Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011406.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11427, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 531--637 Score: 169
Period size: 47 Copynumber: 2.3 Consensus size: 47
521 AAGTCTCGGT
* * *
531 GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGTTGTGGCCTTGGAACGCGTTTTTA
1 GCCAAAAATCGTGCAAAATAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTA
578 GCCAAAAATCGTGCAAAATAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTA
1 GCCAAAAATCGTGCAAAATAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTA
* *
625 GCAAAAAACCGTG
1 GCCAAAAATCGTG
638 ATGGTTAGTA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 5, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 55 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.24, T:0.23
Consensus pattern (47 bp):
GCCAAAAATCGTGCAAAATAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTA
Found at i:1994 original size:330 final size:330
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Indices: 579--2019 Score: 1499
Period size: 331 Copynumber: 4.4 Consensus size: 330
569 GCGTTTTTAG
* * * *
579 CCAAAAATCGTGCAAAATAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTT
1 CCAAAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGACCCTGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAACCGTGATGGTT
* * * * *
644 AGTACACGACTTCGGTTAAAACTTTGCAAAAATTGAACT-GAAACATATTTCCTCAATTTTTGGC
65 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTG-ACTCGAAACATATTTCCTCAATTTCTAGC
* * *
708 AAAAATACTCATAAAAAATACATAATTGAACATCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTA
129 GAAAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACATCAAAAAA-ATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTA
* * * * * *
773 ATATTGTTTTTCCTATTTTT-TCATATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCCCG
193 ATATCGTTTTTCATATTTTTCTGA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACA
* * * *
837 TAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGACTCAGATTTGGTTAGAT-AAGTATAGATATTTCAAGG
257 TAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAA-TAAAGATATTTCAAGG
901 AGTCTTGGCA
321 AGTCTTGGCA
* * * * * *
911 CCAAAAATCAAG-AAAAAATGAGGC-G-GGCCCTGGAATGCGGTTTTAGCTGAAAACCGTGA---
1 CCAAAAATCATGCAAAACA-GA-GCTGTGACCCTGGAACGCGTTTTTAGC-CAAAACCGTGATGG
* * * * * *
970 -T-GTACATGATTTCGACTCAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-AAATTTTCCTCGATTTCTA
63 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATA-TTTCCTCAATTTCTA
* * * * * ** * * * * *
1032 GAGACAATACTAATAAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACACTTTT
127 GCGAAAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACATCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCT
* * * *
1097 AATATCATTTTTCATAGTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCAC
192 AATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCAC
1162 AT-AAAACAAATCCTTAAATCTAATGTG-CATGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAG
256 ATAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGAC-TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAG
*
1225 GAGTCTCGGCA
320 GAGTCTTGGCA
* *
1236 CCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCAT-TG-CCCTGGAA-GAAGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG
1 CCAAAAATCATGCAAAACAGAG-C-TGTGACCCTGGAACG-CGTTTTTAGCC-AAAACCGTGATG
* * *
1298 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATTTGAAAGATATTTCCTCAAATTT-T
62 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATATTTCCTC-AATTTCT
* * * ** *
1362 GGCTAAAATGCTCAT-AAAAA-ATATAATTTGACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTC
126 AGCGAAAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACATCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTAACGCTTC
* * * * *
1425 TAATATTGTTTTTCGTATTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTC
191 TAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCAC
* * * * * *
1490 GTAAAATAACAAATCCTTAAATTTAATGTGATTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATTTCAA
256 AT-AAA-AACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAA
* *
1555 GGAGACTTGGTGA
319 GGAGTCTTGG-CA
** * ** * * ** * * * *
1568 -GTAAAATAATGCAAAACTTAGCCG-AACCCCAGAACGTGGTTTTAGCCGAAAACGGTGATTGTT
1 CCAAAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCC-AAAACCGTGATGGTT
* * * *
1631 AGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTTCCTCGATTTCTAGCG
65 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATATTTCCTCAATTTCTAGCG
* * * *
1696 AAAATACTCAT-AAAAATATATAATTAAACACCAAAAAAATTGAAAGCCTTTTCACGC-TCTTAA
130 AAAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACATCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTAACGCTTC-TAA
1759 TATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATA
194 TATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATA
* * * *
1824 AAAACAAATCCTTAAATCCAATATGCCTGAGATTTGATAAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGT
259 AAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGT
**
1889 CTTGGTG
324 CTTGGCA
* * * * * *
1896 TCAAAAATCATGCAAAACAGAGTTGTGACCCTGGAATGCTTTTTTAGTCAAGAACCGTGATGGTA
1 CCAAAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAA-AACCGTGATGGTT
* * * **
1961 AGCACACGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGAAGCGAAACATATTTCCTCAATTT
65 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATATTTCCTCAATTT
2020 TTTGCTAGAA
Statistics
Matches: 906, Mismatches: 167, Indels: 74
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
324 2 0.00
325 112 0.12
326 150 0.17
327 4 0.00
328 43 0.05
329 129 0.14
330 185 0.20
331 259 0.29
332 20 0.02
333 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (330 bp):
CCAAAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGACCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCGTGATGGTTA
GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATATTTCCTCAATTTCTAGCGA
AAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACATCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATA
TCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAA
AACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCT
TGGCA
Found at i:2621 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 2552--2653 Score: 170
Period size: 47 Copynumber: 2.2 Consensus size: 47
2542 GAGTCTCGGT
2552 GCCAAAAATAATGCAAAATAGAGCTGTGGC-CTTGGAACGCGTTTTTA
1 GCCAAAAATAATGCAAAATAGAGCTGTGGCAC-TGGAACGCGTTTTTA
*
2599 GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTGTGGCACTGGAACGCGTTTTTA
1 GCCAAAAATAATGCAAAATAGAGCTGTGGCACTGGAACGCGTTTTTA
*
2646 GCAAAAAA
1 GCCAAAAA
2654 CCGTGATGGT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 2, Indels: 2
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
47 51 0.98
48 1 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (47 bp):
GCCAAAAATAATGCAAAATAGAGCTGTGGCACTGGAACGCGTTTTTA
Found at i:3295 original size:331 final size:332
Alignment explanation
Indices: 2599--4166 Score: 1707
Period size: 331 Copynumber: 4.7 Consensus size: 332
2589 CGCGTTTTTA
** * *
2599 GCCAAAAATCATGCAAAA-TAGAGCTGTGGCACTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATGCAAAACT-GAGCCATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
* * * * * *
2663 TTAGTACATGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGAACTGAAACATATTTCCTCAATTTTTGG
65 TTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACAAATTTCCTCAATTTCTAG
** * *
2728 AAAAAATACTCATAAAAAATACATAATTGAACATCAAAAAAGATTGAAGGGC-TTTCAACGCTTC
130 CGAAAATACTAATAAAAAATATATAATTGAACATC-AAAAAGATTGAAGGGCTTTTC-ACGCTTC
* * * * *
2792 TAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCAT-ATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCC
193 TAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCA
* * * * *
2856 CGTAAAAACAAATCTTTAAATTTAATGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATATATATTTCAAG
258 CGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAG
*
2921 GAGTCTTGGC
323 GAGTCTCGGC
* * * * * * * * *
2931 ACCAAAAATCAAGAAAAAATGAG-AAGGGCCCTGGAATGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* *
2995 TAGTACATGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA-AAATTGTCCTCGATTTCTAG
66 TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACAAATT-TCCTCAATTTCTAG
* * * * * * * *
3059 CGACAATACTAATAAAAAATATTTAATTCAACGTCAAAAGGATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTA
130 CGAAAATACTAATAAAAAATATATAATTGAACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTA
* * * *
3124 ATATCATTTTTCATAGTTTTTCTTAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCAC-
195 ATATCGTTTTTCATATTTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACG
* * * *
3188 TTAAACCAAATCGTTAAATTTAATGTG-CATGAGATTTGATTAGAGGAATAAAGATATTTCAAGG
260 TAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGAC-TGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGG
3252 AGTCTCGGC
324 AGTCTCGGC
* * * *
3261 GCCAAAAAGCATGCAAAACGGAGCCATTGCCCTGGAA-GAAGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCATGGCCCTGGAACG-CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
* * * * * * *
3325 TTAGAACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATCGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTT-TTG
65 TTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACAAATTTCCTCAATTTCTAG
* * *
3389 GGTAAAATACTAAAAAAATATATATATAATTTG-ACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCT
130 CG-AAAATACTAATAAAA-A-ATATATAA-TTGAACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCT
* * * *
3453 TCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTT-TGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATG
191 TCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATG
* * * *
3517 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGACTGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
256 CACGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCA
** *
3582 AGGAAACTTGGC
321 AGGAGTCTCGGC
* * * * * * *
3594 GACAACAATCATGCAAAACTTAG-C--GGAACCCCGGAACGTGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATG
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCATGG--CCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATG
* * ** **
3656 GTTAGTACATGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATTTTTCCTTGATTTCTA
64 GTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACAAATTTCCTCAATTTCTA
* * * * * * * * *
3721 ACGAAAATACTCATGAAAAATATATAATTGAACACCAAAAAAATTGAAAGCCATTTTCATGCTTT
129 GCGAAAATACTAATAAAAAATATATAATTGAACATCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTTCACGCTTC
*
3786 TAATATCGTTTTTCAT-TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCA
193 TAATATCGTTTTTCATATTTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCA
* * ** ** *
3850 CATAAAAACAACTCCTTAAATCCAATGTTTCTGAGATTTCATTAGATGAATAAAGATATTTCAAG
258 CGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAG
*
3915 GAGTCTCGGT
323 GAGTCTCGGC
* * * *
3925 GCCAAAAATCATTCAAAA-TAGAGCCATGGCCCTGGAACACATTTTTAGCCAAAAACCGTGCTGG
1 GCCAAAAATCATGCAAAACT-GAGCCATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
** * * * *
3989 TTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATTCGAAAGATGATTT-CTCAATTTTTG
65 TTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACA-AATTTCCTCAATTTCTA
* * * *
4053 GCAAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTG-ACATCAAAAAAGATTGAACGGCTTTTAACGCTT
129 GCGAAAATACTAATAAAAAATATATAA-TTGAACATC-AAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTT
* * * *
4117 CTAATATTGTTTTTCCTATATTTTT-TAAATTAATTTCTAATAAAATCGAA
192 CTAATATCGTTTTTCATAT-TTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
4167 TCCTTAAATC
Statistics
Matches: 1022, Mismatches: 184, Indels: 59
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 4 0.00
330 160 0.16
331 385 0.38
332 284 0.28
333 179 0.18
334 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (332 bp):
GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACAAATTTCCTCAATTTCTAGC
GAAAATACTAATAAAAAATATATAATTGAACATCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAA
TATCGTTTTTCATATTTTTTCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCACGT
AAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGACTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAG
TCTCGGC
Found at i:4096 original size:663 final size:661
Alignment explanation
Indices: 578--5566 Score: 3358
Period size: 663 Copynumber: 7.4 Consensus size: 661
568 CGCGTTTTTA
* * *
578 GCCAAAAATCGTGCAAAATAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* * * *
643 TAGTACACGACTTCGGTTAAAACTTTGCAAAAATTGAACTGAAACATATTTCCTCAATTTTTGGC
66 TAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAACATATTTCCTCAATTTTTGGC
*
708 AAAAATACTCATAAAAAATACATAA-TTGAACATCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCT
131 AAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTG-ACATCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCT
* *
772 AATATTGTTTTTCCTATTTTTTCATATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCCCG
195 AATATTGTTTTTCCTATTTTTTTA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCCCG
* *
837 TAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGACTCAGATTTGGTTAGAT-AAGTATAGATATTTCAAGG
259 TAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAA-TATAGATATTTCAAGG
* * * * * * * * *
901 AGTCTTGGC-ACCAAAAATCAAGAAAAAATGAGGCGGGCCCTGGAATGCGGTTTTAGCTGAAAAC
323 AGACTTGGCGA-CAAAAATCATGCAAAACTTA-GCGGACCCCGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAAC
* * * *
965 CGTGA----T-GTACATGATTTCGACTCAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAAATTTTCCTCG
386 CGTGATGGTTAGTACATGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATTTTTCCTCG
* * * * ** ** * *
1025 ATTTCTAGA-GACAATACTAATAAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAGGATTGGAGGAC-TTTT
451 ATTTCTA-ACGAAAATACTCATGAAAAATATATAATTAAACACCAAAAAAATTGAAAGACATTTT
* * * *
1088 CACACTTTTAATATCATTTTTCATAGTTTTTCTAAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
515 CACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT
* * * *
1153 CAGATTCACAT-AAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGCATGAGATTTGATTAGATGAATAAAGAT
579 CAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTCATTAGATGAATAAAGAT
*
1217 ATTTCAAGGAGTCTCGGC
644 ATTTCAAGGAGTCTCGGT
* ** * * *
1235 ACCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCATTGCCCTGGAA-GAAGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTATGGCCCTGGAACG-CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
* ** * *
1299 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATTTGAAAGATATTTCCTCAAATTTTGG
65 TTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAACATATTTCCTCAATTTTTGG
* *
1364 CTAAAATGCTCAT-AAAAA-ATATAATTTGACATC-AAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCT
130 CAAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTGACATCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCT
* * *
1426 AATATTGTTTTTCGTATTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCG
195 AATATTGTTTTTCCTATTTTTTT-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCCCG
* * *
1491 TAAAATAACAAATCCTTAAATTTAATGTGATTGAGATTTGGTTACATGAATATAGATATTTCAAG
259 T-AAA-AACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAG
* ** * * * *
1556 GAGACTTGGTGAGTAAAATAATGCAAAACTTAGCCGAACCCCAGAACGTGGTTTTAGCCGAAAAC
322 GAGACTTGGCGACAAAAATCATGCAAAACTTAG-CGGACCCCGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAAC
* * * *
1621 GGTGATTGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTTCCTCG
386 CGTGATGGTTAGTACATGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATTTTTCCTCG
* *
1686 ATTTCTAGCGAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTAAACACCAAAAAAATTGAAAG-CCTTTTC
451 ATTTCTAACGAAAATACTCATGAAAAATATATAATTAAACACCAAAAAAATTGAAAGACATTTTC
*
