Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011070.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11091, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 186--1372 Score: 1508
Period size: 322 Copynumber: 3.7 Consensus size: 318
176 TGTGGCAAAA
* * * ** *
186 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGGTTGATTTTTT
1 TAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
* * * *
251 GCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGA
66 GCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAATCTCAGCAACATTGGATATAAGAA
* **
316 TTT-CTTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG-
131 TTTGC-TTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTC-GAAAAAAATGA
* * * *
379 GAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCGTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATCCTTTCT
194 AAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATA-TTTTGGCATTGAATTATATATCTTTTCT
* *
444 ACGTATTGTGACAAAAAATTGAGAAAAAAAATTTC-GGTTCAGTTTTTGGCCGAAATCGTGTAC
258 ACGTATTGTGGC-AAAAATTGAG-AAAAAATTTTCGGGTT-AGTTTTTGGCCGAAATCGTGTAC
* * ** *
507 TAACCATCATGGTTTTTAGCCGAAAAACGCGTTTTGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTT
1 TAACCATCATGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
* * *
572 GGTGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGA
65 GGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAATCTCAGCAACATTGGATATAAGA
* *
637 ATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGTTAAAAAATGA
130 ATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG-AAAAAAATG-
* * * *
702 AAAAAATGATATGAGATGCGTGAAAAGCCCGTTAATATTTGTGGCATTGAATTATATAT-TTTTA
193 AAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTT-TGGCATTGAATTATATATCTTTTC
*
766 TGA-GTATTGTGGCAAAGAATTGAGAAAAAATTTTCGGGTTA-TTTTTAGCCGAAATCGTGTAC
257 T-ACGTATTGTGGCAAA-AATTGAGAAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTGGCCGAAATCGTGTAC
* * * *
828 TGACCATCATGGATTTTGGCTAAAAA-GTCGTTCCGGAGCCCAGGCTCAAGTTTGCATGATTTTT
1 TAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACG-CGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
* * * * * *
892 GGCACAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAAACAAATCTCAACAATATAGGATATAAGA
65 GGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAATCTCAGCAACATTGGATATAAGA
* * * * *
957 ATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAA-TTAAAATTAATGCGGAAAAAATGGA
130 ATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAATGAA
* * * * * * * *
1021 AAAATGATATTATAAGTGTGAAAGGCCCGTCAATCTTTTTGCTTTGATTTATATATCTTTTCTAT
195 AAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTGGCATTGAATTATATATCTTTTCTAC
* ** * * *
1086 GTATTGTTGTGAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGCTTTTGGCCGAAATAGTGTAC
260 GTATTGTGGCAAAAATTGA-GAAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTGGCCGAAATCGTGTAC
* * * * *
1146 TAACCATCACCGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCTGAAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
1 TAACCATCA-TGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
* * *
1211 GGTGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGA
65 GGCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAATCTCAGCAACATTGGATATAAGA
* *
1276 ATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGCAAAAAAATGA
130 ATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCG-AAAAAAATG-
1341 AAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGT
193 AAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGT
1373 TAAAAACTTT
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 104, Indels: 37
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
316 22 0.03
317 64 0.09
318 34 0.05
319 150 0.20
320 144 0.19
321 59 0.08
322 193 0.26
323 28 0.04
324 49 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (318 bp):
TAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
GCGCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAATCAAATCTCAGCAACATTGGATATAAGAA
TTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGAAAAAAATGAAA
AAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATATTTTGGCATTGAATTATATATCTTTTCTACG
TATTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTGGCCGAAATCGTGTAC
Found at i:1567 original size:264 final size:264
Alignment explanation
Indices: 1107--1637 Score: 724
Period size: 264 Copynumber: 2.0 Consensus size: 264
1097 AAAATTGAGG
* * *
1107 AAAAAATTTTCGGGTCAGCTTTTGGCCGAAATAGTGTACTAACCATCACCGTTTTTTTGCTAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAAATAGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAAAA
* * * * **
1172 ACGCGTTCTGAAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGCAAAAACTCCTTGAAATATCTA
65 ACGCGTTCCGAAGCCCAGGCACAAGTTTGCATGATTTTTGGCACAAAAACTCCTTGAAATATCTA
* * * * * * *
1237 TATTCATCGAATCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCT
130 TATTCATCAAACCAAATCTCAGCAACATAGGATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCT
* *
1302 TGTTTCGATTTAATTTGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
195 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAAAATG-AAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
1367 GCCCGTT
258 GCCCGTT
* * * * * *
1374 AAAAACTTTT-GGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACAG-TTTTGGCTTAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAAATAGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
* * *
1437 GGCGTTCCGGAGCCCAGGCACAAGTTTGCATGATTTTTGGCACAAATACTCCTTGAAATATCTAT
66 CGCGTTCCGAAGCCCAGGCACAAGTTTGCATGATTTTTGGCACAAAAACTCCTTGAAATATCTAT
* * * * *
1502 ATTCATCAAACCAAATCTCTGCAATATAGGATATAAGGATTTGTTTTTACTAGCATCTCAATCTT
131 ATTCATCAAACCAAATCTCAGCAACATAGGATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTT
*
1567 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC
196 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC
1632 CGTT
261 CGTT
1636 AA
1 AA
1638 TATTTTTGGC
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 33, Indels: 5
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
262 34 0.15
263 8 0.03
264 146 0.63
266 34 0.15
267 9 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (264 bp):
AAAAAATTTTCGGGTCAGCTTTTAGCCGAAATAGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
CGCGTTCCGAAGCCCAGGCACAAGTTTGCATGATTTTTGGCACAAAAACTCCTTGAAATATCTAT
ATTCATCAAACCAAATCTCAGCAACATAGGATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATCTCAATCTT
GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC
CGTT
Found at i:2435 original size:324 final size:320
Alignment explanation
Indices: 1374--5832 Score: 4948
Period size: 322 Copynumber: 13.9 Consensus size: 320
1364 AAAGCCCGTT
* *
1374 AAAAACTTTT-GGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACAG-TTTTGGCTTAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGC-TAAAA
* * * * * *
1437 GGCGTTCCGGAGCCCAGGCACAAGTTTGCATGATTTTTGGCACAAATACTCCTTGAAATATCTAT
65 AGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGGA-AAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * * *
1502 ATTCATCAAACCAAATCTCTGCAATATAGGATATAAGGATTTGTTTTTACTAGCATCTCAATCTT
129 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* *
1567 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-GAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
194 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
* ** * * *
1631 CCGTTAATATTTTTGGCGTAAAATTATATATTTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAAAATTGAGA
259 CCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
* * *
1693 AAAAGATTTTC-GGTTCAGTTTTTAGTCGAAATCGTGTACT----ATTACAGTTTTTGGCTAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTT-AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCT-AAA
* * * * * * *
1753 AAGTGTTCCGGAGTCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTTCGTGCAGAGACTCCTTAAAATATCTA
64 AAGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT-GGGAAAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * *
1818 TATTTATCGAACCAAATCTCAACAATATTGGATATAAGAATTTGTTATTT-CGAGCATCTCAATC
128 TATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTT-TTTACGAGCATCTGAATC
* * * * *
1882 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATAATGGAAAGATAATATTAGAAGTGTGAAA
192 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAA-AATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAA
* * * * * * * * *
1947 GGCCCGTCAATCTTTTT-GCATTGATTTATAAATCGTTTCTAT--CTATTGTTGCAAAAAATTCA
256 AGCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATAT--TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
*
2009 GG
319 GA
* * * *
2011 AAAAAATTTTCGGGTCAGCTTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
* * * *
2076 CGCGTTCAGAAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGAAAAAACTCCTTGAAGTATCTAT
66 -GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGG-GAAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * * * * *
2141 ATTCGTCGAATCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCTT
129 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
*
2206 GTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
194 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATG--AAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
* ** *
2271 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATAAATTTTTTATGAGTATTGTCACAAAAAACTGAGA
257 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
* * * *
