Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011465.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11486, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 47509
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.19, T:0.31
Found at i:6120 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 6092--6125 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 4.1 Consensus size: 8
6082 GAATCGGTTA
6092 TGAATTTT
1 TGAATTTT
*
6100 TGAAGTTTC
1 TGAA-TTTT
6109 TGAATTTT
1 TGAATTTT
6117 TGAATTTT
1 TGAATTTT
6125 T
1 T
6126 CAAGAAGGTG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
8 16 0.70
9 7 0.30
ACGTcount: A:0.24, C:0.03, G:0.15, T:0.59
Consensus pattern (8 bp):
TGAATTTT
Found at i:7115 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 7079--7125 Score: 76
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
7069 GCCGGTTGTA
*
7079 GCCGGTCATATCCATGTCGCGTG
1 GCCGGACATATCCATGTCGCGTG
*
7102 GCCGGACATGTCCATGTCGCGTG
1 GCCGGACATATCCATGTCGCGTG
7125 G
1 G
7126 TCGGTCTTGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 22 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.30, G:0.34, T:0.23
Consensus pattern (23 bp):
GCCGGACATATCCATGTCGCGTG
Found at i:8035 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 7975--8033 Score: 95
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
7965 TTCAAACCCT
*
7975 AAACTTCATTTCTAACAACTTCTTC
1 AAACTTCATTTCTAACAAATTCTTC
8000 AAACTTCATTTCTAACAAATT-TTC
1 AAACTTCATTTCTAACAAATTCTTC
8024 AAA-TTCATTT
1 AAACTTCATTT
8034 TCCTTCATTT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 2
0.92 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.21
24 6 0.18
25 20 0.61
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
AAACTTCATTTCTAACAAATTCTTC
Found at i:8090 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 8043--8109 Score: 93
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 26
8033 TTCCTTCATT
*
8043 TTAATCATAAACTTATTAAATACTAA
1 TTAATCATAAACTAATTAAATACTAA
*
8069 TTAATCAT-AACTAATTAGATACTAA
1 TTAATCATAAACTAATTAAATACTAA
8094 TTAAAT-ATAAACTAAT
1 TT-AATCATAAACTAAT
8110 AAACTAAGTC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 19 0.51
26 18 0.49
ACGTcount: A:0.51, C:0.10, G:0.01, T:0.37
Consensus pattern (26 bp):
TTAATCATAAACTAATTAAATACTAA
Found at i:8209 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8185--8229 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
8175 TAAATTTTAA
8185 AAATTTTAAAAAAAAATTT
1 AAATTTTAAAAAAAAATTT
****
8204 AAATTTTTTTTAAAAATTT
1 AAATTTTAAAAAAAAATTT
8223 AAATTTT
1 AAATTTT
8230 GTTTAAAAGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 22 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (19 bp):
AAATTTTAAAAAAAAATTT
Found at i:8234 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8196--8242 Score: 76
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
8186 AATTTTAAAA
*
8196 AAAAATTTAAATTTTTTTT
1 AAAAATTTAAATTTTGTTT
8215 AAAAATTTAAATTTTGTTT
1 AAAAATTTAAATTTTGTTT
8234 AAAAGATTT
1 AAAA-ATTT
8243 TTTTATCTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 22 0.85
20 4 0.15
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (19 bp):
AAAAATTTAAATTTTGTTT
Found at i:8397 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 8373--8417 Score: 76
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
8363 GTCAAAAATT
8373 AAAAAGGGGGG-GGTGTTTAGC
1 AAAAAGGGGGGCGGTGTTTAGC
8394 -AAAAGGGGGGCGGTGTTTAGC
1 AAAAAGGGGGGCGGTGTTTAGC
8415 AAA
1 AAA
8418 CCCCTATTGG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.45
21 10 0.45
22 2 0.09
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.44, T:0.18
Consensus pattern (22 bp):
AAAAAGGGGGGCGGTGTTTAGC
Found at i:8399 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 8374--8417 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
8364 TCAAAAATTA
8374 AAAAGGGGGG-GGTGTTTAGC
1 AAAAGGGGGGCGGTGTTTAGC
8394 AAAAGGGGGGCGGTGTTTAGC
1 AAAAGGGGGGCGGTGTTTAGC
8415 AAA
1 AAA
8418 CCCCTATTGG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.43
21 13 0.57
ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.45, T:0.18
Consensus pattern (21 bp):
AAAAGGGGGGCGGTGTTTAGC
Found at i:14033 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14005--14078 Score: 78
Period size: 22 Copynumber: 3.4 Consensus size: 22
13995 ACCTATATGG
14005 TTATCAAAATTCCA-AAATGAGA
1 TTATCAAAATTCCATAAA-GAGA
*
14027 TTATCAAAATTTCATAAAGAGA
1 TTATCAAAATTCCATAAAGAGA
* * ** *
14049 TTATTATAATTCCATATGGATA
1 TTATCAAAATTCCATAAAGAGA
