Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011050.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11071, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1102 TAATATCGTT
* * * *
1112 AAAATCCTTAAGTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATACTTCAAAGGA-TACT
1 AAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTC-AAGGAGTCCT
* * * * *
1176 TCTGCCAAAAGTCACGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAGAACCGTGAT
65 TCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
* * * * ** * *
1241 AGTTAGTACACGATTTTAGACAAAAAACTGACCCGAATTTTTTTTTTAAATTTTTTGCCACAATA
130 GGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATA
* * *
1306 CTCATAAAAAATATATAACTCAATGCCAAAAATAATGAAGGGTGTTTCACGCTTCTAATAACG--
194 CTCA-GAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAAATGAAGGGT-TTTCACGCTTCTAATAACGTT
* *
1369 TTT---TTTTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATAATCAGATCCTCGTAAAAA
257 TTTCCATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT--TCAGATGCTCGT-AAAA
1431 A
319 A
* *
1432 AAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTT
1 AAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT
* * * **
1497 CTGCCAAAAATCACGCAAAACTAAGTCAGGGATTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATG
66 CTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATG
* * **
1562 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGCGAAAATTTTTTCCTCGTTTTTTT
131 GTTAGTACACGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACCCGAAAATTTTTT-CTCAATTTTTT
** * * * * *
1627 GATACGATACCCAGAAAAATATATAATTCAATGACCAAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCATGCTTA
185 GCCACAATACTCAGAAAAATATATAATTCAATG-CCAAAAAAAA-TGAAG-GGTTTTCACGCTTC
* *
1692 TAATAACGATTTTCCATTTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
247 TAATAACGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCT
1756 CGTAAAAA
312 CGTAAAAA
* * *
1764 TAAAT-CTTGAAATCCATTTTGGCTGAGAGTTGGTTAGAT-AATATAGATATTTCAAGGAGTCCT
1 AAAATCCTT-AAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCT
* * * * * * *
1827 TATGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCTGGGGCCTAGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAATCGGGAT
65 TCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
* * *
1892 -G---GTACACGATTTCGGCTAAAAACTGAGCCG-AAATTTTTTGTTCATATTTTTTTGCCATAA
130 GGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTT-CTCA-A-TTTTTTGCCACAA
* * * * * * * * * * **
1952 TAATCATAAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGAATGAATGATTTTGCATGCTTATTAGAATAT
192 TACTCAGAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAAATGAAGGGTTTT-CACGCTTCTAATAACGT
* * * *
2017 TTTCCCA---TTTTCCGAATTAATTT-TTAGTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
256 TTTTCCATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * *
2077 TAAATCCTCAAATCAAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTT
1 AAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAG-----
** * * * * * *
2142 TTTTTTTTCCAAAAATCAGGTAAAACTGAGCCGGAGCGTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCG
61 TCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCG
** *
2207 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAATAAATTTTCTCAATTTTTTGCTAC
126 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAA-ATTTTTTCTCAATTTTTTGCCAC
* * * * * * * *
2272 AATACTCAGGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTCTCACACATCTAATAT
190 AATACTCA-GAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAAATGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATAA
* *
2337 CGTTTTTTTCCATTTTTCTTCCAAATTAA-TTGTAATTAAATCGAAGA-AAGATTTAGATGCTCG
253 CG--TTTTTCCATTTTT-TTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCG
2400 TAAAAA
314 TAAAAA
* * * **
2406 AAAAACCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGGGTATTT
1 AAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT
* *
2471 CTGCCAAAAGTCACGCAAAACTGAGTCGGGGCC-CGAAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
66 CTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCG-AAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
* * * * *
2535 AGTTAGTACACGATTTTAGGCTAAAAACTGACCAGAAAATTTTTTTCTTAATTTTTTGCCATAAT
130 GGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
* ** * * * *
2600 ACTCATAAAAAATATATAACACAACGCCAAAAATAATGAAGGGTGTTTCACACTTCTAATAACAT
193 ACTCA-GAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAAATGAAGGGT-TTTCACGCTTCTAATAAC-G
** * * *
2665 TTTTTCTTTTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAATCCAAACAAGATTAATCAGATCCTCGT
255 TTTTTC--CATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-T--TCAGATGCTCGT
2730 AAAAA
315 AAAAA
* * *
2735 AAAATCCATAAATCCAATTTGGCTGAGGTTTGGTTAGATAAATTTAGATATTTCAAGGAGTCCTT
1 AAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT
* * * *
2800 CCGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCC-CGAAACGCATTTTTAACCAAAAACCGTGAT
66 CTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGG-CCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
* * * * **
2864 GTTTA-TGACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGCGAAAAGTTTTTTCTCGTTTTT
130 GGTTAGT-ACACGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTTCTCAATTTT
* * *
2928 TTGCTACAATACCCAGACAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTT
183 TTGCCACAATACTCAGA-AAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAAATGAAGGG-TTTTCACGCTT
* * * * *
2993 ATAATAACGATTTTCCA-TTTTTT-CGAATTAATTTC-AATTAAATTGAAACAAGATTTAGATGC
246 CTAATAACGTTTTTCCATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
3055 TCGTAAAAA
311 TCGTAAAAA
* * * * *
3064 TAAATTCTTAAATCCATTTTGGCTGAGACTTGGTTATATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT
1 AAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT
* * * * *
3129 CTGCCAAAAATCAGGCAAAACTGAGCTGGGGCCTCGAAATGTGTTTTTAGA-CAAAAATCGTGAT
66 CTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTA-ACCAAAAACCGTGAT
3193 GGTTGTTAGTACACGATTTCGGCT
130 -G--GTTAGTACACGATTTCGGCT
3217 TCTCACACAT
Statistics
Matches: 1473, Mismatches: 232, Indels: 156
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
313 71 0.05
314 33 0.02
315 5 0.00
316 33 0.02
317 18 0.01
318 32 0.02
319 66 0.04
320 124 0.08
322 16 0.01
323 68 0.05
324 86 0.06
325 117 0.08
326 22 0.01
327 16 0.01
328 13 0.01
329 389 0.26
330 33 0.02
331 101 0.07
332 69 0.05
333 26 0.02
334 6 0.00
335 30 0.02
336 8 0.01
337 6 0.00
338 84 0.06
339 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (319 bp):
AAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT
CTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATG
GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACT
CAGAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAAATGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTC
CATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
Found at i:3025 original size:658 final size:647
Alignment explanation
Indices: 1112--3211 Score: 2448
Period size: 658 Copynumber: 3.2 Consensus size: 647
1102 TAATATCGTT
* * *
1112 AAAATCCTTAAGTCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATACTTCAAAGGA-TACT
1 AAAAACCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC-AAGGAGTACT
* * *
1176 TCTGCCAAAAGTCACGCAAAACTGAG-TCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAGAACCGTGA
65 TCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCT-GG-GGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGA
* * * *
1240 TAGTTAGTACACGATTTTAGACAAAAAACTGACCCG--AATTTTTTTTTTAAATTTTTTGCCACA
128 TAGTTAGTACACGATTTTAGGCTAAAAACTGA-CCGAAAATTTTTTTCTT-AATTTTTTGCCATA
*
1303 ATACTCATAAAAAATATATAACTCAATGCCAAAAATAATGAAGGGTGTTTCACGCTTCTAAT-AA
191 ATACTCATAAAAAATATATAACTCAATGCCAAAAATAATGAAGGGTGTTTCACACTTCTAATAAA
1367 -----CGTTTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATAATCAGATCCTCGTA
256 TTTTTC-TTTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATAATCAGATCCTCGT-
*
1427 AAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAG
319 AAAAAAAAATCC-TAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATATTTCAAGGAG
* * *
1492 TCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTAAGTCAGGGATTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCG
383 TCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAG-CCGGG-GTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCG
1557 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGCGAAAATTTTTTCCTCGTT
446 TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGCGAAAATTTTTT-CTCGTT
* * * *
1622 TTTTTGATACGATACCCAGAAAAATATATAATTCAATGACCAAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCAT
510 TTTTTGCTACAATACCCAGAAAAATATATAATTCAATG-CC-AAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
*
1687 GCTTATAATAACGATTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGA
573 GCTTATAATAACGATTTTCCATTTTTTTCGAATTAA-TT-TAATTAAATCGAAACAAGATTTAGA
1752 TGCTCGT-AAAA
636 TGCTCGTAAAAA
* * * * *
1763 ATAAATCTTGAAATCCATTTTGGCTGAGAGTTGGTTAGAT-AATATAGATATTTCAAGGAGTCCT
1 AAAAACCTT-AAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTACT
* * * * * *
1827 TATGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCTGGGGCCTAGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAATCGGGAT
65 TCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCTGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
* * * *
1892 -G---GTACACGA-TTTCGGCTAAAAACTGAGCCGAAATTTTTTGTTCATATTTTTTTGCCATAA
129 AGTTAGTACACGATTTTAGGCTAAAAACTGA-CCGAAAATTTTT-TTCTTAATTTTTTGCCATAA
* * * * * * * * *
1952 TAATCAT-AAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGAATGAATGAT-TTT-GCA-TGCTTATTAGA
192 TACTCATAAAAAATATATAACTCAATGCCAAAAATAATGAAGGGTGTTTCACACTTC-TAATA-A
*** * * * *
2013 ATATTTTC---CCATTTTCCGAATTAATTT-TTAGTAAATCGAAACAAGAT--TCAGATGCTCGT
255 AT-TTTTCTTTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATAATCAGATCCTCGT
* * *
2072 AAAAATAAATCCTCAAATCAAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAG
319 AAAAAAAAATCCT-AAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATATTTCAAGGAG
** * * * *
2137 TTTTTTTTTTTTTCCAAAAATCAGGTAAAACTGAGCCGGAGCGTCGAAACGCGTTTTTAACCAAA
383 -----TCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGG-G-GTCGAAACGCGTTTTTAACCAAA
* * **
2202 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACCCGAAATAAATTTTC
441 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGCGAAA-ATTTTTTC
** * * * * * *
2257 TCAATTTTTTGCTACAATACTCAGGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTC
505 TCGTTTTTTTGCTACAATACCCA-GAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTT
* * * * * *
2322 TCACACATCTAATATCGTTTTTTTCCATTTTTCTTCCAAATTAATTGTAATTAAATCGAAGA-AA
569 TCACGCTTATAATAACG--ATTTTCCATTTTT-TT-CGAATTAATT-TAATTAAATCGAA-ACAA
2386 GATTTAGATGCTCGTAAAAA
628 GATTTAGATGCTCGTAAAAA
* *
2406 AAAAACCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGGGTATTT
1 AAAAACCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTACTT
*
2471 CTGCCAAAAGTCACGCAAAACTGAG-TCGGGGCCCGAAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
66 CTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCT-GGGGCCCG-AAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
2535 AGTTAGTACACGATTTTAGGCTAAAAACTGACCAGAAAATTTTTTTCTTAATTTTTTGCCATAAT
129 AGTTAGTACACGATTTTAGGCTAAAAACTGACC-GAAAATTTTTTTCTTAATTTTTTGCCATAAT
* *
2600 ACTCATAAAAAATATATAACACAACGCCAAAAATAATGAAGGGTGTTTCACACTTCTAATAACAT
193 ACTCATAAAAAATATATAACTCAATGCCAAAAATAATGAAGGGTGTTTCACACTTCTAATAA-A-
*
2665 TTTTTCTTTTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAATCCAAACAAGATTAATCAGATCCTCGT
256 TTTTTC-TTTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGA-TAATCAGATCCTCGT
*
2730 AAAAAAAAATCCATAAATCCAATTTGGCTGAGGTTTGGTTAGATAAATTTAGATATTTCAAGGAG
319 AAAAAAAAATCC-TAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATATTTCAAGGAG
* * * *
2795 TCCTTCCGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAACGCATTTTTAACCAAAAACCG
383 TCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGT--CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCG
* *
2860 TGATGTTTA-TGACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGCGAAAAGTTTTTTCTCGT
446 TGATGGTTAGT-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGCGAAAA-TTTTTTCTCGT
2924 TTTTTTGCTACAATACCCAGACAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
509 TTTTTTGCTACAATACCCAGA-AAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCAC
*
2989 GCTTATAATAACGATTTTCCA-TTTTTTCGAATTAATTTCAATTAAATTGAAACAAGATTTAGAT
573 GCTTATAATAACGATTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTT-AATTAAATCGAAACAAGATTTAGAT
3053 GCTCGTAAAAA
637 GCTCGTAAAAA
* ** * * * * *
3064 TAAATTCTTAAATCCATTTTGGCTGAGACTTGGTTATATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT
1 AAAAACCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTACTT
* * * *
3129 CTGCCAAAAATCAGGCAAAACTGAGCTGGGGCCTCGAAATGTGTTTTTAGA-CAAAAATCGTGAT
66 CTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCTGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTA-ACCAAAAACCGTGA-
*
3193 GGTTGTTAGTACACGATTT
128 --TAGTTAGTACACGATTT
3212 CGGCTTCTCA
Statistics
Matches: 1203, Mismatches: 168, Indels: 146
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
639 26 0.02
640 35 0.03
641 36 0.03
642 64 0.05
643 94 0.08
644 4 0.00
645 63 0.05
646 31 0.03
647 76 0.06
648 98 0.08
649 25 0.02
650 96 0.08
651 77 0.06
652 30 0.02
653 72 0.06
654 15 0.01
655 16 0.01
656 1 0.00
657 2 0.00
658 218 0.18
659 7 0.01
660 4 0.00
661 24 0.02
662 3 0.00
663 86 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (647 bp):
AAAAACCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTACTT
CTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCTGGGGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATAG
TTAGTACACGATTTTAGGCTAAAAACTGACCGAAAATTTTTTTCTTAATTTTTTGCCATAATACT
CATAAAAAATATATAACTCAATGCCAAAAATAATGAAGGGTGTTTCACACTTCTAATAAATTTTT
CTTTTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATAATCAGATCCTCGTAAAAAAA
AATCCTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTG
CCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAG
TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGCGAAAATTTTTTCTCGTTTTTTTGCTACA
ATACCCAGAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTATAATAACG
ATTTTCCATTTTTTTCGAATTAATTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAA
Found at i:3861 original size:559 final size:557
Alignment explanation
Indices: 2725--3772 Score: 1244
Period size: 559 Copynumber: 1.9 Consensus size: 557
2715 TAATCAGATC
**
2725 CTCGTAAAAAAAAATCCATAAATCCAATTTGGCTGAGGTTTGGTTAGATAAATTTAGATATTTCA
1 CTCG-AAAAAAAAATCCATAAATCCAATTTGGCTGAGGTTTGGTTAGATAAATAAAGATATTTCA
*
2790 AGGAGTCCTTCCGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAACGCATTTTTAACCAAA
65 AGGAGTCCTTCCGCCAAAAACCACGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAACGCATTTTTAACCAAA
* * *
2855 AACCGTGATGTTTATGACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACGCGAAAAGTTTTTTC
130 AAACGTGATGTTTATGACACGGTTTCGGCTAAAA--TT-CAAAAATT-ACGCGAAAAATTATTTC
** * * * * * *
2920 TCGTTTTTTTGCTACAATACCCAGACAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTT
191 TCAATTTTTTGCCACAATAACCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTC
*
2985 TCACGCTTATAATAACGATTTTCCATTTTTTCGAATTAATTTCAATTAAATTGAAACAAGATTTA
256 TCACGCTTATAATAACGATTTTCCATTTTTTCAAATTAATTTCAATTAAATTGAAACAAGATTTA
* * * *
3050 GATGCTCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCATTTTGGCTGAGACTTGGTTATATAAATATAGATAT
321 GATGCTCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCAATTTGGCTGAGACTTGGTTAGACAAATATAGATAC
* * * * ***
3115 TTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCAGGCAAAACTGAGCTGGGGCCTCGAAATGTGTTTTTAGA
386 TTCAAGGAGTCCATCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGA
* * * **
3180 CAAAAATCGTGATGGTTGTTAGTACACGATTTCGGCTTCTCACACATCTATTATCGTTTTTTCCA
451 CAAAAACCGTGATGG-TGTTAGTACACGATTTCGGCTTCTCAAAAATCTACGATCGTTTTTTCCA
* * ** * *
3245 TTTTTCTTTCAAATTAATTCTGATTAATCGAAGAAAGATTCAAATT
515 TTTTTCCTACAAA-TAACCCAGA-TAA-CAAAGAAAGATTCAAATT
* * * *
3291 CTCGTAAAAAAAA-CCTTAAATCGAATTTGGCTG-GGATTTGGTTAGATAAATAAAGATATTTTA
1 CTCGAAAAAAAAATCCATAAATCCAATTTGGCTGAGG-TTTGGTTAGATAAATAAAGATATTTCA
* * ** * *
3354 AGGGGTCCTTCTGCCAAAAGTCACGCAAAACTGAGTCGGGGTCCCGAAACGCGTTTTTTAACCAA
65 AGGAGTCCTTCCGCCAAAAACCACGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAACGC-ATTTTTAACCAA
* * *
3419 AAAACGTGATGTTTA-GTACATGGTTTCGGCT-AAA-T-ATAGA-T-C-CGAAAAATTATTTCTC
129 AAAACGTGATGTTTATG-ACACGGTTTCGGCTAAAATTCAAAAATTACGCGAAAAATTATTTCTC
* * *
3477 AATTTTTTGCCACAATAATCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGACGGGCTTCTC
193 AATTTTTTGCCACAATAACCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTCTC
* * ** * *
3542 ACGCTTCTATTATTG-TTATTCCTTTTATTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATTGAAATAAGAT
258 ACGCTTATAATAACGATT-TTCC-ATT-TTTT-CAAATTAATTTC-AATTAAATTGAAACAAGAT
* * *
3606 TCT-GATGCTCGTAAAAATAAA-TCATTAAATCCAATTTGGCTGATATTTGGTTAGACAAATTTA
318 T-TAGATGCTCGTAAAAATAAATTC-TTAAATCCAATTTGGCTGAGACTTGGTTAGACAAATATA
3669 GATACTTCAAGGAGTCCATCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTT
381 GATACTTCAAGGAGTCCATCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTT
*
3734 TTA-ACCAAAAACCGTGAT-G-GTTAGTTCACGATTTCGGCT
446 TTAGA-CAAAAACCGTGATGGTGTTAGTACACGATTTCGGCT
3773 AAAATTTTGC
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 53, Indels: 32
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
554 2 0.00
555 83 0.20
556 22 0.05
557 4 0.01
558 16 0.04
559 145 0.35
560 1 0.00
561 1 0.00
563 2 0.00
564 92 0.22
565 46 0.11
566 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (557 bp):
CTCGAAAAAAAAATCCATAAATCCAATTTGGCTGAGGTTTGGTTAGATAAATAAAGATATTTCAA
GGAGTCCTTCCGCCAAAAACCACGCAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAACGCATTTTTAACCAAAA
AACGTGATGTTTATGACACGGTTTCGGCTAAAATTCAAAAATTACGCGAAAAATTATTTCTCAAT
TTTTTGCCACAATAACCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTCTCACG
CTTATAATAACGATTTTCCATTTTTTCAAATTAATTTCAATTAAATTGAAACAAGATTTAGATGC
TCGTAAAAATAAATTCTTAAATCCAATTTGGCTGAGACTTGGTTAGACAAATATAGATACTTCAA
GGAGTCCATCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGACAAAA
ACCGTGATGGTGTTAGTACACGATTTCGGCTTCTCAAAAATCTACGATCGTTTTTTCCATTTTTC
CTACAAATAACCCAGATAACAAAGAAAGATTCAAATT
Found at i:3973 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 3256--4416 Score: 1354
Period size: 332 Copynumber: 3.5 Consensus size: 330
3246 TTTTCTTTCA
* * * *
3256 AATTAA-TTCTGATT-AATCGAAGA-AAGATTCAAATTCTCGTAAAAA-AAA-CCTTAAATCGAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA
* * * * * *
3316 TTTGGCTGGGATTTGGTTAGATAAATAAAGATATTTTAAGGGGTCCTTCTGCCAAAAGTCACGCA
65 TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCA
* * * * * *
3381 AAACTGAGTCGGGGTCCCGAAACGCGTTTTTTAACCAAAAAACGTGATGTTTAGTACATGGTTTC
130 AAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCG-TTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * * *
3446 GGCT-AAA---T------ATAGATCCGAAAAATTATTT-CTCAATTTTTTGCCACAATAATCATA
194 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATT-TTTCCTC-GTTTTTTGCTACAATAACCAGA
* * * * * * ** * **
3500 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGACGGG-CTTCTCACGCTTCTATTATTGTTATTCC
257 AAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAAATTGAAGGGTTTTC-CACGCTTATAATAACGATATTTA
3564 TTTTATTTTCCA-
321 TTTT-TTTT--AG
* * * *
3576 AATTAATTTCTAATTAAATTGAAATAAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCATTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
* * * *
3641 TTGGCTGATATTTGGTTAGACAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCATCTGCCAAAAATCACGCAA
66 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAA
* *
3706 AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTTCACGATTTCGG
131 AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* * * *
3771 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGACAAGTTTTTCCTCGTTTTTTCGCTACAACACCCAGAAAA
196 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCGTTTTTT-GCTACAATAACCAGAAAA
* * * *
3836 AATATATAATTAAATGTCAAAAAAAATTGAAGGGTTTTCCACGCTTAGAGTAACGATATTTAATT
260 AATATATAATTCAATG-CAAAAAAAATTGAAGGGTTTTCCACGCTTATAATAACGATATTTATTT
3901 TTTTTAG
324 TTTTTAG
*
3908 AATTAATTTCTAATTAAATCGTAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
* * *
3973 TTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATTCTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAA
66 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAA
* * * *
4038 AACTGAACCGAGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGG
131 AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* * * * *
4103 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTCCACGTTTTTTTGATACAATAACAAGAAAA
196 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCG-TTTTTTGCTACAATAACCAGAAAA
* *
4168 AATATATAATTCAATGACAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTATAATAACGAT-TTTCCAT
260 AATATATAATTCAATG-CAAAAAAAATTGAAGGGTTTTCCACGCTTATAATAACGATATTT--AT
*
4232 TTATTTTTCG
322 TT-TTTTTAG
* * *
4242 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTGAAATCCATT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * * *
4307 TTTG-TGAGAGTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTACTTATGCCAGAAATCACGCAA
66 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAA
*
4371 AACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
131 AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT
4417 CGTTTTCGGC
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 98, Indels: 35
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
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321 8 0.01
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ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
TTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAA
AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCGTTTTTTGCTACAATAACCAGAAAAA
ATATATAATTCAATGCAAAAAAAATTGAAGGGTTTTCCACGCTTATAATAACGATATTTATTTTT
TTTAG
Found at i:5282 original size:734 final size:732
Alignment explanation
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Period size: 733 Copynumber: 1.8 Consensus size: 732
3898 ATTTTTTTAG
*
3908 AATTAATTTCTAATTAAATCGTAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
* *
3973 TTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATTCTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAA
66 TTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGAAA
* * *
4038 AACTGAACCGAGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGG
131 AACTGAACCGAGGCCTCGAAACACGTTTTGAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCAG
4103 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTCCACGTTTTTTTGATACAATAACAAGAAAA
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* * *
4168 AATATATAATTCAATGACAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTATAATAACGATTTTCCATT
261 AATATATAATTAAATGACAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTAAAAAAACGATTTTCCATT
* * *
4233 TATTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTG
326 TATTCTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTA
* * *
4298 AAATCCATTTTTGTGAGAGTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTACTTATGCCAGAAA
391 AAATCCATTTTGGTGAGAGTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAATACTTATGCCAAAAA
* **
4363 TCACGCAAAACTGAGCCGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATCGTTTTCGGCT
456 TCACGCAAAACTGAGCCGGAGCCCAGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATCGACTTCGGCT
** * *
4428 TGAAATTGACCATAAATAATTTCTATCAATTTTTTGCCACAATATATAGGAAAAATATATAATTT
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* * *
4493 AATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTTTGCCACAA
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649 TAATCATAGAAAATATATAATTCAACGGCAAAAAGATTGACGGGCTTCTCACGCTTCTATTATTG
4623 TTATTCCTTTTATTTTCCA
714 TTATTCCTTTTATTTTCCA
*
4642 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
*
4707 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAAT-ACGAAA
66 TTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGAAA
* * * * *
4771 AATTGAGCCGGGGCCTTGAAACACGTTTTGAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAG
131 AACTGAACCGAGGCCTCGAAACACGTTTTGAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCAG
* * * * * *
