Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011363.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11384, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13896
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.18, T:0.31
Found at i:600 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 583--614 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
573 ATTAAATTAA
583 AT AT A- AT AT A- AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
615 GTGTGTGTGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 4
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
1 2 0.07
2 26 0.93
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:3507 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 3466--5126 Score: 1834
Period size: 37 Copynumber: 45.2 Consensus size: 37
3456 ACCATATGCA
* * *
3466 TAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTACTTCAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
*
3503 TAAGTAAAAGCAG-TAAAGGACTTAATTCAAGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
3539 TAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAAC
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
** * * *
3576 TAAGTAAACTCAG-CACA-GACTTAATTCAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * **
3611 TAAGT-AAAGCAG-TAAAGGACTTAGTACAGGAAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * * *
3646 TAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAGTACAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
3683 TAAGTAAAAGCAG-TAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
*
3719 TAAGTAAAAACAG-TAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
*
3755 TAAGTAAAAGCAG--AAAAGACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
*
3790 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
** *
3827 TAAGTGAAAA-CAGTTAAAAAACTTAATTCAGAGTAAT
1 TAAGT-AAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
3864 CAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
3901 TAAGTAAACACAGCAGTCAAAGGACTTAATTTAGGGAAAT
1 TAAGT-AA-A-AGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* *
3941 TAAGTAAAAACAGTAAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
3978 TAAGTAATAA-CAGTCAAAGGACTTAATTCAAGGAAAT
1 TAAGTAA-AAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* *
4015 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCATGGTGAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * * *
4052 TAAGTAAAAACAGTCAAAGGACTTAACTCATGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
4089 TAAGTAAAAGCAGTAAAATGACTTAATTCATGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
4126 TAAGTAAAAGTAGTTAAATGACTTAATTCAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
** * * *
4163 TAAGTAAACTCAG-CACA-GACTTAATTCAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
** * * *
4198 TAAGTAAACTCAG-CACA-GACTTAATTCAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* *
4233 TAAGTAAAAGCA-ATAAAGGACTTAATTCAAGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
4269 TAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAGTTCAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
*
4306 TAAGTAAAAGCAG-TAAAGGACTTAATTCAGGGTAGT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* *
4342 TAAGTAAAAACAG-TAAAAGACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
*
4378 TAAGTAAAAGCAGTATAAA--ACTTAATTTAGGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGT-TAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
** *
4414 TAAGTAAAAGCAGTTAAAAAACTTAATTCAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* *
4451 TAAGTAAACACAGCAGTCAAAGGACTTAATTCAGGGAAAT
1 TAAGT-AA-A-AGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* *
4491 TAAGTAAAAGCAGTAAAAGGACTTAATTCAGGTTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
4528 TAAGTAACAA-CAGTCAAAGGACTTAATTCAAGGAAAT
1 TAAGTAA-AAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* *
4565 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACCTAATTCATGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
4602 TAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTTAATTCATGGCAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
4639 TAAGTAAAAGTAGTAAAAGGACTTAATTCATGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* **
4676 TAAGTAAAAACAG-TAAAAAACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* *
4712 TAACTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
*
4749 TAAGTAAAAGCAGTTAAA-AACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
4785 TAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAATTCAGAGAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
4822 TAAGTAAACA-CAGTAGTCAAAGGACTTAATTTAGTGAAAT
1 TAAGTAAA-AGCAGT--T-AAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
*
4862 TAAGTAAAAGCAGTAAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * ****
4899 TAAGTAACAGCAGTGAAAGGACTTAATTCAATAAAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* ** **
4936 TAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACCTT--TT---TTTTTT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA-CTTAATTCAGGGTAAT
** * * *
4969 TTTG-AAAGGTAGTAGTTAAAGGATTTAATTCATGGTAAT
1 TAAGTAAA---AGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
5008 TAAGTAAAATCAGTCAAAGGACTTAATTCATGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
5045 TAAGTAAAAGCAGTAAAAGAACTTAATTCATGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
* *
5082 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAGTTCATGGTAAT
1 TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
*
5119 CAAGTAAA
1 TAAGTAAA
5127 GTAAAGCACA
Statistics
Matches: 1408, Mismatches: 174, Indels: 84
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
32 3 0.00
33 4 0.00
34 9 0.01
35 158 0.11
36 306 0.22
37 797 0.57
38 22 0.02
39 12 0.01
40 97 0.07
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
TAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAAT
Found at i:4168 original size:31 final size:33
