Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011033.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11054, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.16, T:0.33
Found at i:5284 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 4437--5585 Score: 1052
Period size: 330 Copynumber: 3.5 Consensus size: 330
4427 ATTTTAATTA
* * * *
4437 GAAAATTTTTT-CTCAAGTTTTTGCCATAATTCTCATAAAAAATATATAATTCAACGGCAGAAAT
1 GAAAATTTTTTCCTCAA-TTTTGGCCAAAATTCTCATAAAAAATATATAATTAAAC-GCA-AAAA
* *
4501 ATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCA-TTTT-TTTTCTTTTTCAAATTAA-TTCTTAATTA
63 ATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTTTTTTTTTTCAAATTAATTTC-TAATTA
* * *
4563 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACATATCCTTAAACCCAATGTGCCTGAGATTTGAT
127 AATCGAAACAATATTCAGATGCTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGAT
* *
4628 TAGATTAATATTGATATTTCAAGAAGTCTTGGTGAAAAAAAATCATGCAAAATTGAGCTGGAGCC
192 TAGATGAATATTGATATTTCAAGAAGTCTTGGTGAAAAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGCC
* *
4693 CTAAAACGCGTTTTTAACCAAATACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAA
257 CTAAAACGCATTTTTAACCAAATACAGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAA
*
4758 AATTGACCC
322 AACTGACCC
* *
4767 G-AAATATTTGTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACAC-CGAAA
1 GAAAAT-TTTTTCCTCAA-TTTTGGCCAAAATTCTCATAAAAAATATATAATT-AA-ACGC-AAA
* * * * * * *
4829 AAATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCAAATATCGTTTTTC-CTATTTTTT-AAATTAATTTATAATT
61 AAATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTTTTTTTTTTCAAATTAATTTCTAATT
* * * * *
4892 AAATCGAAACCGAT-TTCAGATGCTCGTAAAAACATATCGTTAAATTCAATGTGGTTGAGATTT-
126 AAATCGAAA-CAATATTCAGATGCTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
* * **
4955 AGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAGTCTTGGTG-CCAAAAATCATAG-AAAACTGAG-TCG
190 A-TTAGATGAATATTGATATTTCAAGAAGTCTTGGTGAAAAAAAATCAT-GCAAAACTGAGCT-G
* * * *
5017 G-GCCCCT-TAACGCATTTTTAGCCAAGA-ACAGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGCT-AAATA
252 GAG-CCCTAAAACGCATTTTTAACCAA-ATACAGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT-
5078 TTTGTAAAAACTG-CCC
314 TTTGTAAAAACTGACCC
* * *
5094 GAAAATTTTTTCCTCAATTTTCGGTCACAATTCTCATAAAAAATATGTAATTAAACGCAAAAAAG
1 GAAAATTTTTTCCTCAATTTT-GGCCAAAATTCTCATAAAAAATATATAATTAAACGC-AAAAA-
* *
5159 ATTGAAGGGCTTTTCAC-ATGTCTAATATCATTTTTCTTTTTTTTTTCAAAATTAATTTCTGATT
63 ATTGAAGGGCTTTTCACGCT-TCTAATATCATTTTTCTTTTTTTTTTC-AAATTAATTTCTAATT
* * * *
5223 AAATCGAAATAATATTCAGACGGTCATAAAAACATATCCCTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGA
126 AAATCGAAACAATATTCAGATGCTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGA
** * * * * * * *
5288 TTAGATGAATATTTTGATATTTCAAGGTGTCTCGCTG-ACAAAAATCACGCAAAATTGAACCGGA
191 TTAGATGAATA--TTGATATTTCAAGAAGTCTTGGTGAAAAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGA
*** * * * * *
5352 GCCCCGGAACAC-GTTTTAGCCAAATATC-GTGATG-TAAAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
254 GCCCTAAAACGCATTTTTAACCAAATA-CAGTGATGAT-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTT
* * *
5414 GCAAACATTGACCC
317 GTAAAAACTGACCC
* ** * * *
5428 G-AAATAGTTTTCCTCAATTTTTTTCCAAAATACTCATAAAAAATGTATAATTTAACATCGAAAA
1 GAAAAT-TTTTTCCTCAA-TTTTGGCCAAAATTCTCATAAAAAATATATAA-TTAA-A-CGCAAA
* * * * * * * * * *
5492 GATAATTGGAGGGCTTTTGAAGGTTGTAATATCGTTTTTCCTATTTTTGTTCCAAATTAGTTTTA
61 -A-AATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTT-CT-TTTTTTTTTCAAATTA-ATTTC
* * *
5557 TAATTAAATCGAAATAAGATTCAAATGCT
121 TAATTAAATCGAAACAATATTCAGATGCT
5586 AGTAAAATTA
Statistics
Matches: 666, Mismatches: 105, Indels: 87
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
326 6 0.01
327 39 0.06
328 101 0.15
329 36 0.05
330 147 0.22
331 113 0.17
332 6 0.01
333 86 0.13
334 45 0.07
335 8 0.01
336 4 0.01
337 30 0.05
338 10 0.02
339 35 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
GAAAATTTTTTCCTCAATTTTGGCCAAAATTCTCATAAAAAATATATAATTAAACGCAAAAAATT
GAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTTTTTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATC
GAAACAATATTCAGATGCTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGA
TGAATATTGATATTTCAAGAAGTCTTGGTGAAAAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGAGCCCTAA
AACGCATTTTTAACCAAATACAGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAACT
GACCC
Found at i:6897 original size:333 final size:333
Alignment explanation
Indices: 6273--6904 Score: 876
Period size: 333 Copynumber: 1.9 Consensus size: 333
6263 CAATGTCCCA
* * * * *
6273 GAGTCTCGGAGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCCCTGAAACACGTTTTGAGCCAAATA
1 GAGTCTCGGAGCCAAAAAGCATGCAAAACTGAGCCAGAGCCCTCAAACACGTTTTGAGCCAAAAA
*
6338 TCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCTC
66 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCTC
* * * * *
6403 AATTTTTGGCCAAATTACTCATAAAAAATATATTATTCAATGTAAAAAAGATTCAAGAGCTTTTC
131 AATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATACATAATTCAACGCAAAAAAGATTCAAGAGCTTTTC
* * *
6468 ACGCTTCTAATATTATTTTTCCTATTTTTTCCAAATAAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGACTT
196 AAGCTTCTAATATTAGTTTTCCTATTTTTTCCAAATAAATTTCTCATTAAATCGAAACAAGACTT
* * *
6533 AGATGCTCGTAAAAACATTTCCTTAAAATCCAGTGTGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATAGCT
261 AGATGCTCGAAAAAACATATCCTTAAAATCCAATGTGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATAGCT
6598 ATTTCAAG
326 ATTTCAAG
* * *
6606 GAGTCTCGGTGCCAAAAAGCATGCAAAACTGAGCCA-AGGCCCTCAAACGCGTTTTTAGCCAAAA
1 GAGTCTCGGAGCCAAAAAGCATGCAAAACTGAGCCAGA-GCCCTCAAACACGTTTTGAGCCAAAA
* * *
6670 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCT
65 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCT
** * ** * *
6735 TGATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATACATAATTCAACGCCAAAACTATTGAAGGGCTTTT
130 CAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATACATAATTCAACGCAAAAAAGATTCAAGAGCTTTT
* * * * *
6800 CAATCTTCTAATA-TCGTTTTCCTATTTTTTCCCCAAATTAATTTCTCTTTAAATCGAAATAAGA
195 CAAGCTTCTAATATTAGTTTTCCTATTTTTT--CCAAATAAATTTCTCATTAAATCGAAACAAGA
*
6864 -TTCAGATGCTCGAAAAAACATATGCTT-AAATCCAATGTGGC
258 CTT-AGATGCTCGAAAAAACATATCCTTAAAATCCAATGTGGC
6905 GGGATTCAAT
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 36, Indels: 8
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
332 16 0.06
333 194 0.75
334 49 0.19
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (333 bp):
GAGTCTCGGAGCCAAAAAGCATGCAAAACTGAGCCAGAGCCCTCAAACACGTTTTGAGCCAAAAA
CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCTC
AATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATACATAATTCAACGCAAAAAAGATTCAAGAGCTTTTC
AAGCTTCTAATATTAGTTTTCCTATTTTTTCCAAATAAATTTCTCATTAAATCGAAACAAGACTT
AGATGCTCGAAAAAACATATCCTTAAAATCCAATGTGGCTGAAATTTGATTAGATGAATATAGCT
ATTTCAAG
Found at i:7715 original size:328 final size:334
Alignment explanation
Indices: 6936--8255 Score: 1359
Period size: 328 Copynumber: 4.0 Consensus size: 334
6926 AGATTAGGGA
* * * * * * *
6936 CCCCGTAACGGGTTTATAGCCAAATACCATGAT-GTAACGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGT
1 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * * * * * *
7000 AAAAATTGATCGGAAATATTTTTCCTCATTTTTTAGCTAAAATACTCATATAAAATATATAATTC
65 AAAAATTGAACCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAAAACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * *
7065 AACGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTT-CTAAATT
130 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCCAAATT
* * * * * * *
7129 AATTTATAATTAAATCGAAATC-GGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATATCCTTAAATCCAATATG
195 AATTTTTGATTAAATCGAAACCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTG
* ** ** ** * *** *
7193 ACTAAGATTTGATTAGATGAATATTTATCTTTCAAGGAGTCTTGGAAACAAAAATTATGCAAAAC
260 GCCGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * *
7258 TGAACCGGGG
325 TGAGCCAGAG
* * * * * * * *
7268 CCTCTGAATGCGTTTTTAGCCAAATACAGTGACGGTTAGTATAGGATTTCGGCTAAAATTTTACA
1 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * * * * * *
7333 AAAGTTGAACCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTGGCC--ATAATTC-TTATAAA-ATATAATTCA
66 AAAATTGAACCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAAAACTCATAAAAAATATATAATTCA
* * *
7394 ACACCTAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACACTTCTAATATCATTTTTCCT-TTTTTTCCCAAATTA
131 ACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCCAAATTA
* * *
7458 ATTTTTGATTAAATCGTAA-CAAGATTCAGATGCTCATAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGG
196 ATTTTTGATTAAATCGAAACCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGG
* * *
7522 CCGAGATTTTATTAGATGAATATTGATAATTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATT
261 CCGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACT
*
7587 GAGTCAGAG
326 GAGCCAGAG
* ** *
7596 CCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAATACCGTGATTATTAGTACACAATTTCGGCT-AAATTTTGCA
1 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* *
7660 AAAA-T-AACGCGAAATATTTTCCCTAAATTTTTGGCCAAAAAACTCATAAAAAATATATAATTC
66 AAAATTGAAC-CGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAAAACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * ** *
7723 AGCGCAAAAAAGATTTAAGGGCTTTTCTTGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCAAATT
130 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCCAAATT
* * * * *
7788 AATTTTTGATTAAATTG-AACCAAGATTCAGATCCTTGTAAAACCATATCCTTAAATCCAGTGTG
195 AATTTTTGATTAAATCGAAACCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTG
** * **
7852 GTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGG-GCCAAAAGGCATGCAAAA
260 GCCGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTC-GGTGCCAAAAATCATGCAAAA
7916 CTGAGCCA-AGG
324 CTGAGCCAGA-G
* * * * * **** *
7927 GCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGATTTTTTTTTGTA
1 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* *
7992 AAAATTG-ACCATAAATATTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATAA-TCATAAAAAATATATAATT
66 AAAATTGAACC-GAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAA-AACTCATAAAAAATATATAATT
* * * * *
8055 CAACGCCAAAAAGTTTGGAA-GGTTTTTCACTCTTCTAATATCGTTTGTCCTATTTTTTCCCAAA
129 CAACGCCAAAAAGATT-GAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCCAAA
* * * * * *
8119 TTAATTTCTGATTAAATCGAAA-TAAGATTTAAATACTCGTAAAAACATATTCTTAAATCCAATG
