Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011103.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11124, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5479
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.32
Found at i:703 original size:327 final size:328
Alignment explanation
Indices: 18--1676 Score: 1886
Period size: 327 Copynumber: 5.1 Consensus size: 328
8 ATATTTTTTC
* * * * *
18 AGATGAATATAGATATTTCAACGAGATTTGGTGCAAAAATTCATGCAAAACTGAGCCGGTG-TCT
1 AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCTC-
* *
82 CGAAACACG-TTTTATTCC-AAAAAACGGTGACGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCA
65 CGAAACACGTTTTTA-GCCAAAAAAACGGTGA--G-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * *
145 AAAATTGACCCGAAATTA-TTTTCCGCAATTTTT-GTCAAAATACTTATAAAAATATATAATTCA
126 AAAATTGACCCGAAAGTATTTTTCC-CAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCA
* * * * * *
208 ATGTCAAAAAGA-TGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTTGAATTGAT
190 ACGTCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTGAATTAAT
* * * * *
272 TTCAAATTAGATAG-AATCAA-A-GC--ATGCTTGAAAAAACAAATCCTTAGATCCAATCTGGCT
255 TTCAAATTAGATTGAAAT-AAGATTCATATGCTCGAAAAAACAAATTCTTA-ATCCAATATGGCT
332 GAGATTTAGG-T
318 GAGATTT-GGTT
* * * * *
343 AGATGAATATAGATATTTCAAGGAAATTTGGCGCCAAAAATCATGCAAGACTGAGCCGGGTCTCC
1 AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCTCC
* * *
408 AAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAACGGTGA-T-CTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAAT
66 GAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAACGGTGAGTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
*
471 TGACCCAAAAGTATTTTTCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGTCA
131 TGACCCGAAAGTATTTTTCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGTCA
* * *
536 AAAATATTGAAGGGCTTTTAATGCTTTTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTGAATTAATTTCAAA
196 AAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTGAATTAATTTCAAA
* *
601 TTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAATTCAATTATGACTGAGATTT
261 TTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAATCCAA-TATGGCTGAGATTT
666 GGTT
325 GGTT
* * * * * *
670 AAATGAATATAGAAATTTCAAGGTGACTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTTAGACGGGGCTCT
1 AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCTCC
* ***** *
735 GAAACGCGTTTTTAG-CAAAAGAAAAAAAAAGGT-GATACACGATTTGGGCTAAAATTTTGC-AA
66 GAAACACGTTTTTAGCCAAAA-AAACGGTGA-GTAG-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
*
797 AATTGACCCGAAAGT-TTTTTCCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCAT-AAAATATATAATTCAAT
128 AATTGACCCGAAAGTATTTTT-CCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAAC
** * * * *
860 GTCAAAAAGATTGAACAGCTTTTAACGCTTCTAATACCATTTTTCCTTTTTTATTTTGAATTAAT
192 GTCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATC-GTTTTCCCTATTT-TTTTGAATTAAT
* *
925 TTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAAAAACAAATTCTTGAATCCAATGTGTCTG
255 TTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAAAAACAAATTCTT-AATCCAATATGGCTG
**
990 AGATTTTTTT
319 AGATTTGGTT
* * * *
1000 AGATGTATATAGATATTTCAAGGAGACTTGACGCAAAAAATCAAGGAAAACTGAGCCGGGGC-CC
1 AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCTCC
* * * * *
1064 TAAA-ACGCGTTTTAGCC-AAAAAACGGTGATGGTTAGTATACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAT
66 GAAACACG-TTTTTAGCCAAAAAAACGGTGA--G-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* * **
1127 AAACTGACCCGAAAGTA-TTTTCCCTTATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAGCATATAATTCAA
127 AAATTGACCCGAAAGTATTTTTCCC-AATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAA
* * *
1191 CATCAAAAAGATTGAAGGGGTTTTCAA-GCATCTAATATCGTTTT-CCT-TTTTTTT-AATTAAT
191 CGTCAAAAAGATTGAAGGGCTTTT-AACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTGAATTAAT
* * *
1252 TTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG
255 TTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAAAAACAAATTCTT-AATCCAATATGGCTG
1317 AGATTTGGTT
319 AGATTTGGTT
* * * ** * * *
1327 AGATAAATATAGATATTTCAAGGACACTTGGAGCTGAATATCATGCAAAACTTAGCTGGGGCTCC
1 AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCTCC
* * *
1392 GAAATACGTTTTTAGCCAAAAAAAAATGGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
66 GAAACACGTTTTTAGCC--AAAAAAACGGTGA-G--TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * * *
1457 AAAATTGACCCGAAAGTATGTTGCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAGTATATAATTCAA
126 AAAATTGACCCGAAAGTATTTTTCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAA
* * * * *
1522 CG-AAAAAATATTGAAGGGCATTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTA-TTTTTTGAATTAATT
191 CGTCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTGAATTAATT
* * * *
1585 TGAAATTAAATTGAAATAAGATTCACATGCTCGAGAAAACAAATTCTTAAAT-CAAT-TGAGGCT
