Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011071.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11092, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5962
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Found at i:1919 original size:963 final size:956
Alignment explanation
Indices: 4--2462 Score: 3157
Period size: 963 Copynumber: 2.6 Consensus size: 956
1 TTC
* * **
4 GGGTCAGTTTTTAGTCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACCCGTTCCG
1 GGGTTAGTTTTTAG-CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAAGACGTTCCG
* ** * * * *
69 GAGCCCCGGCTCAATTTTGCCCGATTCTTGGCGCAAAGTCTCCTTGAAATAACTATATTCATC-A
64 GAGCCCC-ACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCGA
* * *
133 AACAAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCAAT
128 AAC-AAATGTCAGCCATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
* *
198 TTAATTAGAAATTAATTAGGAAAAAAAT-GAAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCGTCAA
192 TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAA
* * * * * * *
262 TCTTTTAGACATTGAATTTTATACTTTTTCT-GGTATTGTGGGAAAAAATTGAAAAGAAAAAAAT
257 TCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TCTTTCTATGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAA-AAAAAAAT
* * * *
326 TCCGGATCAGTTTTTAGCCAAAATCATGTACTAATCATCACGGTGTTTGGCTAAAAACGTGTTCC
320 TTCGGATCAGTTTTT-GCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCC
* * * * * * *
391 GTAGCCCTGACTCAATTTTGCATGATATTTGGTGCAAAGTCTCCTTTAAATATGTATATTCATCT
383 GTAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTCGTGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCG
* *
456 AACCAAATGTCAACCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTAAGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
448 AACCAAATGTC-AGCACATTGGATAT-AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
* * *
521 TTAATTATAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAGCGATAGTAGAAGTCTGAAAAGCCCGTCAAT
511 TTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGATAGTAGAAGTCTGAAAAGCCCGTCAAT
** * ** * *
586 ATTTTTGATGTTGAATTATATATTTTTTCTGTGTATTGTTGAAAAAATCGAGAAAAAACCTTTCG
576 ATTTTTGACATTGAATTATATATTTTTTATGACTATAGTGGAAAAAATCGAGAAAAAACCTTTCG
* * * * * * *
651 GGTCAATTTTTAGCTGAAATCATGTATTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGAG
641 GCTCAATTTTTAACTGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTGCCGAAG
* * * * *
716 CCCCGACTTAATTTTGCATGTTTTTTGGCACAAAGACTTCTTAAAATATCTATATTTATAGAATA
706 CCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTAATAGAATA
* * *
781 AAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTAAACCTGTTTCGATTAATT
771 AAATGTCAGCCACATTGAATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATTTAAACCTCTTTCGATTAATT
* *
846 AGAAATTAATGCAAAAAATGAAAAATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTAATATTGTT
836 AGAAATTAATGCAAAAAATGAAAAAT--ATGATATTAGAAACATGAAAAGCCCGTTAATATTGTT
911 GGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAA-TTTA
899 GGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTA
* *
968 GGGTTAGTTTTTAGCCTAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGACGTTCCCGA
1 GGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGACGTTCCGGA
*
1033 GCCCCATCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTTATTGAAATATCTATATTCATCGAAA
66 GCCCCA-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCGAAA
* * * *
1098 CAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTA
130 CAAATGTCAGCCATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTA
* * * *
1163 ATCAGAAATTAATTCGGAATAAAAATGGAAAAAA-GATATTAGAAGTGTG-AATGCCCCGTCAGT
195 ATTAGAAATTAATTCGGAA-AAAAATGGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCCGTCAAT
* * * *
1226 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATCCTTTCTATGTATTGTGTCAAAAAGTTGAGAAAAAAAATTTT
258 CTTTTTGGCATTGAATTATATAT-CTTTCTATGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTT
* * * * * * *
1291 CGGGTCAGTTTTTGGCCGAAATTGTTTACTAACCATTACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCAG-
322 CGGATCAGTTTTT-GCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGT
* * *
1355 AGCCCCGACTCAATTTTGTATGATTTTTTGTGCAAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCGAA
385 AGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTCGTGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAA
* *
1420 CTAAATGTCAGCTACATTGGATATACGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTT
450 CCAAATGTCAGC-ACATTGGATATA-GGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTT
* ** * * *
1485 AATTAGAAATTAATTTGTTAAAAAATGAAAAAAAATGATATTAGAAG-CGTGAAAAGCCCGTTAA
513 AATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG--AAAAAACGATAGTAGAAGTC-TGAAAAGCCCGTCAA
* *
1549 TATTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGACTATAGTGGCAAAAAATCGAGAAAAAA-TTTT
575 TATTTTTGACATTGAATTATATATTTTTTATGACTATAGTGG-AAAAAATCGAGAAAAAACCTTT
* * * *
1612 CGGCTTAGTTTTTAACTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTGCTGA
639 CGGCTCAATTTTTAACTGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTGCCGA
* ** *