193 TTAATTTTTGATTAAATCGAAACCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATG
* * ** * *
8183 TGGCTC-AAATTTGATTAGATAAATATAGAT-ATTCCAAGGAGTCTCACTGCCGAAAATTATGCA
258 TGGC-CGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAATT-CAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCA
*
8246 AAACTAAGCC
321 AAACTGAGCC
8256 GGAACCCCTT
Statistics
Matches: 812, Mismatches: 154, Indels: 43
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
325 3 0.00
326 24 0.03
327 19 0.02
328 219 0.27
329 9 0.01
330 58 0.07
331 173 0.21
332 92 0.11
333 209 0.26
334 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (334 bp):
CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
AAAATTGAACCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAAAACTCATAAAAAATATATAATTCA
ACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTCCCAAATTA
ATTTTTGATTAAATCGAAACCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGG
CCGAGATTTGATTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACT
GAGCCAGAG
Found at i:8014 original size:659 final size:664
Alignment explanation
Indices: 6981--8248 Score: 1526
Period size: 659 Copynumber: 1.9 Consensus size: 664
6971 AACGTATACG
* * * * * * *
6981 ATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGATCGGAAATATTTTTCCTCATTTTTTAGCTAAAATACT
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAACGGAAATATTTTCCCTAAATTTTTAGCCAAAAAACT
* * * *
7046 CATATAAAATATATAATTCAACGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
66 CATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTT
* * * * * *
7111 CCCTATTTTTTCTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAATCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAATATA
131 CCCTATTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACCAGATTCAGATCCTCGTAAAAACATA
** * *
7176 TCCTTAAATCCAATATGACTAAGATTTGATTAGATGAATATTTATCTTTCAAGGAGTCTTGGAAA
196 TCCTTAAATCCAATATGACTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTAGGAAA
** * * *
7241 CAAAAATTATGCAAAACTGAACCGGGGCCTCTGAATGCGTTTTTAGCCAAATACAGTGACGGTTA
261 CAAAAAGCATGCAAAACTGAACCAGGGCCTCTGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGACGGTTA
* * * * *
7306 GTATAGGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAGTTGAACCGAAAAATTTTT-CTTCAATTTTTGGCC
326 GTACACGATTTCAGATAAAATTTTACAAAAATTGAACCGAAAAATTTTTCCTT-AATTTTTGGCC
* * * *
7370 ATAAT-TC-TTATAAA-ATATAATTCAACACCTAAAAGATT-GAAGGGCTTTTCACACTTCTAAT
390 AAAATATCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAA-GGCTTTTCACACTTCTAAT
* * * * *
7431 ATCATTTTTCCT-TTTTTTCCCAAATTAATTTTTGATTAAATCGTAACAAGATTCAGATGCTCAT
454 ATCATTTGTCCTATTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAAATACTCAT
* * * *
7495 AAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGGC-CGAGATTTTATTAGATGAATATTGATAATT-CAAGG
519 AAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGGCTC-AAATTTGATTAGATAAATATAGAT-ATTCCAAGG
**
7558 AGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCAGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAATAC
582 AGTCTCACTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCAGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAATAC
7623 CGTGATTATTAGTACACA
647 CGTGATTATTAGTACACA
*
7641 ATTTCGGCT-AAATTTTGCAAAAA-T-AACGCGAAATATTTTCCCTAAATTTTTGGCCAAAAAAC
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAACG-GAAATATTTTCCCTAAATTTTTAGCCAAAAAAC
* * **
7703 TCATAAAAAATATATAATTCAGCGCAAAAAAGATTTAAGGGCTTTTCTTGCTTCTAATATCATTT
65 TCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTT
* * * * * *
7768 TTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATTG-AACCAAGATTCAGATCCTTGTAAAACC
130 TCCCTA-TTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACC-AGATTCAGATCCTCGTAAAAAC
* * ** *
7832 ATATCCTTAAATCCAGTGTGGTTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAG
193 ATATCCTTAAATCCAATATGACTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT-AG
** * * *
7897 G-GCCAAAAGGCATGCAAAACTGAGCCAAGGGCC-C-GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA
257 GAAACAAAAAGCATGCAAAACTGAACC-AGGGCCTCTG-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGA
* **** **
7959 TGGTTAGTACACGATTTCAGATTTTTTTTTGTAAAAATTG-ACC-ATAAATATTTTTCCTTAATT
320 CGGTTAGTACACGATTTCAGATAAAATTTTACAAAAATTGAACCGA-AAA-ATTTTTCCTTAATT
* * * *
8022 TTTGGCCAAAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGTTTGGAAGGTTTTTCACTC
383 TTTGGCCAAAAT-ATCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAAGGCTTTTCACAC
* * *
8087 TTCTAATATCGTTTGTCCTATTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATAAGATTTAAA
447 TTCTAATATCATTTGTCCTATTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAAA
* * *
8152 TACTCGTAAAAACATATTCTTAAATCCAATGTGGCTCAAATTTGATTAGATAAATATAGATATTC
512 TACTCATAAAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAAATTTGATTAGATAAATATAGATATTC
* *
8217 CAAGGAGTCTCACTGCCGAAAATTATGCAAAA
577 CAAGGAGTCTCACTGCCAAAAATCATGCAAAA
8249 CTAAGCCGGA
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 86, Indels: 30
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
657 4 0.01
658 100 0.20
659 201 0.40
660 19 0.04
661 2 0.00
662 5 0.01
663 51 0.10
664 122 0.24
665 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (664 bp):
ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAACGGAAATATTTTCCCTAAATTTTTAGCCAAAAAACT
CATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTT
CCCTATTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACCAGATTCAGATCCTCGTAAAAACATA
TCCTTAAATCCAATATGACTAAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTAGGAAA
CAAAAAGCATGCAAAACTGAACCAGGGCCTCTGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGACGGTTA
GTACACGATTTCAGATAAAATTTTACAAAAATTGAACCGAAAAATTTTTCCTTAATTTTTGGCCA
AAATATCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAAGGCTTTTCACACTTCTAATAT
CATTTGTCCTATTTTTTCCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAACAAGATTCAAATACTCATAA
AAAAATATCCTTAAATCCAATGTGGCTCAAATTTGATTAGATAAATATAGATATTCCAAGGAGTC
TCACTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCAGAGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAATACCGTG
ATTATTAGTACACA
Found at i:12370 original size:109 final size:109
Alignment explanation
Indices: 12218--12512 Score: 441
Period size: 109 Copynumber: 2.7 Consensus size: 109
12208 TAAATTAAAA
**
12218 TGGTAAAAATAAAAAAAATATATAAA-ATATT-GAATTTAATTAAATGAAAATAGAGTTTTTAGT
1 TGGTAAAAAT-AAAGTAAT-TATAAAGATATTAG-ATTTAATTAAATGAAAATAGAGTTTTTAGT
*
12281 AGAATAAAATTGTATATTAGAAAAAATTTTAATATATCCAATTTTTT
63 AGAATAAAATTGTATATTAGAAAAAATTTTAATATATCCAAATTTTT
*
12328 TGGTAAAAATAAAGTAATTATAAAGATATTAGATTTAATTAAATGAAATTAGAGTTTTTAGTAGA
1 TGGTAAAAATAAAGTAATTATAAAGATATTAGATTTAATTAAATGAAAATAGAGTTTTTAGTAGA
*
12393 ATAAAATTGTATATTAGAAAAAATTTTAGTATATCCAAATTTTT
66 ATAAAATTGTATATTAGAAAAAATTTTAATATATCCAAATTTTT
* *
12437 TGGTAAAAATAAAGTAATTATAAAGATATTAGATTTAATTTAATTGAATAAAAATAGAGTTTCTA
1 TGGTAAAAATAAAGTAATTATAAAGATATTAGATTTAA-TT-A---AATGAAAATAGAGTTTTTA
12502 GTAGAATAAAA
61 GTAGAATAAAA
12513 CTATAATAGT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 8, Indels: 10
0.90 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
108 6 0.04
109 123 0.72
110 13 0.08
111 1 0.01
114 27 0.16
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (109 bp):
TGGTAAAAATAAAGTAATTATAAAGATATTAGATTTAATTAAATGAAAATAGAGTTTTTAGTAGA
ATAAAATTGTATATTAGAAAAAATTTTAATATATCCAAATTTTT
Found at i:16081 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 15963--16107 Score: 281
Period size: 73 Copynumber: 2.0 Consensus size: 72
15953 AGATAAATAA
15963 ACGCGTTTGTAACCGACCACGGAGCAGTTTGAGTTTAGACTGTTAATTAGTGATAACTCAAATTG
1 ACGCGTTTGTAACCGACCACGGAGCAGTTTGAGTTTAGACTGTTAATTAGTGATAACTCAAATTG
16028 GTTTTCC
66 GTTTTCC
16035 ACGCGTTTGTAACCGACCACGGAAGCAGTTTGAGTTTAGACTGTTAATTAGTGATAACTCAAATT
1 ACGCGTTTGTAACCGACCACGG-AGCAGTTTGAGTTTAGACTGTTAATTAGTGATAACTCAAATT
16100 GGTTTTCC
65 GGTTTTCC
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ACGCGTTTGTAACCGACCACGGAGCAGTTTGAGTTTAGACTGTTAATTAGTGATAACTCAAATTG
GTTTTCC
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18177 AAAACAACTT
18187 ATAAAACAAGTTA-TA
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18202 ATAAAACAATTAGTA
1 ATAAAACAATTAGTA
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18221 TAAATCCAAT
Statistics
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14 3 0.17
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ATAAAACAATTAGTA
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18239 AGCGGTGCTC
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18274 GGTCTAAATCATGGGCTGCCATATA
1 GGTCTAAATCATGGGCTGCCATATA
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GGTCTAAATCATGGGCTGCCATATA
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18663 CCAAAATAGT
* *
18673 TTAACAAAACCATTTATAAAATAA
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1 TTAACAAAACCAGTAATAAAATA
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TTAACAAAACCAGTAATAAAATAA
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21131 CACGGATTGG
* * * * *
21141 CCAAAATACTTATAAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAGATTGGAGTGCTTTTGACGCTTCTGA
1 CCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCTAA
** * * ** *
21206 TATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTATTATTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCTCGTA
66 TATCATTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
* * * *
21271 AAGACATAACGTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATAGATATAGATATTTCAAGGACT
131 AA-ACATATCGTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGT
* * * *
21336 TTTGGCGCCAAAAATCAT-GCAAAACTAAGCCGGGACCCCTTAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCG
195 CTCGGCGCCAAAAAT-ATAGCAAAACTGAGCCGGG-CCCCTTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
* * * *
21400 TGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCTAAAA-AATTCTCCTCAA
258 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGACCGAAAATATTTTTCCTCAA
* * * * *
21464 TTTTT-GCCACAATTCTCATAAAAAAAATATAATTCAATGTCAGAAATATTGAAGGGCTTTTCAC
322 TTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCAC
* *
21528 GCTTCTAATA-CAATTTTTCTTTTTTCATTTTTTTTCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAA
387 GCTTCTAATATC--TTTTTC---TAT-A-TTTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAA
* * *
21592 GATTCAGATGCTCATAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGACTAGATGAATAT
445 GATTCAGATGCTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT
* * * * ** * ** *
21657 T-GATATTTCAAGAAGTCTTGGTGAAAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGAGCCTAGAACACG
510 TAGATATTTCAAGGAGTCTCGCTG--ACAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGACCCCGGAACGCG
* ** *
21721 TTTATAGCCAAATACCGTGATAATTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCG
573 TTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCG
*
21786 AAATATTTTTCCTCAATTTTTTGG
638 AAATATTTTTCCTCAA-TTTTTGA
* * * * * *
21810 CCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACCCCGAAAAGGTTGGAGGGCTTTTGATGTTTCAAA
1 CCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCTAA
* ** *
21875 TATCATTTTTCCTATTTTTT--AAATTAATTTATAATTAAATTGAAACCGGTTTCAGATGCTCGT
66 TATCA-TTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* *
21938 AAAAGCATATCGTTAAATTCAATGTGGTTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAG
130 AAAA-CATATCGTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAG
* * ** * *
22003 TCTTGGTGCCAAAAATATAG-AATCCTGAGCCGAGGCCCCTTAACGCATTTTTAGCCAAAAACAG
194 TCTCGGCGCCAAAAATATAGCAAAACTGAGCCG-GGCCCCTTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
22067 TGATGGTTTA-TACACGATTTCGGCT-AAATATTTGCAAAAACTGACCCGAAAAT-TTTTTCCTC
258 TGATGG-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT-TTTGCAAAAACTGA-CCGAAAATATTTTTCCTC
* * *
22129 AATTTTTGGCCACAATTCTCATAAAAAATATGTAATTCAACGCAAGAAAGATTGAAGGGCTTTTC
320 AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTC
* * * * * *
22194 ACGCATCTAATATCATTTT-TATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATAATATTC
385 ACGCTTCTAATATCTTTTTCTATATTTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGATTC
*
22258 AGATGGTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATTTTA-
450 AGATGCTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA--TTAG
* *
22322 ATATTTCAAGGTGTCCCGCTGACAAAAATCACT-CAAAATTGAACCGGACCCCCGGAACGCGTTT
513 ATATTTCAAGGAGTCTCGCTGACAAAAATCA-TGCAAAATTGAACCGGA-CCCCGGAACGCGTTT
* * * *
22386 TTAGCCAAATATCGTGATGGTTAACATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
576 TTAGCCAAATACCGTGATGGTT-A-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGA
*
22451 AATAGTTTTCCTCAATTTTTGA
639 AATATTTTTCCTCAATTTTTGA
* * **
22473 CCAAAATTCTCATAAAATATGTATAATTCAACATCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCTA
1 CCAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCTA
* * * *
22538 ATATCGTTTTTCTAATTTTTGTTCCAAATTAATTTTATAATTAAATCGAAATAACATTCAGATGC
65 ATATCATTTTCCT-A-TTTT-TTCCAAATTAA-TTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* * * * * * *
22603 TAGTAAGAA-ATATCATTAACTCCAATATGGCTGATATTTGGTTAGATTAATATAGATATTCCAA
126 TCGTAA-AACATATCGTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAA
* * * * * *
22667 GGAGTCTCGCCGCCAAAACTCTTGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTTAACGCGTTTTTAGCCAAATA
190 GGAGTCTCGGCGCCAAAAATATAGCAAAACTGAGCCGGGCCCCTTAACGCGTTTTTAGCCAAAAA
* * *
22732 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGACCGGAAATATTTTTCCTC
255 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCGAAAATATTTTTCCTC
* * * * *
22797 ATTTTTTTAGCTA-ATATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCC-GAAAAATTGGAGGGCTTT
320 A-ATTTTTGGCCACA-ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTT
* * ** * * ** *
22859 TGACGCTTCTAATAT-TGTTTTCCATATTTTTTCTGAATTAATTTATAATTAAATCGAAACCGGT
383 TCACGCTTCTAATATCT-TTTTCTATATTTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGA
* ** * ** * *
22923 TTCAAATGCTTGTAAGAACATATGGTTAGATCCAATGTGGCTGAGA-TTGGTTAGATGAATA-TA
447 TTCAGATGCTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATTA
** ** *
22986 GATATTTCAAGGAGTCTCATTG-CGAAAAATCATGCAAAATTGAGTCAGAGCCCCGGAACGCGTT
512 GATATTTCAAGGAGTCTCGCTGAC-AAAAATCATGCAAAATTGAACCGGA-CCCCGGAACGCGTT
* * * * * **
23050 TTTATCCAAATACCGTGATTGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTAATCTAAA
575 TTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAA
* *
23115 ATATCTTTCCTCAATTTTTGG
640 ATATTTTTCCTCAATTTTTGA
* * ** ** *
23136 CCAAAATACTCATAGAAATTTATAATTCAACGTAAAAAAGATTCTAGGGCTTTTCACG---CT--
1 CCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCTAA
* * * *
23196 TATCGTTTTCCTATTTTTTTCCAAATCAATTTCTCATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
66 TATCATTTTCCTA-TTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* * * * * * * * *
23261 AAAAAATATCCTTAAATCCATTGTGCCTGAGATCTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAAT
130 AAAACATATCGTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGT
* * * * ** *
23326 CTCAGCACCAAAAAT-TATGCAAAACTGAGCCAAGACCCCGAAACTCGTTTTTAG-------CC-
195 CTCGGCGCCAAAAATATA-GCAAAACTGAGCC-GGGCCCCTTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
* * * * *
23382 --------A--ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATATCTTCCCTC-AT
258 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCGAAAATATTTTTCCTCAAT
* * * * * *
23436 TTTTGGCCAAAATACTCATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTTG-AGAGTTTTTCAC
323 TTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAGAAAGA-TTGAAGGGCTTTTCAC
* *
23500 ACTTCTAATATCGTTTTTCCTATATTTTTTCTAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGATTC
387 GCTTCTAATATC-TTTTT-CTATATTTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGATTC
* * *
23565 AGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAAATAAATA-TAGAT
450 AGATGCTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATTAGAT
* * * * * * *
23629 ATTCCAAGGAGTCTCGCTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGACCGCGTAACGGGTTTTTA
515 ATTTCAAGGAGTCTCGCTGACAAAAATCATGCAAAATTGAACC-GGACCCCGGAACGCGTTTTTA
* * * * * *
23694 GCCAAATACCATAATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAATTTGATCC-AAAGTA
579 GCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAA-TA
*** *
23758 TTTTTCCTTGTTTTTTAA
643 TTTTTCCTCAATTTTTGA
* * * *
23776 CTAAAATACTTATAAAAAAAATGTAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGG
1 CCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGG
23825 ATTTTTCATG
Statistics
Matches: 1690, Mismatches: 274, Indels: 130
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
635 16 0.01
636 20 0.01
637 67 0.04
638 7 0.00
639 81 0.05
640 139 0.08
641 30 0.02
648 2 0.00
653 3 0.00
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665 75 0.04
666 15 0.01
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669 122 0.07
670 16 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (660 bp):
CCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCTAA
TATCATTTTCCTATTTTTTCCAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
AAACATATCGTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTC
TCGGCGCCAAAAATATAGCAAAACTGAGCCGGGCCCCTTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGA
TGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCGAAAATATTTTTCCTCAATTTT
TGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTT
CTAATATCTTTTTCTATATTTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
TCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATTAGATATTTCA
AGGAGTCTCGCTGACAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGACCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAT
ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCT
CAATTTTTGA
Found at i:23076 original size:330 final size:328
Alignment explanation
Indices: 21137--23824 Score: 2417
Period size: 329 Copynumber: 8.2 Consensus size: 328
21127 CTTTCACGGA
* * * *
21137 TTGGCCAAAATACTTATAAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAGATTGGAGTGCTTTTGACGCTT
1 TTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTT
* * * * * ** *
21202 CTGATATCATTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTATTATTAAATCAAAACCGGTTTCAGATGCT
66 CTAATATCGTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
* * * *
21267 CGTAAAGACATAACGTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGAT-AGATATAGATATTTCAA
131 CGTAAA-ACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGA-ATATAGATATTTCAA
* * * * * * *
21331 GGACTTTTGGC-GCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGACCCCTTAACGCGTTTTTAGCAAAA
194 GGA-GTCTCGCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAG-CCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAA
* * * * * * *
21395 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGA-CCTAAAAAATTCTC
257 TACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCCGAAATATTTTTC
*
21459 CTCAATTT
321 CTCATTTT
* * * * * * *
21467 TT-GCCACAATTCTCATAAAAAAAATATAATTCAATGTC-AGAAATATTGAAGGGCTTTTCACGC
1 TTGGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCGA-AAAGATTGGAGGGCTTTTCACGC
* * * * *
21530 TTCTAATA-CAATTTTTCTTTTTTCATTTTTTTTCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGA
64 TTCTAATATC--GTTTTC----CT-ATTTTTTCT-AAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGA
* * * * *
21594 TTCAGATGCTCATAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGACTAGATGAATATTG
121 TTCAGATGCTCGT-AAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAG
* * * ** * * ** *
21659 ATATTTCAAGAAGTCTTGGTGAAAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGAGCCTAG-AACACGTT
185 ATATTTCAAGGAGTCTCGCTG--CCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CCGAGCCCCGTAACGCGTT
* ** * *
21723 TATAGCCAAATACCGTGATAATTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAA
247 TTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
21788 ATATTTTTCCTCAATTTT
312 ATATTTTTCCTC-ATTTT
* * * * *
21806 TTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACCCCGAAAAGGTTGGAGGGCTTTTGATGTTT
1 TTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTT
* * * ** *
21871 CAAATATCATTTTTCCTA-TTTTT-TAAATTAATTTATAATTAAATTGAAACCGGTTTCAGATGC
66 CTAATATC-GTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* * * * *
21934 TCGTAAAAGCATATCGTTAAATTCAATGTGGTTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAA
130 TCGTAAAA-CATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAA
* * ** * *
21999 GGAGTCTTGGTGCCAAAAAT-ATAG-AATCCTGAGCCGAGGCCCCTTAACGCATTTTTAGCCAAA
194 GGAGTCTCGCTGCCAAAAATCAT-GCAAAACTGAGCCGA-GCCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAA
* * *
22062 AACAGTGATGGTTTA-TACACGATTTCGGCT-AAATATTTGCAAAAACTGACCCGAAA-ATTTTT
257 TACCGTGATGG-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT-TTTGCAAAAATTGACCCGAAATA-TTTT
*
22124 TCCTCAATTT
319 TCCTCATTTT
* * * * *
22134 TTGGCCACAATTCTCATAAAAAATATGTAATTCAACG-CAAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGC
1 TTGGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCGA-AAAGATTGGAGGGCTTTTCACGC
* * ** * * * * * *
22198 ATCTAATATCATTTTTATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATAATATTCAGATG
64 TTCTAATATCGTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
* *
22263 GTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATTTTA-ATATT
129 CTCGT-AAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATA---TAGATATT
* * * * * * *
22327 TCAAGGTGTCCCGCTGACAAAAATCACT-CAAAATTGAACCGGACCCCCGGAACGCGTTTTTAGC
190 TCAAGGAGTCTCGCTGCCAAAAATCA-TGCAAAACTGAGCC-GAGCCCCGTAACGCGTTTTTAGC
* * * *
22391 CAAATATCGTGATGGTTAACATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAG
253 CAAATACCGTGATGGTT-A-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATAT
*
22456 TTTTCCTCAATTT
316 TTTTCCTCATTTT
* * * ** * *
22469 TTGACCAAAATTCTCATAAAATATGTATAATTCAACATCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCT
1 TTGGCCAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCT
* * * *
22534 TCTAATATCGTTTTTCTAATTTTTGTTCCAAATTAATTTTATAATTAAATCGAAATAACATTCAG
65 TCTAATATCGTTTTCCT-A-TTTT-TTCTAAATTAA-TTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
* * * * * * *
22599 ATGCTAGTAAGAA-ATATCATTAACTCCAATATGGCTGATATTTGGTTAGATTAATATAGATATT
126 ATGCTCGTAA-AACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATT
* * * * * * *
22663 CCAAGGAGTCTCGCCGCCAAAACTCTTGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTTAACGCGTTTTTAGCCA
190 TCAAGGAGTCTCGCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCGTAACGCGTTTTTAGCCA
* * *
22728 AATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGACCGGAAATATTTTT
255 AATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTT
22793 CCTCATTTTT
320 CCTCA-TTTT
* * * *
22803 TTAGCTAATATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCGAAAA-ATTGGAGGGCTTTTGACGCTT
1 TTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTT
* * ** * *
22867 CTAATATTGTTTTCCATATTTTTTCTGAATTAATTTATAATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGC
66 CTAATATCGTTTTCC-TATTTTTTCTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* ** * *
22932 TTGTAAGAACATATGGTTAGATCCAATGTGGCTGAGA-TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAA
130 TCGTAA-AACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAA
** * * * * *
22996 GGAGTCTCATTGCGAAAAATCATGCAAAATTGAGTCAGAGCCCCGGAACGCGTTTTTATCCAAAT
194 GGAGTCTCGCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CCGAGCCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAT
* * * * * ** *
23061 ACCGTGATTGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTAATCTAAAATATCTTTCCT
258 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCT
*
23126 CAATTT
323 CATTTT
* * *** **
23132 TTGGCCAAAATACTCATAGAAATTTATAATTCAACGTAAAAAAGATTCTAGGGCTTTTCACG---
1 TTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTT
* * * *
23194 CT--TATCGTTTTCCTATTTTTTTCCAAATCAATTTCTCATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
66 CTAATATCGTTTTCCTA-TTTTTTCTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* * * * *
23257 TCGTAAAAAATATCCTTAAATCCATTGTGCCTGAGATCTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAT
130 TCGTAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAG
* * * * * *
23322 GAATCTCAGC-ACCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCAAGACCCCGAAACTCGTTTTTAG------
195 GAGTCTC-GCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAG-CCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAT
* * * *
23380 -CC---------A--ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATATCTTCCCT
258 ACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCT
23433 CA-TTT
323 CATTTT
* * * * * *
23438 TTGGCCAAAATACTCATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTTGAGAGTTTTTCACACT
1 TTGGCCAAAATACTCATAA-AAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCT
* *
23503 TCTAATATCGTTTTTCCTATATTTTTTCTAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
65 TCTAATATCG-TTTTCC--TATTTTTTCTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
* * *
23568 TGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAAATAAATATAGATATTC
127 TGCTCGT-AAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTT
* * * * *
23633 CAAGGAGTCTCGCTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGACCGCGTAACGGGTTTTTAGCCA
191 CAAGGAGTCTCGCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAG-CCCCGTAACGCGTTTTTAGCCA
* * * * * * *
23698 AATACCATAATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAATTTGATCC-AAAGTATTTT
255 AATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-TATTTT
**
23762 TCCTTGTTTT
319 TCCTCATTTT
** * * * * *
23772 TTAACTAAAATACTTATAAAAAAAATGTAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGG
1 TTGGCCAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGG
23825 ATTTTTCATG
Statistics
Matches: 1904, Mismatches: 359, Indels: 186
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
TTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTT
CTAATATCGTTTTCCTATTTTTTCTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
CGTAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGG
AGTCTCGCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAATACC
GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAT
TTT
Found at i:23187 original size:997 final size:977
Alignment explanation
Indices: 21137--23824 Score: 2734
Period size: 998 Copynumber: 2.7 Consensus size: 977
21127 CTTTCACGGA
* * ** ** * *
21137 TTGGCCAAAATACTTAT-AAAAATATATAATTCAATGCCGAAAAGATTGGAGTGCTTTTGACGCT
1 TTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTCAAGGGCTTTTCACG--
** * * * * ** *
21201 TCTGATATCATTTTCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTTATTATTAAATCAAAACCGGTTTCAGATG
64 -CT--TATCATTTT-CTATTTTTTTCCAAATCAATTTCTCATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
* * * * * * * *
21265 CTCGTAAAGACATAACGTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGAT-AGATATAGATATTTC
125 CTCATAAA-AAATATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATCTGATTAGATGA-ATATAGATATTTC
* * ** * ** **
21329 AAGGACTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACT-AAGCCGGGACCCCTTAACGCGTTTTTAGCAA
188 AAGGAATCTCAGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAA-CCAAGACCCCGAAACGCGTTTTTAGC--
* * * *
21393 AAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTT-AGGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCTAAAAAATT
250 AAAA-CGTGATGGTTACATACACGATTTCA-GCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCCAAAATATT
* * * * * *
21456 CTCCTCAATTTTTGCCACAATTCTCATAAAAAAAATATAATTCAATGTCAGAAATATTGAAGGGC
312 TTCCTCAATTTTTGCCAAAATTCTCAT-AAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGGAGGGC
* *
21521 TTTTCACGCTTCTAATA-CAATTTTTCTTTTTTCATTTTTTTTCAAATTAATTTTTGATTAAATC
376 TTTTCACGCTTCTAATATC-GTTTTTC-----T-ATTTTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATC
* * *
21585 GAAACAAGATTCAGATGCTCA-TAAAAATATATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGACTAG
434 GAAACAAGATTCAGATGCT-AGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAG
* * * * * * ** * * *
21649 ATGAATATTGATATTTCAAGAAGTCTTGGTGAAAAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGAG-CCT
498 ATAAATATAGATATTCCAAGGAGTCTCGCTG--ACCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCT
* * * **
21713 AGAACACGTTTATAGCCAAATACCGTGATAATTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAA
561 -TAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAA
* * * *
21778 TTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACCC
625 TTGA-CCGAAATATTTTTCCTCATTTTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGC
* * *
21843 CGAAAAGGTTGGAGGGCTTTTGATGTTTCAAATATCATTTTTCCTATTTTTTAAATTAATTTATA
689 CGAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCAAATAT-ATTTTTCCTATTTTTTAAATTAATTTATA
* * * *
21908 ATTAAATTGAAACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAGCATATCGTTAAATTCAATGTGGTTGAGATT
753 ATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAGCATATCGTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
** * *
21973 TGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAAATATAGAATCCTGAGCCGAGG
818 TGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGTGCCAAAAATATAAAAT-CTGAGCAGAGG
**
22038 CCCCTTAACGCATTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTTATACACGATTTCGGCTAAATATTTGCA
882 CCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTTATACACGATTTCGGCTAAATATTTGCA
* *
22103 AAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTT
947 AAAACTGAACCGAAAATTCTTTCCTCAATTT
* * * * *
22134 TTGGCCACAATTCTCATAAAAAATATGTAATTCAACGCAAGAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCA
1 TTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTCAAGGGCTTTTCACG--
* * * *
22199 TCTAATATCATTTT-TATTTTTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATAATATTCAGATG
64 -CT--TATCATTTTCTA-TTTTTTTCCAAATCAATTTCTCATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
* * *
22263 GTCATAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATTTTA-ATATT
125 CTCATAAAAA-ATATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATCTGATTAGATGAATA---TAGATATT
** * * * *
22327 TCAAGGTGTC-CCGCTGA-CAAAAATCACT-CAAAATTGAACC-GGACCCCCGGAACGCGTTTTT
186 TCAAGGAATCTCAGC--ACCAAAAATCA-TGCAAAACTGAACCAAGA-CCCCGAAACGCGTTTTT
*
22388 AGCCAAATATCGTGATGGTTAACATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
247 AG-CAAA-A-CGTGATGGTT-ACATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAA
* **
22453 TAGTTTTCCTCAATTTTTGACCAAAATTCTCATAAAATATGTATAATTCAACATCAAAAAGATTG
308 TA-TTTTCCTCAATTTTTG-CCAAAATTCTCATAAAA-ATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTG
* *
22518 GAGGGCTTTTGACGCTTCTAATATCGTTTTTCTAATTTTTGTTCCAAATTAATTTTATAATTAAA
370 GAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCT-ATTTTT-TTCCAAATTAATTTT-TGATTAAA
* * * * * * * *
22583 TCGAAATAACATTCAGATGCTAGTAAGAA-ATATCATTAACTCCAATATGGCTGATATTTGGTTA
432 TCGAAACAAGATTCAGATGCTAGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTA
* * *
22647 GATTAATATAGATATTCCAAGGAGTCTCGCCG-CCAAAACTCTTGCAAAACTGAGCCGGGGCCCT
497 GATAAATATAGATATTCCAAGGAGTCTCGCTGACCAAAA-TCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCT
* *
22711 TAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAA
561 TAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAAT
*
22776 TGACCGGAAATATTTTTCCTCATTTTTTTAGCTAATATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCC
626 TGACC-GAAATATTTTTCCTCATTTTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCC
* *
22841 GAAAA-ATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCTAATAT-TGTTTTCCATATTTTTTCTGAATTAATTTA
690 GAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCTTCAAATATAT-TTTTCC-TA-TTTTT-TAAATTAATTTA
* * *
22904 TAATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCTTGTAAGAA-CATATGGTTAGATCCAATGTGGCTGAG
751 TAATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCTCGTAA-AAGCATATCGTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * *
22968 A-TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCATTGCGAAAAATCATGCAAAAT-TGAGT
815 ATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCAGTGCCAAAAAT-AT--AAAATCTGAG-
* * * * * *
23031 CAGA-GCCCCGGAACGCGTTTTTATCCAAATACCGTGATTG-TTAGTACACGATTTTGGCTAAA-
876 CAGAGGCCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTTA-TACACGATTTCGGCTAAAT
* * * *
23093 ATTTTGTAAAAA-TTAATCTAAAATATCTTTCCTCAATTT
940 A-TTTGCAAAAACTGAACCGAAAAT-TCTTTCCTCAATTT
* * * *
23132 TTGGCCAAAATACTCAT-AGAAATTTATAATTCAACGTAAAAAAGATTCTAGGGCTTTTCACGCT
1 TTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTCAAGGGCTTTTCACGCT
* *
23196 TATCGTTTTCCTATTTTTTTCCAAATCAATTTCTCATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
66 TATCATTTT-CTATTTTTTTCCAAATCAATTTCTCATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCAT
* *
23261 AAAAAATATCCTTAAATCCATTGTGCCTGAGATCTGATTAGATGAATATAGATATTTCAATGAAT
130 AAAAAATATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATCTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAAT
* * *
23326 CTCAGCACCAAAAATTATGCAAAACTGAGCCAAGACCCCGAAACTCGTTTTTAG-----C-----
195 CTCAGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAACCAAGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAACGTGAT
* * *
23381 -----CA-ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATATCTTCCCTC-ATTTT
260 GGTTACATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATAT-TTTCCTCAATTTT
* * * * * *
23439 TGGCCAAAATACTCATAATAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTTGAGAGTTTTTCACACTT
324 T-GCCAAAATTCTCATAA-AAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTT
*
23504 CTAATATCGTTTTTCCTATATTTTTTCTAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
387 CTAATATCGTTTTT-CTAT-TTTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
* *
23569 GCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAAATAAATATAGATATTCC
450 GCTAGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTCC
* * * * *
23634 AAGGAGTCTCGCTGCCCAAAATCATGCAAAACTGAACCGGGACCGCGTAACGGGTTTTTAGCCAA
515 AAGGAGTCTCGCTGACCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCC-CTTAACGCGTTTTTAGCCAA
* * * * * *
23699 ATACCATAATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAATTTGATCC-AAAGTATTTTT
579 ATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAATTGA-CCGAAA-TATTTTT
* * * * *
23763 CCT--TGTTTTTTAACTAAAATACTTATAAAAAAAATGTAATTCAACGCCAAAAAGATTGGAGG
642 CCTCAT-TTTTTTAGCTAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGG
23825 ATTTTTCATG
Statistics
Matches: 1428, Mismatches: 203, Indels: 146
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
968 33 0.02
969 186 0.13
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971 12 0.01
982 1 0.00
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991 5 0.00
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1004 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (977 bp):
TTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTCAAGGGCTTTTCACGCT
TATCATTTTCTATTTTTTTCCAAATCAATTTCTCATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATA
AAAAATATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATCTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAATC
TCAGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAACCAAGACCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAACGTGATG
GTTACATACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATATTTTCCTCAATTTTTG
CCAAAATTCTCATAAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGCTTCTAA
TATCGTTTTTCTATTTTTTTCCAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTAGT
AAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTCCAAGGAG
TCTCGCTGACCAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTTAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGT
GATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAATTGACCGAAATATTTTTCCTCATTTT
TTTAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGGAGGGCTTTTGACGCT
TCAAATATATTTTTCCTATTTTTTAAATTAATTTATAATTAAATCGAAACCGGTTTCAAATGCTC
GTAAAAGCATATCGTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGG
AGTCTCAGTGCCAAAAATATAAAATCTGAGCAGAGGCCCCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACAG
TGATGGTTTATACACGATTTCGGCTAAATATTTGCAAAAACTGAACCGAAAATTCTTTCCTCAAT
TT
Found at i:26658 original size:78 final size:80
Alignment explanation
Indices: 26551--26716 Score: 239
Period size: 78 Copynumber: 2.1 Consensus size: 80
26541 TGGCGAATGC
* *
26551 TAAGCCAGAAATTACATGGGGGAGCTGGGAGAAAGTAG-TCTCAGACGCTCAAAATC-A-AGCTC
1 TAAGCCAGAAATTACATGGGAGAGATGGGAGAAAGTAGTTC-CAGACGCTCAAAATCAATAGCTC
26613 CTCCAATAGTGAACGA
65 CTCCAATAGTGAACGA
* * *
26629 TAAGCCAGAAATTACTTGGGAGAGATGGGAGAAAGTAGTTCCGGATGCTCAAAATCAATTAGCTC
1 TAAGCCAGAAATTACATGGGAGAGATGGGAGAAAGTAGTTCCAGACGCTCAAAATCAA-TAGCTC
*
26694 CTCCAATGGTGAACGA
65 CTCCAATAGTGAACGA
26710 TAAGCCA
1 TAAGCCA
26717 ACAACATCGT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 6, Indels: 5
0.88 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
78 48 0.62
79 3 0.04
81 27 0.35
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.25, T:0.20
Consensus pattern (80 bp):
TAAGCCAGAAATTACATGGGAGAGATGGGAGAAAGTAGTTCCAGACGCTCAAAATCAATAGCTCC
TCCAATAGTGAACGA
Found at i:28783 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 27616--32305 Score: 3238
Period size: 332 Copynumber: 14.3 Consensus size: 330
27606 TTAATACACA
* * * * * *
27616 ATTTCGG-TAAAAATTTTGCAAAAATTAACTCGAATGTATTTTT-CTCAATTTTTAACCACAATA
1 ATTTCGGCT-AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA-ATATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATA
* * * * *
27679 CTCATAAATAATATTTAATTTAACGTCAAAAAAATT-GAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
64 CTCATAAA-AATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAG-AGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
** *
27743 TTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTTCTGATTAAATCGAAA-CATA-ATTCAGATGGTCGTAAAA
127 TTTTCCTA-TTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCA-AGATTCAGATGCTCGTAAAA
* * * * * * ** *
27806 ACAAATCCTTAAATTCAATGT-GCTTGAGTTTTGGTTAGATAAATATAGATATTTTAAGGAGTAT
190 ACATATCCTTAAATCCAGTGTGGC-TGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCT
* * * ** * * * *
27870 -G-AGTACATAAAATCATGCAAAATTGAGTAGGAGCCCAATCACGCGTTTTTAGTCAAAAACTGT
254 CGCCG-CCA-AAAATCATGCAAAACTGAGCCGG-GCCCGA--ACGCGTTTTTAGCCAAATACCGT
* *
27933 GATTGCTAGTAC--ACG
314 GATGGTTAGTACATACG
* * * * * * * * *
27948 ATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAACTAACCCG----A------CTCAATATTTGGCCATAATATT
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACT
* * *
28003 CATAAAAAATATATAATCCAACGCC-AAAAGTATT-GAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATACCATT
66 CAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAG-ATTAG-AGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
* * * * * * *
28066 TTTTC-ATTTTTCCGAATTATTTTCTAATTAAATC-AAAACAATATTCAGATGCTTGTAAAAACA
128 TTTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * ** * * * ** * * *
28129 AATCCTTAAATACAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTCAAAAAGTTTGGGC
193 TATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCTCGCC
* * * * * * * * **
28194 GTCC-AAAATTATGCAAAATTGAACCGGGGTCCCATAACGCTTTTTTAGCCGAAA-ATCATAACC
258 G-CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGG-CCC-GAACGCGTTTTTAGCC-AAATACCGTGATG
* *
28257 G-TA--CCCT--G
318 GTTAGTACATACG
* * * * ** *
28265 -TTTCGGCTAAAA-TTTACAAAAATTAACCTC-AAAGT-TCTTTCATCAATTTCAAGCCAAAATA
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC-CGAAA-TATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATA
* *** * * * *
28326 --CATAAAAAATACTATATTATTTAAC-TTTAAAATATT-GAAGAGGTTTTCATGATTCTAATAT
64 CTCAT-AAAAATA-TATA--ATTCAACGCCAAAAAGATTAG-AGAGCTTTTCACGCTTCTAATAT
* * * * **
28387 TGTTTTTCCTAGTTTTTCAAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAAT-AAGATTTAGATTTTCGTAA
124 CGTTTTTCCTA-TTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * * *
28451 AAACATATCCTTAAATCCAGTATGGCTGAGATTTGATCAAATGAATATGGATATTCCAAGAAGTC
188 AAACATATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTC
*** * * * *
28516 TCGCCATAAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGTCCCGTAAAGCGTTTTAAGCCAAATACAGTGA
253 TCGCCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-CCCG-AACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGA
*
28581 TGGTTAGTACATATG
316 TGGTTAGTACATACG
* * *
28596 ATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCATTTTTTAGCTAAAATACA
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACT
*
28661 CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAACGATTAGAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
66 CAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAGAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
* * * * * * * *
28726 CCCTATTTTTCTAAATCAATTTAC-AATTAAATCGAAATC-GGTTTCAAATGCTCGTAAAAATAT
130 TCCTATTTTTCCAAATTAATTT-CTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAT
* * *
28789 ATCCTTAAATTCAATGTAGG-TGAGATTTGATTAGATGAATGTTA-A-ATT-CAA-GAGTCTCAG
194 ATCCTTAAATCCAGTGT-GGCTGAGATTTGATTAGATGAAT-ATAGATATTCCAAGGAGTCTC-G
* * * * * * *
28849 -CGCAAAAAATAATGCAAAACTGAGTCAGGGCCTCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAACTGTAATG
256 CCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CCGGGCC-C-GAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATG
*
28913 GTTAGTAC--ACA
318 GTTAGTACATACG
* * * * * *
28924 ATGTT-AGTTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAA-ATTTTTCC-CAATTTTTAACCAAAATAA
1 AT-TTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATAC
* * * *
28986 TCATAAAAAT-TATAATTCAACACC-AAAAGATTAAACGA-CCTTTCATGCTTCTAATATCGTTT
65 TCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAGA-GAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
* *
29048 TTCCTATTTTTTTCCAAATTATTTTCTGATTAAATC-AAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
