Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011034.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11055, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16096
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.34
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1637 original size:324 final size:323
Alignment explanation
Indices: 1--6768 Score: 6322
Period size: 324 Copynumber: 20.8 Consensus size: 323
* * * *
1 AGAAAAAAAATTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTCTAGCTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
* * * * *
66 AAAGGCGGTTT--AGGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGCACTCCTTGAAACAT
66 AAACGC-GTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATAT
* ** * * * * *
129 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACGTTAGACTTAAGGATTTCCTTTTACGAGCGTCGGAA
130 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAA
**
194 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCGTG
195 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G--AAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTG
** * * * **
259 AAAATTCCTTCAATCATTCTGACATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTCACAAAAAAATT
257 AAAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAATT
324 GAG
321 GAG
* *
327 A-AAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAGATCGTGTACTAACA-TCACAGTTTTTAGCTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
** ** * * *
390 AAACGCGTTTCGGTTCTGCGACTCAATTTTGTATGATTTTTGGCAGAAGGACTCTTTAAAATATC
66 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
* *
455 TATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCATAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
* * *
520 CTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACATTATTAGAAGCGAGAAAA
196 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAA
* * * * *
585 ATCCTTCAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAG
261 ACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
* * * *
648 A-AAAAAAAATTTCGGGTAAGTTTTTAGCTTAAATCGTGTACTAACAGTCACAGTTTCTAGCTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
* * * * * * *
712 AAAGGCGGTTC-AGGCCCCGATTCAATTTTGCATGATTTTTTGCAG-ATGACTCCTTGAAGTATC
66 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
*
775 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
** * *
840 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAACGCGAAA
196 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAA
*
905 AAACCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT--G
260 AACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
** * * * * *
967 AGAAAAAAGTTTTCGTGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTCTAGCAAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
** * * * *
1032 AAACGCGTTTCGAAGCCCCGACGCAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTAAAATACC
66 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
* * * *
1097 TATATTCATCGAACCAAATCTAAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTCTAAGAGAATCTGAAT
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
1162 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACG-TATTAGAAGCGTGAAA
196 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAA
** * * *
1226 AACCAATCAATCTTTCTAGCGTTGAATTATTTATATTTTTTATAAGTATTGTTGCAAAAAATT--
260 AACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTA--TATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
1289 G
323 G
* *
1290 AGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAAATCGTGTATTAACACTCACAGTTTTTAGCTA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTG-AAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTA
1355 AAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATA
65 AAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGA-TTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATA
* * *
1420 TCTATATTCATCGAACCAAAGCTCATTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTATTTAC-ATGCATCTG
129 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGA-GCATCTG
*
1484 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAAATTGAAAAACGTTATTGGAAGCGTGA
193 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGA
* * * *
1548 AAATA-CCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTCTTTATAAGTATTGTGGCAAAAAATTG
258 AAA-ACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
1612 AG
322 AG
* * * *
1614 AGAAAAAAAATTTCAGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTTTACTAACACGCAAAGTTTTTAGCTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
* * * *
1679 AAACGCGGTTCGGGGCCCCGAATAAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATGTC
66 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
* *
1744 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAAT
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
*
1809 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA
196 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G-AAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAA
*
1874 AAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCATAAAATTGAG
259 AAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
* *
1939 AG-AAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAACTCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGGTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
* * *
2003 AAACGCAG-TTCGGGGTCACGACTCAATTTTGCATGATTTTTGACAGAAGGACTCCTTGAAATAT
66 AAACGC-GTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATAT
* * * *
2067 TTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTTACAATGGGCTTAAGGATTTCATTTTACGTGCATCTGAA
130 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAA
* * * * * *
2132 TCTTGTTTCGATTAAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGTGTGAT
195 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAA
* * * *
2197 AAACCCTTTAATCTTTTTGGCGTTGACA-TATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCAAAAATTTGA
259 AAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGA-ATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
2261 G
323 G
** ** * **** *** * * * * * **
2262 A-ATTCAAGGA-GT-GGGT---TGGAAAAAAGAAATGGAAGAAC-AAGGTA-TCTGC-GGATTTA
1 AGA-AAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCG-TGTACTAA--CACTC-ACAGTTTTTA
** *** ** ** * * * ** ***
2318 -C-AAAAATCTAGTAGAGAGAAACCAAAAAAAGATATCGAAATAGTTCTG-ACGGTTCAATAATA
61 GCTAAAAA-CGCGTTTCG-G-GGCC-----CCGA-CTC--AAT--TT-TGCATGATT-TTTGGCA
* ** * * * ** *** * * **
2380 GTATCACTTCCATTCGGAGT-TCTTTGTTACTTTTTC-AAGTTGAATCTTAGT---GATGGAATA
111 GAAGGAC-TCC-TT-GAAATATC--T-ATA-TTCATCGAA-CCAAATCTCAGTCACAATGGGCT-
* * ** * * ** * ** ** * * ****
2440 ATATGGAATAATTAAGTCAAAATTCAT-TGGAA-C-ACTCACAGTTTTTAACTAGAAACGCGTTT
167 -TAAGGATTTCTT--TTTACGA-GCATCT-GAATCTTGTTTC-G-ATTTAATTAGAAA-TTAATT
****** * * *** * **** * ** * * * * *
2502 CGGGGCCCCGACTCAATTTCGCCTGATTTTTGGC-AGAAGGACTCCTTGAAATGTCTATAT-TCA
224 C--GAAAAAAATTGAAAAACG--TTATTAGAAGCGTGAAAAAC-CCTT-CAA--TCTTTCTGGCG
** * * * * *** *
2565 TTGAACCA-A-A--TCTCAGTCAG-AATG-GGCTTAAGGATTTCTTTTTACG
281 TTGAATTATATATTTTTTA-TGAGTATTGTGGC--AA--A---AAATTGA-G
* **** ** * * * * * * * * *
2611 AGCATCTGAATCTT-GTTTC-GATTTAATTAGAAATTAATTCG-GAACAAAAATTGAAAAACGAT
1 AGAAAAAAAAT-TTCGGGTCAG-TTT--TTAG--CTGAAATCGTGTACTAACACT--CACA-G-T
*** * ** *** * * ** *
2673 ATCAGAAGCGTGAAAAAC-CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTG
56 -T-TTTAGC-T-AAAAACGCGTT---TC---GGGGCCCCG-ACT-CA-ATTTTGCATGA-T-TTT
* ****** * * * * *
2737 TGGCAGAAAATTGA-GAAAAAAAATTTCGTATCAGTTTTTAGCTGAAATCCTATAT-TAACACTC
106 TGGCAG--AA-GGACTCCTTGAAATATC-TAT-A---TTCATC-G-AA-CC-AAATCT--CAGTC
** *** ** * * * **
2800 ACGGTTCGGGGC--CCCGA-CCCAATTTT----GCA--TGATTTTTGGTTGAAGGACTCCTTGAA
157 AC-AAT--GGGCTTAAGGATTTC-TTTTTACGAGCATCTGAATCTT-GTT--TCGA-T--TT--A
* * * ** * *** * ** * ** ** * *
2856 ATATATATATTTA-TCGAACCAAATCTCAGCCACATTAGACTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCAT
210 AT-TAGAAATTAATTCGAAAAAAAT-TGAAAAACGTT--A-TT-A-GA-AGC-GTGAAAAACCCT
