTCAACGCTAAAAAGGTTGAAGGGTTTTTTACGCTTC
250 TCCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGG-TTTTCACGCTTC
3133 TAATATCGT
314 TAATATCGT
* ** * * * *
3142 TTTTCCAATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAACGAAACATGATTAAGATGCTCGTAAAAACA
1 TTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * ** *
3207 AATCCTTAAATCCAATGTTGATAAGATTTGACTCGATGAATATAGATATTTCAATGAGT-TGTTG
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* * * ** *
3271 CGCCAAAAATAATGCAAAATTGAGTCGCGGATCCGTAACTTGTTTTTAGTCAAAAACTGTAATGG
130 CGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAAC--GCGTTT--T---AAAC-GTGATGG
** * *
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187 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTC
* * * * * *
3401 CCACATTACTCAGAAAAAATATATAATTGAATGCTAAAAACATTAAAGGGTTTACACACGCTTCT
252 CCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTT--TCACGCTTCT
**
3466 AA-ATTTTT
315 AATA-TCGT
** * ** *
3474 TTTTTTATTTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATTGAAATGAGATTCAGATGCTCGTAAAAAA
1 TTTTCCA-TTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * *
3539 AAATCCTTAAGTCCAATGTGGTTGAGATTTGATTCGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTG
65 AAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTG
* * * * * * *
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130 CGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCG--TTTT-----AAAC-GTGATGG
* *
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187 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTC
3734 CCAC-ATA--C----------------TC-A----AAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCT-A
252 CCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAA
3774 TATCGT
317 TATCGT
* *
3780 TTTTCCA-TTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCAAAACAATATTCAGATGCTCGTAAAAA-A
1 TTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* ** * * * *
3843 AATTCTTAAATTTAGTATGGTTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCGAGGAG----T--
66 AATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC
* * * *
3902 -CCAAAAATCCTGCAAAATTGAGTCGGGGCTCTAG-AACACATTTTTATCCAAAAACTGTGATGG
131 GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTC-CGTAACGC--GTTT-T----AAAC-GTGATGG
* *
3965 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAATA-TTTTTTCTCAATTTTTT
187 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-AGTTTTTCCTCAATTTTTT
* * * * *
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*
4094 TAATATCAT
314 TAATATCGT
* * * * * *
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1 TTTTCC--ATTTTTT--CCAAATTTATTTCTAATTAAAT-CGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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180 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAG-TTTTTCCTCA
* * *
4347 A----TTGCCACAATACTCAGAGAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCA
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308 CGCTTCTAATATCG-T
*
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1 TTTTCCA--TTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * * * *
4489 CAAATTCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATATGGTTAC-ATGAATATAGATATTTCAACGAGT-TT
64 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTGAGATTTGGTT-CGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
* * * * * *
4552 TTCTGCAAAAAAATCATGC-AAATCTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTTATCCATAAATCGT
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* * * * *
4616 GATGGTTAATATACGATTTCGACT---A------AAAACTT-ACCCGAAAAATTTTT-CTCAATT
182 GATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATT
** * * * * * *
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* *
4735 TCTTATATCAT
312 TCTAATATCGT
** * * * *
4746 TTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAACAAAATC-AGATTAAGATGCTCGTAAAAAC
1 TTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAA-CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
*
4810 AAATCCTTAAATCCAATGT-GTCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT
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* * *
4874 GCGCTAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAATGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATA
129 GCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCG-TTTT------AAAC-GTGATG
* * *
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186 GTTAGT-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTC-AA-TTT
*
5004 TTTCCCACAATACTCAG-AAAAATATATAATTGAATG
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Statistics
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Found at i:2928 original size:975 final size:962
Alignment explanation
