Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011652.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11673, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 16379
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.17, T:0.34
Found at i:1174 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1148--1197 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
1138 GAAAAGGAAA
* *
1148 AAGAAGAAAGTGAGAACGAGG
1 AAGAAGAAAGTGAAAAAGAGG
*
1169 AAGAAGGAAGTGAAAAAGAGG
1 AAGAAGAAAGTGAAAAAGAGG
1190 AAGAAGAA
1 AAGAAGAA
1198 GAACCTGCTG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 25 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.36, T:0.04
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAGAAAGTGAAAAAGAGG
Found at i:2302 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 2215--2311 Score: 140
Period size: 37 Copynumber: 2.6 Consensus size: 37
2205 TGCCACTAAC
*
2215 TCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAA
1 TCAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAA
* *
2252 TCAAGCCCGTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAA
1 TCAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAA
* * *
2289 TTAAGTCCTTAACTATATTTAAT
1 TCAAGTCCTTAACTCTACTTAAT
2312 CCTCTTGGGT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 52 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (37 bp):
TCAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAA
Found at i:2380 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 2328--2420 Score: 109
Period size: 35 Copynumber: 2.6 Consensus size: 36
2318 GGGTTGAGTT
* *
2328 TTTGACTGATCTTACTTAATCATCTT-TCAGATTAAGTC
1 TTTG-CTGATTTTACTTAAT--TCTTGTCAAATTAAGTC
*
2366 TTTGCTGATTTTACTTAATTCTTGTGAAATTAAGTC
1 TTTGCTGATTTTACTTAATTCTTGTCAAATTAAGTC
*
2402 TTTGCT-AATTTACTTAATT
1 TTTGCTGATTTTACTTAATT
2421 ACCCTGAATT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 5
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 16 0.32
36 16 0.32
37 14 0.28
38 4 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.11, T:0.49
Consensus pattern (36 bp):
TTTGCTGATTTTACTTAATTCTTGTCAAATTAAGTC
Found at i:2474 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2427--2557 Score: 174
Period size: 41 Copynumber: 3.2 Consensus size: 40
2417 AATTACCCTG
* *
2427 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTGTCTTAA
1 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCT-TCTTGA
2468 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTT-CTTGA
* * * *
2509 AATTAAGTCAGT-CTTTTCTTTACCCAATTTCCTTTCCTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCC-TTCTTGA
2549 AATTAAGTC
1 AATTAAGTC
2558 AATCTTTCTA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 6, Indels: 5
0.88 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 32 0.39
41 50 0.61
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (40 bp):
AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACCTAATTTCCTTCTTGA
Found at i:2707 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 2668--2811 Score: 130
Period size: 35 Copynumber: 3.9 Consensus size: 35
2658 CTGAATTAGG
2668 ACTATGTTTGCTTTTCTTAATCACCCTGGATTCTA
1 ACTATGTTTGCTTTTCTTAATCACCCTGGATTCTA
* * * *
2703 ACTATGCTTT-CCTTTCTTAATCACCTTAGATTTTA
1 ACTATG-TTTGCTTTTCTTAATCACCCTGGATTCTA
* *
2738 ACTATGCTTGAC-TTTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
1 ACTATGTTTG-CTTTTCTTAATCACCCTGGATT----C--TA
*
2779 ACTATGTTTAACTTTTCTTAATCACCCTGGATT
1 ACTATGTTT-GCTTTTCTTAATCACCCTGGATT
2812 ACAACTTTAA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 12, Indels: 15
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
34 2 0.02
35 50 0.58
36 4 0.05
41 11 0.13
42 19 0.22
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (35 bp):
ACTATGTTTGCTTTTCTTAATCACCCTGGATTCTA
Found at i:2779 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 2734--2837 Score: 154
Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 41
2724 CACCTTAGAT
2734 TTTAACTATGCTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAAC
1 TTTAACTATGCTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAAC
* * * *
2775 TTTAACTATGTTTAACTTTTCTTAATCACCCTGGATTACAAC
1 TTTAACTATGCTTGAC-TTTCTGAATCACCCTGGATTAAAAC
*
2817 TTTAACTATACTTGACTTTCT
1 TTTAACTATGCTTGACTTTCT
2838 CAATTGCCAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 2
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 19 0.35
42 36 0.65