1677 AGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGCAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTAATCGAA
704 AGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTAATAGAA
* * *
1742 TCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCTTCTTTCGATTT
769 TAAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATTT-AAACCTCTTTCGA-TT
1807 AATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAAT-TGATATTAGAAACATGAAAAGCCCGTTAATA
832 AATTAGAAATTAA-T-GC-AAAAAATGAAAAATATGATATTAGAAACATGAAAAGCCCGTTAATA
* *
1871 TT-TTTGCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTC
894 TTGTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTA
* * * *
1932 GGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAAGGC-TTTCGGA
1 GGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGACGTTCCGGA
* * * *
1996 CCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTTCTTGAAATATCTATATTTATTGAAC
66 GCCCC-ACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCGAAA
* * *
2061 CAAATGTCAGCCATATTGGATATACGGATTTGCTTTTACGAGTATCTAAATCTTGTTTCGATTTA
130 CAAATGTCAGCCATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTA
* * * * * *
2126 ATTAGAAATTAATTC-GCAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCGTTAATAT
195 ATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCT
* * *
2190 TTTTGGCATTGAGTTATATAT-TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG--AAAAAACTTTC
260 TTTTGGCATTGAATTATATATCTTTCTAT--GTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTC
* * * *
2252 GGCTTAGTTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGTGTTCCGTAAC
323 GGATCAGTTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGTAGC
* * ** * * *
2317 CCCGGCTCAA-TTTGCATGATTTCTCGCACAAATACTCCATGAAATATCTATATTAATCGAACCA
388 CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTCGTGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCA
* *
2381 AATCTCAGCA-A-T--ATA-AGGATTTGTTTTTATCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATT
453 AATGTCAGCACATTGGATATAGGATTTGTTTTTA-CGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT
2441 AGAAATTAATTCGGAAAAAAAT
517 AGAAATTAATTCGGAAAAAAAT
2463 TTTGGGTTAG
Statistics
Matches: 1298, Mismatches: 171, Indels: 64
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
951 12 0.01
952 49 0.04
953 3 0.00
955 1 0.00
956 1 0.00
957 1 0.00
958 78 0.06
959 27 0.02
960 26 0.02
961 16 0.01
962 349 0.27
963 484 0.37
964 188 0.14
965 46 0.04
966 1 0.00
967 2 0.00
968 14 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (956 bp):
GGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAGACGTTCCGGA
GCCCCACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTTCTTGAAATATCTATATTCATCGAAAC
AAATGTCAGCCATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAA
TTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTT
TTTGGCATTGAATTATATATCTTTCTATGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGGA
TCAGTTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGTAGCCCC
GACTCAATTTTGCATGATTTTTCGTGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAAT
GTCAGCACATTGGATATAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
ATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGATAGTAGAAGTCTGAAAAGCCCGTCAATATTTTTGACA
TTGAATTATATATTTTTTATGACTATAGTGGAAAAAATCGAGAAAAAACCTTTCGGCTCAATTTT
TAACTGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTGCCGAAGCCCCGACTCA
ATTTTGCATGATTTTTGGCACAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTAATAGAATAAAATGTCAGC
CACATTGAATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATTTAAACCTCTTTCGATTAATTAGAAATTAAT
GCAAAAAATGAAAAATATGATATTAGAAACATGAAAAGCCCGTTAATATTGTTGGCATTGAATTA
TATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTA
Found at i:2333 original size:318 final size:319
Alignment explanation
Indices: 1--2462 Score: 2892
Period size: 318 Copynumber: 7.7 Consensus size: 319
* * *
1 TTCGGGTCAGTTTTTAGTCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACCCGTT
1 TTCGGGTTAGTTTTTAG-CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* ** * * *
66 CCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCCCGATTCTTGGCGCAAAGTCTCCTTGAAATAACTATATTCAT
64 CC-GAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * *
131 CAAACAAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTTAATCTTGTTTCA
128 CGAACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCG
* * * *
196 ATTTAATTAGAAATTAATTAGGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCGTCA
193 ATTTAATTAGAAATTAATT-CGAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTA
* * * * * * * *
261 ATCTTTTAGACATTGAATTTTATACTTTTTCTG-GTATTGTGGGAAAAAATTGAAAAGAAAAAAA
257 ATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTG---AGAAAAAAT
325 T
319 T
* * * * * * * *
326 TCCGGATCAGTTTTTAGCCAAAATCATGTACTAATCATCACGGTGTTTGGCTAAAAACGTGTTCC
1 TTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * * * * *
391 GTAGCCCTGACTCAATTTTGCATGATATTTGGTGCAAAGTCTCCTTTAAATATGTATATTCATCT
66 G-AGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCG
* * *
456 AACCAAATGTCAACCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTAAGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
130 AACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
