Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011386.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11407, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30530
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.19, T:0.34
Found at i:2003 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 1950--2038 Score: 142
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
1940 CTGCAATTGT
*
1950 TGCCCAATATGAAGGAGGACCATACGATGGACTGTGTTGCATG
1 TGCCCAATATGAAGGAAGACCATACGATGGACTGTGTTGCATG
* *
1993 TGCCGCAATATGAAGGAAGACCATACGATGGGCTGTGTTGTATG
1 TGCC-CAATATGAAGGAAGACCATACGATGGACTGTGTTGCATG
2037 TG
1 TG
2039 GTGCACATGC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 1
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
43 4 0.10
44 38 0.90
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.31, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
TGCCCAATATGAAGGAAGACCATACGATGGACTGTGTTGCATG
Found at i:2563 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 2501--2565 Score: 78
Period size: 28 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28
2491 TTGCGGGCTC
* *
2501 TTGCAATTCTGGTTAGTTGCGGAAAATT
1 TTGCAATTTTGGGTAGTTGCGGAAAATT
* * *
2529 TTGGAATTTTGGGTATTTGCGG-TAATT
1 TTGCAATTTTGGGTAGTTGCGGAAAATT
2556 TTGCAATTTT
1 TTGCAATTTT
2566 TTGGTTGCTG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 1
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 13 0.42
28 18 0.58
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.25, T:0.46
Consensus pattern (28 bp):
TTGCAATTTTGGGTAGTTGCGGAAAATT
Found at i:4147 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 4072--4179 Score: 99
Period size: 27 Copynumber: 3.9 Consensus size: 26
4062 TATGCTGGAA
* *
4072 CTCCCGCAATTGGGGCTCACGCTATGCAG
1 CTCCCGCAGTTGGGACTCACGCTA---AG
* * *
4101 CTCCCGCGGTTAGGATTCACGCTCAAG
1 CTCCCGCAGTTGGGACTCACGCT-AAG
*
4128 CTCCCGCAGTTGGGACTCACGTTGAAG
1 CTCCCGCAGTTGGGACTCACGCT-AAG
*
4155 CTCCCGCAGTTTGGGACTTACGCTA
1 CTCCCGCAG-TTGGGACTCACGCTA
4180 TAAAATTCCC
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 12, Indels: 6
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 34 0.52
28 12 0.18
29 18 0.28
30 1 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.27, T:0.23
Consensus pattern (26 bp):
CTCCCGCAGTTGGGACTCACGCTAAG
Found at i:7739 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 7707--7763 Score: 87
Period size: 28 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
7697 CTAACAATTG
7707 GAACAATTGTGAATTAATCTCATAGGAA
1 GAACAATTGTGAATTAATCTCATA-GAA
* *
7735 GAACAATTGTGATTTAATCTCTTAGAA
1 GAACAATTGTGAATTAATCTCATAGAA
7762 GA
1 GA
7764 GAAACTACTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 5 0.19
28 22 0.81
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (27 bp):
GAACAATTGTGAATTAATCTCATAGAA
Found at i:9358 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 9340--9368 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
9330 TCTCAACCTT
9340 AAGATTAAAAA-AA
1 AAGATTAAAAATAA
9353 AAGATTAAAAATAA
1 AAGATTAAAAATAA
9367 AA
1 AA
9369 ACAAAAGTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.73
14 4 0.27
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.07, T:0.17
Consensus pattern (14 bp):
AAGATTAAAAATAA
Found at i:9374 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 9345--9393 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
9335 ACCTTAAGAT
9345 TAAAAAAAAAG-ATTAAAAA
1 TAAAAAAAAAGTATTAAAAA
9364 TAAAAACAAAAGTATTAAAAA
1 TAAAAA-AAAAGTATTAAAAA
9385 TAAAGAAAA
1 TAAA-AAAA
9394 GAACACAATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 4
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.22
20 5 0.19
21 14 0.52
22 2 0.07
ACGTcount: A:0.76, C:0.02, G:0.06, T:0.16
Consensus pattern (20 bp):
TAAAAAAAAAGTATTAAAAA
Found at i:11407 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 11340--11454 Score: 140
Period size: 32 Copynumber: 3.5 Consensus size: 32
11330 ATCTTTTTAG
* *
11340 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAACTATCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTA-T---TCCACTTAATTACCCTGA
11376 ATTAAGTTCTTTATTCCACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTCCACTTAATTACCCTGA
*
11408 ATTAAGTTCTTTATTCTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTCCACTTAATTACCCTGA
* **
11440 AATAAGCCCTTTATT
1 ATTAAGTTCTTTATT
11455 TACTCTACTT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 6, Indels: 4
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
32 59 0.81
35 1 0.01
36 13 0.18
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (32 bp):
ATTAAGTTCTTTATTCCACTTAATTACCCTGA
Found at i:12375 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 11464--12396 Score: 958
Period size: 41 Copynumber: 24.1 Consensus size: 40
11454 TTACTCTACT
* *
11464 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTG-CCTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
* *
11503 TAATTTCCTTCCATGAAATTAAGTATGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTT-CTTTACC
* *
11544 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAATCCGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTT-CTTTACC
*
11581 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCCGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTT-CTTTACC
* *
11618 TAATTTCTTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTT-CTTTACC
*
11659 TAATTTCCTTCATTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTT-CTTTACC
* *
