Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011405.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11426, whole genome shotgun sequence
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3919 TTTTGCATGA
* * * *
3929 TTTTTGGCGCAAATACTCTTTGAAATATCTGTATTCATCGAACCAAATCTCAGCAATATTGGATA
1 TTTTTGGCACAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAACATTGGATA
* * * *
3994 TAAGGATTTGTTTTTTCGAGCATGTCAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAA
66 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAA
* * ** * * *
4059 ATGGAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAACCCGTCAATCTTGTTGGCATTGAATTATATATTTTT
131 ATGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAACCCGTCAAAATTGTTGGCATTAAATTAAATATTTTC
*
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* * *
4186 TCGTTTATTAACCATTACGG
257 TCGTATACTAACCATCACGG
* * * *
4206 TTTTTGGCACAAA-AGCTCCTTGAAATATTTATATTCATTGAACCAAATGTCAGCCACATTGGAT
1 TTTTTGGCACAAATA-CTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAACATTGGAT
* * * * **
4270 ATAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTATTTCGTTTTAATTAGAAATTCATTCTTAAAA
65 ATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAA
* * * *
4335 AATGTAAAAACGATATTAGAATCGTGAAAAACCCGTTAAAATT-TTCGGCGTTAAATTAAATATT
130 AATG-AAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAACCCGTCAAAATTGTT-GGCATTAAATTAAATATT
* * *
4399 TTCTCTGTGTATTGTGACAAAAAA-TT-GATAAAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
193 TTCTCTATATATTGTGACAAAAAATTTAGA-AAAAAAAACTTTTCAGGCCAGTTTTTAGCCGAAA
4462 TCGTATACTAACCATCACGG
257 TCGTATACTAACCATCACGG
4482 TTT
1 TTT
4485 CTGGTTTAAA
Statistics
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277 117 0.50
278 78 0.33
279 9 0.04
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TTTTTGGCACAAATACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCAACATTGGATA
TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAA
ATGAAAAACGATATTAGAAGCATGAAAAACCCGTCAAAATTGTTGGCATTAAATTAAATATTTTC
TCTATATATTGTGACAAAAAATTTAGAAAAAAAAACTTTTCAGGCCAGTTTTTAGCCGAAATCGT
ATACTAACCATCACGG
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4196 ACCATTACGG
* * *
4206 TTTTTGGCACAAA-AGCTCCTTGAAATATTTATATTCATTGAACCAAATGTCAGCCACATTGGAT
1 TTTTTGGCACAAAGA-CTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGAT
* * * * * * *
4270 ATAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCTTATTTCGTTTTAATTAGAAATTCATTCT--TAA
65 ATAAGGATTTGTTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGGAAA
* * * ** * * * *
4333 AAAATGTAAAAACGATATTAGAATCGTGAAAAACCCGTTAAAATTTTCGGCGTTAAATTAAATAT
130 AAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAT
* *
4398 TTTCTCTGTGTATTGTGACAAAAAATTGATAAAAAAAACTTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
195 TTTTTCTGTGTATTGTGACAAAAAATTGA-GAAAAAAA-TTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
* * * * *
4463 CGTATACTAACCATCACGGTTTCTGGTTTAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCAATTTTGCATG
258 CGTGTA-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATG
4528 A
322 A
* * * * * *
4529 TTTTTAGCGCAAAGCCTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCTATATTGGAT-
1 TTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATA
*
4593 TAAGGATTTGTTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAA
66 TAAGGATTTGTTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGGAAAA
* * * * * *
4658 AAATGGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCTGTCAATCTTTTTGGCGTTTAATTATATATT
131 AAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT
* * * * *
4723 ATTTCTGAGTATTGTGCCAAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCAGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCG
196 TTTTCTGTGTATTGTGAC-AAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCG
* * * *
4788 TG--T-A-CGTCATGGTTTTTGGCTAAAAATGCATTTCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGA
260 TGTATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGA
* * *
4847 TTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAAACTCAGCAATATTGGATA
1 TTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATA
4912 TAAGGATTTGTTTTTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TGG-
66 TAAGGATTTG---TTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGGA
* *
4975 AAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
128 AAAAAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT
* * *
5040 ATTTTTTCTGTGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAAT
193 ATTTTTTCTGTGTATTGTGACAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAAT
* * * *
5105 CGTGTAATAACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACACGTTCCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATG
258 CGTGT-ATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATG
5170 A
322 A
* * **
5171 TTTTTGGCACAAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATGTCAGCCACATTATATA
1 TTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATA
* * * *
5236 TAAGGATTTATTTTTCCGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAA
66 TAAGGATTTGTTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGGAAAA
* *
5300 AAATGAAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAACCCGTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT
131 AAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT
5365 TTT
196 TTT
5368 GGCAAAAATT
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 87, Indels: 31
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
318 105 0.14
319 55 0.07
320 78 0.11
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325 10 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.36
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TTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGGATA
TAAGGATTTGTTTTTTCGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGGAAAA
AAATGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCGTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATT
TTTTCTGTGTATTGTGACAAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGT
GTATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCATGA
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7531 TAACAAGTAC
7541 AATTTCATAAA
1 AATTTCATAAA
7552 AATTTCATAAA
1 AATTTCATAAA
7563 AATTTCA
1 AATTTCA
7570 GAGGTTATCA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 18 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.10, G:0.00, T:0.38
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AATTTCATAAA
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7564 ATTTCAGAGG
* * *
7574 TTATCACAATTTTATAGTGCGA
1 TTATCAAAATTTCAGAGTGCGA
*
7596 TTATCAAAATTTCAGAGTGTGA
1 TTATCAAAATTTCAGAGTGCGA
7618 TTA
1 TTA
7621 CTAACAATTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 21 1.00
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TTATCAAAATTTCAGAGTGCGA
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7682 GGTTAACGAC
*
7692 ATCTCATAGTGTTGGTTATCAAAATTTCAT
1 ATCTCATAGTGTTGGTTAACAAAATTTCAT
*
7722 ATCTCATAGTGTTGGTTAACCAAATTTCAT
1 ATCTCATAGTGTTGGTTAACAAAATTTCAT
7752 A
1 A
7753 AGAAGGTTAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 29 1.00
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ATCTCATAGTGTTGGTTAACAAAATTTCAT
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7725 TCATAGTGTT
* *
7735 GGTTAACCAAATTTCATAAGAA
1 GGTTAACAAAATTTCATAAAAA
*
7757 GGTTAAAAAAATTT-ATAAAAA
1 GGTTAACAAAATTTCATAAAAA
** ** *
7778 GGTTCTCAAAATTTCATAGTAT
1 GGTTAACAAAATTTCATAAAAA
** ** *
7800 CATTATTAAAATTTCATAGAAA
1 GGTTAACAAAATTTCATAAAAA
*
7822 GGTTATCAAAATTTCATAA
1 GGTTAACAAAATTTCATAA
7841 TGGGATCATA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 19, Indels: 2
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21 17 0.27
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GGTTAACAAAATTTCATAAAAA
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12312 CCATGATGGT
* ** * *
12322 AAAAA-TGACCCGAAAGATTTTTCTTCAATTTTTGGAAAAAATACTCATAATATATATATAATTC
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * *
12386 AACATCAAAAAGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTAATATTTTTCTGAATTAA
66 AACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAA
* *
12451 TTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAGTCCT-ATGTGCC
131 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAAT-CTAATGTGCC
* * ** *
12515 TGAGATTTGATTAGATGAATAACGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAAGTCATGCAAAACA
195 TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAA-TCATGCAAAAAA
* * * * *
12580 GAGTTG-TGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAGAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTTA
259 GAG--GCAGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTA
12644 AAATTTTGC
322 AAATTTTGC
** * * *
12653 AAAAATTGAATCGAAACATATTTCCTCAAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATAAATAATT
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTC-AATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATT
* * * * *
12718 GAACATCAAAAAGATTGAA-GGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTT-TCAAATT
65 CAACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT-AAATT
* * * *
12781 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGA
129 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGC
* * * * * * *
