Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01011183.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11204, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3949
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.20, T:0.31


Found at i:750 original size:50 final size:51

Alignment explanation


    Indices: 684--799  Score: 166
    Period size: 50  Copynumber: 2.3  Consensus size: 51

        674 ATCTTTAGCT

                    *                                          
        684 AAAAGATGGGATTTTTGATTAAGTTGTAAATAAGAATGGAATTTTTAAATG
          1 AAAAGATGAGATTTTTGATTAAGTTGTAAATAAGAATGGAATTTTTAAATG

                                         *          *       *  
        735 AAAA-ATGAGATTTTTGATTAAGTTGTAATTAAGAATGGACTTTTTAAGTG
          1 AAAAGATGAGATTTTTGATTAAGTTGTAAATAAGAATGGAATTTTTAAATG

                             
        785 -AAAGATTGA-ATTTTT
          1 AAAAGA-TGAGATTTTT

        800 TAAGTAAGTT


Statistics
Matches: 59,  Mismatches: 4, Indels: 5
        0.87            0.06        0.07

Matches are distributed among these distances:
  49    3  0.05
  50   49  0.83
  51    7  0.12

ACGTcount: A:0.40, C:0.01, G:0.20, T:0.40


Consensus pattern (51 bp):   
AAAAGATGAGATTTTTGATTAAGTTGTAAATAAGAATGGAATTTTTAAATG

Found at i:1534 original size:35 final size:35

Alignment explanation


    Indices: 1495--2167  Score: 880
    Period size: 35  Copynumber: 19.3  Consensus size: 35

       1485 TTTAAAAGAA

                       *                       
       1495 GGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                                  *            
       1530 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                         *                     
       1565 GGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                                    *          
       1600 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAGCTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                       *                       
       1635 GGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                        *            *         
       1670 GGTAATTAAGTATGTCAGTAAT-AATTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                         *                    *
       1704 GGTAATTAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAA
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                         *  *     *            
       1739 GGTAATTAAGTAATTCGGTAATTAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                                        *         
       1774 GGT-ATTAAGTAAGTCAGTAATAAGCAAATTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT---CAACTTAATTCAG

                      *  *        *  *         
       1811 GGTAATTAAGCAATTCAGTAATAAATTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                                               
       1846 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                                     *          
       1881 GGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT-AGCTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TCAACTTAATTCAG

                         *        *            
       1912 GGTAATTAAGTAATTCAGTAATAAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                       *           *           
       1947 GGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCCACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                             *    *            
       1982 GGTAATTAAGTAAGTCAATAATAAACTTAATTCAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                       *                    *  
       2017 GGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTAATTTAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                         *  *     *           *
       2052 GGTAATTAAGTAATTCGGTAATTAACTTAATTCAA
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                       *   * *        *     *  
       2087 GGTAATTAAGTGAGTTAATAATCAACCTAATTTAG
          1 GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

                               *                  
       2122 GG-AAGTTAAGT-AGTTCAATAAGT-AACTTAATTCAG
          1 GGTAA-TTAAGTAAG-TCAGTAA-TCAACTTAATTCAG

              *        
       2157 GGAAATTAAGT
          1 GGTAATTAAGT

       2168 TTAGTAAGAA


Statistics
Matches: 560,  Mismatches: 63, Indels: 30
        0.86            0.10        0.05

Matches are distributed among these distances:
  31   27  0.05
  32    2  0.00
  34   53  0.09
  35  445  0.79
  36    3  0.01
  37   14  0.03
  38   16  0.03

ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.18, T:0.33


Consensus pattern (35 bp):   
GGTAATTAAGTAAGTCAGTAATCAACTTAATTCAG

Found at i:2232 original size:56 final size:55

Alignment explanation


    Indices: 2147--2283  Score: 136
    Period size: 58  Copynumber: 2.4  Consensus size: 55

       2137 CAATAAGTAA

                        *    *    *                  *                 
       2147 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTTTAGTAAGAAGC-AG-AGATTAT-AGAGAATAAAATGG
          1 CTTAATTCAGGGTAATTGAG-TCAGTAAGAAGCAAGAAGATAATCAG-GAAT-AAA-GG

                                           *                 *        
       2203 CTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAATCAGTAATAAAGG
          1 CTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAG-TAAGAAGC-AAG-AAGATAATCAGGAATAAAGG

                                   
       2261 CTTAATTCAGGGTAATTGAGTCA
          1 CTTAATTCAGGGTAATTGAGTCA

       2284 ATTTAAAAAA


Statistics
Matches: 69,  Mismatches: 6, Indels: 10
        0.81            0.07        0.12

Matches are distributed among these distances:
  55    3  0.04
  56   25  0.36
  58   27  0.39
  59    3  0.04
  60    9  0.13
  61    2  0.03

ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.22, T:0.28


Consensus pattern (55 bp):   
CTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTAAGAAGCAAGAAGATAATCAGGAATAAAGG
Done.