Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011540.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11561, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2784
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.35
Found at i:319 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 271--671 Score: 434
Period size: 44 Copynumber: 9.8 Consensus size: 44
261 AATTCAGTTT
271 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
*
315 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGT-AAGT---TAA----GTAA
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
*
351 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGATTAAGTAATTCGGTAA
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
* *
395 TCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT-AAGT---TAA----GTAA
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
* *
431 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGATCAAGTAATTCGGTAA
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
* *
475 TCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAGTTAAGT-A-----T--
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
* * *
511 TCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAGATCAAGTAATTCGGTAA
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
*
555 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAGTTAAG-----C---AA
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
* *
591 TCAACTTAGTTCAGTGTAATTAAGTAAATTTAGTAATTCGGTAA
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
**
635 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGGTTAAGTAAT
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAAT
672 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 28, Indels: 64
0.76 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
36 120 0.40
37 4 0.01
38 1 0.00
39 1 0.00
40 12 0.04
41 1 0.00
42 1 0.00
43 6 0.02
44 151 0.51
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (44 bp):
TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAA
Found at i:356 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 297--697 Score: 358
Period size: 36 Copynumber: 10.3 Consensus size: 36
287 TAATTAAGTA
**
297 AATTAAGTAA-TTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGT
1 AATTAAGTAAGTTAAGTAATCAACTTAATTCAGTGT
332 AATTAAGTAAGTTAAGTAATCAACTTAATTCAGTGT
1 AATTAAGTAAGTTAAGTAATCAACTTAATTCAGTGT
* *
368 AATTAAGTAGATTAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCGGTGT
1 AATTAAGTA-AGT---TAA----GTAATCAACTTAATTCAGTGT
412 AATTAAGTAAGTTAAGTAATCAACTTAATTCAGTGT
1 AATTAAGTAAGTTAAGTAATCAACTTAATTCAGTGT
*
448 AATTAAGT-AGATCAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCGGTGT
1 AATTAAGTAAG-T----TAA----GTAATCAACTTAATTCAGTGT
* *
492 AATTAAGTAAGTTAAGTATTCAACTTAATTCGGTGT
1 AATTAAGTAAGTTAAGTAATCAACTTAATTCAGTGT
528 AATTAAGT-AGATCAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGT
1 AATTAAGTAAG-T----TAA----GTAATCAACTTAATTCAGTGT
* *
572 AATTAAGTAAGTTAAGCAATCAACTTAGTTCAGTGT
1 AATTAAGTAAGTTAAGTAATCAACTTAATTCAGTGT
*
608 AATTAAGTAAATTTAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGT
1 AATTAAGT-AA-GT--TAA----GTAATCAACTTAATTCAGTGT
* * *
652 AATTAAGTAGGTTAAGTAATCAACTTAATTCGGTGC
1 AATTAAGTAAGTTAAGTAATCAACTTAATTCAGTGT
688 AATTAAGTAA
1 AATTAAGTAA
698 ATTGGTAAGT
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 20, Indels: 73
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
35 14 0.05
36 145 0.47
37 4 0.01
38 1 0.00
40 24 0.08
42 1 0.00
43 3 0.01
44 113 0.37
45 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (36 bp):
AATTAAGTAAGTTAAGTAATCAACTTAATTCAGTGT
Found at i:404 original size:80 final size:80
Alignment explanation
Indices: 271--696 Score: 726
Period size: 80 Copynumber: 5.3 Consensus size: 80
261 AATTCAGTTT
*
271 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATT
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGATTAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATT
336 AAGTAAGTTAAGTAA
66 AAGTAAGTTAAGTAA
*
351 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGATTAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGATTAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATT
416 AAGTAAGTTAAGTAA
66 AAGTAAGTTAAGTAA
* *
431 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGATCAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATT
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGATTAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATT
*
496 AAGTAAGTTAAGTAT
66 AAGTAAGTTAAGTAA
* *
511 TCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAGATCAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATT
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGATTAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATT
*
576 AAGTAAGTTAAGCAA
66 AAGTAAGTTAAGTAA
* * *
591 TCAACTTAGTTCAGTGTAATTAAGTAAATTTAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATT
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGATTAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATT
*
656 AAGTAGGTTAAGTAA
66 AAGTAAGTTAAGTAA
* *
671 TCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTA
1 TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTA
697 AATTGGTAAG
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 18, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
80 328 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (80 bp):
TCAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAGATTAAGTAATTCGGTAATCAACTTAATTCAGTGTAATT
AAGTAAGTTAAGTAA
Found at i:2285 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2267--2301 Score: 61
Period size: 13 Copynumber: 2.7 Consensus size: 13
2257 ATAATTATTG
2267 TTTGCTTTATTAA
1 TTTGCTTTATTAA
2280 TTTGCTTTATTAA
1 TTTGCTTTATTAA
*
2293 TCTGCTTTA
1 TTTGCTTTA
2302 GATTTAGATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 21 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.11, G:0.09, T:0.60
Consensus pattern (13 bp):
TTTGCTTTATTAA
Found at i:2327 original size:28 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2295--2353 Score: 64
Period size: 28 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
2285 TTTATTAATC
2295 TGCTTTAGATTTAGATTTAGATTTGCTT
1 TGCTTTAGATTTAG-TTTA-A-TTG-TT
**
2323 TGCTTTATTTTTAGTTTAATTGTT
1 TGCTTTAGATTTAGTTTAATTGTT
2347 TGCTTTA
1 TGCTTTA
2354 TAATTGTTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
24 9 0.31
25 3 0.10
26 1 0.03
27 4 0.14
28 12 0.41
ACGTcount: A:0.19, C:0.07, G:0.15, T:0.59
Consensus pattern (24 bp):
TGCTTTAGATTTAGTTTAATTGTT
Done.