Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011225.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11246, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17340
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.16, T:0.35
Found at i:1410 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1380--1466 Score: 79
Period size: 26 Copynumber: 3.2 Consensus size: 26
1370 GTAATCAGTA
1380 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
1 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
* * *
1406 AATCAG-AGTTAAAGTAATAGTAATCAG-TA
1 AATCAGTAATT-AAGTAA-A--AA-GAGATT
*
1435 AACCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
1 AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
1461 AATCAG
1 AATCAG
1467 AGTCAAAGTG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 8, Indels: 14
0.68 0.12 0.21
Matches are distributed among these distances:
25 5 0.11
26 20 0.43
27 1 0.02
28 1 0.02
29 14 0.30
30 5 0.11
ACGTcount: A:0.52, C:0.07, G:0.16, T:0.25
Consensus pattern (26 bp):
AATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATT
Found at i:1432 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 1364--1542 Score: 286
Period size: 55 Copynumber: 3.3 Consensus size: 55
1354 GGAAATCAAG
*
1364 GTAATAGTAATCAGTAAATCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTTAAA
1 GTAATAGTAATCAGTAAACCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTTAAA
*
1419 GTAATAGTAATCAGTAAACCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTCAAA
1 GTAATAGTAATCAGTAAACCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTTAAA
* * * * * *
1474 GTGACAGTAATCAGTAAACCAGTAATTAAGTAAAAGGAAATTAGTCAGAGTTAAG
1 GTAATAGTAATCAGTAAACCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTTAAA
1529 GTAATAGTAATCAG
1 GTAATAGTAATCAG
1543 CAAATAGGTA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 11, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 113 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (55 bp):
GTAATAGTAATCAGTAAACCAGTAATTAAGTAAAAAGAGATTAATCAGAGTTAAA
Found at i:2475 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2451--2533 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 3.9 Consensus size: 22
2441 ATCACTATTT
2451 TACTGATTA-TTCTTTACTTTG
1 TACTGATTACTTCTTTACTTTG
*
2472 TACTGATTAGTAT-TTTACTCTTG
1 TACTGATTACT-TCTTTACT-TTG
*
2495 T--TGATTACCTTC-TTACTTTT
1 TACTGATTA-CTTCTTTACTTTG
2515 TACTGATTACTAT-TTTACT
1 TACTGATTACT-TCTTTACT
2534 CTTTGCTAAT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 2, Indels: 17
0.73 0.03 0.24
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.06
21 23 0.45
22 20 0.39
23 5 0.10
ACGTcount: A:0.20, C:0.16, G:0.08, T:0.55
Consensus pattern (22 bp):
TACTGATTACTTCTTTACTTTG
Found at i:2532 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 2448--2554 Score: 80
Period size: 22 Copynumber: 5.0 Consensus size: 22
2438 ACCATCACTA
2448 TTTTACTGATTA-T-TCTTTACT
1 TTTTACTGATTACTAT-TTTACT
* *
2469 TTGTACTGATTAGTATTTTACT
1 TTTTACTGATTACTATTTTACT
* *
2491 CTTGT--TGATTACCT-TCTTACT
1 -TTTTACTGATTA-CTATTTTACT
2512 TTTTACTGATTACTATTTTACT
1 TTTTACTGATTACTATTTTACT
* * * *
2534 CTTTGCTAATTACCATTTTAC
1 TTTTACTGATTACTATTTTAC
2555 CCTTTCAGGT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 13
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.04
21 25 0.36
22 37 0.53
23 5 0.07
ACGTcount: A:0.21, C:0.17, G:0.07, T:0.55
Consensus pattern (22 bp):
TTTTACTGATTACTATTTTACT
Found at i:2840 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 2771--3075 Score: 497
Period size: 55 Copynumber: 5.5 Consensus size: 55
2761 CATTTTAACT
2771 CTTAATTA-TCGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
1 CTTAATTACT-GATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
* *
2826 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATTTCTTTTCA
1 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
* *
2881 CTTAATTATTGATTTACTGATTACTATTACTTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