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (41 bp):
TTTAACTATGCTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAAC
Found at i:2947 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 2876--3096 Score: 296
Period size: 37 Copynumber: 6.2 Consensus size: 37
2866 ACTTTCTTTT
* * *
2876 CTTAATTACCCCGAATTAAG-ACTTT-ACTCTTGTTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTAACT-GTGTTTA
** *
2912 CTTAATTGTCATGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTA
*
2949 TTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTA
2986 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTA
3023 CTTAATTACCCTGAATTAAG----TT--CTGTGTTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTA
* *
3054 CTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTTAATTGTGTTTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTA
3091 CTTAAT
1 CTTAAT
3097 GCATATGATG
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 13, Indels: 15
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 28 0.17
33 2 0.01
35 2 0.01
36 16 0.10
37 113 0.69
38 3 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (37 bp):
CTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTA
Found at i:6767 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 6724--6885 Score: 116
Period size: 22 Copynumber: 7.5 Consensus size: 22
6714 ATTCGAACTC
* *
6724 GCCCTGAGGCACTGGGAAAGTCT
1 GCCCTGAGACACT-TGAAAGTCT
* *
6747 ACCCTGAGACATTTGAAAGTCT
1 GCCCTGAGACACTTGAAAGTCT
* *
6769 ----TGAGACGCTTGAAAGTCC
1 GCCCTGAGACACTTGAAAGTCT
* *
6787 GTCTTGAGACACTTGAAAGTCT
1 GCCCTGAGACACTTGAAAGTCT
* * *
6809 ACCCTGAGACGCTTGGAAGTCT
1 GCCCTGAGACACTTGAAAGTCT
*
6831 GCACTGAGACACTTGAAAGTCT
1 GCCCTGAGACACTTGAAAGTCT
* * * * * *
6853 TCCTTTGAGACATTTAAAAATCC
1 GCC-CTGAGACACTTGAAAGTCT
6876 GCCCTGAGAC
1 GCCCTGAGAC
6886 GCTGAAGAAA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 27, Indels: 11
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 15 0.14
22 66 0.62
23 26 0.24
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (22 bp):
GCCCTGAGACACTTGAAAGTCT
Found at i:8591 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 8578--8621 Score: 56
Period size: 8 Copynumber: 5.6 Consensus size: 8
8568 TTTTCTTCTC
8578 TTTTGTTT
1 TTTTGTTT
8586 TTTTG--T
1 TTTTGTTT
8592 TTTTGTTT
1 TTTTGTTT
8600 TGTTTGTTT
1 T-TTTGTTT
*
8609 GTTTGTTT
1 TTTTGTTT
8617 TTTTG
1 TTTTG
8622 CTTCTTTCTG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 6
0.79 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.19
8 18 0.58
9 7 0.23
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.18, T:0.82
Consensus pattern (8 bp):
TTTTGTTT
Found at i:10534 original size:49 final size:50
Alignment explanation
Indices: 10457--10551 Score: 138
Period size: 49 Copynumber: 1.9 Consensus size: 50
10447 GGAACAGTAT
* *
10457 TGGTGCTCCTCTTGATGGCTTCTATGAACAC-TCTGGGAGAAACGACCAC
1 TGGTGCCCCTCTTGACGGCTTCTATGAACACTTCTGGGAGAAACGACCAC
* * *
10506 TGGTGCCCCTCTTGACGGTTTCTGTGAACACTTTTGGGAGAAACGA
1 TGGTGCCCCTCTTGACGGCTTCTATGAACACTTCTGGGAGAAACGA
10552 TCATCCCTTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 1
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
49 27 0.68
50 13 0.32
ACGTcount: A:0.21, C:0.24, G:0.26, T:0.28
Consensus pattern (50 bp):
TGGTGCCCCTCTTGACGGCTTCTATGAACACTTCTGGGAGAAACGACCAC
Found at i:12087 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 12040--12300 Score: 326
Period size: 36 Copynumber: 7.2 Consensus size: 36
12030 CTCTTTTTAG
*
12040 ATTAAGTTCTTTATTGACTCGACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* *
12076 ATTAAGCTCTTTATTGACTCCACTT-ATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* * *
12111 ATTAAGTTCTTTATTGACTTTATTTAATTACCCCGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* *
12147 ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* *
12183 ATTAAGTTCTTTATTGACTTTACTTAATTACCCCGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
** * * * *
12219 ATTAAGCCCTTTTATTAACGCTACATAATTATCCTGA
1 ATTAAGTTC-TTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
* *
12256 ATTAAGTTCCTTTTGTTGACGCTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTT-C-TTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
12294 ATTAAGT
1 ATTAAGT
12301 ACCTGACTTG
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 30, Indels: 4
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
35 31 0.16
36 102 0.53
37 27 0.14