2335 AAAAAATTTTCAGGTTAGTTTTTAGTCGAAATCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTAGCTAAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
* ** * * * *
2400 GACGTTCCGGTGCCCCATCTCAATTTTGCATGATTTTTTGCGCAAAGACTCCATGAAATATGTAT
66 G-CGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTTGGGAAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * * * *
2465 ATTCATCGAACCAAATGTCAGCCACATTGGATATACGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTT
129 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
** * * *
2530 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGTTAAAAAATGAAAAAAAAAGATATTAGATGTGTGAAAA
194 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATG--AAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
2595 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAA
257 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-A
* *** * * *
2659 AAAAAAATTTCGAACTAGTTTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGCTAAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * *
2724 GGCGTTCCGGAGCCCAGACTTAATTTTGCATGATTCTTGGCACAAAGA--CCTTGAAATATCTAT
66 -GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGGA-AAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* ** *
2787 ATTCATCGAACCAAATATCAGCAATATAAGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTT
129 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* * *
2852 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGGCGTGAACA
194 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GCAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAA-GCGTGAAAA
** * *
2917 GCCCGTTAATATTTTTGGGTTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
257 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
** * * * * *
2981 AAAAGCTTTTCGGGTCAGTTCTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCAGAGTTTTTGGCTAAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * * *
3046 TGTGTTCTGGAGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTAAAATATCTAT
66 -GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGG-GAAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * * *
3111 ATTCATCAAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTATTTTTTCGAGCATCTCAATCTT
129 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* * *
3176 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGC
194 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
* * * * * ** *
3241 CCGTCAATCTTTTT-GCATTGATTTATATATCAATTCTAT--GTATTGTTACAAAAAAATTGAGG
259 CCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATAT--TTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGA
* * * * * *
3303 AAAAAATTTTCGGGTCAGCTTTTGGCCGAAATCTTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * *
3368 CGCGTTCTGTAGCCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTAGTGCAAAA-ACTCCTTAAAATATCTA
66 -GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT-G-GGAAAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * * * * * * *
3432 TATTCATCGAATCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATAT
128 TATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT
* * * *
3497 TCTTTCGATTTAATTAGAACTTAAGTCGC------A--AAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAG
193 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* *
3554 CACGTTAATATTTTTGGCAATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAATATGAGAA
258 CCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT-TGAG--
3618 A
320 A
*
3619 AAAAAATTTT-GGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * * * *
3683 GGTGTTCCGGAGCCCAGGTTCAAGTTTACATGATTTTTGGCACAAATACTCCTTGAAATATCTAT
66 -GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGGA-AAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* ** *
3748 ATTTATCGAACCAAATCTCAGCAATATAAGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTT
129 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* *
3813 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAAATGAAAAAAAGATATTAGAAGCTTGAAAAG
194 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GCAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* * * * * *
3877 CCCGTTAATATTTTTGACGTTAAATTATATATTTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAAAATTGAGA
258 CCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
** * * * *
3940 AAAAGCTTTTC-GATTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATTACAGTTTTTTGCTGAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTT-AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCT-AAA
* * * * *
4004 AAGTGTTCCGGAGCCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTAGGCACAAAGACTCCTTAAAATATCTA