1 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
*
2936 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAAT-TTTTTTTCA
1 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTT-A
* * *
2991 CTTAATTATTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATTTCTTTTCA
1 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
*
3046 CTTAATTACTGATTTACTGATTTCTATTAC
1 CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTAC
3076 TCTTTACTGA
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 14, Indels: 6
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
54 6 0.03
55 221 0.95
56 6 0.03
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (55 bp):
CTTAATTACTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTA
Found at i:2897 original size:110 final size:110
Alignment explanation
Indices: 2771--3075 Score: 556
Period size: 110 Copynumber: 2.8 Consensus size: 110
2761 CATTTTAACT
*
2771 CTTAATTATCGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
1 CTTAATTATTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
2836 GATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATTTCTTTTCA
66 GATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATTTCTTTTCA
*
2881 CTTAATTATTGATTTACTGATTACTATTACTTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
1 CTTAATTATTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
*
2946 GATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATTTTTTTTCA
66 GATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATTTCTTTTCA
* *
2991 CTTAATTATTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATTTCTTTTCACTTAATTACT
1 CTTAATTATTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
*
3056 GATTTACTGATTTCTATTAC
66 GATTTACTGATTACTATTAC
3076 TCTTTACTGA
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 7, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
110 188 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (110 bp):
CTTAATTATTGATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATCTCTTTTTACTTAATTACT
GATTTACTGATTACTATTACCTTGACTCTGATTAATTTCTTTTCA
Found at i:7967 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7933--7969 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
7923 ATCGGACCGA
7933 CGATTGAACCGGTCGAAC
1 CGATTGAACCGGTCGAAC
7951 CGATTGAACC-G-CGAAC
1 CGATTGAACCGGTCGAAC
7967 CGA
1 CGA
7970 CAAGGGATCC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.42
17 1 0.05
18 10 0.53
ACGTcount: A:0.30, C:0.30, G:0.27, T:0.14
Consensus pattern (18 bp):
CGATTGAACCGGTCGAAC
Found at i:9800 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 9774--9817 Score: 70
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
9764 AGAACCAACT
*
9774 ATGGGTTTCTATAATTGGTTA
1 ATGGGTGTCTATAATTGGTTA
*
9795 ATGGGTGTCTATAGTTGGTTA
1 ATGGGTGTCTATAATTGGTTA
9816 AT
1 AT
9818 TCCTTTTAAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.05, G:0.27, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
ATGGGTGTCTATAATTGGTTA
Found at i:10139 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 10084--10204 Score: 167
Period size: 36 Copynumber: 3.4 Consensus size: 36
10074 AATTAAGTTC
*
10084 TTTATTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCTTTTA
1 TTTACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCTTTTA
* * *
10120 TTGACTCCACTTAACTACCCTGAATTAAG--TTTT-
1 TTTACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCTTTTA
* *
10153 TTTATTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCCTTTA
1 TTTACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCTTTTA
10189 TTTACTCTACTTAATT
1 TTTACTCTACTTAATT
10205 TCCTTCTCTG
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 10, Indels: 6
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 25 0.35
34 4 0.06
35 3 0.04
36 40 0.56
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (36 bp):
TTTACTCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCTTTTA
Found at i:10176 original size:69 final size:68
Alignment explanation
Indices: 10047--10202 Score: 215