256 TCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAAAAACAAATTCTT-AATCCAATAT--GGCT
1648 GAGATTTGGTT
318 GAGATTTGGTT
*
1659 AGATGAATATGGATATTT
1 AGATGAATATAGATATTT
1677 TAAAGAAATT
Statistics
Matches: 1138, Mismatches: 152, Indels: 81
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
321 48 0.04
322 45 0.04
323 60 0.05
324 4 0.00
325 64 0.06
326 31 0.03
327 231 0.20
328 76 0.07
329 74 0.07
330 215 0.19
331 156 0.14
332 132 0.12
333 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (328 bp):
AGATGAATATAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCTCC
GAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAACGGTGAGTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
TGACCCGAAAGTATTTTTCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGTCA
AAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTGAATTAATTTCAAA
TTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAATCCAATATGGCTGAGATTTG
GTT
Found at i:1269 original size:657 final size:655
Alignment explanation
Indices: 119--1676 Score: 1951
Period size: 657 Copynumber: 2.4 Consensus size: 655
109 TGACGGTTAG
* * *
119 TACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-TTATTTTCCGCAATTTTT-GTCA
1 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTT-TTTTCCCCAATTTTTGGCCA
* *
182 AAATACTTATAAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGA-TGAATGACTTTTCACGCTTCTAATAT
65 AAATACTCAT-AAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGAAAG-CTTTTCACGCTTCTAATAT
* * * * *
246 CGTTTTTCCTATTTTTTTGAATTGATTTCAAATTAGATAG-AATCAA-A-GC-ATGCTTGAAAAA
128 CGTTTTTCCTTTTTTTTTGAATTAATTTCAAATTAGATTGAAAT-AAGATTCAATGCTCGAAAAA
* * * *
307 ACAAATCCTTAGATCCAATCTGGCTGAGATTTAGGTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAAATTT
192 ACAAATTCTTA-ATCCAATGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAAACTT
* * * * *
372 GGCGCCAAAAATCATGCAAGACTGAGCCGGGTCTCCAAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAACGGTG
256 GACGCAAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCAAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAACGGTG
* *
437 ATCTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTGACCCAAAAGTATTTTTCCCAATTTTTGGC
321 ATCTACACAATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAACTGACCCAAAAGTATTTTTCCCAATTTTTGGC
* * * * *
502 CAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAATATTGAAGGGCTTTTAATGCTTTTAAT
386 CAAAATACTCATAAAAACATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAATGCATCTAAT
567 ATCGTTTTCCCTATTTTTTTGAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAA
451 ATCGTTTTCCCTATTTTTTTGAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAA
* * * **
632 AAACAAATTCTT-AATTCAATTATGACTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGAAATTTCAAGGTGA
516 AAACAAATCCTTAAATCCAA-TATGACTGAGATTTGGTTAAATAAATATAGAAATTTCAAGGACA
* * *
696 CTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTTAGAC-GGGGCTCTGAAACGCGTTTTTAGCAAAAGAAAA
580 CTTGGAGCAAAAAATCATGCAAAACTTAG-CTGGGGCTCCGAAACACGTTTTTAGC-AAA-AAAA
760 AAAAAG-G-TG-A-
642 AAAAAGTGATGTAT
*
770 TACACGATTTGGGCTAAAATTTTGC-AAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCCCAATTTTTGGCCAA
1 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCCCAATTTTTGGCCAA
* * *
834 AATACTCATAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGAACAGCTTTTAACGCTTCTAATACCA
66 AATACTCATAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGAA-AGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
899 TTTTTCCTTTTTTATTTTGAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAAAA
130 TTTTTCC-TTTTT-TTTTGAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCA-ATGCTCGAAAAA
* ** * *
964 ACAAATTCTTGAATCCAATGTGTCTGAGATTTTTTTAGATGTATATAGATATTTCAAGGAGACTT
192 ACAAATTCTT-AATCCAATGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAAACTT
* *
1029 GACGCAAAAAATCAAGGAAAACTGAGCCGGGGC-CCTAAAACGCG-TTTTAGCC-AAAAAACGGT
256 GACGCAAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCTCC-AAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAACGGT
* * * * * *
1091 GATGGTTAGTATACAATTTCGGCTAAAATTTTGCATAAACTGACCCGAAAGTA-TTTTCCCTTAT
320 GA----T-CTACACAATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAACTGACCCAAAAGTATTTTTCCC-AAT
* *
1155 TTTTGGCCAAAATACTCATAAAAGCATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGGGTTTTCAA-G
379 TTTTGGCCAAAATACTCATAAAAACATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTT-AATG
1219 CATCTAATATCGTTTT-CCT-TTTTTTT-AATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATAT
443 CATCTAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTGAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATAT
* * * * *
1281 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTC
508 GCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGACTGAGATTTGGTTAAATAAATATAGAAATTTC