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Period size: 975 Copynumber: 4.6 Consensus size: 962
499 GTTTTACCTC
* * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * *
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** * *
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* * * * *
961 ACATTTGGTTACATGAATATAGATATTTCAAGGACTCTTTCTGGAAAAAAATCATGCAAAACTGA
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* * *
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* * * * * *
1090 AACTGACCTGAAAAATTTTTTCTCCATTTTTTTGACACAATACTCAGAAAAAATATATAACACAC
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* * * * * * *
1155 CGCAAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTAAGCTTTTAATATCG-TTTTCCA-ATCTTCCAAATTAAT
630 CGC-CAAAAAGATTGAAGGGTTTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTAA-
* * * * * * *
1218 TTTTATTTTAAACCAAACCAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTCAATCCAATGTGGCTA
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* * * * * * **
1283 AAATTTGG-TTCGTTGAATATAAATATTTCAGGGAGTTTTTGCGTTAAAAATCATGCAAAATTGA
758 AGATTTGGATT-GATAAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAATTGA
* * * * *
1347 GTCG-GGACTGCGTAACGCGTTTTTAGCC-GAAAACGCTGATGGTTAGTATACGATTTCAGATAA
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** *
1410 AATTTTGCAAAAATTTTCCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTCCCACAATACTC-----------
884 AATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAGTTTTT-CTCAATTTTTCCCACAATACTCAGAAAAAATAT
1464 --------A-G--AA
948 ATAATTGAATGCCAA
* * *
1468 AAAAATTGAA-GGCTTTTCACACTTGTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCAAATTTATTTC-AG
1 AAAAATTGAAGGGCTTATCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTTATTTCTA-
* * * *
1530 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAGAAAAAAATCTTTAAATCGAA-A-CGTAT-ACTG
65 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA-AAAAAAATCCTTAAATCCAATATGGT-TGA--G
* * * * **
1592 A--TGGTT--A-G--TATACG--ATTTC--GGA-TAAAATTT-TGCAAAAATTGACCCGAAAAGT
126 ATTTGGTTCAATGAATATA-GATATTTCAAGGAGT---CTTTGCGCAAAAAATCATGC-AAAA--
* * ***** * ** * * * * * **
1644 TTTACCTCAATTTTTTTCCCATAATAC-TTAGATAAA-AT-ATAAAATTGAATGCCAAAAAAATT
184 TTGAGC-C---GGGGCTCCGA-AACGCGTT--TTAAACGTGAT--GATT--A-G-TACACGAATT
** *** * * ** *
1706 --G--AAGGGTTTT-C-ACGCTT----CTAATATCGTTTTTCCT-TTTTTTTTCCTAATTTATGT
236 CGGCTAA-AATTTTGCAAAAATTGACCCGAA-A-AGTTTTTCCTCAATTTTTTCCCAA---A---
* * ** * * * *
1760 CTATTTAAAACGAAACCAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTATTTCACCGGTTCTGTTGC
292 -TACTCAAAA--AAATTATAAT-A-ATGC-C---AAAA-AAAT-TGA----A--GGGT-T-TT-C
* * * * * * *
1825 -CGGTCCGGTTTCAAAAACCTTGGTTTTCCATTTTTT-TAGAATTTATTT-TATTTAAATTAAAA
337 AC-G--C---TTC-TATA--TCGTTTTTCCATTTTTTCCA-AATTTATTTCTAATTAAATCAAAA
* * *
1887 TAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTACATGAA
392 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA
* *
1952 TATAGATATTTCAAGAAGTCTTTCTGGAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGA
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2017 GTTTTTATCCAAAAA-TCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTT
521 GTTTTTATCCAAAAACT-GTGATGGTTAGTATACGATTTCGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTT
* * *
2081 TTCTCAATTTTTTGCCACAATAGTCAGAAAAAATATATAACTCAACGCCGAAAAGATTGAAAGGT
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* *
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650 TTTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTAAT-TCTATTTAAAACGAAACCAG
* *
2211 ATTAAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTCAATCCAATTTGGCTAAGATTTGGATTGATAAATATA
714 ATTAAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATTTGGATAAGATTTGGATTGATAAATATA
*
2276 GATATTTCAAGGAGTTTTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGTAACGCGTT
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* *
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842 TTTAGCC-AAAAAACG-TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCG
* *
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*
2465 AAAAAATGAAGGG-TTATCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCAAATTTATTTCTAA
1 AAAAATTGAAGGGCTTATCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTTATTTCTAA
* *
2528 ATAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAAAAATCCTTAAATCCAATATGGTTGAGATTTG
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* * * **
2593 GTTCAATGAATATGGATATTTCGAGGAGTCTTTGCGCTAAAAATCATGCAAAATTGAGTAGGGGC
131 GTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGC
* * *
2658 TTCGTAACGCGTTTT-AACGCTGATGCTTAGTACACGAATTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
196 TCCGAAACGCGTTTTAAACG-TGATGATTAGTACACGAATTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