14071 TTATCAAA
1 TTATCAAA
14079 TTTCTCATTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 9, Indels: 2
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 39 0.93
23 3 0.07
ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (22 bp):
TTATCAAAATTCCATAAAGAGA
Found at i:14109 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 14062--14152 Score: 121
Period size: 43 Copynumber: 2.1 Consensus size: 43
14052 TTATAATTCC
* * * *
14062 ATATGGATATTATCAAATTTCTCATTATG-GTTACCAAAATTTT
1 ATATGGAGATTATCAAAATT-TAACTATGTGTTACCAAAATTTT
*
14105 ATATGGAGGTTATCAAAATTTAACTATGTGTTACCAAAATTTT
1 ATATGGAGATTATCAAAATTTAACTATGTGTTACCAAAATTTT
14148 ATATG
1 ATATG
14153 AACGTTATAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 2
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 6 0.14
43 36 0.86
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (43 bp):
ATATGGAGATTATCAAAATTTAACTATGTGTTACCAAAATTTT
Found at i:14115 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14090--14152 Score: 74
Period size: 22 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
14080 TTCTCATTAT
14090 GGTTACCAAAATTTTATATGG
1 GGTTACCAAAATTTTATATGG
* *
14111 AGGTTATCAAAATTTAACTAT-G
1 -GGTTACCAAAATTTTA-TATGG
*
14133 TGTTACCAAAATTTTATATG
1 GGTTACCAAAATTTTATATG
14153 AACGTTATAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 5
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.09
21 13 0.38
22 15 0.44
23 3 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
GGTTACCAAAATTTTATATGG
Found at i:14160 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 14087--14167 Score: 126
Period size: 43 Copynumber: 1.9 Consensus size: 41
14077 AATTTCTCAT
* *
14087 TATGGTTACCAAAATTTTATATGGAGGTTATCAAAATTTAAC
1 TATGGTTACCAAAATTTTATATGAACGTTAT-AAAATTTAAC
14129 TATGTGTTACCAAAATTTTATATGAACGTTATAAAATTT
1 TATG-GTTACCAAAATTTTATATGAACGTTATAAAATTT
14168 CATATAAACT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 11 0.31
43 25 0.69
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (41 bp):
TATGGTTACCAAAATTTTATATGAACGTTATAAAATTTAAC
Found at i:14164 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 14097--14172 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 3.6 Consensus size: 20
14087 TATGGTTACC
*
14097 AAAATTTTATATGGAGGTTAT
1 AAAATTTTATAT-GACGTTAT
* * *
14118 CAAAATTTAACTATG-TGTTACC
1 -AAAATTTTA-TATGACGTTA-T
14140 AAAATTTTATATGAACGTTAT
1 AAAATTTTATATG-ACGTTAT
*
14161 AAAATTTCATAT
1 AAAATTTTATAT
14173 AAACTTACCA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 7, Indels: 9
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.09
21 23 0.53
22 13 0.30
23 3 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
AAAATTTTATATGACGTTAT
Found at i:14181 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 14092--14188 Score: 117
Period size: 43 Copynumber: 2.3 Consensus size: 43
14082 CTCATTATGG
* * ***
14092 TTACCAAAATTTTATATGGAGGTTATCAAAATTTAACTATGTG
1 TTACCAAAATTTTATATGAACGTTATCAAAATTTAACTATAAC
*
14135 TTACCAAAATTTTATATGAACGTTAT-AAAATTTCA-TATAAAC
1 TTACCAAAATTTTATATGAACGTTATCAAAATTTAACTAT-AAC
14177 TTACCAAAATTT
1 TTACCAAAATTT
14189 CATAGTGTGG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 3
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 3 0.06
42 20 0.43
43 24 0.51
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (43 bp):
TTACCAAAATTTTATATGAACGTTATCAAAATTTAACTATAAC
Found at i:14185 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14134--14192 Score: 77
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 22
14124 TTAACTATGT
* *
14134 GTTACCAAAATTTTATATGAAC
1 GTTACCAAAATTTCATATAAAC
*
14156 GTTA-TAAAATTTCATATAAAC
1 GTTACCAAAATTTCATATAAAC
14177 -TTACCAAAATTTCATA
1 GTTACCAAAATTTCATA
14193 GTGTGGTTAG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 3
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.09
21 25 0.78
22 4 0.12
ACGTcount: A:0.44, C:0.14, G:0.05, T:0.37
Consensus pattern (22 bp):
GTTACCAAAATTTCATATAAAC
Found at i:14453 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14318--14771 Score: 136
Period size: 22 Copynumber: 20.7 Consensus size: 22
14308 GTTATCAAAG
* *
14318 AGGTTATCAAAATTTAATATCG-
1 AGGTTATCAAAATTTTATA-GGT
* *
14340 AGGTTATCAGAATTTCATA-GT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * * *
14361 ATGTTTACCAAAATTTCATAGGA
1 A-GGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * *
14384 AGGTTATAAAAATCTCAATTTCATAAGG
1 AGGTTATCAAAA--T---TTT-ATAGGT
*
14412 AGGTTCTC-AAATTTTAATAGGT
