Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011352.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11373, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14113
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.20, T:0.31
Found at i:1920 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1838--2337 Score: 437
Period size: 35 Copynumber: 14.7 Consensus size: 35
1828 CATAATAAGC
1838 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGT-A---AGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
*
1868 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
** *
1903 GGCTTGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1938 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCT-AGT-AG---GT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAAGTCAGTTAGT
* * * * * *
1969 AACTTAATTCAGAGTAACTAAGTTAGTCAATAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
2004 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTTATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * * * * * *
2039 AATTTAATTCAGAGTAATTAAGAAATTTAGTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
*
2074 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCCAA-T-A---A-T
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAAGTCAGTTAGT
* * *
2104 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCTGTAATT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * *
2140 AACTTAATTCAGAGTAATTAAGTAAGTC-GGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * *
2174 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCGGTAATT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * *
2210 AACTTTATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC-GGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * * *
2244 CAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAATAAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
2280 AACTTAATTCAGGGTAATCAAGCAAGTCA-TT-GAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG-T
* *
2314 CGACTTAATTCAGGGTTATTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
2338 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 53, Indels: 45
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 27 0.07
31 52 0.13
32 2 0.01
34 11 0.03
35 290 0.74
36 10 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
Found at i:1952 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 1838--2337 Score: 505
Period size: 70 Copynumber: 7.3 Consensus size: 70
1828 CATAATAAGC
* *
1838 AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGT-AGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
1898 TTAGT
66 TTAAT
** * * *
1903 GGCTTGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCT-AGT-A
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAAGTCA
*
1966 G---GT
65 GTTAAT
* * * * *
1969 AACTTAATTCAGAGTAACTAAGTTAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
2034 TTATT
66 TTAAT
* * * * * *
2039 AATTTAATTCAGAGTAATTAAGAAATTTAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGCCA-
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
*
2099 ATAAT
66 TTAAT
* *
2104 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCTGTAATTAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTAAGTC-
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
*
2168 GGTAAT
65 GTTAAT
* *
2174 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCGGTAATTAACTTTATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC-
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
*
2238 GGTAAT
65 GTTAAT
* * * * *
2244 CAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAATAAATAACTTAATTCAGGGTAATCAAGCAAGTCA
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
*
2309 -TTGAT
65 GTTAAT
* *
2314 CGACTTAATTCAGGGTTATTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
2338 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 50, Indels: 31
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
65 18 0.05
66 103 0.28
67 3 0.01
69 8 0.02
70 234 0.64
71 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (70 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
TTAAT
Found at i:2049 original size:136 final size:136
Alignment explanation
Indices: 1837--2337 Score: 554
Period size: 136 Copynumber: 3.7 Consensus size: 136
1827 TCATAATAAG
* *
1837 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AG----TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCA
1 CAACTTAATTCA-GGTAATTAAGTAAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
** * * *
1897 GTTAGT-GGCTTGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGC
65 GTTA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGC
1961 TAGTAGGT
129 TAGTAGGT
* * *
1969 -AACTTAATTCAGAGTAACTAAGTTAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCA
1 CAACTTAATTCAG-GTAATTAAGTAAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * * * * * *
2033 GTTATTAATTTAATTCAGAGTAATTAAGAAATTTAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCC
65 GTTATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCT
* *
2098 AATA-AT
130 AGTAGGT
** * *
2104 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCTGTAATTAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTAAGTCG
1 CAACTTAATTCA-GGTAATTAAGTAAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* * *
2169 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCGGTAATTAACTTTATTCAGGGTAATTAAG-T