* * * * * * ** ** **
2920 CTGAATCTTGT-T-TCAATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATT-T-G-AAAAACGTTATT
266 -TCAATCTT-TCTGGC-GTTGAATTATATATT--TT-TTATGAGTATTGTGGCAAAAA----ATT
2980 -AG
321 GAG
**** * **** * *
2982 AAGCGTGAAAATCCTTAAAT-A-TTTTTGGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAACT
1 -AGAAAAAAAAT-TTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCT
* * * *
3045 AAAAACGTGTTTTGGGGCCCCGACTCTATTTTGCATGATTTTTGGCAAAAGGACTCCTTGAAATA
64 AAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATA
* * * * * *
3110 TCTATATTCATCAAACCAGAGCTCAGTCACGATGGGCTTAACGATTTCTTTTTATGAGCATCTGA
129 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGA
* *
3175 ATCTTGGTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
194 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGA
* *
3240 AAAACCCTTCAATCTTTCTGGAGTTGAATTATATA-TTTTTATTAGTATTGTGGCAAAAAATT--
258 AAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
3302 G
323 G
* * * *
3303 AGAAAAAAAATTTCGTGTTAGTTTTTAGCTAAAATCGTATACT-A-A--CAC------T---T--
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
* *
3353 --ACG-G-TTC-GGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGTCTGAAGGACTCCTTGAAATATC
66 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
* * * * * * * *
3413 TATATTCATCGAGCCAAATCTCAGCCACATTAGACTTAAGGATTTCCTTTTACAAGCATCTAAAT
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
3478 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAA
196 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAA-TTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAA
** * *
3543 ATTCCTTCAATCATTCTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
260 AACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
* * * *
3607 A-AAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTTATAGTTTTAAGCTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
* * ** * * * *
3671 AAACGCATTTTGGGTTCCCGACTCAATTTTGCGTGATTTTTGGTAGAAGAACTCCTTAAAATATC
66 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
*
3736 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCATAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
** *
3801 CTTGTTTTAATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGTGTGAAAA
196 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAA
* * * * * *
3866 ATCCTTCAATCTTTTTCGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGAC
261 ACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
* *
3929 A-AAAAAATAA-TTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTTACAGTTTCTAGCTA
1 AGAAAAAA-AATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTA
* * * * * * * *
3992 AAAAGGCGGTTC-AGGCCACGACTCAATTTTGAATGATTTTTTGG-AGTAGGACTCCGTGCAATA
65 AAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGA-TTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATA
* * *
4055 TCTAAATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTAAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGA
129 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGA
* *
4120 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAAAAATTGAAAAACGATATCAGAAGCGTG
194 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G-AAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTG
* * *
4185 AAAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTAAATATTTTTAATGAGTAGTGTGGCAAAAAATTG
257 AAAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
4250 AG
322 AG
** *** * *
4252 A-AAAAAATTTTTTTTTGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTAGCTA
1 AGAAAAAA-AATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTA
* *** * ** * *
4316 GAAATTTGTTTCGGGG-CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAACACTCGTTAAAATAT
65 AAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATAT
* * ** * * * * * *
4380 CTATATTAATTGAACCAAATCTCAACCACATTAGACTTAAGGATTTCCTGTTAAGAGCATCTGAA
130 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAA
* *
4445 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAAATTGAAAAACGTTAATAGAAGAGTGA
195 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG--AAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGA
** * * * * *
4510 AAATTCTTTCAATCATTCTGTCGTTGAATTATATATTTTTTAAGAGTATTGTGGCAAAAAATTGT
258 AAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
4575 G
323 G
* * * * *
4576 AAAAAAAAAAATTT-TGGTTAGTTTTTAGCGGAAATCGTGTACTAACACTCACAATTTTTAGCTA
1 -AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTA
* * * *
4640 AAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCTTTAAAATAT
65 AAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATAT
* * * *
4705 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCAGAATGGACTTAAGGATTTCTTTTTGCGAGCATCTAAA
130 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAA
* *
4770 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACATTATTAGAAGCGTAAAA
195 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAA
* * * *
4835 AATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTTTATATTTTTTATGGGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
260 AACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
* * * *
4899 AAAAAAAAAGTATTTCTGTTCAGTTTTTCA-CTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGC
1 AGAAAAAAA--ATTTCGGGTCAGTTTTT-AGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGC
* * * * *
4963 TAAAAACGCGGTTC-AGGCCCTGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGCAGAAGCACTCCTTGAAAT
63 TAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAAT
* ** * *
5027 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCAC-ATTAG-ATAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTG
128 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTG
*
5090 AATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATTTGAAAAACGTTATTAGAAGCGT
193 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAAAA-TTGAAAAACGTTATTAGAAGCGT
** ** *
5155 GAAAATTCCTTCAATCAATCTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
256 GAAAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
5220 GAG
321 GAG
* * *
5223 A-AAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGAGTACTAACACTCATAGTTTTTAGCTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
* * *
5287 AAACGCGTTTCGGGG-CCCGACTAAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCCTTCAAATATC
66 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
5351 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
5416 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAA
196 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAA
* *
5481 ATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
261 ACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
* *
5544 A-AAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACAATCACAGTTTTTAGCTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
* *
5608 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCTATTTTGCATGATTTTTGGCAGAATGACTCCTTGAAATA--
66 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
* * * * *
5671 TATATTCATCGAACCAGAGCTTAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACGAGTATCTGAAT
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
* * * *
5736 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAACTTG-AAAACGATATTTGGAGC-TCGAAA
196 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGT-GAAA
* *
5798 AACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAATATTGAG
260 AACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
* * *
5862 AGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGATATCGTGTACTAAAACTCACAGTTTTTAGCTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
* * *
5927 AAACGCGGTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAATATC
66 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
* ** * *
5992 TAAATTCATCGAACTTAATCTCAGTCAAAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTGAAT
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
* * * * * *
6057 TTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATCCGGAAAAAAAAATTGAAAAACGATATCAAAAGCGTAA