1749 ACGCTCTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
516 ACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCA
* * *
1814 GATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGCCTGAGATTTGATAAGATGAATAAAGATAT
581 GATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTCATTAGATGAATAAAGATAT
*
1879 TTCAAGGAGTCTTGGT
646 TTCAAGGAGTCTCGGT
* * * * * * * * *
1895 GTCAAAAATCATGCAAAACAGAGTTGTGACCCTGGAATGCTTTTTTAGTCAAGAACCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* * * **
1960 AAGCACACGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGAAGCGAAACATATTTCCTCAATTTTTTGC
66 TAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAACATATTTCCTCAA-TTTTTG-
* * *
2025 TAGAATACACCCAAAAGATTTTTCCTCAATTCTTGGCAAAAATACTCATAAAATATAT-ATAATT
129 --G--------CAAAA-A----TACTC-A----T---AAAAA-A-T-ATATAAT-T-TGA-CA-T
* ** * * ** * * * * *
2089 CAAACTCAAAAAGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATACTCCCTCTGTCCCA-TTATATAAGT
164 C--A---AAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATA-T-TGTTTTTCCTATTTTTTTAA-T
*** * * * * * *** * ** ** * *
2153 CCCTTT-TAACTATATC--ATCAAGATTAAGAAAGTTGGTTAGGATTCAAA--CTTTTATGTACT
221 TAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG-ATGCCCG-TA-AAAACAAATCCTTAAATCTAAT
* * ** * *** ** * *** ** ** * *
2213 TTTATCT--TCTTT--TTATATTTTTACCCCTATTCTCTTTCTCCCACTCATTCTCTCTCGTC-C
283 GTGA-CTGAGATTTGGTTAGATGAATA----TA-GAT-ATT-T--CAAGGAGACT-TGGCGACAA
*** * ** * ** *** * * * ** ***
2273 TTCTCACTTTCTTAAC-TACCCTACCACTTTCAAGGCTAGTTTT-G--GAAATAAC-TTTTAAAT
337 AAATCA--TGCAAAACTTAGCGGACC-C-CGGAACGC-GGTTTTAGCCGAAA-ACCGTGATGGTT
* * * * * **
2333 A-TGCATTGGGTTTAGAAAGGGGACTTATATTTTGGGACAAAAAAAG-CTTCTAGAAGGGGAC-T
396 AGTACA-T-GATTT-------CGACTAAAATTTT--G-CAAAAATTGAC-TC--GAA----ACAT
* ***** *** ** * ** * ** * * *** * **
2395 TATAAAAAG-GGAC-AGA-GGGAGTATCGTTTTTAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAAT
442 TTTTCCTCGATTTCTA-ACGAAAATA-C-TCATGAA-AAATATAT-AATTAAACACCAAAAAAAT
* * ** * ** **** * * * * **
2457 CGAAACA-AGATTCA-G-ATGCACATA----AAAACA-A---ATC---CTTAA-ATCCAATGTGC
502 TGAAAGACATTTTCACGCTTTTA-ATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAAT-TAA
* * *** ** * ** **** * * ** * *
2507 CT-GAGATTTGATT-AGATG-A-ATAACGATATTTCAAGGAGTCTC--GGTGCCAAAAATAATGC
565 ATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATC-CAATGTGCCTGAGAT--TTC
* * ** *** ** * * **
2566 A--AAATAGAGCT-GTGGCCTTGGAACGCGT-T-TTT
627 ATTAGAT-GA-ATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGT
* * *
2598 AGCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTGTGGCACTGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG
1 -GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
* * *
2663 TTAGTACATGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGAACTGAAACATATTTCCTCAATTTTTGG
65 TTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAACATATTTCCTCAATTTTTGG
* * *
2728 AAAAAATACTCATAAAAAATACATAA-TTGAACATCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTCAACGCTTC
130 CAAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTG-ACATCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTC
* *
2792 TAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCATATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCCC
194 TAATATTGTTTTTCCTATTTTTTTA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCCC
* * * *
2857 GTAAAAACAAATCTTTAAATTTAATGTGACTAAGATTTGGTTAGATGAATATATATATTTCAAGG
258 GTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGG
* * * * * * * * *
2922 AGTCTTGGC-ACCAAAAATCAAGAAAAAATGAGAAGGGCCCTGGAATGCGGTTTTAGCCGAAAAC
323 AGACTTGGCGA-CAAAAATCATGCAAAACTTAG-CGGACCCCGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAAC
* * * *
2986 CGTGATGGTTAGTACATGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAAATTGTCCTCG
386 CGTGATGGTTAGTACATGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATTTTTCCTCG
* * * * * * ** ** * *
3051 ATTTCTAGCGACAATACTAATAAAAAATATTTAATTCAACGTCAAAAGGATTGGAGGAC-TTTTC