1 AGGTTATCAAAATTTT-ATAGGT
* *
14434 AGTTTATCAAAATTTTATAGTT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
** *
14456 CTGTTATCAAAATTTTATAAAG-
1 AGGTTATCAAAATTTTAT-AGGT
* * *
14478 AGGTTATCAAAATCTAATTGAGT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAG-GT
**
14501 -GGTTATCAAAATTTTATAGAA
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * * *
14522 AGATTATCAAAATTTCATTGGA
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * **
14544 AGGTTATCAAAATTTCAAAGCA
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * *
14566 AGGTTATCAAAATTTCAAAATGT
1 AGGTTATCAAAATTT-TATAGGT
*
14589 -GGTTATCAAAATTTCATAGTGT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAG-GT
* *
14611 -GATTA-CCAAA---T-TA-GT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
*
14626 AAGGTTATTAAAATTTTATTATGG-
1 -AGGTTATCAAAATTTTA-TA-GGT
* *
14650 A-GTAATCAAAATTTTATAGGG
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * *
14671 AGTTTATCAAAA-TTTATATGA
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
** * *
14692 ATATTATCAAAATTTCATACAG-
1 AGGTTATCAAAATTTTATA-GGT
** * *
14714 AGGTTATTGAAATTTCATAGTTT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAG-GT
* *
14737 A-GTTTTCAAAATTTTAT-GGG
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
*
14757 GGGTTATCAAAATTT
1 AGGTTATCAAAATTT
14772 CGGTGTGATT
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 81, Indels: 67
0.68 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.01
17 6 0.02
18 3 0.01
20 3 0.01
21 41 0.13
22 227 0.71
23 18 0.06
24 1 0.00
25 2 0.01
27 5 0.02
28 10 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (22 bp):
AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
Found at i:14686 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14654--14706 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
14644 TTATGGAGTA
*
14654 ATCAAAATTTTATAGGGAGT-TT
1 ATCAAAA-TTTATA-GGAATATT
*
14676 ATCAAAATTTATATGAATATT
1 ATCAAAATTTATAGGAATATT
14697 ATCAAAATTT
1 ATCAAAATTT
14707 CATACAGAGG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.11
21 18 0.64
22 7 0.25
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
ATCAAAATTTATAGGAATATT
Found at i:15607 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 15472--15925 Score: 136
Period size: 22 Copynumber: 20.7 Consensus size: 22
15462 GTTATCAAAG
* *
15472 AGGTTATCAAAATTTAATATCG-
1 AGGTTATCAAAATTTTATA-GGT
* *
15494 AGGTTATCAGAATTTCATA-GT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * * *
15515 ATGTTTACCAAAATTTCATAGGA
1 A-GGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * *
15538 AGGTTATAAAAATCTCAATTTCATAAGG
1 AGGTTATCAAAA--T---TTT-ATAGGT
*
15566 AGGTTCTC-AAATTTTAATAGGT
1 AGGTTATCAAAATTTT-ATAGGT
* *
15588 AGTTTATCAAAATTTTATAGTT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
** *
15610 CTGTTATCAAAATTTTATAAAG-
1 AGGTTATCAAAATTTTAT-AGGT
* * *
15632 AGGTTATCAAAATCTAATTGAGT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAG-GT
**
15655 -GGTTATCAAAATTTTATAGAA
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * * *
15676 AGATTATCAAAATTTCATTGGA
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * **
15698 AGGTTATCAAAATTTCAAAGCA
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * *
15720 AGGTTATCAAAATTTCAAAATGT
1 AGGTTATCAAAATTT-TATAGGT
*
15743 -GGTTATCAAAATTTCATAGTGT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAG-GT
* *
15765 -GATTA-CCAAA---T-TA-GT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
*
15780 AAGGTTATTAAAATTTTATTATGG-
1 -AGGTTATCAAAATTTTA-TA-GGT
* *
15804 A-GTAATCAAAATTTTATAGGG
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
* * *
15825 AGTTTATCAAAA-TTTATATGA
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
** * *
15846 ATATTATCAAAATTTCATACAG-
1 AGGTTATCAAAATTTTATA-GGT
** * *
15868 AGGTTATTGAAATTTCATAGTTT
1 AGGTTATCAAAATTTTATAG-GT
* *
15891 A-GTTTTCAAAATTTTAT-GGG
1 AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
*
15911 GGGTTATCAAAATTT
1 AGGTTATCAAAATTT
15926 CGGTGTGATT
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 81, Indels: 67
0.68 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.01
17 6 0.02
18 3 0.01
20 3 0.01
21 41 0.13
22 227 0.71
23 18 0.06
24 1 0.00
25 2 0.01
27 5 0.02
28 10 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (22 bp):
AGGTTATCAAAATTTTATAGGT
Found at i:15840 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 15808--15860 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
15798 TTATGGAGTA
*
15808 ATCAAAATTTTATAGGGAGT-TT