129 TTCCTA--TTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * * *
29112 ATATCCTTAAATCCAATGTGGC-GAAGATTAGATTAGATGAATATAAATATTACAAGGAGTCTCG
192 ATATCCTTAAATCCAGTGTGGCTG-AGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCTCG
* * * **
29176 CCGCCAAAAATCTTGCAAAACTTAGCCGGGGCCTTGAAACACGCGTTTTTAGCCGGATACCGTGA
256 CCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGCC-CG--A-ACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGA
29241 TGGTTAGTAC--ACG
316 TGGTTAGTACATACG
* * * * **
29254 ATTTCAGCTAAAAATTTTGTAAAAATTGATCCGAAATA-TTTTCTTCTTTTTTTTAGCTAAAATA
1 ATTTCGGCT-AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTC-AATTTTTAGCTAAAATA
* ** * * *
29318 CTCATAGAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTCTAGGGATTTTGACGCTTCTAATATCGTT
64 CTCATA-AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAGAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
* * * ** *
29383 TTTTCTATTTTT-TATGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-CCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAA
128 TTTCCTATTTTTCCA--AATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * * * * * * * *
29446 -A-AT-ATGAAATTCAATGTGGCTGAAATTTTATTAGATTAATATTGATAATT-CAAGGAGACTC
191 CATATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGAT-ATTCCAAGGAGTCTC
** * * * * * * *
29507 GGTGCCAAAAATAATGTAAAATTGAGTCGGAGCCCCAGAACGTGTTTTTAGTCAAATACTGTGAT
255 GCCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG-G-CCC-GAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGAT
* *
29572 GGGT--TACTATACA
317 GGTTAGTAC-ATACG
* * * *
29585 ATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATATTCAGCTAAAATGCT
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACT
* * * *
29650 CATTAAAAATATATAATTCAAC-CTAAAAAAGATTCA-AGGGCTATTCACGCTTCTAATATCATT
66 CA-TAAAAATATATAATTCAACGC-CAAAAAGATT-AGAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
* * * *
29713 TTTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCCGATTAAATC-AAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAAAA
128 TTTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * ** * *
29777 TATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTAATCAGATGAATATAGATATTCCAAAAATTCTTAG-
193 TATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTC-TCGC
* * * ** * * **
29841 TGCCAAAAATCATGTAAAA-TGGAGTCAAGACCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAATATTGTGATG
257 CGCCAAAAATCATGCAAAACT-GAG-C-CGGGCCC-GAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATG
* *
29905 GGT--TACTATACA
318 GTTAGTAC-ATACG
* * * *
29917 ATTTCGGCTAAAATATTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTTTCTTAATTTTT-GACTAAAATA
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATA-TTTTTCCTCAATTTTTAG-CTAAAATA
* ** * * ** *
29981 CTCATAAAAATATATAATTCAATGAAAAAAAGATTCA-AGGGATTTTCACATTTCTAATATTGGT
64 CTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT-AGAGAGCTTTTCACGCTTCTAATA-TCGT
* * * *
30045 TTTCCCATTTTTTTCAAAATTAATTTCTGATTAAATC-AAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAA
127 TTTTCC-TATTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * * *
30108 -ATATACTTAAATCTAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGAAGAATATAGATATTCCAAAGAGTCTCG
191 CATATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCTCG
* * *** * *
30172 CCGTCAAAAATCTTGCAAAACTGATTGGGGCTCGTAACGCGTTTTTAGCTAAATACCGTGATGGT
256 CCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCCG-AACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGT
30237 TAGTAC--ACG
320 TAGTACATACG
* * * *
30246 ATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTATTTCTCAATTTTTGGCCAAAATAC
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTT-TTCCTCAATTTTTAGCTAAAATAC
* * * * * * * *
30311 TCAT-AAAATATATAATTGAACACCGAAAATATT-GA-AGGACTTTTGACTCATCTAATATC-AT
65 TCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAGAGA-G-CTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
*** * * * ** *
30372 TTTCTCTATTTTTTTGAATTAATTTATAATGAAATCGAAA-CCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAAC
128 TTTC-CTATTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * ** * * * * * *
30436 ATATCATTAAATCTAAAGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCTTGG
192 ATATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCTCGC
* * * * * *
30501 TGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGGCAGAGCCCAGAACGCATTTTTAGCCAAATACTGTGATGGT
257 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGA-GCCGGGCCC-GAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGT
30566 TAGT--ATACG
320 TAGTACATACG
* * * *
30575 ATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACT
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACT
* * * *
30640 CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGATTGCTAATTGCTTTTGATGATTCTAATA
66 CAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAGA--G---A--GCTTTTCACGCTTCTAATA
* * ** * * * * * *
30705 TCATTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTATTATTAAATCGAAA-CTAGGTTCAGTTGCTTGTA
123 TCGTTTTTCCTA-TTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTA
*** * * * * *
30769 AAAACATAAGGTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTAATTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
187 AAAACATATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGT
* * * * * **
30834 CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAACCGGGGCCCCTGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATAGT
252 CTCGCCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGG-CCC-GAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGT
*
30899 AATGG--AGTAC--ACG
314 GATGGTTAGTACATACG
* * * * ** * *
30912 ATTTAGGCCAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGACTCAATATTTGGCCAT-AATATTCA--TAAAA
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA---AATATTTTTCC-TCAATTTTTAGCTAAAA
* * * *
30974 -A-T-A-AAAAATATATAA-TCTAACACCAAAAATATT-GAAGGGCTTTCCACGCTTCTAATATC
62 TACTCATAAAAATATATAATTC-AACGCCAAAAAGATTAG-AGAGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* * *
31033 TTTTTTTC-ATTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-CAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
125 GTTTTTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
** * ** * * * ** *
31096 GGAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGTGATTT-AGTTAGATGAACATAGATATTTCAAAAAGTTT
190 ACATATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGA-TTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCT
* * * * * *
31160 GGGCGCCCAAAATCATGCAAAACTGAACC-GGCCTCAGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGT-A-
254 CGCCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCC-C-GAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGAT
* *
31222 --TTCGTAC-TATG
317 GGTTAGTACATACG
* * * * *
31233 -TTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCTC-AAA-ATTCTTTCATCAA-TTTCAGGCCAAAAT
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC-CGAAATATT-TTTCCTCAATTTTTA-GCTAAAAT
* *** * * * * *
31294 ACAT-ATAAAAATATATAATTTAACTTTAAAATGA-TAGAAAAGGTTTTCACGATTCTAATATTG
63 AC-TCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAG-AGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * *
31357 TTATTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAA-CAAGATACAGATTCTCGTAAA
126 TTTTTCCTA--TTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAA
* * * * * *
31421 AACATATCCATAAATCCAGTATGGCTAAGATTTGATCAAATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCC
189 AACATATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCT
* * * * * *
31486 CGCCATCC-AAAATCGTGAAAAACTGAGCCGAGTCCCGTAAAGCGTTTTTAGCCAAATACTGTGA
254 CGCC-GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-GGCCCG-AACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGA
***
31550 TGGTTAGTACATGTA
316 TGGTTAGTACATACG
* *
31565 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAACATTGACCCGAAATATTTTTCCTCATTTTTTAGCT-AAA-ACT
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACT
* * ** *
31628 -ATTGAAGAGCT-T--TTCAACGCCAAAACA-ATT-GAAGAGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTT
66 CA-TAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA-AGATTAG-AGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTT
* ** * * * * *
31687 TTCCCTATTTTTCTGAATTAATTTAC-AATTAAATCTAAATC-GGTTTCAGATGCTCGTAAAAAT
128 TTTCCTATTTTTCCAAATTAATTT-CTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * * * *
31750 ATATCCTTAAATCCAATGTCGCTGAGATTTGATTAGATGAATGTTGATATTTCAAGGAGTCTCAG
192 ATATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCTC-G
* * * * ** *
31815 -TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAACCAGGGCCTCGAAATGTGTTTTTAGTGAAAAACCGTGAT-
256 CCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGCC-CG-AACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATG
* *
31878 GTTAATAC--ACA
318 GTTAGTACATACG
* * * * * * *
31889 ATTTCGACTAAAATTTTGTAAAAACTGAACCGAAAT-TTTTTCCTCAATTTTTAACCAAAATAAT
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACT
* **
31953 CATAAAAAT-TATAATTCAACGCCAAAAAGATT-GAAGGGCTTTTCACATTTCTAATATCGTTTT
66 CATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAG-AGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
*
32016 TCCTATTTTTTTCCAAATTATTTTCTGATTAAATCGAAA-CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
130 TCCTA--TTTTTCCAAATTAATTTCTGATTAAATCGAAATCAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * *
32080 TATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGATTAGATGAATATAAATATTCCAAGGTGTCTCACC
193 TATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCTCGCC
* * * * ** *
32145 GCCAGAAATCTTGCAAAACTGAGTCGGGACCCGAAACACACGTTTTTAGCCGGATACCGTGATGA
258 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG-CCCG--A-ACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGG
32210 TTAGTAC--ACG
319 TTAGTACATACG
* ** * ** * *
32220 ATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGTTCTGAAATA-TTTTCCTCTTTTTTTAACTAAAATATT
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCTAAAATACT
*
32284 TATAAAAATATATAATTCAACG
66 CATAAAAATATATAATTCAACG
32306 TTCCGTTTGC
Statistics
Matches: 3462, Mismatches: 682, Indels: 428
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316 19 0.01
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319 10 0.00
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CATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAGAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT
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CCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAGGAGTCTCGCCGCC
AAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCCGAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTAC
ATACG
Found at i:31109 original size:990 final size:980
Alignment explanation
Indices: 27616--32246 Score: 3844
Period size: 990 Copynumber: 4.7 Consensus size: 980
27606 TTAATACACA
* * * * *
27616 ATTTCGG-TAAAAATTTTGCAAAAATTAACTCGAATGTATTTTT-CTCAATTTTTAACCACAATA
1 ATTTCGGCT-AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA-ATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATA
* * * *
27679 CTCATAAATAATATTTAATTTAACGTCAAAAAA---ATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
64 CTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAATTGATTGAA--GCTTTTCACGCTTCTAATATC
* * *
27741 GTTTTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTT-CTGATTAAATCGAAACATA-ATTCAGATGGTCGTAA
127 GTTTTTCCTA-TTTTTCTGAATTAATTTAC-AATTAAATCGAAAC-TAGGTTCAGATGCTCGTAA
* * * * * *
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189 AAACATATCCTTAAATCCAATGTGGC-TGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT
* * ** * **** *
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253 CTTAGCGCCA-AAAATCATGCAAAACTGAGTCAGG-GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-T
* * * * * * *
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315 GT-AATG-GAGTACACAATTT-AGGCTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGA---AATATTTTGCC
* * * *
27995 ATAATATTC-----AT-A-AAAAATATATAATCCAACGCC-AAAAGTATTGAAGAGCTTTTCACG
374 ATAATTTTCAAAAAATCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAG-ATTGAAGGGCTTTTCACG
* * * * * *
28052 CTTCTAATACCATTTTTTCA-TTTTTCCGAATTATTTTCTAATTAAATCAAAACAATATTCAGAT
438 CTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCAAATTATTTTCTGATTAAATCAAAACAAGATTCAGAT
* * * * * * *
28116 GCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATACAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTC
503 GCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCC
* * * * * * *
28181 AAAAAGTTTGGGCGTCC-AAAAT-TATGCAAAATTGAACCGGGG-TCCCATAACGCTTTTTTAGC
568 AAAGAGTCTCGCCG-CCAAAAATCT-TGCAAAACTG-ACCGGGGCT-CGA-AACGCGTTTTTAGC
* *** * * * *
28243 CGAAA-A---TCAT-AACCGTACCCTG-TTTCGGCTAAAA-TTTACAAAAATTAACCTC-AAAGT
628 C-AAATACCGTGATGATTAGTACAC-GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTCAAAATT
***
28300 TCTTTCATCAATTTCAAGCCAAAATACATA-AAAAATACTATATTATTTAACTTTAAAATATTGA
691 TCTTTCATCAATTTCAAGCCAAAATACATATAAAAATA-TATA--ATTTAACCCGAAAATATTGA
* * * ** * *
28364 AGAGGTTTTCA-TGATTCTAATATTGTTTT-TCCTAGTTTTTCAAAATTAATTTTTGATTAAATC
753 AG-GATTTTCACTCATTCTAATATCGTTTTCT-CTA-TTTTTTTAAATTAATTTCTAATTAAATC
* * ** * *
28427 GAAATAAGATTT-AGATTTTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAGTATGGCTGAGATTTGATCAA
815 GAAA-CAGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCATTAAATCAAGTA-GGCTGAGATTTGATCAA
* * * ***** *
28491 ATGAATATGGATATTCCAAGAAGTCTCGCCATAAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGTCCCGTA
878 ATGAATATAGATATTCCAAGGAGCCTCGGTGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGAGTCCCGTA
* * *
28556 AAGCGTTTTAAGCCAAATACAGTGATGGTTAGTACATATG
943 AAGCGTTTTTAGCCAAATACTGTGATGGTTAGT--ATACG
* * * *
28596 ATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCATTTTTTAGCTAAAATACA
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACT
*
28661 CATAAAAAATATATAATTCAACGCC--AAAA-CGATTAGAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
66 CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAATTGATT-GA-AGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
* * * * * *
28723 TTTCCCTATTTTTCTAAATCAATTTACAATTAAATCGAAA-TCGGTTTCAAATGCTCGTAAAAAT
129 TTTTCCTATTTTTCTGAATTAATTTACAATTAAATCGAAACTAGG-TTCAGATGCTCGTAAAAAC
* * *
28787 ATATCCTTAAATTCAATGTAGG-TGAGATTTGATTAGATGAATGTTA-A-A-TTCAA-GAGTCTC
193 ATATCCTTAAATCCAATGT-GGCTGAGATTTGATTAGATGAAT-ATAGATATTTCAAGGAGTCTT
* * * *
28847 AGCGCAAAAAATAATGCAAAACTGAGTCAGGGCCTCGGAACGTGTTTTTAGCCAAAAACTGTAAT
256 AGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-TGTAAT
* * * *
28912 GGTTAGTACACAATGTTA-GTTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAA-ATTTTTCCCA-ATTTT
320 GG--AGTACACAAT-TTAGGCTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGAAATA-TTTTGCCATAATTT
* * * * *
28974 TAACCAAAATAATCATAAAAAT-TATAATTCAACACC-AAAAGATTAAACGACCTTTCATGCTTC
381 T---CAAAA-AATCATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTC
29037 TAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCAAATTATTTTCTGATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGC
442 TAATATCGTTTTTCC-A-TTTTTTCCAAATTATTTTCTGATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGC
* * *
29102 TCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGC-GAAGATTAGATTAGATGAATATAAATATTACA
505 TCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTG-AGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCA
* * * *
29166 AGGAGTCTCGCCGCCAAAAATCTTGCAAAACTTAGCCGGGGCCTTGAAACACGCGTTTTTAGCCG
569 AAGAGTCTCGCCGCCAAAAATCTTGCAAAACTGA-CCGGGG-CTCG-AA-ACGCGTTTTTAGCCA
* * * * * * *
29231 GATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAATTTTGTAAAAATTGATC-CGAAATAT-T
630 AATACCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCT-AAAATTTTGCAAAAATTGACCTCAAAATTTCT
* ** ** * * * * *
29294 TTCTTCTTTTTTTTAGCTAAAATAC-TCATAGAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTCTAG
694 TTCATC-AATTTCAAGCCAAAATACAT-ATA-AAAATATATAATTTAAC-CCGAAAATATT-GAA
* * * *
29358 GGATTTTGACGC-TTCTAATATCGTTTTTTCTATTTTTTATGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
754 GGATTTTCACTCATTCTAATATCGTTTTCTCTATTTTTT-TAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * * * * *
29422 ACCGGTTTCAGATGCTCGTAAAAA-A-AT-ATGAAATTCAATGT-GGCTGAAATTTTATTAGATT
818 ACAGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCATTAAA-TCAA-GTAGGCTGAGATTTGATCAAATG
* * * * * * *
29483 AATATTGATAATT-CAAGGAGACTCGGTGCCAAAAATAATGTAAAATTGAGTCGGAGCCCCAG-A
881 AATATAGAT-ATTCCAAGGAGCCTCGGTGCCAAAAATCATGAAAAACTGAG-CCGAGTCCC-GTA
* * * * *
29546 ACGTGTTTTTAGTCAAATACTGTGATGGGTTACTATACA
943 AAGCGTTTTTAGCCAAATACTGTGAT-GGTTAGTATACG
* * * * *
29585 ATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATATTCAGCTAAAATGCT
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACT
* * * * *
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** * * * * ** *
29712 TTTTCCTATTTTTCCAAATTAATTTCCGATTAAATCAAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAAAA
129 TTTTCCTATTTTTCTGAATTAATTTACAATTAAATCGAAACTAGGTTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * ** * *
29777 TATCCTTAAATCCAGTGTGGCTGAGATTTAATCAGATGAATATAGATATTCCAAAAATTCTTAGT
194 TATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGC
* * * * * * *
29842 GCCAAAAATCATGTAAAA-TGGAGTCAAGACCCCGGAGCGCATTTTTAGCCAAATATTGTGATGG
259 GCCAAAAATCATGCAAAACT-GAGTCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAA-AATGTAATGG
* * * ** *
29906 -GTTACTATACAATTTCGGCTAAAATATTGTAAAAATTGACCCGAAATATTTTTTTCTTAATTTT
322 AG-TAC---ACAATTTAGGCTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGAAATA-TTTTGCCATAA-TTT
* * * * * **
29970 TGACTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAATGA-AAAAAAGATTCAAGGGATTTTCACATTT
381 T--C-AAAA-AATCATAAAAATATATAATTCAA-CACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTT
* * * *
30034 CTAATATTGGTTTTCCCATTTTTTTCAAAATTAATTTCTGATTAAATCAAAACAAGATTCAGATG
441 CTAATA-TCGTTTTTCCA-TTTTTTCCAAATTATTTTCTGATTAAATCAAAACAAGATTCAGATG
* * * *
30099 CTCGT-AAAA-ATATACTTAAATCTAGTGTGGCTGAGATTTGATTAGAAGAATATAGATATTCCA
504 CTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCA
* ** * *
30162 AAGAGTCTCGCCGTCAAAAATCTTGCAAAACTGATTGGGGCTCGTAACGCGTTTTTAGCTAAATA
569 AAGAGTCTCGCCGCCAAAAATCTTGCAAAACTGACCGGGGCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATA
* * *
30227 CCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAATTGACC-CGAAATATTTATTTC
634 CCGTGATGATTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTC-AAA-ATTTCTTTC
*** *
30291 -TCAATTTTTGGCCAAAATAC-TCAT-AAAATATATAATTGAACACCGAAAATATTGAAGGACTT
697 ATCAATTTCAAGCCAAAATACAT-ATAAAAATATATAATTTAAC-CCGAAAATATTGAAGGA-TT
* * * * * *
30353 TTGACTCA-TCTAATATCATTTTCTCTATTTTTTTGAATTAATTTATAATGAAATCGAAACCGGT
759 TTCACTCATTCTAATATCGTTTTCTCTATTTTTTTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGT
* * *
30417 TTCAGATGCTCGTAAAAACATATCATTAAATCTAAAGTA-GCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
824 TTCAGATGCTCGTAAAAACATATCATTAAATC--AAGTAGGCTGAGATTTGATCAAATGAATATA
* * * * * * *
30481 GATATTTCAAGGAGCCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGGCAGAG-CCCAG-AACGCATT
887 GATATTCCAAGGAGCCTCGGTGCCAAAAATCATGAAAAACTGA-GCCGAGTCCC-GTAAAGCGTT
30544 TTTAGCCAAATACTGTGATGGTTAGTATACG
950 TTTAGCCAAATACTGTGATGGTTAGTATACG
* * *
30575 ATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAGAAATATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACT
1 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAGCCAAAATACT
* * *
30640 CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGGATTGCTAATTGCTTTTGATGATTCTAATA
66 CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA-ATT-GATTG--AA--GCTTTTCACGCTTCTAATA
* * ** * *
30705 TCATTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTATTATTAAATCGAAACTAGGTTCAGTTGCTTGTAA
125 TCGTTTTTCCTA-TTTTTCTGAATTAATTTACAATTAAATCGAAACTAGGTTCAGATGCTCGTAA
*** * * * *
30770 AAACATAAGGTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTAATTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
189 AAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * ** * *
30835 TTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTAAACCGGGGCCCCTGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATAGTA
254 TTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAT-GTA
* * * *
30900 ATGGAGTACACGATTTAGGCCAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGACTCAATATTTGGCCATAATA
318 ATGGAGTACACAATTTAGGCTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGA---AATATTTTGCCATAATT
* *
30965 TTCATAAAAAT-A-AAAAATATATAA-TCTAACACCAAAAATATTGAAGGGCTTTCCACGCTTCT
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* * * * *
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** * * * * * *
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508 TAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGA-TTAGATGAATATAGATATTCCAAAG
* * * * * * * *