* * ** * *
521 TTAATTATAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAGCGATAGTAGAAGTC-TGAAAAGCCCGTCAA
195 TTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAG-CGTGAAAAGCCCGTTAA
*** * * * * *
585 TATTTTTGATGTTGAATTATATATTTTTTCTGTGTATTGTTG-AAAAAATCGAGAAAAAACCT
258 TATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAA-TT
* * * * * * *
647 TTCGGGTCAATTTTTAGCTGAAATCATGTATTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCC
1 TTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * * * * *
712 GGAGCCCCGACTTAATTTTGCATGTTTTTTGGCACAAAGACTTCTTAAAATATCTATATTTATAG
66 -GAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCG
** * *
777 AATAAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATTTAAA-CCTGTTTCGA-
130 AACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
*
840 TTAATTAGAAATTAA-T-GCAAAAAATGAAAAATAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTA
195 TTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATG--AAA-AAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTA
* *
903 ATATTGTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGAAAAAAAT
257 ATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATT
* *
965 TTAGGGTTAGTTTTTAGCCTAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA-GACGTTC
1 TTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG-CGTT-
**
1029 CCGAGCCCC-ATCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTTATTGAAATATCTATATTCAT
64 CCGAGCCCCGA-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
* * * * * * *
1093 CGAAACAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTGTTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
128 CGAACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCG
* * *
1158 ATTTAATCAGAAATTAATTCGGAATAAAAATGGAAAAAA-GATATTAGAAGTGTG-AATGCCCCG
193 ATTTAATTAGAAATTAATTC-GAA-AAAAAT-GAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCCG
* * * * * * *
1221 TCAGTCTTTTTGGCGTTGAATTATATATCCTTTCTAT--GTATTGTGTCAAAAAGTTGAGAAAAA
254 TTAATATTTTTGGCATTGAATTATATAT--TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG--AAA
1284 AAATT
315 AAATT
* * * * * * *
1289 TTCGGGTCAGTTTTTGGCCGAAATTGTTTACTAACCATTACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCA
1 TTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * *
1354 GAGCCCCGACTCAATTTTGTATGATTTTTTGTGCAAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCGA
66 GAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGA
* * *
1419 ACTAAATGTCAGCTACATTGGATATACGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATT
131 ACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATT
* *
1484 TAATTAGAAATTAATTTGTTAAAAAATGAAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTAA
196 TAATTAGAAATTAATTCG-AAAAAAATG--AAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTAA
* * *
1549 TATTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGACTATAGTGGCAAAAAATCGAGAAAAAATT
258 TATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATT
* * * * *
1610 TTCGGCTTAGTTTTTAACTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTGCT
1 TTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * * *
1675 GAAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGTGCAAAAACTCCTTAAAATATCTATATTAATCG
66 G-AGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCG
* * * * * *
1740 AATCAAATGTCAGCCACATTGAATATAAGAATTTGCTTTTACGAGCATTTGAATCTTCTTTCGAT
130 AACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGAT
* * *
1805 TTAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAAATGAAAAATTGATATTAGAAACATGAAAAGCCCGTTAAT
195 TTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTAAT
1870 ATTTTT-GCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGAAAAAAATT
259 ATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG-AAAAAATT
* * * * *
1929 TTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACGATTTTTGGCTAAAAAGGCTTTCG
1 TTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * *
1994 GACCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTTCTTGAAATATCTATATTTATTGA
66 GAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGA
* * *
2059 ACCAAATGTCAGCCATATTGGATATACGGATTTGCTTTTACGAGTATCTAAATCTTGTTTCGATT
131 ACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATT
* *
2124 TAATTAGAAATTAATTCGCAAAAAATGAAAAAAATGATATTAGAAACGTGAAAAGCCCGTTAATA
196 TAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATG-AAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTAATA
* *
2189 TTTTTGGCATTGAGTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAACT
260 TTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATT
* * *
2249 TTCGGCTTAGTTTTT-GCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGTGTTCC
1 TTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * * * * * *
2312 GTAACCCCGGCTCAA-TTTGCATGATTTCTCGCACAAATACTCCATGAAATATCTATATTAATCG
66 G-AGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCG
* * *
2376 AACCAAATCTCAG---CA----ATATAAGGATTTGTTTTTATCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGA
130 AACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTA-CGAGCATCTAAATCTTGTTTCGA