38 32 0.17
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (36 bp):
ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCTGA
Found at i:12121 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 12040--12299 Score: 333
Period size: 71 Copynumber: 3.6 Consensus size: 71
12030 CTCTTTTTAG
* *
12040 ATTAAGTTCTTTATTGACTCGACTTAATTACCCTGAATTAAGCTCTTTATTGACTCCACTTATTA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCCGAATTAAGCTCTTTATTGACTCCACTTATTA
12105 CCCTGA
66 CCCTGA
* *
12111 ATTAAGTTCTTTATTGACTTTATTTAATTACCCCGAATTAAG-TCCTTTATTGACTCCACTTAAT
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCCGAATTAAGCT-CTTTATTGACTCCACTT-AT
12175 TACCCTGA
64 TACCCTGA
* * * * * *
12183 ATTAAGTTCTTTATTGACTTTACTTAATTACCCCGAATTAAGCCCTTTTATTAACGCTACATAAT
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCCGAATTAAGCTC-TTTATTGACTCCAC-TTAT
*
12248 TATCCTGA
64 TACCCTGA
* * *
12256 ATTAAGTTCCTTTTGTTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAG
1 ATTAAGTT-C-TTTATTGACTCTACTTAATTACCCCGAATTAAG
12300 TACCTGACTT
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 15, Indels: 10
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
70 1 0.01
71 55 0.33
72 52 0.31
73 28 0.17
74 2 0.01
75 29 0.17
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (71 bp):
ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTACCCCGAATTAAGCTCTTTATTGACTCCACTTATTA
CCCTGA
Found at i:12165 original size:107 final size:109
Alignment explanation
Indices: 12040--12299 Score: 326
Period size: 107 Copynumber: 2.4 Consensus size: 109
12030 CTCTTTTTAG
* *
12040 ATTAAGTTCTTTATTGACTCGACTTAATTACCCTGAATTAAGCTCTTTATTGACTCCACTT-ATT
1 ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTCTTTATTGACTCCACTTAATT
* ** * ** **
12104 ACCCTGAATTAAGTTC-TTTATTGACTTTATTTAATTACCCCGA
66 ACCCCGAATTAAGCCCTTTTATTAACGCTACATAATTACCCCGA
* **
12147 ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTTATTGACTTTACTTAATT
1 ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTCTTTATTGACTCCACTTAATT
* *
12212 ACCCCGAATTAAGCCCTTTTATTAACGCTACATAATTATCCTGA
66 ACCCCGAATTAAGCCCTTTTATTAACGCTACATAATTACCCCGA
* * *
12256 ATTAAGTTCCTTTTGTTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAG
1 ATTAAG-TCC-TTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAG
12300 TACCTGACTT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 4
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
107 56 0.43
108 16 0.12
109 26 0.20
110 3 0.02
111 30 0.23
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (109 bp):
ATTAAGTCCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTCTTTATTGACTCCACTTAATT
ACCCCGAATTAAGCCCTTTTATTAACGCTACATAATTACCCCGA
Found at i:12334 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 12293--12650 Score: 359
Period size: 37 Copynumber: 9.7 Consensus size: 37
12283 AATTACCCTG
* * *
12293 AATTAAGTACCTGACT-TGACTTAATTTCCTTCCCTGA
1 AATTAAGTCCCTGACTCT-ACTTAATTCCCTTCCTTGA
* *
12330 AATTAAGTCCCCGACTCTACTTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* *
12367 AATTAAG-CCCTGCACTCTACTTAATCCCCTTCCTTGG
1 AATTAAGTCCCTG-ACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* *
12404 AATTAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* * *
12441 AATCAAG-CCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGG
1 AATTAAGTCCC-TGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* * *
12478 AATCAAG-CCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGG
1 AATTAAGTCCC-TGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* * * *
12515 AATCAAG-CCCTTTACTCTACTCAATTCCCTTCCTTGG
1 AATTAAGTCCC-TGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* * * *
12552 AATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGG
1 AATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* * *
12589 AATCAAG-CCCGTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGG
1 AATTAAGTCCC-TGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
* * *
12626 AATTAAGTCCTTAACTGTACTTAAT
1 AATTAAGTCCCTGACTCTACTTAAT
12651 CCTCTTGGGT
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 22, Indels: 14
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
36 8 0.03
37 276 0.95
38 8 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (37 bp):
AATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGA
Found at i:12389 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 12311--12650 Score: 461