12846 CTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTGAAGGAGTCTTAGCACCAAAAATCAAGAAAAAAA
194 CTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAAA
* * * *
12911 TGAGGCAGGCCCTAGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGACTAA
259 -GAGGCAGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
12976 AATTTTGC
323 AATTTTGC
* * ** * * * *
12984 AAAAGTTGACCCGAAAAATTTTTCCTTGATTTCTAGCGACAATACTCATAAAAAATATATAATTC
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * * * * *
13049 AACGTCCAAAGGATTGGAGGACTTTTCACACTTTTAATATCATTTTTCATAGTTTTTCTAAATTA
66 AACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTAAATTA
* * * *
13114 AATTCTCATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCACAT-AAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCA
130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCC
* * * ** *
13178 TGAGATTTTATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGAAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAACAG
195 TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAAAG
* * *
13243 AGCCATGGTCCTGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAA
260 AGGCA-GGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAA
13308 ATTTTGC
324 ATTTTGC
* * * *
13315 AAAAAATTGATCTGAAAGATATTTT-CTCAATTTTTGGCTAAAATATTCCTAAAAAATATATAAT
1 -AAAAATTGACCCGAAAGAT-TTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAAT
** * * * * * *
13379 TTGACATTAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTTAAATT
64 TCAACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATT
* * *
13444 AATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCAAAAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTG
129 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCAC-ATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTG
* * * * * * * * * *
13509 GCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGCGACTTAGCAACAAATATCATGCAAAAC
193 CCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAA
** * * ** * * * *
13574 TTA-GCCGAACCC-CAACACGCGATTTTAGCCGAAAACCGTGATTGTTAGTACATGATTGCGGCT
258 AGAGGCAG-GCCCTGGA-ACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCT
*
13637 AAAATTTTCC
321 AAAATTTTGC
* * * * * * * *
13647 AAAAATTGACTCGAAATATTTTTCCTCGATTTCTAGC-GAAATACTCATAAAAAATATATATTTA
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * * * * *
13711 AACACCAAAAAAATTGAAAGCCTTTTTCACACTCTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
66 AACATCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTA
*
13776 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCC
130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCC
* * *** *
13841 TGAGATTTGATAAGATAAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGTCAAAAATCATGCAAAACAG
195 TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAAAG
* * * * ** * * * *
13906 AGTTCTGGCCCTGGAATGCGTTTTTAGTCAAAAACAATGATGGTAAGTACACGATTTCAGTTAAA
260 AG-GCAGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAA
13971 ATTTTGC
324 ATTTTGC
* * * ** * * * ** ** * *
13978 AAAAATTGAACGGAAACAAATTTCCTCAATTTTTTGCTAGAATACACCCGAAAGATTTTTCCTCA
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATAC-TCATAAA-AAATAT-AT-A
* ** **** ** **
14043 ATTCTTGGCAAAACTACTCATAATATATATAT-AA-TTCAACACCAAAAACATTGGAGAACTATC
62 A---TT--C--AAC-A-TCA-AA-A-AGAT-TGAAGGGC-TTTTC--ACGC-TT--TTAA-TAT-
14106 ACGCTTTTAATATCGTTTTTAATATTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
106 -CG--TTT--T-TC-------ATA-TTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* * *
14171 AGATGTACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAACGATA
157 AGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATA
* ** * *
14236 TTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATAGA-GCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTA
222 TTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAAAGAGGC--AGGCCCTGGAACGCGTTTTTA
* * * *
14300 GCCAAAAATCGTGATGGTTAGTATATGATTTCAGTTAAAATTTTGC
285 GCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * * * * *
14346 CAAAATTGAACTGAAACATATTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTG
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * * *
14411 AACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTGTAATATTGTTTTTCCTATTTTT-TCATATTA
66 AACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT-AAATTA
* * * *
14475 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCCCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-TCAATGTGA
130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCT-AATGTGC
* * *
14539 CTGAGATTTGGTTAGAT-AAGTATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAG-AAAAA
194 CTGAGATTTGATTAGATGAA-TAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAA
* * * * * *
14602 ATGAGGCGGGCCATGGAACACGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGACTA
258 A-GAGGCAGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTA
14667 AAATTTTGC
322 AAATTTTGC
* * ** * * * *
14676 AAAAGTTGACCCGAAAAATTTTTCCTTGATTTCTAGCGACAATACTCATAAAAAAATATATAATT
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCAT-AAAAAATATATAATT
*** * * * *
14741 CAATGCCAAAAGGAGTTG-AGGACTTTTCGCGCTTTTAATATCATTTTTCATAATTTTTCTAAAT
65 CAACATCAAAAAGA-TTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCAT-ATTTTTCTAAAT
* * ** *
14805 TAAATTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCAGATTTACCT-AAAACAAATCCTTAAATCTAATGTG
128 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTG
** * * *
14869 TATGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
193 CCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAA
* * ** *
14934 GGA-GCGATTGCCCTGGAACATGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
258 AGAGGC-A-GGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCT
14998 AAAATTTTGC
321 AAAATTTTGC
* * * * * * *
15008 TAAAATTGATCCGAAAGATATTTCCTAAATTTTTGACAAAAATACTCA-AAAAAATATATAATTT
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * * * * *
15072 GACATCAAGAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTT-TGAATTAA
66 AACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAA
* * * * * * * *
15136 TTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATTTAATGCGACT
131 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCCT
* * * ***
15201 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA-TACTTGGCAACAAAAATCATGCAAAACTT
196 GAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGT-CTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAAAG
* ** * *** * * * *
15265 AGCCAAACCCCGGAATTTGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGTTTAGTACATGATTTCGGCTAGAA
260 AGGCAGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAA
15330 TTTTGC
325 TTTTGC
* * * ** * * * * *
15336 AAGAATTAACTCGAAAGATTTTTCCTTGATTTCTAGCGAAAATACTCAT-GAAAATATATAATTG
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * * * *
15400 AACACCAAAAAAATTGAAAGCCTTTTTCACGATTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATT
66 AACATCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTAAATT
* * *
15465 AATTTCTAATTAAATCGAAACAATATTCAGATGCACATAAAAACAACTCCTTAAATCCAATGTGC
129 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGC
* ** * * *
15530 CTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAGAAATCATGCCAAACA
194 CTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAAA
* * *
15595 GAGCCATGGCCGTGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
259 GAGGCA-GGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
*
15660 CATTTTGC
323 AATTTTGC
*
15668 AAAAATTGATCCGAAAGATATTTT-CTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATT
1 AAAAATTGACCCGAAAGAT-TTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATT
** * * * * *
15732 TGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACGCTTTAAATATTGTTTTTCCTATTTTTTTAAATTA
65 CAACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTA
* * * * *
15797 ATTTCAAATAAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATATGGC
130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCC
* * * * * * * * ***
15862 TGAGATTTGACTAGATGAATATAGATATTTTAAGAAGACTTAGCAACAAAAATCAAGCAAAACTT
195 TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAAAG
* * * * * **
15927 A-GCCGAACCCCGAAACGCGGTTTTAGCGC-AAAACCGTGATTTTTAGTACATGATTTCGGCTAA
260 AGGCAG-GCCCTGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
*
15990 AATTTT-A
323 AATTTTGC
* * * ** * * **
15997 AAAAATTGACTCGGAAGATTTATCCTTGATTTCTAGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATAA
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * * * ** *
16062 AAAACCAAAAAAATTGAAAGCCTTTGTCACGCACTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTA
66 AACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTT-TCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTA
* * *
16127 ATTTCTAATTAAACCGAAACAAGATTCAGATGCACAAAAAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
130 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCAC--ATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTG
* * * * * ****
16192 CCTGATATTTGATAAAATTGACTAAAGATATTTCAAAGAGTCTTGATGTCAAAAATCATGCAAAA
193 CCTGAGATTTGATTAGA-TGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAA
* * * * * * * * * *
16257 CAGAGTTG-TGGCCCTGGAATGCGTTTTTAGTCAAGAACCGTGATGGTAAGCACACGATTTCAGT
257 AAGAG--GCAGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGC
16321 TAAAATTTTGC
320 TAAAATTTTGC
* * * ** * *** * * ***
