Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011444.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11465, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 42852
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.20, T:0.32
Found at i:11181 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 11169--11194 Score: 52
Period size: 6 Copynumber: 4.3 Consensus size: 6
11159 TTCTTTTTCG
11169 TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TT
1 TTATTT TTATTT TTATTT TTATTT TT
11195 CGTATTAGTG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 20 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.00, T:0.85
Consensus pattern (6 bp):
TTATTT
Found at i:14998 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 14890--15024 Score: 209
Period size: 45 Copynumber: 3.0 Consensus size: 44
14880 TGGAAAATCT
* *
14890 TTTTATTAAAACCTTTTGAAAACCATGACTATTTTTGAAAAAGCC-
1 TTTTATCAAAACCTTTTGAAAACCATGACTCTTTTTG-AAAA-CCA
14935 TTTTATCAAAACCTTTTGAAAACCATGACTCTTTTTGAAAACCA
1 TTTTATCAAAACCTTTTGAAAACCATGACTCTTTTTGAAAACCA
*
14979 TTTTATCAAAATCTTTTGAAAACCATGACTCTTTTTTGAAAACCA
1 TTTTATCAAAACCTTTTGAAAACCATGACTC-TTTTTGAAAACCA
15024 T
1 T
15025 CGTTTGCTTC
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 3, Indels: 4
0.92 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
43 2 0.02
44 34 0.40
45 49 0.58
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (44 bp):
TTTTATCAAAACCTTTTGAAAACCATGACTCTTTTTGAAAACCA
Found at i:15602 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 15581--15612 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
15571 CTCGAAATCA
*
15581 ATGCTTTGATTGAAAC
1 ATGCTTTGATTAAAAC
15597 ATGCTTTGATTAAAAC
1 ATGCTTTGATTAAAAC
15613 CTATCATTCC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (16 bp):
ATGCTTTGATTAAAAC
Found at i:23250 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 23229--23270 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
23219 GCTCTCTGAA
23229 TAAAAT-TCTCCTATTG
1 TAAAATCTCTCCTATTG
23245 TAAAATCCATCTCCTATTG
1 TAAAAT-C-TCTCCTATTG
23264 TAAAATC
1 TAAAATC
23271 CATGCTGCAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.26
18 1 0.04
19 16 0.70
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
TAAAATCTCTCCTATTG
Found at i:23259 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 23235--23273 Score: 78
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
23225 TGAATAAAAT
23235 TCTCCTATTGTAAAATCCA
1 TCTCCTATTGTAAAATCCA
23254 TCTCCTATTGTAAAATCCA
1 TCTCCTATTGTAAAATCCA
23273 T
1 T
23274 GCTGCAAAGT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 20 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.26, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
TCTCCTATTGTAAAATCCA
Found at i:23844 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 23819--23857 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
23809 AAAAAGAGCA
23819 CCAATTTGCAAATCAAATGT
1 CCAATTTGCAAATCAAATGT
*
23839 CCAATTTGTAAATCAAATG
1 CCAATTTGCAAATCAAATG
23858 CCTTGTATTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.18, G:0.10, T:0.31
Consensus pattern (20 bp):
CCAATTTGCAAATCAAATGT
Found at i:24064 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 24045--24072 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14
24035 TGATAGTAAT
24045 CTAAATGGACTAAA
1 CTAAATGGACTAAA
24059 CTAAATGGACTAAA
1 CTAAATGGACTAAA
24073 GTTAATATGC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 14 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.14, G:0.14, T:0.21
Consensus pattern (14 bp):
CTAAATGGACTAAA
Found at i:30058 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 30023--30089 Score: 80
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
30013 CTTTGTGTTG
30023 AAAGATTAAATCTTTGGAGTAATTTGTGAAT
1 AAAGATTAAAT-TTT-GAGTAATTTGTGAAT
* * *
30054 AAAGATTGAATTTTTAGTAATTTTTGAAT
1 AAAGATTAAATTTTGAGTAATTTGTGAAT
*
30083 AAGGATT
1 AAAGATT
30090 GATTTTTTTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 19 0.59
30 3 0.09
31 10 0.31
ACGTcount: A:0.39, C:0.01, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (29 bp):
AAAGATTAAATTTTGAGTAATTTGTGAAT
Found at i:30081 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 30040--30159 Score: 90