64 AAGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGGA-AAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * * *
4069 TATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAATGATTTATTTTTACGAGAATTTGAATCT
128 TATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT
* * * * *
4134 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATACG-GAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAGG
193 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* * * * * * * *
4198 CCCGTCAATCTTTTT-GCTTTGATTTATAAATCTTTTCTAT--GTATTGTTGCGAAAAATTGAGG
258 CCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATAT-TTTT-TATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
* * * * * *
4260 AAAAAA-TTTCGGGTCA-TCTTTTGGCCGAAATAGTGTACTAATCATCACGGTTTTTTTGCTAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGT-TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAAA
* * * * * *
4323 AACGCGTTCTGAAGCCACGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGATGCAAAA-TCACCTTGAAATATC
64 AA-GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG--GGAAAAGACTCCTTGAAATATC
* * * * * * *
4387 TATATTCATCGAATCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATTTGAAT
126 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT
4452 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAA
191 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATG-AAAAAATGATATTAGAAGCGTGAA
* *
4517 AAGCCCGTTAATATATTTGGCATTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
255 AAGCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
4582 A
320 A
* * *
4583 AAAAAATTTGCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTTGGCTAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAAAA
* *** *
4648 AGGCGTTCCGGAGCCCCGGCACAATTTTGCATGATTTTTGACTCAAAGACTTCTTGAAATATCTA
65 A-GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG-GGAAAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * * * * * * * *
4713 TATTTATTGAATCAAATGTCAGCCACATTGGATATACGAATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCT
128 TATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT
* * * *
4778 TCTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAATTGATATTAAAAACATGAAAA
193 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAA-TGATATTAGAAGCGTGAAAA
4843 GCCCGTTAATATTTTT-GCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAA
257 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-A
* * *
4907 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCACCATAGTTTTTGGCTAAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * *
4972 TGCGTTCCGAAACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTCGCACAAATACTCCTTGAAATATCTAT
66 -GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGGA-AAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* *
5037 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTT
129 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* * *
5102 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATA-TAGAAGCGTGAAAGGC
194 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
* * * * *
5166 CTGTCAATCTTTTT-GCATTGATTTATA-ATCTTTTCTATGA--A-T-T--------ATTCGAGG
259 CCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATAT-TTTT-TATGAGTATTGTGGCAAAAAATT-GAGA
* * * * * *
5217 AAAAAATTTTCGGCTTAGCTTTTGGCCGAAATAGTGTAATAACCATCACGGTTTATT-GCTAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTT-TTGGCTAAAA
* * *
5281 ACGCGTTCTGAAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGCAAAA-ACTCCTTAAAATATCT
65 A-GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGG-G-AAAAGACTCCTTGAAATATCT
* * *** * * * * *
5345 ATATTCATCGAATCAAATGTCAGCGGCATTGAATATAAGAATTTGCTTTTACGAACATTTGAATC
127 ATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
* * *
5410 TTCTTTCGATTTAATTAGAACTTAAGTCGC------A--AAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
192 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * *
5467 GCCCGTTACTATTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAACA-TGAGA
257 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAA-ATTGAGA
*
5531 AAATAAATTTTGGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAA
1 AAA-AAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAA
** * * * *
5596 AGGCGTTCCGGAGCCCAAGCTTAAGTTTGCATGATTTTTGGCACAAATACTCCTTGAAATATCTA
65 A-GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGGA-AAAGACTCCTTGAAATATCTA
* *
5661 TATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTGTTTTTTACGAGCATCTCAATC
128 TATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTG-TTTTTACGAGCATCTGAATC
* * * *
5726 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAG
192 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
* * * *
5791 GCCTGTCAATCTTTTT-GCATTGATTTATA-ATCTTTTCTATGA