1 ATCAAAA-TTTATA-GGAATATT
*
15830 ATCAAAATTTATATGAATATT
1 ATCAAAATTTATAGGAATATT
15851 ATCAAAATTT
1 ATCAAAATTT
15861 CATACAGAGG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.11
21 18 0.64
22 7 0.25
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
ATCAAAATTTATAGGAATATT
Found at i:18089 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 18058--18121 Score: 110
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
18048 ATTTCTGGAA
18058 AACAAGGGAAAGGGACAATTAAAAAGG
1 AACAAGGGAAAGGGACAATTAAAAAGG
*
18085 AACAAGGGAAATGGACAATTAAAAAGG
1 AACAAGGGAAAGGGACAATTAAAAAGG
18112 AACAGAGGGA
1 AACA-AGGGA
18122 GTATTTTGTC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 30 0.86
28 5 0.14
ACGTcount: A:0.55, C:0.08, G:0.30, T:0.08
Consensus pattern (27 bp):
AACAAGGGAAAGGGACAATTAAAAAGG
Found at i:21684 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 21626--21687 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 3.3 Consensus size: 19
21616 AGTACCCCAA
* *
21626 TAAAGTTGATAATTAAGAA
1 TAAAATTGATAATTAAGAG
* * * *
21645 TCAAAGTAATAA-TAATCAG
1 TAAAATTGATAATTAA-GAG
21664 TAAAATTGATAATTAAGAG
1 TAAAATTGATAATTAAGAG
21683 TAAAA
1 TAAAA
21688 AAAAATATAG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 10, Indels: 4
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.10
19 25 0.81
20 3 0.10
ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.13, T:0.29
Consensus pattern (19 bp):
TAAAATTGATAATTAAGAG
Found at i:21745 original size:40 final size:37
Alignment explanation
Indices: 21626--21759 Score: 126
Period size: 40 Copynumber: 3.4 Consensus size: 37
21616 AGTACCCCAA
*
21626 TAAAGTTGATAATTAAGAATCAAAGT-AATAATAATCAG
1 TAAA-TTGATAATTAAGAGTC-AAGTAAATAATAATCAG
* ** *
21664 TAAAATTGATAATTAAGAGTAAAAAAAAATATAGTAGTCAG
1 T-AAATTGATAATTAAGAGT-CAAGTAAATA-A-TAATCAG
21705 TAAATTGATAATTAAGAGTCAAGGTGAAAGTAATAATCAG
1 TAAATTGATAATTAAGAGTCAA-GT-AAA-TAATAATCAG
*
21745 TAAATCGATAATTAA
1 TAAATTGATAATTAA
21760 AAGGGATTAA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 10, Indels: 14
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
38 17 0.22
39 9 0.12
40 39 0.50
41 11 0.14
42 2 0.03
ACGTcount: A:0.52, C:0.04, G:0.15, T:0.28
Consensus pattern (37 bp):
TAAATTGATAATTAAGAGTCAAGTAAATAATAATCAG
Found at i:21787 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 21767--21895 Score: 80
Period size: 16 Copynumber: 7.4 Consensus size: 16
21757 TAAAAGGGAT
21767 TAATT-AGTAAATTGG
1 TAATTAAGTAAATTGG
*
21782 TAATTAAGTAATTTGG
1 TAATTAAGTAAATTGG
* * *
21798 TAATCAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAAATT--G-G
21817 TAATTAAGTAAATTGGTG
1 TAATTAAGTAAATT-G-G
*
21835 ATTAAATTAAGTAATTTGG
1 --T-AATTAAGTAAATTGG
* * *
21854 TAATCAACTTAATTCGGTG
1 TAATTAAGTAAATT--G-G
21873 TAATTAAGTAAATTGG
1 TAATTAAGTAAATTGG
21889 TAATTAA
1 TAATTAA
21896 ATTAAGTAAT
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 16, Indels: 19
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.06
16 36 0.41
17 2 0.02
18 6 0.07
19 25 0.28
20 2 0.02
21 12 0.14
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAGTAAATTGG
Found at i:21820 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 21781--21948 Score: 97
Period size: 35 Copynumber: 4.6 Consensus size: 35
21771 TAGTAAATTG
21781 GTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT
1 GTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT
* * * * **
21816 GTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAAGTAATTTG-
1 GTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA-T--TCGGT
* * * * * *
21853 GTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-GGT
1 GTAATTAA-GTAATT-TG-GTAATCAACTTAATTCGGT
* *
21890 AATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGT
1 --GT-AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT
* *
21928 GTAATTAAGTAAATTGCTAAT
1 GTAATTAAGTAATTTGGTAAT
21949 TAAATTAAGT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 25, Indels: 22
0.67 0.17 0.15
Matches are distributed among these distances:
35 42 0.43
36 3 0.03
37 20 0.21
38 9 0.09
39 8 0.08
40 15 0.15
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
GTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT
Found at i:21842 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 21818--21969 Score: 80
Period size: 21 Copynumber: 7.9 Consensus size: 21
21808 AATTCGGTGT
*
21818 AATTAAGTAAATTGGTGATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
21839 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * *
21860 ACTTAA-T---TCGGT--GT-
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
21874 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
21895 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* ** *
21916 ACTTAA-T---TCAGT--GT-
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
21930 AATTAAGTAAATTGCTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
21951 AATTAAGTAATTTGGTAAT
1 AATTAAGTAAATTGGTAAT
21970 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 24, Indels: 28
0.64 0.17 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.11
15 2 0.02
17 7 0.08
18 6 0.06
20 4 0.04
21 64 0.69
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:21854 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 21783--22232 Score: 640
Period size: 56 Copynumber: 8.1 Consensus size: 56
21773 GTAAATTGGT
*
21783 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
21839 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
21895 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGCTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
21951 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTCTAATTAAGT-AATTGGAAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* ** * * *
22006 AGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGCATAACTAAGT-TATTGGAAATT-
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
22060 AA-GAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * * *
22115 GACTAAATAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGG-AGATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA-ATTA
* * * * * *
22171 GACTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAGTTCAGTGTAGTTAAGTAAATTGGTAACTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
22227 ACTTAA
1 AATTAA
22233 CTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 34, Indels: 10
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
53 36 0.10
54 9 0.03
55 60 0.17
56 249 0.70
57 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (56 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:21977 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 21930--21977 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
21920 AATTCAGTGT
*
21930 AATTAAGTAAATTGCTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGCTAATCA
* *
21951 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGCTAATCA
*
21972 ACTTAA
1 AATTAA
21978 TTCGGTCTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGCTAATCA
Found at i:22032 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 21988--22032 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
21978 TTCGGTCTAA
* *
21988 TTAAGTAATTGGAAATTAAG
1 TTAAGTAATTGGAAATCAAC
*
22008 TTAAGTAATTTGGTAATCAAC
1 TTAAGTAA-TTGGAAATCAAC
22029 TTAA
1 TTAA
22033 TTCGGCATAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.38
21 13 0.62
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TTAAGTAATTGGAAATCAAC
Found at i:22241 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 22174--22339 Score: 93
Period size: 35 Copynumber: 4.7 Consensus size: 35
22164 GAGATTAGAC
* ** *
22174 TAAGTAATTTGGTAATCAACTTAGTTCAGTGTAGT
1 TAAGTAAATTGGTAATCAACTTAACTCAGTGTAAT
*
22209 TAAGTAAATTGGTAA-CTAACTTAACTCGGTGTAAT
1 TAAGTAAATTGGTAATC-AACTTAACTCAGTGTAAT
* *** * ** **
22244 TAAATAAAACAGTAATTC-GCTTAAAACAACGTAAT
1 TAAGTAAATTGGTAA-TCAACTTAACTCAGTGTAAT
* ** * * * *
22279 CAAGTAAATCAGTAGTTAAACTTAATTTAGTGTAAT
1 TAAGTAAATTGGTA-ATCAACTTAACTCAGTGTAAT
22315 TAAGTAAATTTGGTAATCAACTTAA
1 TAAGTAAA-TTGGTAATCAACTTAA
22340 TCTGATAAAT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 31, Indels: 11
0.69 0.23 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 1 0.01
35 62 0.66
36 26 0.28
37 5 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
TAAGTAAATTGGTAATCAACTTAACTCAGTGTAAT
Found at i:22397 original size:47 final size:48
Alignment explanation
Indices: 22316--22407 Score: 109
Period size: 46 Copynumber: 1.9 Consensus size: 48
22306 TAGTGTAATT
*
22316 AAGTAAATTTGGTAATCAACTTAATCTGATAAATT-GGTAATTAAATA
1 AAGTAAATTTGGTAATCAACTTAATCTGATAAATTAAGTAATTAAATA
* * *
22363 AAGTAAA-TTGTTAATCAATTTAA-CTCGGTGAAATTAAGTAATTAA
1 AAGTAAATTTGGTAATCAACTTAATCT-GAT-AAATTAAGTAATTAA
22408 GTGAATCAGT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 5
0.81 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
45 2 0.05
46 16 0.42
47 12 0.32
48 8 0.21
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (48 bp):
AAGTAAATTTGGTAATCAACTTAATCTGATAAATTAAGTAATTAAATA