Period size: 69 Copynumber: 2.3 Consensus size: 68
10037 AGGTTAAGTT
* * * *
10047 CTTTATTGACTACATTTAATTACTCGTAATTAAGTTCTTTATTCTACTTAATTACCCTGAATTAA
1 CTTTATTGACTCCACTTAACTACCCGTAATTAAGTTCTTTATTCTACTTAATTACCCTGAATTAA
10112 GCC
66 GCC
* *
10115 TTTTATTGACTCCACTTAACTACCC-TGAATTAAGTTTTTTTATTCTACTTAATTACCCTGAATT
1 CTTTATTGACTCCACTTAACTACCCGT-AATTAAG-TTCTTTATTCTACTTAATTACCCTGAATT
10179 AAGCC
64 AAGCC
* *
10184 CTTTATTTACTCTACTTAA
1 CTTTATTGACTCCACTTAA
10203 TTTCCTTCTC
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 9, Indels: 3
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
67 1 0.01
68 27 0.35
69 49 0.64
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (68 bp):
CTTTATTGACTCCACTTAACTACCCGTAATTAAGTTCTTTATTCTACTTAATTACCCTGAATTAA
GCC
Found at i:10308 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 10200--11422 Score: 1307
Period size: 39 Copynumber: 32.9 Consensus size: 39
10190 TTACTCTACT
*
10200 TAATTTCCTT-CTCTGAAATTAAGTCTGTGCCTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCT-TGAAATTAAGTCAGT--CTTTCTTTACC
* *
10241 TAATTTCC-ACCTTGAAATTAAGTTAGTCTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
10279 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
* *
10318 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAATCAGTCTTTCTTTAGC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
10353 TAATTTCCCTT--TTCGAAATTAAGTCAGTC-TTCTTTACT
1 TAATTT-CCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
10391 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTAACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
10426 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
10461 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
10496 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCATTCTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
10535 TAATTTCCTT-TTTCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
10574 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATT-TTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCT-TTCTTTACC
* *
10609 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCCTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
10644 TAATTTCCTT-CTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
* * * *
10682 AAATTTCCCT-CTTCGAAATTAAGTCAGTCTTGCTTAACC
1 TAATTTCCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
10721 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
10756 TAATTTCCTTCCTTCAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
10795 TAATTTCCCTT--TTCAAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
1 TAATTT-CCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
* * * *
10834 AAATTTCCCT-CTTCGAAATTAAGTCAGTCTTGCTTAACC
1 TAATTTCCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
* *
10873 TAA--T--TTCCTTGAAACTAAGTCAGTCTATC-TTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
* * *
10907 TAATTTCCTTCCTTCAAATTAAGTTAGTCTTTCTTTAGC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
10946 TAATTTCCCTT--TTCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
1 TAATTT-CCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
10985 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
11020 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
* *
11059 TAATTTCCCTT--TTCGAAATTAAGTCAGTCATTATTTACC
1 TAATTT-CCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
11098 TAA--T--TTCCTTGAAATTGAA-TCAGTCTATT-TTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATT-AAGTCAGTCT-TTCTTTACC
* *
11133 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGCCTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
11168 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTAAGTCTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
11207 TAATTTCCTT-CTTCGAAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACT
1 TAATTTCCTTCCTT-G-AAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
11247 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTATATT-TTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCT-TTCTTTACC
