Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011511.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11532, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17492
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.20, T:0.30
Found at i:1433 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1404--1468 Score: 71
Period size: 3 Copynumber: 22.0 Consensus size: 3
1394 GAGGTCGAGG
* *
1404 GAA GAG GAA -AA G-A GAA GGAA AAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA
1 GAA GAA GAA GAA GAA GAA -GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA
* *
1448 GAA GAA GAA GAG GAA AAA GAA
1 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA
1469 AAAAAGGGTT
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 8, Indels: 6
0.78 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.08
3 44 0.86
4 3 0.06
ACGTcount: A:0.66, C:0.00, G:0.34, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
GAA
Found at i:2433 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 2389--3317 Score: 927
Period size: 35 Copynumber: 26.8 Consensus size: 35
2379 GGTAATTCAA
* *
2389 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAA
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
*
2424 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTTAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TCAG
* * * *
2459 TTATTAATTTAATTCAGGCTAATTAAG-CAGTTTAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TCAG
* * *
2494 TAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTCAGTAAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
*
2529 T-A-T--CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
** * *
2560 TTGGTCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 -TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
* *
2596 TAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
*
2631 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAA
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
2666 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TCAG
* * *
2701 TTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAG-CAGTTTAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TCAG
* * *
2736 TAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTCAGTAAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
*
2771 T-A-T--CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
** * *
2802 TTGGTCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 -TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
* *
2838 TAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
2873 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TCAG
* * *
2908 TTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAG-CAGTTTAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TCAG
* * *
2943 TAATCAACTTAATTCAGAGTAACT-A---AGTCAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
* * *
2974 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTTAATTAAGTCAGTCAA
1 TAATTAACTTAATTCAGGG-TAATTAAGTCAGTCAG
* * *
3010 TAATTAACTTAATTCAGGCTAATTAAGGTAATTCATG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAA-GTCAGTCA-G
* * *
3047 TTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAG-CAGTTTAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TCAG
*
3082 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATT-A---AGTCAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
* * *
3113 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
* * * * *
3148 TTAGTCAACTTAATTTAGGGTAATTAAATAAGTCAG
1 -TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
** * * *
3184 TAATCGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGATTTAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
* * * *
3219 TAATCAACTCTAATTCGGGGTAATTAAGTGAGTTAAG
1 TAATTAACT-TAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TCAG
* * *
3256 -AAGTAACTTAATTCAAGGTAATTAAGT-AGTTCAA
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TCAG
*
3290 TAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
3318 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 106, Indels: 68
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 92 0.12
32 11 0.01
33 1 0.00
34 15 0.02
35 465 0.62
36 144 0.19
37 26 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (35 bp):
TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAG
Found at i:2767 original size:207 final size:207
Alignment explanation
Indices: 2389--3317 Score: 987
Period size: 207 Copynumber: 4.5 Consensus size: 207
2379 GGTAATTCAA
* *
2389 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG
1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG
* * * * * * * *
2454 TTTAGTTATTAATTTAATTCAGGCTAATTAAGCAGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTA
66 TTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTA
* * * * **
2519 AGTCAGTAAGT-AT---CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTGGTCAACTTAATTCAGGG
131 AGCCAGTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTCAGTCAG-TAAT-AACTTAATTCAGGG
*
2580 TAATTAAGTAAGTCA
194 TAATTAAGTCAGT-A
* *
2595 GTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTC
1 -TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-
* * *
2660 AG-TCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAAT
64 AGTTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAAT
*
2724 TAAG-CAGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTCAGTAAGT-AT--CTTAATTCAGG
129 TAAGCCAG-TTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTCAGTCAGTAATAACTTAATTCAGG
*
2785 GTAATTAAGTGAGTCA
193 GTAATTAAGTCAGT-A
** *
2801 GTTGGTCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 --TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* *
2866 GAG-TCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAA
64 -AGTTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAA
* * *
2930 TTAAG-CAGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAACTAAGTCAGT-A--AGTAGCTTAATTCAG
128 TTAAGCCAG-TTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTCAGTCAGTAATAACTTAATTCAG
2991 GGTTAATTAAGTCAGTCAA
192 GG-TAATTAAGTCAGT--A
* * * * * *
3010 TAATTAACTTAATTCAGGCTAATTAAGGTAATTCATGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGC
1 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAA-GTAAGTCA-GTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
* * * *
3075 AGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT-A--AG-TCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAAT
64 AGTTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAAT
** * * * * * * *
3136 TAAGTGAGTCAGTTAGTCAACTTAATTTAGGGTAATTAAATAAGTCAGTAATCGACTTAATTCAG
129 TAAGCCAGTTAG-TAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTCAGTCAGTAAT-AACTTAATTCAG
* *
3201 GGTAATTAAGTGATTTA
192 GGTAATTAAGTCA-GTA
* * * * *
3218 GTAATCAACTCTAATTCGGGGTAATTAAGTGAGTTAAG-AAGTAACTTAATTCAAGGTAATTAAG
1 -TAATCAACT-TAATTCAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
3282 TAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
63 TAGTTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
3318 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 75, Indels: 52
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
205 31 0.05
206 60 0.10
207 318 0.51
208 76 0.12
209 78 0.13
210 31 0.05
211 25 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (207 bp):
TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG
TTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAGTAATTAACTTAATTCAGGGTAATTA
AGCCAGTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTAAGTCAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTA
ATTAAGTCAGTA
Found at i:2819 original size:242 final size:243
Alignment explanation
Indices: 2389--3317 Score: 1147
Period size: 242 Copynumber: 3.8 Consensus size: 243
2379 GGTAATTCAA
*
2389 TAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG
* * * * *
2454 TTTAGTTATTAATTTAATTCAGGCTAATTAAGCAGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTA
66 TTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTA
2519 AGTCAGT-AAGTATCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTGGTCAACTTAATTCAGGGTAA
131 AGTCAGTAAAGTATCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTGGTCAACTTAATTCAGGGTAA
2583 TTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
196 TTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
2631 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG
* * *
2696 TTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGCAGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTA
66 TTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTA
2761 AGTCAGT-AAGTATCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTGGTCAACTTAATTCAGGGTAA
131 AGTCAGTAAAGTATCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTGGTCAACTTAATTCAGGGTAA
2825 TTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
196 TTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
* * * *
2873 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGCA
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAG-TCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
* * * * * *
2937 GTTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAACTAAGTCAG--TA--AGT-AGCTTAATTCAGGGTTAA
65 GTTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAG-CAGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGAG-TAA
* * * * * * * *
2997 TTAAGTCAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGCTAATTAAGGTAATTCATGTT-ATTAATTTAATT
128 TTAAGTCAGT--A-AAGTATCTTAATTCAGGGTAATTAA-GTGAGTCA-GTTGGTCAACTTAATT
* * *
3061 CAGGGTAATTAAG-CAGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATT-A---AGTCAG
188 CAGGGTAATTAAGTAAG-TCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
* * * * * * * *
3113 TAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTAGTCAACTTAATTTAGGGTAATTAAATA
1 TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCA-ATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-
* * * *
3178 AG-TCAGTAATCGACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TGATTTAGTAATCAACTCTAATTCGGGGTA
64 AGTTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAG-TTTAGTAATCAACT-TAATTCAGAGTA
* * * * **
3241 ATTAAGTGAGTTAAGAAGTAACTTAATTCAAGGTAATTAAGT-AGTTCAATAAGT-AACTTAATT
127 ATTAAGTCAG-T-A-AAGTATCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGTTGGTCAACTTAATT
3304 CAGGGTAATTAAGT
188 CAGGGTAATTAAGT
3318 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 55, Indels: 46
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
238 12 0.02
239 16 0.03
240 35 0.06
241 54 0.09
242 327 0.54
243 51 0.08
244 62 0.10
245 41 0.07
246 10 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (243 bp):
TAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAATAATTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAG
TTCAGTAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAGTTTAGTAATCAACTTAATTCAGAGTAATTA
AGTCAGTAAAGTATCTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTTGGTCAACTTAATTCAGGGTAA
TTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAG
Found at i:6558 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 6542--6573 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 5.5 Consensus size: 6
6532 AAATCAAAGC
6542 AAATC- AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAA
1 AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAATCT AAA
6574 GTAGAATTAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.19
6 21 0.81
ACGTcount: A:0.56, C:0.16, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (6 bp):
AAATCT
Found at i:9751 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 9732--9770 Score: 53
Period size: 3 Copynumber: 13.0 Consensus size: 3
9722 TCCCCATCCA
*
9732 AAT AAA AAT AA- AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT -AAT AAT AAT
9771 CAAAAAAAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.06
3 27 0.84
4 3 0.09
ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:9766 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 9732--9782 Score: 63
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
9722 TCCCCATCCA
9732 AATAAAAATAAAATAATAAT
1 AATAAAAATAAAATAATAAT
*
9752 AATAATAAT-AAATAATAAT
1 AATAAAAATAAAATAATAAT
9771 CAA-AAAAA-AAAA
1 -AATAAAAATAAAA
9783 GAGAAAAAGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 5
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 17 0.63
20 10 0.37
ACGTcount: A:0.76, C:0.02, G:0.00, T:0.22
Consensus pattern (20 bp):
AATAAAAATAAAATAATAAT
Found at i:9890 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9858--9893 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
9848 ATATTATTTT
*
9858 AAAAGATTTTTCAAAAAA
1 AAAAGATTTCTCAAAAAA
9876 AAAATGATTTCTCAAAAA
1 AAAA-GATTTCTCAAAAA
9894 TGGTTTTGAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.25
19 12 0.75
ACGTcount: A:0.58, C:0.08, G:0.06, T:0.28
Consensus pattern (18 bp):
AAAAGATTTCTCAAAAAA
Found at i:10584 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 10558--10596 Score: 69
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
10548 TCAGGTGCAT