451 ATTTCTAACGAAAATACTCATGAAAAATATATAATTAAACACCAAAAAAATTGAAAGACATTTTC
* * *
3115 ACGCTTTTAATATCATTTTTCATAGTTTTTCTTAATTAAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
516 ACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA-TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* * * * ** * * *
3180 AGATTCAC-TTAAACCAAATCGTTAAATTTAATGTGCATGAGATTTGATTAGAGGAATAAAGATA
580 AGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTCATTAGATGAATAAAGATA
*
3244 TTTCAAGGAGTCTCGGC
645 TTTCAAGGAGTCTCGGT
* ** * * *
3261 GCCAAAAAGCATGCAAAACGGAGCCATTGCCCTGGAA-GAAGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
1 GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTATGGCCCTGGAACG-CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
* * * *
3325 TTAGAACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATCGATCCGAAAGATATTTCCTCAATTTTTGG
65 TTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAACATATTTCCTCAATTTTTGG
** * *
3390 GTAAAATACTAAAAAAATATATATATAATTTGACATC-AAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTT
130 CAAAAATACTCATAAAA-A-ATATATAATTTGACATCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTT
* *
3454 CTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCT
193 CTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTT-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCC
* *
3519 CGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAATGTGACTGAGATTCGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAG
257 CGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAG
* * *
3584 GAAACTTGGCGACAACAATCATGCAAAACTTAGCGGAACCCCGGAACGTGGTTTTAGCCGAAAAC
322 GAGACTTGGCGACAAAAATCATGCAAAACTTAGCGG-ACCCCGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAAC
*
3649 CGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGA-TAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATTTTTCCTT
386 CGTGATGGTTAGTACATGATTTC-GACTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATTTTTCCTC
* *
3713 GATTTCTAACGAAAATACTCATGAAAAATATATAATTGAACACCAAAAAAATTGAAAGCCATTTT
450 GATTTCTAACGAAAATACTCATGAAAAATATATAATTAAACACCAAAAAAATTGAAAGACATTTT
* *
3778 CATGCTTTTAATATCGTTTTTCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
515 CACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* **
3843 AGATGCACATAAAAACAACTCCTTAAATCCAATGTTTCTGAGATTTCATTAGATGAATAAAGATA
580 AGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTCATTAGATGAATAAAGATA
3908 TTTCAAGGAGTCTCGGT
645 TTTCAAGGAGTCTCGGT
* * * * *
3925 GCCAAAAATCATTCAAAATAGAGCCATGGCCCTGGAACACATTTTTAGCCAAAAACCGTGCTGGT
1 GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* * * *
3990 TAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATTCGAAAGATGATTT-CTCAATTTTTGG
66 TAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAACAT-ATTTCCTCAATTTTTGG
*
4054 CAAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTGACATCAAAAAAGATTGAACGGCTTTTAACGCTTCT
130 CAAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTGACATCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCT
4119 AATATTGTTTTTCCTATATTTTTTAAATTAATTTC----T-AAT-------A-A---A-AT---C
195 AATATTGTTTTTCCTAT-TTTTTT-AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCCC
* * *
4164 G--------AATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAGCTTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGG
258 GTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGG
* * * * *
4221 AGACTTGGCAACAAAAATCATGCAAAACATAGCCGAACACCGAAACGCGGTTTTAGCCGAAAACC
323 AGACTTGGCGACAAAAATCATGCAAAACTTAG-CGGACCCCGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACC
* * *
4286 GTGATTGTTAGTACATGATTTC-AGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACTCGAAAGATTTTTCCTCG
387 GTGATGGTTAGTACATGATTTCGA-CTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATTTTTCCTCG
* * * * * *
4350 ATTTCTAGCGAAAATACTCCT-AAAAA-ATATAATTAAACACC-AAAAAATTTAAAGCCTTTTTT
451 ATTTCTAACGAAAATACTCATGAAAAATATATAATTAAACACCAAAAAAATTGAAAGACATTTTC
* * * *