** * * *
1346 AAGGACACTTGGAGCTGAATATCATGCAAAACTTAGCTGGGGCTCCGAAATACGTTTTTAGCCAA
573 AAGGACACTTGGAGCAAAAAATCATGCAAAACTTAGCTGGGGCTCCGAAACACGTTTTTAGCAAA
**
1411 AAAAAAATGGTGATGATTAT
638 AAAAAAAAAGTGATG--TAT
* * * *
1431 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTATGTTGCTCAATTTTTGGCCAA
1 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCCCAATTTTTGGCCAA
* * * * *
1496 AATACTCATAAAAGTATATAATTCAACG-AAAAAATATTGAAGGGCATTTCACGCTTCTAATATC
66 AATACTCATAAAA-TATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGAA-AGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* * * *
1560 GTTTTTCC-TATTTTTTGAATTAATTTGAAATTAAATTGAAATAAGATTCACATGCTCGAGAAAA
129 GTTTTTCCTTTTTTTTTGAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCA-ATGCTCGAAAAAA
* * *
1624 CAAATTCTTAAAT-CAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTT
193 CAAATTCTT-AATCCAA-TGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTT
1677 TAAAGAAATT
Statistics
Matches: 785, Mismatches: 91, Indels: 54
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
650 56 0.07
651 66 0.08
652 5 0.01
653 26 0.03
654 4 0.01
655 21 0.03
656 14 0.02
657 238 0.30
658 17 0.02
659 101 0.13
660 114 0.15
661 26 0.03
662 84 0.11
663 13 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (655 bp):
TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTTTTCCCCAATTTTTGGCCAA
AATACTCATAAAATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGAAAGCTTTTCACGCTTCTAATATCGT
TTTTCCTTTTTTTTTGAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCAATGCTCGAAAAAACAA
ATTCTTAATCCAATGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAAACTTGACGC
AAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGGCTCCAAAACACGTTTTTAGCCAAAAAAACGGTGATCTA
CACAATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAACTGACCCAAAAGTATTTTTCCCAATTTTTGGCCAAAA
TACTCATAAAAACATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAATGCATCTAATATCGT
TTTCCCTATTTTTTTGAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCATATGCTCGAAAAAACA
AATCCTTAAATCCAATATGACTGAGATTTGGTTAAATAAATATAGAAATTTCAAGGACACTTGGA
GCAAAAAATCATGCAAAACTTAGCTGGGGCTCCGAAACACGTTTTTAGCAAAAAAAAAAAAGTGA
TGTAT
Found at i:1920 original size:280 final size:280
Alignment explanation
Indices: 1414--1956 Score: 856
Period size: 280 Copynumber: 1.9 Consensus size: 280
1404 TAGCCAAAAA
* * * *
1414 AAAATGGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTATGTT
1 AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTAACCCGAAAGTATGTT
* * * * * *
1479 GCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAGTATATAATTCAACGAAAAAATATTGAAGGGCATT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAAAACCCATAAAAATATATAATTCAACGAAAAAATACTGAAGGGCATT
*
1544 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTGAAATTAAATTGAAATAAGATTC
131 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATTC
* * *
1609 ACATGCTCGAGAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATA
196 ACATGCTCGAGAAAAAAAATTCTTAAATCAATTAAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATA
1674 TTTTAAAGAAATTTGGCGCC
261 TTTTAAAGAAATTTGGCGCC
* * *
1694 AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTAACCCGACATTATTTT
1 AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTAACCCGAAAGTATGTT
* *
1759 CCCCAATTTTT-GCGTAAAAAACCCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATACTGAAGGGCT
66 CCCCAATTTTTGGC-CAAAAAACCCATAAAAATATATAATTCAACGA-AAAAATACTGAAGGGCA
*
1823 TTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGAT
129 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGAT
* *
1888 TTACATGCTCGA-AAAAAAAATTCTTAAATCAATTAAGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
194 TCACATGCTCGAGAAAAAAAATTCTTAAATCAATTAAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
1952 TATTT
259 TATTT
1957 CAAGGAGACT
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 22, Indels: 4
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
279 2 0.01
280 148 0.62
281 89 0.37
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (280 bp):
AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTAACCCGAAAGTATGTT
CCCCAATTTTTGGCCAAAAAACCCATAAAAATATATAATTCAACGAAAAAATACTGAAGGGCATT
TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATTC
ACATGCTCGAGAAAAAAAATTCTTAAATCAATTAAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATA
TTTTAAAGAAATTTGGCGCC
Found at i:2287 original size:611 final size:608
Alignment explanation
Indices: 1083--2287 Score: 1507
Period size: 611 Copynumber: 2.0 Consensus size: 608
1073 TTTTAGCCAA
* * * * * *
1083 AAAACGGTGATGGTTAGTATACAATTTCGGCTAAAATTTTGCATAAACTGACCCGAAAGTATTTT
1 AAAACGGTGATGATTACTACACAATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAACTAACCCGAAAGTATTTT
** * * * * *
1148 CCCTTATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAGCATATAATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGGGTT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAAAACCCATAAAAACATATAATTCAACATCAAAAAGACTGAAGGGCTT
