Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011231.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11252, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 95542
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.32
Found at i:53 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 4--140 Score: 163
Period size: 36 Copynumber: 3.9 Consensus size: 36
1 TAA
* * * *
4 GTAAAGAATAGACTGGCTTAGTTTCATGGAAACTAG
1 GTAAAGAAAAGACTGGCTTAATTTCAAGGAAATTAG
40 GTAAAGAAAAGACTGGCTTAATTTCAAGGAAATTAG
1 GTAAAGAAAAGACTGGCTTAATTTCAAGGAAATTAG
* * *
76 GTAAGGGAAAGACTGGCTTAATTTCAAGGAAATTAA
1 GTAAAGAAAAGACTGGCTTAATTTCAAGGAAATTAG
* *
112 GTAAA-AAGACACAT-GCTTAATTTC-AGGAA
1 GTAAAGAAAAGAC-TGGCTTAATTTCAAGGAA
141 CGGTAATTAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 11, Indels: 4
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
34 5 0.06
35 14 0.16
36 70 0.79
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.23, T:0.26
Consensus pattern (36 bp):
GTAAAGAAAAGACTGGCTTAATTTCAAGGAAATTAG
Found at i:229 original size:37 final size:33
Alignment explanation
Indices: 142--243 Score: 118
Period size: 37 Copynumber: 3.0 Consensus size: 33
132 TTTCAGGAAC
* *
142 GGTAATT-AAGTAGAATAAAGAACTTAA-TTCAA
1 GGTAATTAAAGT-CAATAAAGAACTTAATTTAAA
174 GGTAATTAAAGTCAATAAAGAACTTAATTTAAA
1 GGTAATTAAAGTCAATAAAGAACTTAATTTAAA
*
207 GGTAATTAAGTGAAGTCAATAAAGAACTTAATCTAAA
1 GGTAATT-A---AAGTCAATAAAGAACTTAATTTAAA
244 ACGAGATTAA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 3, Indels: 7
0.86 0.04 0.10
Matches are distributed among these distances:
32 21 0.34
33 15 0.25
34 1 0.02
37 24 0.39
ACGTcount: A:0.50, C:0.07, G:0.15, T:0.28
Consensus pattern (33 bp):
GGTAATTAAAGTCAATAAAGAACTTAATTTAAA
Found at i:11842 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 11783--11866 Score: 159
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
11773 CACGGATGAT
11783 CCCGGATTGAACACAAGCTTGGCAGAGCAAGGAGTTGAGGAC
1 CCCGGATTGAACACAAGCTTGGCAGAGCAAGGAGTTGAGGAC
*
11825 CCCGGATTGAACACAAGCTTGGCGGAGCAAGGAGTTGAGGAC
1 CCCGGATTGAACACAAGCTTGGCAGAGCAAGGAGTTGAGGAC
11867 TGGCCACCAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 41 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.35, T:0.14
Consensus pattern (42 bp):
CCCGGATTGAACACAAGCTTGGCAGAGCAAGGAGTTGAGGAC
Found at i:13287 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 13241--13737 Score: 251
Period size: 35 Copynumber: 13.9 Consensus size: 35
13231 GTAAGAAAGA
*
13241 GTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTG
1 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTG
* * *
13276 GTAATCAACTTAATTCCGTGTAATTAAGTAGTTTG
1 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTG
* * *
13311 GTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTG
* ** ** * *
13346 GTAATTAAATTAAGTAATTTG-GTAACCAACTTAATTCGG
1 GTAATTAACTTAA-T--TCGGTGTAATTAA-GTAATT-TG
* * *
13385 TGTAATTAAGTAAATT-GGTAATTAAATTAAGTAATTTG
1 -GTAATTAACTTAATTCGGT--GT-AATTAAGTAATTTG
** *
13423 GTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTG
* **** * * *
13458 GTAATTAAATTAAGTAATTTGATAATCAACTTAATTCGG
1 GTAATTAACTTAA-TTCGGTG-TAATTAA-GTAATT-TG
* *
13497 TGTAATTAAGTAAATT--G-G----TAAGTAATTTG
1 -GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTG
* *
13526 GTAATCT-ACTTAATTCGGTTTAATTAAGTAAATTG
1 GTAAT-TAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTG
* * * *** * * *
13561 GTAATTAAATCAAGTAATTGGTAATCAACTTAATTCAG
1 GTAATTAACTTAATTCGGT-GTAATTAA-GTAATT-TG
* * * * *
13599 TGCAATTAAGTAAATT-GATAATTAAATTAAGTAATTTG
1 -GTAATTAACTTAATTCGGT--GT-AATTAAGTAATTTG
* *
13637 GTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTG
* **
13672 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCA
1 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTG
*
13707 GTAATTAGCTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
1 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
13738 ATAAATGACT
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 87, Indels: 64
0.69 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
28 11 0.03
29 2 0.01
30 6 0.02
31 2 0.01
34 1 0.00
35 192 0.56
36 14 0.04
37 38 0.11
38 19 0.06
39 27 0.08
40 31 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTG
Found at i:13355 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13331--13483 Score: 82
Period size: 21 Copynumber: 8.0 Consensus size: 21
13321 TAATTCGGTG
13331 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
* **
13352 AAATTAAGTAATTTGGTAACC
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
* * *
13373 AACTTAA-T---TCGGT--GT
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
13388 -AATTAAGTAAATTGGTAATT
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
* **
13408 AAATTAAGTAATTTGGTAAAC
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
* * *
13429 AACTTAA-T---TCGGT--GT
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
13444 -AATTAAGTAAATTGGTAATT
1 AAATTAAGTAAATTGGTAATT
* *
13464 AAATTAAGTAATTTGATAAT
1 AAATTAAGTAAATTGGTAAT
13484 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 22, Indels: 28
0.66 0.15 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.10
15 2 0.02
17 8 0.08
18 8 0.08
20 4 0.04
21 64 0.67
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AAATTAAGTAAATTGGTAATT
Found at i:13367 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 13297--13684 Score: 598
Period size: 56 Copynumber: 7.1 Consensus size: 56
13287 AATTCCGTGT
* *
13297 AATTAAGTAGTTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGAAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
13353 AATTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
13409 AATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
13465 AATTAAGTAATTTGATAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG------
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
13515 ---TAAGTAATTTGGTAATCTACTTAATTCGGTTTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * * *
13568 AATCAAGTAA-TTGGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAAATTGATAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
13623 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
13679 ACTTAA
1 AATTAA
13685 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 20, Indels: 20
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
47 44 0.15
55 49 0.16
56 209 0.69
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:13448 original size:91 final size:87
Alignment explanation
Indices: 13241--13461 Score: 246
Period size: 91 Copynumber: 2.4 Consensus size: 87
13231 GTAAGAAAGA
*
13241 GTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCCGTGTAATTAAGTA
1 GTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCCGTGTAATTAAGTA
** *
13306 GTTTGGTAATCAACTTAATTCG
66 AATTGGTAATAAACTTAATTCG
* * * *
13328 GTGAAATTAAGTAAATT-GGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGTGTAATT
1 GT-AAA-TAACTTAATTCGGT--GT-AATTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCCGTGTAATT
* *
13392 AAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTAATTTG
61 AAGTAAATTGGTAA-TAAACT---TAATTCG
* *
13423 GTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAA
1 GTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAA
13462 TTAAATTAAG
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 15, Indels: 16
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
87 2 0.02
88 6 0.06
89 8 0.07
90 1 0.01
91 66 0.61
92 5 0.05
93 7 0.06
94 6 0.06