Period size: 29 Copynumber: 4.2 Consensus size: 29
30030 AAATCTTTGG
*
30040 AGTAATTTGTGAATAAAGATTGAATTTTT
1 AGTAATTTTTGAATAAAGATTGAATTTTT
* *
30069 AGTAATTTTTGAATAAGGATTGATTTTTT
1 AGTAATTTTTGAATAAAGATTGAATTTTT
** *
30098 TTTAA---TT--A-AAAGATTGAACTTTTA
1 AGTAATTTTTGAATAAAGATTGAA-TTTTT
*
30122 AGTAATTTTTGTAAATAAAGATTAAATCTTTT
1 AGTAATTTTTG--AATAAAGATTGAAT-TTTT
30154 AAGTAA
1 -AGTAA
30160 AAGATGAAAT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 12, Indels: 18
0.69 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
23 8 0.12
24 8 0.12
26 2 0.03
27 2 0.03
29 29 0.43
31 2 0.03
32 12 0.18
33 5 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (29 bp):
AGTAATTTTTGAATAAAGATTGAATTTTT
Found at i:30154 original size:53 final size:52
Alignment explanation
Indices: 30054--30164 Score: 127
Period size: 53 Copynumber: 2.1 Consensus size: 52
30044 ATTTGTGAAT
* * ** * *
30054 AAAGATTGAATTTTTAGTAATTTTTGAATAAGGATTGATTTTTTTTTAATTA
1 AAAGATTGAATTTTAAGTAATTTTTGAATAAAGATTGATAATCTTTTAAGTA
30106 AAAGATTGAACTTTTAAGTAATTTTTGTAAATAAAGATT-A-AATCTTTTAAGTA
1 AAAGATTGAA-TTTTAAGTAATTTTTG--AATAAAGATTGATAATCTTTTAAGTA
30159 AAAGAT
1 AAAGAT
30165 GAAATCTTTG
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 6, Indels: 5
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
52 10 0.20
53 30 0.60
54 1 0.02
55 9 0.18
ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.13, T:0.45
Consensus pattern (52 bp):
AAAGATTGAATTTTAAGTAATTTTTGAATAAAGATTGATAATCTTTTAAGTA
Found at i:30863 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 30673--31416 Score: 587
Period size: 35 Copynumber: 22.2 Consensus size: 34
30663 AAAAGGTGAA
*
30673 TAAGTAATTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAAT-AACTTAATTCAGGGTAAT
* *
30708 TAAGTTAGT--G-AATAATTTAATTCAGGGTAA-
1 TAAGTAAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAAT
* *
30738 T---TAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTTAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAA-TAACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
30770 TAAGTAAAGTCAGTTAGTAACTTAGTTCAGGGAAAT
1 TAAGT-AAGTCAG-TAATAACTTAATTCAGGGTAAT
* *
30806 TAAGT-A-T-GGTAGTAACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAAT
* *
30837 TAAGTAATTCAATAATCAACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAAT-AACTTAATTCAGGGTAAT
* * * *
30872 TAAGCAAGTCAATAATCGACTTAATTCAGGGTAGT
1 TAAGTAAGTCAGTAAT-AACTTAATTCAGGGTAAT
* *
30907 TTAGTAAGTCAGTAGGTAACTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTA-ATAACTTAATTCAGGGTAAT
* *
30942 TAAGTCAGTCAGTAATTAGCTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAA-TAACTTAATTCAGGGTAAT
* * * *
30977 AAAGTAAGTCAGTTAGTAATTTAATTCATGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAG-TAATAACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
31012 TAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGCTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAAT-AACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
31047 TAAGTTAGT-AG--GTAACTTAATT-A----AGT
1 TAAGTAAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAAT
* *
31073 T-AGTCAA-T-A--ATTAACTTAATTCAAGGTAAT
1 TAAGT-AAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAAT
* *
31103 TAAGTAAGTCAGTTAGTAATTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAG-TAATAACTTAATTCAGGGTAAT
* * * *
31138 TAAGTAATTTAGTAACCAATTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAA-TAACTTAATTCAGGGTAAT
* * *
31173 TAAGTCAGT-AG--GTAACATAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAAT
* *
31204 TAAGTCAGTCAGTAATTAACTTAATTCATGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAA-TAACTTAATTCAGGGTAAT
* * * *
31239 TAAGTAATTAAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAG-TAATAACTTAATTCAGGGTAAT
* *
31274 TAAGTAAGT-AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAA-
1 TAAGTAAGTCAGTA-ATAACTTAATTCAGGGTAAT
*
31307 T---TAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAA-TAACTTAATTCAGGGTAAT
** **
31339 TAAGTAAGTCAGTTAGCAACTCGATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAG-TAATAACTTAATTCAGGGTAAT
* *
31374 TAAGTAAGTCAATAAGTAACTTGATTCAGGGTAAT
1 TAAGTAAGTCAGTAA-TAACTTAATTCAGGGTAAT
