Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011241.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11262, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 39330
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Found at i:7 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1--34 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
35 TGTCTAACTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:2073 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 2062--2089 Score: 56
Period size: 6 Copynumber: 4.7 Consensus size: 6
2052 TTATACCATC
2062 TTTTTA TTTTTA TTTTTA TTTTTA TTTT
1 TTTTTA TTTTTA TTTTTA TTTTTA TTTT
2090 AAAAAGTTAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 22 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.00, T:0.86
Consensus pattern (6 bp):
TTTTTA
Found at i:2434 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 2390--2470 Score: 128
Period size: 40 Copynumber: 2.1 Consensus size: 39
2380 TGACCCTCCT
2390 ATAATTAAGGAAATG-AATTAAATCCAGGTTTAGCCCCCTA
1 ATAATTAAGGAAA-GAAATTAAATCCAGGTTTAG-CCCCTA
*
2430 ATAATTAAGGTAAGAAATTAAATCCAGGTTTAGCCCCTA
1 ATAATTAAGGAAAGAAATTAAATCCAGGTTTAGCCCCTA
2469 AT
1 AT
2471 TTAAATATGG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 3
0.91 0.02 0.07
Matches are distributed among these distances:
39 9 0.23
40 30 0.77
ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.15, T:0.28
Consensus pattern (39 bp):
ATAATTAAGGAAAGAAATTAAATCCAGGTTTAGCCCCTA
Found at i:8766 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 8734--8771 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
8724 TTGATATCGT
8734 TTTCTTTTTTTTTGTTTA
1 TTTCTTTTTTTTTGTTTA
8752 TTTCATTTTTATTTTGTTTA
1 TTTC-TTTTT-TTTTGTTTA
8772 CGTTGCGGTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.22
19 5 0.28
20 9 0.50
ACGTcount: A:0.11, C:0.05, G:0.05, T:0.79
Consensus pattern (18 bp):
TTTCTTTTTTTTTGTTTA
Found at i:9411 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 9377--9435 Score: 73
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
9367 ATACCATACA
* *
9377 GGTCCCTCTACTTACAAAAAGGATCAATTT
1 GGTCCCCCTAC-TACAAAAACGATCAATTT
* *
9407 GGTCCCCCTACTATAAAAACTATCAATTT
1 GGTCCCCCTACTACAAAAACGATCAATTT
9436 AAGTTCTATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 15 0.60
30 10 0.40
ACGTcount: A:0.34, C:0.25, G:0.10, T:0.31
Consensus pattern (29 bp):
GGTCCCCCTACTACAAAAACGATCAATTT
Found at i:10273 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 10147--10278 Score: 176
Period size: 69 Copynumber: 1.9 Consensus size: 69
10137 TTGCTTGAAA
* * *
10147 TGCATGGTCTTTATATGTAATTTTAGCATTTCAATGTAATTAATGATGCTCCTACCATTTTTTCC
1 TGCATGGTCTTTATATGTAATTTTAGCATTTCAATGTAATCAATGATACTCCCACCATTTTTTCC
10212 TTAG
66 TTAG
* * * * *
10216 TGCATTGTCTTTATATGTAATTTTAGCA-TTGAGATGTAATCAGTGGTATTCCCACCATTTTTT
1 TGCATGGTCTTTATATGTAATTTTAGCATTTCA-ATGTAATCAATGATACTCCCACCATTTTTT
10279 TTTTCCTTAG
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 8, Indels: 2
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
68 3 0.06
69 51 0.94
ACGTcount: A:0.24, C:0.15, G:0.14, T:0.46
Consensus pattern (69 bp):
TGCATGGTCTTTATATGTAATTTTAGCATTTCAATGTAATCAATGATACTCCCACCATTTTTTCC
TTAG
Found at i:13644 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 13636--13691 Score: 112
Period size: 3 Copynumber: 18.7 Consensus size: 3
13626 TTAACAGATT
13636 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
13684 TTA TTA TT
1 TTA TTA TT
13692 CACCTTGCAA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 53 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:15517 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 15477--15507 Score: 55
Period size: 7 Copynumber: 4.6 Consensus size: 7
15467 GAATGAATTT
15477 TTTTG-A
1 TTTTGAA
15483 TTTTGAA
1 TTTTGAA
15490 TTTTGAA
1 TTTTGAA
15497 TTTTGAA
1 TTTTGAA
15504 TTTT
1 TTTT
15508 TTTGGATTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
6 5 0.21
7 19 0.79
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.13, T:0.65
Consensus pattern (7 bp):
TTTTGAA
Found at i:19298 original size:37 final size:38
Alignment explanation
Indices: 19241--19408 Score: 184
Period size: 38 Copynumber: 4.5 Consensus size: 38
19231 ACCCCAATAA
** *
19241 AATTAAGAATCAAAACAATAGTAATCAGTGAATTAGGT
1 AATTAAGAATCAAAGTAATAGTAATCAGTGAATTAGAT