95 8 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (87 bp):
GTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCCGTGTAATTAAGTA
AATTGGTAATAAACTTAATTCG
Found at i:13491 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13444--13491 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
13434 AATTCGGTGT
* *
13444 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGATAATCA
*
13465 AATTAAGTAATTTGATAATCA
1 AATTAAGTAAATTGATAATCA
*
13486 ACTTAA
1 AATTAA
13492 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGATAATCA
Found at i:13520 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 13468--13675 Score: 200
Period size: 47 Copynumber: 4.1 Consensus size: 47
13458 GTAATTAAAT
*
13468 TAAGTAATTTGATAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
1 TAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
* *
13515 TAAGTAATTTGGTAATCTACTTAATTCGGTTTAATTAAGTAAATTGG
1 TAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
* * * *
13562 TAATTAAATCAAGTAATTGGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAAATTGATAATTAAAT
1 ----TAAGT-AA-T--TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG---------G
13626 TAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
1 TAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
13673 TAA
1 TAA
13676 TTAACTTAAT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 13, Indels: 34
0.74 0.07 0.19
Matches are distributed among these distances:
47 47 0.36
51 4 0.03
52 2 0.02
53 1 0.01
55 34 0.26
56 36 0.27
58 1 0.01
59 2 0.02
60 4 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (47 bp):
TAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
Found at i:13582 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 13516--13679 Score: 267
Period size: 55 Copynumber: 2.9 Consensus size: 56
13506 GTAAATTGGT
* *
13516 AAGTAATTTGGTAATCTACTTAATTCGGTTTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATC
1 AAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATC
* * * *
13572 AAGTAA-TTGGTAATCAACTTAATTCAGTGCAATTAAGTAAATTGATAATTAAATT
1 AAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATC
13627 AAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAA
1 AAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAA
13680 CTTAATTCGG
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 9, Indels: 2
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
55 49 0.50
56 49 0.50
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
AAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATC
Found at i:13626 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13602--13641 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
13592 AATTCAGTGC
13602 AATTAAGTAAATTGATAATTA
1 AATTAAGTAAATTGATAATTA
* *
13623 AATTAAGTAATTTGGTAAT
1 AATTAAGTAAATTGATAAT
13642 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGATAATTA
Found at i:13649 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13602--13649 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
13592 AATTCAGTGC
*
13602 AATTAAGTAAATTGATAATTA
1 AATTAAGTAAATTGATAATCA
* *
13623 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGATAATCA
*
13644 ACTTAA
1 AATTAA
13650 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGATAATCA
Found at i:13670 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13648--13739 Score: 90
Period size: 19 Copynumber: 5.2 Consensus size: 19
13638 TAATCAACTT
13648 AATTCGGTGTAATTAAGTA
1 AATTCGGTGTAATTAAGTA
* *
13667 AATT--G-GTAATTAACTT
1 AATTCGGTGTAATTAAGTA
13683 AATTCGGTGTAATTAAGTA
1 AATTCGGTGTAATTAAGTA
* *
13702 AA-TC--AGTAATT-AGCTT
1 AATTCGGTGTAATTAAG-TA
13718 AATTCGGTGTAATTAAGTA
1 AATTCGGTGTAATTAAGTA
13737 AAT
1 AAT
13740 AAATGACTCA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 16