16332 AAAAATTGAACCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTGGCTGGAATACACCCGAAATAT-TTTTCCTC
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * **** * ** *
16396 AATTCATGGCAAAAATACTCATAAAATATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAGAACTTTTC
66 AA--CAT--CAAAAAGA-T--T-GAAGGGCT-T--TT---CA-C-----GCTT--TTAA--TAT-
* * ** * * *
16461 ACGCTTTTAATATCGTTTT-TAATATTTTTCTGAATTAATTTGTAATTAAATCGAAACGACATTC
106 -CGTTTTTCATAT--TTTTCTAA-A--TTAAT--------TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* * * *
16525 AGATACACACAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAACGATA
157 AGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATA
** * *
16590 TTTCAAGGAGT-TTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATAGAGTTG-TGGCCCTGGAACGCGTTTTT
222 TTTCAAGGAGTCTT-GGCACCAAAAATCATGCAAAAAAGAG--GCAGGCCCTGGAACGCGTTTTT
* **
16653 AGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGG-TCAAAATTTTGC
284 AGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCT-AAAATTTTGC
* * * * * * *
16700 AAAAATTGAACTGAAACATATTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATACTTATAAAAAATATATAATTG
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * * * *
16765 AACATCAAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTTCATAT
66 AACATC--AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT-AAAT
* * * *
16830 TAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGC-CTGTAGAAACAAATCCTTAAATTTAATGT
128 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCAC-ATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGT
* * * * * *
16894 GACTAAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAAAGAGTCTTGGCACCAAAAATCAAG-AAAA
192 GCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAA
* * * * *
16958 AATGAGGCGGGCCCTGAAACGCGATTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGACT
257 AA-GAGGCAGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCT
17023 AAAATTTTGC
321 AAAATTTTGC
* * * * * *
17033 AAAAATTGATCTGAAAGATATTTCCTCAAATTTTGGCTAAAATGCTCA-AAAAAA-ATATAATTT
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
* * * * * * * *
17096 GACATCAAAAAGATTTAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCGTATTTTTTTGAATTAA
66 AACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAA
* * * *
17161 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGA
131 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCAC--ATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGC
* * * * * * * *
17226 TTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATTTCAAGGAGACTTGGTCA-GAAAAATAATGCAAAAC
194 CTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGG-CACCAAAAATCATGCAAAAA
** * * * * * * * **
17290 TTA-GCCGAACCCCGGGACGTGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGAAAAATA-TACATGATTTCGG
258 AGAGGCAG-GCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG---GTTAGTACATGATTTCGG
17353 CTAAAATTTTGC
319 CTAAAATTTTGC
* * * * * * *
17365 AAAAATTAACTCGAAATATTTTTCCTCTATTTCTAG-TGAAAATACTCATGAAAAATATATAATT
1 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCT-AAAATACTCATAAAAAATATATAATT
* * * * * ** * *
17429 GAACACCAAAAAAATTGAAAGCCTTTTTGTCGCTTTTAATATCATTTTTCATATTTTTTCTGAAT
65 CAACATCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTAAAT
* *
17494 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAACTCCTTAAATCCAATGTG
128 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTG
* * ** *
17559 CCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCATGGAGTCTCGGTGCC-AAAATCATGCAAAAC
193 CCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAA
* * * *
17623 AGAGCCATGGCCGTGGAACACGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCT
258 AGAGGCA-GGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCT
*
17688 AACATTTTG
321 AAAATTTTG
Statistics
Matches: 4037, Mismatches: 836, Indels: 340
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
328 196 0.05
329 238 0.06
330 548 0.14
331 966 0.24
332 717 0.18
333 357 0.09
334 255 0.06
335 78 0.02
336 49 0.01
338 7 0.00
339 5 0.00
340 1 0.00
341 1 0.00
342 9 0.00
343 8 0.00
344 5 0.00
345 12 0.00
346 5 0.00
347 9 0.00
348 6 0.00
349 8 0.00
350 3 0.00
351 4 0.00
352 7 0.00
353 6 0.00
354 2 0.00
355 7 0.00
356 2 0.00
357 9 0.00
359 11 0.00
360 6 0.00
361 7 0.00
362 1 0.00
363 6 0.00
364 3 0.00
365 2 0.00
366 5 0.00
367 19 0.00
368 383 0.09
369 46 0.01
371 28 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAATTC
AACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAA
TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCCT
GAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAAAAGA
GGCAGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAT
TTTGC
Done.