257 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATAT-TTTT-TATGA
5833 ATTATTTGAG
Statistics
Matches: 3491, Mismatches: 533, Indels: 227
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
302 10 0.00
303 29 0.01
304 17 0.00
305 3 0.00
306 1 0.00
307 1 0.00
310 188 0.05
311 8 0.00
312 1 0.00
313 15 0.00
314 55 0.02
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316 62 0.02
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318 69 0.02
319 90 0.03
320 202 0.06
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322 825 0.24
323 484 0.14
324 789 0.23
325 8 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (320 bp):
AAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
GCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGGAAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
TCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCC
GTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
Found at i:2662 original size:646 final size:640
Alignment explanation
Indices: 1374--5819 Score: 5233
Period size: 646 Copynumber: 7.0 Consensus size: 640
1364 AAAGCCCGTT
* * * * *
1374 AAAAACTTTT-GGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACAG-TTTTGGCTTAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * *
1437 GGCGTTCCGGAGCCCAGGCACAAGTTTGCATGATTTTTGG-CACAAATACTCCTTGAAATATCTA
66 CGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTCA-AAAAACTCCTTGAAATATCTA
* * * * * * * * * *
1501 TATTCATCAAACCAAATCTCTGCAATATAGGATATAAGGATTTGTTTTTACTAGCATCTCAATCT
130 TATTCATCGAATCAAATGTCAGCAACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCT
* *
1566 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-GAAAAAATG-AAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
195 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
* ** * * *
1629 GCCCGTTAATATTTTTGGCGTAAAATTATATATTTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAAAATTGAGAA
260 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAA
* * *
1694 AAAGATTTTC-GGTTCAGTTTTTAGTCGAAATCGTGTACT----ATTACAGTTTTTGGCTAAAAA
325 AAAAATTTTCGGGTT-AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCT-AAAA
* * ** * * * *
1754 AGTGTTCCGGAGTCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTTCGTGCAGAGACTCCTTAAAATATCTAT
388 AGCGTTCCGGAGCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * *
1819 ATTTATCGAACCAAATCTCAACAATATTGGATATAAGAATTTGTTATTT-CGAGCATCTCAATCT
453 ATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTT-TTTACGAGCATCTCAATCT
* * *
1883 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATAATGGAAAGATAATATTAGAAGTGTGAAAG
517 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA-AATGAAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAG
* * * *
1948 GCCCGTCAATCTTTTTGCATTGATTTATAAATCGTTTCTATCTATTGTTGCAAAAAATTCAGG
581 GCCCGTCAATCTTTTTGCATTGATTTATATAT--TTT-TATGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG
* *
2011 AAAAAATTTTCGGGTCAGCTTTTGGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* * * *
2076 CGCGTTCAGAAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGAAAAAACTCCTTGAAGTATCTAT
66 CGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTCAAAAAACTCCTTGAAATATCTAT
* *
2141 ATTCGTCGAATCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCTT
131 ATTCATCGAATCAAATGTCAGCAACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCTT
*
2206 GTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
196 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATG-AAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
* ** *
2271 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATAAATTTTTTATGAGTATTGTCACAAAAAACTGAGAA
260 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAA
* * * *
2336 AAAAATTTTCAGGTTAGTTTTTAGTCGAAATCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTAGCTAAAAAG
325 AAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAG
* * * * *
2401 ACGTTCCGGTGCCCCATCTCAATTTTGCATGATTTTTTGCGCAAAGACTCCATGAAATATGTATA
390 -CGTTCCGGAGCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATA
* * * * * *
2466 TTCATCGAACCAAATGTCAGCCACATTGGATATACGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTG
454 TTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTG
** * * *
2531 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGTTAAAAAATGAAAAAAAAAGATATTAGATGTGTGAAAAG
519 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG--AAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAGG
* * * *
2596 CCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAA
582 CCCGTCAATCTTTTT-GCATTGATTTATATATTTTTAT--GTATTGTGGCAAAAAATTGAG-G
* ** * *