10558 AAAAAAGAGAGAAAAAGAAAA
1 AAAAAAGAGA-AAAAAGAAAA
10579 AAAAAAGAGAAAAAAGAA
1 AAAAAAGAGAAAAAAGAA
10597 GCTCTAGGGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.44
21 10 0.56
ACGTcount: A:0.82, C:0.00, G:0.18, T:0.00
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAAGAGAAAAAAGAAAA
Found at i:11618 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 11578--11643 Score: 96
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
11568 CCATTCAGTA
*
11578 AATTTCAATTAATCCAGGGCAGTCTCTCTTCAAT
1 AATTTCAATTAACCCAGGGCAGTCTCTCTTCAAT
* * *
11612 AATTTCAATTGACCCAGGGCGGTCTTTCTTCA
1 AATTTCAATTAACCCAGGGCAGTCTCTCTTCA
11644 GTTGTTTTCA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 28 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (34 bp):
AATTTCAATTAACCCAGGGCAGTCTCTCTTCAAT
Found at i:11790 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 11724--11791 Score: 86
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
11714 TTTAGTTAAT
* **
11724 TGATCCAGGGCTATCTTTTCTTTAGTGAATTTCGGC
1 TGATCCAGGGCTATCTTTTCTATAGCAAATTTCGGC
11760 TGATCCAGGG-TGATC-TTTCTATAGCAAATTTC
1 TGATCCAGGGCT-ATCTTTTCTATAGCAAATTTC
11792 AATTGACCCA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
35 15 0.54
36 13 0.46
ACGTcount: A:0.21, C:0.19, G:0.21, T:0.40
Consensus pattern (36 bp):
TGATCCAGGGCTATCTTTTCTATAGCAAATTTCGGC
Found at i:12027 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 11976--12042 Score: 89
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
11966 GTTCAGTTAA
* *
11976 TTGATCCAGGGCGATCTTTCTTCAATGAATTTTGG
1 TTGATCCAGGGCGATCTCTCTACAATGAATTTTGG
* * *
12011 TTGATCTAGGGTGATCTCTCTACAGTGAATTT
1 TTGATCCAGGGCGATCTCTCTACAATGAATTT
12043 CAACAGACCT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 27 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.16, G:0.22, T:0.40
Consensus pattern (35 bp):
TTGATCCAGGGCGATCTCTCTACAATGAATTTTGG
Found at i:12417 original size:107 final size:106
Alignment explanation
Indices: 12199--12433 Score: 242
Period size: 107 Copynumber: 2.2 Consensus size: 106
12189 TCATTAACCT
* * * ** *
12199 AGGGTGGTCTATTCTTCAGTTTAGTTCAGAATGATCGAGGGGGTCGCTCTTCAGCTTATTTCAGT
1 AGGGTGGTC-GTTCTTCAGTTAACTTGGGAATAATCGAGGGGGTCGCTCTTCAGCTTATTTCAGT
* *
12264 TGACCCAGGGCAGTCCTTCTCCAGTTTAAGTCGGAACGATCG
65 TGACCCAGGGCAGTCATTCTCCAGTTTAAGTCGGAACGATCA
* * * *
12306 AGGGTGGTCGTTCTTTAGTTAACTTGGGAATAATCGAGGGTGGTCGTTCTTCCG-TCTATTTTAG
1 AGGGTGGTCGTTCTTCAGTTAACTTGGGAATAATCGAGGG-GGTCGCTCTTCAGCT-TATTTCAG
** * * *
12370 TTGAACCCAGGGTGGTCATTCTTCA-TTTCAA-TTGGAATGATCA
64 TTG-ACCCAGGGCAGTCATTCTCCAGTTT-AAGTCGGAACGATCA
*
12413 AGGGTGGTCTTTCTTCAGTTA
1 AGGGTGGTCGTTCTTCAGTTA
12434 CTTATTTTAG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 19, Indels: 8
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
106 25 0.24
107 61 0.58
108 19 0.18
ACGTcount: A:0.20, C:0.18, G:0.27, T:0.35
Consensus pattern (106 bp):
AGGGTGGTCGTTCTTCAGTTAACTTGGGAATAATCGAGGGGGTCGCTCTTCAGCTTATTTCAGTT
GACCCAGGGCAGTCATTCTCCAGTTTAAGTCGGAACGATCA
Found at i:15241 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 15212--15257 Score: 51
Period size: 3 Copynumber: 15.7 Consensus size: 3
15202 GAGGTCGAGG
* *
15212 GAA GAG GAA -AA G-A GAA GGAA AAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA
1 GAA GAA GAA GAA GAA GAA -GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA
15256 GA
1 GA
15258 GGACAAAGAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 6
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.11
3 29 0.81
4 3 0.08
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.35, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
GAA
Found at i:16676 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 16634--16719 Score: 136
Period size: 36 Copynumber: 2.4 Consensus size: 35
16624 CTCTTTTTAG
*
16634 ATTAAGTTCTTTATTGACTTCACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAG-TCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
16670 ATTAAGTCTTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTC-TTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
*
16706 ATTAAGCCTTTATT
1 ATTAAGTCTTTATT
16720 CTACTTAATT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 3
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
35 8 0.17
36 39 0.83
ACGTcount: A:0.28, C:0.20, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (35 bp):
ATTAAGTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
Found at i:16727 original size:31 final size:34
Alignment explanation
Indices: 16634--16734 Score: 118
Period size: 36 Copynumber: 2.9 Consensus size: 34
16624 CTCTTTTTAG
*
16634 ATTAAGTTCTTTATTGACTTCACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTCCTTTATT-AC-TCACTTAATTACCCTGA
*
16670 ATTAAGTCTTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTCCTTTATT-ACT-CACTTAATTACCCTGA
*
16706 ATTAAG-CCTTTATT-CT-ACTTAATTTCCCT
1 ATTAAGTCCTTTATTACTCACTTAATTACCCT
16735 TCCTGAAATT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 4, Indels: 7
0.85 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 12 0.20
33 2 0.03
35 8 0.13
36 38 0.63
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (34 bp):
ATTAAGTCCTTTATTACTCACTTAATTACCCTGA
Found at i:16808 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 16764--17355 Score: 731
Period size: 36 Copynumber: 16.8 Consensus size: 36
16754 TCTCTGTAGT
* *
16764 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
*
16800 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAATCTTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
* * *
16836 TAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTCTC-TTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
*
16871 TAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
* *
16907 TAGTTTCCTTGAAATTAAGCCAATCTTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
*
16943 TAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
* * *
16979 TAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTTTTTTTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTC-TTTTCTTTACC
*
17016 TAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
* * *
17052 TAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTC-TTT-TTTACT
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
* * * * *
17086 TAACTTCTTTGAAATTAAGCCAGT-ATATCTATACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
* *
17121 TAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTCTCTTTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
* * * *
17157 TAGTTTCCTTGAAACTAAGGCAGTCTTCTC-TT--C
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
* * *
17190 TAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTCTC-TTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
* * *
17225 TAATTACCTTGAAATTAAGTCAGTC-TTT-TTTACT
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
*
17259 TAATTTCATTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
* * * *
17295 TAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGAC-TTT-TTTACT
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
*
17329 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAATCTT
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTT
17356 CTTTCAGTCT
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 65, Indels: 23
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
33 32 0.07
34 81 0.17
35 90 0.19
36 245 0.51
37 32 0.07
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (36 bp):
TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
Found at i:16816 original size:107 final size:105
Alignment explanation
Indices: 16764--17355 Score: 599
Period size: 107 Copynumber: 5.6 Consensus size: 105
16754 TCTCTGTAGT
16764 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAATCTTTT
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCC-ATCTTTT
* *
16829 CTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTCTCTTACC
65 C-TTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCGTCTCTTACC
* * * *
16871 TAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAATTAAGCCAATCTTTT
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCC-ATCTTTT
* * * *
16936 CTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTTCTTTACC
65 C-TTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCGTCTC-TTACC
* * *** *
16979 TAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTTTTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTT
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTC-TTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCA-TCTTT
* * * *
17044 TCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTC-TTTTTTACT
64 TC-TTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCGTCTCTTACC
* * * * * *
