Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01011670.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig11691, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12261
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.15, T:0.31
Found at i:362 original size:199 final size:199
Alignment explanation
Indices: 1--937 Score: 1157
Period size: 199 Copynumber: 4.8 Consensus size: 199
* * * **
1 AAGGGTTAACATGTGTCCCCCTAGGGAATATGTATTAATATTATATATTTAATTAAAGATGAAAT
1 AAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT
* * * *
66 GAAGTATATGACAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTAT
66 GAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTAT
* ** *
131 AATAATCATATAAGAAAAATTATATTATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTACACGTGCGGG
131 AATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTACACGTGCAGG
196 GTTT
196 GTTT
* * * *
200 TAGGGTTGTCATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATAATAATTATTTAATTAATTATGAAAT
1 AAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT
* * * * * * *
265 GTGGTATCTGCCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAATCCAAATTTTACATTGACAGTGTATTGTAT
66 GAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTAT
* * * *
330 AATAATCCTATAAGAACAATCT-TACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGATTGCACGTGC-G
131 AATAATCCTATAAGAAAAAT-TATACAATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTACACGTGCAG
393 GGCTTT
195 GG-TTT
*
399 AAGGG-TGACATGTGTCCCCTTA--G--TATGTA-T-ATATT-AATATTTTATTAATTATGAAAT
1 AAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT
* *
456 GAGATATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCC-AAATCTTACACTGACATTGTATTGTA
66 GAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAAT-TTACACTGACAGTGTATTGTA
* * **
520 TAATAATTCTATAAGAAAAATTATACTATATACACCGTCAGTGGATTTTAACAGACTACACGTTT
130 TAATAATCCTATAAGAAAAATTATAC-A-ATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTACACGTGC
*
585 AAGGTTT
193 AGGGTTT
* * * *
592 AAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGAATATGTATTGATATTAAATATTTTATTAATTATGTAAT
1 AAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT
* * * * * *
657 GGGGTATATGTCAAATTATTAAACCGCTTATGGAGTCTAAAATGTACACTGACAGTGTATTGTAT
66 GAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTAT
* * * *
722 AATAATCCTATAAGAAAAATTATACTATGCACCGTCAGTCGAATTTAGCAGACTACACGTGCAGG
131 AATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTACACGTGCAGG
787 GTTT
196 GTTT
** * * *
791 AAGGGTTGACATGTGTTTCCGTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTGATTATGAAAT
1 AAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT
* * * ** *
856 GTGTTATGTGTCAACTTCTTAA----CTTATGGAGTGTAAAATTTACACTGAAAAGTGTATTGTA
66 GAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTG-ACAGTGTATTGTA
*
917 TGATAATCCTATAAGAAAAAT
130 TAATAATCCTATAAGAAAAAT
938 AATATAAAGT
Statistics
Matches: 638, Mismatches: 83, Indels: 37
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
190 4 0.01
191 93 0.15
192 5 0.01
193 39 0.06
194 25 0.04
195 23 0.04
196 34 0.05
198 25 0.04
199 283 0.44
200 6 0.01
201 97 0.15
202 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (199 bp):
AAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT
GAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTAT
AATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTACACGTGCAGG
GTTT
Found at i:783 original size:392 final size:395
Alignment explanation
Indices: 1--942 Score: 1183
Period size: 392 Copynumber: 2.4 Consensus size: 395
* * * **
1 AAGGGTTAACATGTGTCCCCCTAGGGAATATGTATTAATATTATATATTTAATTAAAGATGAAAT
1 AAGGGTTGACATGTGTTCCCCTAAGG-ATATGTATTAATATTA-ATATTTAATTAATTATGAAAT
* *
66 GA-AGTATATGACAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACATTGACAGTGTATTGTA
64 GAGA-TATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAG-TCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTA
* *
130 TAATAA-TCATATAAGAAAAATTATATTATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGACTACACGTGCG
127 TAATAATTC-TATAAGAAAAATTATATTATACACCGTCAGTGGATTTTAACAGACTACACGTGCA