*
11282 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
11317 TAATTTCCTT-CTTCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
*
11356 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGCCTATT-TTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCT-TTCTTTACC
*
11391 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTTT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTT
11423 TGACTGCTTT
Statistics
Matches: 1035, Mismatches: 76, Indels: 148
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
33 2 0.00
34 33 0.03
35 391 0.38
36 30 0.03
37 17 0.02
38 107 0.10
39 393 0.38
40 52 0.05
41 10 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (39 bp):
TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACC
Found at i:10333 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 10213--11422 Score: 1381
Period size: 35 Copynumber: 32.7 Consensus size: 35
10203 TTTCCTTCTC
*
10213 TGAAATTAAGTCTGTGCCTTTCTTTACCTAATTTCCACCT
1 TGAAATTAAGTCAGT--CTTTCTTTACCTAATTT---CCT
*
10253 TGAAATTAAGTTAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAA--T--TTCCT
*
10292 TGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACCTAATTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
* *
10327 TGAAATTAAATCAGTCTTTCTTTAGCTAATTTCCCTTT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT-CC--T
*
10365 TCGAAATTAAGTCAGTC-TTCTTTACTTAATTTCCT
1 T-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
*
10400 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTAACCTAATTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
10435 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
*
10470 TGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACCTAATTTCCTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAA--T--TTCCT
*
10509 TGAAATTAAGTCATTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTTT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCC---T
10547 TCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
1 T-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
10583 TGAAATTAAGTCAGTCTATT-TTTACCTAATTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCT-TTCTTTACCTAATTTCCT
* *
10618 TGAAATTAAGTCAGTCTATCCTTACCTAATTTCCTTCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT-C--CT
*
10656 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCAAATTTCCCTCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT--C-CT
* *
10694 TCGAAATTAAGTCAGTCTTGCTTAACCTAATTTCCT
1 T-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
*
10730 TGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACCTAATTTCCTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAA--T--TTCCT
*
10769 TCAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCCTTT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT-CC--T
* *
10807 TCAAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCAAATTTCCCTCT
1 T-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT--C-CT
* *
10846 TCGAAATTAAGTCAGTCTTGCTTAACCTAATTTCCT
1 T-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
* *
10882 TGAAACTAAGTCAGTCTATC-TTACCTAATTTCCTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAA--T--TTCCT
* * *
10920 TCAAATTAAGTTAGTCTTTCTTTAGCTAATTTCCCTTT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT-CC--T
10958 TCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
1 T-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
*
10994 TGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACCTAATTTCCTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAA--T--TTCCT
11033 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCCTTT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT-CC--T
* *
11071 TCGAAATTAAGTCAGTCATTATTTACCTAATTTCCT
1 T-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
11107 TGAAATTGAA-TCAGTCTATT-TTTACCTAATTTCCT
1 TGAAATT-AAGTCAGTCT-TTCTTTACCTAATTTCCT
* *