* *
1213 TTCAAGCATCTAATATCGTTTTCCTTTTTTTTAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGATTCA
131 TTCAAGCATCTAATATCGTTTTCCTTTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATTCA
* *
1278 TATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATAT
196 CATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATAT
*** * * * * *
1343 TTCAAGGACACTTGGAGCTGAATATCATGCAAAACTTAGCTGGGGCTCCGAAATACGTTTTTAGC
261 TTCAAGGACACTTGGAGAAAAAAATCATACAAAACTTAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGC
* * *
1408 CAAAAAAAAATGGTGATGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAG
326 C--AAAAAAACGGTGATGAGTA-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAG
* * * * *
1473 TATGTTGCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAGTATATAATTCAACGAAAAAATATTGAAG
388 TATGTTCCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGAAAAAAGATTGAAA
* * *
1538 GGCATTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTGAAATTAAATTGAAATA
453 GGCATTTAACGCTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATA
* * * * *
1603 AGATTCACATGCTCGAGAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
518 AAATACACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGCTTAGAAGAATA
*
1668 TGGATATTTTAAAGAAATTTGGCGCC
583 TAGATATTTTAAAGAAATTTGGCGCC
* * * *
1694 AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTAACCCGACATTATTTT
1 AAAACGGTGATGATTACTACACAATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAACTAACCCGAAAGTATTTT
* * *
1759 CCCCAATTTTT-GCGTAAAAAACCCATAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAATACTGAAGGGC
66 CCCCAATTTTTGGC-CAAAAAACCCATAAAAACATATAATTCAAC-ATCAAAAAGACTGAAGGGC
* *
1822 TTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGA
129 TTTTCAAGCATCTAATATCG-TTTTCCT-TTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGA
* * * *
1887 TTTACATGCTCG-AAAAAAAAATTCTTAAAT-CAAT-TAAGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
192 TTCACATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGT--GGCTGAGATTTGGTTAGATAAATAT
* * * *
1949 AGATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAA-TTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCG
255 AGATATTTCAAGGACACTTGGAG-AAAAAAATCATACAAAACTT-AGCCGGGGCCCCGAAACACG
*
2013 TTTTTAGCC-AAAAAACGGTGATGGGTA-A-ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
318 TTTTTAGCCAAAAAAACGGTGATGAGTATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
* * * *
2075 AAAAGTATTTTCCCCAATTTTTGGTCAAAATACTTATAAAAATATATAATTCAATAC-CAAAAAG
383 AAAAGTATGTTCCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTC-A-ACGAAAAAAG
* * * * **
2139 ATTGAAATGCTTTTAACGCTTCAAATATTGTTTTTCCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTTG
446 ATTGAAAGGCATTTAACGCTTCAAATATCGTTTTTCC-TATTTTT-TGAATTAATTTCAAATTAA
* * *
2204 ATTGAAATAAAATACATATGCTCGAAAAAAGC-AATTCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTTT
509 ATTGAAATAAAATACACATGCTCGAAAAAA-CAAATTCTTAAAT-CAATTGAGGCTGAGA-TTTG
2267 CTTAGAAGAATATAGATATTT
571 CTTAGAAGAATATAGATATTT
2288 CAACGAGACT
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 73, Indels: 30
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
607 79 0.16
608 38 0.08
609 8 0.02
610 81 0.16
611 150 0.30
612 70 0.14
613 80 0.16
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (608 bp):
AAAACGGTGATGATTACTACACAATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAACTAACCCGAAAGTATTTT
CCCCAATTTTTGGCCAAAAAACCCATAAAAACATATAATTCAACATCAAAAAGACTGAAGGGCTT
TTCAAGCATCTAATATCGTTTTCCTTTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATTCA
CATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATAT
TTCAAGGACACTTGGAGAAAAAAATCATACAAAACTTAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGC
CAAAAAAACGGTGATGAGTATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGTAT
GTTCCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGAAAAAAGATTGAAAGGC
ATTTAACGCTTCAAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAAA
TACACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGCTTAGAAGAATATAG
ATATTTTAAAGAAATTTGGCGCC
Found at i:4106 original size:330 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1694--5479 Score: 5321
Period size: 330 Copynumber: 11.5 Consensus size: 331
1684 ATTTGGCGCC
* * * * * *
1694 AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTAACCCGACATTATTTT
1 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
* * * *
1759 CCCCAATTTTT-GCGTAAAAAACCCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATACTGAAGGGCT
66 CCCCAATTTTTGGC-CAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCT
* *
1823 TTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGAT
130 TTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGAT
* *
1888 TTACATGCTCGAAAAAA-AAATTCTTAAATCAATTAAGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