* * * * *
194 GGGTTTTAGGGTTGTCATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATAATAATTATTTAATTAATTA
191 AGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGAATATGTATTAATAATAAATATTTAATTAATTA
* * * * * * * *
259 TGAAATGTGGTATCTGCCAACTTTTTAACCCGCTTATGGAATCCAAATTTTACATTGACAGTGTA
256 TGAAATGGGGTATATGCCAAATTATTAAACCGCTTATGGAATCCAAAATGTACACTGACAGTGTA
* * * * *
324 TTGTATAATAATCCTATAAGAACAATCTTACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGATTGCACG
321 TTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATCTTACAATACACCGTCAGTCGAATTTAGCAGACTACACG
389 TGC-GGGCTTT
386 TGCAGGG-TTT
* *
399 AAGGG-TGACATGTG-TCCCCTTA-G-TATGTA-T-ATATTAATATTTTATTAATTATGAAATGA
1 AAGGGTTGACATGTGTTCCCCTAAGGATATGTATTAATATTAATATTTAATTAATTATGAAATGA
* *
458 GATATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAATCTTACACTGACATTGTATTGTATAA
66 GATATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCAAAAT-TTACACTGACAGTGTATTGTATAA
**
523 TAATTCTATAAGAAAAATTATACTATATACACCGTCAGTGGATTTTAACAGACTACACGTTTAAG
130 TAATTCTATAAGAAAAATTATA-T-TATACACCGTCAGTGGATTTTAACAGACTACACGTGCAAG
* * *
588 GTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGAATATGTATTGATATTAAATATTTTATTAATTATG
193 GTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGAATATGTATTAATAATAAATATTTAATTAATTATG
* * * *
653 TAATGGGGTATATGTCAAATTATTAAACCGCTTATGGAGTCTAAAATGTACACTGACAGTGTATT
258 AAATGGGGTATATGCCAAATTATTAAACCGCTTATGGAATCCAAAATGTACACTGACAGTGTATT
* *
718 GTATAATAATCCTATAAGAAAAAT-TATACTATGCACCGTCAGTCGAATTTAGCAGACTACACGT
323 GTATAATAATCCTATAAGAAAAATCT-TACAATACACCGTCAGTCGAATTTAGCAGACTACACGT
782 GCAGGGTTT
387 GCAGGGTTT
* * *
791 AAGGGTTGACATGTGTTTCCGTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTGATTATGAAAT
1 AAGGGTTGACATGTGTTCCCCTAAGG-ATATGTATTAATATT-AATATTTAATTAATTATGAAAT
* * * * *
856 GTGTTATGTGTCAACTTCTTAA----CTTATGGAGTGTAAAATTTACACTGAAAAGTGTATTGTA
64 GAGATATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGT-CAAAATTTACACTG-ACAGTGTATTGTA
* * *
917 TGATAATCCTATAAGAAAAATAATAT
127 TAATAATTCTATAAGAAAAATTATAT
943 AAAGTGATTT
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 57, Indels: 36
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
389 6 0.01
390 91 0.19
391 11 0.02
392 212 0.45
393 18 0.04
394 5 0.01
395 2 0.00
396 24 0.05
397 51 0.11
398 6 0.01
399 5 0.01
400 39 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (395 bp):
AAGGGTTGACATGTGTTCCCCTAAGGATATGTATTAATATTAATATTTAATTAATTATGAAATGA
GATATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
AATTCTATAAGAAAAATTATATTATACACCGTCAGTGGATTTTAACAGACTACACGTGCAAGGTT
TAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGAGAATATGTATTAATAATAAATATTTAATTAATTATGAAA
TGGGGTATATGCCAAATTATTAAACCGCTTATGGAATCCAAAATGTACACTGACAGTGTATTGTA
TAATAATCCTATAAGAAAAATCTTACAATACACCGTCAGTCGAATTTAGCAGACTACACGTGCAG
GGTTT
Found at i:1990 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1968--1999 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
1958 ATTATGTGAC
*
1968 TAATGAATAAATTA
1 TAATAAATAAATTA
1982 TAATAAATAAATTA
1 TAATAAATAAATTA
1996 TAAT
1 TAAT
2000 TTTAAATATT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 17 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.03, T:0.38
Consensus pattern (14 bp):
TAATAAATAAATTA
Found at i:3360 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3342--3371 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
3332 TCTTGATTGC
3342 TTACTTAGTTA-AT
1 TTACTTAGTTAGAT
3355 TTACTTAGTTAGAT
1 TTACTTAGTTAGAT
3369 TTA
1 TTA
3372 ATTTTAATTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.69
14 5 0.31
ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.10, T:0.53
Consensus pattern (14 bp):
TTACTTAGTTAGAT
Found at i:12058 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 12050--12080 Score: 62
Period size: 3 Copynumber: 10.3 Consensus size: 3
12040 GCCAAAAAAT
12050 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA A
1 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA A
12081 GACGAGAGAG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (3 bp):
ATA
Done.