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.04
16 22 0.39
17 3 0.05
18 3 0.05
19 25 0.44
20 2 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
AATTCGGTGTAATTAAGTA
Found at i:13684 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 13604--13684 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 4.2 Consensus size: 21
13594 TTCAGTGCAA
* *
13604 TTAAGTAAATTGATAATTAAA
1 TTAAGTAAATTGGTAATTAAC
* *
13625 TTAAGTAATTTGGTAATCAAC
1 TTAAGTAAATTGGTAATTAAC
* *
13646 TTAA-T---TCGGT--GTAA-
1 TTAAGTAAATTGGTAATTAAC
13660 TTAAGTAAATTGGTAATTAAC
1 TTAAGTAAATTGGTAATTAAC
13681 TTAA
1 TTAA
13685 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 9, Indels: 14
0.66 0.13 0.21
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.09
15 3 0.07
17 4 0.09
18 4 0.09
20 4 0.09
21 25 0.57
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
TTAAGTAAATTGGTAATTAAC
Found at i:19386 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 19356--19435 Score: 97
Period size: 27 Copynumber: 2.9 Consensus size: 27
19346 TTCTTAAGGT
*
19356 CATCCAGGGGCATTTCGGTCATTTTCA
1 CATCCAGGGGCATTTTGGTCATTTTCA
* * *
19383 CATCATACGGGCATTTTGGTCATTTTTA
1 CATC-CAGGGGCATTTTGGTCATTTTCA
* *
19411 CATTCAGGGGTATTTTGGTCATTTT
1 CATCCAGGGGCATTTTGGTCATTTT
19436 TAAGTCCATT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 8, Indels: 2
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 22 0.50
28 22 0.50
ACGTcount: A:0.19, C:0.19, G:0.21, T:0.41
Consensus pattern (27 bp):
CATCCAGGGGCATTTTGGTCATTTTCA
Found at i:19436 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 19360--19437 Score: 93
Period size: 28 Copynumber: 2.9 Consensus size: 26
19350 TAAGGTCATC
* *
19360 CAGGGGCATTTCGGTCATTTTCACAT
1 CAGGGGCATTTTGGTCATTTTTACAT
*
19386 CATACGGGCATTTTGGTCATTTTTACATT
1 C--AGGGGCATTTTGGTCATTTTTACA-T
*
19415 CAGGGGTATTTTGGTCATTTTTA
1 CAGGGGCATTTTGGTCATTTTTA
19438 AGTCCATTTT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 5
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.02
27 20 0.45
28 21 0.48
29 2 0.05
ACGTcount: A:0.19, C:0.17, G:0.22, T:0.42
Consensus pattern (26 bp):
CAGGGGCATTTTGGTCATTTTTACAT
Found at i:21394 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 21373--21420 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
21363 TAGGGTTCTC
21373 AACGAGGAAGAAAAAGC-A
1 AACGAGGAAGAAAAAGCTA
21391 AAC--GG-AGAAGAAAGCTA
1 AACGAGGAAGAA-AAAGCTA
*
21408 ATCGAGGAAGAAA
1 AACGAGGAAGAAA
21421 GAAAACAAGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 9
0.71 0.03 0.26
Matches are distributed among these distances:
15 4 0.17
16 7 0.29
17 3 0.12
18 3 0.12
19 3 0.12
20 4 0.17
ACGTcount: A:0.56, C:0.10, G:0.29, T:0.04
Consensus pattern (19 bp):
AACGAGGAAGAAAAAGCTA
Found at i:26954 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 26918--26976 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
26908 GGGAAAAATG
*
26918 CTAAGTTA-AAGAACTACTC
1 CTAAGTTATAAG-ATTACTC
26937 CTAAGTTATAAGATTACT-
1 CTAAGTTATAAGATTACTC
* *
26955 CTAA-TTCTAAGGGTTACTC
1 CTAAGTTATAA-GATTACTC
26974 CTA
1 CTA
26977 CAAATCTAGC
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 6
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
17 5 0.15
18 10 0.29
19 16 0.47
20 3 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.19, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (19 bp):
CTAAGTTATAAGATTACTC
Found at i:28750 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 28729--28761 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
28719 AGAGCCAATG
28729 ATGAATTTTGGTCATA
1 ATGAATTTTGGTCATA
*
28745 ATGAATTTTGTTCATA
1 ATGAATTTTGGTCATA
28761 A
1 A
28762 CTAGAGAGAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.15, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