*
2722 CCCGAAAAGTTTTTCCTCATTTTTTTCCCATAATACTCATAAAAAATATATAATTGAATGCCAAA
260 CCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTCCCA-AATACTCA-AAAAAAT-TATAA-T-AATGCCAAA
*
2787 AAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTATAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCCAAATTTATTTCTAAT
320 AAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCT-ATATCGTTTTTCCA--TTTTTTCCAAATTTATTTCTAAT
* * * *
2852 TAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCCAATGTGACTGAGATTTG
382 TAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
* ** * *
2917 GTTAGATGAATATAGGTATTTCAAGGACCCTTTCTGCAAAAAATCACGCAAAATTGAGCCGTGGC
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** * * * *
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511 CCCGAAACGAGTTTTTATCCAAAAACT-GTGATGGTTAGTATACGATTTCGACTAAAAACTGACC
* *
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*
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* * * * * * *
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** * * **
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*
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*
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* * * * ** **
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* ** * *
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* * * * * *
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128 TTGGTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGG
* * *
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* *
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* * ** * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* *
4388 AAAAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTTATTTCT
1 AAAAATTGAAGGGCTTATCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCA-TTTTTTTCCAAATTTATTTCT
* * *
4453 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATTTGGCTGAGAT
64 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATCCAATATGGTTGAGAT
* * *
4518 ATGGTT-ACATGAATATAGATATTTCAACGAGT-TTTTCTGCAAAAAAATCATGC-AAATCTGAG
128 TTGGTTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC-GC-AAAAAATCATGCAAAAT-TGAG
* * * * * * *
4580 CCGGGGCCCCGAAACGCATTTTTATCCATAAATCGTGATGGTTAATATACGATTTCGACT---A-
189 CCGGGGCTCCGAAACGC---GTT-T---TAAA-CGTGATGATTAGTACACGAATTCGGCTAAAAT
* * ** *
4641 -----AAAACTT-ACCCGAAAAATTTTT-CTCAATTTTTTGTCACAGTACTCAGAAAAAATGTAT
246 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTCCCA-AATACTCA-AAAAAAT-TAT
* * * * **
4699 AACTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGTTTTTTACGCTTCTTATATCATTTTTCCATTTTTTCTGAA
308 AA-T-AATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTC-TATATCGTTTTTCCATTTTTTCCAAA
* * *
4764 TTAATTTCTAATTAAAACAAAATC-AGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
370 TTTATTTCTAATTAAATCAAAA-CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATG
* * * *
4828 TGTCTAAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCTAAAAATCATGCAAA
434 TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTT-CGCAAAAAATCATGCAAA
* * * * * * * * * *
4893 ATTGAGTCGGGGCTCCGTAATGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAGTTAATCAGACGATTTCGG
498 ATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGAGTTTTTATCCAAAAACTGTGATGGTTAGT-ATACGATTTCGA
4958 CTAAAA
562 CTAAAA
4964 TTTTGCAAAA
Statistics
Matches: 2805, Mismatches: 444, Indels: 487
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
941 13 0.00
942 18 0.01
943 6 0.00
945 4 0.00
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947 10 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (962 bp):
AAAAATTGAAGGGCTTATCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTTATTTCTAA
TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCCAATATGGTTGAGATTTG
GTTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGC
TCCGAAACGCGTTTTAAACGTGATGATTAGTACACGAATTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAC
CCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTCCCAAATACTCAAAAAAATTATAATAATGCCAAAAAAATT
GAAGGGTTTTCACGCTTCTATATCGTTTTTCCATTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCAAA
ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGA
GTTTTTATCCAAAAACTGTGATGGTTAGTATACGATTTCGACTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTT
TCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTT
TTTTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTAATTCTATTTAAAACGAAACCAGAT
TAAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATTTGGATAAGATTTGGATTGATAAATATAGA
TATTTCAAGGAGTTTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGAGGTCCGTAACGCGTTTTTA
GCCAAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAGT
TTTTCTCAATTTTTCCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTGAATGCCAA
Done.