4836 CTGAAATTTTGCAAAAATTGACTTGAAAATTTTTTCCTCGTTTTTTTGCTACAATACCCAGAAAA
196 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTCCACGTTTTTTTGATACAATAACAAGAAAA
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261 AATATATAATTAAATGACAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTAAAAAAACGATTTTCCATT
*
4963 T-TTCTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATTCTA
326 TATTCTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTA
*
5027 AAATCCATTTTGGCTGAGAGTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAATTCTTATGCCAAAA
391 AAATCCATTTTGG-TGAGAGTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAATACTTATGCCAAAA
* * * *
5092 ATCACGCAAAACTGA-CCTGTG-GCCTAGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTACACG
455 ATCACGCAAAACTGAGCC-G-GAGCCCAGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGA---T---CG
** * * *
5155 ACTTCGGCTAAAAACTGAGCCA-AAATTTTTTTTCA-CAATTTTTTGGCATAATAATCATA-AAA
512 ACTTCGGCTAAAAACTGA-CCATAAATAATTTCT-ATCAATTTTTTGCCACAAT-AT-ATAGAAA
* *
5217 AA-ATATAATTCAATGTCAAAATGAATGA
573 AATATATAATTCAATGCCAAAAAGAATGA
5245 ATGATTTTGC
Statistics
Matches: 541, Mismatches: 49, Indels: 25
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (732 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
TTGGCTAAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGAAA
AACTGAACCGAGGCCTCGAAACACGTTTTGAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCAG
CTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTCCACGTTTTTTTGATACAATAACAAGAAAA
AATATATAATTAAATGACAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTAAAAAAACGATTTTCCATT
TATTCTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTA
AAATCCATTTTGGTGAGAGTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAATACTTATGCCAAAAA
TCACGCAAAACTGAGCCGGAGCCCAGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATCGACTTCGGCT
AAAAACTGACCATAAATAATTTCTATCAATTTTTTGCCACAATATATAGAAAAATATATAATTCA
ATGCCAAAAAGAATGATGGATTCTCACACATCTAATAACGTTTTTTCCATTTTTTTGCCACAATA
ATCATAGAAAATATATAATTCAACGGCAAAAAGATTGACGGGCTTCTCACGCTTCTATTATTGTT
ATTCCTTTTATTTTCCA
Found at i:7342 original size:331 final size:323
Alignment explanation
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Period size: 331 Copynumber: 10.5 Consensus size: 323
4525 TCTAATATCG
* * * * * * * *
4535 TTTTTTC-CATTTTTTTGCCACAATAATCATAGAAAATATATAATTCAACGGCAAAAAGATTGAC
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATAATGAA
* * ** * *
4599 GGGCTTCTCACGCTTCTATTATTGTTATTCC-TTTTATTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCG
66 GGG-TTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCG
* *
4663 AAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
130 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * * *
4728 AAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAAT-ACGAAAAATTGAGCCGGGGCCTTGAAA
195 AAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGAAA
* * * *
4792 CACGTTTTGAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTGAAATTTTGCAAAAATTGA
260 CGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC-G--G-----CT--AAAAACTGA
**
4857 CTTG-AAAA
315 CCCGAAAAA
** * * * * *
4865 TTTTTTCCTCGTTTTTTTGCTACAATACCCAGAAAAAATATATAATTAAATGACAAAAA-AATTG
1 TTTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATAA-TG
* ** * * * *
4929 AAGGGTTTTCATGCTTAAAAAAACGATTTTCCATTTTC--TT-CGAATTAATTTCTAATTAAATC
64 AAGGGTTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * * * *
4991 GAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATTCTAAAATCCATTTTGGCTGAGAGTTGGTTAGA
129 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * * * *
5056 TAAATATAGATATTTCAAGGAATTCTTATGCCAAAAATCACGCAAAACTGA-CCTGTGGCCTAGA
194 TAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCC-GGGGCCTCGA
* * * * *
5120 AATGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGAT-G---GTACACGACTTCGGCTAAAAACTGAGCC-AAAA
258 AACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAA
*
5180 TT
323 -A
* * * * *
5182 TTTTTTCACAATTTTTTGGCATAATAATCATAAAAAA-ATATAATTCAATGTC-AAAATGAATGA
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAT-AATGA
* * * * ** * * *
5245 ATGATTTTGCATGC-T-TATTAGAC-TATTTT--TTCAT-TTTTCCGAATTAATTT-TTAGTAAA
65 AGGGTTTT-CACGCTTCTAATA-ACGT-TTTTCCTTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
* * * *
5303 TTGAAACAAGATTCTA-ATGCTCGTAAAAATAAATCCTCAAATCAAATTTGGCTGAGATTTGGTT
127 TCGAAACAAGATTC-AGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTT
** * * * * *
5367 AGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTTTTTCCAAAAATCAGGCAAAACTGAGCCGGAGCGT
191 AGATAAATATAGATATTTCAAGGAG-TCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCT
* * *
5432 CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGCTAGTAGACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGG
255 CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCC-G
* *
5497 AATAG
319 AAAAA
*** * * ** * * *
5502 TTTTTT-TCAATTTTTTGCCACAATACTCAGGGAAACTATATAATTTAACACCAAAAAGATTGAT
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATAATGAA
* * * * * *
5566 GGACTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTC--TTCAAAATT-ATTTCTAATTAAAT
66 GG-GTTTTCACGCTTCTAATAACG-TTTTTCC-TTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAT
*
5628 CGAAGA-AAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTCA
128 CGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTA
* * * * *
5692 GATGAAA-ATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAGTCACGCAAAACTGAGTCGGGGCCCC
192 GAT-AAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTC
* * * * *
5756 GAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATTGCTGGTACACGATTTTAGGTTAAAAACTGACCCGA
256 GAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAAACTGACCCGA
**
5821 AATTT
320 AA-AA
* * *
5826 TTTTTTCTCAATTTTTTTGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAACTCAATGCAAAAAATAATGA
1 TTTTTTCTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATAATGA
*
5891 AGGGTGTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTTTTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAA
65 AGGGT-TTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCC--TTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
5956 TCGAAACAAGATTAATCAGAT-CTTCGTAAAAAAAATATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTT
127 TCGAAACAAGA-T--TCAGATGC-TCGTAAAAAAAA-ATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTT
* * * * *
6020 GGTTAGATAAATATAGATACTTCAATGAGTCC-T-T--AAAAAATTCACGCAAAACTGTGTCGGG
187 GGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAA-TCACGCAAAACTGAGCCGGG
* *
6081 GTCTCGAAACGCATTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAGAATTTTCC
251 GCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC--------T--
* *
6146 AAAAATTGACTCG-AAAA
306 AAAAACTGACCCGAAAAA
* ** * * * * *
6163 TTTTTCCTCGTTTTTTTGCTACAATACCCATAAAAAATATATAATTAAATG-AAAAAACAAATTG
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAA-TAA-TG
* * ** * * * * *
6227 AAGGGTCTTCATGCTTAAAAAAACG-ATTTCC-ATTT-TTTT-CGAATTAATTTTTAATTAAATC
64 AAGGGTTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * * * * * * *
6288 GAAACAAAATTCAGATGGTTGTAAAAATAAATCCTAAAATCCATTTTGGCTAAGAGTTGGTCAGA
129 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * * * * * *
6353 TAAATATAGATATTTCAAGGAATTCTTATGCCAAAAATCATGCAATACTGA-CCTGTGGCCTAGA
194 TAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCC-GGGGCCTCGA
* * * * * * *
6417 AATGCGTTTTTAGCCAGAAATCGTGAT-G---GTACACGACTTCGGCTAAAAACTGAGCCAAAAA
258 AACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAA
6478 A
323 A
* * * * * *
6479 TTTTTTTTCACAATTTTTTGCCATAATAATCATAAAAAAAATATAATTCAATGTC-AAATTGAAT
1 --TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAT-AAT
* * * * * * * * *
6543 GAATGATTTTGCATGC-T-TATTAGAC--TATT--TTTTCCATTTTTCCGAATTAATTT-TTAGT
63 GAAGGGTTTT-CACGCTTCTAATA-ACGTTTTTCCTTTTTC--TTTTCCAAATTAATTTCTAATT
* * * * *
6601 AAATTGAAACAAGATTCTA-ATGCTCGTAAAAATAAATCCTCAAATCAAATTTGGCAGAGATTTG
124 AAATCGAAACAAGATTC-AGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTG
* * * **
6665 GTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGT-CTATTTACCAAAAATCAGGCAAAACTGAGCCGTAG
188 GTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCT-TCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGG
* * ** * *
6729 CCCCGAAACGTGTTTTTAACCAAAAACAATGATGGCTAATACACGATTTCGGCTAAAAACTGACC
252 CCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACC
*
6794 CGGAATAA
317 C-GAAAAA
** ** * * *
6802 -TTTTTCTCAA-TTTTTGCCACAATACTCAGGAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAT
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATAATGAA
* * * * *
6865 GGGCTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTC--TTCAAAATT-ATTTCTAATTAAAT
66 GGG-TTTTCACGCTTCTAATAACG-TTTTTCC-TTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAT
* *
6927 CGAAGA-AAGATTCAGATGCTCGT-CAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTAGGTTA
128 CGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTA
* * * * * *
6990 GATGCAA-ATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAGTCACGCAAAACTGAGTCGGGGCCCC
192 GAT-AAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTC
* * * *
7054 GAAACGCGTTTTTAACAAAAAACCGTGATAGTTGGTACACGATTTTAGGCTAAAAACTGACCCGA
256 GAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAAACTGACCCGA
7119 AAAA
320 AAAA
* * *
7123 TTTTTTCTCAATATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAATGCCTAAAATAATGAA
1 TTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATAATGAA
*
7188 GGGTGTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTTTTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAAT
66 GGGT-TTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCC--TTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAT
*
7253 CGAAACAAGATTAATCAGAT-CTTCGTAAAAAAAATATCCTTAAATCCAATTTGCCTGAGATTTG
128 CGAAACAAGA-T--TCAGATGC-TCGTAAAAAAAA-ATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTG
* * * *
7317 GTTAGATAAATATAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTTCCAAAATTCACGCAAAACTGTGCCGGGGC
188 GTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGC
7382 CTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
253 CTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC--------T--AA
* *
7447 AAATTGACTCG-AAAA
308 AAACTGACCCGAAAAA
* * * * * *
7462 TTTTTTC-CACGTTTTTTTGCTACAATACCCATAAAAAATATATAATTAAATGACAAAAAAAATT
1 TTTTTTCTCA--ATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATAA-T
* ** * * * *
7526 GAAGGGTTTTTCATGCTTAAAAAAACG-ATTTCC-ATTT-TTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAA
63 GAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * * * * *
7587 TCGAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTAAAATCCATTTTGGATGAGAGTTGGTCA
127 TCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTA
* * * *
7652 GATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTATGCCAAAAGTCACGCAAAACTGA-CCTGTGGCCTA
192 GATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCC-GGGGCCTC
* * * * ** *
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256 GAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-ACTG----AC
**
7778 TTGAATTGAAAA
316 CCG-A---AAAA
* ** * * * * *
7790 TGTTTTCATCTTTCTTTTTGCTACAATACTCAGAAAAAATATATAATTAAATGACAAAAA-ATTG
1 TTTTTTC-TCAAT-TTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATAATG
* * * * * * * *
7854 AAGTGTTTTTCATGTTTATAATAACGATTTTACTTTATT-TTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAA
64 AAG-GGTTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTTT-TTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
*
7918 TCGAAAGAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAAA
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7952 CTGAGCCGGA
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Consensus pattern (323 bp):
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GGGTTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTTTTTCTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGA
AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATA
AATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCTCGAAAC
GCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAA
Found at i:7701 original size:983 final size:963
Alignment explanation
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4632 TTATTTTCCA
*
4642 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
* * * * *
4707 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAAT-ACGAAA
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* ** * * *
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131 AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTC-G
* ** ** * *
4836 CTGAAATTTTGCAAAAATTGA-CTTGAA-AATTTTTTCCTCGTTTTTTTGCTACAATACCCAGAA
195 --G-----TT--AAAAACTGACCCGGAATAA-TTTTT-CTC-AATTTTTGCCACAATACTCAGAA
* * * ** * *
4899 AAAATATATAATTAAATGA-CAAAAAAATTGAAGGGTTTTCATGCTTAAAAAAACGATTTTCCA-
248 AAAATATATAATTCAA-CACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCAT
* * * * *
4962 TTTTCTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATTCTA
312 TTTTCTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTT
* * *
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* * * * * *
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439 ATCACGCAAAACTGAGTC-GGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATAGTTGGTAC
* * * * * * * *
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503 ACGATTTTAGGCTAAAAACTGACCCGAAAA-ATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAA
* * * *
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** * * * *
5275 TCATTTTTCCGAATTAATTTTTAGTAAATTGAAACAAGATT-CT-A-ATGC-TCGTAAAAATAAA
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* * * *
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693 TCCTAAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAG-TTCTTATT
* * * *
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757 CCAAAAATCACGCAAAACTG-GCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGG-T
* * * *
5466 AGTAGACGATTTCGGCT---A--AAAACTGACCCGGAATAGTTTTTTTCA-ATTTTTTGCCACAA
820 AGTACACGATTTCGGCTAAAATGAAAAATGA-CCAGAA-AATTTTTTTCACATTTTTTGCCACAA
*** * * * * * * * * ** * *
5525 TACTCAGGGAAACTATATAATTTAA-CACCAAAAAGATTGATGGACTTCTCACACATCT-AATAT
883 TACTCATAAAAAATATATAATTAAATGACAAAAAAAATTGAAGGATTTTTCATGC-T-TAAAAAA
* *
5588 CGTTTTTTCCATTTTTCTTCAA
946 CG--ATTTCCATTTTT-TTC-G
*
5610 AATT-ATTTCTAATTAAATCGAAGA-AAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA
* * * *
5673 TTTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAAA-ATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAGTCACGC
65 TTTGGATGAGATTTGGTCAGAT-AAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
* * *
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129 AAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGA-TTT
* * ** * *
5802 AGGTTAAAAACTGACCCGAAATTTTTTTTTCTCAATTTTTTTGCCAAAATACTCATAAAAAATAT
193 CGGTTAAAAACTGACCCGGAA-TAATTTTTCTCAA--TTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATAT
* ** * *
5867 ATAACTCAA-TGCAAAAAATAATGAAGGGTGTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTTTTTTTC
255 ATAATTCAACACCAAAAAA-ATTGAAGGGT-TTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCC-ATTTTTC
*
5931 TTTTCCAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTAATCAGAT-CTTCGTAAAAAAAATATC
317 --TT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-T--TCAGATGC-TCGT-AAAAAAA-ATC
* * **
5995 CTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATACTTCAATGAGTC--CT-TAAA
373 CTTAAATCCAATTTGGCTGAGA-TTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCTGCCAA
* * * * *
6057 AAATTCACGCAAAACTGTGTCGGGGTCTCGAAACGCATTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGT
437 AAA-TCACGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATAGTTGGT
* * * * * ** *
6122 ACACGATTTCGGCTAGAATTTTCCAAAAATTGACTCG-AAAATTTTTCCTCGTTTTTTTGCTACA
501 ACACGATTT----TAG-----GCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACA
* * * * * * *
6186 ATACCCATAAAAAATATATAATTAAATGAAAAAACAAATTGAAGGGTCTTCATGCTTAAAAAAAC
557 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAATG-CAAAA-TAA-TGAAGGGTTTTCATGCTT-TAATAAC
* * * * *
6251 GATTTCC---ATTTTTTT-CGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAA-A--ATTCAGATGGTT-
618 GTTTTCCTTTTTTTTTTTCCGAATTAA-TTTTAACTAAATCGAAACAAGATTAATCAGATGCTTC
* * * *
6308 GTAAAAATAAATCCTAAAATCCATTTTGGCTAAGAGTTGGTCAGATAAATATAGATATTTCAAGG
682 GTAAAAATAAATCCTAAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGG
* * * * * * * * * * *
6373 AATTCTTATGCCAAAAATCATGCAATACTGACCTGTGGCCTAGAAATGCGTTTTTAGCCAGAAAT
747 AGTTCTTATTCCAAAAATCACGCAAAACTGGCC-GGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAAC
* * *
6438 CGTGAT-G--GTACACGACTTCGGCT---A--AAAACTGAGCCAAAAAATTTTTTTTCACAATTT
811 CGTGATGGTAGTACACGATTTCGGCTAAAATGAAAAATGA-CCAGAAAA-TTTTTTTCAC-ATTT
* * * * * *** * *
6495 TTTGCCATAATAATCATAAAAAAAATATAATTCAATGTCAAATTGAA-TGAATGATTTTGCATGC
873 TTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTAAATGACAAAAAAAATTGAAGGATTTTTCATGC
** * * *
6559 TTATTAGACTATTTTTTCCA-TTTTTCCG
938 TTAAAAAACGA---TTTCCATTTTTTTCG
* * * * *
6587 AATTAATTT-TTAGTAAATTGAAACAAGATTCTA-ATGCTCGTAAAAATAAATCCTCAAATCAAA
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC-AGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA
* * * *
6650 TTTGGCA-GAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGT-CTATTTACCAAAAATCAGG
65 TTTGG-ATGAGATTTGGTCAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCT-TCTGCCAAAAATCACG
** * ** *
6713 CAAAACTGAGCCGTAGCCCCGAAACGTGTTTTTAACCAAAAACAATGATGGCTAATACACGATTT
128 CAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTT
* *
6778 CGGCTAAAAACTGACCCGGAATAATTTTTCTCAATTTTTGCCACAATACTCAGGAAAAATATATA
193 CGGTTAAAAACTGACCCGGAATAATTTTTCTCAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATA
* * * * * *
6843 ATTCAACACCAAAAAGATTGATGGGCTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTCTTCA
258 ATTCAACACCAAAAAAATTGAAGGG-TTTTCACGCTTCTAATAACG-TTTTTCCATTTTTCTTC-
*
6908 AAATT-ATTTCTAATTAAATCGAAGA-AAGATTCAGATGCTCGTCAAAAAAATCCTTAAATCCAA
320 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCCAA
* * *
6971 TTTGGCTGAGATTAGGTTAGATGCAA-ATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAGTCACGC
384 TTTGGCTGAGATT-GGTTAGAT-AAATATAGATATTTCAAGGAGT-CTTCTGCCAAAAATCACGC
* *
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446 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATAGTTGGTACACGATTTT
*
7100 AGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTTCTCAATATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATAT
511 AGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATAT
* *
7165 AACTCAATGCCTAAAATAATGAAGGGTGTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCTTTTTTTCTTT
576 AATTCAATG-C-AAAATAATGAAGGGT-TTTCATGCTT-TAATAACG-TTTTCCTTTTTTT-TTT
* * *
7230 TCCAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTAATCAGAT-CTTCGTAAAAAAAATATCCTT
635 TCCGAATTAATTT-TAACTAAATCGAAACAAGATTAATCAGATGCTTCGTAAAAATAA-ATCCTA
* * * *
7294 AAATCCAATTTGCCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTTCCAAAA
698 AAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTTCTTATTCCAAAA
*
7359 TTCACGCAAAACTGTGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
763 ATCACGCAAAACTG-GCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGG-TAGTACA
* * *
7424 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTC-GAAAATTTTTTCCACGTTTTTTTGCTACAAT
826 CGATTTCGGCTAAAA---TG-AAAAA-TGAC-CAGAAAATTTTTTTCAC-ATTTTTTGCCACAAT
* *
7488 ACCCATAAAAAATATATAATTAAATGACAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTAAAAAAACG
884 ACTCATAAAAAATATATAATTAAATGACAAAAAAAATTGAAGGATTTTTCATGCTT-AAAAAACG
7553 ATTTCCATTTTTTTCG
948 ATTTCCATTTTTTTCG
* * * *
7569 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTAAAATCCATT
1 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
* * *
7634 TTGGATGAGAGTTGGTCAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTATGCCAAAAGTCACGCAA
66 TTGGATGAGATTTGGTCAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAA
* ** * * * *
7699 AACTGA-CCTGTGGCCTAGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGG---GTACACGACTTCG
131 AACTGAGCC-GGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTCG
* ** **** ** *
7760 GCTAAAATTTTGTAAAAATTGAATTGAAAATGTTTTCATCTTTCTTTTTGCTACAATACTCAGAA
195 GTTAAAA-ACTG---ACCCGGAA-T---AAT-TTTTC-TC--AATTTTTGCCACAATACTCAGAA
** * * * *
7825 AAAATATATAATT-AA-ATGACAAAAAATTGAAGTGTTTTTCATGTTTATAATAACGATTTTACT
248 AAAATATATAATTCAACACCA-AAAAAATTGAAG-GGTTTTCACGCTTCTAATAACG-TTTT--T
** * *
7888 TTATTTTT-TTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAGAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
308 CCATTTTTCTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
7947 TAAAACTGAG
Statistics
Matches: 1857, Mismatches: 343, Indels: 250
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (963 bp):
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
TTGGATGAGATTTGGTCAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGCAA
AACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTCGG
TTAAAAACTGACCCGGAATAATTTTTCTCAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
CAACACCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTCTAATAACGTTTTTCCATTTTTCTTCAAATTA
ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCCAATTTGGCT
GAGATTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGT
CGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATAGTTGGTACACGATTTTAGGCTAAAAA
CTGACCCGAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGC
AAAATAATGAAGGGTTTTCATGCTTTAATAACGTTTTCCTTTTTTTTTTTCCGAATTAATTTTAA
CTAAATCGAAACAAGATTAATCAGATGCTTCGTAAAAATAAATCCTAAAATCCAATTTGGCTGAG
ATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTTCTTATTCCAAAAATCACGCAAAACTGGCCG
GGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTAGTACACGATTTCGGCTAAAATGAAA
AATGACCAGAAAATTTTTTTCACATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTAAATGA
CAAAAAAAATTGAAGGATTTTTCATGCTTAAAAAACGATTTCCATTTTTTTCG
Found at i:8427 original size:320 final size:321
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Period size: 323 Copynumber: 25.2 Consensus size: 321
7938 TCGTAAAAAT
* * *
7948 AAAACTGAGCCGGAGTCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGCACACGATTTC
1 AAAACTGAGTCGG-GGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * **
8013 GAG-TCAAAACTGACCCGAAATATTTTTTCTCAATTTTTTTGCCACAATACTTAGGAAAAATATA
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** * * * *
8077 TAATTCAACACCAAAAAGATTAAT-GGCTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTCTT
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*
8141 CCAAATT-ATTTCTAATTAAATCGAAGA-AGGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATC
191 CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATC
* * * *
8203 CAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAATCCC
255 CAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCAC
**
8268 AA
320 GC
* *
8270 AAAACTAAGTCGGGGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT-G-TATGAACACGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTC
* * **
8333 GGCTAAAAACTGACCCGAAATAATTTTTCTCAATTTTATGCCACAATATTTC-GGAAAAATATAT
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* * * * * *
8397 AATACAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTCTCTCACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTCTTC
128 AATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCATTTTTCTTC
*
8462 CAAATTAA-TTCTATTTAAATCGAAGA-AAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATCC
192 CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCC
* * * *
8524 AATTTGGCTGAGATTTGGTTAGAT-GATCATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAATCCC
256 AATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAAT-ATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCAC
**
8588 AA
320 GC
* * * * *
8590 AAAACTAAGTCGGGGCCCGAAACGCATTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTCAGTACACGATTTCG
1 AAAACTGAGTCGGGGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * * * *
8655 ACTAAAAACAGACCCGTAAAATTATTTCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAATATATAA
66 GCTAAAAACTGACCCGAAAAATT-TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAA
* * ** * * * *
8720 TTAAACGCCAAAAAGATTGACAGGCTTCTCACGCTTCTATTATCGTTATTCC-TTTTACTTTCCA