65 GTTATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCT
*
2233 AAGTCGGTAAT
130 -AGTAGG---T
* * *
2244 CAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTCAATAAATAACTTAATTCAGGGTAATCAAGCAAGTCA
1 CAACTTAATTCA-GGTAATTAAGTAAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
* *
2309 -TTGATCGACTTAATTCAGGGTTATTAAGT
65 GTT-ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
2338 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 48, Indels: 22
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
130 1 0.00
131 20 0.07
132 2 0.01
135 2 0.01
136 197 0.64
137 1 0.00
139 1 0.00
140 82 0.27
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (136 bp):
CAACTTAATTCAGGTAATTAAGTAAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
TTATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCTA
GTAGGT
Found at i:5549 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 5518--5571 Score: 72
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
5508 CGATAAGTAT
* * * *
5518 TTTTCAAAAATTATTTTTGAAAAGG
1 TTTTCAAAAATGAGTTTTCAAAAAG
5543 TTTTCAAAAATGAGTTTTCAAAAAG
1 TTTTCAAAAATGAGTTTTCAAAAAG
5568 TTTT
1 TTTT
5572 TCGAGTTTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (25 bp):
TTTTCAAAAATGAGTTTTCAAAAAG
Found at i:6261 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 6241--6286 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
6231 TGAAGCAATC
6241 GAAAAAGAAAG-GAAA
1 GAAAAAGAAAGAGAAA
6256 GAAAAAAGAAAGAGAAA
1 G-AAAAAGAAAGAGAAA
*
6273 -AAGAAGAAAAGAGA
1 GAAAAAG-AAAGAGA
6287 TAAAGCTCTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 5
0.82 0.03 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.22
16 17 0.63
17 4 0.15
ACGTcount: A:0.74, C:0.00, G:0.26, T:0.00
Consensus pattern (16 bp):
GAAAAAGAAAGAGAAA
Found at i:7936 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 7826--7940 Score: 108
Period size: 35 Copynumber: 3.3 Consensus size: 35
7816 GAAATGATCG
*
7826 AGGGTGGTCATTTTTCAGTTCATTTCAGTTGAACC
1 AGGGTGGTCATTTTTCAGTTTATTTCAGTTGAACC
* * * * * * *
7861 AGGGCGGT--TTTCCTTTAGTTTGTGTCAGAATGATCG
1 AGGGTGGTCATTT--TTCAGTTTATTTCAG-TTGAACC
*
7897 AGGGTGGTCATTTTTCAGTTTATTTCAGTTGACCC
1 AGGGTGGTCATTTTTCAGTTTATTTCAGTTGAACC
7932 AGGGTGGTC
1 AGGGTGGTC
7941 TTTCTTCGGT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 15, Indels: 10
0.71 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
33 3 0.05
35 31 0.52
36 23 0.38
38 3 0.05
ACGTcount: A:0.17, C:0.16, G:0.28, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
AGGGTGGTCATTTTTCAGTTTATTTCAGTTGAACC
Found at i:7982 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 7877--8002 Score: 119
Period size: 36 Copynumber: 3.5 Consensus size: 35
7867 GTTTTCCTTT
* *
7877 AGTTTGTGTCAGAATGATCGAGGGTGGTCATTTTTC
1 AGTTTGT-TCGGAATGATCGAGGGTGGTCATTCTTC
* * * * * *
7913 AGTTTATTTCAG-TTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTC
1 AGTTT-GTTCGGAATGATCGAGGGTGGTCATTCTTC
* *
7948 GGTTTGCATCGGAATGATCGAGGGTGGTCATTCTTC
1 AGTTTG-TTCGGAATGATCGAGGGTGGTCATTCTTC
7984 AGTTTAGTTCGGAATGATC
1 AGTTT-GTTCGGAATGATC
8003 CAATGTGGTT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 16, Indels: 8
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
35 25 0.36
36 43 0.61
37 2 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.15, G:0.29, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
AGTTTGTTCGGAATGATCGAGGGTGGTCATTCTTC
Found at i:7988 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 7783--7989 Score: 247
Period size: 71 Copynumber: 2.9 Consensus size: 70
7773 AATGCTTCAA
* * * *
7783 TGACCCAGGGTGGTCTTTTCGTCTGTTT-AGTCCGAAATGATCGAGGGTGGTCATTTTTCAGTTC
1 TGACCCAGGGTGGTC-TTTCTTCAGTTTGA-T-CGGAATGATCGAGGGTGGTCATTTTTCAGTTT
7847 ATTTCAGT
63 ATTTCAGT
* * * * *
7855 TGAACCAGGGCGGT-TTTCCTTTAGTTTGTGTCAGAATGATCGAGGGTGGTCATTTTTCAGTTTA
1 TGACCCAGGGTGGTCTTT-CTTCAGTTTG-ATCGGAATGATCGAGGGTGGTCATTTTTCAGTTTA
7919 TTTCAGT
64 TTTCAGT
* *
7926 TGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCGGTTTGCATCGGAATGATCGAGGGTGGTCATTCTTCAGTTTA
1 TGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTG-ATCGGAATGATCGAGGGTGGTCATTTTTCAGTTTA
7990 GTTCGGAATG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 17, Indels: 9
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
70 3 0.03
71 95 0.83
72 16 0.14
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.28, T:0.39
Consensus pattern (70 bp):
TGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTGATCGGAATGATCGAGGGTGGTCATTTTTCAGTTTATT
TCAGT
Found at i:11814 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 11736--12511 Score: 667
Period size: 35 Copynumber: 22.7 Consensus size: 35
11726 CATCATAAGC
11736 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT---T-AG-TAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAA-T
* * *
11767 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
** *
11802 GGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
*
11837 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCT-AGT-AG---GT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAAGTCAGTTAAT
* * * *
11868 AACTTAATTCAGAGTAACTAAGTTAGTCA-ATAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAA-T
* *
11903 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTTATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* * * * *
11938 AATTTAATTCAGAGTAATTAAGAAATTTAG-TAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAA-T