2434 TTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAT
194 TTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAAT
2463 TTTGGGTTAG
Statistics
Matches: 1839, Mismatches: 253, Indels: 102
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
311 17 0.01
312 40 0.02
313 8 0.00
315 1 0.00
316 9 0.00
317 10 0.01
318 415 0.23
319 241 0.13
320 113 0.06
321 283 0.15
322 159 0.09
323 384 0.21
324 139 0.08
325 20 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (319 bp):
TTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
GAGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGA
ACCAAATGTCAGCCACATTGGATATAAGGATTTGCTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATT
TAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTAATAT
TTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAATT
Found at i:3271 original size:319 final size:321
Alignment explanation
Indices: 2462--3682 Score: 1923
Period size: 323 Copynumber: 3.8 Consensus size: 321
2452 CGGAAAAAAA
* ** * * *
2462 TTTTGGGTT-AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAGCATCACAGTTTTTGGCTAAAAAGGCGTT
1 TTTTCGGTTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATTACAGTTTTTGGCTAAAAAAGTGTT
* * * * *
2526 CCGGAG-CCTAGGCTCAAGTTTACATGATTTCTGGCACAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCA
66 CCGGAGCCCT-GGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCA
* *
2590 TCGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTGTTTTTGCGAGCATCTCAATCTTGTTTC
130 TCGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTC
*
2655 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATGAAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGT
195 GATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATG-AAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGT
2720 TAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAATATTGAGAAAAAGC
259 TAATATTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAA-ATTGAGAAAAAGC
* * *
2784 CTTTCGGTTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATTATCAATTACAGTTTTTGGCTAAAAAAGTGTT
1 TTTTCGGTTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATTACAGTTTTTGGCTAAAAAAGTGTT
* *
2849 CCGGAGCCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTAGGCACAAAGACTCCGTAAAATATCTATATTCAT
66 CCGGAGCCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAT
* *
2914 CGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCG
131 CGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
*
2979 ATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCGTTA
196 ATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTA
3044 ATATTTTTGGCGTTAAATTATATA-TTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAAATTGAGAAAAAGC
261 ATATTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAAATTGAGAAAAAGC
*
3104 TTTTCGGTTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTATTATCCATTACAGTTTTT-GCTAAAAAAGTGTT
1 TTTTCGGTTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATTACAGTTTTTGGCTAAAAAAGTGTT
*
3168 CCGGAGCCCTGGCTCAATTTTGTATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAT
66 CCGGAGCCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAT
* * * * *
3233 CGAACCAAGTCTCAGTAATATAGGATATAAGGATTTATTTTTACGAGCATTTGAATCTTGCTTCG
131 CGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
**
3298 ATTTAATTA-AAATTAATTCGGAAAAAAAATGAAAAAATAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTT
196 ATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTT
* * *
3362 AATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTTAGTTTTTTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAC
260 AATATTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTTAGTATTTTGGC-AAAAATTGAG-AAAAAGC
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3426 TTTTCGGTTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATTACAATTTTTGGCTAAAAAAGTGTT
1 TTTTCGGTTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATTACAGTTTTTGGCTAAAAAAGTGTT
* * *
3491 CCGGAGCCCTGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGACTCCTTAAAATATCCATATTCAT
66 CCGGAGCCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAT
* * *
3556 CAAACCAAATCTCAGCAATATTGGATATAAGGATTTATTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
131 CGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
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3621 ATTTAATTAGAAATTAATACGG-AAAAAATGGAAAAATGTTATTAGAAGCATGAAAGGCCCGT
196 ATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGT
3683 CAATGTATTG
Statistics
Matches: 835, Mismatches: 56, Indels: 16
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
318 12 0.01
319 210 0.25
320 79 0.09
321 33 0.04
322 153 0.18
323 334 0.40
324 14 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (321 bp):
TTTTCGGTTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATTACAGTTTTTGGCTAAAAAAGTGTT
CCGGAGCCCTGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCAT
CGAACCAAATCTCAGCAATATAGGATATAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTCG
ATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTTA
ATATTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTTAGTATTTTGGCAAAAATTGAGAAAAAGC
Done.