196 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G--AAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGA
6122 AAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT-A
258 AAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
6186 -
323 G
* * * * *
6186 AGAAAAAAAATTTCGTGTCAGTTTTAAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTGGCTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
** * *
6251 AAACTTGTTTCAGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTGAAATATC
66 AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
* * * * * * *
6316 TATATTCATTGAACCAAATCTAAGCCACATTAGACTTAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAAT
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
* *
6381 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACATTATTACAAGCGTGAAAA
196 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAA
* * *
6446 ATCCTTCAATCTTTTTCGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
261 ACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
*
6509 A-AAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTA
1 AGAAAAAAAA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTA
* * * * *
6573 AAAAGGCGGTTC-AGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGCAGATGGACT-CTGTGAAATA
65 AAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCT-TGAAATA
* *
6636 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACAAGCATCTGA
129 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGA
* * *
6701 ATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAATT-TAAAACGATATTAGAAGCGTGA
194 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGA
6765 AAAA
258 AAAA
6769 TATATTGGCA
Statistics
Matches: 5283, Mismatches: 903, Indels: 516
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
300 8 0.00
301 182 0.03
302 28 0.01
303 37 0.01
304 6 0.00
305 1 0.00
307 1 0.00
308 1 0.00
311 1 0.00
316 1 0.00
317 4 0.00
318 85 0.02
319 141 0.03
320 281 0.05
321 839 0.16
322 812 0.15
323 705 0.13
324 1024 0.19
325 565 0.11
326 93 0.02
327 20 0.00
328 5 0.00
329 4 0.00
330 2 0.00
331 7 0.00
332 11 0.00
333 4 0.00
334 10 0.00
335 22 0.00
336 8 0.00
337 22 0.00
338 21 0.00
339 8 0.00
340 20 0.00
341 11 0.00
342 16 0.00
343 19 0.00
344 9 0.00
345 5 0.00
346 7 0.00
347 10 0.00
348 12 0.00
349 4 0.00
350 7 0.00
351 4 0.00
352 9 0.00
354 3 0.00
355 5 0.00
356 6 0.00
357 2 0.00
358 6 0.00
359 1 0.00
360 8 0.00
361 13 0.00
362 11 0.00
363 13 0.00
364 5 0.00
365 7 0.00
366 15 0.00
367 15 0.00
368 15 0.00
369 5 0.00
370 13 0.00
371 12 0.00
372 18 0.00
373 8 0.00
374 4 0.00
377 3 0.00
378 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (323 bp):
AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
AAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAA
ACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
Found at i:1699 original size:647 final size:643
Alignment explanation
Indices: 1--6767 Score: 4156
Period size: 647 Copynumber: 10.4 Consensus size: 643
* * *
1 AGAAAAAAAATTTCGTGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTCTAGCTAA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTAA
* * * * *
66 AAAGGCGGTTT-AGGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGCACTCCTTGAAACATC
66 AAACGCAGTTTCAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
* ** * * * *
130 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACGTTAGACTTAAGGATTTCCT-TTTACGAGCGTCGGAA
131 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTT-CTATTTACGAGCATCTGAA
194 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCGTG
195 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCGTG
* * **
259 AAAATTCCTTCAATCATTCTGACATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTCACAAAAAAATT
258 AAAATACCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAATT
* * *
324 GAGA-AAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAGATCGTGTACTAACA-TCACAGTTTTTAGC
322 GAGAGAAAAAAAATTTC-GGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGC
** ** * *
387 TAAAAACGCGTTTCGGTTCTGCGACTCAATTTTGTATGATTTTTGGCAGAAGGACTCTTTAAAAT
386 TAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTAAAAT
* *
452 ATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCATAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTG
451 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTG
* * *
517 AATCTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACATTATTAGAAGCGAG
516 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAAC-GTATTAGAAGCGTG
* * * *
581 AAAAATCCTTCAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTA
580 AAAAA-CCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
* * *
646 AGAAAAAAAAATTTCGGGTAAGTTTTTAGCTTAAATCGTGTACTAACAGTCACAGTTTCTAGCTA
1 AG-AAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTA
* * * * * *
711 AAAAGGC-GGTTCAGGCCCCGATTCAATTTTGCATGATTTTTTGCAG-ATGACTCCTTGAAGTAT
65 AAAACGCAGTTTCAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATAT
* *
774 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAA
130 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTATTTACGAGCATCTGAA
* *
839 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAACGCGAA
195 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCGTGAA
* * *
904 AAAACCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT--G
260 AATACCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
** * * *
967 AGAAAAAAGTTTTCGTGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTCTAGCAAA
325 AGAAAAAAAATTTCG-GTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAA
* * * *
1032 AAACGCGTTTCGAAGCCCCGACGCAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTAAAATACC
389 AAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTAAAATATC
* * * *
1097 TATATTCATCGAACCAAATCTAAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTCTAAGAGAATCTGAAT
454 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT
1162 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGTATTAGAAGCGTGAAAA
519 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGTATTAGAAGCGTGAAAA
* * * *
1227 ACCAATCAATCTTTCTAGCGTTGAATTATTTATATTTTTTATAAGTATTGTTGCAAAAAATTG
584 ACC-TTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTA--TATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
* * *
1290 AGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAAATCGTGTATTAACACTCACAGTTTTTAGCTA
1 AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTG-AAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTA
*
1355 AAAACGC-GTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAAT
65 AAAACGCAGTTTC-AGGCCCCGACTCAATTTTGCATGA-TTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAAT
* *
1419 ATCTATATTCATCGAACCAAAGCTCATTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTATTTAC-ATGCATCT
128 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTATTTACGA-GCATCT
** *
1483 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G-AAAAAATTGAAAAACGTTATTGGAAGCGT
192 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCGT
* *
1546 GAAAATACCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTCTTTATAAGTATTGTGGCAAAAAATT
257 GAAAATACCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * *
1611 GAGAGAAAAAAAATTTCAGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTTTACTAACACGCAAAGTTTTTAGC
322 GAGAGAAAAAAAATTTC-GGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGC
* * * * *
1676 TAAAAACGCGGTTCGGGGCCCCGAATAAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAAT
386 TAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTAAAAT
* * *
1741 GTCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACGAGCATCTA
451 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTG
1806 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGT
516 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAATTGAAAAACG-TATTAGAAGCGT
*
1871 GAAAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCATAAAATT
579 GAAAAA-CCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