195 TTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
* *
1952 TATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
260 TATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTT
2017 TAGCCAA
325 TAGCCAA
* *
2024 AAAACGGTGATGG---GTAAACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGTATTTT
1 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
* * * * **
2086 CCCCAATTTTTGGTCAAAATACTTATAAAAATATATAATTCAA-TACCAAAAAGATTGAAATGCT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAATATTGAAGGGCT
* * * **
2150 TTTAACGCTTC-AAATATTGTTTTTCCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTTGATTGAAATAA
130 TTTCACGCTTCTAAA-ATCGTTTTTCC-TATTTTT-TGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAA
* ** * * ** *
2214 AATACATATGCTCGAAAAAAGC-AATTCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTTTCTTAGAAGAA
192 GATTTACATGCTCGAAAAAA-CAAATTCTTAAAT-CAATTGAGGCTGAGA-TTTGGTTAGATGAA
* * * * * * * *
2277 TATAGATATTTCAACGAGACTTAGTG--CAAAAATTCATGCAAAACTAAGCCGGTGCCCTGAAAC
254 TATAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATT-ATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAAC
* *
2340 ACGTTTTAAACCAA
318 ACGTTTTTAGCCAA
* * * * * *
2354 AAAACGGTGAAGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTCTGCAAAAACTGACCCGAAATTATTTT
1 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
* * * * * * * * * *
2419 CCTCAATTTTT-GTCAAAATAATTATAAACATATATAATTCAATGTCAAAAAGATTGAATGACTT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTT
* * * *
2483 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAATTTTTTTTGAATTGATTTCAAATTAGATAG-AATCAA
131 TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCT-A--TTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAAT-AA
*
2547 -A---GCATGCTCGAAAAAACAAA-TCTTGAAATCCAATCT--GGCTGAGATTTAGG-TAGATGA
192 GATTTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTT-AAAT-CAAT-TGAGGCTGAGATTT-GGTTAGATGA
* * ** * * * * * * *
2604 ATATAGATATTTCAAGGAAATTTGGCG-CTAAAAATCATGCAAGACTGAGACGGGTCTCCAAAAC
253 ATATAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAAC
*
2668 ACGTTTTTAACCAAA
318 ACGTTTTTAGCC-AA
* * * * *
2683 AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTTGGCTAAAATATTGCAAAAATTGACCCAAAAGTATTTT
1 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
* * * * * * *
2748 TCTCAACTTTTGGCCAAAATACTAATAAAAATATATAATTAAACGTCAAAAATATAGAAGGGCTT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTT
* * ** * * *
2813 TTAACGCTTTTATTACCG-TTTT-CTATTTTTTTTAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGAT
131 TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTA-TTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGAT
* * * * * **
2876 TCACATGCTTGAAAAAA-AAATTCTTAATTAAATT-ATGGCTGCGATTTAATTAGATGAATATAG
195 TTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGA-GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
* * * *
2939 AAATTTCAAGGAGACTTGGCG-AAAAAAA-TATTGCAAAACTAAGCCGGGGCCCCAAAACACGTT
259 ATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTA-TACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTT
*
3002 TTTAACCAA
323 TTTAGCCAA
* * *
3011 AAAACGGTGATGGTTGGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTATTTT
1 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
3076 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTT
* *
3141 TTCACGCTTCAAAAATTGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTG----AA-ATT
131 TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATT
*
3201 TACAAGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
196 TACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
**
3266 ATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGTTCCGAAACACGTTTTT
261 ATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTT
3331 AGCC-A
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* *
3336 AAAACGGTGATGGTTACGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAACTTGACCCGAAATTATTT
1 AAAACGGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTT
3401 TCCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCT
65 TCCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCT
*
3466 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAAATAAGA
130 TTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTG-AAATAAGA
*
3531 TTTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAG
194 TTTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
* *
3596 ATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTT
259 ATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTT
3661 TTAGCCAAA
324 TTAGCC-AA
* * *
3670 AAAACGATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAACTTGACCCGAAATTATTTT
1 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
* *
3735 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATGTATAATTCAACGACAAAAATATTAAAGGGCTT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTT
3800 TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATT
131 TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATT
*
3865 TACATGCTCGAAAAAACAAATTATTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
196 TACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * *
3930 ATTTCAAGGATACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAACTCGTTTTT
261 ATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTT
3995 AGCC-A
326 AGCCAA
* * *
4000 AAAACGGTGATTGTTAGTACACGATTTCGACTTAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
1 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
4065 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTT
* *
4130 TTCACACTTCAAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATT
131 TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATT
* *
4195 TACATGCTCGAAAAAGCAAATTCTTAAATCAATTGAGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
196 TACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * *
4260 ATTTCAAGGAGAATTGGCGAAAAAAAATAATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTT
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* *
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1 AA-AACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTT
* *
4398 TCCCCAATTTCTGGCCAAAATACTCATAAAAATATAAAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCT
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* *
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130 TTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGAT
* *
4528 TTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTAAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGA
195 TTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
* *
4593 TATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTAAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
260 TATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTT
4658 TAGCCAAAA
325 TAGCC--AA
*
4667 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAGTTATTTT
1 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
* *
4732 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCAT-AAAATATATAATTCAATGACAAAAATATTTAAGGGCTT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTT
* *
4796 TTCACGCTTCAAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAAAAAGATT
131 TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATT
* *
4861 TACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATTTAGAT
196 TACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
*
4926 ATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCTCCGAAACACGTTTTT
261 ATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTT
4991 AGCCAA
326 AGCCAA
* * *
4997 AAAACGGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAACTTGACCCGAAATTATTTT
1 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
* * * * *
5062 CCCCAATTTTT-GCGCAAAATACACATACAAATATATAATTCAATGATAAAAATATTGAATGGCT
66 CCCCAATTTTTGGC-CAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCT
* *
5126 TTTCACGCTTCTAAAATAGTTTTTCTTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGAT
130 TTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGAT
** * *
5191 TTACATGCTCGAAAAAACAAAATT-TTAAATCAATTGAGGCTGATTTTTCGTTAGATAAATATAG
195 TTACATGCTCGAAAAAAC-AAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
* * *
5255 ATATTTCAAGGAGACATGACG-AAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACCCGTTT
259 ATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTT
**
5319 TTAGCTGA
324 TTAGCCAA
* * *
5327 AAATCGATGATGGCTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
1 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
* * *
5392 CCCCAATTATTT-GCCAAAATACTCATAAAAATATAAAATTCAACGACAAAAATATCGAAGGGTT
66 CCCCAATT-TTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCT
5456 TTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTT
130 TTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTT
Statistics
Matches: 3108, Mismatches: 288, Indels: 120
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
324 16 0.01
325 77 0.02
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328 210 0.07
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Consensus pattern (331 bp):
AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTATTTT
CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAGGGCTT
TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATT
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ATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTT
AGCCAA
Found at i:4759 original size:997 final size:991
Alignment explanation
Indices: 1694--5479 Score: 5340
Period size: 997 Copynumber: 3.8 Consensus size: 991
1684 ATTTGGCGCC
* *
1694 AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTAACCCGACATTATTTT
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* * * * *
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* *