11142 TGAAATTAAGTCAGCCTATCTTTACCTAATTTCCTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAA--T--TTCCT
*
11181 TGAAATTAAGTAAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT-C--CT
*
11219 TCGAAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACTTAATTTCCT
1 T-G-AAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
*
11256 TGAAATTAAGTCAGTATATT-TTTACCTAATTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCT-TTCTTTACCTAATTTCCT
*
11291 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACTTAATTTCCTTCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT-C--CT
11329 TCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
1 T-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
*
11365 TGAAATTAAGTCAGCCTATT-TTTACCTAATTTCCT
1 TGAAATTAAGTCAGTCT-TTCTTTACCTAATTTCCT
*
11400 TGAAATTAAGTCAGTCTATCTTT
1 TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTT
11423 TGACTGCTTT
Statistics
Matches: 1030, Mismatches: 68, Indels: 149
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
34 29 0.03
35 406 0.39
36 38 0.04
37 17 0.02
38 104 0.10
39 389 0.38
40 44 0.04
41 1 0.00
42 2 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (35 bp):
TGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCT
Found at i:10349 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 10200--11422 Score: 1391
Period size: 74 Copynumber: 16.5 Consensus size: 74
10190 TTACTCTACT
*
10200 TAATTTCCTT-CTCTGAAATTAAGTCTGTGCCTTTCTTTACCTAATTTCCACCTTGAAATTAAGT
1 TAATTTCCTTCCT-TGAAATTAAGTCAGT--CTTTCTTTACCTAATTT---CCTTGAAATTAAGT
*
10264 TAGTCTTTCTTTACC
60 CAGTCTTTCTTTACC
* *
10279 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAATCAGTCT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCT
*
10344 TTCTTTAGC
66 TTCTTTACC
*
10353 TAATTTCCCTT--TTCGAAATTAAGTCAGTC-TTCTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGT
1 TAATTT-CCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGT
*
10415 CTTTCTTAACC
64 CTTTCTTTACC
10426 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCT
*
10487 ATCTTTACC
66 TTCTTTACC
*
10496 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCATTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTTTTCGAAATTAAGTCA
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCC---TT-GAAATTAAGTCA
10561 GTCTTTCTTTACC
62 GTCTTTCTTTACC
10574 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATT-TTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCT-TTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTC
* *
10634 TATCCTTACC
65 TTTCTTTACC
*
10644 TAATTTCCTT-CTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCAAATTTCCCTCTTCGAAATTAAGTCA
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT--C-CTT-GAAATTAAGTCA
* *
10708 GTCTTGCTTAACC
62 GTCTTTCTTTACC
* *
10721 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTCAAATTAAGTCA
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCA
10782 GTCTTTCTTTACC
62 GTCTTTCTTTACC
* *
10795 TAATTTCCCTT--TTCAAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCAAATTTCCCTCTTCGAAATTAAGT
1 TAATTT-CCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT--C-CTT-GAAATTAAGT
* *
10858 CAGTCTTGCTTAACC
60 CAGTCTTTCTTTACC
* * * *
10873 TAA--T--TTCCTTGAAACTAAGTCAGTCTATC-TTACCTAATTTCCTTCCTTCAAATTAAGTTA
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCA
*
10933 GTCTTTCTTTAGC
62 GTCTTTCTTTACC
10946 TAATTTCCCTT--TTCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGT
1 TAATTT-CCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGT
*
11009 CTATCTTTACC
64 CTTTCTTTACC
11020 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCCTTTTCGAAATTAAGTCA
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT-CC--TT-GAAATTAAGTCA
* *
11085 GTCATTATTTACC
62 GTCTTTCTTTACC
*
11098 TAA--T--TTCCTTGAAATTGAA-TCAGTCTATT-TTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATT-AAGTCAGTCT-TTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGT
*
11157 CTATCTTTACC
64 CTTTCTTTACC
*