11700 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAATCAGT-CTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
**
11739 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCACT-CTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
*
11778 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCAGT-CTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
* * *
11817 TAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTCAGT-CTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
* * *
11856 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGT-C--TGTTTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
11889 TAATTTCCTT-CTTCGAAATTAAGT-TAGT-CTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTT-GAAATTAAGTCT-GTGCTTTCTTTACC
*
11928 TAATTTCCTT-CTTCGAAATTAAGT-TAGT-CTCTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTT-GAAATTAAGTCT-GTGCTTTCTTTACC
*
11967 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGT-CTATT-TTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCT-TTCTTTACC
* *
12002 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGT-CTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
* *
12037 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGT-CTTTCTTTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
* *
12072 TAATTTCCTT-TTTCGAAATTAAGTCAGT-CTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTT-GAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
* *
12111 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCAGT-CTTTCTTTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
* * **
12146 TAATTTCCTT-CTTCGAAATTAAGTCAGTGCTATACTTTAAT
1 TAATTTCCTTCCTT-GAAATTAAGTCTGTGCT-TTCTTTACC
* *
12187 TAATTTCCTTCCTTGAACTTAAGTCTGTGCTTTACCTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTT-CTTTACC
* *
12228 TAATTTCCTTTCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACCTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTT-CTTTACC
*
12269 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTT-CTTTACC
* *
12310 TAATTTCCTTCCTTCAAATTAAGTCTGTGCTCATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCT-TTCTTTACC
* *
12351 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGTTTGTCTTTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT-TCTTTACC
12392 TAATT
1 TAATT
12397 ACCATGAATT
Statistics
Matches: 801, Mismatches: 58, Indels: 68
0.86 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 9 0.01
34 1 0.00
35 140 0.17
36 9 0.01
37 88 0.11
38 5 0.01
39 241 0.30
40 10 0.01
41 294 0.37
42 4 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (40 bp):
TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTCTTTACC
Found at i:12467 original size:77 final size:75
Alignment explanation
Indices: 12386--12800 Score: 438
Period size: 77 Copynumber: 5.5 Consensus size: 75
12376 TGTGTTTGTC
* **
12386 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGTTGTGTTTACTTAATTACGATGAATTAAGT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTG-TGT-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT
*
12451 CCTTTTACTACT
64 CCTTTTACTGCT
*
12463 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCTTTTAACTGTTGTTTTCACTTAA-TTCCCATGAATTAAG
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTG-TGTTTT-ACTTAATTTCCC-TGAATTAAG
*
12527 TCCTTTTACTGTT
63 TCCTTTTACTGCT
* * *
12540 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTGACCG-CTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCC
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGTGTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCC
*
12604 TTTGACTGCTGT
66 TTTTACTGC--T
** *
12616 GTTTACTTAATTACTTTGAATTAAG-CC-TT---TGTGATTTTAGTTAATTT-CCTAGAATTAAG
1 -TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGTG-TTTTACTTAATTTCCCT-GAATTAAG
* *
12675 TACTTTGACTGCT
63 TCCTTTTACTGCT
* * * * *
12688 GTTACTTAATTTTCC-TGAATTAAGTCTTTTAACTG-CTTTTACTTAATTTCCCTTAATTAAGT-
1 TTTACTTAA-TTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGTGTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTC
*
12750 CATTTACTGCT
65 CTTTTACTGCT
* * *
12761 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCATTTGACTGTGTTT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGTGTTT
12801 AATTTTCTTA
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 32, Indels: 39
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
71 17 0.06
72 10 0.03
73 40 0.14
74 79 0.27
75 14 0.05
76 10 0.03
77 118 0.41
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (75 bp):
TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGTGTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCC
TTTTACTGCT
Found at i:12481 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 12386--12795 Score: 386
Period size: 37 Copynumber: 10.9 Consensus size: 37
12376 TGTGTTTGTC
* *
12386 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGTTGT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTG--CT
* *
12425 GTTTACTTAATTACGATGAATTAAGTCCTTTTACTACT
1 -TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
*
12463 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGT-CTTTTAACTGTTGT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTT-ACTG--CT
* *
12502 TTTCACTTAATTCCCATGAATTAAGTCCTTTTACTGTT
1 TTT-ACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* *
12540 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTGACCGCT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * *
12577 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTGACTGCTGT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGC--T
** * *
12616 GTTTACTTAATTACTTTGAATTAAG-CC-TTT-GTGAT
1 -TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * * *
12651 TTTAGTTAATTTCC-TAGAATTAAGTACTTTGACTGCT
1 TTTACTTAATTACCAT-GAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* *
12688 GTTACTTAATTTTCC-TGAATTAAGT-CTTTTAACTGCT
1 TTTACTTAA-TTACCATGAATTAAGTCCTTTT-ACTGCT
* * * *
12725 TTTACTTAATTTCCCTTAATTAAGT-CATTTACTGCT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * *
12761 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCATTTGACTG
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTG
12796 TGTTTAATTT
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 40, Indels: 35
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
33 1 0.00
34 19 0.06
35 2 0.01
36 45 0.14
37 144 0.46
38 13 0.04
39 7 0.02
40 78 0.25
41 5 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (37 bp):
TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
Found at i:12596 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 12381--12795 Score: 461
Period size: 114 Copynumber: 3.7 Consensus size: 114
12371 AAGTCTGTGT
* *
12381 TTGTCTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTAACTGTTGTGTTTACTTAATTACGATGAAT
1 TTGTCTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTG-T-T-TTTACTTAATTACCATGAAT
* * * *
12446 TAAGTCCTTTTACTACTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCTTTTAACTG
63 TAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTAACTG
*
12498 TTGT-TTTCACTTAATTCCCATGAATTAAGTCCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCATGAATTA
1 TTGTCTTT-ACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCATGAATTA
* * *
12562 AGTCCTTTGACCGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTGACTG
65 AGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTAACTG
* * ** * * * *
12612 CTGTGTTTACTTAATTACTTTGAATTAAG-CC-TTT-GTGATTTTAGTTAATTTCC-TAGAATTA
1 TTGTCTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCAT-GAATTA
* * *
12673 AGTACTTTGACTGCTGTTACTTAATTTTCCTGAATTAAGTCTTTTAACTG
65 AGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTAACTG
* * * * * * *
12723 --CT-TTTACTTAATTTCCCTTAATTAAGT-CATTTACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAA
1 TTGTCTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCATGAATTAA
*
12784 GTCATTTGACTG
66 GTCCTTTGACTG
12796 TGTTTAATTT
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 35, Indels: 21
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
108 21 0.08
109 4 0.02
110 33 0.13
111 66 0.26
112 3 0.01
113 2 0.01
114 85 0.33
115 4 0.02
116 4 0.02
117 34 0.13
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (114 bp):
TTGTCTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGTTTTTACTTAATTACCATGAATTAA
GTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTTAACTG
Found at i:12824 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 12760--12909 Score: 153
Period size: 42 Copynumber: 3.6 Consensus size: 42
12750 CATTTACTGC
* **
12760 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCATTTG-ACTGTGTTTAA
1 TTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAGAC-TTTGAACTGTACTTAA
* *
12803 TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAAACTTTGAACTGTACTTGA
1 TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGAACTGTACTTAA
* * * *
12845 CTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGAC-TT-ATCTTTTCTTAA
1 TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGAACTGTACTTAA
* *
12885 TTTCTCTTAATTACACTGGATTAAG
1 TTT-TCTTAATTACCCTGAATTAAG
12910 GTTTTAACTG
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 14, Indels: 6
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 10 0.11
41 25 0.27
42 52 0.57
43 4 0.04
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (42 bp):
TTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGAACTGTACTTAA
Found at i:14284 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 14267--14293 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
14257 ATAAGAAGGA
14267 AGCGGGCTGATG
1 AGCGGGCTGATG
14279 AGCGGGCTGATG
1 AGCGGGCTGATG
14291 AGC
1 AGC
14294 TGTGGAAGGG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.19, G:0.48, T:0.15
Consensus pattern (12 bp):
AGCGGGCTGATG
Found at i:16307 original size:26 final size:28
Alignment explanation
Indices: 16277--16344 Score: 88
Period size: 26 Copynumber: 2.5 Consensus size: 28
16267 CAACAAACTT
16277 TGACCAAAATGCCCCT-GAAGCAA-AAA
1 TGACCAAAATGCCCCTCGAAGCAAGAAA
* *
16303 TGACCAGAATG-CCCTCGAGGCAAGAAA
1 TGACCAAAATGCCCCTCGAAGCAAGAAA
*
16330 TGACAAAAATGCCCC
1 TGACCAAAATGCCCC
16345 CTGGTACTTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 4
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 4 0.11
26 16 0.46
27 12 0.34
28 3 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.28, G:0.19, T:0.12
Consensus pattern (28 bp):
TGACCAAAATGCCCCTCGAAGCAAGAAA
Found at i:22224 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 22181--22228 Score: 78
Period size: 15 Copynumber: 3.2 Consensus size: 15
22171 CAAGTGGTGC
**
22181 CTCCACAAGAAGAAA
1 CTCCACAAGAAGAGT
22196 CTCCACAAGAAGAGT
1 CTCCACAAGAAGAGT
22211 CTCCACAAGAAGAGT
1 CTCCACAAGAAGAGT
22226 CTC
1 CTC
22229 ATCAACAGTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 31 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.29, G:0.17, T:0.12
Consensus pattern (15 bp):
CTCCACAAGAAGAGT
Done.