ATGAATTTTGGTCATA
Found at i:36188 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 36164--36198 Score: 52
Period size: 11 Copynumber: 3.2 Consensus size: 11
36154 TTGACAGCGT
36164 AACAAAAACAA
1 AACAAAAACAA
* *
36175 AACGAAAACGA
1 AACAAAAACAA
36186 AACAAAAACAA
1 AACAAAAACAA
36197 AA
1 AA
36199 AACAGAAAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 4, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 20 1.00
ACGTcount: A:0.77, C:0.17, G:0.06, T:0.00
Consensus pattern (11 bp):
AACAAAAACAA
Found at i:38127 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 38087--38133 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
38077 TTTTGCGTTA
*
38087 TTTTCCTTCTTTTCTTC
1 TTTTCTTTCTTTTCTTC
*
38104 TTCTCTTTCTTTT-TTC
1 TTTTCTTTCTTTTCTTC
*
38120 TTTTTCTTTGTTTT
1 -TTTTCTTTCTTTT
38134 GTTTGTTGCA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 2
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.12
17 22 0.88
ACGTcount: A:0.00, C:0.21, G:0.02, T:0.77
Consensus pattern (17 bp):
TTTTCTTTCTTTTCTTC
Found at i:40622 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 40602--40649 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 3.2 Consensus size: 15
40592 GGCGCAAACA
40602 ATGGTGCGAACAACC
1 ATGGTGCGAACAACC
* *
40617 ATGGTGCAAACAACA
1 ATGGTGCGAACAACC
* *
40632 ATGGTACGAACAATC
1 ATGGTGCGAACAACC
40647 ATG
1 ATG
40650 TTGTGTAGAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 6, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 27 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.21, G:0.23, T:0.17
Consensus pattern (15 bp):
ATGGTGCGAACAACC
Found at i:56072 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 56065--56091 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
56055 TTAATCATTC
56065 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
56092 GTAATTCATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:59537 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 59496--59540 Score: 65
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
59486 CGCAAAAAAC
59496 CAAGCTCCGTGCTTATTTTTTCT
1 CAAGCTCCGTGC-TATTTTTTCT
*
59519 CAAGCTCCGTGC-CTTTTTTCT
1 CAAGCTCCGTGCTATTTTTTCT
59540 C
1 C
59541 TTGTTCATCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 9 0.43
23 12 0.57
ACGTcount: A:0.11, C:0.31, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (22 bp):
CAAGCTCCGTGCTATTTTTTCT
Found at i:61147 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 61123--61159 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
61113 TTGAAGATTT
61123 CTTGAAGATAATTTGAAGA
1 CTTGAAGATAA-TTGAAGA
*
61142 CTTGAAGATCATTGAAGA
1 CTTGAAGATAATTGAAGA
61160 ATTATTTCAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.41
19 10 0.59
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (18 bp):
CTTGAAGATAATTGAAGA
Found at i:63513 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 63481--63541 Score: 95
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
63471 CAGTAAGGAC
**
63481 GCGCTAAAGACGTCAACGTTGTACGGAA
1 GCGCTAAAGACGTCAACACTGTACGGAA
*
63509 GCGCTAAAGACGTCAACACTGTACGGAC
1 GCGCTAAAGACGTCAACACTGTACGGAA
63537 GCGCT
1 GCGCT
63542 GAAGCTCTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 30 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.26, G:0.28, T:0.16
Consensus pattern (28 bp):
GCGCTAAAGACGTCAACACTGTACGGAA
Found at i:70134 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 70051--70139 Score: 124
Period size: 39 Copynumber: 2.3 Consensus size: 39
70041 GACTCAGCTA
* * *
70051 TGGCAAAGGATAACCTTGATCACGGCACTGATTCATCCG
1 TGGCAAAGGATAACCTTGATCACGACACTAACTCATCCG
* **
70090 CGGCAAAGGATAACCTTGATCACGACACTAACTCATTTG
1 TGGCAAAGGATAACCTTGATCACGACACTAACTCATCCG
70129 TGGCAAAGGAT