*
31409 CAAGTAAG
1 TAAGTAAG
31417 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 91, Indels: 92
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
25 15 0.03
26 5 0.01
27 4 0.01
29 1 0.00
30 14 0.02
31 114 0.20
32 11 0.02
33 6 0.01
34 33 0.06
35 333 0.58
36 34 0.06
37 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (34 bp):
TAAGTAAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAAT
Found at i:31084 original size:126 final size:126
Alignment explanation
Indices: 30938--31329 Score: 500
Period size: 126 Copynumber: 3.0 Consensus size: 126
30928 TAATTCAGGG
* * *
30938 TAATTAAGTCAGTCAGTAATTAGCTTAATTCAGGGTAATAAAGTAAGTCAGTTAGTAATTTAATT
1 TAATTAAGTCAGTCAGTAATTAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAATTTAATT
* * *
31003 CATGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGCTAATTAAGTTAGTAGGTAACT
66 CAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAGGTAACT
* *
31064 TAATTAAGTTAGTCAATAATTAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAATTTAATT
1 TAATTAAGTCAGTCAGTAATTAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAATTTAATT
* *
31129 CAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAACCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAGGTAACATAAT
66 CAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAGGTAAC-----
31194 T
126 T
* * * *
31195 CAGGGTAATTAAGTCAGTCAGTAATTAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAATTAAGTTATTAATT
1 -----TAATTAAGTCAGTCAGTAATTAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAATT
* * * * *
31260 TAATTCAGGGTAATTAAGTAA-GTAATAGGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAG
61 TAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAGTA-ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAGGTAA
31323 CT
125 CT
31325 TAATT
1 TAATT
31330 CAGGGTAATT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 23, Indels: 23
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
125 5 0.02
126 115 0.50
130 1 0.00
131 1 0.00
135 35 0.15
136 75 0.32
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (126 bp):
TAATTAAGTCAGTCAGTAATTAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAATTTAATT
CAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAGGTAACT
Found at i:31180 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 31158--31211 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 3.6 Consensus size: 14
31148 AGTAACCAAT
*
31158 TTAATTCAGGGTAA
1 TTAAGTCAGGGTAA
31172 TTAAGTCAGTAGGTAA
1 TTAAGTCAG--GGTAA
* *
31188 CATAATTCAGGGTAA
1 -TTAAGTCAGGGTAA
31203 TTAAGTCAG
1 TTAAGTCAG
31212 TCAGTAATTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 6
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 15 0.47
15 5 0.16
16 5 0.16
17 7 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.22, T:0.31
Consensus pattern (14 bp):
TTAAGTCAGGGTAA
Found at i:31226 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 30923--31378 Score: 385
Period size: 161 Copynumber: 2.8 Consensus size: 160
30913 AGTCAGTAGG
* * * *
30923 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAGTAATTAGCTTAATTCAGGGTAATAAAGTAAGTCA
1 TAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATAAAGTAAGTCA
* ** * *
30988 GTTAGTAATTTAATTCATGGTAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCAGGCTAATTAAGTT
66 GTAACCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATGTAGTAATCAAC-TAATTCAGGCTAATTAAGTT
*
31053 AGTAGGTAACTTAATTAAGTTAGTCAATAAT
130 AGTAAGTAACTTAATTAAGTTAGTCAATAAT
* * * * *
31084 TAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTA
1 TAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATAAAGTAAGTCA
* *
31149 GTAACCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCA-GTAGGTAA-C-A-TAATTCAGGGTAATTAAGTC
66 GTAACCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATGTA-GTAATCAACTAATTCAGGCTAATTAAGT-
* *
31210 AGTCAGTAATTAACTTAATTCATGGTAATTAAGT-AATTAAGTTAT
129 --T-AGTAAGTAACTTAATT-A----AGTT-AGTCAA-T-A---AT
* * * *
31255 TAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGTAACTTAATTCAGGGTAAT----TAAGTCA
1 TAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATAAAGTAAGTCA
** ** * * * *
31315 GTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA-GTCAGTTAGCAACTCGATTCAGGGTAATTAAGT