1936 G
643 G
* * *
1937 AGAGAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAACTCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGGTA
1 AGA-AAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTA
* * * *
2002 AAAACGCAG-TTCGGGGTCACGACTCAATTTTGCATGATTTTTGACAGAAGGACTCCTTGAAATA
65 AAAACGCAGTTTC-AGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATA
* * *
2066 TTTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTTACAATGGGCTTAAGGATTTC-ATTTTACGTGCATCTG
129 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTA-TTTACGAGCATCTG
* * * * *
2130 AATCTTGTTTCGATTAAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAATTTAAAAACGATATTAGAAGTGTG
193 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCGTG
* * * * * * *
2195 ATAAA-CCCTTTAATCTTTTTGGCGTTGACA-TATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCAAAAATT
258 A-AAATACCTTCAATCATTCTGACGTTGA-ATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
** ** * *** *** * * * * * **
2258 TGAGA-ATTCAAGGA-GT-GG---GTTGGAAAAAAGAAATGGAAGAAC-AAGGTA-TCTGC-GGA
321 TGAGAGA-AAAAAAATTTCGGTCAGTT-TTTAGCTGAAATCGTA-TACTAA--CACTC-ACAGTT
** *** ** ** *** * * * ** * *
2314 TTTA-C-AAAAATCTAGTAGAGAGAAACCAAAAAAAGATATCG-A-AATAGTT--CTGACGG---
380 TTTAGCTAAAAA-CGCGTTTCG-GAGCCCCGACTCA-ATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACT
* * * * ** ** * *
2370 --TT-CAATA---ATAGT-ATC--A-C--TTC-CATTC-GGA-GTTCTT--TG-TTACTTTTT-C
442 CCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTAC
* * * * * * **
2416 AAG--T-TGAATCTTAGTGATGGA-ATAATATGGAATAATTAAGTC--AAAATTCATTGGAACAC
507 GAGCATCTGAATCTT-GT-TTCGATTTAAT-TAG-A-AATTAATTCGGAAAA-AAATT-GAA-A-
* ** * * * * *** * * ****
2475 TCACAGT-TTTTAA-C-T-AGAAA-C-GC---GTTTCGGGGCCCCG-ACT-CA-ATTTCGCCTGA
563 -AAC-GTATTAGAAGCGTGAAAAACCTTCAATCTTTC-TGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGA
* **
2528 -T-TTTTGGCAGAAGGACTCCTTG
625 GTATTGTGGCA-AA--A--AATTG
*** * * *** ** * * * * * ** *
2550 A-AATGTCTATATTCATTGAACCAAATCTCAG-TCAGAAT-G-G-GCTTAAGGA-TTTC--TTTT
1 AGAA--AAAAAATT--TCGGGTCAGTTTTTAGCTGA-AATCGTGTAC-TAA-CACTCACAGTTTC
* ** * * *** * * * * * * * *
2607 TA-CGAGCATCTG-AATCTT---GTTTCGATTTAA-TTAG-A-AATTAATTCGGAACAA--A--A
59 TAGCTAAAAAC-GCAGT-TTCAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATT--TTTGGCAGAAGGACTC
* * * * * * *** * *
2660 ATTGAAA-AACGATA-TCA--GAAGCGTGAAAAACCCTTCAATC-TTTTTGGCGTT--GAATTAT
120 CTTGAAATATCTATATTCATCGAA-C----CAAA-TC-TCAGTCACAATGGGC-TTAAGGATT-T
* ** * * * ** * ** * * ****
2718 ATATTT-----TTTATGAGTATTGTGGCAGA--AAATTGAGAAAAAAAATTTCGTATCAGTTTTT
176 CTATTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTC-GATTTAATT-AG-AAATTAA-TTCGGA-AAAAAATT
* * * * ***** * **
2776 AGCTGAAATCCTATATTAACACTCACGGTTCGGGGCCCCGACC--CAAT-TTTGCATGATTTTTG
236 -G--AAAAACC-ATATT-AGA---A--G--C-GTGAAAATACCTTCAATCATT-C-TGA-CGTTG
* * * ** * * ** ** * *
2838 -GTTGA-AGGACTCCTTGAAATATAT-A-TATT-TATCGAACCAAATCTCAGCCACATTAGACTT
285 AATT-ATA-TA-T--TT----TTTATGAGTATTGTGGC-AA-AAAAT-TGAGAGA-AAAAAAATT
** *** * * **** ** * ****
2898 AAGGATTTCTTTTTA-C-GAGCATCTGAAT-CT-TGTTTCA-A---TTTAATTAGAAA-TTAATT
337 TCGG-TCAGTTTTTAGCTGA-AATC-GTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTT
*** * * ** * * *
2954 C-GA------AAAAAAATTTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAA--AATCCTT-AAATAT-T-T-
399 CGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGA--TT-TTTG--GC-AGAAGGACTCCTTAAAATATCTATA
* *** * *** ** *** * * *
3006 TTGGC-T-GAAATCGTGTACTAACACTCAC-A-GTTTTTAACTAAAAACGTGTTTT-GGGGC-CC
458 TT--CATCG-AACCAAAT-CT--CAGTCACAATGGGCTTAA-GGATTTC-T-TTTTACGAGCATC
* * * ** * * * * *
3065 CGACTCTAT-TTTGCATGATTT--TTGGCAAAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACC
514 TGAATCT-TGTTT-C--GATTTAATTAG--AAATTAATTC-GGAAA-A---AAATTGA--AAA--
* * * * * ** * * * * *
3127 AGAGCTCAGTCACGATGGGCTTAACGA-TTTC--TTTTTATGAGCATCTGAATCT-TGGTTCGAT
564 A-CG-T-A-TTA-GAAGCG-TGAAAAACCTTCAATCTTTCTG-GCGT-TGAAT-TAT--AT--AT
* * * *
3188 TTAATTA-GAAATTAATT-CGGAAAAAAATTG
616 TT-TTTATG--AGT-ATTGTGGCAAAAAATTG
* * * * * * * **
3218 A-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTCTGGAGTTG-AAT--TATA-T-ATT
1 AGAAAA-AAAATT----TCG-G--------GTCAGT-TTT-T--AGCTGAAATCGTGTACTAACA
* * * * * * ** *** * ** * *
3277 TTTATTAGTATTGTGGC-AAAAA---A--TTGA-G---AAAAAAAATTTCGTGTTAGTTTTTAGC
48 CTCA-CAGT-TTCTAGCTAAAAACGCAGTTTCAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGA-TTTTTGGC
* * ** * * * ***
3332 TA-AA--A-TCGTAT-ACTAACA-CT-TACGGTTCGGGCCCCG-ACTCAATTTTGCA-TGATTTT
110 -AGAAGGACTCCT-TGA--AATATCTATA---TT----CATCGAAC-CAAATCT-CAGTCACAAT
* * *
3388 TGTCTGAAGGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGCCAAATCTCAGCCACATTAGACTTAAG
162 GGGCTTAAGGA-----T----T-TCTAT-TT-A-CGAG-C--ATCT--G--A-A-T---CTT---
* *
3453 GATTTCCTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATT
199 G-------TTT-C--G-AT-TTAA------TTAGA---AATT---AA----TTCGGAAAAAAA-T
** * *
3517 TGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAATTCCTTCAATCATTCTGTCGTTGAATTATATATTTTTT
235 TGAAAAACCATATTAGAAGCGTGAAAATACCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTTTTT
* *
3582 ATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA-AAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGT
300 ATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAGAAAAAAAATTTC-GGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTAT
* * * * * * *
3646 ACTAACACTTATAGTTTTAAGCTAAAAACGCATTTTGG-GTTCCCGACTCAATTTTGCGTGATTT
364 ACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTTCGGAG-CCCCGACTCAATTTTGCATGATTT
* * *
3710 TTGGTAGAAGAACTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCATAA
428 TTGGCAGAAGGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAA
**
3775 GGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTAATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAAT
493 GGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAT
* * *
3839 TGAAAAACGTTATTAGAAGTGTGAAAAATCCTTCAATCTTTTTCGCGTTGAATTATATATTTTTT
558 TGAAAAACG-TATTAGAAGCGTGAAAAA-CCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
* *
3904 ATGAGTATTTTAGCAAAAAATTG
621 ATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
* * *
3927 ACAAAAAAATAATTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTTACAGTTTCTAGCTA
1 AGAAAAAAA-ATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTA
* * * * * * *
3992 AAAAGGC-GGTTCAGGCCACGACTCAATTTTGAATGATTTTTTGG-AGTAGGACTCCGTGCAATA
65 AAAACGCAGTTTCAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGA-TTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATA
* *
4055 TCTAAATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTAAAGGATTTCCT-TTTACGAGCATCTG
129 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTT-CTATTTACGAGCATCTG
* * *
4119 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAAAAATTGAAAAACGATATCAGAAGCGT
193 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCGT
* * * * *
4184 GAAAA-ACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTAAATATTTTTAATGAGTAGTGTGGCAAAAAAT
257 GAAAATA-CCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
** ** *
4248 TGAGA-AAAAAATTTTTTTTTGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTA
321 TGAGAGAAAAAA--AATTTCGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTA
* *** * * ** *
4312 GCTAGAAATTTGTTTCGG-GGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAACACTCGTTAAA
384 GCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTAAA
* * ** * * * * * *
4376 ATATCTATATTAATTGAACCAAATCTCAACCACATTAGACTTAAGGATTTCCTGTTAAGAGCATC
449 ATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATC
* * *
4441 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAAATTGAAAAACGTTAATAGAAGA
514 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-GAAAAAAATTGAAAAACG-TATTAGAAGC
* * * * *
4506 GTGAAAATTCTTTCAATCATTCTGTCGTTGAATTATATATTTTTTAAGAGTATTGTGGCAAAAAA
577 GTGAAAA-ACCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
4571 TTGTG
641 -T-TG
* * * * * *
4576 AAAAAAAAAAATTT-TGGTTAGTTTTTAGCGGAAATCGTGTACTAACACTCACAATTTTTAGCTA
