genome.fa.s11431.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWWV01011431.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11452, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  132585

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
453--1367	457	2.0	457	98	0	1785	40	17	13	28	1.87
4166--4209	19	2.3	19	84	4	52	25	29	13	31	1.94
15032--15085	26	2.2	24	80	12	56	55	9	7	27	1.58
21459--21560	53	1.9	53	94	4	179	29	23	19	27	1.98
27878--28044	37	4.5	37	93	5	277	28	23	10	37	1.87
28023--28099	32	2.4	32	86	0	100	28	22	10	38	1.87
28064--28256	37	5.4	37	78	10	204	25	26	7	40	1.82
28090--28254	69	2.3	71	87	7	228	25	26	6	41	1.78
28064--28256	106	1.8	105	82	7	248	25	26	7	40	1.82
28288--28432	36	3.9	37	74	13	93	22	20	10	46	1.81
28440--28629	37	5.2	37	85	5	235	30	21	8	39	1.84
28440--28629	74	2.6	74	86	5	262	30	21	8	39	1.84
28608--28679	32	2.2	32	87	0	108	27	23	11	37	1.89
28653--28845	69	2.7	70	83	11	248	24	24	8	42	1.82
28672--28845	37	4.8	37	79	9	216	24	25	6	43	1.78
27835--29033	585	2.0	584	95	1	2159	25	22	9	42	1.84
28942--29193	41	6.1	41	87	5	357	21	21	10	46	1.82
28962--29221	82	3.2	81	86	5	346	21	21	9	46	1.79
28962--29221	41	6.4	39	80	9	243	21	21	9	46	1.79
29189--29303	37	3.1	36	85	3	151	24	20	10	44	1.83
29283--29321	18	2.2	18	90	0	60	33	20	7	38	1.81
29249--29358	55	2.0	55	91	3	177	28	22	8	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29301--29700	37	10.8	37	89	2	522	25	17	10	47	1.79
29209--29395	92	2.0	92	86	2	259	25	20	10	43	1.83
29189--29432	129	1.9	128	89	0	380	25	20	10	43	1.83
29714--29843	43	3.0	42	91	8	201	26	16	11	46	1.81
29813--30002	31	5.6	31	64	28	84	24	22	8	44	1.80
29805--30002	71	2.8	71	96	0	369	23	22	9	44	1.81
30349--30376	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
32940--32977	17	2.2	18	90	4	60	31	15	2	50	1.58
40943--40989	20	2.3	20	96	0	85	14	36	36	12	1.85
46554--46609	11	5.2	11	75	16	55	37	17	0	44	1.49
46560--46610	22	2.4	22	90	3	77	35	19	0	45	1.51
47688--47728	21	2.0	21	85	9	57	21	21	7	48	1.74
48327--48360	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
61227--61327	50	2.0	50	98	0	193	40	14	15	28	1.87
66038--66139	29	3.5	28	71	11	96	32	18	20	28	1.96
66067--66172	31	3.5	30	72	14	110	36	19	18	24	1.94
66035--66170	60	2.3	60	96	0	245	33	19	19	27	1.96
71009--71082	27	2.7	27	89	0	112	43	22	16	17	1.88
77569--77642	27	2.7	27	95	0	139	45	27	12	14	1.80
78343--78417	22	3.3	22	69	10	69	21	21	32	25	1.98
78314--78423	47	2.3	46	90	4	175	25	21	27	25	2.00
78547--78620	22	3.2	22	72	10	76	28	17	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78530--78638	47	2.3	46	93	3	191	26	21	24	27	1.99
78154--78703	215	2.6	210	88	6	828	31	19	20	28	1.97
78556--78628	22	3.2	22	72	11	74	21	21	26	30	1.99
80002--80062	8	7.5	8	82	10	70	13	9	0	77	1.00
80094--80122	13	2.2	13	100	0	58	44	20	0	34	1.52