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572 AGTCTCGCCGCCAAAAATCTTGCAAAACTG-ACCGGGGCTCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAATAC
* * * *
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* *** *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * *
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** * ** * *
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64 CTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA-AATTGATTGAAGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * *
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* * * * *
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* ** * * * * ** * *
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257 GCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-TGTAATG
* * * * * *
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321 -GAGTACACAATTTAGGCTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGAAATATTTTGCCAT-AA-TTTT-
* **
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*
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444 ATATCGTTTTTCC-A-TTTTTTCCAAATTATTTTCTGATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTC
* * *
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507 GTAAAAACATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAAG
* * * * * * * **
32136 TGTCTCACCGCCAGAAATCTTGCAAAACTGAGTCGGGACCCGAAACACACGTTTTTAGCCGGATA
572 AGTCTCGCCGCCAAAAATCTTGCAAAACTGA-CCGGGGCTCG-AA-ACGCGTTTTTAGCCAAATA
*
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TCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGCGC
CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATGTAATGGAGTA
CACAATTTAGGCTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGAAATATTTTGCCATAATTTTCAAAAAATC
ATAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC
CATTTTTTCCAAATTATTTTCTGATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCC
TTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTCCAAAGAGTCTCGCCGCCAA
AAATCTTGCAAAACTGACCGGGGCTCGAAACGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGATTAGTACA
CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTCAAAATTTCTTTCATCAATTTCAAGCCAAAAT
ACATATAAAAATATATAATTTAACCCGAAAATATTGAAGGATTTTCACTCATTCTAATATCGTTT
TCTCTATTTTTTTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAGGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATA
TCATTAAATCAAGTAGGCTGAGATTTGATCAAATGAATATAGATATTCCAAGGAGCCTCGGTGCC
AAAAATCATGAAAAACTGAGCCGAGTCCCGTAAAGCGTTTTTAGCCAAATACTGTGATGGTTAGT
ATACG
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32403 GATTAACAAC
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TA
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*
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ACATGATTTGCGGACACGTCA
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33502 TCAATCTTGG
*
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*
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ATCCTGCTGTAAACAAGCAGTTGACTTTGA
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38250 GAATCAATCT
*
38260 ACATGATTTGCGGACACGGTA
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1 ACATGATTTGCGGACACGGCA
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1 ACATGATTT
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ACATGATTTGCGGACACGGCA
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* *
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* * *
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1 A
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AGTTACAATAAAACAAATCAAATTAAAACGGTTCTACTTTATGATTTTAGAATCAATCA
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* * * * * * *
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* *
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*
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*
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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259 ATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGC
* * * ** *
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* *
49518 GCATGATTTTAGGCAGAAGGACTCCTGGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAA
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* *
49583 TGTGG-TTAAAGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC
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* * * * *
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* *
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* * * *
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1 TG-AAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACGCGGTTCGGGCCCCGACTCAATTT
* * * *
49838 TGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCTG-CTAG
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* * ** * * * * *
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* * * * *
49967 CGAGAAAAGATTGAAAAACATTATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTTAATT
194 CGAAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATT
* *
50032 ATATATTTTTCATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGC
259 ATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGC
* * * *
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* *
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*
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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*
50808 GCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAAGCAAATCTCAGTCACAA
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*
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* * * *
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* *
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* * *
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* * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAA
TGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
AAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTAT
ATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGC
Found at i:51833 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 51818--51842 Score: 50
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51808 GTTGCTGCTT
51818 AATTCCAGAA
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51828 AATTCCAGAA
1 AATTCCAGAA
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1 AATTC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTCCAGAA
Found at i:52773 original size:13 final size:13
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52742 TTAATTATTG
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*
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*
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TTTGCTTTATTAA
Found at i:53567 original size:323 final size:323
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Indices: 52969--54088 Score: 1690
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* *
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*
53034 ATTCGGAAAAAAAATTGAAAAAAGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTATGGCGTTG
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** *
53099 AATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTCGTGTCAGTTTTT
130 AATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTT
* * * * *
53164 AGTTGAAATCGTATACTAATACTCACGGTTTTTAGCTAAAACCGTGTTTCGGGGCCCCGACTCAA
195 AGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTCTAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAA
* * *
53229 TTTTGCATGATTTTTGGCTGACGGACTCCTTAAAATATCTATATTCATTGAACCAAATCTCAGG
260 TTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGT
* * * *
53293 CACATTAGACTTAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTA
1 CACAATGGGCTTAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
* * * *
53358 ATTAGAAAAAAAATTGAAAAA-CATTATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTG
66 ATTCGAAAAAAAATTGAAAAATGA-TATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTATGGCGTTG
53422 AATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTT
130 AATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTT
* * * * * *
53487 AGCTGAAATCGTATACTAACACTTACGGTTTCCAGCAAAAAACGCGTTTCGGAGTCCCAACTCAA
195 AGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTCTAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAA
* *
53552 TTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTAAAATACCTATATTCATCGAACCAAATCTAAGT
260 TTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGT
* *
53616 CACAATGGGCTTAAGGATTT-CTTTCTAAGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
1 CACAATGGGCTTAAGGATTTCCTTT-TACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
* *
53680 AATTCGGAAAAAAATTGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTATGGCGTTG
65 AATTCGAAAAAAAATTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTATGGCGTTG
* * **
53745 AATTATATACTTTTTT-TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAAAATTTCGGCTAAAAATT
130 AATTATATA-TTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGGGT-CAGTTT
* * * * * *
53808 TTAGCTGACATCGTGTACTAGCACTCACAGTTTCTAGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCCCCGACTT
193 TTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTCTAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTC
* * * * *
53873 AATTTTGCATGATTTTTTGCAGAAGAACTACTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAG
258 AATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAG
53938 T
323 T
* *
53939 CACAATGGGTTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
1 CACAATGGGCTTAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
* *
54004 ATTCGGAAAAAAATTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTATGGCATTGA
66 ATTCGAAAAAAAATTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTATGGCGTTGA
54069 ATTATATATTTTTTATGAGT
131 ATTATATATTTTTTATGAGT
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 70, Indels: 15
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
322 26 0.04
323 621 0.86
324 72 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (323 bp):
CACAATGGGCTTAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTA
ATTCGAAAAAAAATTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTATGGCGTTGA
ATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTA
GCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTCTAGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAAT
TTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGT
Done.