Period size: 74 Copynumber: 4.6 Consensus size: 74
12301 ACCTGACTTG
* * * ** * *
12311 ACTTAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTCCCCGACTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGCC
*
12376 CTGCACTCT
66 CTGTACTCT
* *
12385 ACTTAATCCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGCC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGCC
*
12450 CTTTACTCT
66 CTGTACTCT
* *
12459 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAG-CCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCC-TTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGC
*
12523 CCTTTACTCT
65 CCTGTACTCT
* * * *
12533 ACTCAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGCC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGCC
12598 C-GTAACTCT
66 CTGT-ACTCT
*
12607 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGT-CCTTAACTGTACTTAAT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCCTT-ACTCTACTTAAT
12651 CCTCTTGGGT
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 22, Indels: 8
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
73 6 0.03
74 232 0.97
75 2 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (74 bp):
ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGCC
CTGTACTCT
Found at i:12407 original size:111 final size:111
Alignment explanation
Indices: 12311--12650 Score: 477
Period size: 111 Copynumber: 3.1 Consensus size: 111
12301 ACCTGACTTG
* * * ** * * *
12311 ACTTAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTCCCCGACTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGCC
* *
12376 CTGCACTCTACTTAATCCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCTTTACTCT
66 CTGAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCTTTACTCT
12422 ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAG-CCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCC-TTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGC
** * *
12486 CCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGCCCTTTACTCT
65 CCTGAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCTTTACTCT
* * *
12533 ACTCAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGCC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGCC
* *
12598 C-GTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCTTAACTGT
66 CTG-AACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCTTTACTCT
12644 ACTTAAT
1 ACTTAAT
12651 CCTCTTGGGT
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 23, Indels: 6
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
110 3 0.01
111 198 0.98
112 2 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.31, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (111 bp):
ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGCC
CTGAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTCCTTTACTCT
Found at i:12557 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 12500--12594 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 5.1 Consensus size: 19
12490 TACTCTACTT
12500 AATTCCCTTCCTTGGAATC
1 AATTCCCTTCCTTGGAATC
* * *
12519 AA-GCCCTTTACTCT--ACTC
1 AATTCCC-TTCCT-TGGAATC
12537 AATTCCCTTCCTTGGAATC
1 AATTCCCTTCCTTGGAATC
* * * * *
12556 AAGTCCTTTACTCT--ACTT
1 AATTCCCTTCCT-TGGAATC
12574 AATTCCCTTCCTTGGAATC
1 AATTCCCTTCCTTGGAATC
12593 AA
1 AA
12595 GCCCGTAACT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 16, Indels: 16
0.62 0.19 0.19
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.04
18 23 0.44
19 25 0.48
20 2 0.04
ACGTcount: A:0.23, C:0.32, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
AATTCCCTTCCTTGGAATC
Found at i:12903 original size:40 final size:41
Alignment explanation
Indices: 12766--12896 Score: 167
Period size: 41 Copynumber: 3.2 Consensus size: 41
12756 AATTACCCTG
* *
12766 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCATTCCTTAA
1 AATTAAGTCTGTGCTTTTCTTTACCTAATTTCATTCCTTGA
* * *
12807 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTATCTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTTTCTTTACCTAATTTCATTCCTTGA
* * *
12848 AATTAAGTCGGT-CTTTTCTTTGCCCAATTTCATTTCC-TGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTTTCTTTACCTAATTTCA-TTCCTTGA
12888 AATTAAGTC
1 AATTAAGTC
12897 AGTCTTTCTA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 10, Indels: 3
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
40 27 0.34
41 52 0.66
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (41 bp):