1823 TTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGAT
130 TTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGAT
* *
1888 TTACATGCTCGAAAAAAAAATTCTTAAATCAATTAAGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
195 TTACATGCTCGAAAAAAAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* *
1953 ATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTT
260 ATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTT
*
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* * * *
2080 TATTTTCCCCAATTTTTGGTCAAAATACTTATAAAAATATATAATTCAA-TACCAAAAAGATTGA
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** * * * **
2144 AATGCTTTTAACGCTTCAAATATTGTTTTTCCTTTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTTGATTGA
454 AGGGCTTTTCACGCTTCAAAAATTGTTTTTCC-TATTTTT-TGAATTAATTTCAAATTAAATTGA
* ** * * **
2209 AATAAAATACATATGCTCGAAAAAAGC-AATTCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTTTCTTAG
517 AATAAGATTTACATGCTCGAAAAAA-CAAATTCTTAAAT-CAATTGAGGCTGAGA-TTTGGTTAG
* * * * * * * * * *
2272 AAGAATATAGATATTTCAACGAGACTTAGTG-CAAAAATTCATGCAAAACTAAGCCGGTGCCCTG
579 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGAATTGGCGAAAAAAATT-ATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCG
* * * * * * *
2336 AAACACGTTTTAAACCAAAAAACGGTGAAGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAATTCTGCAAAAA
643 AAACACGTTTTTAGCCAAAAAACGATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
* * * * * * * * * * *
2401 CTGACCCGAAATTATTTTCCTCAATTTTTGTCAAAATAATTATAAACATATATAATTCAATGTCA
708 TTGACCCAAAATTATTTTCCCCAATTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATAAAATTCAACGACA
* * * * *
2466 AAAAGATTGAATGACTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTAATTTTTTTTGAATTGATTTCA
773 AAAATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCT-A--TTTTTTGAATTAATTTCA
* * * *
2531 AATTAGATAG-AATCAA-A---GCATGCTCGAAAAAACAAA-TCTTGAAATCCAATCT--GGCTG
835 AATTAAATTGAAAT-AAGATTTACATGCTCGAAAAAACAAATTC-TAAAAT-CAAT-TGAGGCTG
* * * ** * * *
2588 AGATTTAGG-TAGATGAATATAGATATTTCAAGGAAATTTGGCG-CTAAAAATCATGCAAGACTG
896 AGATTT-GGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTG
* * * * * *
2651 AGACGGGTCTCCAAAACACGTTTTTAACCAAA
960 AGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAA
* * *
2683 AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTTGGCTAAAATATTGCAAAAATTGACCCAAAAGTATTTT
1 AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTGACCCGAAATTATTTT
* * * * * *
2748 TCTCAACTTTTGGCCAAAATACTAATAAAAATATATAATTAAACGTCAAAAATA-TAGAAGGGCT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTA-AAGGGCT
* * ** * * *
2812 TTTAACGCTTTTATTACCG-TTTT-CTATTTTTTTTAATTAATTTCAAATTAGATTGAAATAAGA
130 TTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTA-TTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGA
* * * * * **
2875 TTCACATGCTTGAAAAAAAAATTCTTAATTAAATT-ATGGCTGCGATTTAATTAGATGAATATAG
194 TTTACATGCTCGAAAAAAAAATTCTTAAATCAATTGA-GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
* * * *
2939 AAATTTCAAGGAGACTTGGCG-AAAAAAA-TATTGCAAAACTAAGCCGGGGCCCCAAAACACGTT
258 ATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTA-TACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTT
* * *
3002 TTTAACCAAAAAACGGTGATGGTTGGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
322 TTTAGCCAAAAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAA
3067 AAGTATTTTCCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATT
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3132 GAAGGGCTTTTCACGCTTCAAAAATTGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTG-
452 GAAGGGCTTTTCACGCTTCAAAAATTGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGA
*
3196 ---AA-ATTTACAAGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATG
517 AATAAGATTTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATG
* **
3257 AATATAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGTTCCGAAA
582 AATATAGATATTTCAAGGAGAATTGGCG-AAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAA
* *
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* *
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*
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*
3516 AAATTGAAAATAAGATTTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTG
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*
3581 GTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAATTGAGCCGGGG
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968 CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAA
* * * * *
3670 AAAACGATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAACTTGACCCGAAATTATTTT
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*
3735 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATGTATAATTCAACGACAAAAATATTAAAGGGCTT
66 CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTAAAGGGCTT
3800 TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATT
131 TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATT
*
3865 TACATGCTCGAAAAAACAAATTATTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
196 TACATGCTCGAAAAAA-AAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * *
3930 ATTTCAAGGATACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGTCCCGAAACTCGTTTTT
260 ATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTT
* * * *
3995 AGCC-AAAAACGGTGATTGTTAGTACACGATTTCGACTTAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAT
325 AGCCAAAAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAG
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* *
4124 GGGCTTTTCACACTTCAAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAAT
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* *
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* *
4254 ATAGATATTTCAAGGAGAATTGGCGAAAAAAAATAATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACGC
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*
4319 GTTTTTAGCCAAAAAAGAACGATGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTG
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* *
4449 AATATTGAAGGGCTTTTCTCGCTTCTAAAATCGTTTTTACTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTA
775 AATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTA
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*
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* * *
4667 AAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-AAAGTTATTT
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* *
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* *
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* *
4860 TTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATTTAGA
195 TTACATGCTCGAAAAAA-AAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
*
4925 TATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCTCCGAAACACGTTTT
259 TATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTT
* * *
4990 TAGCCAAAAAACGGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAACTTGACCCGAAA
324 TAGCCAAAAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAA
* * * * *
5055 TTATTTTCCCCAATTTTT-GCGCAAAATACACATACAAATATATAATTCAATGATAAAAATATTG
389 GTATTTTCCCCAATTTTTGGC-CAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTG
* * * *
5119 AATGGCTTTTCACGCTTCTAAAATAGTTTTTCTTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAA
453 AAGGGCTTTTCACGCTTCAAAAATTGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAA
** * *
5184 ATAAGATTTACATGCTCGAAAAAACAAAATT-TTAAATCAATTGAGGCTGATTTTTCGTTAGATA
518 ATAAGATTTACATGCTCGAAAAAAC-AAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATG
*
5248 AATATAGATATTTCAAGGAGACA-TGACGAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAA
582 AATATAGATATTTCAAGGAGA-ATTGGCGAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAA
* ** * *
5312 CCCGTTTTTAGCTGAAAATCGATGATGGCTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTG
646 CACGTTTTTAGCCAAAAAACGATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTG
*
5377 ACCCAAAATTATTTTCCCCAATTATTTGCCAAAATACTCATAAAAATATAAAATTCAACGACAAA
711 ACCCAAAATTATTTTCCCCAATT-TTGGCCAAAATACTCATAAAAATATAAAATTCAACGACAAA
* *
5442 AATATCGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTT
775 AATATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTT
Statistics
Matches: 2528, Mismatches: 219, Indels: 96
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
981 25 0.01
982 56 0.02
983 122 0.05
984 84 0.03
985 6 0.00
986 67 0.03
987 226 0.09
988 190 0.08
989 367 0.15
990 170 0.07
991 3 0.00
993 144 0.06
994 133 0.05
996 420 0.17
997 496 0.20
998 19 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (991 bp):
AAAACGGTGATGATTACTACACGATTTCGGCTAAAATATTGCAAAAATTGACCCGAAATTATTTT
CCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTAAAGGGCTT
TTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATAAGATT
TACATGCTCGAAAAAAAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATA
TTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGTTTTTA
GCCAAAAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGT
ATTTTCCCCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGACAAAAATATTGAAG
GGCTTTTCACGCTTCAAAAATTGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGAAATA
AGATTTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
TAGATATTTCAAGGAGAATTGGCGAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACACGT
TTTTAGCCAAAAAACGATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCA
AAATTATTTTCCCCAATTTTGGCCAAAATACTCATAAAAATATAAAATTCAACGACAAAAATATT
GAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAAATCGTTTTTCCTATTTTTTGAATTAATTTCAAATTAAATTGA
AATAAGATTTACATGCTCGAAAAAACAAATTCTAAAATCAATTGAGGCTGAGATTTGGTTAGATG
AATTTAGATATTTCAAGGAGACTTGGCGAAAAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAA
CGCGTTTTTAGCCAAA
Done.