Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01001129.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig01129, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13290
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.18, T:0.32
Found at i:534 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 526--567 Score: 84
Period size: 3 Copynumber: 14.0 Consensus size: 3
516 TATATATTAT
526 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA
1 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA
568 TATCTCCAGG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 39 1.00
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
ATA
Found at i:2793 original size:441 final size:434
Alignment explanation
Indices: 1718--2793 Score: 1301
Period size: 435 Copynumber: 2.5 Consensus size: 434
1708 AAACAATTCA
* *
1718 TTTTTTTGTTGGTTTATTTATCAAATGATCC-C-TATACTTTTATGTTTTATGCTATTTAGT-CT
1 TTTTTTTGTTGGATTATTTATCAAATGATCCTCATAT-CTTTTATGTTTTATGCTATTTAATCCT
* * * * *
1780 CTCACAATTTTTGGGTTGGACGATTGAACGTTTCGGCTTTAA--TTT-TTTTTTGTTTTGTTTGT
65 -TTA-AAATTATGGGTTGGACGATTGAACGTTTCGGCTTTAATTTTTGTTTTTTGTTCTATTTGT
* * * *
1842 CCAATCGAGGTAATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTCCATGATCTACAACTTTTATGAAGGAC
128 CCGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTACAACTTTTATGAAGGAC
* * * * *
1907 TCAAAAGTCAATTTTGAGGTTTCAATCCTCAAAAATGCTTTTGAAATTTTGTGGTCTCGATTGCC
193 TCAAAAGCCAATTTTGAGGTTTCAATCCTAAAAAATACTTCTAAAATTTTGTGGTCTCGATTGCC
* * *
1972 GGTCTATCTAATATCGTATAAATTTCGGTCCACTTGTTCGATTGAGGTTGTTCAAGTGTCGGTTA
258 GGTCTATCTAATATCGTATAAATTTCGGTCCACTTGTCCCATTGAGGTTGTTCAAGTGTCGATTA
* * * * * *
2037 AAAGGTTATTGTGTGATCTGACTTTTGTTAAGGGCCTGAAATCTTAATTTGATTAATGAGTTTCT
323 AAAGGTTATTGTATGATCTAACTTTCGTTAAGAGCCTGAAATATGAATTTGATTAATGAGTTTCT
* * *
2102 TGGAGGGTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTCTCCATAAACAAAT
388 TGGAAGATTCAAGAGAGAATTTTTATGTTTGGTCTCCATAAACAAAT
* * **
2149 TTTTTTTGTTGGATTATTTATCAAATGATCCTCATA-CATTAATAATTTATGCTATTTAATCCTT
1 TTTTTTTGTTGGATTATTTATCAAATGATCCTCATATCTTTTATGTTTTATGCTATTTAATCCTT
* * * *
2213 TACAATTATGGGTTGGATGATTGAACGTTTCGGCTTTTATTTTTGTATATTTTGTTCTACTTGTC
66 TAAAATTATGGGTTGGACGATTGAACGTTTCGGCTTTAATTTTTGT-T-TTTTGTTCTATTTGTC
* * * ** ** *
2278 GGAGCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAGTTTCATGATCTACTGCTTTCGTGAAGCACT
129 CGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTACAACTTTTATGAAGGACT
* * ** **
2343 CAGAAGCCAATTTTTG-TGTTTTGATCCTAAAAAATACTTCTAAAATTTTGTGGTCTCGATTGTT
194 CAAAAGCCAA-TTTTGAGGTTTCAATCCTAAAAAATACTTCTAAAATTTTGTGGTCTCGATTGCC
* * * * *
2407 GTTCTATCTAGTATTGTATAATTTTTGG-CTCACTTGTCCCATTGAGGTTGTTCAAGTGTCGATT
258 GGTCTATCTAATATCGTATAAATTTCGGTC-CACTTGTCCCATTGAGGTTGTTCAAGTGTCGATT
*
2471 AAAAGGTTATTGTATGATCTACAACTTTCGTTAAGAGCCTGAAATATGGATTTGATTAATGAGTT