1 -AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTA
* * * * *
4640 AAAACGC-GTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCTTTAAAATA
65 AAAACGCAGTTTC-AGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATA
* * * * *
4704 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCAGAATGGACTTAAGGATTTCTTTTTGCGAGCATCTAA
129 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTATTTACGAGCATCTGA
4769 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAA-CATTATTAGAAGCGT-
194 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACCA-TATTAGAAGCGTG
* * * * * *
4831 AAAAAATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTTTATATTTTTTATGGGTATTGTGGCAAAAAATT
258 AAAATA-CCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * * *
4896 GAGAAAAAAAAAGTATTTCTGTTCAGTTTTTCA-CTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCT
322 GAGAGAAAAAAA--ATTTC-GGTCAGTTTTT-AGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTT
* * * * * *
4960 AGCTAAAAACGCGGTTCAG-GCCCTGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGCAGAAGCACTCCTTGA
383 AGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTAA
* ** * *
5024 AATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCAC-ATTAG-ATAAGGATTTCCTTTTACGAGCAT
448 AATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCAT
* *
5087 CTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATTTGAAAAACGTTATTAGAAG
513 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAA-TTGAAAAACG-TATTAGAAG
* ** *
5152 CGTGAAAATTCCTTCAATCAATCTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAA
576 CGTGAAAA-ACCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAA
5217 ATTG
640 ATTG
* * *
5221 AGAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGAGTACTAACACTCATAGTTTTTAGCTA
1 AGAAAAAAAA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTA
* * * * *
5286 AAAACGC-GTTTCGGGGCCCGACTAAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCCTTCAAATAT
65 AAAACGCAGTTTCAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATAT
*
5350 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAA
130 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTATTTACGAGCATCTGAA
**
5415 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAA
195 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCGTGAA
* * *
5479 AA-ATCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
260 AATA-CCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
*
5543 GA-AAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACAATCACAGTTTTTAGCTA
324 GAGAAAAAAAATTTC-GGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTA
* * * *
5607 AAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCTATTTTGCATGATTTTTGGCAGAATGACTCCTTGAAATA-
388 AAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTAAAATAT
* * * * *
5671 -TATATTCATCGAACCAGAGCTTAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACGAGTATCTGAA
453 CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAA
* * *
5735 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G-AAAAACTTG-AAAACGATATTTGGAGC-TCGA
518 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACG-TATTAGAAGCGT-GA
* *
5796 AAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAATATTG
581 AAAA-CCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
* * *
5860 AGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGATATCGTGTACTAAAACTCACAGTTTTTAGCT
1 AGA-AAAAAAA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCT
* * * *
5925 AAAAACGC-GGTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCGTGAAAT
64 AAAAACGCAGTTTC-AGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAAT
* ** * * *
5989 ATCTAAATTCATCGAACTTAATCTCAGTCAAAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTG
128 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTATTTACGAGCATCTG
* * * * *
6054 AATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATCCGGAAAAAAAAATTGAAAAACGATATCAAAAGCG
193 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCG
* * *
6119 T-AAAAAACCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
256 TGAAAATA-CCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
* * *
6183 TT-A-AGAAAAAAAATTTCGTGTCAGTTTTAAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTG
320 TTGAGAGAAAAAAAATTTCG-GTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTA
** * *
6246 GCTAAAAACTTGTTTCAGG-GCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTGA
384 GCTAAAAACGCGTTTC-GGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTAA
* * * * * * *
6310 AATATCTATATTCATTGAACCAAATCTAAGCCACATTAGACTTAAGGATTTCCTTTTACGAGCAT
448 AATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCAT
* *
6375 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACATTATTACAAGC
513 CTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAAC-GTATTAGAAGC
* *
6439 GTGAAAAATCCTTCAATCTTTTTCGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
577 GTGAAAAA-CCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
6504 TTG
641 TTG
6507 AGAAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCT
1 AG-AAAAAAAA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCT
* * * *
6572 AAAAAGGC-GGTTCAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGCAGATGGACT-CTGTGAAAT
64 AAAAACGCAGTTTCAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCT-TGAAAT
* * *
6635 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACAAGCATCTG
128 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTATTTACGAGCATCTG
* * *
6700 AATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAATT-TAAAACGATATTAGAAGCGTG
193 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCGTG
6764 AAAA
258 AAAA
6768 ATATATTGGC
Statistics
Matches: 4792, Mismatches: 885, Indels: 891
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
599 8 0.00
600 12 0.00
601 10 0.00
602 9 0.00
603 9 0.00
604 7 0.00
605 13 0.00
606 12 0.00
607 14 0.00
608 17 0.00
609 2 0.00
610 11 0.00
611 11 0.00
612 10 0.00
613 25 0.01
614 13 0.00
615 17 0.00
616 17 0.00
617 13 0.00
618 13 0.00
619 10 0.00
620 22 0.00
621 10 0.00
622 13 0.00
623 15 0.00
624 8 0.00
625 4 0.00
626 13 0.00
627 4 0.00
628 4 0.00
629 5 0.00
630 3 0.00
631 4 0.00
632 4 0.00
633 1 0.00
634 1 0.00
635 3 0.00
636 2 0.00
637 10 0.00
638 1 0.00
639 76 0.02
640 76 0.02
641 211 0.04
642 275 0.06
643 376 0.08
644 217 0.05
645 757 0.16
646 495 0.10
647 858 0.18
648 207 0.04
649 289 0.06
650 18 0.00
651 6 0.00
654 5 0.00
655 1 0.00
658 1 0.00
659 2 0.00
660 5 0.00
661 7 0.00
662 2 0.00
663 1 0.00
664 2 0.00
665 3 0.00
667 5 0.00
668 6 0.00
669 7 0.00
670 1 0.00
671 1 0.00
672 4 0.00
673 3 0.00
674 2 0.00
675 3 0.00
676 3 0.00
677 5 0.00
678 10 0.00
679 11 0.00
680 8 0.00
681 6 0.00
682 5 0.00
683 9 0.00
684 15 0.00
685 4 0.00
686 1 0.00
687 4 0.00
688 3 0.00
689 3 0.00
690 4 0.00
691 3 0.00
693 4 0.00
694 9 0.00
695 4 0.00
696 11 0.00
697 13 0.00
698 4 0.00
699 2 0.00
700 19 0.00
701 5 0.00
702 1 0.00
703 1 0.00
704 3 0.00
705 21 0.00
706 6 0.00
707 4 0.00
708 3 0.00
709 15 0.00
710 9 0.00
711 6 0.00
713 5 0.00
714 7 0.00
715 11 0.00
716 4 0.00
717 8 0.00
718 1 0.00
720 17 0.00
721 9 0.00
722 16 0.00
723 6 0.00
724 7 0.00
725 4 0.00
726 16 0.00
727 4 0.00
728 15 0.00
729 14 0.00
730 29 0.01
731 26 0.01
732 13 0.00
733 6 0.00
734 13 0.00
735 1 0.00
736 2 0.00
737 4 0.00
738 4 0.00
739 4 0.00
740 2 0.00
741 2 0.00
742 3 0.00
743 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (643 bp):
AGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTAA
AAACGCAGTTTCAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTGAAATATC
TATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTATTTACGAGCATCTGAAT
CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACCATATTAGAAGCGTGAAA
ATACCTTCAATCATTCTGACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
GAAAAAAAATTTCGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAA
ACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGGACTCCTTAAAATATCTA
TATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCT
TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGTATTAGAAGCGTGAAAAAC
CTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
Found at i:5505 original size:645 final size:640
Alignment explanation
Indices: 3354--6769 Score: 4691
Period size: 645 Copynumber: 5.3 Consensus size: 640
3344 CTAACACTTA
* * * *
3354 CGGTTCGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGTCTGAAGGACTCCTTGAAATATCTATATT
1 CGGTTCGGGGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCCTTGAAATATCTATATT
* * * * * * *
3419 CATCGAGCCAAATCTCAGCCACATTAGACTTAAGGATTTCCTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTT
66 CATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTT
* *
3484 TCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAATTCC
131 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAA-TTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCC
* *
3548 TTCAATCATTCTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAA
195 TTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAA
* * * *
3613 AAT-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTTATAGTTTTAAGCTAAAAACGC
260 AATATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACGC
* * * * * *
3677 ATTTTGGGTTCCCGACTCAATTTTGCGTGATTTTTGGTAGAAGAACTCCTTAAAATATCTATATT
325 GTTTCGGG--CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGCACTCCTTGAAATATCTATATT
* ** *
3742 CATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCATAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
388 CATCGAACCAAATCTCAGCCAC-ATTAG-ATAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
** *
3807 TTAATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGTGTGAAAAATCCTT
451 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAAATCCTT
* * * *
3872 CAATCTTTTTCGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGA-CAAAAAAA
516 CAATCTTTCT-GCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAA
* * * *
3936 TAATTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTTACAGTTTCTAGCTAAAAAGG
580 T-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACG
* * * * * * *
3998 CGGTTC-AGGCCACGACTCAATTTTGAATGATTTTTTGG-AGTAGGACTCCGTGCAATATCTAAA
1 CGGTTCGGGGCC-CGACTCAATTTTGCATGA-TTTTTGGCAGAAGAACTCCTTGAAATATCTATA
* * *
4061 TTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTAAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
64 TTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTGAATCTTG
* * *
4126 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAAAAATTGAAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAAC
129 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAT
* * *
4191 CCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTAAATATTTTTAATGAGTAGTGTGGCAAAAAATTGAGAAAA
193 CCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAA
* * *** * * *
4256 AAATTTTTTTTTGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTAGCTAGAAAT
258 AAAATATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAAC
** * * * *
4321 TTGTTTCGGGGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAACACTCGTTAAAATATCTATAT
323 GCGTTTC-GGGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGCACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * * *
4386 TAATTGAACCAAATCTCAACCACATTAGACTTAAGGATTTCCTGTTAAGAGCATCTGAATCTTGT
387 TCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTAGA--TAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * *
4451 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAAATTGAAAAACGTTAATAGAAGAGTGAAAATTC
450 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG--AAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAAATC
* * * *
4516 TTTCAATCATTCTGTCGTTGAATTATATATTTTTTAAGAGTATTGTGGCAAAAAATTGTGAAAAA
513 CTTCAATCTTTCTG-CGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA-T-TG-AGAA
* * *
4581 AAAAAATTTT--GGTTAGTTTTTAGCGGAAATCGTGTACTAACACTCACAATTTTTAGCTAAAAA
574 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAA
4644 CG
639 CG
* * * *
4646 CGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCTTTAAAATATCTATAT
1 CGGTTCGGGG-CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * * *
4711 TCATCGAACCAAATCTCAGTCAGAATGGACTTAAGGATTTCTTTTTGCGAGCATCTAAATCTTGT
65 TCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGT
*
4776 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAAC-ATTATTAGAAGCGTAAAAAATC
130 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGA-TATTAGAAGCGTGAAAAATC
* * *
4839 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTTTATATTTTTTATGGGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA
194 CTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAA
* * * *
4904 AAAAGTATTTCTGTTCAGTTTTTCA-CTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTAAAA
258 AAAA-TATTTCGGGTCAGTTTTT-AGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAA
* * *
4968 ACGCGGTTCAGGCCCTGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGCAGAAGCACTCCTTGAAATATCTAT
321 ACGCGTTTCGGGCCC-GACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGCACTCCTTGAAATATCTAT
5033 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTAGATAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
385 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTAGATAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* *
5098 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATTTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAATTC
450 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAAAA-TTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAAATC
**
5163 CTTCAATCAATCTGTCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA
513 CTTCAATCTTTCTG-CGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA
* *
5228 AAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGAGTACTAACACTCATAGTTTTTAGCTAAAAACG
577 AAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACG
* * *
5292 CGTTTCGGGGCCCGACTAAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCCTTCAAATATCTATATT
1 CGGTTCGGGGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCCTTGAAATATCTATATT
*
5357 CATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
66 CATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTT
*
5422 TCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAAATCCT
131 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCT
*
5486 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAA
196 TCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAA
*
5551 A-ATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACAATCACAGTTTTTAGCTAAAAACGCG
261 ATATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACGCG
*
5615 TTTCGGGGCCCCGACTCTATTTTGCATGATTTTTGGCAGAATG-ACTCCTTGAAATA--TATATT
326 TTTC-GGG-CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAA-GCACTCCTTGAAATATCTATATT
* * * * ** * * * *
5677 CATCGAACCAGAGCTTAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACGAGTATCTGAATCTTGTT
388 CATCGAACCAAATCTCAGCCAC-ATTAG-ATAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * * *
5742 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAACTTG-AAAACGATATTTGGAGC-TCGAAAAACCCT
451 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGT-GAAAAATCCT
* *
5804 TCAATCTTTCTGGCGTTGAATTAAATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAATATTGAGAGAAAAA
515 TCAATCTTTCT-GCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA-AAAAA
* *
5869 AATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGATATCGTGTACTAAAACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACG
578 AATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACG
* *
5932 CGGTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAA-AGACTCCGTGAAATATCTAAA
1 CGGTTCGGGG-CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGA-ACTCCTTGAAATATCTATA
** * *
5996 TTCATCGAACTTAATCTCAGTCAAAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTGAATTTTG
64 TTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTGAATCTTG
* * * *
6061 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATCCGGAAAAAAAAATTGAAAAACGATATCAAAAGCGTAAAAAA