Found at i:26205 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 26197--26240 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 14.0 Consensus size: 3
26187 TCATTGCATT
* *
26197 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA AAA GTAA TAA TAA GCAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA -TAA TAA TAA -TAA TAA TAA
26241 CAATTTTTGA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 4
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
3 31 0.89
4 4 0.11
ACGTcount: A:0.66, C:0.02, G:0.05, T:0.27
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:26227 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 26197--26240 Score: 56
Period size: 10 Copynumber: 4.6 Consensus size: 10
26187 TCATTGCATT
26197 TAATAA-TAA
1 TAATAAGTAA
26206 TAATAA-TAA
1 TAATAAGTAA
*
26215 TAAAAAGTAA
1 TAATAAGTAA
*
26225 TAATAAGCAA
1 TAATAAGTAA
26235 TAATAA
1 TAATAA
26241 CAATTTTTGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 1
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
9 14 0.45
10 17 0.55
ACGTcount: A:0.66, C:0.02, G:0.05, T:0.27
Consensus pattern (10 bp):
TAATAAGTAA
Found at i:33535 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 33497--33548 Score: 104
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
33487 GCTGAAAAGG
33497 AGAAAGTACGCCCAAGGGAGTTTAACA
1 AGAAAGTACGCCCAAGGGAGTTTAACA
33524 AGAAAGTACGCCCAAGGGAGTTTAA
1 AGAAAGTACGCCCAAGGGAGTTTAA
33549 GAAAGGAGAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 25 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.17, G:0.27, T:0.15
Consensus pattern (27 bp):
AGAAAGTACGCCCAAGGGAGTTTAACA
Found at i:34658 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 34644--34679 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
34634 ATCAGCATAT
34644 GACATTACATTAGCATTC
1 GACATTACATTAGCATTC
* *
34662 GACATTGCATTATCATTC
1 GACATTACATTAGCATTC
34680 TAACCCGCAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
GACATTACATTAGCATTC
Found at i:34915 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 34813--34945 Score: 133
Period size: 35 Copynumber: 3.8 Consensus size: 35
34803 TGGATTCAGG
* **
34813 TGAATCAGATGACTCGGTGAAACATCTTCAAAAAT
1 TGAATCAGATGACTCGGTGAAGCATCTTCAAAGTT
* * * *
34848 TGAATTCGGATAACTCGGTGTAGCATCGTCAAAGTT
1 TGAA-TCAGATGACTCGGTGAAGCATCTTCAAAGTT
** *
34884 TGAATCAGATGACTCAATGAAGCATTTTCAAAGTT
1 TGAATCAGATGACTCGGTGAAGCATCTTCAAAGTT
* *
34919 GGATTCAGATGACTCGGT-ATAGCATCT
1 TGAATCAGATGACTCGGTGA-AGCATCT
34946 CCAGATTGGA
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 19, Indels: 4
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
34 1 0.01
35 48 0.62
36 28 0.36
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (35 bp):
TGAATCAGATGACTCGGTGAAGCATCTTCAAAGTT
Found at i:36236 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 36219--36245 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
36209 GGTGAAGTCA
36219 GCAGCATAAAAG
1 GCAGCATAAAAG
36231 GCAGCATAAAAG
1 GCAGCATAAAAG
36243 GCA
1 GCA
36246 AAGATCAAGA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 15 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.19, G:0.26, T:0.07
Consensus pattern (12 bp):
GCAGCATAAAAG
Found at i:38456 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 38398--38459 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 3.3 Consensus size: 19
38388 AATACCCCAA
* *
38398 TAAACTTGATAATTAAGAA
1 TAAAATTGATAATTAAGAG
* * * *
38417 TCAAAGTAATAA-TAATCAG
1 TAAAATTGATAATTAA-GAG
38436 TAAAATTGATAATTAAGAG
1 TAAAATTGATAATTAAGAG
38455 TAAAA
1 TAAAA
38460 AAAAAAATAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 10, Indels: 4
0.69 0.22 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.10
19 25 0.81
20 3 0.10
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.11, T:0.29
Consensus pattern (19 bp):
TAAAATTGATAATTAAGAG
Found at i:38595 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 38555--38722 Score: 106
Period size: 35 Copynumber: 4.6 Consensus size: 35
38545 TTGTAAATTA
38555 GTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT
1 GTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT
* * * * **
38590 GTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAAGTAATTTG-
1 GTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA-T--TCGGT
* * * * * *
38627 GTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-GGT
1 GTAATTAA-GTAATT-TG-GTAATCAACTTAATTCGGT
* *
38664 AATTAAATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCGGT
1 --GT-AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT
*
38702 GTAATTAAGTAAATTGGTAAT
1 GTAATTAAGTAATTTGGTAAT
38723 TAAATTAAGT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 25, Indels: 22
0.67 0.17 0.15
Matches are distributed among these distances:
35 42 0.43
36 3 0.03
37 20 0.21
38 9 0.09
39 8 0.08
40 15 0.15
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
GTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT
Found at i:38616 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 38592--38743 Score: 89
Period size: 21 Copynumber: 7.9 Consensus size: 21
38582 AATTCGGTGT
*
38592 AATTAAGTAAATTGGTGATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
38613 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * *
38634 ACTTAA-T---TCGGT--GT-
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
38648 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * *
38669 AATTAAGTAATTTAGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * *
38690 ACTTAA-T---TCGGT--GT-
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
38704 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
38725 AATTAAGTAATTTGGTAAT
1 AATTAAGTAAATTGGTAAT
38744 CACCTTAATT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 22, Indels: 28
0.66 0.15 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.11
15 2 0.02
17 7 0.07
18 8 0.08
20 4 0.04
21 64 0.67
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:38624 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 38557--39008 Score: 694
Period size: 56 Copynumber: 8.1 Consensus size: 56
38547 GTAAATTAGT
*
38557 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
38613 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
38669 AATTAAGTAATTTAGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
38725 AATTAAGTAATTTGGTAATCACCTTAATTCGGTGTAATTAAGT-AATTGGAAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * *
38780 AGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGCGTAATTAAGT-AATTGGAAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
38835 AGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * * *
38891 GACTAAATAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGG-AGATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA-ATTA
* * * * * *
38947 GACTAAGTAATTTGGTAACCAACTTATTTCGGTGTAGTTAAGTAAATTGGTAACTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
39003 ACTTAA
1 AATTAA
39009 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 26, Indels: 6
0.92 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
55 105 0.29
56 261 0.71
57 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:38787 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 38762--38846 Score: 65
Period size: 20 Copynumber: 4.5 Consensus size: 20
38752 TTCGGTGTAA
38762 TTAAGTAATTGGAAATTAAG
1 TTAAGTAATTGGAAATTAAG
* * *
38782 TTAAGTAATTTGGTAATCAAC
1 TTAAGTAA-TTGGAAATTAAG
* **
38803 TTAA-T--TCGG--CGTAA-
1 TTAAGTAATTGGAAATTAAG
38817 TTAAGTAATTGGAAATTAAG
1 TTAAGTAATTGGAAATTAAG
38837 TTAAGTAATT
1 TTAAGTAATT
38847 TGGTAATCAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 10, Indels: 14
0.67 0.14 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.08
15 3 0.06
17 6 0.12
19 3 0.06
20 19 0.40
21 13 0.27
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TTAAGTAATTGGAAATTAAG
Found at i:38806 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 38762--38861 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 5.2 Consensus size: 20
38752 TTCGGTGTAA
* *
38762 TTAAGTAATTGGAAATTAAG
1 TTAAGTAATTGGAAATCAAC
*
38782 TTAAGTAATTTGGTAATCAAC
1 TTAAGTAA-TTGGAAATCAAC
* **
38803 TTAA-T--TCGG-CGT-AA-
1 TTAAGTAATTGGAAATCAAC
* *
38817 TTAAGTAATTGGAAATTAAG
1 TTAAGTAATTGGAAATCAAC
*
38837 TTAAGTAATTTGGTAATCAAC
1 TTAAGTAA-TTGGAAATCAAC
38858 TTAA
1 TTAA
38862 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 12, Indels: 15
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.07
15 3 0.05
16 1 0.02
17 6 0.10
18 1 0.02
19 2 0.03
20 17 0.28
21 26 0.43
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
TTAAGTAATTGGAAATCAAC
Found at i:38817 original size:47 final size:48
Alignment explanation
Indices: 38765--38866 Score: 141
Period size: 55 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
38755 GGTGTAATTA
38765 AGTAATTGGAAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGC
1 AGTAATTGGAAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGC
38813 GTAATTAAGTAATTGGAAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGG
1 -------AGTAATTGGAAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGG
38867 TGTAATTAAG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 47 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (48 bp):
AGTAATTGGAAATTAAGTTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGC
Found at i:38911 original size:222 final size:224
Alignment explanation
Indices: 38559--38996 Score: 702
Period size: 222 Copynumber: 2.0 Consensus size: 224
38549 AAATTAGTAA
* **
38559 TTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAAGTAAT
1 TTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGCGTAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAAGTAAT
* *
38624 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTAATTTAGTAATC
66 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAACTAAATAATTTAGTAATC
* * * *
38689 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA-ATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCACCTTAAT
131 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGG-AGATTAAACTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAAT
38753 TCGGTGTAATTAAGT-AATTGGAAATTAAG
195 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGAAATTAAG
*
38782 TTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGCGTAATTAAGT-AATTGGAAATTAAGTTAAGTAAT
1 TTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGCGTAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAAGTAAT
* * *
38846 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTGATTAGACTAAATAATTTGGTAATC
66 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAACTAAATAATTTAGTAATC
* *
38911 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGGAGATTAGACTAAGTAATTTGGTAACCAACTTATTT
131 AACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGGAGATTAAACTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATT
*
38976 CGGTGTAGTTAAGTAAATTGG
196 CGGTGTAATTAAGTAAATTGG
38997 TAACTAACTT
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 16, Indels: 4
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
221 1 0.01
222 150 0.76
223 46 0.23
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (224 bp):
TTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGCGTAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAAGTAAT
TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAACTAAATAATTTAGTAATC
AACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATTGGAGATTAAACTAAGTAATTTGGTAACCAACTTAATT
CGGTGTAATTAAGTAAATTGGAAATTAAG
Found at i:38989 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 38950--39027 Score: 111
Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
38940 GAGATTAGAC
* * *
38950 TAAGTAATTTGGTAACCAACTTATTTCGGTGTAGT
1 TAAGTAAATTGGTAACCAACTTAATTCGGTGTAAT
*
38985 TAAGTAAATTGGTAACTAACTTAATTCGGTGTAAT
1 TAAGTAAATTGGTAACCAACTTAATTCGGTGTAAT
*
39020 TAAATAAA
1 TAAGTAAA
39028 ACAGTAATTC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 38 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
TAAGTAAATTGGTAACCAACTTAATTCGGTGTAAT
Found at i:39113 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 38950--39116 Score: 103
Period size: 35 Copynumber: 4.7 Consensus size: 36
38940 GAGATTAGAC
* * * * *
38950 TAAGT-AATTTGGTAACCAACTTATTTCGGTGTAGT
1 TAAGTAAATCTGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAAT
*
38985 TAAGTAAAT-TGGTAA-CTAACTTAATTCGGTGTAAT
1 TAAGTAAATCTGGTAATC-AACTTAATTCAGTGTAAT
* * * * ** **
39020 TAAATAAAAC-AGTAATTC-TCTTAAAACAACGTAAT
1 TAAGTAAATCTGGTAA-TCAACTTAATTCAGTGTAAT
* * * *
39055 CAAGTAAATC-AGTAGTTAAACTTAATTCAGTGTAAT
1 TAAGTAAATCTGGTA-ATCAACTTAATTCAGTGTAAT
39091 TAAGTAAATCTGGTAATCAACTTAAT
1 TAAGTAAATCTGGTAATCAACTTAAT
39117 CTGATAAATT
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 25, Indels: 15
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
34 1 0.01
35 61 0.62
36 33 0.33
37 4 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (36 bp):
TAAGTAAATCTGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAAT
Found at i:42640 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 42604--42662 Score: 93
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
42594 CAAGGGGGAA
*
42604 GGAATGATGCGCCCAAGG-CTTATCGTGGAG
1 GGAATGATGCG-CCAAGGACTTATCATGGAG
42634 GGAATGATGCGCCAAGGACTTATCATGGA
1 GGAATGATGCGCCAAGGACTTATCATGGA
42663 CTTGAAGACA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 6 0.22
30 21 0.78
ACGTcount: A:0.27, C:0.19, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (30 bp):
GGAATGATGCGCCAAGGACTTATCATGGAG
Done.