130 TTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTC-TTCCA
* * * *
8784 AATTAATTTCTAATTAAAGCGAAACAAGATTCTGATACTCATAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
194 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
* * *
8849 TTGGCTGAGATTTTGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
259 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
*
8912 AAAACTGAGCCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * * * * * *
8977 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACTCGAAAAATTTTTCCTTATTTTTTTGCTACTATACCCAGAA
65 GGC--------T--AAAAACTGACCCGAAAAATTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAA
* * * * * * * * *
9042 ATAATATATAATTCAATG-AAAAATAAATTTGAAGGGTTTTTCATGCTTATAATAACGATTTTCC
119 AAAATATATAATTCAATGCCAAAA-AGA-TTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
* * * *
9106 A-TTTT-TT-CGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTTGTAAAAATAAATC
182 ATTTTTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATC
* * * * * * * *
9168 CTGAAATCCATTTTGGCTGAGAGTTGATCAGATAAATATAGATATTTCAAGGACTCATTCTGTCA
247 CTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCA
*
9233 AAAATCAAGC
312 AAAATCACGC
* * * * * * *
9243 AAAACTGAGTTGTGGCCTAGAAATGCG-TTTTAGCCAAAAATCGTGAT-G---GTACACGACTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * *
9303 GGCTAAAAACTAACCCGAAAATTTTTTTCACAATTTTTTGCCACAATAATCATAAAAAATATATA
65 GGCTAAAAACTGACCCGAAAA-ATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATA
* * * * *
9368 ATTCAATGTCAAAAAGAATGAAT--GATTTTGCATGCTTATTAGAATAT--TTTTTCCA-TTTT-
129 ATTCAATGCCAAAAAGATTG-ATGGGCTTTT-CACGCTT-CT--AATATCGTTTTTCCATTTTTC
* * * * * * *
9427 TT-CGATTTAATTT-TTATTAAATTGAAACAAGATTCAGATACTCGTAATAATAAATCCTCAAAT
189 TTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAAT
* * * * *
9490 CAAATTTGGCTGAGATTTGTTTAGATAAATATAGATATTTGAAGGAGTCTTTTTGCCAAAAATCA
254 CCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCA
9555 CGC
319 CGC
* * ** ** * *
9558 AAAATTGAGCCGGAACCCCGAAATACGTTTTTAACTAAAAACAGTGATAGG-TAGTACACGATTT
1 AAAACTGAGTCGG-GGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT-GGTTAGTACACGATTT
* * * * *
9622 CGGCTAAAAACAGACCTGTAAAATTATTTCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAATATAT
64 CGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATT-TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATAT
* * *** * * * *
9687 AATTAAACGCCAAAAAGATTGACAAGCTTCTCACGCTTCTATTATCGTTATTCC-TTTTACTTTC
128 AATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTC-TTC
* *
9751 CAAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCA
192 CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCA
* *
9816 ATTTGGCTGAGA-----TTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
257 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
*
9876 GAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCG-TTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
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* * * * * * * * *
9940 GGCTAAAATTTTTCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTTCCTC-GTTTTTTGCTATAGTACCCAGA
65 GGC---------T-AAAAACTGACCCGAAAA-ATTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCATA
* * * * * *
10004 AAAAATATATAATTCAATGACAAAAA-ATTGAAGGG-TTTTCATGCTTATAATAACGATTTTCCA
118 AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* * *
10067 TTTATT-TTCGAAA-TGATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATC
183 TTT-TTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATC
* * * * * *
10130 CTTGAATCCATTTTGGTTGAGACTTGGTAAGATAAA-ATTAGATATTTCCAGGAGTCCTTCTGCC
247 CTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATA-TAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCC
*
10194 AAAAATCACGT
311 AAAAATCACGC
10205 AAAACTGAG-CTGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
1 AAAACTGAGTC-GGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * ** * *
10269 CGGCTAAAACTTTCGCAGAAATTGACTCTAAAATTTTTTCCTCGTTTTTTTTTGCTACAATACCC
64 CGGCT---A-------A-AAACTGACCCGAAAAATTTTT-CTC--AATTTTTTGCCACAATACTC
* * * * * * ** * * * *
10334 GA-AAAAAATATATAATACAATGACAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTGATACTTATAACAACGATT
115 -ATAAAAAATATATAATTCAATG-CCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT
* * *
10398 TTCCGTTCTTT-TT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAAT
178 TTCCATT-TTTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAT
* * * ** ** *
10461 AAATCCTCAAATCAAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATGGATATTTCAAAAAGTATTTT
242 AAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTC
*
10526 TGCCAAAAATCACCC
307 TGCCAAAAATCACGC
* ** * *
10541 AAAACTGAGCCGAAGCCCTGAAACACGTCTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCCC-GAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-
* **
10606 CGG-TCAAAACTGACCCCGAAATAAATTTTTCTCAA-TTTTTGCCACAATACTCAGGAAAAATAT
64 CGGCTAAAAACTGA-CCCG-AA-AAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATAT
** * * * *
10669 ATAATTCAACACCAAAACGATTGATGGGCTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTCT
126 ATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCATTTTTCT
* *
10734 TTCAAATT-ATTTCTAATTAAATTGAAGA-AAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAAT
190 TCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAAT
** * * * * * *
10796 TTAATTTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGGGTACATCTGCCAACAATCA
254 CCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCA
10861 CGC
319 CGC
* ** * * *
10864 AAAACTGAGTCGGGACCCCGAAAAACGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACGGTTTC
1 AAAACTGAGTCGGG-GCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * *
10929 GACTAAAAACAT-ACCCGAAAAAATATTTCTCAATTTTTAGCCACAATAATCCTAAAAAATATAT
65 GGCTAAAAAC-TGACCCG-AAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATAT
* * ** * * * * *
10993 AACTCAATGCCAAAGAGATTGACAGGCTTCTCACGTTTCTATTATCGTTATTCC-TTTTACTTTC
128 AATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTC-TTC
* *
11057 CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCA
192 CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCA
* * * *
11122 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCGAGGAGTCCTTCTGCC--AAATCACAC
257 ATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
* *
11185 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGTGTTTTTAACCAAAAACCTTGATGGTTAGTACACGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * ** * * *
11250 GGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTCCTCGTTTTTTTACTACAATAAC-CAAA
65 GGC--------T--AAAAACTGACCCGAAAAATTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAAT-ACTCATA
* * * * * * * * * *
11314 ATATATATATATATAATACAATGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTAATGCTTATAATAACGATTT
118 A-A-A-A-ATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT
* *
11379 TCCATTCTTT-TT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-ATGTTGCTCGTAAAAAT
179 TCCATT-TTTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA-GATGCTCGTAAAAAT
** *
11441 AAATAATTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGGGTCCTTC
242 AAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTC
11506 TGCCAAAAATCACGC
307 TGCCAAAAATCACGC
* * * * *
11521 AAAACTGAG-CTGGGGCCTAGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAATCATGATGG-TA--A-ACGATTT
1 AAAACTGAGTC-GGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* ** * * * *
11581 CGGCTAAAAACTGAGCCGAAATTTTTTTTTTCACAATTTTCTGCCACAATAATCATGAAAAATAT
64 CGGCTAAAAACTGACCCGAAA---AATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATAT
* * * * * *
11646 ATAATTCAATGTCAAAAAGAATGAAT--GATTTTGCATGCTTATGAGAATAT--TTTTTCCAATT
126 ATAATTCAATGCCAAAAAGATTG-ATGGGCTTTT-CACGCTTCT---AATATCGTTTTTCCATTT
* * * *
11707 TTC-T--GAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTCA
186 TTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTA
* ** * *
11769 AAT-CAAGTTTAGCTGAGATTTGGTTAGAT-AA-ATA-A-A-CCCAAGGAGTCTTTTTGCCAAAA
251 AATCCAA-TTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAA
11828 ATCACGC
315 ATCACGC
* * * * * *
11835 AAAACTTAGCCCGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAAACAAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTT
1 AAAACTGAG-TCGGGGCCCGAAACGCGTTTTT-AACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * *
11900 CGTCTTAAAACTGACCCGAAATATTTTTTCTCAATTTTATGCCACAATACTTA-AGAAAAATATA
64 CGGCTAAAAACTGACCCGAAA-AATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATA-AAAAATATA
* * * *
11964 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCA-TTTTCTT
127 TAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCATTTTTCTT
*
12028 CCAAATTAA-TTCTAATTAAATC-AAAGAAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATC
191 CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA-CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATC
* * * *
12090 CAATTTGGCTGAGATTTGGTTATATGAATATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAATCAC
255 CAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCAC
12155 GC
320 GC
* * * *
12157 AAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGTCTAAAAAACTGTGATTGTTAGTACACGATT
1 AAAACTGAGTCGGGG-CCCGAAACGCGTTTTTA-AC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * *
12222 TCGGCTAAAAACAGACCCGAAAAATTATTTCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAATATA
63 TCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATT-TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATA
* * * * * * *
12287 TAATTCAATGCCAAAAAGGTTGACGGGCTTCTCACACTTCTATTATCGTTATTCC-TTTTATTTT
127 TAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTT-TCTT
* * **
12351 CCAAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCAATAAATCC
191 CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCC
* *
12416 AATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACG
256 AATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACG
*
12481 T
321 C
* * * *
12482 AAAACTGAGTCGGTGCCTCGAAACACATTTTTAACCAAAAACCGTGAT-GTTAGTACACGATTTT
1 AAAACTGAGTCGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * ** * *
12546 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTTCCTCGTTTTTTTGCTACAATACCCA-A
65 GGC--------T--AAAAACTGACCCGAAAA-ATTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCATA
* * * * * * * * *
12610 AAAAATATATAATTCAATGACAAAAAAATTTGAAGGGTTTTTGATGCTTATAATAACGATTTTCC
118 AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGA-TTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC
* *
12675 ATTCTTT-TT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGTTTCAGATGCTCGTAAAAATAAAT
182 ATT-TTTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAAT
* *
12738 CCTTAAATCCTATTTGGCTGAGACTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCC
246 CCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCC
12803 AAAAATCACGC
311 AAAAATCACGC
* * * * * * * *
12814 AAAACTGAGTTGGAGCCTAGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAATCATGAT-G---GTACACAATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
** * *
12875 GGCTAAAATTTTTTG-CCATGATGGTACACAACTTAGCCGAAATTT-TACAATTTTTTTCCACAA
65 GGCTAAAA---ACTGACC-CGA----A-A-AA-TT--------TTTCT-CAATTTTTTGCCACAA
* * * * * * *
12938 TAATCATAAAAAATATATTATTCGATGTCAAAAAGAATGAAT--GATTTTGCATGC-T-T-AT-T
110 TACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTG-ATGGGCTTTT-CACGCTTCTAATAT
* * * * * * * *
12997 AG------AATATTT-TTCCAAATTAATTT-TTATTAAATCGAAAAAATATCCAGACGCTCGTAA
173 CGTTTTTCCATTTTTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* *
13054 AAATAAATCCTCAAATCAAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTC
238 AAATAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* *
13119 ATTTTGCCAAAAATCACGC
303 CTTCTGCCAAAAATCACGC
* * * *
13138 AAAACTGTGTCGGAGCCTCGAAATGCGTTTTTAACCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * **
13203 AGCTCAAAACTGACCCGAAATAATTTTTCTCAATTTTCTT-CCATAATACTCAGGAAAAATATAT
65 GGCTAAAAACTGACCCGAAA-AATTTTTCTCAATTTT-TTGCCACAATACTCATAAAAAATATAT
* * * * * * * *
13267 AATTCAACGCCAAAAATATTGATCGGCTTCTCACACATCAAATATCATTTTTTTCCATTTTTCTT
128 AATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC--GTTTTTCCATTTTTCTT