129 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA
* *
6126 CCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTAAG-AA
192 TCCTTCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAA
* * * *
6190 AAAAA-ATTTCGTGTCAGTTTTAAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTGGCTAAAAA
257 AAAAATATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAA
** * *
6254 CTTGTTTCAGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTGAAATATCTAT
322 CGCGTTTC-GGG-CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGCACTCCTTGAAATATCTAT
* *
6319 ATTCATTGAACCAAATCTAAGCCACATTAGACTTAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTT
385 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTAGA--TAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* *
6384 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACATTATTACAAGCGTGAAAAATC
448 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAAATC
*
6449 CTTCAATCTTTTTCGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAA
513 CTTCAATCTTTCT-GCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAA
* *
6514 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTCTAGCTAAAAAGG
576 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACG
* * * * *
6579 CGGTTCAGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTTGCAGATGGACT-CTGTGAAATATCTATAT
1 CGGTTCGGGGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCCT-TGAAATATCTATAT
*
6643 TCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGT
65 TCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGT
* *
6708 TTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAATT-TAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAT
130 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAT
6770 ATATTGGCAA
Statistics
Matches: 2462, Mismatches: 258, Indels: 105
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
638 1 0.00
639 75 0.03
640 78 0.03
641 161 0.07
642 64 0.03
643 237 0.10
644 256 0.10
645 528 0.21
646 268 0.11
647 456 0.19
648 76 0.03
649 248 0.10
650 6 0.00
651 8 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (640 bp):
CGGTTCGGGGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTCCTTGAAATATCTATATT
CATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTT
TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATCCT
TCAATCTTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAA
ATATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACGCG
TTTCGGGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGCACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
CGAACCAAATCTCAGCCACATTAGATAAGGATTTCCTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT
TTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATC
TTTCTGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTTCG
GGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTAAAAACG
Found at i:7757 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 7721--7776 Score: 71
Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 23
7711 CAACAGAAGA
7721 GAAAA-AAAAA-AAAAAAAAAGG
1 GAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAGG
*
7742 GAAAAGAAAAAGAAAAGAAAAGG
1 GAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAGG
* *
7765 AAAAAGGAAAAG
1 GAAAAGAAAAAG
7777 GGAAATAGAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.17
22 5 0.17
23 20 0.67
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.21, T:0.00
Consensus pattern (23 bp):
GAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAGG
Found at i:7787 original size:13 final size:11
Alignment explanation
Indices: 7731--7788 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 4.8 Consensus size: 11
7721 GAAAAAAAAA
*
7731 AAAAAAAAAGGG
1 AAAAGAAAA-GG
*
7743 AAAAGAAAAAG
1 AAAAGAAAAGG
7754 AAAAGAAAAGG
1 AAAAGAAAAGG
7765 AAAAAGGAAAAGGG
1 -AAAA-GAAAA-GG
7779 AAATAGAAAA
1 AAA-AGAAAA
7789 TAATAATAAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 3, Indels: 7
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
11 11 0.28
12 12 0.31
13 13 0.33
14 3 0.08
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.24, T:0.02
Consensus pattern (11 bp):
AAAAGAAAAGG
Found at i:8514 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 8473--8527 Score: 92
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
8463 CTTCGTGTGT
*
8473 TAAAATTACCGTTTTACCCCTACTAGGC
1 TAAAATTACAGTTTTACCCCTA-TAGGC
8501 TAAAATTACAGTTTTACCCCTATAGGC
1 TAAAATTACAGTTTTACCCCTATAGGC
8528 CAGAAATGAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 5 0.19
28 21 0.81
ACGTcount: A:0.31, C:0.25, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (27 bp):
TAAAATTACAGTTTTACCCCTATAGGC
Found at i:8534 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 8474--8534 Score: 88
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
8464 TTCGTGTGTT
* *
8474 AAAATTACCGTTTTACCCCTACTAGGCT
1 AAAATTACAGTTTTACCCCTACTAGGCC
8502 AAAATTACAGTTTTACCCCTA-TAGGCC
1 AAAATTACAGTTTTACCCCTACTAGGCC
8529 AGAAAT
1 A-AAAT
8535 GATTAAATGA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 6 0.20
28 24 0.80
ACGTcount: A:0.34, C:0.25, G:0.11, T:0.30
Consensus pattern (28 bp):
AAAATTACAGTTTTACCCCTACTAGGCC
Found at i:13377 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 13331--13357 Score: 54
Period size: 1 Copynumber: 27.0 Consensus size: 1
13321 GAGAAAACGC
13331 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
13358 TTTTTTTTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 26 1.00
ACGTcount: A:1.00, C:0.00, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (1 bp):
A
Found at i:15220 original size:322 final size:322
Alignment explanation
Indices: 14449--16096 Score: 2229
Period size: 321 Copynumber: 5.1 Consensus size: 322
14439 GCATTTTGCT
* * *
14449 CTAAAAACGCGGTTCGGGGACCCGACTTAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAA
* * * *
14514 TATCTATATTCATCGAATCAATTCTCAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACGAGTATCT
66 TATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCT
* * *
14579 TAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAATGATATTAAAAGCGT
131 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGT
*
14644 GAAAAACCCTTCAATCTTTATGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
195 GAAAAACCCTTCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * * *
14709 GAG-AAAAAAAAATT-GTGTCAGTTTTTAGCTAAAATCGTATACTAATACTCTCGGTTTTTAG
260 GAGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTAG
** * * * * *
14770 CTAAAAACTTGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATTACTTTTGGCTGAAGGACTCCTTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAA
** * * * * *
14835 TATCCCTATTTATCGAACCAAATCTCAGCCACATTAGACTTAAGGATTTAC-TTTTACGAGCATC
66 TATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTT-CTTTTTACGAGCATC
* * *
14899 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGGG
130 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCG
** * * * *
14964 TGAAAATTCCTTCAATCATTCTGATATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATAGTGGCAAAAAAT
194 TGAAAAACCCTTCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* * *
15028 TGAGAAAAAAAAAATTCGGGTCAATTTTTAGCTGAAATCGTATAATAACACTCACGGTTTCTAG
259 TGAGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTAG
** * * * * * *
15092 GAAAAAACGCGTTTCAGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTAAAA
1 CTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAA
* * * * *
15157 TACCTATATTCATCGAACCAAATCTAAGTCGCAATGGGCTTAAGGATTTCTTTCTAAGAGCATCT
66 TATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCT
* * * * *
15222 GAATCATGTTTGGATTTAATTAGAAATTTATTCTGGAAAAAATTGAAAAACGGTATTAGAAGCGT
131 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGT
* * * *
15287 GAAAAACCCTTCGATCTTTCTGGTGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTCGCAAAATATT
195 GAAAAACCCTTCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* * *
15352 GAGAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAG
260 GAGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTAG
* * *
15415 CTAAAAACGCGGTTT-GGGGCCCC-AATTAATTTTGCATGATTTATGGCAGAAGAACTACTTGAA
1 CTAAAAACGC-GTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAA
* *
15478 ATATCTATATTTATCGAACCAAATCTTAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATC
65 ATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATC
* * *
15543 TGAATCTTGTTTC-ATTTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATTGAAAAATGATATTAAAAGCG
130 TGAATCTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCG
* * *
15607 TCAAAAACCCTTCAATCTTTATGGTGTTGAATTATATATTATTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
194 TGAAAAACCCTTCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
* * * *
15672 TAAGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGATTTTAGC-GAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAG
259 TGAGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTAG
* * *
15735 CTAAAAACGCGGTTCGGGGACCCGACACAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAA
1 CTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAA
* * *
15800 TATTTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGGTTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCT
66 TATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCT
* *
15865 GAATCTTGTTTCGATTTAACTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGATATCAGAAGCGT
131 GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGT
* * * * *
15930 GAAAAACCCTTCAATCGTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTANGAGTATTATAGC-AAAAATT
195 GAAAAACCCTTCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
* *
15994 GAG-AAAAAAAATTTCGTGTCAGTTTTTAGCTAGAAAATCGTAATACTAACAACTCACGGTTTTT
260 GAGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCT-G-AAATCGT-ATACTAAC-ACTCACGGTTTTT
16058 AG
321 AG
**
16060 CTAAAAACTTGTTTACGGGGCCCCG-CTCAATTTTGCA
1 CTAAAAACGCGTTT-CGGGGCCCCGACTCAATTTTGCA
Statistics
Matches: 1156, Mismatches: 152, Indels: 34
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
319 3 0.00
320 102 0.09
321 458 0.40
322 434 0.38
323 103 0.09
324 11 0.01
325 36 0.03
326 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (322 bp):
CTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAA
TATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCT
GAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
AAAAACCCTTCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
AGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTAG
Found at i:15682 original size:643 final size:643
Alignment explanation
Indices: 14451--16096 Score: 2308
Period size: 643 Copynumber: 2.6 Consensus size: 643
14441 ATTTTGCTCT
*
14451 AAAAACGCGGTTCGGGGACCCGACTTAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAATA
1 AAAAACGCGGTTCGGGGACCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAATA
* * * * *
14516 TCTATATTCATCGAATCAATTCTCAGTCACAATGGGCTTAAAGATTTCTTTTTACGAGTATCTTA
66 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGA
* *
14581 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAATGATATTAAAAGCGTGA
131 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* *
14646 AAAACCCTTCAATCTTTATGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
196 AAAACCCTTCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGC-AAAAATTGA
* * *
14711 GAAAAAAAAA-TT-GTGTCAGTTTTTAGCTAAAATCGTATACTAATACTCTCGGTTTTTAGCTAA
260 GAAAAAAAAATTTCGTGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTAGCTAA
** * * * * *
14774 AAACTTGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATTACTTTTGGCTGAAGGACTCCTTGAAATATC
325 AAACCGGTTTCGGGGCCCCGAATCAATTTTGCATGACTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAATATC
* *
14839 CCTATTTATCGAACCAAATCTCAGCCACATTAGACTTAAGGATTTACTTTTACGAGCATCTGAAT
390 CATATTTATCGAACCAAATCTCAGCCACAATAGACTTAAGGATTTACTTTTACGAGCATCTGAAT
* * * * *
14904 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGAAAAAAAATTGAAAAACGTTATTAGAAGGGTGAAA
455 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATTGAAAAACGATATTAAAAGCGTCAAA
** * *
14969 ATTCCTTCAATCATTCTGATATTGAATTATATATTTTTATGAGTATAGTGGCAAAAAATTGAGAA
520 AACCCTTCAATCATTATGATATTGAATTATATATTTTTATGAGTATAGTGGCAAAAAATTAAGAA
* *
15034 AAAAAAAATTCGGGTCA-ATTTTTAGCTGAAATCGTATAATAACACTCACGGTTTCTAGGA
585 AAAAAAAATTCGGGTCAGA-TTTTAGC-GAAATCGTATAATAACACTCACAGTTTCTAGCA
* * * * * * * *
15094 AAAAACGCGTTTCAGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCTGAAGGACTCCTTAAAATA
1 AAAAACGCGGTTCGGGGACCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAATA
* * * * *
15159 CCTATATTCATCGAACCAAATCTAAGTCGCAATGGGCTTAAGGATTTCTTTCTAAGAGCATCTGA
66 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGA
* * * *
15224 ATCATGTTTGGATTTAATTAGAAATTTATTCTGG-AAAAAATTGAAAAACGGTATTAGAAGCGTG
131 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
* * *
15288 AAAAACCCTTCGATCTTTCTGGTGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTCGCAAAATATTG
195 AAAAACCCTTCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCAAAA-ATTG
* * *
15353 AGAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCTA
259 AGAAAAAAAAATTTCGTGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTAGCTA
*
15418 AAAACGCGGTTT-GGGGCCCC-AATTAATTTTGCATGA-TTTATGGCAGAAGAACTACTTGAAAT
324 AAAAC-CGGTTTCGGGGCCCCGAATCAATTTTGCATGACTTT-TGGCAGAAGAACTACTTGAAAT
* * * * *
15480 ATCTATATTTATCGAACCAAATCTTAGTCACAATGGGCTTAAGGATTT-CTTTTTACGAGCATCT
387 ATCCATATTTATCGAACCAAATCTCAGCCACAATAGACTTAAGGATTTAC-TTTTACGAGCATCT
* *
15544 GAATCTTGTTTC-ATTTTAATTAGAAATTAATTCG-GAAAAAATTGAAAAATGATATTAAAAGCG
451 GAATCTTGTTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATTGAAAAACGATATTAAAAGCG
* * * *
15607 TCAAAAACCCTTCAATCTTTATGGTGTTGAATTATATATTATTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
515 TCAAAAACCCTTCAATCATTATGATATTGAATTATATATT-TTTATGAGTATAGTGGCAAAAAAT
* * * *
15672 TAAGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGATTTTAGCGAAATCGTGTACTAACACTCACAGTTTTTAGCT
579 TAAGAAAAAAAAAATTCGGGTCAGATTTTAGCGAAATCGTATAATAACACTCACAGTTTCTAGCA
*
15737 AAAAACGCGGTTCGGGGACCCGACACAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAATA
1 AAAAACGCGGTTCGGGGACCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAATA
* * *
15802 TTTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTCACAATGGGTTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGA
66 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGA
* *
15867 ATCTTGTTTCGATTTAACTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGATATCAGAAGCGTGA
131 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* * * *
15932 AAAACCCTTCAATCGTTCTGGCGTTGAATTATATATTTTTTANGAGTATTATAGCAAAAATTGAG
196 AAAACCCTTCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCAAAAATTGAG
15997 -AAAAAAAATTTCGTGTCAGTTTTTAGCTAGAAAATCGTAATACTAACAACTCACGGTTTTTAGC
261 AAAAAAAAATTTCGTGTCAGTTTTTAGCT-G-AAATCGT-ATACTAAC-ACTCACGGTTTTTAGC
** *
16061 TAAAAACTTGTTTACGGGGCCCCG-CTCAATTTTGCA
322 TAAAAACCGGTTT-CGGGGCCCCGAATCAATTTTGCA
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 108, Indels: 33
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
641 27 0.03
642 13 0.01
643 550 0.63
644 185 0.21
645 80 0.09
646 22 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (643 bp):
AAAAACGCGGTTCGGGGACCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAATA
TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGTCACAATGGGCTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGA
ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
AAAACCCTTCAATCTTTCTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTAGCAAAAATTGAG
AAAAAAAAATTTCGTGTCAGTTTTTAGCTGAAATCGTATACTAACACTCACGGTTTTTAGCTAAA
AACCGGTTTCGGGGCCCCGAATCAATTTTGCATGACTTTTGGCAGAAGAACTACTTGAAATATCC
ATATTTATCGAACCAAATCTCAGCCACAATAGACTTAAGGATTTACTTTTACGAGCATCTGAATC
TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAAATTGAAAAACGATATTAAAAGCGTCAAAA
ACCCTTCAATCATTATGATATTGAATTATATATTTTTATGAGTATAGTGGCAAAAAATTAAGAAA
AAAAAAATTCGGGTCAGATTTTAGCGAAATCGTATAATAACACTCACAGTTTCTAGCA
Done.