*
11973 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAA---A--TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
*
12003 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC-GGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
*
12038 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC-GGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
*
12073 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC-GGTAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* *
12108 CAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTC-GGTAATT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAA-T
* *
12144 AACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTAAGTC-GGTAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
*
12178 CAACTTAATTCAGGGTAATTATGTAAGTCAG-TAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* *
12213 CAACTTAATTCAGGGTAATTGAGTGAGTCAG-TAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* * * * *
12248 CAACTTTAATTTAGGGTAGTTAAGTGAGTTA-ATAAGT
1 -AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAA-T
* * * *
12285 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTTAATGAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTTAAT
*
12320 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG-TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
*
12354 CAACTTAGTTCAGGGTAA-T---TAAGTCAG-TAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
*
12385 CAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG-TAAT
1 -AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
*
12421 CAACTTAGTTCAGGGTAA-T---TAAGTCAG-TAAT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* * *
12452 CAACTTTAATTCAGGGTAATCAAGCAAGTCA-TTGAT
1 -AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
*
12488 CGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
12512 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 58, Indels: 78
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 2 0.00
31 104 0.16
32 28 0.04
33 1 0.00
34 12 0.02
35 433 0.67
36 65 0.10
37 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
Found at i:11911 original size:101 final size:102
Alignment explanation
Indices: 11735--12511 Score: 734
Period size: 101 Copynumber: 7.5 Consensus size: 102
11725 TCATCATAAG
* * *
11735 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTTAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTA
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TA
* ** *
11800 GT-GGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
65 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* * * * *
11837 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGCT-AGTAGGTAACTTAATTCAGAGTAACTAAGTTAGTCAATA
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA
* *
11900 ATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTT-AT
65 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* * * * * *
11937 TAATTTAATTCAGAGTAATTAAGAAATTTAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAA---A
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAG----TAAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
*
11999 -TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC-GGTAAT
62 GTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
12038 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCGGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA----GTAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* * *
12102 GGTAATCAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAGTC-GGTAAT
61 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* * *
12143 TAACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTAAGTCGGTAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTATGTAAGTC
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA----GTAAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTC
* *
12207 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTGAGTGAGTCAG-TAAT
61 AGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* * *
12248 CAACTTTAATTTAGGGTAGTTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTT
1 CAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGT-A---AGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-T
* * * *
12312 TAATGAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG-TAAT
60 CAGT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* * *
12354 CAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTCAGTAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGT
1 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT
*
12418 AATCAACTTAGTTCAGGGTAA-T---TAAGTCAG-TAAT
64 AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
* * * *
12452 CAACTTTAATTCAGGGTAATCAAGCAAGTCATTGATCGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 CAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-A-AG-T-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
12512 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 61, Indels: 70
0.82 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
97 2 0.00
98 15 0.03
99 20 0.03
100 9 0.02
101 193 0.33
102 61 0.11
103 6 0.01
104 1 0.00
105 182 0.31
106 85 0.15
107 4 0.01
110 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (102 bp):
CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA
TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAAT
Done.