4412 ACGCTCTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAGTTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTT
516 ACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA--TT
* * *
4477 TAGATGCACATAAAAA-AAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGACA-TTCAATAAGATGAATAAAGA
579 CAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTC-ATTAGATGAATAAAGA
**
4540 TATTTCAAGGAGTCTTTGT
643 TATTTCAAGGAGTCTCGGT
* * * * * ** *
4559 GTCAAAAATCATGCAAAACAGAGTTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGTCAAAAACAATGATGGC
1 GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
* * *
4624 AAGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTGAACCGAAACATATTTCCTCAATTTTTGGC
66 TAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAACATATTTCCTCAATTTTT-G-
* * *
4689 TAGAATACACCCGAAACATCTTTCCTCAATTTTTGGAAAAAGTACTCATAAAATATATATAATTC
129 --G----CA----AAA-A----TACTC-A----T--AAAAA--A-T-AT---ATA-ATTTGA--C
* * * * * * * **
4754 AACACCAAAAATATTGGAA-GACTTTTCATGCTTTTAATATCGTTTTTAATATTTTTGCTTAATT
162 ATCA--AAAAAGATT-GAAGGGCTTTTAACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTT--TTAATT
* * * * *
4818 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATGCACAT-AAAA-AAA-CCTTAAATCCAATGTGC
222 AATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCCCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGA
* * * * * * *
4880 CTGAGATTTGATTAGATGAATA-ACAATATTTCAAGGAGTCTCGGTGTCAAAAATCATGTAAAAC
287 CTGAGATTTGGTTAGATGAATATA-GATATTTCAAGGAGACTTGGCGACAAAAATCATGCAAAAC
* * * * * * * * *
4944 AGTGTTGTGG-CCCTGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGATT
351 --T-TAGCGGACCCCGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGACT
* *
5008 AAAATTTTGCAAAAATTGAACT-GAAACATATTTCCTCAATTTTTGGCTAGAATACAGCCGAAAG
413 AAAATTTTGCAAAAATTG-ACTCGAAACATTTTTCCTCGA--TTT--C-----TA-A--CGAAA-
* * *
5072 ATTTTTCCTCAATTTTTGGCAAAAATACACATAAAATATTTATAATTCAACACCAAAAAGATTG-
464 A----TACTC-A----T-G-----------A-AAAATA--TATAATTAAACACCAAAAAAATTGA
* * * * *
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505 AAGACATTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGA
* * *
5201 AACAAGATTCAGATGCAGACAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATG
570 AACAAGATTCAGATGCACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTCATTAGATG
* * *
5266 AATAACGATATTTCAAGGAGCCTCGAT
635 AATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGT
* * *
5293 GCCAAAAATCATGCAAAGTAGAGCTTTGGCCCTAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
*
5358 TAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTT-CAAAAATTGAAT-TGAAACATATTTCCTCAATTTTTGG
66 TAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTG-ATCCGAAACATATTTCCTCAATTTTTGG
** *
5421 CAAAAATACTCATAAAAAATATATAATTAAACATC-AAAAATATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCT
130 CAAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTGACATCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCT
* *
5485 AATATTGTTTTTCCTATTTTTTCATATTAATTTCTAATTAAATGGAAACAAGATTCAGATGCCCG
195 AATATTGTTTTTCCTATTTTTTTA-ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCCCG
5550 TAAAAACAAATCCTTAA
259 TAAAAACAAATCCTTAA
5567 GGGGGCGTTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (661 bp):
GCCAAAAATCATGCAAAATAGAGCTATGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT
TAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAACATATTTCCTCAATTTTTGGC
AAAAATACTCATAAAAAATATATAATTTGACATCAAAAAAGATTGAAGGGCTTTTAACGCTTCTA
ATATTGTTTTTCCTATTTTTTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCCCGTA
AAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGA
CTTGGCGACAAAAATCATGCAAAACTTAGCGGACCCCGGAACGCGGTTTTAGCCGAAAACCGTGA
TGGTTAGTACATGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAACATTTTTCCTCGATTTC
TAACGAAAATACTCATGAAAAATATATAATTAAACACCAAAAAAATTGAAAGACATTTTCACGCT
TTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
ACATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTCATTAGATGAATAAAGATATTTCAA