11168 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTAAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTCTTCGAAAATTAAGTC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTT-C--CTT-G-AAATTAAGTC
*
11233 AGTCTTTCTTTACT
61 AGTCTTTCTTTACC
*
11247 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTATATT-TTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCT-TTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTC
*
11307 TTTCTTTACT
65 TTTCTTTACC
*
11317 TAATTTCCTT-CTTCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGCC
1 TAATTTCCTTCCTT-GAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTC
11381 TATT-TTTACC
65 T-TTCTTTACC
*
11391 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTTT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTT
11423 TGACTGCTTT
Statistics
Matches: 998, Mismatches: 66, Indels: 169
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
68 2 0.00
69 15 0.02
70 146 0.15
71 9 0.01
72 10 0.01
73 123 0.12
74 379 0.38
75 59 0.06
76 16 0.02
77 72 0.07
78 115 0.12
79 50 0.05
80 2 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (74 bp):
TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCT
TTCTTTACC
Found at i:11461 original size:109 final size:108
Alignment explanation
Indices: 10196--11422 Score: 936
Period size: 113 Copynumber: 11.0 Consensus size: 108
10186 TTATTTACTC
* ** *
10196 TACTTAATTTCCTTCTCTGAAATTAAGTCTGTGCCTTTCTTTACCTAATTTCCACCTTGAAATTA
1 TACTTAATTTCCTTCT-TCAAATTAAGTCAAT--CTGTCTTTACCTAATTT---CCTTGAAATTA
*
10261 AGTTAGTC-T-TTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
60 AGTCAG-CATATT-TTTACCTAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
* * * * * *
10314 TACCTAATTT-C--CTTGAAATTAAATCAGTCTTTCTTTAGCTAATTTCCCTTTTCGAAATTAAG
1 TACTTAATTTCCTTCTTCAAATTAAGTCAATCTGTCTTTACCTAATTT-CC--TT-GAAATTAAG
* * *
10376 TCAGTC-T-TCTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTT
62 TCAG-CATATTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
* * * * *
10422 AACCTAATTT-C--CTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAG
1 TACTTAATTTCCTTCTTCAAATTAAGTCAATCTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAG
* * *
10484 TC-TATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCATTCTTTCTT
66 -CATATTTTTACCTAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
* * * *
10531 TACCTAATTTCCTTTTTCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCA
1 TACTTAATTTCCTTCTTC-AAATTAAGTCAATCTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCA
*
10596 GTC-TATTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCCT
65 G-CATATTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
* * * * *
10640 TACCTAATTTCCTTCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCAAATTTCCCTCTTCGAAATTAAG
1 TACTTAATTTCCTTCTTCAAATTAAGTCAATCTGTCTTTACCTAATTT--C-CTT-GAAATTAAG
* *
10705 TCAGTC-T-TGCTTAACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
62 TCAG-CATAT-TTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
* * * *
10752 TACCTAATTTCCTTCCTTCAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCCTTTTCAAAATTAA
1 TACTTAATTTCCTT-CTTCAAATTAAGTCAATCTGTCTTTACCTAATTT-CC--TT-GAAATTAA
*
10817 GTCAGTC-T-TTCTTTACCAAATTTCCCTCTTCGAAATTAAGTCAGTCT-TGCTT
61 GTCAG-CATATT-TTTACCTAATTT--C-CTT-GAAATTAAGTCAGTCTAT-CTT
* * * * * * *
10869 AACCTAATTT-C--CTTGAAACTAAGTCAGTCTATC-TTACCTAATTTCCTTCCTTCAAATTAAG
1 TACTTAATTTCCTTCTTCAAATTAAGTCAATCTGTCTTTACCTAA--T--TTCCTTGAAATTAAG
* * *
10930 TTAGTC-T-TTCTTTAGCTAATTTCCCTTTTCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTT
62 TCAG-CATATT-TTTACCTAATTT-CC--TT-GAAATTAAGTCAGTCTATCTT
* * * *
10981 TACCTAATTT-C--CTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG
1 TACTTAATTTCCTTCTTCAAATTAAGTCAATCTGTCTTTACCTAA--T--TTCCTTGAAATTAAG
*
11043 TCAGTC-T-TTCTTTACCTAATTTCCCTTTTCGAAATTAAGTCAGTC-ATTATT
62 TCAG-CATATT-TTTACCTAATTT-CC--TT-GAAATTAAGTCAGTCTA-TCTT
* * * * *
11094 TACCTAATTT-C--CTTGAAATTGAA-TCAGTCTATTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCA
1 TACTTAATTTCCTTCTTCAAATT-AAGTCAATCTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCA
* * * *
11155 GCCTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTAAGTCTTTCTT
65 GCATATTTTTACCTAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
* * * *
11203 TACCTAATTTCCTTCTTCGAAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGTC
1 TACTTAATTTCCTTCTTC--AAATTAAGTCAATCTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTC
* *
11268 AGTATATTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTCTT
64 AGCATATTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
* *
11313 TACTTAATTTCCTTCTTCGAAATTAAGTCAGTCTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCA
1 TACTTAATTTCCTTCTTC-AAATTAAGTCAATCTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCA
*
11378 GCCTATTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
65 GCATATTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
11422 T
1 T
11423 TGACTGCTTT
Statistics
Matches: 993, Mismatches: 67, Indels: 107
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
104 16 0.02
105 12 0.01
107 3 0.00
108 98 0.10
109 218 0.22
110 53 0.05
111 10 0.01
112 189 0.19
113 275 0.28
114 69 0.07
115 5 0.01
116 7 0.01
117 29 0.03
118 9 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (108 bp):
TACTTAATTTCCTTCTTCAAATTAAGTCAATCTGTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAG
CATATTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTATCTT
Found at i:11480 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 11418--11498 Score: 144
Period size: 40 Copynumber: 2.1 Consensus size: 39
11408 AGTCAGTCTA
*
11418 TCTTTTGACTGCTTTTTTACTTAATTTCTATGAATTAAG
1 TCTTTTGACTACTTTTTTACTTAATTTCTATGAATTAAG
11457 TCTTTTGACTACTGTTTTTACTTAATTTCTATGAATTAAG
1 TCTTTTGACTACT-TTTTTACTTAATTTCTATGAATTAAG
11497 TC
1 TC
11499 CTCAACTATG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 12 0.30
40 28 0.70
ACGTcount: A:0.23, C:0.14, G:0.10, T:0.53
Consensus pattern (39 bp):
TCTTTTGACTACTTTTTTACTTAATTTCTATGAATTAAG
Found at i:14868 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 14829--14896 Score: 75
Period size: 26 Copynumber: 2.6 Consensus size: 26
14819 CTTGAAACAA
*
14829 AAAAATGACTAAAATACCCATAG-GGC
1 AAAAATGACAAAAATACCC-TAGAGGC
* * *
14855 AAAAATGACCAAAATGCCCTCGAGGC
1 AAAAATGACAAAAATACCCTAGAGGC
14881 AAGAAATGACAAAAAT
1 AA-AAATGACAAAAAT
14897 GCCCCCTAGT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 3
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
25 2 0.06
26 22 0.61
27 12 0.33
ACGTcount: A:0.51, C:0.19, G:0.16, T:0.13
Consensus pattern (26 bp):
AAAAATGACAAAAATACCCTAGAGGC
Found at i:16326 original size:103 final size:104
Alignment explanation
Indices: 16034--16378 Score: 302
Period size: 98 Copynumber: 3.4 Consensus size: 104
16024 TCGCATCCTG
* * * * * * * * *
16034 TCTTATGAATAAGGGATCTAATTCTTCAATTAATGGATAATTTT-G-T-ATTATTTTAAAATGAA
1 TCTTATGAACAAGAGATCTATTTATTCAATTAATTGATACTTTTCGTTCATCATTTTAAAACGAC
* * ** * * *
16096 AAATTCAAATCATATCTTTGTTTTTGTTGTAAC--GTG-
66 AAATTCGAACCATATCTTCATTTTTGTAGCATCGTGTGA
* ** *
16132 TCTTATGAATAAGAGATCTATTTATTCAATTAATTGATACTTTTTTTTCATCATTTTAAAATGAC
1 TCTTATGAACAAGAGATCTATTTATTCAATTAATTGATACTTTTCGTTCATCATTTTAAAACGAC
16197 AAATTCGAACCATATCTTCATTTTTGTAGCATCGTGTGA
66 AAATTCGAACCATATCTTCATTTTTGTAGCATCGTGTGA
* * *
16236 TCTTATTAACAAGAGTTCTATTTGTTCAATTAATTGATACCTTTTCGTTC-T-ATTTTAAAACGA
1 TCTTATGAACAAGAGATCTATTTATTCAATTAATTGATA-CTTTTCGTTCATCATTTTAAAACGA
* ** *
16299 TAAATTCGAATTATATCTTCATTTTTGTGGCATCGTGT--
65 CAAATTCGAACCATATCTTCATTTTTGTAGCATCGTGTGA
* * * *
16337 T-TTATGAATAAGAGATC-A-TTATTAAATCAATGGATGACTTTT
1 TCTTATGAACAAGAGATCTATTTATTCAATTAATTGAT-ACTTTT
16379 GCTTAACGAA
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 33, Indels: 16
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
98 57 0.28
99 2 0.01
100 14 0.07
101 41 0.20
103 48 0.23
104 36 0.17
105 8 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (104 bp):
TCTTATGAACAAGAGATCTATTTATTCAATTAATTGATACTTTTCGTTCATCATTTTAAAACGAC
AAATTCGAACCATATCTTCATTTTTGTAGCATCGTGTGA
Done.