322 AAAAGGTTATTGTATGATCT--AACTTTCGTTAAGAGCCTGAAATATGAATTTGATTAATGAGTT
* *
2536 T-TGTGGAAGATTCGAGAGAGAGTTTTTATGTTTGGTCTCCATAAACAAATATT
385 TCT-TGGAAGATTCAAGAGAGAATTTTTATGTTTGGTCTCCATAAAC-AA-A-T
* * *
2589 TTTTTTTGCTGGATTATCTATCAAATGATCCTCATATTTTTTATGTTTTATGCTATTTAATCCTT
1 TTTTTTTGTTGGATTATTTATCAAATGATCCTCATATCTTTTATGTTTTATGCTATTTAATCCTT
* * * * **
2654 TAAAATTATAGGTTAGACGATTTAACGCTTCCACTTTAATTCTTTTGTTTTTTGTTCTATTTGTC
66 TAAAATTATGGGTTGGACGATTGAACGTTTCGGCTTTAA-T-TTTTGTTTTTTGTTCTATTTGTC
* * *
2719 CGATCAAGGTGATTCGAGTGTCTAATAAAAGGTAATTTTATGAT-TAACAACTTTTATGAAGGAC
129 CGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCT-ACAACTTTTATGAAGGAC
2783 TCAAAAGCCAA
193 TCAAAAGCCAA
2794 ACTTTTAAAT
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 87, Indels: 30
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
430 32 0.06
431 51 0.09
432 6 0.01
433 3 0.01
434 2 0.00
435 186 0.35
436 6 0.01
437 76 0.14
438 2 0.00
439 1 0.00
440 36 0.07
441 129 0.24
442 2 0.00
443 6 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.18, T:0.43
Consensus pattern (434 bp):
TTTTTTTGTTGGATTATTTATCAAATGATCCTCATATCTTTTATGTTTTATGCTATTTAATCCTT
TAAAATTATGGGTTGGACGATTGAACGTTTCGGCTTTAATTTTTGTTTTTTGTTCTATTTGTCCG
ATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTACAACTTTTATGAAGGACTCA
AAAGCCAATTTTGAGGTTTCAATCCTAAAAAATACTTCTAAAATTTTGTGGTCTCGATTGCCGGT
CTATCTAATATCGTATAAATTTCGGTCCACTTGTCCCATTGAGGTTGTTCAAGTGTCGATTAAAA
GGTTATTGTATGATCTAACTTTCGTTAAGAGCCTGAAATATGAATTTGATTAATGAGTTTCTTGG
AAGATTCAAGAGAGAATTTTTATGTTTGGTCTCCATAAACAAAT
Found at i:2949 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2886--2967 Score: 119
Period size: 40 Copynumber: 2.0 Consensus size: 40
2876 CATAAATTAT
* * *
2886 TGATAGATAATCATGATAGATCATTTGATTAGTGTTCTAA
1 TGATACATAATAATGATAGATCATTTGATTAGTATTCTAA
* *
2926 TGATACATAATAATTATATATCATTTGATTAGTATTCTAA
1 TGATACATAATAATGATAGATCATTTGATTAGTATTCTAA
2966 TG
1 TG
2968 CATATATCAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 37 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.13, T:0.43
Consensus pattern (40 bp):
TGATACATAATAATGATAGATCATTTGATTAGTATTCTAA
Found at i:6415 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 6372--6458 Score: 140
Period size: 40 Copynumber: 2.2 Consensus size: 39
6362 TTTTAACCCC
*
6372 AGTTCTTTCTTGATTTGGC-TTAATCTTAGGCATAATTA
1 AGTTCTTGCTTGATTTGGCTTTAATCTTAGGCATAATTA
6410 TAGTTCTTGCTTGATTTGGCTTTAATCTTAGGCATAATTA
1 -AGTTCTTGCTTGATTTGGCTTTAATCTTAGGCATAATTA
6450 AGTCTCTTG
1 AGT-TCTTG
6459 ATTAATTATT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 1, Indels: 3
0.92 0.02 0.06
Matches are distributed among these distances:
39 21 0.47
40 24 0.53
ACGTcount: A:0.22, C:0.14, G:0.17, T:0.47
Consensus pattern (39 bp):
AGTTCTTGCTTGATTTGGCTTTAATCTTAGGCATAATTA
Done.