GGAGTCTCGGT
Found at i:5169 original size:366 final size:366
Alignment explanation
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4408 TTTTACGCTC
* * * *
4418 TTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTAAATTAGTTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTTTAGATG
1 TTAATATCGTTTTTAATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA--TTCAGATG
* ** *
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** *
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* ** *
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*
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256 CTCAATTTTTGGCTAGAATACACCCGAAACATCTTTCCTCAATTTTTGGAAAAAGTACACATAAA
* * * *
4741 ATATATATAATTCAACACCAAAAATATTGGAAGACTTTTCATGCTT
321 ATATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAAGAATTTTCACGCCT
* *
4787 TTAATATCGTTTTTAATATTTTTGCTTAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCATATGC
1 TTAATATCGTTTTTAATATTTTT-CTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
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* * *
4916 AGTCTCGGTGTCAAAAATCATGTAAAACAGTGTTGTGGCCCTGGAACACGTTTTTAGCCAAAAAC
130 AGTCTCGGTGTCAAAAATCATGCAAAACAGAGTTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC
*
4981 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGATTAAAATTTTGCAAAAATTGAACTGAAACATATTTCCTCA
195 AGTGATGGTTAGTACACGATTTCGATTAAAATTTTGCAAAAATTGAACTGAAACATATTTCCTCA
* * *
5046 ATTTTTGGCTAGAATACAGCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTGGCAAAAA-TACACATAAAATA
260 ATTTTTGGCTAGAATACACCCGAAACATCTTTCCTCAATTTTTGG-AAAAAGTACACATAAAATA
*
5110 TTTATAATTCAACACCAAAAAGATTGG-AGAAATTTTCACGCCT
324 TATATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAAG-AATTTTCACGCCT
* *
5153 TTAATATTGTTTTTAATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCA
1 TTAATATCGTTTTTAATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC-
*
5218 GACA-AAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAACGATATTTCAA
65 -ACATAAAA-AAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAACAATATTTCAA
* * * ** *
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128 GGAGTCTCGGTGTCAAAAATCATGCAAAACAGAG-TTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAA
* * *
5346 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTT-CAAAAATTGAATTGAAACATATTTCC
192 AACAGTGATGGTTAGTACACGATTTCGATTAAAATTTTGCAAAAATTGAACTGAAACATATTTCC
5410 TCAATTTTTGGC
257 TCAATTTTTGGC
5422 AAAAATACTC
Statistics
Matches: 579, Mismatches: 46, Indels: 22
0.89 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
365 41 0.07
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ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (366 bp):
TTAATATCGTTTTTAATATTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCA
CATAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAACAATATTTCAAGGA
GTCTCGGTGTCAAAAATCATGCAAAACAGAGTTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACA
GTGATGGTTAGTACACGATTTCGATTAAAATTTTGCAAAAATTGAACTGAAACATATTTCCTCAA
TTTTTGGCTAGAATACACCCGAAACATCTTTCCTCAATTTTTGGAAAAAGTACACATAAAATATA
TATAATTCAACACCAAAAAGATTGGAAGAATTTTCACGCCT
Found at i:5621 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 5584--5621 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
5574 TTTGGTTGGG
* *
5584 GGTGATCTTTGATTACCTGT
1 GGTGATCTTAGATCACCTGT
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1 GGTGATCTTAGATCACCT
5622 CGTTTGGTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GGTGATCTTAGATCACCTGT
Found at i:5750 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5724--5771 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
5714 GTAATCTTTG
* *
5724 ATCACCGGTGATGTTGC
1 ATCACTGGTGATCTTGC
*
5741 ATCACTGGTGATCTTGG
1 ATCACTGGTGATCTTGC
*
5758 ATCACTAGTGATCT
1 ATCACTGGTGATCT
5772 GGGGGGTGAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 27 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (17 bp):
ATCACTGGTGATCTTGC
Done.