*
19279 AATTAA-AGTCAAAGTAATAGTAATCAGTGAATTA-AGT
1 AATTAAGAATCAAAGTAATAGTAATCAGTGAATTAGA-T
* *
19316 AATTAAGAATCAAAGTAATAATAAGCAGTAGAATT-GAT
1 AATTAAGAATCAAAGTAATAGTAATCAGT-GAATTAGAT
* *
19354 AATTAAGAATCAAAAG-AATAGTAATCAGT-AAATCGAT
1 AATTAAGAATC-AAAGTAATAGTAATCAGTGAATTAGAT
* *
19391 AATTAAGAGTCAAGGTAA
1 AATTAAGAATCAAAGTAA
19409 AAGTGATAAT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 12, Indels: 15
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
36 6 0.05
37 47 0.42
38 48 0.43
39 10 0.09
ACGTcount: A:0.51, C:0.07, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (38 bp):
AATTAAGAATCAAAGTAATAGTAATCAGTGAATTAGAT
Found at i:19394 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 19241--19408 Score: 189
Period size: 75 Copynumber: 2.2 Consensus size: 75
19231 ACCCCAATAA
** * * * *
19241 AATTAAGAATCAAAACAATAGTAATCAGTGAATTAGGTAATTAAAGTCAAAGTAATAGTAATCAG
1 AATTAAGAATCAAAGTAATAATAAGCAGTGAATTAGATAATTAAAATCAAAGTAATAGTAATCAG
* *
19306 TGAATTAAGT
66 TAAATCAAGT
19316 AATTAAGAATCAAAGTAATAATAAGCAGTAGAATT-GATAATTAAGAATCAAAAG-AATAGTAAT
1 AATTAAGAATCAAAGTAATAATAAGCAGT-GAATTAGATAATTAA-AATC-AAAGTAATAGTAAT
*
19379 CAGTAAATCGA-T
63 CAGTAAATCAAGT
* *
19391 AATTAAGAGTCAAGGTAA
1 AATTAAGAATCAAAGTAA
19409 AAGTGATAAT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 11, Indels: 6
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
75 50 0.63
76 25 0.32
77 4 0.05
ACGTcount: A:0.51, C:0.07, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (75 bp):
AATTAAGAATCAAAGTAATAATAAGCAGTGAATTAGATAATTAAAATCAAAGTAATAGTAATCAG
TAAATCAAGT
Found at i:19470 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19439--19477 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
19429 GTAATTAGGG
19439 ATTAATTAAGTAAATTGGTA
1 ATTAATTAAGTAAATTGGTA
*
19459 ATTAAGTTAAGTAATTTGG
1 ATTAA-TTAAGTAAATTGG
19478 CAATCAACTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.29
21 12 0.71
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
ATTAATTAAGTAAATTGGTA
Found at i:19489 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19444--19489 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
19434 TAGGGATTAA
* * *
19444 TTAAGTAAATTGGTAATTAAG
1 TTAAGTAAATTGGCAATCAAC
*
19465 TTAAGTAATTTGGCAATCAAC
1 TTAAGTAAATTGGCAATCAAC
19486 TTAA
1 TTAA
19490 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 21 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
TTAAGTAAATTGGCAATCAAC
Found at i:19508 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 19441--19908 Score: 666
Period size: 56 Copynumber: 8.4 Consensus size: 56
19431 AATTAGGGAT
*
19441 TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGCAATCAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* * * **
19497 TAATTAAGTAAATTGGTGATTAAGTTAAGGAATGTGGTGGTCAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
*
19553 TAATTAAGTAAATTGATAATTAAG-TAA-T-A-TTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* *
19605 TAATTAAGT-AATTGGAAATTAAGTTAAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTT-AAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
*
19661 TAATTAAGT-AATTGGAAATTAAGTTAAAGTAATTTGGTAATCAACTT-ATTCGGTG
1 TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTT-AAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
** * *
19716 TAATTAAGTAAATTGGTGGTTAAGTTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGCG
1 TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* *
19772 TAATTAAGT-AATTGGAAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGATG
1 TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
*
19827 TAATTAAGTAAATTGGTAATT-AGATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAG-TTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
* *
19883 CAATTAAGTAAACTGGTAAATTAAGT
1 TAATTAAGTAAATTGGT-AATTAAGT
19909 AATTCGGTAA
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 32, Indels: 21
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
51 12 0.03
52 30 0.08
53 3 0.01
54 1 0.00
55 92 0.25
56 224 0.61
57 5 0.01
58 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (56 bp):
TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
Found at i:19574 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19553--19589 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
19543 TAATTCGGTG