* *
13332 CCAAATTAA-TTCTATTTAAATCGAAGA-AAGATTTAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATC
191 CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATC
* * * * *
13394 GAATTTGGCTGAGATTTGGTTATATGAATATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAATCAC
255 CAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCAC
13459 GC
320 GC
* * * *
13461 AAAACTGAGTCTGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT-G-TA-TATACGATTTTG
1 AAAACTGAGTCGGGGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * * * * * *
13523 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTCCTCATTTTTTTGCTACAATACCCAGAAA
66 GC--------T--AAAAACTGACCCGAAAAATTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAA
* * * * * * * *
13588 AAATATATAATTCAATGACAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTATAAT-TACGATTTTCAA
120 AAATATATAATTCAATG-CCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT-CGTTTTTCCA
*
13652 TTTTT-TT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCC
183 TTTTTCTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCC
* * *
13715 TTAAATCCATTTTGGCCGAGACTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAA
248 TTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAA
13780 AAATCACGC
313 AAATCACGC
* * * * *
13789 AAAACTGAG-CTGGGGCCTCAAAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCATGAT-G--A-TACATGATTT
1 AAAACTGAGTC-GGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * *
13849 CGGCTAAAAACTGAGCCGAAAATTTTTTTCACAATTTTTTGCCACAAAAATCATAAAAAAATATA
64 CGGCTAAAAACTGACCCGAAAA-ATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAT-AAAAAATATA
* * * * * *
13914 TAATTCAATGTCAAAAAGAATGAAT--GATTTTGCATGCTTATTAGA-AT-ATTTTTCCATTTTT
127 TAATTCAATGCCAAAAAGATTG-ATGGGCTTTT-CACGCTT-CTA-ATATCGTTTTTCCATTTTT
* * * * * *
13975 C-T--GAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATACTCATAAAAATAAATCCTCAAA
188 CTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAA
* * * *
14037 TCAAATTTCGCTGAGATTTTGTTAGATAAATATATATATATATATATATATATATATTTCAAGGA
253 TCCAATTTGGCTGAGA-TTTG---G-----------T-TAGATA-A-ATATAGATATTTCAAGGA
* *
14102 GTCCTTTTTCCAAAAATCACGC
300 GTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
*
14124 AAAACTGAG-CTGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
1 AAAACTGAGTC-GG-GGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * **
14188 CGGCTCAAAACTGACCCGAAATAACTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGGAAAAATATAT
64 CGGCTAAAAACTGACCCGAAA-AATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATAT
* * * * * *
14253 AATTCAACGCCAAAAATATTGATGGACTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTTTCTTC
128 AATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTCCATTTTTCTTC
14318 CAAATTAA-TTCTAATTAAATCGAAGA-AAGATTCAGATTG-TCGTAAAAA-AAATCCTTAAATC
192 CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGA-TGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATC
* * * * *
14379 CAATTCGGCTGAGATTAGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGGGTCATTCTGCCAAAAATCAC
255 CAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCAC
*
14444 GT
320 GC
* *
14446 AAAACTGAGTCAGGGCCCCGAAACGCGTTTTAAACCAAAAACCGTGAT-G-TACGTACACGATTT
1 AAAACTGAGTC-GGGGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGA-TT
* * * **
14509 TAGGCTAAAAACTGATCCGAAAAATTTATTCTTAATTTTTTGTTACAATACTCATAAAAAATATA
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* ** * *
14574 T-ACTC-AT---AAAAA-ATAT-AT-AAC---TCACGCTTATAATAACGTTTTTCC-TTTTT-TT
127 TAATTCAATGCCAAAAAGAT-TGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCTT
* *
14626 CCAAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATCCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATCC
191 CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCC
* ** * * *
14690 AATTTGG-TCGAGATTTGGTTAGATAAAAATCTATATTTCATGGA-TACTTTCTG-TAAGAAATC
256 AATTTGGCT-GAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGT-CCTTCTGCCAA-AAATC
*
14752 ATGC
318 ACGC
* * * * * * * * * *
14756 AAAACTTAGTCGGGACCCCGAGATGCATATTTATCTAAAAACCGCGA----T-GTACATGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGG-GCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * ** * *
14816 GACTAAAAACAT-ACCTGAAATTTTCTTTCTCAATTTTTTGCCACAACACCCATAAAAAATATAT
65 GGCTAAAAAC-TGACCCGAAAAATT-TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATAT
** * * * * *
14880 AATTCAACACCAAAAAGAATGA-AGG------ACGCTTCTAAGAACGTTTTTCCATATTTTTTTC
128 AATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAT-TTTTCTTC
* * * * *
14938 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATTCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
192 CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCA
* * * * * ** *
15003 ATGTGACTAAGATTTGGTTTA-ATTAATATAGATATTTTAAGGAGTTTTTACT-CCAAAAAAACA
257 ATTTGGCTGAGATTTGG-TTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT-CTGCC-AAAAATCA
*
15066 TGC
319 CGC
** * ** * * * * * **
15069 AAATTTGAGCCTAGACTGCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAATTAGTACACGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGC-CCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * * * *
15134 GGCAAAAGTTTTTCAAAAAATGACTCGAAAAGTTTGTCCTCCATATTTTT-CCCCAATACTCA-G
65 GGC---------T-AAAAACTGACCCGAAAAATTT-TTCTCAAT-TTTTTGCCACAATACTCATA
* * * * ** * *
15197 AAAAATATATAGTTCAATGCCAATAA-TTTGAAGGATTTTTCACGCTTCAAATATCTTTTTTCCA
118 AAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA
* * *** * * * * *
15261 TTTCT-TTCCGAAATT-ATTTCTAATTAATTCGAAATTTGTTTTAGATGCTTGTAAAAACAAACC
183 TTTTTCTTCC-AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATC
* * * *
15324 CTTAAATCCAATATGGC-----TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT-ATTAATGCC
247 CTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT-CTGCC
* ** *
15383 AAAAACCTTGA
311 AAAAATCACGC
* * * * * *
15394 AAAAATGAGTCGAGGCCCAGGGAAGCGTGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTGTTAGTACACGA
1 AAAACTGAGTCGGGGCCC---GAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT-G-GTTAGTACACGA
* *
15459 TTTCGGCTAAAAACTAACCCGAAAAATTTTTCACAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATAT
61 TTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATAT
* * * * * *
15524 ATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATAACGTGTTTCCATTTTTC--
126 ATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCTT
* * * *
15587 CCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAAATGCTCGTAAAAATAAATCTTTAAATCC
191 CCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCC
** * * * * ** *
15652 AATACGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGAAATTTCAAGAAGTTTTTAC-GCCAAAAATCAT
256 AATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT-CTGCCAAAAATCAC
15716 GC
320 GC
* * * * * *
15718 AAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCGTTTTCAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTC
1 AAAACTGAGTC-GGGGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * ** * * * * *
15783 GGCTAGAAATTGACCTGAATATTTTTTTTCTTAAATTTTTGCCTCAATATTCA-GAAAAATATAT
65 GGCTAAAAACTGACCCGAA-A-AATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATAT
** ** * * * *
15847 AATTTGATGTAAAAAAGATTGACGAGCTTTTCACACTTTTAATATCGTTTTT-CATTTTT-TT-C
128 AATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCTTCC
** * * * * *
15909 GTATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTCAAATTCTCGTAAAAAACAAATTCTTAAATCCA
193 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAATAAATCCTTAAATCCA
* * * * * * *
15974 ATGTGGTTGAGA--T-GTTCA-ATGAGTATAGATATTTCAATGAGTCGTTAC-GCCAAAAATCAT
257 ATTTGGCTGAGATTTGGTT-AGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT-CTGCCAAAAATCAC
*
16034 AC
320 GC
* * * * * * * * *
16036 AAAATTGAATCGAGACTCTGGAACACATTTTTAACAAAAAACCGTGATGGT
1 AAAACTGAGTCGGGGC-CCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGT
16087 ATTGTTAAGA
Statistics
Matches: 6360, Mismatches: 1062, Indels: 794
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
305 53 0.01
306 12 0.00
307 1 0.00
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342 8 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (321 bp):
AAAACTGAGTCGGGGCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
GCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAAT
TCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTCTTCCAAA
TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATTT
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* * *
8012 CGAG-TCAAAACTGACCCG-AAATATTTTTT-CTCAATTTTTTTGCCACAATACTTAGGAAAAAT
64 CG-GCTAAAAACTGACCCGAAAAT-TTTTTTCCTC-A-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAAT
* * * * * * * *
8074 ATATAATTCAA-CACCAAAAAGATT-AATGGCTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTT
125 ATATAATTCAATGA-CAAAAAGATTGAA-GGGTTTTCACGCTTATAATAACG-ATTTTCCATTTT
* * *
8137 TCTTCCAAATTATTTCTAATTAAATCGAAGA-AGGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAA
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* *
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* ** * * *
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* * * * **
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379 ATTTCGGCTAAAAACAGACCTGAAA-AATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATA-CTCATAAAAAA
* * * * * * *
8392 TATATAATACAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTCTCTCACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTT
442 TATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGA-AGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG--TTTTCC-TTTT
*
8457 TCTTCCAAATTAA-TTCTATTTAAATCGAAGA-AAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTA
503 T-TTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTA
* * * *
8519 AATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATCATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAA
566 AATCCAATTTGGCTGAGATTTAGATA-A--AT-ATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAA
* **
8584 TCCCAA
627 TCACGC
* * * * *
8590 AAAACTAAGTCGGGGCC-CGAAACGCATTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTCAGTACACGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGC-GTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * * *
8654 GACTAAAAACAGACCCGTAAAA-TTATTT-CTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAATATA
65 GGCTAAAAACTGACCCG-AAAATTTTTTTCCTC-ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATA
* * * * * * * *
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128 TAATTCAATGACAAAAAGATTGA-AGGGTTTTCACGCTTATAATAACGATT-TTCCATTTT--TT
* * * * *
8780 TCCAAATTAATTTCTAATTAAAGCGAAACAAGATTCTGATACTCATAAAAATAAATCCTTAAATC
189 TCGAAA-TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATC
* * * *
8845 CAATTTGGCTGAGATTTTGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCAC
253 CAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTACTTCTGCCAAAAATCAC
*
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318 GCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGG-TAGTACACGATT
* * * * * * * * *
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382 TCGGCTAAAA------ACAGA---CCT-GAAAAATTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATACTCAT
* * * * * * *
9040 AAATAATATATAATTCAATG-AAAAATAAATTTGAAGGGTTTTTCATGCTTATAATAACGATTTT
436 AAAAAATATATAATTCAATGCCAAAA-AGA-TTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTT
* * * * *
9104 CCATTTTTT-CGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTTGTAAAAATAAATC
497 CCTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATC
* * * * *
9168 CTGAAATCCATTTTGGCTGAGAGTTGATCAGATAAATATAGATATTTCAAGGACTCATTCTGTCA
562 CTTAAATCCAATTTGGCTGAGA-TT--T-AGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCA
*
9233 AAAATCAAGC
623 AAAATCACGC
* * * * * * *
9243 AAAACTGAGTTGTGGCCTAGAAATGCGTTTTAGCCAAAAATCGTGAT-G---GTACACGACTTCG
1 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * * *
9304 GCTAAAAACTAACCCGAAAATTTTTTTCAC-AATTTTTTGCCACAATAATCATAAAAAATATATA
66 GCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTC-CTCATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATA
* * * * * * * *