80388--80460	13	5.6	14	81	10	77	15	0	9	75	1.04
80380--80461	25	3.2	25	76	17	71	13	1	8	76	1.06
80391--80433	12	3.5	12	90	9	61	13	0	13	72	1.13
80735--80773	13	2.9	14	84	7	53	41	20	5	33	1.74
80877--80928	9	5.1	9	75	24	50	13	13	1	71	1.24
80883--80937	10	4.8	12	75	20	64	14	14	1	69	1.28
80882--80937	23	2.5	22	83	11	69	14	14	1	69	1.27
88519--88592	27	2.7	27	100	0	148	44	27	13	14	1.83
90041--90107	27	2.5	27	100	0	134	17	40	19	22	1.92
96173--96250	12	6.7	11	77	4	66	33	25	6	34	1.82
96174--96263	35	2.6	35	96	0	162	32	26	6	34	1.83
96758--96831	27	2.7	27	76	14	80	13	16	24	45	1.83
96933--96976	23	1.9	23	90	0	70	25	11	18	45	1.82
96932--96982	23	2.2	23	82	0	66	23	11	19	45	1.83
99191--99377	55	3.4	55	96	1	340	51	6	16	25	1.68
99257--99343	26	3.2	25	67	20	68	52	5	17	24	1.66
99272--99361	29	3.2	28	67	20	80	50	7	16	25	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99722--99778	21	2.7	21	81	10	80	45	5	28	21	1.73
99720--99841	21	5.8	20	76	12	77	50	4	24	20	1.68
99713--99841	43	3.0	43	83	6	149	50	5	24	19	1.68
99769--99942	7	24.4	7	64	13	61	54	3	23	18	1.58
99830--99910	34	2.3	35	89	2	119	56	3	23	16	1.55
99929--100022	40	2.3	40	83	8	111	56	3	23	17	1.55
99952--100122	22	8.2	21	71	13	104	54	3	21	20	1.59
99988--100089	20	4.9	20	75	8	80	51	3	22	21	1.64
99952--100180	44	5.4	41	78	11	189	57	3	20	19	1.55
99952--100144	44	4.6	43	80	11	197	55	3	20	20	1.58
100048--100151	22	4.7	22	75	7	95	57	2	19	20	1.53
100154--100233	14	5.6	14	77	11	81	57	2	21	18	1.52
100154--100233	7	11.1	7	72	5	61	57	2	21	18	1.52
100175--100244	14	5.0	14	74	6	52	61	1	18	18	1.42
100205--100301	21	4.6	21	68	14	56	57	3	22	16	1.53
100191--100336	64	2.3	64	76	13	151	55	2	21	20	1.56
101926--101972	24	2.0	23	84	16	60	59	0	23	17	1.37
101923--101972	26	2.0	24	88	7	73	60	0	24	16	1.36
102368--102406	19	2.1	19	90	4	62	30	20	2	46	1.64
102389--102418	11	2.7	11	94	0	51	40	20	0	40	1.52
102359--102418	22	2.9	22	76	19	65	35	18	3	43	1.67
105341--105381	15	2.7	15	96	0	73	7	26	21	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106463--106502	18	2.2	19	90	4	64	20	15	7	57	1.61
108167--108205	19	2.1	19	90	4	62	30	20	2	46	1.64
108188--108217	11	2.7	11	94	0	51	40	20	0	40	1.52
108158--108217	22	2.9	22	76	19	65	35	18	3	43	1.67
110699--110730	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
112845--112871	12	2.2	12	100	0	54	40	7	18	33	1.78
113188--113231	2	22.5	2	86	13	65	50	2	0	47	1.13
115689--115746	29	2.0	29	96	0	107	37	8	13	39	1.76
119528--119580	27	2.0	27	100	0	106	26	24	7	41	1.81
121945--121999	28	2.0	28	89	3	85	61	7	10	20	1.52
123042--123112	15	4.7	15	89	0	106	45	19	26	8	1.79
124140--124192	25	2.1	25	89	0	79	24	47	11	16	1.80
124280--124311	16	2.0	16	93	0	55	18	6	21	53	1.67
128582--128671	44	2.0	44	97	0	171	45	7	18	27	1.77
129591--129645	23	2.4	23	85	11	69	32	9	32	25	1.87

Tables:   1

The End!