1 TGGCAAAGGAT
70140 GGCCAGCCCC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 7, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 43 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.24, G:0.22, T:0.22
Consensus pattern (39 bp):
TGGCAAAGGATAACCTTGATCACGACACTAACTCATCCG
Found at i:71539 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 71387--71548 Score: 236
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 86
71377 ATAGGGCATA
* *
71387 TATGTGTGACCCTTTTATGTGTGAAAGAAAAACTTATATGTGAAGTATTTATATGTGGTATACCT
1 TATGTGTGACCCTTTTATGTGT---AGAAAAACTTATATATGAAGTATTTATATGTGGAATACCT
71452 ATATGTGTGTGTGTATACGGTATG
63 ATATGTGTGTGTGTATACGGTATG
* * **
71476 TATGTGTGACCCTTTTATGTGT-GAAATACTTATATATGAAGTATTTATGTGTGGAATTTCTATA
1 TATGTGTGACCCTTTTATGTGTAGAAAAACTTATATATGAAGTATTTATATGTGGAATACCTATA
71540 TGTGTGTGT
66 TGTGTGTGT
71549 CAGGCGGAGT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 6, Indels: 4
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 45 0.67
89 22 0.33
ACGTcount: A:0.27, C:0.07, G:0.23, T:0.43
Consensus pattern (86 bp):
TATGTGTGACCCTTTTATGTGTAGAAAAACTTATATATGAAGTATTTATATGTGGAATACCTATA
TGTGTGTGTGTATACGGTATG
Found at i:75408 original size:277 final size:278
Alignment explanation
Indices: 74909--75467 Score: 969
Period size: 277 Copynumber: 2.0 Consensus size: 278
74899 CAGTTCTAAA
*
74909 AAATGTTTCTGAAATTTGGTGGTCTTGCTTGACGGCCTATCTAATTTTGATTCACGATCACTATT
1 AAATGTTTCTGAAATTTGGTGGTCTTGCTTGACGACCTATCTAATTTTGATTCACGATCACTATT
* *
74974 TATAACATAGACCTAAGCTTAAAAAAAACACCAACTAAATATTTTGCATATATCCTTTCTATACT
66 TATAACACAGACCTAAGCTTAAAAAAAACACCAACTAAATATTTCGCATATATCCTTTCTATACT
*
75039 TCCGATGTTCATAGCAAATACAACAGCTACAAGCTACGCAAAATCAACTATCATTATAGCTAATA
131 TCCGATGTCCATAGCAAATACAACAGCTACAAGCTACGCAAAATCAACTATCATTATAGCTAATA
* *
75104 CCTATATGTTCAAAACCAACCGTTCCCTCCTTTCACAACCCCACGCTTCGTCCTGGGACTAGTGG
196 CCTATATGTTCAAAACCAAACGTTCCCTCCTTTCACAACCCCACGCTTCGTCCTGGGACTAGTGA
*
75169 ATATTAAAGATGTAAGGC
261 ATACTAAAGATGTAAGGC
*
75187 AAATGTTTCTGAAATTTGGTGGTCTTGCTTGACGACCTTTCTAATTTTGATTCACGATCACTATT
1 AAATGTTTCTGAAATTTGGTGGTCTTGCTTGACGACCTATCTAATTTTGATTCACGATCACTATT
*
75252 TATAGA-ACAGATCTAAGCTT-AAAAAAACACCAACTAAATATTTCGCATATATCCTTTCTATAC
66 TATA-ACACAGACCTAAGCTTAAAAAAAACACCAACTAAATATTTCGCATATATCCTTTCTATAC
*
75315 TTCCGATGTCCATAGCAAATACAACAGCTACAAGCTACGCAAAATCAACTATCATTATAGTTAAT
130 TTCCGATGTCCATAGCAAATACAACAGCTACAAGCTACGCAAAATCAACTATCATTATAGCTAAT
* * **
75380 ACCTATATGTTCATAACCAAATGTTCCCTCCTTTCACAACCCTGCGCTTCGTCCTGGGACTAGTG
195 ACCTATATGTTCAAAACCAAACGTTCCCTCCTTTCACAACCCCACGCTTCGTCCTGGGACTAGTG
75445 AATACTAAAGATGTAAGGC
260 AATACTAAAGATGTAAGGC
75464 AAAT
1 AAAT
75468 TGCTAAGAAA
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 14, Indels: 3
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
277 186 0.70
278 79 0.30
279 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.23, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (278 bp):
AAATGTTTCTGAAATTTGGTGGTCTTGCTTGACGACCTATCTAATTTTGATTCACGATCACTATT
TATAACACAGACCTAAGCTTAAAAAAAACACCAACTAAATATTTCGCATATATCCTTTCTATACT
TCCGATGTCCATAGCAAATACAACAGCTACAAGCTACGCAAAATCAACTATCATTATAGCTAATA
CCTATATGTTCAAAACCAAACGTTCCCTCCTTTCACAACCCCACGCTTCGTCCTGGGACTAGTGA
ATACTAAAGATGTAAGGC
Found at i:80672 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 80637--80700 Score: 110
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
80627 AAATTGTGGA
* *
80637 GTCAAAATTATAAACTTATCATTTTAATGGG
1 GTCAAAACTATAAACCTATCATTTTAATGGG
80668 GTCAAAACTATAAACCTATCATTTTAATGGG
1 GTCAAAACTATAAACCTATCATTTTAATGGG
80699 GT
1 GT
80701 TAATTGACAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 31 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (31 bp):
GTCAAAACTATAAACCTATCATTTTAATGGG
Done.