9368 ATTCAATGTCAAAAAGAATGAATGATTTTGCATGCTTATTAGAA-TATTTTTTCCA-TTTTTTCG
130 ATTCAATGACAAAAAGATTGAAGGGTTTT-CACGCTTATAATAACGA--TTTTCCATTTTTTTCG
** * * * * * *
9431 ATTTAATTT-TTATTAAATTGAAACAAGATTCAGATACTCGTAATAATAAATCCTCAAATCAAAT
192 AAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAT
* * *
9495 TTGGCTGAGATTTGTTTAGATAAATATAGATATTTGAAGGAGT-CTTTTTGCCAAAAATCACGCA
257 TTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTAC-TTCTGCCAAAAATCACGCA
* ** ** * *
9559 AAATTGAGCCGGAACCCCGAAATACGTTTTTAACTAAAAACAGTGATAGGTAGTACACGATTTCG
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* * *
9624 GCTAAAAACAGACCTGTAAAATTATTTCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAATATATAA
385 GCTAAAAACAGACCTGAAAAATT-TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAA
* * * * *
9689 TTAAACGCCAAAAAGATTGACAAGCTTCTCACGCTTCTATTATCGTTATTCCTTTTACTTTCCAA
449 TTCAATGCCAAAAAGATTGA-AGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTT-TTCCTTTT--TTTCCAA
* *
9754 ATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATT
510 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATT
* *
9819 TGGCTGAGA-TTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
575 TGGCTGAGATTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
*
9876 GAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
1 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
* * * * * * *
9941 GCTAAAATTTTTCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTTCCTCGTTTTTTGCTATAGTACCCAGAAA
66 GC---------T-AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCCTCATTTTTTGCCACAATACTCAGAAA
*
10006 AAATATATAATTCAATGACAAAAA-ATTGAAGGGTTTTCATGCTTATAATAACGATTTTCCATTT
121 AAATATATAATTCAATGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTCACGCTTATAATAACGATTTTCCATTT
* * *
10070 ATTTTCGAAATGATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTGA
186 -TTTTCGAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAA
* * * * * *
10135 ATCCATTTTGGTTGAGACTTGGTAAGATAAA-ATTAGATATTTCCAGGAGTCCTTCTGCCAAAAA
250 ATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATA-TAGATATTTCAAGGAGTACTTCTGCCAAAAA
* * *
10199 TCACGTAAAACTGAGCTGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
314 TCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGG-TAGTACAC
* ** ** *
10264 GATTTCGGCTAAAACTTTCGCAGAAATTGACTCTAAAATTTTTTCCTCGTTTTTTTTTGCTACAA
378 GATTTCGGCTAAAA-----ACAG-ACCTGA----AAAA-TTTTT-CTC--AATTTTTTGCCACAA
* * * * * * ** * * *
10329 TACCCGA-AAAAAATATATAATACAATGACAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTGATACTTATAACAA
429 TACTC-ATAAAAAATATATAATTCAATG-CCAAAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAATAT
* *
10393 CGATTTTCCGTTCTTTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAA
491 CG-TTTTCC-TT-TTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * ** *
10457 AAATAAATCCTCAAATCAAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATGGATATTTCAAAAAGTA
553 AAATAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGA--T--TTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * *
10522 TTTTTGCCAAAAATCACCC
614 CTTCTGCCAAAAATCACGC
* ** *
10541 AAAACTGAGCCGAAGCC-CTGAAACACGTCTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
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* ** * *
10605 CCGG-TCAAAACTGACCCCGAAATAAATTTTT-CTCAATTTTTGCCACAATACTCAGGAAAAATA
64 -CGGCTAAAAACTGA-CCCGAAA-ATTTTTTTCCTCATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATA
* * * * * * * * *
10668 TATAATTCAA-CACCAAAACGATTGATGGGCTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTTT
126 TATAATTCAATGA-CAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTATAATAACG-ATTTTCCA-TTTT
* *
10732 CTTTC-AAATTATTTCTAATTAAATTGAAGA-AAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAA
187 -TTTCGAAATAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAA
** * * * * *
10794 ATTTAATTTGCCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGGGTACATCTGCCAACAAT
250 ATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTACTTCTGCCAAAAAT
* * ** * *
10859 CACGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAAAAACGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
315 CACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGG-TAGTACACG
* * * * * * * *
10924 GTTTCGACTAAAAACATACCCGAAAAAATATTTCTCAATTTTTAGCCACAATAATCCTAAAAAAT
379 ATTTCGGCTAAAAACAGACCTG-AAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAT
* * * * *
10989 ATATAACTCAATGCCAAAGAGATTGACAGGCTTCTCACGTTTCTATTATCGTTATTCCTTTTACT
443 ATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGA-AGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTT-TTCCTTTT--T
* *
11054 TTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAAT
504 TTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAAT
* * *
11119 CCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCGAGGAGTCCTTCTGCC--AAATCA
569 CCAATTTGGCTGAGA--T--TTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCA
*
11182 CAC
630 CGC
* *
11185 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGTGTTTTTAACCAAAAACCTTGATGGTTAGTACACGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCG-TTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * * *
11250 GGCTAAAATTTTGAAAAAATTGACTCGAAAA-TTTTTTCCTCGTTTTTTTACTACAATAAC-CAA
65 GGC--------T--AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCCTC-ATTTTTTGCCACAAT-ACTCAG
* * * *
11313 AATATATATATATATAATACAATGACAAAAAAATTGAAGGGTTTTTAATGCTTATAATAACGATT
118 AA-A-A-A-ATATATAATTCAATGACAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTATAATAACGATT
* *
11378 TTCCATTCTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-ATGTTGCTCGTAAAAATA
178 TTCCATT-TTTTTCGAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA-GATGCTCGTAAAAATA
** * *
11442 AATAATTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGGGTCCTTCT
241 AATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTACTTCT
* ** * * * *
11507 GCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCTGGGGCCTAGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAATCATGATGGT
306 GCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGT
* ** * * *
11572 A--A-ACGATTTCGGCTAAAAACTGAGCC-GAAATTTTTTTTTTCACAATTTTCTGCCACAATAA
371 AGTACACGATTTCGGCTAAAAACAGA-CCTGAAA---AATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATAC
* * * * * * * *
11633 TCATGAAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGAATGAATGATTTTGCATGCTTATGAGAATAT-T
432 TCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGCTTTT-CACGCTTCT---AATATCG
** ** * *
11697 TTTTCC-AATTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAATA
493 TTTTCCTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATA
* * * * * *** * *
11761 AATCCTCAAAT-CAAGTTTAGCTGAGATTTGGTTAGATA-A-ATAAACCCAAGGAGTCTTTTTGC
558 AATCCTTAAATCCAA-TTTGGCTGAGATTTAGATAAATATAGAT-ATTTCAAGGAGTCCTTCTGC
11823 CAAAAATCACGC
621 CAAAAATCACGC
* * * * * * *
11835 AAAACTTAGCCCGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAAACAAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTT
1 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCG-TTTT-AACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * *
11900 CGTCTTAAAACTGACCCG-AAATATTTTTT-CTCAATTTTATGCCACAATACTTA-AGAAAAATA
64 CGGCTAAAAACTGACCCGAAAAT-TTTTTTCCTC-ATTTTTTGCCACAATACTCAGA-AAAAATA
* * * * * * * * * *
11962 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTCTCACACATCTAATATCGTTTTTTCCATTTTCT
126 TATAATTCAATGACAAAAAGATTGAAGGG-TTTTCACGCTTATAATAACG-ATTTTCCATTTTTT
* *
12027 TCCAAATTAA-TTCTAATTAAATC-AAAGAAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAAT
189 TCGAAA-TAATTTCTAATTAAATCGAAA-CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAAT
* * *
12089 CCAATTTGGCTGAGATTTGGTTATATGAATATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAATCA
252 CCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTACTTCTGCCAAAAATCA
* * * * *
12154 CGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGTCTAAAAAACTGTGATTGTTAGTACACG
317 CGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTA-AC-CAAAAACCGTGA-TGGTAGTACACG
* * *
12219 ATTTCGGCTAAAAACAGACCCGAAAAATTATTTCTCAATTTTTAGCCACAATAATCATAAAAAAT
379 ATTTCGGCTAAAAACAGACCTGAAAAATT-TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAAT
* * * * *
12284 ATATAATTCAATGCCAAAAAGGTTGACGGGCTTCTCACACTTCTATTATCGTTATTCCTTTTATT
443 ATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGA-AGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTT-TTCC-TTT-TT
* * **
12349 TTCCAAATTAATTTCCAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCAATAAAT
504 TTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAAT
* *
12414 CCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATACTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCA
569 CCAATTTGGCTGAGA--T--TTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCA
*
12479 CGT
630 CGC
* * * *
12482 AAAACTGAGTCGGTGCCTCGAAACACATTTTTAACCAAAAACCGTGAT-GTTAGTACACGATTTT
1 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGC-GTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * *
12546 GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAATTTTTTTCCTCGTTTTTTTGCTACAATACCCA-A
65 GGC--------T--AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCCTC-ATTTTTTGCCACAATACTCAGA
* * *
12610 AAAAATATATAATTCAATGACAAAAAAATTTGAAGGGTTTTTGATGCTTATAATAACGATTTTCC
119 AAAAATATATAATTCAATGACAAAAAGA-TTGAAGGG-TTTTCACGCTTATAATAACGATTTTCC
* *
12675 ATTCTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGTTTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCC
182 ATT-TTTTTCGAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCC
* * *
12740 TTAAATCCTATTTGGCTGAGACTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAA
246 TTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTACTTCTGCCAA
** * ** * * * *
12805 AAATCACGCAAAACTGAGTTGGAGCCTAGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAATCATGAT-G--GTAC
311 AAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTAGTAC
* ***
12867 ACAATTTCGGCTAAAATTTTTTG-CCATGATGGTACACAACTTAGCCGAAATTT-TACAATTTTT
376 ACGATTTCGGCTAAAA---ACAGACC-TGA----A-A-AA-TT--------TTTCT-CAATTTTT
* * * * * * * * *
12930 TTCCACAATAATCATAAAAAATATATTATTCGATGTCAAAAAGAATGAATGATTTTGCATGC-T-
421 TGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGCTTTT-CACGCTTC
* ** * * * * * *
12993 T-AT-TAG----AATATTTTTCCAAATTAATTT-TTATTAAATCGAAAAAATATCCAGACGCTCG
485 TAATATCGTTTTCCTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG
* *
13051 TAAAAATAAATCCTCAAATCAAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGA
550 TAAAAATAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGA--T--TTAGATAAATATAGATATTTCAAGGA
* *
13116 GTCATTTTGCCAAAAATCACGC
611 GTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
* * * *
13138 AAAACTGTGTCGGAGCCTCGAAATGCGTTTTTAACCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCG-TTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * *
13203 AGCTCAAAACTGACCCG-AAATAATTTTT-CTCAATTTTCTT-CCATAATACTCAGGAAAAATAT
65 GGCTAAAAACTGACCCGAAAAT-TTTTTTCCTC-ATTTT-TTGCCACAATACTCAGAAAAAATAT
* * * * * * * * *
13265 ATAATTCAACGCCAAAAATATTGATCGGCTTCTCACACATCA-AATATC-ATTTTTTTCCATTTT
127 ATAATTCAATGACAAAAAGATTGA-AGGGTTTTCACGC-TTATAATAACGA---TTTTCCATTTT
* * *
13328 TCTTCCAAATTAA-TTCTATTTAAATCGAAGA-AAGATTTAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTA
187 T-TTCGAAA-TAATTTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTA
* * * *
13390 AATCGAATTTGGCTGAGATTTGGTTATATGAATATAGATATTTCAAGGGGTACTTCTGCCAAAAA
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* * *
13455 TCACGCAAAACTGAGTC-TGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT-GTA-TATACG
314 TCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTAGTACACG
* * * * *
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379 ATTTCGGCT--AA------AAACA--GACCT-GAAAAATTTTT-CTCAATTTTTTGCCACAATAC
* * * * * * *
13581 CCAGAAAAAATATATAATTCAATGACAAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCATGCTTATAAT-TACGA
432 TCATAAAAAATATATAATTCAATG-CCAAAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAATAT-CG-
* *
13645 TTTTCAATTTTTTT-CAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAT
493 TTTTC-CTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAT
* *
13709 AAATCCTTAAATCCATTTTGGCCGAGACTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTC
557 AAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGA--T--TTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTC
13774 TGCCAAAAATCACGC
618 TGCCAAAAATCACGC
* * * * *
13789 AAAACTGAG-CTGGGGCCTCAAAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCATGAT-G--A-TACATGATTT
1 AAAACTGAGTC-GGGGCCTCGAAACGCG-TTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * *
13849 CGGCTAAAAACTGAGCCGAAAATTTTTTTCAC-AATTTTTTGCCACAAAAATCATAAAAAAATAT
64 CGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTC-CTCATTTTTTGCCACAATACTCA-GAAAAAATAT
* * * * * * * * *
13913 ATAATTCAATGTCAAAAAGAATGAATGATTTTGCATGCTTATTAGAA-TATTTTTCCATTTTTCT
127 ATAATTCAATGACAAAAAGATTGAAGGGTTTT-CACGCTTATAATAACGA-TTTTCCATTTTTTT
* * * * * * *
13977 -GAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATACTCATAAAAATAAATCCTCAAATCAA
190 CGAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCA
* * * *
14041 ATTTCGCTGAGATTTTGTTAGATAAATATATATATATATATATATATATATATTTCAAGGAGTCC
255 ATTTGGCTGAGA-TTTG---G-----------T-TAGATA-A-ATATAGATATTTCAAGGAGTAC
* * * *
14106 TTTTTCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCTGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGA
302 TTCTGCCAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGA
* * * *
14171 TGGTTAGTACACGATTTCGGCTCAAAACTGACCCGAAATAACTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
367 TGG-TAGTACACGATTTCGGCTAAAAACAGACCTGAAA-AATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAAT
** * * * * * *
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14301 TTTTTCCATTTTTCTTCCAAATTAA-TTCTAATTAAATCGAAGA-AAGATTCAGATTG-TCGTAA
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* * *
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* *
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* *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* *
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* ** * * *
14692 TTTGG-TCGAGATTTGGTTAGATAAAAATCTATATTTCATGGA-TACTTTCTG-TAAGAAATCAT
256 TTTGGCT-GAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTAC-TTCTGCCAA-AAATCAC
* * * * * * * * * * *
14754 GCAAAACTTAGTCGGGACCCCGAGATGCATATTTATCTAAAAACCGCGA---T-GTACATGATTT
318 GCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTAGTACACGATTT
* * ** * *
14815 CGACTAAAAACATACCTGAAATTTTCTTTCTCAATTTTTTGCCACAACACCCATAAAAAATATAT
383 CGGCTAAAAACAGACCTGAAAAATT-TTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATAT
** * * *
14880 AATTCAACACCAAAAAGAATGAAGG------ACGCTTCTAAGAACGTTTTTCCATATTTTTTTCC
447 AATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCC---TTTTTTTCC
* * * * *
14939 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATTCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA
508 AAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA
* * * * * * ** * *
15004 TGTGACTAAGATTTGGTTTAATTAATATAGATATTTTAAGGAGTTTTTACT-CCAAAAAAACATG
573 TTTGGCTGAGATTTAG----ATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT-CTGCC-AAAAATCACG
15068 C
632 C
** *** * * * * **
15069 AAATTTGAG-CCTAGACTGCAAAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAATTAGTACACGATTT
1 AAAACTGAGTCGGGGCCT-CGAAACGCG-TTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * * * *
15133 CGGCAAAAGTTTTTCAAAAAATGACTCGAAAA-GTTTGTCCTCCATATTTTT-CCCCAATACTCA
64 CGGC---------T-AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCCT-CAT-TTTTTGCCACAATACTCA
* * * * * * **
15196 G-AAAAATATATAGTTCAATGCCAATAA-TTTGAAGGATTTTTCACGCTTCA-AATATCTTTTTT
117 GAAAAAATATATAATTCAATGACAAAAAGATTGAAGG-GTTTTCACGCTT-ATAATAACGATTTT
* * * *** * * * * *
15258 CCATTTCTTTCCGAAATTATTTCTAATTAATTCGAAATTTGTTTTAGATGCTTGTAAAAACAAAC
180 CCATTT-TTTTCGAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAAT
* * *
15323 CCTTAAATCCAATATGGC-----TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTA-TTAATGC
244 CCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTACTT-CTGC
* ** * * * * * * * * *
15382 CAAAAACCTTGAAAAAATGAGTCGAGGCCCAGGGAAGCGTGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGT
308 CAAAAATCACGCAAAACTGAGCCGGGGCCC--CGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGAT-G-
* *
15447 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTA-ACCCGAAAAATTTTTCACAATTTTTTGCCACAATAC
369 G-TAGTACACGATTTCGGCTAAAAAC-AGACCTGAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATAC
* * * *
15511 TCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATAACGTGT
432 TCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAA-GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT-T
* * * * *
15576 TTCCATTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAAATGCTCGTAAAAATAAA
495 TTCCTTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAA
* ** * * * * **
15641 TCTTTAAATCCAATACGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGAAATTTCAAGAAGTTTTTAC-G
560 TCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGA--T--TTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTT-CTG
*
15705 CCAAAAATCATGC
620 CCAAAAATCACGC
* * * * * *
15718 AAAATTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCGTTTTCAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTC
1 AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTT-AACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTC
* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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129 AATTCAATG-ACAAAAAGATTGAAG-GGTTTTCACGCTTATAATAACGATTTTCCATTTTTTTCG
* * * * * * *
15910 TATTAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTCAAATTCTCGTAAAAAACAAATTCTTAAATCCAA
192 AAATAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAATAAATCCTTAAATCCAA
* *
15975 TGTGGTTGAGAT
256 TTTGGCTGAGAT
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AAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
GCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCCTCATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAA
TTCAATGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTCACGCTTATAATAACGATTTTCCATTTTTTTCGAAAT
AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATTTGG
CTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTACTTCTGCCAAAAATCACGCAAAACT
GAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTAGTACACGATTTCGGCTAAA
AACAGACCTGAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATG
CCAAAAAGATTGAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCTTTTTTTCCAAATTAATTTCTA
ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATTTGGCTGAGATT
TAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCCTTCTGCCAAAAATCACGC
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14056 TGTTAGATAA
14066 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
14094 TTCAAGGAGT
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AT
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14546 TTTTGTTACA
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ATACTCATAAAAAATAT
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*
33756 ATTAAAAACCTTATAAAGGTTACTA
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* *
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ATTAAAAACCTTATAAGATTACTA
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33861 AACCAATTTC
33871 ATTTAAAACAAACATTTTTTATTATTATATTACTAAAAAT
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ATTTAAAACAAACATTTTTTATTATTATATTACTAAAAAT
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1 AAT
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AATTCCAAGGTTC
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Statistics
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TAAAAAAATGTTT
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34140 TCCAAGGTTC
* * * * *
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* *
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* *
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* *
34439 AAAAATTTTCTGTTGCCGGGATTTGAACCCG
131 AAAAATTTTCCGTTGCCGAGATTTGAACCCG
* ** * * *
34470 GATTTTAAGATTCAACAGGTAGGAATTGCCAAGTGCTACAACGGATTATAACTGATATTAAAACG
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* * * * *
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AAAAATTTTCCGTTGCCGAGATTTGAACCCG
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Period size: 116 Copynumber: 2.0 Consensus size: 117
34495 TTGCCAAGTG
* * * * *
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* ** *
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* * *
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34738 C
1 C
34739 GGATTCCATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:34832 original size:270 final size:270
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34341 TTGCCAAGTG
*
34351 CTACAACGGATTATAATTGATATCAAAACACAATCAATTTTATTTAAAGCAAAAGTTCTTTATCA
1 CTACAACGAATTATAATTGATATCAAAACACAATCAATTTTATTTAAAGCAAAAGTTCTTTATCA
** **
34416 TTATTACTAAAAAAATGTATTAAAAAAATTTTCTGTTGCCGGGATTTGAACCCGGATTTTAAGAT
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** *
34481 TCAACAGGTAGGAATTGCCAAGTGCTACAACGGATTATAACTGATATTAAAACGCAATTAATTTT
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* * * *
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261 GATTTGTACC
* * * *
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** *
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* * *
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130 TAAAACAGGTAGGAATTGCCAAGTGCTACAACGGATTATAACTGATATTAAAACGCAATCAATTT
34815 TATTTAAAGCAAAAGTTCTTTATCATTATTACTAAAAAAATATTTTAAAAA
195 TATTTAAAGCAAAAGTTCTTTATCATTATTACTAAAAAAATATTTTAAAAA
34866 TTTTTTCCAT
Statistics
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AAAACAGGTAGGAATTGCCAAGTGCTACAACGGATTATAACTGATATTAAAACGCAATCAATTTT
ATTTAAAGCAAAAGTTCTTTATCATTATTACTAAAAAAATATTTTAAAAACTTATTTGTTGCCGG
GATTTGTACC
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Indices: 34621--34946 Score: 474
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34611 GATTTGTACC
* * * *
34621 CTACAACGAATTCTAATTGATATCATAACGCAATCAATTTTATTTAAAGCAAAAGTTCTTTATTA
1 CTACAACGGATTATAATTGATATCAAAACGCAATCAATTTTATTTAAAGCAAAAGTTCTTTATCA
* ** *
34686 TTATTACTAAAAAAATGTTCTAAAAACGTTTTCCATTGCCGGGATTTGAACCCGGATTCCATGAT
66 TTATTACTAAAAAAATATTCTAAAAACGTTTTCCATTGCCGGGATTTGAACCCAAATTCCAAGAT
*
34751 AAAACATGTAGGAATTGTCAAGTG
131 AAAACAAGTAGGAATTGTCAAGTG
*
34775 CTACAACGGATTATAATTGATATTAAAACGCAATCAATTTTATTTAAAGCAAAAGTTCTTTATCA
1 CTACAACGGATTATAATTGATATCAAAACGCAATCAATTTTATTTAAAGCAAAAGTTCTTTATCA
* ** *
34840 TTATTACTAAAAAAATATTTTAAAAATTTTTTCCATTGCTGGGATTTGAACCCAAATTCCAAGAT
66 TTATTACTAAAAAAATATTCTAAAAACGTTTTCCATTGCCGGGATTTGAACCCAAATTCCAAGAT
** **
34905 TCAACAAGTAGTTATTG-CTAAGTG
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34929 CTACAACGGATTATAATT
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34947 CAATTTTTTT
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 18, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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CTACAACGGATTATAATTGATATCAAAACGCAATCAATTTTATTTAAAGCAAAAGTTCTTTATCA
TTATTACTAAAAAAATATTCTAAAAACGTTTTCCATTGCCGGGATTTGAACCCAAATTCCAAGAT
AAAACAAGTAGGAATTGTCAAGTG
Found at i:42763 original size:43 final size:41
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Indices: 42715--42799 Score: 134
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42705 TAAGTCATTT
42715 ATCAAATATCATATATAAATATATAAATGTATTTAGTTCAAGA
1 ATCAAATATC--ATATAAATATATAAATGTATTTAGTTCAAGA
* *
42758 ATCAAATATCCTATAAATATATGAATGTATTTAGTTCAAGA
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42799 A
1 A
42800 AAGAGAAGTC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ATCAAATATCATATAAATATATAAATGTATTTAGTTCAAGA
Found at i:44702 original size:3 final size:3
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Indices: 44696--44722 Score: 54
Period size: 3 Copynumber: 9.0 Consensus size: 3
44686 AAATTTATCA
44696 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT
44723 GAATGAAAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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TAT
Done.