2659 AAAAAAATTTC-GAACTAGTTTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGATTTTGGCTAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTC-AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * * * * *
2723 AGGCGTTCCGGAGCCCAGACTTAATTTTGCATGATTCTTGG-CACAAAGA--CCTTGAAATATCT
65 ACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTCA-AAAAACTCCTTGAAATATCT
* * * ** *
2785 ATATTCATCGAACCAAATATCAGCAATATAAGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATC
129 ATATTCATCGAATCAAATGTCAGCAACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATC
* *
2850 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAATG-AAAAAACGATATTAGAAGGCGTGA
194 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GCAAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAA-GCGTGA
* ** * *
2914 ACAGCCCGTTAATATTTTTGGGTTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
257 AAAGCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA
** * * * * *
2979 GAAAAAGCTTTTCGGGTCAGTTCTTAGCCGAAATCATGTACTATCCATCAGAGTTTTTGGCTAAA
322 GAAAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAA
* * * *
3044 AATGTGTTCTGGAGTCCC-GACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTAAAATATC
387 AA-GCGTTCCGGAGCCCCAG-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATC
* * *
3108 TATATTCATCAAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTATTTTTTCGAGCATCTCAAT
450 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAAT
* *
3173 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAA
515 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAA
* **
3238 GGCCCGTCAATCTTTTTGCATTGATTTATATATCAATTCTATGTATTGTTACAAAAAAATTGAGG
580 GGCCCGTCAATCTTTTTGCATTGATTTATATAT---TTTTATGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGG
* * * *
3303 AAAAAATTTTCGGGTCAGCTTTTGGCCGAAATCTTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* * * * *
3368 CGCGTTCTGTAGCCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTAGTGC-AAAAACTCCTTAAAATATCTA
66 CGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGT-CAAAAAACTCCTTGAAATATCTA
* * * *
3432 TATTCATCGAATCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATAT
130 TATTCATCGAATCAAATGTCAGCAACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCT
* * * *
3497 TCTTTCGATTTAATTAGAACTTAAGTCGC---------AAAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAA
195 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAA
* *
3553 GCACGTTAATATTTTTGGCAATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAATATGAGA
260 GCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT-TGAG-
*
3617 AAAAAAAATTTT-GGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGGCTAAA
323 -AAAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAA
* * * * * *
3681 AAGGTGTTCCGGAG-CCCAGGTTCAAGTTTACATGATTTTTGGCACAAATACTCCTTGAAATATC
387 AA-GCGTTCCGGAGCCCCA-GCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATC
* **
3745 TATATTTATCGAACCAAATCTCAGCAATATAAGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAAT
450 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAAT
* *
3810 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGAAAAAAAGATATTAGAAGCT-TGAA
515 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAG-TGTGAA
* * * * * * * *
3874 AAGCCCGTTAATATTTTTGACGTTAAATTATATATTTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAAAATTGA-
579 AGGCCCGTCAATCTTTTTG-CATTGATTTATATA-TTTTT-AT-GTATTGTGGCAAAAAATTGAG
3938 G
640 G
* ** * * * *
3939 AAAAAGCTTTTCGATTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATTACAGTTTTTTGCTGAAA
1 AAAAA-ATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT-AAA
* * * * *
4004 AA-GTGTTCCGGAGCCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTAGG-CACAAAGACTCCTTAAAATATC
64 AACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTCA-AAAAACTCCTTGAAATATC
* * * * * ** *
4067 TATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAATGATTTATTTTTACGAGAATTTGAAT
128 TATATTCATCGAATCAAATGTCAGCAACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTGAAT
* * * *
4132 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATACG-GAAAAAATG-GAAAAATGATATTAGAAGTGTGAA
193 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAA
* * * * * * * *
4195 AGGCCCGTCAATCTTTTT-GCTTTGATTTATAAATCTTTTCTAT--GTATTGTTGCGAAAAATTG
258 AAGCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATAT-TTTT-TATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG
* * * * * * *
4257 AGGAAAAAA-TTTCGGGTCA-TCTTTTGGCCGAAATAGTGTACTAATCATCACGGTTTTTTTGCT
321 AGAAAAAAATTTTCGGGTTAGT-TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCT
* * * * ** *
4320 AAAAACGCGTTCTGAAGCCACGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGATGCAAA-ATCACCTTGAAAT
384 AAAAA-GCGTTCCGGAGCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGA-CTCCTTGAAAT