17086 TAACTTCTTTGAAATTAAGCCAGTATAT--CTATACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTC
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCT-TACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCA-TCTTT
* * *
17149 TCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGGCAGTCTTCTCTT--C
64 TC-TTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCGTCTCTTACC
* * * * *
17190 TAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTC-TTCTCTTACCTAATTACCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTT
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCA-TCTTTT
* * * * *
17254 -TTACTTAATTTCATTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACC
65 CTTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCGTCTC-TTACC
* * * * *
17295 TAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGACTTT--TTTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAATCTT
1 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCC-ATCTT
17356 CTTTCAGTCT
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 50, Indels: 27
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
102 29 0.07
103 3 0.01
104 79 0.19
105 91 0.22
106 8 0.02
107 118 0.28
108 31 0.07
109 64 0.15
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (105 bp):
TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCATCTTTTC
TTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCGTCTCTTACC
Found at i:16914 original size:143 final size:144
Alignment explanation
Indices: 16767--17355 Score: 743
Period size: 143 Copynumber: 4.2 Consensus size: 144
16757 CTGTAGTTAA
*
16767 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAATCTTTTCTT
1 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTT
* *
16832 TACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTCTC-TTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTC
66 TACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTCTCTTTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGTCAGTC
16896 TTTTCTTTACCTAG
131 TTTTCTTTACCTAG
* * * *
16910 TTTCCTTGAAATTAAGCCAATCTTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTTCTT
1 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTT
* * * *
16975 TACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTTTTTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGT
66 TACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTC-TTCTCTTTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGTCAGT
17040 CTTTTCTTTACCTAG
130 CTTTTCTTTACCTAG
* * * * * * * *
17055 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTT--TTTACTTAACTTCTTTGAAATTAAGCCAGT-ATATCTA
1 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTT
* * * *
17117 TACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTCTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGGCAGTC
66 TACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTCTCTTTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGTCAGTC
*
17182 TTCTC-TT--CTAG
131 TTTTCTTTACCTAG
* * * *
17193 TTTCCTTGAAACTAAGCCAGTC-TTCTCTTACCTAATTACCTTGAAATTAAGTCAGTC-TTT-TT
1 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTT
* * * * * * *
17255 TACTTAATTTCATTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGAC
66 TACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTCTCTTTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGTCAGTC
* *
17320 -TTT-TTTACTTAA
131 TTTTCTTTACCTAG
*
17332 TTTCCTTGAAATTAAGCCAATCTT
1 TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTT
17356 CTTTCAGTCT
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 44, Indels: 21
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
137 6 0.02
138 86 0.22
139 48 0.12
140 3 0.01
141 35 0.09
142 30 0.08
143 115 0.29
144 3 0.01
145 67 0.17
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (144 bp):
TTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTT
TACCTAATTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTCTCTTTACCTAATTTCCTTGAAACTAAGTCAGTC
TTTTCTTTACCTAG
Found at i:17382 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 17354--17455 Score: 104
Period size: 12 Copynumber: 8.5 Consensus size: 12
17344 TAAGCCAATC
17354 TTCTTTCAGTC-
1 TTCTTTCAGTCT
17365 TTCTTTCAGTCT
1 TTCTTTCAGTCT
**
17377 TTCTTTTGGTCT
1 TTCTTTCAGTCT
17389 TCTCTTTCAGTC-
1 T-TCTTTCAGTCT
*
17401 TTGTTTCAGTCT
1 TTCTTTCAGTCT
17413 TCTCTTTCAGTCT
1 T-TCTTTCAGTCT