66 GTAACCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATGT-AGTAATCAACT-AATTCAGGCTAATTAAGT
31379 AAGTCAATAA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 34, Indels: 33
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
157 18 0.08
159 1 0.00
160 4 0.02
161 100 0.42
162 1 0.00
166 41 0.17
167 6 0.03
168 2 0.01
169 1 0.00
170 38 0.16
171 28 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (160 bp):
TAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGTAACTTAATTCAGGGTAATAAAGTAAGTCA
GTAACCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATGTAGTAATCAACTAATTCAGGCTAATTAAGTTA
GTAAGTAACTTAATTAAGTTAGTCAATAAT
Found at i:31372 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 31064--31416 Score: 411
Period size: 135 Copynumber: 2.6 Consensus size: 135
31054 GTAGGTAACT
* * ** * * *
31064 TAATTAAGTTAGTCAATAATTAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAATTTAATT
1 TAATTAAGTAAGTCAGTAAGCAACTCAATTCAAGGTAATTAAGTAATTAAGTTAGTAATTTAATT
* * * *
31129 CAGGGTAATTAAGTAATTTAGTAACCAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAGGTAACATAAT
66 CAGGGTAATTAAGTAA-GTAATAACCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAACATAAT
31194 TCAGGG
130 TCAGGG
* ** * * *
31200 TAATTAAGTCAGTCAGTAATTAACTTAATTCATGGTAATTAAGTAATTAAGTTATTAATTTAATT
1 TAATTAAGTAAGTCAGTAAGCAACTCAATTCAAGGTAATTAAGTAATTAAGTTAGTAATTTAATT
*** * *
31265 CAGGGTAATTAAGTAAGTAATAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATT
66 CAGGGTAATTAAGTAAGTAATAACCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAACATAATT
31330 CAGGG
131 CAGGG
* * * * * * *
31335 TAATTAAGTAAGTCAGTTAGCAACTCGATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAA-TAAGTAACTTGAT
1 TAATTAAGTAAGTCAGTAAGCAACTCAATTCAAGGTAATTAAGTAA-TTAAGTTAGTAATTTAAT
*
31399 TCAGGGTAATCAAGTAAG
65 TCAGGGTAATTAAGTAAG
31417 GGTAATTAAG
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 28, Indels: 3
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
135 110 0.59
136 78 0.41
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (135 bp):
TAATTAAGTAAGTCAGTAAGCAACTCAATTCAAGGTAATTAAGTAATTAAGTTAGTAATTTAATT
CAGGGTAATTAAGTAAGTAATAACCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAACATAATT
CAGGG
Found at i:33691 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 33634--33710 Score: 111
Period size: 41 Copynumber: 1.9 Consensus size: 40
33624 GATTGTAATT
*
33634 AGTGCGAGGAGCACTTGTTCT-ATGCTTGGGGAAAGCTGATC
1 AGTGCGAGGAGCACTTGTT-TGA-GCTTGGAGAAAGCTGATC
*
33675 AGTGCGGGGAGCACTTGTTTGAGCTTGGAGAAAGCT
1 AGTGCGAGGAGCACTTGTTTGAGCTTGGAGAAAGCT
33711 CGGTGTTGTC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 3
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
40 14 0.42
41 19 0.58
ACGTcount: A:0.22, C:0.16, G:0.36, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
AGTGCGAGGAGCACTTGTTTGAGCTTGGAGAAAGCTGATC
Found at i:33725 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 33696--33746 Score: 77
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
33686 CACTTGTTTG
33696 AGCTTGGAGAAAGCTCGG-TGTTGTCA
1 AGCTTGGAGAAAGCTCGGTTGTTGTCA
* *
33722 AGCTTGGGGAAAGCTTGGTTGTTGT
1 AGCTTGGAGAAAGCTCGGTTGTTGT
33747 AACGGCTTGG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 16 0.73
27 6 0.27
ACGTcount: A:0.20, C:0.12, G:0.37, T:0.31
Consensus pattern (27 bp):
AGCTTGGAGAAAGCTCGGTTGTTGTCA
Found at i:38497 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 38342--38523 Score: 346
Period size: 91 Copynumber: 2.0 Consensus size: 91
38332 GGAGATTCCT
38342 AGTGGTTTACCACCAATTAGGGGGATTGAACATCAAATTGACTTCATCCCTGGAGCGCAAATACC
1 AGTGGTTTACCACCAATTAGGGGGATTGAACATCAAATTGACTTCATCCCTGGAGCGCAAATACC
38407 TAATAAGCCAGCTTATAGGACAAATC
66 TAATAAGCCAGCTTATAGGACAAATC
* *
38433 AGTGGTTTACCACCAATTAGGGGGATTGAATATCAAATTGACTTCATCCCTGGAGGGCAAATACC
1 AGTGGTTTACCACCAATTAGGGGGATTGAACATCAAATTGACTTCATCCCTGGAGCGCAAATACC
38498 TAATAAGCCAGCTTATAGGACAAATC
66 TAATAAGCCAGCTTATAGGACAAATC
38524 CTGAAGAAAC
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
91 89 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (91 bp):
AGTGGTTTACCACCAATTAGGGGGATTGAACATCAAATTGACTTCATCCCTGGAGCGCAAATACC
TAATAAGCCAGCTTATAGGACAAATC
Done.