* * * * * * * *
4384 ATCTATATTCATCGAATCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATTTG
447 ATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTC
* *
4449 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAGCGT
512 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG-AAAAAATGATATTAGAAGTGT
* * * * *
4514 GAAAAGCCCGTTAATATATTTGGCATTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATT
576 GAAAGGCCCGTCAATCT-TTTTGCATTGATTTATATA-TTTTTAT--GTATTGTGGCAAAAAATT
*
4579 GAGA
637 GAGG
* * *
4583 AAAAAATTTGCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTTTGGCTAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAA
* * * * *
4648 AGGCGTTCCGGAGCCCCGGCACAATTTTGCATGATTTTTGACTC-AAAGACTTCTTGAAATATCT
65 ACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG-GTCAAAAAACTCCTTGAAATATCT
* * * * *
4712 ATATTTATTGAATCAAATGTCAGCCACATTGGATATACGAATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATC
129 ATATTCATCGAATCAAATGTCAGCAACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATC
* * * * *
4777 TTCTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAATTGATATTAAAAACATGAAA
194 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAA
4842 AGCCCGTTAATATTTTT-GCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGA
259 AGCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-
* * *
4906 AAAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAATAACCACCATAGTTTTTGGCTAAAA
323 AAAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAA
* * * * * *
4971 ATGCGTTCCGAAACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTCGCACAAATACTCCTTGAAATATCTA
388 A-GCGTTCCGGAGCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTA
*
5036 TATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCT
452 TATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCT
* *
5101 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATA-TAGAAGCGTGAAAGG
517 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAGG
* * * **
5165 CCTGTCAATCTTTTTGCATTGATTTATA-ATCTTT-TCTA---T-G--AATTATTCGAGG
582 CCCGTCAATCTTTTTGCATTGATTTATATATTTTTATGTATTGTGGCAAAAAATT-GAGG
* * * * * *
5217 AAAAAATTTTCGGCTTAGCTTTTGGCCGAAATAGTGTAATAACCATCACGGTTTATT-GCTAAAA
1 AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT-TTGGCTAAAA
* * *
5281 ACGCGTTCTGAAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGC-AAAAACTCCTTAAAATATCT
65 ACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGT-CAAAAAACTCCTTGAAATATCT
** * * *
5345 ATATTCATCGAATCAAATGTCAGCGGCATTGAATATAAGAATTTGCTTTTACGAACATTTGAATC
129 ATATTCATCGAATCAAATGTCAGCAACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATC
* * *
5410 TTCTTTCGATTTAATTAGAACTTAAGTCGC---------AAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAA
194 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAA
* * *
5466 AGCCCGTTACTATTTTCGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTATGGCAAAAACA-TGAG
259 AGCCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAA-ATTGAG
*
5530 AAAATAAATTTTGGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAA
323 AAAA-AAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAA
* * * * *
5595 AAGGCGTTCCGGAGCCCAAGCTTAAGTTTGCATGATTTTTGGCACAAATACTCCTTGAAATATCT
387 AA-GCGTTCCGGAGCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCT
*
5660 ATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTGTTTTTTACGAGCATCTCAAT
451 ATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTG-TTTTTACGAGCATCTCAAT
*
5725 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAA
515 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAA
*
5790 GGCCTGTCAATCTTTTTGCATTGATTTATA
580 GGCCCGTCAATCTTTTTGCATTGATTTATA
5820 ATCTTTTCTA
Statistics
Matches: 3256, Mismatches: 462, Indels: 192
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
624 41 0.01
625 201 0.06
626 71 0.02
627 42 0.01
632 1 0.00
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635 8 0.00
636 70 0.02
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (640 bp):
AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
CGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTCAAAAAACTCCTTGAAATATCTAT
ATTCATCGAATCAAATGTCAGCAACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCTT
GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG
CCCGTTAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAA
AAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAGC
GTTCCGGAGCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
CATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTT
TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGTGTGAAAGGCCCG
TCAATCTTTTTGCATTGATTTATATATTTTTATGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG
Done.