Alignment explanation
Indices: 4145--4239 Score: 154
Period size: 35 Copynumber: 2.8 Consensus size: 33
4135 GTAGTTAAAT
4145 GACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACTCAGCACA
1 GACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AACTCA-CACA
4180 GACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACTCAGCACA
1 GACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AACTCA-CACA
4215 GACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAA
1 GACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAA
4240 AAGCAATAAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 0, Indels: 1
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 2 0.03
35 58 0.97
ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (33 bp):
GACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAACTCACACA
Found at i:4633 original size:587 final size:586
Alignment explanation
Indices: 3466--4928 Score: 2052
Period size: 587 Copynumber: 2.5 Consensus size: 586
3456 ACCATATGCA
* * * *
3466 TAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTT-ACTTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGGACTTAATT
1 TAAGTAAAAACAGTAAAAGGACTTAAC-TCATGGTAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGACTTAATT
*
3530 CAAGGTAATTAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAACTAAGTAAACTCAGCACAGA
65 CAAGGTAATTAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACTCAGCACAGA
* * * * * *
3595 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGCAGTAAAGGACTTAGTACAGGAAAATTAAGTAAAAGTAGT
130 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAATCAGTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGA
* * *
3660 TAAAGGACTTAGTACAGGGAAATTAAGTAAAAGCAG-TAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
195 TAAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* *
3724 AAAAACAGTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGAAAAGACTTAATTCAGGGTAA
260 AAAAGCAGTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAGAAAAGACTTAATTCAGGGTAA
3789 TTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTGAAAACAGTTAAAAAACTTAAT
325 TTAAGTAAAAGCAGTTAAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAAGTGAAAACAGTTAAAAAACTTAAT
* * * *
3854 TCAGAGTAATCAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACACAGCAGTC
389 TCAGAGAAATCAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACACAGCAGTA
* * *
3919 AAAGGACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAAACAGTAAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
454 AAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAACAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTA
* * *
3984 ATAACAGTCAAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCATGGT
519 ATAACAGTCAAAGGACCTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTTAATTCATGGC
*
4049 GAT
584 AAT
*
4052 TAAGTAAAAACAGTCAAAGGACTTAACTCATGGTAATTAAGTAAAAGCAGTAAAATGACTTAATT
1 TAAGTAAAAACAGTAAAAGGACTTAACTCATGGTAATTAAGTAAAAGCAGTAAAA-GACTTAATT
* *
4117 CATGGTAATTAAGTAAAAGTAGTTAAATGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACTCAGCACAGA
65 CAAGGTAATTAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACTCAGCACAGA
* *
4182 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACTCAGCACA-GACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCA-
130 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAA-TCAGTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAG
* * * *
4245 ATAAAGGACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAGTTCAGGGAAATTAAG
194 ATAAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAG
*
4310 TAAAAGCAGTAAAGGACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTAAAAACAGTAAAAGACTTAATTCAGGGT
259 TAAAAGCAGTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAG-AAAAGACTTAATTCAGGGT
* *
4375 AATTAAGTAAAAGCAGTATAAA-ACTTAATTTAGGGTAATTAAGT-AAAAGCAGTTAAAAAACTT
323 AATTAAGTAAAAGCAGT-TAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTGAAAA-CAGTTAAAAAACTT
* *
4438 AATTCAGGGAAATTAAGTAAACACAGCAGTCAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AA-A-A
386 AATTCAGAGAAATCAAGT-AA-A-AGCAGTCAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACACA
** * *
4500 GCAGTAAAAGGACTTAATTCAGGTTAATTAAGTAACAACAGTCAAAGGACTTAATTCAAGGAAAT
448 GCAGTAAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAACAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGAAAT
* * *
4565 TAAGTAA-AAGCAGTTAAAGGACCTAATTCATGGTAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTTAAT
513 TAAGTAATAA-CAGTCAAAGGACCTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTTAAT
4629 TCATGGCAAT
577 TCATGGCAAT
** * * *
4639 TAAGTAAAAGTAGTAAAAGGACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAAAACAGTAAAAAACTTAATTC
1 TAAGTAAAAACAGTAAAAGGACTTAACTCATGGTAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGACTTAATTC
* * * ** * * *
4704 AGGGTAATTAACTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAAA
66 AAGGTAATTAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACTCAG-CACAGA
* *
4769 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGT-AGTTAAAGGACTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAACA-
130 CTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAA-TCAG-TAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAA-AG
* *
4832 CAGTAGTCAAAGGACTTAATT-TAGTGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGGACTTAATTCAGGGT
191 CAG-A-T-AAAGGACTTAATTCAAG-GAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGT
*
4896 AATTAAGTAACAGCAGTGAAAGGACTTAATTCA
252 AATTAAGTAAAAGCAGT-AAAGGACTTAATTCA
4929 ATAAAATTAA
Statistics
Matches: 781, Mismatches: 74, Indels: 36
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
586 146 0.19
587 436 0.56
588 50 0.06
589 34 0.04
590 33 0.04
591 1 0.00
592 3 0.00
593 63 0.08
594 15 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (586 bp):
TAAGTAAAAACAGTAAAAGGACTTAACTCATGGTAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGACTTAATTC
AAGGTAATTAAGTAAAAGTAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACTCAGCACAGAC
TTAATTCAGGGAAATTAAGTAAATCAGTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGAT
AAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
AAAGCAGTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAGAAAAGACTTAATTCAGGGTAAT
TAAGTAAAAGCAGTTAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTGAAAACAGTTAAAAAACTTAATTC
AGAGAAATCAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAACACAGCAGTAAA
AGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAACAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAT
AACAGTCAAAGGACCTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTTAATTCATGGCAA
T
Found at i:5165 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 5122--5570 Score: 606
Period size: 41 Copynumber: 11.0 Consensus size: 41
5112 TGGTAATCAA
*
5122 GTAAAG-TAAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGG-AATTGAA
1 GTAAAGAT-AAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATT-AG
5163 GTAAAGA-ATAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
1 GTAAAGATA-AGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
*
5204 GTAAAGATAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGGAATTAG
1 GTAAAGATAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
* * * *
5245 GTAAAGACAAACACAGACTTAATTTCAGGGAAGGAAATTAA
1 GTAAAGATAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
* * *
5286 GTAGAG-TATAGCACAGACTTAATTTCAAGGATGGAAATTAA
1 GTAAAGATA-AGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
*
5327 GTAAAG-TATAGCACAGACTTAATTTCAAGCAAGGAAATTAG
1 GTAAAGATA-AGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
* *
5368 GT-AAGA-ATAGCACAAACTTAATTTCAAGAAAGGAAATTAG
1 GTAAAGATA-AGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
*
5408 GTAAAGATAAGCACAAACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
1 GTAAAGATAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
*
5449 GTAAAGATAAGCACATACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
1 GTAAAGATAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
* * *
5490 GTAAAGACAAGCACAAACTTAATTTCAAAGAAGGAAATTAG
1 GTAAAGATAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
* * * *
5531 GTAAAGATAAGCATAAATTTAATTTTAAGGAAGGAAATTA
1 GTAAAGATAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTA
5571 AACCTAAGTA
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 28, Indels: 16
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
40 39 0.10
41 327 0.88
42 6 0.02
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.20, T:0.23
Consensus pattern (41 bp):
GTAAAGATAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAG
Found at i:5909 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 5885--5915 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
5875 AACTTAACCG
5885 TTCTATTTTTTTCTTT
1 TTCTATTTTTTTCTTT
*
5901 TTCTTTTTTTTTCTT
1 TTCTATTTTTTTCTT
5916 CCCTTTTCTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.13, G:0.00, T:0.84
Consensus pattern (16 bp):
TTCTATTTTTTTCTTT
Found at i:5922 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5885--5937 Score: 65
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
5875 AACTTAACCG
* *
5885 TTCTATTTT-TTTCTTTTTCT
1 TTCTATTTTCTTCCCTTTTCT
*
5905 TT-TTTTTTCTTCCCTTTTCT
1 TTCTATTTTCTTCCCTTTTCT
5925 TTCTATTTTCTTC
1 TTCTATTTTCTTC
5938 TTCATCTCCG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 3
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.19
20 13 0.48
21 9 0.33
ACGTcount: A:0.04, C:0.21, G:0.00, T:0.75
Consensus pattern (21 bp):
TTCTATTTTCTTCCCTTTTCT
Found at i:5952 original size:34 final size:33
Alignment explanation
Indices: 5914--5979 Score: 114
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
5904 TTTTTTTTTC
*
5914 TTCCCTTTTCTTTCTATTTTCTTCTTCATCTCCG
1 TTCCCTTTTCTTTCTATTTTCCT-TTCATCTCCG
5948 TTCCCTTTTCTTTCTATTTTCCTTTCATCTCC
1 TTCCCTTTTCTTTCTATTTTCCTTTCATCTCC
5980 TGCGATCTCC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 1
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
33 9 0.29
34 22 0.71
ACGTcount: A:0.06, C:0.33, G:0.02, T:0.59
Consensus pattern (33 bp):
TTCCCTTTTCTTTCTATTTTCCTTTCATCTCCG
Found at i:11704 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11668--11717 Score: 91
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
11658 TGATAGAATG
11668 CATACTTCATATATGGAGGGATCAT
1 CATACTTCATATATGGAGGGATCAT
*
11693 CATACTTTATATATGGAGGGATCAT
1 CATACTTCATATATGGAGGGATCAT
11718 TTTCCTCTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 24 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (25 bp):
CATACTTCATATATGGAGGGATCAT
Found at i:11893 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 11872--11914 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 15
11862 TTTTGGTTAA
*
11872 TTATATTTATTTATAT
1 TTATATTTATATAT-T
11888 TTATATTTATATATT
1 TTATATTTATATATT
11903 TTA-ATTT-TATAT
1 TTATATTTATATAT
11915 GGAATATATG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.19
14 4 0.15
15 4 0.15
16 13 0.50
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (15 bp):
TTATATTTATATATT
Found at i:12342 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 12324--12348 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
12314 GGAAAAAATA
12324 ACAAACAAATAAT
1 ACAAACAAATAAT
12337 ACAAACAAATAA
1 ACAAACAAATAA
12349 AAAGTTAGAC
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.72, C:0.16, G:0.00, T:0.12
Consensus pattern (13 bp):
ACAAACAAATAAT
Found at i:13760 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 13719--13760 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
13709 AAATCATAGT
* * *
13719 AAAATCAAGATAATCAATCA
1 AAAACCAAGATAATAAACCA
13739 AAAACCAAGATAATAAACCA
1 AAAACCAAGATAATAAACCA
13759 AA
1 AA
13761 CCAGTCAAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.17, G:0.05, T:0.14
Consensus pattern (20 bp):
AAAACCAAGATAATAAACCA
Done.