19553 TAATTAAGTAA-ATTGA
1 TAATTAAGTAATATTGA
*
19569 TAATTAAGTAATATTGG
1 TAATTAAGTAATATTGA
19586 TAAT
1 TAAT
19590 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 11 0.58
17 8 0.42
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (17 bp):
TAATTAAGTAATATTGA
Found at i:19636 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 19604--19694 Score: 80
Period size: 29 Copynumber: 3.2 Consensus size: 29
19594 TTAATTCGGT
19604 GTAATTAAGTAATTGGAAATTAAGTTAAA
1 GTAATTAAGTAATTGGAAATTAAGTTAAA
** ** * ***
19633 GTAATTTGGTAA--CCAACTTAA-TTCGGT
1 GTAATTAAGTAATTGGAAATTAAGTT-AAA
19660 GTAATTAAGTAATTGGAAATTAAGTTAAA
1 GTAATTAAGTAATTGGAAATTAAGTTAAA
19689 GTAATT
1 GTAATT
19695 TGGTAATCAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 16, Indels: 8
0.64 0.24 0.12
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.05
27 16 0.38
29 22 0.52
30 2 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (29 bp):
GTAATTAAGTAATTGGAAATTAAGTTAAA
Found at i:19752 original size:111 final size:112
Alignment explanation
Indices: 19441--19908 Score: 668
Period size: 111 Copynumber: 4.2 Consensus size: 112
19431 AATTAGGGAT
* *
19441 TAATTAAGTAAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGCAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT
1 TAATTAAGTAAATTGGAAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT
* * * ***
19506 AAATTGGTGATTAAGTTAAGGAATGTGGTGGTCAACTTAATTCGGTG
66 AAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGTG
19553 TAATTAAGTAAATT-G--A-TAA-TTAAGTAATATTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTAAGTAAATTGGAAATTAAGTTAAGTAAT-TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
*
19613 T-AATTGGAAATTAAGTTAAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGTG
65 TAAATTGGTAATTAAGTT-AAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGTG
19661 TAATTAAGT-AATTGGAAATTAAGTTAAAGTAATTTGGTAATCAACTT-ATTCGGTGTAATTAAG
1 TAATTAAGTAAATTGGAAATTAAGTT-AAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
** *
19724 TAAATTGGTGGTTAAGTTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGCG
65 TAAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGTG
*
19772 TAATTAAGT-AATTGGAAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGATGTAATTAAGT
1 TAATTAAGTAAATTGGAAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT
**
19836 AAATTGGTAATT-AGATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTG
66 AAATTGGTAATTAAG-TTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGTG
* *
19883 CAATTAAGTAAACTGGTAAATTAAGT
1 TAATTAAGTAAATTGG-AAATTAAGT
19909 AATTCGGTAA
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 20, Indels: 25
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
107 27 0.08
108 69 0.21
109 1 0.00
110 24 0.07
111 138 0.43
112 48 0.15
113 16 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (112 bp):
TAATTAAGTAAATTGGAAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT
AAATTGGTAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATTCGGTG
Found at i:19819 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19775--19819 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
19765 TTCGGCGTAA
* *
19775 TTAAGTAATTGGAAATTAAG
1 TTAAGTAATTGGAAATCAAC
*
19795 TTAAGTAATTTGGTAATCAAC
1 TTAAGTAA-TTGGAAATCAAC
19816 TTAA
1 TTAA
19820 TTCGATGTAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.38
21 13 0.62
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TTAAGTAATTGGAAATCAAC
Found at i:19875 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19829--19869 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
19819 ATTCGATGTA
19829 ATTAAGTAAATTGGTAATTAG
1 ATTAAGTAAATTGGTAATTAG
*
19850 ATTAAGTAATTTGGTAATTA
1 ATTAAGTAAATTGGTAATTA
19870 ACTTAATTCG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
ATTAAGTAAATTGGTAATTAG
Found at i:19892 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 19850--19966 Score: 128
Period size: 35 Copynumber: 3.3 Consensus size: 35
19840 TGGTAATTAG
19850 ATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCA
1 ATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCA
** * **
19885 ATTAAGTAAACTGGTAAATTAA-GTAATTCGGTAATTAA
1 ATTAAGTAATTTGGT-AATTAACTTAATTCGG---TGCA
* *
19923 ATTAAGTAATTTGGTAGTTAACTCAATTCGGTGCA
1 ATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCA
19958 ATTAAGTAA
1 ATTAAGTAA
19967 ACTATTAAAT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 12, Indels: 10
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
35 32 0.49
36 6 0.09
37 5 0.08
38 22 0.34
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
ATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCA
Found at i:19906 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 19828--19995 Score: 257
Period size: 73 Copynumber: 2.3 Consensus size: 73
19818 AATTCGATGT
* *
19828 AATTAAGTAAATTGGTAATTAGATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAACTCAATTCGGTGCAATTAAGTA
*
19893 AACTGGTA
66 AACTAGTA
*
19901 AATTAAGT-AATTCGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAGTTAACTCAATTCGGTGCAATTAAGT
1 AATTAAGTAAATT-GGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAACTCAATTCGGTGCAATTAAGT
*
19965 AAACTATTA
65 AAACTAGTA
* *
19974 AATTAAATAACTTGGTAATTAA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTAA
19996 CCTAATTCGG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 7, Indels: 4
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
72 4 0.05
73 79 0.92
74 3 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (73 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAACTCAATTCGGTGCAATTAAGTA
AACTAGTA
Found at i:19925 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 19899--19943 Score: 72
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
19889 AGTAAACTGG
19899 TAAATTAAGTAATTCGGTAAT
1 TAAATTAAGTAATTCGGTAAT
* *
19920 TAAATTAAGTAATTTGGTAGT
1 TAAATTAAGTAATTCGGTAAT
19941 TAA
1 TAA
19944 CTCAATTCGG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 22 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
TAAATTAAGTAATTCGGTAAT
Found at i:19989 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 19918--20019 Score: 152
Period size: 52 Copynumber: 2.0 Consensus size: 52
19908 TAATTCGGTA
* * *
19918 ATTAAATTAAGTAATTTGGTAGTTAA-CTCAATTCGGTGCAATTAAGTAAACT
1 ATTAAATTAAATAACTTGGTAATTAACCT-AATTCGGTGCAATTAAGTAAACT
*
19970 ATTAAATTAAATAACTTGGTAATTAACCTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
1 ATTAAATTAAATAACTTGGTAATTAACCTAATTCGGTGCAATTAAGTAAA
20020 TCAGTAATTA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 2
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
52 43 0.96
53 2 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (52 bp):
ATTAAATTAAATAACTTGGTAATTAACCTAATTCGGTGCAATTAAGTAAACT
Found at i:20014 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 19988--20090 Score: 161
Period size: 35 Copynumber: 2.9 Consensus size: 35
19978 AAATAACTTG
*
19988 GTAATTAACCTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCA
1 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCA
* *
20023 GTAATTAAATTAATTTGGTGTAATTAAGTAAATCA
1 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCA
**
20058 GTAATTGGCTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT
1 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT
20091 AAATGGCTTA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 7, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 61 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCA
Found at i:20028 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 20007--20063 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
19997 CTAATTCGGT
20007 GTAATTAAGTAAATCA
1 GTAATTAAGTAAATCA
* * **
20023 GTAATTAAATTAATTTGGT
1 GTAATT-AAGTAA-AT-CA
20042 GTAATTAAGTAAATCA
1 GTAATTAAGTAAATCA
20058 GTAATT
1 GTAATT
20064 GGCTTAATTC
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 8, Indels: 6
0.68 0.18 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.40
17 6 0.20
18 6 0.20
19 6 0.20
ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
GTAATTAAGTAAATCA
Found at i:20041 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 19901--20041 Score: 144
Period size: 52 Copynumber: 2.6 Consensus size: 52
19891 TAAACTGGTA
* * *
19901 AATTAAGTAATTCGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAGTTAACTCAATTCGGTGC
1 AATTAAGTAAATCAGTAATTAAA-T---TAATTTGGTAATTAACTCAATTCGGTGC
* * *
19957 AATTAAGTAAA-CTATTAAATTAAA-TAACTTGGTAATTAAC-CTAATTCGGTGT
1 AATTAAGTAAATC-AGT-AATTAAATTAATTTGGTAATTAACTC-AATTCGGTGC
20009 AATTAAGTAAATCAGTAATTAAATTAATTTGGT
1 AATTAAGTAAATCAGTAATTAAATTAATTTGGT