AATTAAGTCTGTGCTTTTCTTTACCTAATTTCATTCCTTGA
Found at i:13046 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 13007--13150 Score: 168
Period size: 35 Copynumber: 3.9 Consensus size: 36
12997 CTGAATTAGG
13007 ACTATGTTTG-CTTTTCTTAATCACCCTGGATTCTA
1 ACTATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTCTA
* * *
13042 ACTATGTTT-TCCTTTCTTAATCACCCTGGATTTTA
1 ACTATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTCTA
* *
13077 ACTATGCTTGAC-TTTCTGAATCACCCTGGATTAAAACTTTA
1 ACTATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATT----C--TA
13118 ACTATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATT
1 ACTATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATT
13151 ACAACTTTAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 8, Indels: 11
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
35 59 0.64
36 1 0.01
41 13 0.14
42 19 0.21
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (36 bp):
ACTATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTCTA
Found at i:13130 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 13073--13176 Score: 163
Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 41
13063 CACCCTGGAT
13073 TTTAACTATGCTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAAC
1 TTTAACTATGCTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAAC
* * *
13114 TTTAACTATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTACAAC
1 TTTAACTATGCTTGAC-TTTCTGAATCACCCTGGATTAAAAC
*
13156 TTTAACTATACTTGACTTTCT
1 TTTAACTATGCTTGACTTTCT
13177 CAATTGCCCA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 5, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 20 0.35
42 37 0.65
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (41 bp):
TTTAACTATGCTTGACTTTCTGAATCACCCTGGATTAAAAC
Found at i:13279 original size:36 final size:38
Alignment explanation
Indices: 13215--13308 Score: 149
Period size: 36 Copynumber: 2.6 Consensus size: 38
13205 ACTTTCTTTT
* *
13215 CTTAATTACCCCGAATTAAG-CCTTTTTATTGACGCTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTCTTTATTGACGCTA
13252 CTTAATTA-CCTGAATTAAGTCC-CTTTATTGACGCTA
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTCTTTATTGACGCTA
13288 CTTAATTACCCTGAATTAAGT
1 CTTAATTACCCTGAATTAAGT
13309 ACCCGACTTG
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 2, Indels: 4
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
36 31 0.58
37 22 0.42
ACGTcount: A:0.29, C:0.22, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (38 bp):
CTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTCTTTATTGACGCTA
Found at i:13342 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 13296--13440 Score: 159
Period size: 37 Copynumber: 3.9 Consensus size: 36
13286 TACTTAATTA
*
13296 CCCTGAATTAAGTACCC-GACT-TGACTTAATTTCCTT
1 CCCTGAATTAAGT-CCCTGACTCT-ACTTAATTCCCTT
13332 CCCTGAAATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTCCCTT
1 CCCTG-AATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTCCCTT
* * *
13369 CCTTAGAATTAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTT
1 CCCT-GAATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTCCCTT
* * * *
13406 CCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCC
1 CCCT-GAATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTCCC
13441 ATATATTTAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 6, Indels: 7
0.88 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
36 8 0.08
37 89 0.90
38 2 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (36 bp):
CCCTGAATTAAGTCCCTGACTCTACTTAATTCCCTT
Found at i:13380 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 13300--13440 Score: 178
Period size: 74 Copynumber: 1.9 Consensus size: 74
13290 TAATTACCCT
* *
13300 GAATTAAGTACC-CGACT-TGACTTAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTCCCTGACTCTACTTAAT
1 GAATTAAGT-CCTCGACTCT-ACTTAATTCCCTTCCCTGAAATCAAGTCCCTGACTCTACTTAAT
13363 TCCCTTCCTTA
64 TCCCTTCCTTA
** * * * *
13374 GAATTAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTC
1 GAATTAAGTCCTCGACTCTACTTAATTCCCTTCCCTGAAATCAAGTCCCTGACTCTACTTAATTC
13439 CC
66 CC
13441 ATATATTTAA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 8, Indels: 4
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
73 2 0.04
74 54 0.95
75 1 0.02
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (74 bp):
GAATTAAGTCCTCGACTCTACTTAATTCCCTTCCCTGAAATCAAGTCCCTGACTCTACTTAATTC
CCTTCCTTA
Done.