17426 TT-TTTGCAGTC-
1 TTCTTT-CAGTCT
17437 TTCTTTTCAGTCT
1 TTC-TTTCAGTCT
*
17450 TCCTTT
1 TTCTTT
17456 GCCTAATTTC
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 7, Indels: 15
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
11 25 0.33
12 27 0.36
13 24 0.32
ACGTcount: A:0.07, C:0.25, G:0.11, T:0.58
Consensus pattern (12 bp):
TTCTTTCAGTCT
Found at i:17397 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 17354--17455 Score: 125
Period size: 36 Copynumber: 2.8 Consensus size: 35
17344 TAAGCCAATC
**
17354 TTCTTTCAGTCTTCTTTCAGTCTTTCTTTTGGTCT
1 TTCTTTCAGTCTTCTTTCAGTCTTTCTTTCAGTCT
*
17389 TCTCTTTCAGTCTTGTTTCAGTCTTCTCTTTCAGTCT
1 T-TCTTTCAGTCTTCTTTCAGTCTT-TCTTTCAGTCT
*
17426 TT-TTTGCAGTCTTCTTTTCAGTCTTCCTTT
1 TTCTTT-CAGTCTTC-TTTCAGTCTTTCTTT
17456 GCCTAATTTC
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 5, Indels: 7
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
35 4 0.07
36 34 0.59
37 20 0.34
ACGTcount: A:0.07, C:0.25, G:0.11, T:0.58
Consensus pattern (35 bp):
TTCTTTCAGTCTTCTTTCAGTCTTTCTTTCAGTCT
Found at i:17417 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 17352--17451 Score: 125
Period size: 24 Copynumber: 4.2 Consensus size: 24
17342 ATTAAGCCAA
17352 TCTTCTTTCAGTC-T-TCTTTCAG
1 TCTTCTTTCAGTCTTCTCTTTCAG
**
17374 TCTTTCTTTTGGTCTTCTCTTTCAG
1 TC-TTCTTTCAGTCTTCTCTTTCAG
*
17399 TCTTGTTTCAGTCTTCTCTTTCAG
1 TCTTCTTTCAGTCTTCTCTTTCAG
*
17423 TCTTTTTTGCAGTCTTCT-TTTCAG
1 TCTTCTTT-CAGTCTTCTCTTTCAG
17447 TCTTC
1 TCTTC
17452 CTTTGCCTAA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 7, Indels: 6
0.84 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
22 2 0.03
23 9 0.13
24 37 0.55
25 19 0.28
ACGTcount: A:0.07, C:0.25, G:0.11, T:0.57
Consensus pattern (24 bp):
TCTTCTTTCAGTCTTCTCTTTCAG
Found at i:17426 original size:243 final size:245
Alignment explanation
Indices: 16764--17352 Score: 745
Period size: 243 Copynumber: 2.4 Consensus size: 245
16754 TCTCTGTAGT
* * * * *
16764 TAATTTCCTTGAAATTAAGCCAGTCTTTCCCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGCCA-ATCTTT
1 TAATTTCATTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGA-C-TT
* ** * * * *
16828 TCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCT-TCTCTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTC
64 T-TTTACTTAACTTCCTTGAAATTAAGCCAATATATCT-ATACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTC
* ** * * * * *
16892 AGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAATTAAGCCAATCTTTTCTTTACCTAATTTCCTTGAAA
127 AGTCTTCTCTTTACCTAGTTTCAGTGAAACTAAGGCAGTCTTCTC-TT--CTAGTTTCCTTGAAA
* * * * *
16957 TTAAGTCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTTTTTTTACC
189 CTAAGCCAGTCTTCTCTTTACCTAATTACCTTGAAACTAAGCCAGTC--TTTTTTTACC
* * *
17016 TAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTT
1 TAATTTCATTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGACTTTT
* *
17081 TTACTTAACTTCTTTGAAATTAAGCCAGTATATCTATACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTC
66 TTACTTAACTTCCTTGAAATTAAGCCAATATATCTATACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTC
**
17146 TTCTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGGCAGTCTTCTCTTCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCC
131 TTCTCTTTACCTAGTTTCAGTGAAACTAAGGCAGTCTTCTCTTCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCC
* * *
17211 AGTCTTCTC-TTACCTAATTACCTTGAAATTAAGTCAGTC-TTTTTTACT
196 AGTCTTCTCTTTACCTAATTACCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTTTTTACC
17259 TAATTTCATTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGACTTTT
1 TAATTTCATTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGACTTTT
*
17324 TTACTTAATTTCCTTGAAATTAAGCCAAT
66 TTACTTAACTTCCTTGAAATTAAGCCAAT
17353 CTTCTTTCAG
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 33, Indels: 13
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
243 96 0.32
246 26 0.09
247 27 0.09
249 2 0.01
250 91 0.30
251 6 0.02
252 54 0.18
ACGTcount: A:0.26, C:0.22, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (245 bp):
TAATTTCATTGAAATTAAGCCAGTCTTTTCTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCCAGACTTTT
TTACTTAACTTCCTTGAAATTAAGCCAATATATCTATACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCAGTC
TTCTCTTTACCTAGTTTCAGTGAAACTAAGGCAGTCTTCTCTTCTAGTTTCCTTGAAACTAAGCC
AGTCTTCTCTTTACCTAATTACCTTGAAACTAAGCCAGTCTTTTTTTACC
Done.