20042 GTAATTAAGT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 8, Indels: 14
0.77 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
51 8 0.11
52 44 0.61
53 1 0.01
55 1 0.01
56 11 0.15
57 7 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (52 bp):
AATTAAGTAAATCAGTAATTAAATTAATTTGGTAATTAACTCAATTCGGTGC
Found at i:20101 original size:31 final size:34
Alignment explanation
Indices: 19998--20103 Score: 137
Period size: 35 Copynumber: 3.1 Consensus size: 34
19988 GTAATTAACC
***
19998 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCAGTAATTAAAT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCAG-AATTGGCT
*
20033 TAATTTGGTGTAATTAAGTAAATCAGTAATTGGCT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCAG-AATTGGCT
20068 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT-A-AA-TGGCT
1 TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCAGAATTGGCT
20099 TAATT
1 TAATT
20104 AGGAGTCAGT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 5, Indels: 4
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 10 0.15
32 2 0.03
34 1 0.02
35 53 0.80
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (34 bp):
TAATTCGGTGTAATTAAGTAAATCAGAATTGGCT
Found at i:24077 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 24070--24095 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
24060 AGCCAGAATA
24070 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
24096 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:24467 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 24447--24482 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 14
24437 TGCCTGATTA
24447 TTTTTATTTTTATT
1 TTTTTATTTTTATT
*
24461 GTTTTTAATTTTATT
1 -TTTTTATTTTTATT
24476 TTTTTAT
1 TTTTTAT
24483 AAAAAAATCA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
14 6 0.32
15 13 0.68
ACGTcount: A:0.17, C:0.00, G:0.03, T:0.81
Consensus pattern (14 bp):
TTTTTATTTTTATT
Found at i:24740 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 24720--24766 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
24710 ACTAAAATTT
24720 TTGTTTATAAAA-AAAAA
1 TTGTTTATAAAATAAAAA
* *
24737 TTGTTTATACAAATTAAAT
1 TTGTTTATA-AAATAAAAA
24756 TTGTTTATAAA
1 TTGTTTATAAA
24767 TTTGGACTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 9 0.35
18 5 0.19
19 12 0.46
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
TTGTTTATAAAATAAAAA
Found at i:26571 original size:9 final size:10
Alignment explanation
Indices: 26560--26604 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 4.6 Consensus size: 10
26550 ATAATTTTAT
26560 TTATTTATT-
1 TTATTTATTA
26569 TTAGTATTATTA
1 TTA-T-TTATTA
26581 TTA-TTATTA
1 TTATTTATTA
26590 TTA-TTATTA
1 TTATTTATTA
26599 TTATTT
1 TTATTT
26605 CATTCAGTAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 7
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
9 21 0.66
10 3 0.09
11 5 0.16
12 3 0.09
ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.02, T:0.69
Consensus pattern (10 bp):
TTATTTATTA
Found at i:26581 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 26564--26603 Score: 64
Period size: 3 Copynumber: 13.7 Consensus size: 3
26554 TTTTATTTAT
*
26564 TTA TT- TTA GTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
26604 TCATTCAGTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.06
3 32 0.94
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.03, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:37342 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 37309--37365 Score: 114
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
37299 TTCAAGGACA
37309 CACAATGGAAGATTTCAACAATACTTACT
1 CACAATGGAAGATTTCAACAATACTTACT
37338 CACAATGGAAGATTTCAACAATACTTAC
1 CACAATGGAAGATTTCAACAATACTTAC
37366 ACGGCTCTTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 28 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.21, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (29 bp):
CACAATGGAAGATTTCAACAATACTTACT
Found at i:37483 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 37465--37489 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
37455 CTTAAATACA
37465 AAAAAAAAAAAGG
1 AAAAAAAAAAAGG
37478 AAAAAAAAAAAG
1 AAAAAAAAAAAG
37490 AGGGTTTAAA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.88, C:0.00, G:0.12, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
AAAAAAAAAAAGG
Done.